Luận án Đánh giá nguồn gen và phân tích chỉ thị phân tử liên quan tính trạng năng suất trứng ở giống gà liên minh

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT 
 VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM 
TRẦN THỊ BÌNH NGUYÊN 
ĐÁNH GIÁ NGUỒN GEN VÀ PHÂN TÍCH CHỈ THỊ PHÂN 
TỬ LIÊN QUAN TÍNH TRẠNG NĂNG SUẤT TRỨNG 
 Ở GIỐNG GÀ LIÊN MINH 
LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP 
Hà Nội, 2019
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT 
 VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM 
TRẦN THỊ BÌNH NGUYÊN 
ĐÁNH GIÁ NGUỒN GEN VÀ PHÂN TÍCH CHỈ THỊ PHÂN 
TỬ LIÊN QUAN TÍNH TRẠNG NĂNG SUẤT TRỨNG Ở 
GIỐNG GÀ LIÊN MINH 
Chuyên ngành : Công nghệ sinh học 
 Mã số : 9420201 
 LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP 
 Người hướng dẫn khoa học: 
 1: TS. Nguyễn Thị Diệu Thúy 
 2: TS. Nguyễn Hữu Đức 
Hà Nội, 2019
i 
LỜI CAM ĐOAN 
Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu khoa học của tôi dưới sự hướng 
dẫn tận tình của các Thầy Cô và sự giúp đỡ của tập thể cán bộ nghiên cứu thuộc Phòng 
Công nghệ Gen động vật - Viện Công nghệ Sinh học. Các số liệu, kết quả nêu trong 
luận án này là trung thực, khách quan. Tôi xin cam đoan rằng mọi sự giúp đỡ cho việc 
thực hiện luận án đã được cảm ơn, các thông tin trích dẫn trong luận án này đều được 
chỉ rõ nguồn gốc. 
Hà Nội, ngày 04 tháng 01 năm 2019 
Tác giả luận án 
Trần Thị Bình Nguyên 
i 
LỜI CẢM ƠN 
Trong suốt thời gian thực hiện và hoàn thiện luận án ngoài sự nổ lực của bản 
thân, tôi còn nhận được rất nhiều sự đồng hành, quan tâm và hỗ trợ từ các cá nhân 
và tổ chức. 
Trước tiên, tôi xin trân trọng cảm ơn TS. Nguyễn Thị Diệu Thúy và TS. Nguyễn 
Hữu Đức là cô, thầy hướng dẫn đã tạo điều kiện, hỗ trợ và hướng dẫn tôi trong suốt thời 
gian thực hiện luận án. 
Tôi xin chân thành cảm ơn tập thể lãnh đạo, các thầy cô giáo và các cán bộ Viện 
Khoa học Nông nghiệp Việt Nam; Học viện Nông nghiệp Việt Nam; Viện Di truyền 
Nông nghiệp đã hướng dẫn, tạo điều kiện và hỗ trợ tôi trong quá trình học tập, nghiên 
cứu và thực hiện luận án. 
Tôi xin chân thành cảm ơn lãnh đạo, các cán bộ và đồng nghiệp phòng Công 
nghệ gen động vật - Viện Công nghệ sinh học - Viện Hàn lâm Khoa học Việt Nam; 
Khoa Công nghệ sinh học; bộ môn Di truyền giống - Khoa Chăn nuôi - Học viện Nông 
nghiệp Việt Nam đã tạo điệu kiện giúp đỡ về kiến thức và trang thiết bị để tôi hoàn 
thành luận án. 
Xin chân thành cảm ơn ThS. Vũ Công Quý, Hoàng Thị Yến và các cán bộ tại 
Trung tâm ứng dụng tiến bộ Khoa học và Công nghệ, Sở Khoa học và Công nghệ TP 
Hải Phòng đã giúp tôi rất nhiều về cơ sở vật chất, trang thiết bị thí nghiệm trong quá 
trình thực hiện luận án. 
 Tôi xin chân thành cảm ơn Học viện Nông nghiệp Việt Nam đã hỗ trợ kinh phí 
và tạo điều kiện thuận lợi cho tôi được tập trung hoàn thiện luận án. 
Tôi xin cảm ơn nguồn kinh phí tài trợ từ đề tài hợp tác KHCN với địa phương 
mã số VAST.NĐP.01/15-16 - Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam; đề tài 
cấp cơ sở mã số: T2018 - 12 - 83 - Học Viện Nông Nông nghiệp Việt Nam và hỗ trợ từ 
nhiệm vụ quỹ gen "Khai thác và phát triển giống gà Liên Minh tại Hải Phòng" mã 
số NVQG-2013/14. 
Cuối cùng tối xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến gia đình, bạn bè, đồng nghiệp 
và các bạn sinh viên đã luôn đồng hành, hỗ trợ và động viên tôi hoàn thành luận án. 
Hà Nội, ngày tháng năm 2019 
Nghiên cứu sinh 
Trần Thị Bình Nguyên 
ii 
MỤC LỤC 
Lời cam đoan .................................................................................................................... i 
Lời cảm ơn ........................................................................................................................ i 
Mục lục ............................................................................................................................ ii 
Danh mục bảng .............................................................................................................. iv 
Danh mục hình ............................................................................................................... vi 
Danh mục các từ viết tắt .............................................................................................. viii 
Mở đầu ............................................................................................................................ 1 
1. Tính cấp thiết của đề tài ...................................................................................... 1 
2. Mục tiêu nghiên cứu ........................................................................................... 2 
3. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài ............................................................ 2 
4. Những đóng góp mới của đề tài.......................................................................... 2 
5. Đối tượng và phạm vi nghiên cứu của đề tài ...................................................... 3 
Chương i. Tổng quan tài liệu ......................................................................................... 4 
1.1. Đánh giá nguồn gen gà ....................................................................................... 4 
1.1.1. Sơ lược về vị trí phân loại của gà nhà ................................................................ 4 
1.1.2. Đại cương về phân loại học ................................................................................ 4 
1.1.3. Cấu trúc hệ gen ty thể gà .................................................................................... 6 
1.2. Mối liên quan giữa đa hình các gen ứng viên và khả năng sinh sản ................ 18 
1.2.1. Các yếu tố ảnh hưởng tới sản lượng trứng ở gà ............................................... 18 
1.2.2. Phân tích đa hình gen ứng viên và mối liên quan với khả năng sản xuất 
trứng ở gà .......................................................................................................... 21 
1.2.3. Nghiên cứu đa hình các gen ứng viên liên quan đến các tính trạng sinh 
sản ở gà trên thế giới ......................................................................................... 24 
1.2.4. Tình hình nghiên cứu đa hình các gen ứng viên trên gà tại Việt Nam ............. 34 
1.3. Gà liên minh ..................................................................................................... 35 
1.3.1. Giới thiệu về gà Liên Minh .............................................................................. 35 
1.3.2. Các nghiên cứu về gà Liên Minh ...................................................................... 36 
Chương ii. Vật liệu và phương pháp ........................................................................... 38 
2.1. Vật liệu ............................................................................................................. 38 
2.1.1. Vật liệu nghiên cứu ........................................................................................... 38 
iii 
2.1.2. Các hóa chất ...................................................................................................... 41 
2.1.3. Máy móc thiết bị sử dụng ................................................................................. 42 
2.2. Nội dung nghiên cứu ........................................................................................ 42 
2.3. Phương pháp nghiên cứu .................................................................................. 42 
2.3.1. Phương pháp thu mẫu máu ............................................................................... 42 
2.3.2. Phương pháp tách ADN hệ gen từ máu ............................................................ 43 
2.3.3. Phương pháp nhân đoạn ADN bằng phản ứng chuỗi polymerase (PCR) ........ 43 
2.3.4. Phương pháp tinh sạch PCR và giải trình tự gen .............................................. 43 
2.3.5. Phương pháp phân tích đa hình gen ứng viên .................................................. 43 
2.3.6. Đánh giá các chỉ tiêu liên quan tính trạng sinh sản ở gà .................................. 44 
2.3.7. Khối lượng cơ thể ............................................................................................. 45 
2.3.8. Phương pháp xử lý số liệu ................................................................................ 45 
Chương iii. Kết quả và thảo luận ................................................................................ 46 
3.1. Kết quả phân tích đa dạng nguồn gen gà Liên Minh ........................................ 46 
3.1.1. Tách chiết ADN hệ gen .................................................................................... 46 
3.1.2. Khuếch đại vùng D-loop ADN ty thể bằng phản ứng PCR .............................. 47 
3.1.3. Giải trình tự nucleotide vùng D-loop................................................................ 47 
3.1.4. Phân tích đa hình nucleotide vùng D-loop của gà Liên Minh và một số gà 
bản địa có mã số trên Genbank ......................................................................... 48 
3.2. Phân tích chỉ thị phân tử liên quan tính trạng năng suất trứng ở giống gà 
Liên Minh ......................................................................................................... 68 
3.2.1. Theo dõi 5 chỉ tiêu liên quan tính trạng năng suất trứng của 90 cá thể gà 
Liên Minh ......................................................................................................... 68 
3.2.2. Tần số alen/kiểu gen các đa hình gen PRL, PRLR, VIP, VIPR1, NPY, GH 
và GHR; phân tích mối liên quan với tính trạng năng suất trứng ở gà Liên 
Minh .................................................................................................................. 72 
Kết luận và kiến nghị .................................................................................................. 106 
1. Kết luận. .......................................................................................................... 106 
2. Kiến nghị ........................................................................................................ 107 
Danh mục công trình công bố liên quan đến luận án .............................................. 108 
Tài liệu tham khảo .......................................................................................................... a 
iv 
DANH MỤC BẢNG 
Bảng 1.1. Đa dạng di truyền các giống gà dựa trên trình tự nucleotide D-loop 
ty thể ........................................................................................................... 13 
Bảng 1.2. Nghiên cứu đa hình di truyền các gen liên quan tính trạng sinh sản ở gà ........ 25 
Bảng 2.1. Thông tin về trình tự nucleotide vùng D-loop các giống gà sử dụng 
trong phân tích đa dạng nguồn gen ............................................................ 38 
Bảng 2.2. Thông tin mồi sử dụng trong phân tích trình tự nucleotide ....................... 40 
Bảng 2.3. Thông tin mồi sử dụng trong phân tích gen ứng viên ................................ 40 
Bảng 2.4. Thông tin về phản ứng enzyme cắt hạn chế (RE) ...................................... 41 
Bảng 3.1. Kết quả đo quang phổ ADN hệ gen ........................................................... 46 
Bảng 3.2. Chỉ số đa dạng di truyền vùng D-loop gà Liên Minh (1050 bp) và 
một số giống gà bản địa ............................................................................ 49 
Bảng 3.3. Kết quả phân bố của gà Liên Minh trong các haplotype (1050 bp) ........... 61 
Bảng 3.4. Kết quả phân bố của gà Liên Minh trong các haplotype (455 bp) ............. 62 
Bảng 3.5. Theo dõi các chỉ tiêu sinh sản của 90 cá thể gà Liên Minh ....................... 68 
Bảng 3.6. Các chỉ tiêu chất lượng trứng (n=90) ......................................................... 71 
Bảng 3.7. Phân tích tần số alen/kiểu gen tại ba đa hình gen PRL .............................. 76 
Bảng 3.8. Tần số alen/ kiểu gen PRL/2402 của gà Liên Minh và một số giống 
gà bản địa ................................................................................................... 78 
Bảng 3.9. Mối liên quan giữa kiểu gen PRL24 và tính trạng năng suất trứng ở 
giống gà Liên Minh .................................................................................... 79 
Bảng 3.10. Mối liên quan giữa kiểu gen PRL2402 và tính trạng năng suất trứng ở 
giống gà Liên Minh .................................................................................... 80 
Bảng 3.11. Mối liên quan giữa kiểu gen PRL2161 và tính trạng năng suất trứng ở 
giống gà Liên Minh .................................................................................... 81 
Bảng 3.12. Ảnh hưởng của đa hình PRL24 và PRL/2402 đến các tính trạng năng 
suất trứng ở gà Liên Minh .......................................................................... 82 
Bảng 3.13. Ảnh hưởng của hai đa hình PRL24 và PRL/2161 đến các chỉ tiêu liên 
quan tính trạng năng suất trứng ở gà Liên Minh ........................................ 83 
Bảng 3.14. Ảnh hưởng của hai đa hình PRL/2402 và PRL/2161 đến các chỉ tiêu 
liên quan tính trạng năng suất trứng ở gà Liên Minh ................................. 83 
Bảng 3.15. Tần số alen/kiểu gen hai đa hình gen VIP .................................................. 87 
Bảng 3.16. Mối liên quan giữa kiểu gen VIP/513892 và tính trạng năng suất 
trứng ở giống gà Liên Minh ....................................................................... 88 
v 
Bảng 3.17. Mối liên quan giữa kiểu gen VIP/338 và tính trạng năng suất trứng ở 
giống gà Liên Minh .................................................................................... 89 
Bảng 3.18. Tần số alen/kiểu gen hai đa hình gen VIPR1 ............................................. 92 
Bảng 3.19. Mối liên quan giữa kiểu gen VIPR1/1715301 và tính trạng năng suất 
trứng ở giống gà Liên Minh ....................................................................... 93 
Bảng 3.20. Mối liên quan giữa kiểu gen VIPR1/1704887 và tính trạng năng suất 
trứng ở giống gà Liên Minh ....................................................................... 93 
Bảng 3.21. Ảnh hưởng của đa hình VIPR1/1715301và VIPR1/1704887 đến các 
tính trạng năng suất trứng ở gà Liên Minh. ............................................... 94 
Bảng 3.22. Kết quả phân tích tần số alen/kiểu gen tại hai vị trí đa hình gen NPY ...... 97 
Bảng 3.23. So sánh tần số alen/kiểu gen trong phân tích đa hình gen 
NPY/3139135 ở một số giống gà trên thế giới ........................................... 98 
Bảng 3.24. Mối liên quan giữa kiểu gen NPY/3139135 và tính trạng năng suất 
trứng ở giống gà Liên Minh ....................................................................... 99 
Bảng 3.25. Mối liên quan giữa kiểu gen NPY/31394761 và tính trạng năng suất 
trứng ở giống gà Liên Minh ..................................................................... 100 
Bảng 3.26. Ảnh hưởng của đa hình NPY/3139135 và NPY/31394761 đến các 
tính trạng năng suất trứng ở gà Liên Minh. ............................................. 101 
Bảng 3.27. Tần số phân bố alen/kiểu gen của đa hình gen mã hóa GH, GHR gà 
Liên Minh ................................ ... : AFE versus PRL24/PRL2402 
Source DF SS MS F P 
PRL242402 3 383.3 127.8 1.95 0.128 
Error 86 5647.3 65.7 
Total 89 6030.6 
S = 8.103 R-Sq = 6.36% R-Sq(adj) = 3.09% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on 
 Pooled StDev 
Level N Mean StDev ---+---------+---------+---------+------ 
DDCT 22 188.05 7.64 (------*------) 
DDTT 44 186.66 8.59 (----*----) 
IDCT 15 182.60 7.61 (-------*--------) 
IDTT 9 189.89 7.42 (----------*----------) 
 ---+---------+---------+---------+------ 
 180.0 185.0 190.0 195.0 
Pooled StDev = 8.10 
One-way ANOVA: EN versus PRL24/PRL2402 
Source DF SS MS F P 
PRL242402 3 156.5 52.2 2.09 0.107 
Error 86 2146.0 25.0 
Total 89 2302.5 
S = 4.995 R-Sq = 6.80% R-Sq(adj) = 3.54% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on 
 Pooled StDev 
Level N Mean StDev ------+---------+---------+---------+--- 
DDCT 22 44.636 4.962 (---------*----------) 
DDTT 44 42.386 4.484 (-------*------) 
IDCT 15 45.400 6.642 (------------*------------) 
IDTT 9 45.111 4.285 (----------------*---------------) 
 ------+---------+---------+---------+--- 
 42.0 44.0 46.0 48.0 
Pooled StDev = 4.995 
One-way ANOVA: MEW versus PRL24/PRL2402 
Source DF SS MS F P 
PRL242402 3 208.5 69.5 4.45 0.006 
Error 86 1343.4 15.6 
Total 89 1551.9 
S = 3.952 R-Sq = 13.43% R-Sq(adj) = 10.41% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on 
 Pooled StDev 
Level N Mean StDev -----+---------+---------+---------+---- 
DDCT 22 46.714 4.726 (--------*-------) 
DDTT 44 44.215 3.911 (-----*-----) 
IDCT 15 47.202 3.682 (---------*---------) 
IDTT 9 48.171 1.834 (------------*------------) 
 -----+---------+---------+---------+---- 
 44.0 46.0 48.0 50.0 
Pooled StDev = 3.952 
One-way ANOVA: MEW 3644 versus PRL24/PRL2402 
Source DF SS MS F P 
PRL242402 3 187.3 62.4 3.36 0.022 
Error 86 1597.9 18.6 
Total 89 1785.1 
S = 4.310 R-Sq = 10.49% R-Sq(adj) = 7.37% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on 
 Pooled StDev 
Level N Mean StDev --+---------+---------+---------+------- 
DDCT 22 47.993 5.084 (------*------) 
DDTT 44 45.878 4.359 (-----*----) 
IDCT 15 48.679 3.660 (--------*--------) 
IDTT 9 49.867 2.511 (----------*-----------) 
 --+---------+---------+---------+------- 
 45.0 47.5 50.0 52.5 
Pooled StDev = 4.310 
One-way ANOVA: FEW versus PRL24/PRL2402 
Source DF SS MS F P 
PRL242402 3 105.9 35.3 1.46 0.230 
Error 86 2072.2 24.1 
Total 89 2178.1 
S = 4.909 R-Sq = 4.86% R-Sq(adj) = 1.54% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on 
 Pooled StDev 
Level N Mean StDev ---------+---------+---------+---------+ 
DDCT 22 40.685 4.761 (---------*----------) 
DDTT 44 39.593 5.102 (------*------) 
IDCT 15 41.881 3.958 (-----------*------------) 
IDTT 9 42.621 5.673 (---------------*---------------) 
 ---------+---------+---------+---------+ 
 40.0 42.0 44.0 46.0 
Pooled StDev = 4.909 
One-way ANOVA: AFE versus PRL24/PRL2161 
Source DF SS MS F P 
PRL242161 5 356.4 71.3 1.06 0.391 
Error 84 5674.2 67.5 
Total 89 6030.6 
S = 8.219 R-Sq = 5.91% R-Sq(adj) = 0.31% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev 
Level N Mean StDev +---------+---------+---------+--------- 
DDCC 3 187.33 3.51 (--------*---------) 
DDCG 16 185.00 8.81 (---*---) 
DDGG 47 187.83 8.26 (--*-) 
IDCC 1 186.00 * (---------------*---------------) 
IDCG 10 188.70 8.03 (----*----) 
IDGG 13 182.69 7.99 (----*---) 
 +---------+---------+---------+--------- 
 170 180 190 200 
Pooled StDev = 8.22 
One-way ANOVA: EN versus PRL24/PRL2161 
Source DF SS MS F P 
PRL242161 5 201.2 40.2 1.61 0.167 
Error 84 2101.3 25.0 
Total 89 2302.5 
S = 5.002 R-Sq = 8.74% R-Sq(adj) = 3.31% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on 
 Pooled StDev 
Level N Mean StDev ---+---------+---------+---------+------ 
DDCC 3 47.667 4.041 (--------*---------) 
DDCG 16 42.688 3.979 (---*---) 
DDGG 47 43.000 4.934 (--*-) 
IDCC 1 51.000 * (----------------*----------------) 
IDCG 10 46.100 5.877 (----*----) 
IDGG 13 44.231 5.776 (----*---) 
 ---+---------+---------+---------+------ 
 42.0 48.0 54.0 60.0 
Pooled StDev = 5.002 
One-way ANOVA: MEW versus PRL24/PRL2161 
Source DF SS MS F P 
PRL242161 5 196.3 39.3 2.43 0.041 
Error 84 1355.6 16.1 
Total 89 1551.9 
S = 4.017 R-Sq = 12.65% R-Sq(adj) = 7.45% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev 
Level N Mean StDev -+---------+---------+---------+-------- 
DDCC 3 49.407 3.850 (-----------*----------) 
DDCG 16 43.831 3.772 (----*----) 
DDGG 47 45.184 4.408 (--*--) 
IDCC 1 47.750 * (-------------------*-------------------) 
IDCG 10 47.138 2.094 (-----*-----) 
IDGG 13 47.880 3.866 (-----*----) 
 -+---------+---------+---------+-------- 
 40.0 44.0 48.0 52.0 
Pooled StDev = 4.017 
One-way ANOVA: MEW 3644 versus PRL24/PRL2161 
Source DF SS MS F P 
PRL242161 5 229.8 46.0 2.48 0.038 
Error 84 1555.3 18.5 
Total 89 1785.1 
S = 4.303 R-Sq = 12.88% R-Sq(adj) = 7.69% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on 
 Pooled StDev 
Level N Mean StDev --+---------+---------+---------+------- 
DDCC 3 52.340 2.885 (---------*---------) 
DDCG 16 45.702 3.958 (---*----) 
DDGG 47 46.515 4.805 (-*--) 
IDCC 1 47.520 * (----------------*----------------) 
IDCG 10 48.913 2.395 (-----*----) 
IDGG 13 49.411 3.981 (----*----) 
 --+---------+---------+---------+------- 
 40.0 45.0 50.0 55.0 
Pooled StDev = 4.303 
One-way ANOVA: ESI versus PRL24/PRL2161 
Source DF SS MS F P 
PRL242161 5 0.004650 0.000930 1.09 0.372 
Error 84 0.071715 0.000854 
Total 89 0.076366 
S = 0.02922 R-Sq = 6.09% R-Sq(adj) = 0.50% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev 
Level N Mean StDev ---------+---------+---------+---------+ 
DDCC 3 1.2667 0.0208 (----------*----------) 
DDCG 16 1.2750 0.0171 (----*----) 
DDGG 47 1.2855 0.0315 (--*-) 
IDCC 1 1.2900 * (------------------*------------------) 
IDCG 10 1.2670 0.0189 (-----*-----) 
IDGG 13 1.2869 0.0382 (----*----) 
 ---------+---------+---------+---------+ 
 1.260 1.290 1.320 1.350 
Pooled StDev = 0.0292 
One-way ANOVA: AFE versus PRL2402/PRL2161 
Source DF SS MS F P 
PRL24022161 5 68.8 13.8 0.19 0.964 
Error 84 5961.8 71.0 
Total 89 6030.6 
S = 8.425 R-Sq = 1.14% R-Sq(adj) = 0.00% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on 
 Pooled StDev 
Level N Mean StDev ---+---------+---------+---------+------ 
CTCC 3 188.00 2.65 (---------*---------) 
CTCG 10 185.30 9.42 (----*-----) 
CTGG 24 185.79 8.00 (---*--) 
TTCC 1 184.00 * (----------------*----------------) 
TTCG 16 187.13 8.20 (---*---) 
TTGG 36 187.33 8.73 (-*--) 
 ---+---------+---------+---------+------ 
 170 180 190 200 
Pooled StDev = 8.42 
One-way ANOVA: EN versus PRL2402/PRL2161 
Source DF SS MS F P 
PRL24022161 5 247.7 49.5 2.03 0.083 
Error 84 2054.7 24.5 
Total 89 2302.5 
S = 4.946 R-Sq = 10.76% R-Sq(adj) = 5.45% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on 
 Pooled StDev 
Level N Mean StDev ---+---------+---------+---------+------ 
CTCC 3 50.000 2.646 (--------*---------) 
CTCG 10 46.600 5.461 (-----*----) 
CTGG 24 43.625 5.562 (---*--) 
TTCC 1 44.000 * (---------------*----------------) 
TTCG 16 42.375 4.015 (---*---) 
TTGG 36 43.028 4.837 (--*-) 
 ---+---------+---------+---------+------ 
 36.0 42.0 48.0 54.0 
Pooled StDev = 4.946 
One-way ANOVA: MEW versus PRL2402/PRL2161 
Source DF SS MS F P 
PRL24022161 5 162.4 32.5 1.96 0.092 
Error 84 1389.5 16.5 
Total 89 1551.9 
S = 4.067 R-Sq = 10.46% R-Sq(adj) = 5.13% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on 
 Pooled StDev 
Level N Mean StDev -----+---------+---------+---------+---- 
CTCC 3 50.187 2.700 (--------*---------) 
CTCG 10 45.029 2.783 (----*----) 
CTGG 24 47.287 4.689 (---*--) 
TTCC 1 45.410 * (---------------*---------------) 
TTCG 16 45.149 4.085 (---*---) 
TTGG 36 44.755 3.962 (--*-) 
 -----+---------+---------+---------+---- 
 40.0 45.0 50.0 55.0 
Pooled StDev = 4.067 
One-way ANOVA: MEW 3644 versus PRL2402/PRL2161 
Source DF SS MS F P 
PRL24022161 5 146.1 29.2 1.50 0.199 
Error 84 1639.0 19.5 
Total 89 1785.1 
S = 4.417 R-Sq = 8.18% R-Sq(adj) = 2.72% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev 
Level N Mean StDev +---------+---------+---------+--------- 
CTCC 3 51.843 3.745 (---------*---------) 
CTCG 10 46.625 3.069 (----*-----) 
CTGG 24 48.511 4.912 (---*---) 
TTCC 1 49.010 * (-----------------*-----------------) 
TTCG 16 47.132 4.193 (---*----) 
TTGG 36 46.230 4.496 (-*--) 
 +---------+---------+---------+--------- 
 40.0 45.0 50.0 55.0 
Pooled StDev = 4.417 
One-way ANOVA: ESI versus PRL2402/PRL2161 
Source DF SS MS F P 
PRL24022161 5 0.004801 0.000960 1.13 0.352 
Error 84 0.071564 0.000852 
Total 89 0.076366 
S = 0.02919 R-Sq = 6.29% R-Sq(adj) = 0.71% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev 
Level N Mean StDev ---------+---------+---------+---------+ 
CTCC 3 1.2767 0.0231 (-----------*----------) 
CTCG 10 1.2740 0.0171 (-----*-----) 
CTGG 24 1.2817 0.0343 (---*---) 
TTCC 1 1.2600 * (------------------*------------------) 
TTCG 16 1.2706 0.0188 (----*---) 
TTGG 36 1.2886 0.0318 (---*--) 
 ---------+---------+---------+---------+ 
 1.230 1.260 1.290 1.320 
Pooled StDev = 0.0292 
————— 6/11/2019 2:24:15 PM ———————————————————— 
One-way ANOVA: AFE versus VIPR1/1715301-VIPR1/1704887 
Source DF SS MS F P 
VIPR1 5 1178.9 235.8 4.04 0.003 
Error 83 4849.0 58.4 
Total 88 6027.9 
S = 7.643 R-Sq = 19.56% R-Sq(adj) = 14.71% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on 
 Pooled StDev 
Level N Mean StDev --------+---------+---------+---------+- 
CCCC 6 193.83 5.27 (-----*-----) 
CCCT 29 188.93 7.24 (--*--) 
CTCC 15 187.53 7.71 (---*--) 
CTCT 32 184.69 8.64 (--*-) 
TTCC 2 172.50 3.54 (----------*---------) 
TTCT 5 180.60 4.62 (------*-----) 
 --------+---------+---------+---------+- 
 170 180 190 200 
Pooled StDev = 7.64 
One-way ANOVA: EN versus VIPR1/1715301-VIPR1/1704887 
Source DF SS MS F P 
VIPR1 5 399.9 80.0 3.66 0.005 
Error 83 1815.3 21.9 
Total 88 2215.2 
S = 4.677 R-Sq = 18.05% R-Sq(adj) = 13.12% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev 
Level N Mean StDev -+---------+---------+---------+-------- 
CCCC 6 44.500 5.857 (-------*-------) 
CCCT 29 41.414 3.621 (---*--) 
CTCC 15 44.533 5.643 (----*----) 
CTCT 32 43.844 4.712 (---*--) 
TTCC 2 53.000 5.657 (------------*------------) 
TTCT 5 47.200 5.263 (-------*--------) 
 -+---------+---------+---------+-------- 
 40.0 45.0 50.0 55.0 
Pooled StDev = 4.677 
One-way ANOVA: MEW versus VIPR1/1715301-VIPR1/1704887 
Source DF SS MS F P 
VIPR1 5 34.2 6.8 0.38 0.864 
Error 83 1510.6 18.2 
Total 88 1544.9 
S = 4.266 R-Sq = 2.22% R-Sq(adj) = 0.00% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on 
 Pooled StDev 
Level N Mean StDev -----+---------+---------+---------+---- 
CCCC 6 46.697 4.360 (--------*---------) 
CCCT 29 45.677 4.284 (----*---) 
CTCC 15 46.179 4.063 (-----*-----) 
CTCT 32 45.346 4.297 (----*---) 
TTCC 2 42.715 3.981 (----------------*----------------) 
TTCT 5 46.474 4.539 (----------*----------) 
 -----+---------+---------+---------+---- 
 38.5 42.0 45.5 49.0 
Pooled StDev = 4.266 
One-way ANOVA: MEW 3644 versus VIPR1/1715301-VIPR1/1704887 
Source DF SS MS F P 
VIPR1 5 30.7 6.1 0.29 0.916 
Error 83 1746.8 21.0 
Total 88 1777.5 
S = 4.588 R-Sq = 1.73% R-Sq(adj) = 0.00% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on 
 Pooled StDev 
Level N Mean StDev ---------+---------+---------+---------+ 
CCCC 6 48.117 4.721 (---------*----------) 
CCCT 29 47.399 4.472 (---*----) 
CTCC 15 47.698 4.317 (-----*------) 
CTCT 32 46.685 4.752 (---*----) 
TTCC 2 45.160 3.564 (-----------------*-----------------) 
TTCT 5 48.100 5.045 (----------*-----------) 
 ---------+---------+---------+---------+ 
 42.0 45.5 49.0 52.5 
Pooled StDev = 4.588 
One-way ANOVA: ESI versus VIPR1/1715301-VIPR1/1704887 
Source DF SS MS F P 
VIPR1 5 0.008739 0.001748 2.15 0.068 
Error 83 0.067625 0.000815 
Total 88 0.076364 
S = 0.02854 R-Sq = 11.44% R-Sq(adj) = 6.11% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on 
 Pooled StDev 
Level N Mean StDev --------+---------+---------+---------+- 
CCCC 6 1.2700 0.0179 (--------*--------) 
CCCT 29 1.2852 0.0241 (---*---) 
CTCC 15 1.2627 0.0266 (-----*-----) 
CTCT 32 1.2869 0.0329 (---*---) 
TTCC 2 1.2700 0.0000 (---------------*---------------) 
TTCT 5 1.2960 0.0397 (---------*----------) 
 --------+---------+---------+---------+- 
 1.250 1.275 1.300 1.325 
Pooled StDev = 0.0285 
One-way ANOVA: AFE versus NPY3139135/NPY31394761 
Source DF SS MS F P 
NPY 5 1057.2 211.4 3.61 0.005 
Error 83 4858.9 58.5 
Total 88 5916.0 
S = 7.651 R-Sq = 17.87% R-Sq(adj) = 12.92% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on 
 Pooled StDev 
Level N Mean StDev --------+---------+---------+---------+- 
DDTC 3 197.33 4.16 (-------*--------) 
IDTC 15 187.33 7.52 (---*---) 
IDTT 3 181.00 7.21 (--------*--------) 
IICC 7 179.29 4.86 (----*-----) 
IITC 50 188.12 8.28 (-*-) 
IITT 11 183.27 6.56 (---*----) 
 --------+---------+---------+---------+- 
 180 190 200 210 
Pooled StDev = 7.65 
One-way ANOVA: MEW versus NPY3139135/NPY31394761 
Source DF SS MS F P 
NPY 5 61.6 12.3 0.70 0.625 
Error 83 1461.2 17.6 
Total 88 1522.8 
S = 4.196 R-Sq = 4.04% R-Sq(adj) = 0.00% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev 
Level N Mean StDev +---------+---------+---------+--------- 
DDTC 3 43.207 3.001 (------------*-------------) 
IDTC 15 46.617 3.113 (-----*-----) 
IDTT 3 46.577 1.356 (-------------*-------------) 
IICC 7 45.477 4.932 (--------*--------) 
IITC 50 46.014 4.483 (--*---) 
IITT 11 44.245 4.163 (------*-------) 
 +---------+---------+---------+--------- 
 38.5 42.0 45.5 49.0 
Pooled StDev = 4.196 
One-way ANOVA: MEW 3644 versus NPY3139135/NPY31394761 
Source DF SS MS F P 
NPY 5 63.1 12.6 0.62 0.682 
Error 83 1680.9 20.3 
Total 88 1744.1 
S = 4.500 R-Sq = 3.62% R-Sq(adj) = 0.00% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on 
 Pooled StDev 
Level N Mean StDev ------+---------+---------+---------+--- 
DDTC 3 44.927 2.558 (-------------*--------------) 
IDTC 15 48.545 3.209 (------*-----) 
IDTT 3 48.287 4.198 (--------------*--------------) 
IICC 7 46.307 4.839 (--------*---------) 
IITC 50 47.439 4.864 (---*--) 
IITT 11 46.243 4.343 (-------*-------) 
 ------+---------+---------+---------+--- 
 42.0 45.5 49.0 52.5 
Pooled StDev = 4.500 
One-way ANOVA: ESI versus NPY3139135/NPY31394761 
Source DF SS MS F P 
NPY 5 0.001938 0.000388 0.44 0.821 
Error 83 0.073442 0.000885 
Total 88 0.075380 
S = 0.02975 R-Sq = 2.57% R-Sq(adj) = 0.00% 
 Individual 95% CIs For Mean Based on 
 Pooled StDev 
Level N Mean StDev ---+---------+---------+---------+------ 
DDTC 3 1.2767 0.0153 (-------------*------------) 
IDTC 15 1.2827 0.0349 (-----*-----) 
IDTT 3 1.3033 0.0208 (------------*-------------) 
IICC 7 1.2771 0.0325 (--------*--------) 
IITC 50 1.2800 0.0295 (--*--) 
IITT 11 1.2855 0.0246 (------*------) 
 ---+---------+---------+---------+------ 
 1.250 1.275 1.300 1.325 
Pooled StDev = 0.0297