Luận án Khảo sát đặc tính gây bệnh và biến đổi di truyền của virus cúm gia cầm type a H5N1 lưu hành tại đồng bằng sông Cửu Long giai đoạn 2014 - 2016

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO 
TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ 
TIỀN NGỌC TIÊN 
KHẢO SÁT ĐẶC TÍNH GÂY BỆNH VÀ 
BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN CỦA VIRUS CÚM 
GIA CẦM TYPE A H5N1 LƯU HÀNH TẠI 
ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG 
GIAI ĐOẠN 2014-2016 
LUẬN ÁN TIẾN SĨ 
NGÀNH BỆNH LÝ HỌC VÀ CHỮA BỆNH VẬT NUÔI 
2020 
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO 
TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ 
TIỀN NGỌC TIÊN 
KHẢO SÁT ĐẶC TÍNH GÂY BỆNH VÀ 
BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN CỦA VIRUS CÚM 
GIA CẦM TYPE A H5N1 LƯU HÀNH TẠI 
ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG 
GIAI ĐOẠN 2014-2016 
LUẬN ÁN TIẾN SĨ 
NGÀNH BỆNH LÝ HỌC VÀ CHỮA BỆNH VẬT NUÔI 
MÃ NGÀNH: 62640102 
CÁN BỘ HƯỚNG DẪN 
PGS.TS. LÝ THỊ LIÊN KHAI 
2020
i 
LỜI CẢM TẠ 
Tôi xin chân thành bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến: Ban Giám hiệu Trường 
Đại học Cần Thơ, khoa Sau đại học, ban Chủ nhiệm Khoa Nông Nghiệp, Bộ 
môn Thú y, các Quý thầy, cô đã giảng dạy, hướng dẫn, giúp đỡ, tạo điều kiện 
thuận lợi cho tôi trong suốt thời gian học tập, nghiên cứu và thực hiện luận án. 
Tôi xin trân trọng bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến cô hướng dẫn PGS.TS. Lý 
Thị Liên Khai đã giảng dạy, động viên, giúp đỡ và tạo mọi điều kiện thuận lợi 
cho tôi học tập, nghiên cứu, chăm bồi kiến thức và hoàn thành luận án. 
Xin chân thành cảm ơn các anh, chị đồng nghiệp trong ngành thú y đã giúp đỡ 
tôi hoàn thành nghiên cứu của mình. Tôi xin dành tất cả sự yêu thương và lời 
cám ơn tới gia đình, người thân yêu của tôi đã luôn ủng hộ, chia sẻ những 
buồn vui trong cuộc sống để tôi có thể an tâm và có thêm nghị lực hoàn thành 
luận án. 
Tiền Ngọc Tiên 
ii 
TÓM TẮT 
Bệnh cúm gia cầm là bệnh truyền nhiễm cấp tính của loài gia cầm, do 
virus cúm thuộc họ Orthomyxoviridae gây ra. Bệnh cúm gia cầm type A H5N1 
bắt đầu xuất hiện tại Việt Nam từ cuối năm 2003 và từ đó đến nay dịch bệnh 
này xảy ra hàng năm và virus luôn biến đổi phân nhánh gây bệnh tại một số 
địa phương trong cả nước làm chết và tiêu hủy với số lượng lớn gia cầm. Bên 
cạnh khả năng lây nhiễm bệnh trên các loài gia cầm, virus cúm type A H5N1 
còn có khả năng lây nhiễm và gây tử vong trên người. Do đó, việc thực hiện 
giám sát tình hình dịch bệnh, sự lưu hành và biến đổi di truyền của virus cúm 
gia cầm type A H5N1 có ý nghĩa rất quan trọng góp phần phát triển ngành 
chăn nuôi gia cầm và bảo vệ sức khỏe con người. Mẫu swab dịch hầu họng 
trên gà khỏe (420 mẫu), trên vịt khỏe (936 mẫu) bán tại các chợ, tại các lò giết 
mổ và các hộ chăn nuôi gia cầm; 144 mẫu mô (não, lách, khí quản, phổi) của 
gia cầm có biểu hiện triệu chứng, bệnh tích nghi mắc bệnh cúm gia cầm type 
A H5N1 được thu thập để xét nghiệm. Các mẫu swab và mẫu mô trên gia cầm 
được xét nghiệm bằng kỹ thuật Real time RT-PCR để xác định tỷ lệ lưu hành 
virus và các đàn gia cầm nhiễm bệnh cúm tại 10 tỉnh/thành thuộc Đồng bằng 
sông Cửu Long (ĐBSCL). Giải trình tự gene HA của 49 mẫu đại diện để xác 
định sự biến đổi, tiến hóa và mối tương quan di truyền của virus cúm gia cầm 
type A H5N1. Kết quả nghiên cứu cho thấy virus cúm gia cầm type A H5N1 
gây bệnh chủ yếu trên các đàn gia cầm từ 1-3 tháng tuổi, tập trung vào thời 
gian quý I hàng năm trên các đàn gia cầm chưa được tiêm phòng hoặc tiêm 
phòng chưa đầy đủ theo quy định. Các đàn gia cầm mắc bệnh cúm gia cầm 
type A H5N1có các triệu chứng phổ biến như ủ rũ, bỏ ăn, sốt; phù đầu, mặt, 
thở khò khè, liệt chân, sả cánh, phân trắng xanh, da chân xuất huyết; thần kinh 
(quay vòng, co giật nghẹo cổ) và các bệnh tích đặc trưng như não xuất huyết, 
phổi xuất huyết, xuất huyết lớp mỡ vành tim, gan sưng xuất huyết, lách sưng 
xuất huyết; khí quản xuất huyết, tích dịch. Đã phát hiện sự lưu hành virus cúm 
gia cầm type A H5N1 trên gà và vịt bán tại các chợ và lò giết mổ; không phát 
hiện sự lưu hành của virus cúm trên gà và vịt tại các hộ chăn nuôi. Có sự biến 
đổi ở mức độ nucleotide của các chủng virus cúm gia cầm type A H5N1 lưu 
hành và gây bệnh trên gia cầm giai đoạn 2014-2016 và tỷ lệ biến đổi tăng dần 
theo thời gian. Các chủng virus cúm gia cầm type A H5N1 lưu hành và gây 
bệnh trên gia cầm trong giai đoạn này ở các tỉnh/thành ĐBSCL thuộc phân 
nhánh 2.3.2.1d và có trình tự các acid amin tại các vị trí quy định độc lực từ 
341 đến 346 trên protein HA là RRR–KR. Đồng thời, có sự biến đổi ở các vị 
trí acid amin trên protein HA là yếu tố nguy cơ làm tăng khả năng liên kết với 
thụ thể α 2-6 gắn kết vào tế bào và gây bệnh trên người. Đã xác định được một 
iii 
số vị trí acid amin số 82, 152, 185, 282 có vai trò quan trọng đối với đặc tính 
gây bệnh của virus cúm gia cầm type A H5N1, sự biến đổi loại acid amin ở 
những vị trí này sẽ có khả năng làm thay đổi tính gây bệnh, virus cúm gia cầm 
type A H5N1 có thể chuyển đổi khả năng từ gây bệnh trên gia cầm sang gây 
bệnh trên người và ngược lại. 
Từ khóa: Cúm gia cầm, Type A H5N1, Gà, Vịt, Đồng bằng sông Cửu Long, 
Nucleotide 
iv 
ABSTRACT 
Avian influenza is an acute infectious disease of poultry, caused by 
influenza virus belonging to the family Orthomyxoviridae. Type A H5N1 
Avian influenza has appeared in Vietnam since the end of 2003 and then this 
epidemic has been happening every year and the virus has always changed its 
pathogen in some localities in the country to kill and destroy large numbers of 
poultry. Besides the possibility of infection on poultry species, the type A 
H5N1 influenza virus is also capable of infecting and killing people. 
Therefore, the surveillance of disease, circulation and genetic variation of type 
A H5N1 avian influenza virus has important implications for the development 
of poultry industry and human health protection. Oropharyngeal swab sample 
on healthy chickens (420 samples), on healthy ducks (936 samples) sold in 
markets, slaughterhouses and households; 144 tissue samples (brain, spleen, 
treachal, lung) of poultry with symptomatic, suspected case with type A H5N1 
avian influenza were collected for testing. Swab and tissue samples from 
poultry were tested by Real time RT-PCR technique to determine the 
prevalence of virus and poultry infected by type A H5N1 avian influenza in 10 
provinces in the Mekong Delta. HA gene sequence of 49 representative 
samples to determine the variation, evolution and genetic correlation of type A 
H5N1 avian influenza virus. Research results showed that the type A H5N1 
avian influenza virus caused disease mainly in 1-3 months old poultry flocks, 
focusing on the first quarter of the year in unvaccinated or not enough dose as 
prescribed vaccinated flocks. The common symptoms type A H5N1 avian 
influenza infected poultry flocks were depression, anorexia, edema of the 
head, respiratory signs, leg paralysis, wings paralysis, green to white diarrhea, 
shanks hemorrhages; neurological sign and specific lesions such as brain 
hemorrhages; lungs hemorrhages; hemorrhages on heart perirenal; liver 
swelling, hemorrhages; spleen swelling, hemorrhages; trachea hemorrhages. 
The circulation of type A H5N1 avian influenza virus has been detected on 
chickens and ducks that sold in markets and slaughterhouses; non circulation 
of the type A H5N1 avian influenza virus on chickens and ducks at 
households. There was a change in the nucleotide level of type A H5N1 avian 
influenza viruses circulating and causing disease in poultry during the 2014-
2016 period and the rate of changes gradually increased by time. Type A 
H5N1 avian influenza viruses circulated and caused disease in poultry during 
this period in the provinces of the Mekong Delta belonging to clade 2.3.2.1d 
and had sequences of amino acids at cleavage sites from position 341 to 346 
on protein HA is RRR-KR. At the same time, there was a change in amino 
v 
acid positions on HA protein, which increases the ability binding to α 2-6 
receptors to bind to cells and cause disease in humans. There were some 
positions of amino acid as 82, 152, 185, 282 that play an important role in the 
pathogenicity of type A H5N1 avian influenza virus, changes kind of amino 
acids in these locations will alter the pathogenicity, the type A H5N1 avian 
influenza virus can switch the pathogen from poultry to human and vice versa. 
Keywords: Avian influenza, Type A H5N1, Chicken, Duck, Mekong 
delta, Nucleotide. 
Lor cAM xnr rnr euA
T6i xin cam doan d6y ld c6ng trinh nghiCn criu cria ri6ng t6i, c6c ktit qu6
nghiOn ciru dugc trinh bdy trong lu4n 6n ld trung thgc, kh6ch quan vd chua
tung dung aC Uao vQ o b6t kj,noi ddu. T6i xin cam doan ring moi su gifp d0
cho viQc thpc hiQn lufln 6n d6 dugc c6m on, c6c th6ng tin trich d6n trong lufln
6n ndy d6u dugc chi 16 ngu6n g6c.
C6n bQ huring dfin Tic gii lufn 6n
PGS.TS. Ly Thi Li6n Khai Ti6n Nggc Ti6n
V1
vii 
MỤC LỤC 
Lời cảm tạ ......................................................................................................... i 
Tóm tắt Tiếng Việt ........................................................................................... ii 
Tóm tắt Tiếng Anh ........................................................................................... iv 
Trang cam kết kết quả ...................................................................................... vi 
Mục lục ........................................................................................................... vii 
Danh sách bảng ............................................................................................... x 
Danh sách hình ............................................................................................... xiii 
Danh mục từ viết tắt ........................................................................................ xv 
Chương 1 GIỚI THIỆU ................................................................................ 1 
Chương 2 TỔNG QUAN TÀI LIỆU ............................................................ 4 
2.1 Sơ lược về bệnh cúm gia cầm .................................................................... 4 
2.2 Lịch sử bệnh cúm gia cầm ......................................................................... 4 
2.3 Virus cúm gia cầm ..................................................................................... 7 
2.3.1 Hình thái và cấu trúc ............................................................................... 7 
2.3.2 Cấu trúc gene của virus cúm gia cầm ..................................................... 8 
2.3.3 Kháng nguyên quan trọng của virus cúm gia cầm ................................. 10 
2.3.4 Cơ chế và đặc tính gây bệnh của virus cúm gia cầm ............................. 11 
2.3.5 Các phương thức biến đổi kháng nguyên của virus cúm gia cầm ......... 14 
2.3.6 Sức đề kháng của virus cúm gia cầm ..................................................... 16 
2.3.7 Đường lây truyền ................................................................................... 16 
2.3.8 Tính thích ứng đa vật chủ của virus cúm gia cầm ................................. 17 
2.3.9 Cơ chế xâm nhiễm và nhân lên trong tế bào vật chủ của virus cúm gia 
cầm .................................................................................................................. 17 
2.3.10 Khả năng gây bệnh của virus cúm gia cầm ........................................ 19 
2.4 Triệu chứng, bệnh tích bệnh cúm gia cầm ................................................ 20 
2.4.1 Triệu chứng ............................................................................................ 20 
2.4.2 Bệnh tích ................................................................................................ 20 
2.4.3 Tình hình bệnh cúm gia cầm type A H5N1 trên thế giới ...................... 21 
2.4.4 Bệnh cúm gia cầm type A H5N1 ở Việt Nam ....................................... 26 
2.4.5 Bệnh cúm gia cầm type A H5N1 trên người ......................................... 31 
2.5 Một số nghiên cứu về virus cúm gia cầm và bệnh cúm gia cầm type A 
H5N1 trên thế giới và ở Việt Nam .................................................................. 32 
2.5.1 Trên thế giới ........................................................................................... 32 
2.5.2 Việt Nam ............................................................................................... 38 
2.6 Tình hình sử dụng vaccine phòng bệnh cúm gia cầm type A H5N1 tại Việt 
Nam ................................................................................................................. 45 
Chương 3 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ............................................. 48 
viii 
3.1 Nội dung nghiên cứu ................................................................................. 48 
3.1.1 Nội dung 1 ............................................................................................. 48 
3.1.2 Nội dung 2 ............................................................................................. 48 
3.1.3 Nội dung 3 ............................................................................................. 48 
3.1.4 Nội dung 4 ............................................................................................. 48 
3.2 Thời gian và địa điểm nghiên cứu ............................................................ 48 
3.2.1 Thời gian ................................................................................................ 48 
3.2.2 Địa điểm ................................................................................................. 48 
3.3 Vật liệu nghiên cứu ................................................................................... 48 
3.3.1 Mẫu vật dùng trong nghiên cứu ............................................................. 48 
3.3.2 Hóa chất và các chất sinh học chính sử dụng trong nghiên cứu ............ 49 
3.3.3 Trang thiết bị chính sử dụng trong nghiên cứu ...................................... 49 
3.3.4 Biểu mẫu thu thập thông tin ................................................................... 49 
3.4 Phương pháp nghiên cứu .......................................................................... 50 
3.4.1 Phương pháp thu thập thông tin dịch tễ, triệu chứng, bệnh tích, xét 
nghiệm, xây dựng bản đồ dịch tễ bệnh cúm gia cầm type A H5N1 và khảo sát 
sự lưu hành của virus cúm gia cầm type A H5N1 tại một số tỉnh Đồng bằng 
sông Cửu Long ................................................................................................ 50 
3.4.2 Phương pháp giải trình tự và phân tích trình tự gene HA của virus cúm 
gia cầm type A H5N1 gây bệnh và lưu hành trên các đàn gia cầm khỏe mạnh 
nuôi tại các hộ chăn nuôi, buôn bán tại các chợ và các lò giết mổ gia cầm ... 56 
3.4.3 Phương pháp xây dựng cây phả hệ từ các chủng virus cúm gia cầm type 
A H5N1 giải trình tự được trong nghiên cứu và các chủng virus cúm gia cầm 
type A H5N1 đã công bố ở Việt Nam và thế giới .......................................... 58 
3.4.4 Phương pháp phân tích trình tự acid amin trên protein HA để xác định 
đặc tính gây bệnh của virus cúm gia cầm type A H5N ... 0 34 74 
 37 37 
2 34 40 74 
 37 37 
All 74 74 148 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 0.973 1 0.324 
Likelihood 
Ratio 
0.974 1 0.324 
Năm 2015 
So sánh cặp giữa chưa tiêm phòng và tiêm phòng 1 mũi 
 Chua tiem Tiem 1 mui All 
1 13 14 27 
 13.50 13.50 
2 14 13 27 
 13.50 13.50 
All 27 27 54 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 0.074 1 0.785 
Likelihood 
Ratio 
0.074 1 0.785 
181 
Năm 2016 
So sánh cặp giữa chưa tiêm phòng và tiêm phòng 1 mũi 
 Chua tiem Tiem 1 mui All 
1 9 8 17 
 8.500 8.500 
2 8 9 17 
 8.500 8.500 
All 17 17 34 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 0.118 1 0.732 
Likelihood 
Ratio 
0.118 1 0.732 
Bảng 4.4: Kết quả khảo sát tỷ lệ bệnh cúm gia cầm type A H5N1 trên các đàn gia cầm 
tại các tỉnh ĐBSCL theo thời gian 
Năm 2014 
So sánh cặp giữa quý I và II 
 Quy I Quy II All 
1 54 13 67 
 33.50 33.50 
2 13 54 67 
 33.50 33.50 
All 67 67 134 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 50.179 1 0.000 
Likelihood 
Ratio 
53.904 1 0.000 
So sánh cặp giữa quý I và III 
 Quy I Quy III All 
1 54 3 57 
 28.50 28.50 
2 3 54 57 
 28.50 28.50 
All 57 57 114 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 91.263 1 0.000 
Likelihood 
Ratio 
111.026 1 0.000 
182 
So sánh cặp giữa quý I và IV 
 Quy I Quy IV All 
1 54 4 58 
 29 29 
2 4 54 58 
 29 29 
All 58 58 116 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 86.207 1 0.000 
Likelihood 
Ratio 
102.589 1 0.000 
So sánh cặp giữa quý II và III 
 Quy II Quy III All 
1 13 3 16 
 8 8 
2 3 13 16 
 8 8 
All 16 16 32 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 12.500 1 0.000 
Likelihood 
Ratio 
13.476 1 0.000 
So sánh cặp giữa quý II và IV 
 Quy II Quy IV All 
1 13 4 17 
 8.500 8.500 
2 4 13 17 
 8.500 8.500 
All 17 17 34 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 9.529 1 0.002 
Likelihood 
Ratio 
10.034 1 0.002 
So sánh cặp giữa quý II và IV 
 Quy III Quy IV All 
1 3 4 7 
 3.500 3.500 
2 4 3 7 
 3.500 3.500 
All 7 7 14 
P (Ho) = 0,789268 
183 
Năm 2015 
So sánh cặp giữa quý I và III 
 Quy I Quy III All 
1 13 11 24 
 12 12 
2 11 13 24 
 12 12 
All 24 24 48 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 0.333 1 0.564 
Likelihood 
Ratio 
0.334 1 0.563 
So sánh cặp giữa quý I và II 
 Quy I Quy II All 
1 13 2 15 
 7.500 7.500 
2 2 13 15 
 7.500 7.500 
All 15 15 30 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 16.133 1 0.000 
Likelihood Ratio 18.028 1 0.000 
So sánh cặp giữa quý I và IV 
 Quy I Quy IV All 
1 13 1 14 
 7 7 
2 1 13 14 
 7 7 
All 14 14 28 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 20.571 1 0.000 
Likelihood Ratio 24.406 1 0.000 
So sánh cặp giữa quý II và III 
 Quy II Quy III All 
1 2 11 13 
 6.500 6.500 
2 11 2 13 
 6.500 6.500 
All 13 13 26 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 12.462 1 0.000 
Likelihood Ratio 13.719 1 0.000 
184 
So sánh cặp giữa quý III và IV 
 Quy III Quy IV All 
1 11 1 12 
 6 6 
2 1 11 12 
 6 6 
All 12 12 24 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 16.667 1 0.000 
Likelihood Ratio 19.503 1 0.000 
So sánh cặp giữa quý II và IV 
 Quy II Quy IV All 
1 2 1 3 
 1.500 1.500 
2 1 2 3 
 1.500 1.500 
All 3 3 6 
P (Ho) = 0,683091 
Năm 2016 
So sánh cặp giữa quý I và II 
 Quy I Quy II All 
1 8 6 14 
 7 7 
2 6 8 14 
 7 7 
All 14 14 28 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 0.571 1 0.450 
Likelihood Ratio 0.573 1 0.449 
So sánh cặp giữa quý I và III 
 Quy I Quy III All 
1 8 3 11 
 5.500 5.500 
2 3 8 11 
 5.500 5.500 
All 11 11 22 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 4.545 1 0.033 
Likelihood Ratio 4.717 1 0.030 
185 
So sánh cặp giữa quý II và III 
 Quy II Quy III All 
1 6 3 9 
 4.500 4.500 
2 3 6 9 
 4.500 4.500 
All 9 9 18 
P (Ho) = 0,280087 
Giai đoạn 2014-2016 
So sánh cặp giữa quý I và II 
 Quy I Quy II All 
1 75 21 96 
 48 48 
2 21 75 96 
 48 48 
All 96 96 192 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 60.750 1 0.000 
Likelihood Ratio 64.445 1 0.000 
So sánh cặp giữa quý I và III 
 Quy I Quy III All 
1 75 17 92 
 46 46 
2 17 75 92 
 46 46 
All 92 92 184 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 73.130 1 0.000 
Likelihood Ratio 78.965 1 0.000 
So sánh cặp giữa quý I và IV 
 Quy I Quy IV All 
1 75 5 80 
 40 40 
2 5 75 80 
 40 40 
All 80 80 160 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 122.500 1 0.000 
Likelihood Ratio 146.994 1 0.000 
186 
So sánh cặp giữa quý II và III 
 Quy II Quy III All 
1 21 17 38 
 19 19 
2 17 21 38 
 19 19 
All 38 38 76 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 0.842 1 0.359 
Likelihood Ratio 0.844 1 0.358 
So sánh cặp giữa quý II và IV 
 Quy II Quy IV All 
1 21 5 26 
 13 13 
2 5 21 26 
 13 13 
All 26 26 52 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 19.692 1 0.000 
Likelihood Ratio 21.174 1 0.000 
So sánh cặp giữa quý III và IV 
 Quy III Quy IV All 
1 17 5 22 
 11 11 
2 5 17 22 
 11 11 
All 22 22 44 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 13.091 1 0.000 
Likelihood Ratio 13.832 1 0.000 
Bảng 4.5: Kết quả khảo sát tỷ lệ bệnh cúm gia cầm type A H5N1 trên các đàn gia cầm 
tại các tỉnh ĐBSCL theo qui mô đàn 
Năm 2014 
So sánh cặp giữa quy mô đàn dưới 200 con và từ 200-500 con 
 <200 200-500 All 
1 13 14 27 
 13.50 13.50 
2 14 13 27 
 13.50 13.50 
All 27 27 54 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 0.074 1 0.785 
Likelihood Ratio 0.074 1 0.785 
187 
So sánh cặp giữa quy mô đàn dưới 200 con và trên 500-1000 con 
 500-1000 All 
1 13 19 32 
 16 16 
2 19 13 32 
 16 16 
All 32 32 64 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 2.250 1 0.134 
Likelihood Ratio 2.263 1 0.132 
So sánh cặp giữa quy mô đàn dưới 200 con và trên 1000 con 
 1000 All 
1 13 28 41 
 20.50 20.50 
2 28 13 41 
 20.50 20.50 
All 41 41 82 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 10.976 1 0.001 
Likelihood Ratio 11.235 1 0.001 
So sánh cặp giữa quy mô đàn từ 200-500 con và trên 500-1000 con 
 200-500 >500-1000 All 
1 14 19 33 
 16.50 16.50 
2 19 14 33 
 16.50 16.50 
All 33 33 66 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 1.515 1 0.218 
Likelihood Ratio 1.521 1 0.217 
So sánh cặp giữa quy mô đàn từ 200-500 con và trên 1000 con 
 200-500 >1000 All 
1 14 28 42 
 21 21 
2 28 14 42 
 21 21 
All 42 42 84 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 9.333 1 0.002 
Likelihood Ratio 9.514 1 0.002 
188 
So sánh cặp giữa quy mô đàn trên 500-1000 con và trên 1000 con 
 >500-1000 >1000 All 
1 19 28 47 
 23.50 23.50 
2 28 19 47 
 23.50 23.50 
All 47 47 94 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 3.447 1 0.063 
Likelihood Ratio 3.468 1 0.063 
Năm 2015 
So sánh cặp giữa quy mô đàn dưới 200 con và từ 200-500 con 
 <200 200-500 All 
1 5 4 9 
 4.500 4.500 
2 4 5 9 
 4.500 4.500 
All 9 9 18 
P (Ho) = 0.813664 
So sánh cặp giữa quy mô đàn dưới 200 con và trên 500-1000 con 
 500-1000 All 
1 5 11 16 
 8 8 
2 11 5 16 
 8 8 
All 16 16 32 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 4.500 1 0.034 
Likelihood Ratio 4.612 1 0.032 
So sánh cặp giữa quy mô đàn dưới 200 con và trên 1000 con 
 1000 All 
1 5 7 12 
 6 6 
2 7 5 12 
 6 6 
All 12 12 24 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 0.667 1 0.414 
Likelihood Ratio 0.670 1 0.413 
189 
So sánh cặp giữa quy mô đàn từ 200-500 con và trên 500-1000 con 
 200-500 >500-1000 All 
1 4 11 15 
 7.500 7.500 
2 11 4 15 
 7.500 7.500 
All 15 15 30 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 6.533 1 0.011 
Likelihood Ratio 6.794 1 0.009 
So sánh cặp giữa quy mô đàn từ 200-500 con và trên 1000 con 
 200-500 >1000 All 
1 4 7 11 
 5.500 5.500 
2 7 4 11 
 5.500 5.500 
All 11 11 22 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 1.636 1 0.201 
Likelihood Ratio 1.657 1 0.198 
So sánh cặp giữa quy mô đàn trên 500-1000 con và trên 1000 con 
 >500-1000 >1000 All 
1 11 7 18 
 9 9 
2 7 11 18 
 9 9 
All 18 18 36 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 1.778 1 0.182 
Likelihood Ratio 1.793 1 0.181 
Năm 2016 
So sánh cặp giữa quy mô đàn dưới 200 con và từ 200-500 con 
 <200 200-500 All 
1 1 7 8 
 4 4 
2 7 1 8 
 4 4 
All 8 8 16 
P (Ho) = 0.008441 
190 
So sánh cặp giữa quy mô đàn dưới 200 con và trên 500-1000 con 
 500-1000 All 
1 1 5 6 
 3 3 
2 5 1 6 
 3 3 
All 6 6 12 
P (Ho) = 0.058362 
So sánh cặp giữa quy mô đàn dưới 200 con và trên 1000 con 
 1000 All 
1 1 4 5 
 2.500 2.500 
2 4 1 5 
 2.500 2.500 
All 5 5 10 
P (Ho) = 0.147299 
So sánh cặp giữa quy mô đàn từ 200-500 con và trên 500-1000 con 
 200-500 >500-1000 All 
1 7 5 12 
 6 6 
2 5 7 12 
 6 6 
All 12 12 24 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 0.667 1 0.414 
Likelihood Ratio 0.670 1 0.413 
So sánh cặp giữa quy mô đàn từ 200-500 con và trên 1000 con 
 200-500 >1000 All 
1 7 4 11 
 5.500 5.500 
2 4 7 11 
 5.500 5.500 
All 11 11 22 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 1.636 1 0.201 
Likelihood Ratio 1.657 1 0.198 
191 
So sánh cặp giữa quy mô đàn trên 500-1000 con và trên 1000 con 
 >500-1000 >1000 All 
1 5 4 9 
 4.500 4.500 
2 4 5 9 
 4.500 4.500 
All 9 9 18 
P (Ho) = 0.813664 
Bảng 4.8: Kết quả xét nghiệm virus gây bệnh cúm gia cầm type A H5N1 tại các tỉnh 
ĐBSCL 
So sánh cặp giữa năm 2014 và 2015 
 DT AT All 
1 74 1 75 
 68.243 6.757 
2 27 9 36 
 32.757 3.243 
All 101 10 111 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 16.620 1 0.000 
Likelihood Ratio 16.100 1 0.000 
So sánh cặp giữa năm 2014 và 2016 
 DT AT All 
1 74 1 75 
 63.19 11.81 
2 17 16 33 
 27.81 5.19 
All 91 17 108 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 38.415 1 0.000 
Likelihood Ratio 37.696 1 0.000 
So sánh cặp giữa năm 2015 và 2016 
 DT AT All 
1 27 9 36 
 22.96 13.04 
2 17 16 33 
 21.04 11.96 
All 44 25 69 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 4.110 1 0.043 
Likelihood Ratio 4.149 1 0.042 
192 
Bảng 4.9: Kết quả khảo sát sự lưu hành của virus cúm gia cầm type A H5N1 trên các 
đàn gia cầm khỏe năm 2014, 2015 và 2016 
So sánh cặp giữa năm 2014 và 2015 
 2014 2015 All 
DT 24 35 59 
 27.66 31.34 
AT 336 373 709 
 332.34 376.66 
All 360 408 768 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 0.986 1 0.321 
Likelihood Ratio 0.993 1 0.319 
So sánh cặp giữa năm 2014 và 2016 
 2014 2016 All 
DT 24 43 67 
 25.44 41.56 
AT 336 545 881 
 334.56 546.44 
All 360 588 948 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 0.142 1 0.706 
Likelihood Ratio 0.143 1 0.705 
So sánh cặp giữa năm 2015 và 2016 
 2015 2016 All 
DT 35 43 78 
 31.95 46.05 
AT 373 545 918 
 376.05 541.95 
All 408 588 996 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 0.534 1 0.465 
Likelihood Ratio 0.530 1 0.467 
Bảng 4.10: Kết quả khảo sát sự lưu hành của virus cúm gia cầm type A H5N1 trên các 
đàn gia cầm khỏe tại các hộ chăn nuôi, tại các chợ và các lò giết mổ 
 LM Cho All 
DT 90 12 102 
 81.50 20.50 
AT 848 224 1072 
 856.50 215.50 
All 938 236 1174 
193 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 4.835 1 0.028 
Likelihood Ratio 5.425 1 0.020 
Bảng 4.11: Kết quả khảo sát sự lưu hành của virus cúm gia cầm type A H5N1 giai 
đoạn 2014-2016 theo loài gia cầm 
 Ga Vit All 
DT 17 85 102 
 31.59 70.41 
AT 403 851 1254 
 388.41 865.59 
All 420 936 1356 
Chi-Square Test 
 Chi-Square DF P-Value 
Pearson 10.559 1 0.001 
Likelihood Ratio 11.739 1 0.001 
194 
Phụ lục 1: PHIẾU THÔNG TIN BỆNH PHẨM GIA CẦM 
Họ và tên người lấy . 
Số điện thoại:..Fax 
Họ và tên chủ gia cầm nơi lấy mẫu:. 
Địa chỉ: ẤpXãHuyệnTỉnh 
Loại gia cần:Lứa tuổi:Giống.Giới tính. 
Loại bệnh phẩm:Số lượng:mẫu 
Ngày lấy mẫu:Ký hiệu mẫu:. 
Tình trạng bệnh phẩm:. 
1- Diễn biến: 
- Ngày bị bệnh: Tổng đàn:con. 
- Số đang bệnh:Số chết:con. 
- Vaccine đã dùng:Thời gian:. 
- Thuốc điều trị:Thời gian:.. 
2- Triệu chứng: 
Sốt Thở khò khè Liệt chân Phân xanh trắng 
Phù đầu, mặt Mào, tích thâm tím Sã cánh Phân lẫn máu 
- Triệu chứng khác: 
3- Bệnh tích: 
Gan 
Sưng 
Xuất huyết 
Hoại tử 
Lách 
Sưng 
Xuất huyết 
Hoại tử 
Thận 
 Sưng 
 Xuất huyết 
Hoại tử 
Khí 
quản 
 Xuất huyết 
Tích dịch Phổi 
 Xuất huyết 
 Viêm Não 
 Xuất huyết 
 Sung huyết 
Ruột 
Xuất huyết 
Viêm loét 
Dạ dầy 
tuyến 
 Xuất huyết 
 Viêm loét 
Dây thần 
kinh 
Sưng 
Viêm 
Tim 
 Xuất huyết mỡ vành 
 Viêm cơ tim 
 Cơ tim nhão 
Xương 
 Dị dạng 
 Mềm 
 Giòn 
Túi 
Fabricius 
 Sưng 
 Teo 
 Xuất huyết 
 Túi khí dày đục 
 Hậu môn xuất huyết 
 Cơ ngực xuất huyết 
 Cơ đùi xuất huyết 
Buồng 
trứng 
 Viêm dính 
 Teo 
 Trứng vỡ 
Trứng dị dạng 
Dịch 
hoàn 
 Sưng 
 Teo 
 Xuất huyết 
Bệnh tích khác: 
 Ngày..tháng..năm 
 Người thu thập thông tin 
 (Ký, ghi rõ họ tên) 
195 
Phụ lục 2: PHIẾU THÔNG TIN MẪU SWAB GIA CẦM 
 .................ngày.........thángnăm 201 
1. Thông tin về nơi lấy mẫu swab gia cầm: 
- Tên .., 
- Xã:  Huyện: ..., 
Tỉnh/thành phố:... 
2. Thông tin về mẫu swab gia cầm 
- Loài gia cầm:.Số lượng mẫu: 
- Loài gia cầm:.Số lượng mẫu: 
Người thu thập thông tin 
 (ký tên) 
196 
Phụ lục 3: Tổng đàn gia cầm qua các năm 2014, 2015, 2016 
STT 
Tên tỉnh 
Thành phố 
Năm 2014 Năm 2015 Năm 2016 
Gà Vịt Gà Vịt Gà Vịt 
1 An Giang 1,093,480 3,269,570 1,120,780 3,125,420 1.077.560 3.351.850 
2 Bạc Liêu 1,060,000 1,477,600 1,060,000 1,477,600 964.000 1.383.100 
3 Cà Mau 757,798 479,222 730,898 380,922 785.641 427.333 
4 Đồng Tháp 571,181 4,124,127 1,025,540 3,289,770 1.097.480 3.583.470 
5 Hậu Giang 1,107,140 2,506,870 1,127,860 2,167,790 1.217.110 2.562.760 
6 Kiên Giang 2,116,880 3,111,220 1,916,800 3,362,650 2.127.780 3.164.530 
7 Sóc Trăng 3,148,598 1,471,654 3,184,821 1,471,654 3.942.000 1.988.000 
8 TP.CầnThơ 548,449 1,326,698 537,023 1,175,141 544.430 1.191.383 
9 Trà Vinh 2,702,051 1,776,130 2,787,820 1,767,880 2.707.600 1.489.900 
10 Vĩnh Long 3,990,140 2,715,590 4,194,870 2,537,830 4.826.630 2.846.200 
Tổng cộng 17,095,717 22,258,681 17,686,412 20,756,657 19.290.231 21.988.526 
Nguồn: Cục Thống kê các tỉnh, thành phố.
197 
Phụ lục 4: Kết quả giải trình tự gene HA của virus cúm gia cầm type A H5N1 
1.https://dna2.macrogen.com/eng/access_confirm_zip7.jsp?invkey=E16AF75DB
F0C15AC363B393C22BAE0CF&uI=ECTAD&oN=170815FN-
132&fn=170815FN-132.zip 
2.https://dna2.macrogen.com/eng/access_confirm_zip7.jsp?invkey=4A70EC226
4B77B14B1BB7F20EC81ABF9&uI=ECTAD&oN=170815FN-
131&fn=170815FN-131.zip 
3.https://dna2.macrogen.com/eng/access_confirm_zip7.jsp?invkey=5C9DE4A38
6BDF71C2E34CE571DF7370F&uI=ECTAD&oN=181002FR-
052&fn=181002FR-052.zip 
4.https://dna2.macrogen.com/eng/access_confirm_zip7.jsp?invkey=262139BDB
DC2EDE693FE9D5D194EA273&uI=ECTAD&oN=170815FN-
129&fn=170815FN-129.zip