Luận án Một số đặc điểm dịch tễ học của nhiễm khuẩn bệnh viện do vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 tại bệnh viện Việt Đức-Hà Nội, 2010 - 2011

 1 
ĐẶT VẤN ĐỀ 
Nhiễm khuẩn bệnh viện (Hospital-Acquired Infections - HAI) (NKBV) là 
nhiễm khuẩn mà bệnh nhân mắc phải trong thời gian nằm viện là một trong 
những nguyên nhân chính gây ra tỷ lệ mắc, tử vong cao cho các bệnh nhân tại 
các bệnh viện trên thế giới [137]. NKBV thường gây nên do các vi khuẩn kháng 
đa kháng sinh, gây rất nhiều khó khăn cho công tác điều trị, kéo dài thời gian 
mắc bệnh, nguy cơ tử vong cao [112]. Khi vi khuẩn kháng lại 1 kháng sinh phải 
thay thế bằng những kháng sinh thế hệ mới có giá thành cao hơn gây nên những 
thiệt hại lớn về kinh tế. Tại liên minh châu Âu, tỷ lệ tử vong hàng năm do bị 
nhiễm các chủng vi khuẩn kháng thuốc là 25.000 ca và tại Mỹ là hơn 63.000 ca, 
và gây thiệt hại cho nền kinh tế bao gồm chi phí điều trị và tạo ra ít sản phẩm lao 
động. Mỗi năm tại châu Âu là 1,5 tỉ Euro và Mỹ là 1,87 tỉ đô la, cao hơn rất 
nhiều chi phí cho công tác phòng chống bệnh cúm [43]. 
Từ năm 2000, sự lây lan nhanh chóng của các chủng vi khuẩn Gram âm là 
căn nguyên quan trọng gây nhiễm khuẩn bệnh viện có khả năng sinh ra các 
enzyme (extended-spectrum beta-lactamases; ESBLs) ly giải hầu hết các kháng 
sinh phổ rộng thuộc nhóm cephalosporin đã được ghi nhận trên toàn thế giới 
[103]. Carbapenem là nhóm kháng sinh mạnh nhất “thuộc nhóm lựa chọn cuối 
cùng” được sử dụng để điều trị cho các trường hợp bị nhiễm khuẩn bệnh viện 
nặng do các chủng vi khuẩn Gram âm sinh enzym ESBLs. Tuy nhiên do sử dụng 
rộng rãi loại kháng sinh này đã tạo áp lực cho vi khuẩn kháng lại carbapenem 
[89]. Enzym ly giải carbapenem mã hóa bởi gen KPC, IMP và VIM được phát 
hiện ở khắp nơi trên thế giới [89;108]. Enzym OXA-48 ly giải carbapenem tập 
trung chủ yếu ở các quốc gia vùng Địa Trung Hải, châu Âu và Ấn Độ 
[82;101;102]. Đặc biệt gần đây nhất vào năm 2008, giới khoa học đã công bố 
thông tin chấn động, gây quan ngại lớn cho toàn thế giới về việc phát hiện ra các 
chủng vi khuẩn kháng carbapenem mang gen New Delhi metallo-beta-
lactamase-1 (NDM-1) ở bệnh nhân người Thụy Điển có tiền sử chữa bệnh tại Ấn 
 2 
Độ. Các vi khuẩn mang gen NDM-1 có tính kháng kháng sinh rất mạnh, khả 
năng lây lan nhanh, dẫn đến nguy cơ làm giảm hiệu quả và vô hiệu hóa nhóm 
kháng sinh hết sức quan trọng này trong thực hành lâm sàng. Hiện tại các chủng 
vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 đã được báo cáo lây lan ra nhiều 
quốc gia trên thế giới [70;89;140]. Điều này cho thấy tính kháng kháng sinh của 
vi khuẩn diễn ra đa dạng, phức tạp, xu hướng kháng kháng sinh ngày càng gia 
tăng và nguy hiểm hơn. Đây là vấn đề y tế nghiêm trọng mang tính toàn cầu 
được tổ chức Y tế Thế giới cảnh báo, nếu không có các nghiên cứu kịp thời và 
đưa ra giải pháp nhanh chóng và hiệu quả thì sẽ không có kháng sinh để điều trị 
hiệu quả cho các vi khuẩn này trong 5 – 10 năm tới. 
Ở Việt Nam, nhiều báo cáo cho thấy tình trạng vi khuẩn kháng kháng sinh tại 
các bệnh viện đã ở mức độ cao. Trong báo cáo gần đây cho thấy tại một số bệnh 
viện ở thành phố Hồ Chí Minh, các vi khuẩn gram âm là căn nguyên thường gặp 
gây nhiễm khuẩn bệnh viện cũng đã kháng lại cephalosporin thế hệ 3 và gia tăng 
từ 25% năm 2000-2001 lên đến 42% vào năm 2009 [49]. Kháng sinh nhóm 
carbapenem được đưa vào thị trường Việt Nam vào đầu những năm 2000 và xu 
hướng sử dụng nhóm kháng sinh này ngày càng gia tăng và mở rộng đặc biệt tại 
các bệnh viện lớn. Hai căn nguyên gây nhiễm khuẩn bệnh viện thường gặp là P. 
aeruginosa và A. baumannii được đánh giá ở 6 bệnh viện năm 2008 cho thấy: 
20% các chủng P. aeruginosa và 50% các chủng A. baumannii kháng kháng sinh 
nhóm carbapenem [49]. Bệnh viện Việt Đức là bệnh viện ngoại khoa đầu ngành 
với qui mô 500 giường bệnh, mỗi năm bệnh viện thực hiện khoảng 28.000 ca 
phẫu thuật thuộc nhiều chuyên khoa sâu, luôn trong tình trạng quá tải, gây nhiều 
khó khăn cho công tác phòng chống nhiễm khuẩn. Kháng sinh chiếm một tỷ lệ 
lớn trong cơ cấu thuốc sử dụng, trong đó các kháng sinh thế hệ mới như 
cephalosporin và đặc biệt là kháng sinh nhóm carbapenem được sử dụng thường 
xuyên tại bệnh viện, chính điều này dẫn đến nguy cơ cao cho các vi khuẩn kháng 
kháng sinh nói chung trong đó có carbapenem. Tuy nhiên, cho đến nay chưa có 
 3 
nghiên cứu đầy đủ, toàn diện về tình trạng kháng kháng sinh nói chung và đặc 
biệt là các nghiên cứu về vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1. Vấn đề 
vi khuẩn kháng carbapenem là vấn đề rất mới nên hầu như chưa có những 
nghiên cứu về vấn đề này tại Việt Nam. Việc có những hiểu biết cơ bản và 
chuyên sâu về vấn đề này bao gồm : dịch tễ học, lâm sàng, các yếu tố nguy cơ, 
đặc điểm về vi sinh và sinh học phân tử của vi khuẩn kháng carbapenem mang 
gen NDM-1 là hết sức cấp thiết và vô cùng quan trọng trong giai đoạn hiện nay. 
Những số liệu khoa học này sẽ giúp cho các nhà chuyên môn, các nhà quản lý 
cũng như các nhà hoạch định chính sách y tế trong việc định hướng sử dụng 
thuốc, phối hợp thuốc và nhất là đưa ra các giải pháp khống chế sự lây lan của vi 
khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 trong bệnh viện và cộng đồng tại 
Việt Nam. Chính vì sự cần thiết và ý nghĩa thực tiễn đã nêu ở trên chúng tôi tiến 
hành đề tài nghiên cứu: “Một số đặc điểm dịch tễ học của nhiễm khuẩn bệnh 
viện do vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 tại bệnh viện Việt 
Đức-Hà Nội, 2010-2011” với 3 mục tiêu cụ thể sau. 
1. Mô tả một số đặc điểm dịch tễ học của bệnh nhân nhiễm khuẩn bệnh viện do 
vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 phân lập tại bệnh viện Việt Đức-
Hà Nội. 
2. Mô tả tình trạng ô nhiễm vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 trong 
một số mẫu môi trường bệnh viện Việt Đức. 
3. Xác định một số đặc điểm sinh học phân tử của một số chủng vi khuẩn kháng 
carbapenem mang gen NDM-1. 
 4 
CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 
1.1. Nhiễm khuẩn bệnh viện 
Nhiễm khuẩn bệnh viện: “Là nhiễm khuẩn xảy ra sau 48 giờ kể từ khi 
vào viện, các nhiễm khuẩn này không xuất hiện hay ở trong giai đoạn ủ bệnh 
lúc nhập viện”. Định nghĩa này bao gồm cả các nhiễm khuẩn của bệnh nhân 
sau khi ra viện và nhiễm khuẩn nghề nghiệp trên các nhân viên y tế trong 
bệnh viện [137]. Dựa trên định nghĩa này, các định nghĩa riêng, đơn giản và 
không cần sử dụng tất cả các kỹ thuật chẩn đoán đã được phát triển cho từng 
loại nhiễm khuẩn bệnh viện thường gặp, qua đó có thể sử dụng cho công tác 
giám sát nhiễm khuẩn ở các bệnh viện thiếu hụt các trang thiết bị chẩn đoán 
hiện đại (bảng 1.1) [48;59;80;137]. 
Bảng 1.1. Phân loại nhiễm khuẩn bệnh viện 
Loại nhiễm khuẩn Tiêu chuẩn 
Nhiễm khuẩn vết mổ Có dịch chảy ra từ vết mổ, abcess hoặc viêm 
mô lan tỏa tại vết mổ trong tháng đầu tiên sau 
khi phẫu thuật 
Nhiễm khuẩn tiết niệu Nuôi cấy dương tính (1 hoặc 2 vi khuẩn) với 
nồng độ >105vk/ml, có hoặc không có các 
triệu chứng lâm sàng 
Nhiễm khuẩn đường hô hấp Có tối thiểu 2 triệu chứng viêm nhiễm đường 
hô hấp xuất hiện trong thời gian nhập viện: 
- Ho 
- Có đờm mủ 
- Có hình ảnh viêm phổi trên phim X-
quang 
Nhiễm khuẩn khi đặt 
catheter 
Có biểu hiện viêm, nổi hạch hoặc có mủ chảy 
ra từ vị trí đặt catheter 
Nhiễm khuẩn huyết Sốt hoặc rét và kết quả cấy máu dương tính 
với ít nhất một tác nhân gây bệnh 
 5 
Hiện nay nhiễm khuẩn bệnh viện là một vấn đề nghiêm trọng tác động đến 
sức khoẻ toàn cầu. Theo báo cáo của tổ chức Y tế thế giới về nhiễm khuẩn bệnh 
viện từ năm 1995 đến 2010 cho thấy: Tỷ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện tính chung 
cho các quốc gia có thu nhập cao nằm trong khoảng từ 5% đến 12% (hình 1.1) 
và tỷ lệ chung cho tất cả các quốc gia này vào khoảng 7,6% [138]. Theo ước tính 
của trung tâm phòng chống và kiểm soát bệnh châu Âu, hàng năm có khoảng 
4.100.000 bệnh nhân bị nhiễm khuẩn bệnh viện và khoảng 37.000 trường hợp tử 
vong. Phần lớn các trường hợp là nhiễm khuẩn tiết niệu tiếp theo là nhiễm khuẩn 
đường hô hấp, nhiễm khuẩn sau khi phẫu thuật, nhiễm khuẩn huyết và một số 
nhiễm khuẩn khác (bao gồm tiêu chảy do Clostridium difficile). S. aureus kháng 
đa kháng sinh cũng chiếm khoảng 5% các trường hợp nhiễm khuẩn bệnh viện tại 
liên minh châu Âu [40]. Tại Mỹ năm 2002, tỷ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện vào 
khoảng 4,5% tương đương với khoảng 1,7 triệu bệnh nhân bị mắc nhiễm khuẩn. 
Nhiễm khuẩn đường tiết niệu chiếm tỷ lệ cao nhất (36%) tiếp theo là nhiễm 
khuẩn vết mổ (20%), nhiễm trùng huyết và viêm phổi (11%) [5;67]. 
Hình 1.1. Tỷ lệ phân bố nhiễm khuẩn bệnh viện ở các nước có thu nhập 
cao *(nguồn WHO, 2011, Report on the Burden of Endemic Health Care-
Associated Infection Worldwide) [138]. 
 Tỷ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện ở các quốc gia có thu nhập trung bình và 
 6 
thấp dao động từ 5,7% đến 19,9% và tỷ lệ tính chung là khoảng 10,1/100 
bệnh nhân (hình 1.2) [138]. Trong đó nhiễm khuẩn vết mổ chiếm tỷ lệ cao 
nhất (29,1%), nhiễm khuẩn tiết niệu (23,9%), nhiễm khuẩn huyết (19,1%), 
đường hô hấp (14,8%) và các nhiễm khuẩn khác là 13,1% [138]. 
Hình 1.2. Tỷ lệ phân bố nhiễm khuẩn bệnh viện ở các nước có thu nhập 
thấp và trung bình *(nguồn WHO, 2011, Report on the Burden of Endemic 
Health Care-Associated Infection Worldwide) [138]. 
 Có rất nhiều tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện và sự tác động của 
các tác nhân này cũng rất khác nhau giữa các nhóm bệnh nhân, các bệnh viện, 
khoa điều trị và giữa các quốc gia bao gồm: vi rút như viêm gan B, C (lây qua 
đường tiêm truyền, chạy thận nhân tạo và phẫu thuật nội soi). Vi rút rota và 
các vi rút đường ruột (lây truyền qua đường phân-miệng) [5;138]. Một số 
loại ký sinh trùng như Giardia lamblia và nhiều loại nấm Candida albicans, 
Aspergillus spp., Cryptococcus neoformans và Cryptosporidium gây nhiễm 
trùng cơ hội cho các bệnh nhân sau khi điều trị kháng sinh dài ngày và trên 
các bệnh nhân bị suy giảm miễn dịch và có thể lây truyền dễ dàng trong bệnh 
viện [137]. Hiện nay vi khuẩn là một trong những căn nguyên quan trọng 
hàng đầu gây nhiễm khuẩn bệnh viện bao gồm như C. perfringen là nguyên 
nhân gây bệnh hoại thư sinh hơi trong bệnh viện [137]. Vi khuẩn Gram dương 
 7 
điển hình là S. aureus (sống ký sinh trên da và mũi) là nguyên nhân gây nhiều 
loại nhiễm khuẩn trong bệnh viện như viêm phổi, xương, tim và nhiễm khuẩn 
huyết [137]. Đặc biệt trong 10 năm vừa qua các vi khuẩn Gram âm như 
Escherichia coli (E. coli), Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae), 
Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) và Acinetobacter baumanii (A. 
baumannii) là nguyên nhân quan trọng gây nhiễm khuẩn nặng trong các bệnh 
viện như nhiễm khuẩn vết mổ, viêm phổi, nhiễm khuẩn huyết, đặc biệt khi 
các vi khuẩn này đã kháng lại các nhóm kháng sinh thế thệ mới đắt tiền được 
sử dụng để điều trị nhiễm khuẩn bệnh viện như cephalosporin và carbapenem 
là kháng sinh mạnh nhất hiện nay gia tăng một cách nhanh chóng trên toàn 
thế giới. Điều này đe doạ thực sự đến hiệu quả điều trị cho bệnh nhân tại các 
bệnh viện trên toàn thế giới [8;42;70;103;140]. 
1.2. Kháng sinh và sự đề kháng kháng sinh của vi khuẩn 
Việc phát minh ra kháng sinh ở thế kỷ 20 đã đóng một vai trò quan trọng 
trong việc khống chế các bệnh nhiễm trùng. Cùng với việc cải thiện điều kiện vệ 
sinh, nhà ở, dinh dưỡng và chương trình tiêm chủng mở rộng đã góp phần quan 
trọng làm giảm tỷ lệ tử vong của các bệnh nhiễm trùng và tuổi thọ của con người 
đã được nâng cao. Cho đến nay nhiều thế hệ kháng sinh khác nhau đã được 
nghiên cứu và chế tạo thành công đáp ứng kịp thời cho công tác điều trị. Tuy 
nhiên hiện nay do sự gia tăng tỷ lệ các vi khuẩn kháng kháng sinh trong bệnh 
viện và cộng đồng là một vấn đề quan trọng hàng đầu trên thế giới cần được 
nghiên cứu và tìm ra các giải pháp phòng chống một cách hiệu quả. 
1.2.1. Lịch sử phát triển kháng sinh 
Năm 1929 Alexander Fleming là người đầu tiên nghiên cứu và phát 
minh ra loại thuốc kháng sinh đầu tiên có tên là Penicillin, trong nghiên cứu 
tác giả quan sát thấy ở trên các đĩa thạch bị nhiễm nấm penicillin (mold 
 8 
penicillin notatum) có khả năng ức chế sự phát triển của tụ cầu, ở trên các đĩa 
thạch này xuất hiện một vòng vô khuẩn xung quanh khóm nấm do tụ cầu 
không có khả năng mọc xung quanh khóm nấm. Sau đó tác giả tiến hành 
nhiều thử nghiệm và thấy rằng các huyền dịch nuôi cấy nấm này có khả năng 
ức chế sự phát triển của tụ cầu ngay cả khi pha loãng huyền dịch nấm nuôi 
cấy tới 800 lần, hoạt chất này được đặt tên là penicillin [115]. Tuy nhiên phải 
đến năm 1939, Ernst Chain và Howard Florey mới tách chiết thành công hoạt 
chất penicillin và được sử dụng để điều trị các bệnh nhiễm khuẩn trong chiến 
tranh thế giới lần thứ II. Năm 1946, penicillin bắt đầu được sử dụng trong lâm 
sàng và có đóng góp to lớn cho y học. Những phát minh này đã tạo ra một 
cuộc cách mạng khoa học trong nền y học hiện đại và làm tiền đề nghiên cứu 
và phát triển nhiều hợp chất kháng sinh có nguồn gốc từ thiên nhiên [29;115]. 
Bác sỹ người Đức Gerhard Domagk đã công bố phát minh tổng hợp được 
hoạt chất kháng sinh mới prontosil. Đây là thế hệ đầu tiên của các kháng sinh 
thuộc dòng sulfonamides được sử dụng trong lâm sàng để điều trị các bệnh 
nhiễm trùng đường tiết niệu hô hấp và một số bệnh nhiễm trùng khác. Với phát 
minh này Gerhard Domagk được nhận giải thưởng Nobel năm 1939 [115]. 
Thập kỷ 50 đến 70 của thế kỷ 20 được coi là thời kỳ hoàng kim của kháng 
sinh, nhiều loại kháng sinh mới đã được giới thiệu bao gồm: streptomycin, 
chloramphenicol và tetracycline được sử dụng điều trị các bệnh nhiễm trùng do 
vi khuẩn. Các loại thuốc khác như para aminosalisylic acid và isoniazid cũng 
được nghiên cứu, sản xuất thành công và sử dụng rộng rãi để điều trị bệnh lao 
[31;115]. Cho đến nay với sự phát triển của khoa học kỹ thuật, nhiều nhóm và 
các thế hệ kháng sinh khác nhau như cephalosporins, fluoroquinolones, 
macrolides và carbapenem đã được nghiên cứu và sản xuất thành công, góp phần 
to lớn cho công tác phòng và điều trị các bệnh nhiễm trùng. 
 9 
1.2.2. Sự đề kháng kháng sinh của vi khuẩn 
1.2.2.1. Sự phát triển đặc tính kháng kháng sinh của vi khuẩn 
Trong tự nhiên phần lớn các vi khuẩn đều sở hữu riêng các gen kháng 
kháng sinh. Điều này được quan sát thấy trên một số chủng Staphylococcus 
đã đề kháng với penicillin ngay sau khi được đưa vào sử dụng năm 1946. 
Dưới áp lực chọn lọc tự nhiên và sự đấu tranh sinh tồn đã giúp các loài vi 
khuẩn có khả năng chống lại tác dụng của kháng sinh, do vậy sự đề kháng 
kháng sinh của vi khuẩn thường xuất hiện rất nhanh ngay sau khi kháng sinh 
được đưa vào sử dụng, ví dụ streptomycin được đưa vào sử dụng năm 1943 
đến năm 1959 vi khuẩn đã lại kháng kháng sinh này (bảng 1.2). Tương tự các 
chủng Shigella dysenteriae phân lập tại vụ dịch lỵ ở Nhật Bản năm 1953 đã 
kháng đa kháng sinh bao gồm: chloramphenicol, tetracyclin, streptomycin và 
sulfonamide. Hiện nay hầu hết các vi khuẩn gây bệnh đã kháng lại một hoặc 
nhiều loại kháng sinh [127]. 
Bảng 1.2. Sự phát triển đề kháng kháng sinh của vi khuẩn [127] 
Kháng sinh Năm sử dụng 
Năm phát hiện 
đề kháng kháng sinh 
Sulfonamid 1930 1940 
Pen ... 
1.7.1.3. Kỹ thuật E-test ............................................................................. 24 
1.7.2. Kỹ thuật phát hiện vi khuẩn sinh carbapenemase ............................ 24 
1.8. Các kỹ thuật sinh học phân tử nghiên cứu vi khuẩn kháng kháng sinh ..... 27 
1.8.1. Phân tích các plasmid ...................................................................... 27 
1.8.1.1. Tách chiết plasmid ....................................................................... 28 
1.8.1.2. Phân loại plasmid ......................................................................... 28 
1.8.1.3. Kỹ thuật Southern blotting phát hiện plasmid mang gen kháng 
kháng sinh ................................................................................................ 29 
1.8.1.4. Nghiên cứu khả năng truyền plasmid kháng kháng sinh ............... 29 
1.8.2. Kỹ thuật PCR phát hiện gen kháng kháng sinh................................ 30 
1.8.3. Kỹ thuật RAPD-PCR ...................................................................... 30 
1.8.4. Kỹ thuật điện di xung trường .......................................................... 31 
1.8.5. Kỹ thuật Southern blot phân tích hệ gen vi khuẩn ........................... 31 
1.8.5.1. Kỹ thuật Ribotyping ..................................................................... 31 
1.8.5.2. Kỹ thuật phân tích đa hình chiều dài giới hạn ............................... 32 
1.8.6. Kỹ thuật Multi Locus Sequence Typing ......................................... 32 
1.8.7. Kỹ thuật giải trình tự gen ................................................................ 32 
1.9. Vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1................................. 33 
1.9.1. Tình hình nghiên cứu ngoài nước .................................................... 33 
1.9.1.1. Đặc điểm dịch tễ ca bệnh nhiễm vi khuẩn kháng carbapenem 
mang gen NDM-1 ..................................................................................... 36 
 196
1.9.1.2. Đặc điểm lâm sàng ca bệnh nhiễm vi khuẩn mang gen NDM-1 ... 39 
1.9.1.3. Đặc tính sinh học phân tử vi khuẩn kháng carbapenem mang gen 
NDM-1 ..................................................................................................... 39 
1.9.2. Vi khuẩn mang gen NDM-1 tại Việt Nam ..................................... 43 
1.9.3. Các vấn đề tồn tại cần tập trung nghiên cứu tại Việt Nam .............. 43 
CHƯƠNG 2: PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ................................... 46 
2.1. Địa điểm nghiên cứu: ......................................................................... 46 
2.2. Thiết kế nghiên cứu: Dịch tễ học mô tả và phân tích .......................... 46 
2.3. Thời gian nghiên cứu ......................................................................... 46 
2.4. Đối tượng nghiên cứu ........................................................................ 47 
2.4.1 Đối tượng nghiên cứu mục tiêu 1. .................................................... 47 
2.4.2. Đối tượng nghiên cứu mục tiêu 2 .................................................... 47 
2.4.3. Đối tượng nghiên cứu mục tiêu 3 .................................................... 48 
2.5. Cỡ mẫu Nghiên cứu ........................................................................... 48 
2.5.1. Cỡ mẫu mục tiêu 1: ......................................................................... 48 
2.5.2. Cỡ mẫu mục tiêu 2: ......................................................................... 49 
2.5.3. Cỡ mẫu mục tiêu 3: ......................................................................... 49 
2.6. Lấy mẫu bệnh phẩm và kỹ thuật xét nghiệm ...................................... 49 
2.6.1. Lấy mẫu bệnh phẩm ........................................................................ 49 
2.6.1.1. Bệnh phẩm mục tiêu 1 .................................................................. 49 
2.6.1.2. Bệnh phẩm mục tiêu 2 .................................................................. 49 
2.6.1.3. Mẫu cho mục tiêu 3: ..................................................................... 50 
2.6.2. Kỹ thuật xét nghiệm: ....................................................................... 50 
2.6.2.1. Xác định bệnh nhân nhiễm vi khuẩn kháng carbapenem mang 
gen NDM-1............................................................................................... 50 
2.6.2.1.1. Nuôi cấy phân lập vi khuẩn ..................................................... 50 
2.6.2.1.2. Kỹ thuật khoanh giấy kháng sinh khuếch tán ............................ 50 
 197
2.6.2.1.3. Kỹ thuật ức chế nồng độ kháng sinh tối thiểu ............................ 51 
2.6.2.1.4. PCR phát hiện gen NDM-1 ....................................................... 51 
2.6.2.1.5. Giải trình tự xác định gen NDM-1 .......................................... 52 
2.6.2.2. Xác định vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 tại 
môi trường ................................................................................................ 53 
2.6.2.3. Phân tích đặc điểm sinh học và phân tử các chủng vi khuẩn 
kháng carbapenem mang gen NDM-1 ....................................................... 53 
2.6.2.3.1. Thử nghiệm khả năng sinh enzym New Delhi metallo-beta-
lactamase 1 ............................................................................................... 53 
2.6.2.3.2. Phân tích mối liên hệ kiểu gen bằng kỹ thuật PFGE .................. 54 
2.6.2.3.3. Phân tích số lượng plasmid và phát hiện plasmid mang gen 
NDM-1 ..................................................................................................... 54 
2.6.2.3.3.1. Phân tích số lượng plasmid của các vi khuẩn kháng 
carbapenem mang gen NDM-1 ................................................................. 54 
2.6.2.3.3.2. Phát hiện plasmid mang gen NDM-1 bằng kỹ thuật Southern-
Blotting ..................................................................................................... 55 
2.6.2.3.3.3. Thử nghiệm khả năng truyền plasmid mang gen NDM-1 ....... 55 
2.6.2.3.4.4. Phân tích plasmid mang gen NDM-1 ...................................... 55 
2.7. Vật liệu nghiên cứu ............................................................................ 55 
2.8. Chỉ tiêu nghiên cứu ............................................................................ 55 
2.8.1. Chỉ tiêu nghiên cứu cho mục tiêu 1 ................................................. 55 
2.8.2. Chỉ tiêu nghiên cứu cho mục tiêu 2 ................................................. 56 
2.8.3. Chỉ tiêu nghiên cứu cho mục tiêu 3. ................................................ 57 
2.9. Phương pháp thu thập thông tin ......................................................... 57 
2.10. Xử lý và phân tích số liệu: ............................................................... 58 
2.11. Kiểm soát sai số có thể xảy ra trong quá trình nghiên cứu ................ 58 
2.12. Đạo đức nghiên cứu ......................................................................... 60 
 198
2.13. Sơ đồ nghiên cứu ............................................................................. 61 
Sơ đồ 1. Tóm tắt các bước nghiên cứu và đơn vị thực hiện mục tiêu 1 ...... 61 
Sơ đồ 2. Tóm tắt các bước nghiên cứu và đơn vị thực hiện mục tiêu 2 ...... 62 
Sơ đồ 3. Tóm tắt các bước nghiên cứu và đơn vị thực hiện mục tiêu 3 ...... 63 
CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU .............................................. 64 
3.1. Một số đặc điểm dịch tễ học của bệnh nhân nhiễm khuẩn bệnh viện 
do vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 phân lập tại bệnh viện 
Việt Đức-Hà Nội. ..................................................................................... 64 
3.1.1. Một số đặc điểm chung của bệnh nhân nhiễm vi khuẩn kháng 
carbapenem trong nghiên cứu ................................................................... 64 
3.1.2. Một số đặc điểm dịch tễ học của 35 bệnh nhân nhiễm khuẩn bệnh 
viện do vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 tại bệnh viện Việt 
Đức - Hà Nội. ........................................................................................... 67 
3.1.2.1. Một số đặc điểm của 35 bệnh nhân nhiễm vi khuẩn kháng 
carbapenem mang gen NDM-1 ................................................................. 67 
3.1.2.2. Một số yếu tố nguy cơ nhiễm vi khuẩn kháng carbapenem mang 
gen NDM-1............................................................................................... 73 
3.2. Tình trạng ô nhiễm vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 
trong môi trường bệnh viện Việt Đức. ...................................................... 76 
3.3. Một số đặc điểm sinh học phân tử của các chủng vi khuẩn kháng 
carbapenem mang gen NDM-1 ................................................................. 80 
3.3.1. Một số đặc điểm chung của các chủng vi khuẩn kháng carbapenem 
mang gen NDM-1 ..................................................................................... 80 
3.3.1.1. Tỷ lệ phân bố các chủng vi khuẩn gram âm kháng carbapenem ... 80 
3.3.1.2. Kết quả phát hiện gen NDM-1 kháng carbapenem bằng kỹ thuật 
sinh học phân tử ........................................................................................ 81 
 199
3.3.1.3. Tỷ lệ phân bố các chủng vi khuẩn gram âm kháng carbapenem 
mang gen NDM-1 ..................................................................................... 83 
3.3.1.4. Mức độ nhạy cảm kháng sinh của vi khuẩn kháng carbapenem 
mang gen NDM-1 ..................................................................................... 85 
3.3.1.5. Khả năng sinh enzym metallo-beta-lactamase 1 của vi khuẩn 
kháng carbapenem mang gen NDM-1 ....................................................... 87 
3.3.2. Một số đặc điểm sinh học phân tử của các chủng vi khuẩn kháng 
carbapenem mang gen NDM-1 ................................................................. 89 
3.3.2.1. Kiểu gen PFGE của vi khuẩn kháng carbapenem mang gen 
NDM-1 ..................................................................................................... 89 
3.3.2.2. Số lượng plasmid của các chủng vi khuẩn mang gen NDM-1 ...... 93 
3.3.2.3. Phát hiện plasmid mang gen NDM-1 ........................................... 94 
3.3.2.4. Thử nghiệm khả năng truyền plasmid mang gen NDM-1 ............. 95 
3.3.2.5. Phân tích plasmid mang gen NDM-1 ........................................... 97 
CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN .................................................................. 101 
4.1. Đặc điểm dịch tễ học của bệnh nhân bị nhiễm khuẩn do vi 
khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 ...................................... 101 
4.1.1. Một số đặc điểm của bệnh nhân bị nhiễm vi khuẩn kháng 
carbapenem mang gen NDM-1 ............................................................ 101 
4.1.2. Một số yếu tố nguy cơ liên quan đến nhiễm khuẩn do vi khuẩn 
kháng carbapenem mang gen NDM-1 ................................................. 104 
4.2. Tình trạng ô nhiễm vi khuẩn kháng carbapenem mang gen 
NDM-1 trong môi trường bệnh viện Việt Đức. .................................. 106 
4. 3. Một số đặc điểm sinh học phân tử của các chủng vi khuẩn 
kháng carbapenem mang gen NDM-1 ................................................. 108 
4.3.1. Một số đặc điểm vi khuẩn kháng carbapenem mang gen 
NDM-1 ................................................................................................... 108 
 200
4.3.1.1. Tỷ lệ phát hiện vi khuẩn kháng carbapenem mang gen 
NDM-1 ................................................................................................... 108 
4.3.1.2. Mức độ nhạy cảm kháng sinh của vi khuẩn kháng 
carbapenem mang gen NDM-1 ............................................................ 110 
4.3.1.3. Khả năng sinh enzym metallo-beta-lactamase 1 của vi 
khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 ...................................... 112 
4.3.2. Kiểu gen PFGE của các vi khuẩn mang gen NDM-1 ............... 113 
4.3.3. Phân tích plasmid của các chủng vi khuẩn kháng carbapenem 
mang gen NDM-1 ................................................................................. 115 
4.3.3.1. Số lượng plasmid của vi khuẩn kháng carbapenem mang 
gen NDM-1............................................................................................ 115 
4.3.3.2. Phát hiện plasmid mang gen NDM-1 ..................................... 115 
4.3.3.3. Khả năng truyền plasmid mang gen NDM-1 của vi khuẩn ... 116 
4.3.3.4. Phân tích plasmid mang gen NDM-1 ..................................... 117 
4.4. Bàn luận hướng về nghiên cứu tiếp theo...................................... 118 
KẾT LUẬN ........................................................................................... 121 
1. Đặc điểm dịch tễ học của bệnh nhân nhiễm khuẩn bệnh viện do vi 
khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 tại bệnh viện Việt Đức ...... 121 
2. Tình trạng ô nhiễm vi khuẩn kháng carbapenem mang gen NDM-1 
trong môi trường bệnh viện Việt Đức ..................................................... 121 
3. Một số đặc điểm sinh học phân tử của các chủng vi khuẩn kháng 
carbapenem mang gen NDM-1 ............................................................... 122 
3.1. Một số đặc điểm chung của vi khuẩn kháng carbapenem mang gen 
NDM-1 ................................................................................................... 122 
3.2. Một số đặc điểm sinh học phân tử của các chủng vi khuẩn kháng 
carbapenem mang gen NDM-1 ............................................................... 122 
 201
KIẾN NGHỊ ........................................................................................... 123 
NHỮNG ĐÓNG GÓP MỚI CỦA LUẬN ÁN ........................................ 124 
DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH CÔNG BỐ KẾT QUẢ NGHIÊN 
CỨU LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN ...................................................... 125 
TÀI LIỆU THAM KHẢO ...................................................................... 126 
PHỤ LỤC 1: DANH SÁCH BỆNH NHÂN TRONG NGHIÊN CỨU .... 145 
PHỤ LỤC 2. CÁC QUI TRÌNH KỸ THUẬT XÉT NGHIỆM................ 152 
1. PCR phát hiện gen NDM-1 ................................................................. 152 
3. Phân tích mối liên hệ kiểu gen bằng kỹ thuật PFGE ............................ 154 
4. Phát hiện plasmid mang gen NDM-1 bằng kỹ thuật Southern-Blotting156 
5. Thử nghiệm khả năng truyền plasmid mang gen NDM-1. ................... 158 
PHỤ LỤC 3: Kết quả hình ảnh giải trình tự gen NDM-1 của các chủng vi 
khuẩn phân lập được tại bệnh viện Việt Đức........................................... 160 
PHỤ LỤC 4: PHIẾU CUNG CẤP THÔNG TIN NGHIÊN CỨU .......... 179 
BẢN THỎA THUẬN THAM GIA NGHIÊN CỨU ............................... 183 
PHỤ LỤC 5: Phiếu điều tra .................................................................... 184 
PHỤ LỤC 6: Trang thiết bị, sinh phẩm và dụng cụ tiêu hao ................... 188