Luận án Nghiên cứu đa dạng di truyền và xác định chỉ thị nhận dạng một số nguồn gen hoa lan Hoàng thảo (dendrobium) bản địa của Việt Nam

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT 
VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM 
TRẦN DUY DƢƠNG 
NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN 
VÀ XÁC ĐỊNH CHỈ THỊ NHẬN DẠNG MỘT SỐ 
NGUỒN GEN HOA LAN HOÀNG THẢO 
(DENDROBIUM) BẢN ĐỊA CỦA VIỆT NAM 
 LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP 
HÀ NỘI - 2015 
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT 
VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM 
TRẦN DUY DƢƠNG 
NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN 
VÀ XÁC ĐỊNH CHỈ THỊ NHẬN DẠNG MỘT SỐ 
NGUỒN GEN HOA LAN HOÀNG THẢO 
(DENDROBIUM)BẢN ĐỊA CỦA VIỆT NAM 
Chuyên ngành : Di truyền và Chọn giống cây trồng 
 Mã số : 62.62.01.11 
 LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP 
NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC: 
1. PGS.TS. Lã Tuấn Nghĩa 
2. TS. Nguyễn Thị Thanh Thuỷ 
HÀ NỘI - 2015 
i 
LỜI CAM ĐOAN 
Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu do chính tôi thực hiện. 
Các số liệu, kết quả trong luận án là trung thực và chưa được ai công bố 
trong bất kỳ công trình nào khác. 
Tác giả 
Trần Duy Dương 
ii 
LỜI CẢM ƠN 
 Trước hết, tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành nhất tới Ban Giám đốc 
Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, các thầy cô giáo và Khoa sau đại học 
đã tạo điều kiện giúp đỡ tôi trong suốt quá trình học tập. 
 Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành và sâu sắc tới Phó Giáo sư, Tiến 
sĩ Lã Tuấn Nghĩa và Tiến sĩ Nguyễn Thị Thanh Thủy, những người thầy tâm 
huyết đã tận tình hướng dẫn, động viên khích lệ, dành nhiều thời gian trao đổi 
và định hướng cho tôi trong quá trình thực hiện luận án. 
 Tôi xin bày tỏ lời cảm ơn chân thành tới Tiến sĩ Khuất Hữu Trung, 
Tiến sĩ Trần Hoàng Dũng, Kỹ sư Nguyễn Trường Khoa, các bạn bè đồng 
nghiệp Bộ môn Kĩ thuật Di truyền, Viện Di truyền Nông Nghiệp đã tạo điều 
kiện và giúp đỡ tôi tiến hành nghiên cứu cũng như chia sẻ những kinh nghiệm 
để hoàn thành bản luận án. 
Cuối cùng, tôi xin gửi tấm lòng ân tình tới gia đình của tôi là nguồn 
động viên và truyền nhiệt huyết để tôi hoàn thành luận án. 
Xin chân thành cảm ơn! 
Hà Nội, ngày..tháng..năm 2015 
Nghiên cứu sinh 
Trần Duy Dƣơng 
iii 
DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CHỮ VIẾT TẮT 
ABI Applied Biosystems Incorporated 
AFLP Amplified Fragment Length Polymorphism 
atpβ gene ATP synthase beta-subunit gene 
BLAST Basic Local Alignment Search Tool 
bp Base pair 
C Cymbidium 
cpDNA Chloroplast DNA 
CTAB Cetyltrimethyl ammoium bromide 
D Dendrobium 
DNA Deoxyribonucleic acid 
DNAse Deoxyribonuclease 
dNTP Deoxyribounucleotide triphosphate 
ddNTP Dideoxyribonucleotide triphosphate 
EDTA Ethylenediamine tetraacetate 
EtBr Ethidium bromide 
HT Hoàng Thảo 
ISSRs Inter-simple sequence repeats 
EDTA Ethylenediamine tetraacetate 
ITS Internal transcribed spacer 
IUPAC International Union of Pure and Applied Chemistry 
ML Maximum Likehood 
matK Maturase K 
ln likelihood 
mtDNA Mitochondrial DNA 
iv 
NCBI National Center for Biotechnology Information 
ndhF NADH dehydrogenase subunit F 
nDNA Nuclear DNA 
ORF Open Reading Frame 
PCR Polymerase Chain Reaction 
QTLs Quantitative trait locus 
RAPD Random Amplified Polymorphic DNA 
rbcL Ribulose-bisphosphate carboxylase 
rDNA Ribosomal DNA 
rDNA Ribosomal DNA 
RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism 
RNA Ribonucleic acid 
RNAse Ribounuclease 
SCARs Sequence - Characterized Amplified Region 
sect Section 
SSR Simple Sequence Repeates 
Taq Thermus aquaticus 
TBE Tris/Borate/EDTA 
Tm Melting Temperature 
U Unit 
UV Ultraviolet 
V Voltex 
ΣDNA DNA tổng số 
v 
DANH MỤC BẢNG BIỂU 
TT 
bảng 
Tên bảng Số trang 
2.1 Tên và trình tự các mồi RAPD trong nghiên cứu...... 42 
2.2 Thành phần và thể tích các chất trong phản ứng PCR 42 
2.3 Chu trình của phản ứng PCR.. 43 
2.4 Mồi được sử dụng trong phản ứng khuếch đại vùng 
ITS.................................................................................. 
44 
2.5 Cách thành phần có trong phản ứng khuếch đại vùng 
ITS.. 
44 
2.6 Chu kì nhiệt khuếch đại vùng ITS.. 45 
3.1 
Nam được sử dụng trong nghiên cứu... 
50 
3.2 
. 
53 
3.3 
... 
61 
3.4 Đặc điểm hình thái hoa của 32 mẫu giống hoa lan 
Hoàng Thảo trong nghiên cứu 
70 
3.5 Thống kê số băng ADN được nhân lên ở các mẫu giố
ứuvới 20 mồi RAPD........ 
94 
3.6 Tổng hợp kết quả phân tích số liệu với 20 mồi RAPD.... 99 
3.7 Độ dài trình tự ITS của 32 mẫu giống hoa hoa lan Hoàng 
Thảo.................................................................................... 
111 
3.8 Độ dài trình tự của vùng ITS mẫu giống D1 và hai mẫu 
giống D. fimbriatum của thế giới...................................... 
113 
3.9 Độ dài trình tự vùng ITS của mẫu giống D2 và D18 và 
hai mẫu giống D. findlayanum của thế giới ................. 
115 
3.10 Độ dài trình tự vùng ITS của mẫu giống D4 và hai mẫu 
giống D. anosmumcủa thế giới......................................... 
116 
3.11 Độ dài trình tự vùng ITS của mẫu giống D10 và hai mẫu 
giống D. hancockiicủa thế giới........................................ 
117 
vi 
3.12 Độ dài trình tự vùng ITS của mẫu giống D7, D8 và hai 
mẫu giống D. chysanthumcủa thế giới............................. 
119 
3.13 Độ dài trình tự vùng ITS của mẫu giống D9, D29 và hai 
mẫu giống D. primulinum của thế giới........................... 
120 
3.14 Các mẫu giống hoa lan Hoàng Thảo được nhận dạng 
dựa trình tự vùng ITS..... 
133 
vii 
DANH MỤC CÁC HÌNH 
TT 
hình 
Tên hình Số 
trang 
2.1 Cấu trúc phân bố vùng mồi ITS1 và ITS4.. 44 
3.1 Các mẫu giống Hoa lan Hoàng Thảo được trồng và chăm 
sóc tại nhà vườn, 422 đường Phạm Văn Đồng, Từ Liêm, 
Hà Nội....................... 
52 
3.2 Hình dạng thân của các mẫu giống hoa lan Hoàng Thảo.. 59 
3.3 Hình dạng lá của các mẫu giống hoa lan Hoàng Thảo...... 67 
3.4 Một số kiểu hoa của các mẫu giống hoa lan Hoàng Thảo............ 68 
3.5 Hình dạng cánh môi các mẫu giống hoa lan Hoàng Thảo 69 
3.6 Sơ đồ hình cây về mối quan hệ di truyền của 32 mẫu 
giống hoa lan Hoàng Thảo dựa trên chỉ thị hình thái........ 
87 
3.7 Ảnh điện di ADN tổng số của 32 mẫu giống hoa lan 
Hoàng Thảo......... 
92 
3.8 -
 7................................................. 
95 
3.9 -
20................................................... 
96 
3.10 Ảnh điện di sản phẩm PCR-RAPD của 32 mẫu giống hoa lan 
Hoàng Thảo với mồi OPN16.................................................. 
97 
3.11 Ảnh điện di sản phẩm PCR-RAPD của 32 mẫu giống hoa lan 
Hoàng Thảo với mồi OPN11............................... 
97 
3.12 Ảnh điện di sản phẩm PCR-RAPD của 32 mẫu giống hoa 
lan Hoàng Thảo với mồi OPN9.... 
98 
3.13 Sơ đồ hình cây về mối quan hệ di truyền
 dựa trên chỉ thị phân tử 
RAPD....................................................................................... 
102 
3.14 Các mẫu giống lan Hoàng Thảo D4 (Phi Điệp tím), D5 
(Trầm tím), D6 (Trầm trắng)................................................... 
104 
3.15 Hoa của các mẫu giống hoa lan Hoàng Thảo Kiều tím 
viii 
(D12), Kiều vàng (D13)và Kiều trắng (D14).................... 105 
3.16 Hai mẫu giống hoa hoa lan Hoàng Thảo D24 (HT Vảy rồng lá 
nhỏ), D25 (HT Vảy rồng lá trung)................................. 
106 
3.17 Ảnh điện di đoạn ITS của quả 32 mẫu giống hoa hoa lan 
Hoàng Thảo được khuếch đại bằng PCR với cặp mồi ITS1 và 
ITS4.................................................................................... 
110 
3.18 Kết quả phân tích sắp cột thẳng hàng (alignments) trình tự 
vùng ITS của mẫu giống D1 và hai mẫu giống D. 
fimbriatum |JN388588.1| và |HQ114229.1|........................ 
114 
3.19 Kết quả phân tích sắp cột thẳng hàng (alignments) trình tự 
vùng ITS của mẫu giống D2, D18 và hai mẫu giống D. 
findlayanum |KF143462.1|,|HQ114257.1|.......................... 
115 
3.20 Kết quả phân tích sắp cột thẳng hàng (alignments) trình tự 
vùng ITS của mẫu giống D4 với hai mẫu giống D. 
anosmum |EU477499.1......................................................... 
117 
3.21 Kết quả phân tích sắp cột thẳng hàng (alignments) trình tự 
vùng ITS của mẫu giống D10 với hai mẫu giống D. hancockii 
|AB593575.1| và |HQ114259.1|............................ 
118 
3.22 Kết quả phân tích sắp cột thẳng hàng (alignments) trình tự 
vùng ITS của mẫu giống D7, D8 với hai mẫu giống 
D.chysanthum |JN388584.1|, |FJ384738.1|............................ 
120 
3.23 Kết quả phân tích sắp cột thẳng hàng (alignments) trình tự 
vùng ITS của mẫu giống D9, D29 với hai mẫu giống D. 
primulinum |AB593521.1|,|AB593641.1|............................ 
121 
3.24 So sánh trình tự của mẫu giống D25 (HT Vảy rồng lá trung) 
trên ngân hàng gen Blast.......................................................... 
123 
3.25 Sơ đồ cây phát sinh loài dựa trên trình tự vùng ITS............. 125 
ix 
MỤC LỤC 
Lời cam đoan ........................................................................................................ ..i 
Lời cảm ơn ............................................................................................................ .ii 
Danh mục các ký hiệu, các chữ viết tắt ............................................................... iii 
Danh mục bảng biểu ............................................................................................. ..v 
Danh mục các hình ............................................................................................... .vi 
MỞ ĐẦU ................................................................................................................ 1 
CHƢƠNG I. TỔNG QUAN TÀI LIỆU........................................................5 
1.1. Sơ lược về chi lan Hoàng Thảo ................................................................ 5 
1.1.1. Hệ thống phân loại .............................................................................. 5 
1.1.2. Đặc điểm hình thái .............................................................................. 6 
1.1.3. Phân bố vùng sinh thái ........................................................................ 9 
1.2. Giá trị sử dụng của hoa lan Hoàng Thảo ............................................... 11 
1.3. Tổng quan phương pháp nghiên cứu, đánh giá đa dạng di truyền và 
xác định chỉ thị nhận dạng ở thực vật ............................................................. 12 
1.3.1. Khái niệm về đa dạng di truyền ........................................................ 12 
1.3.2. Ý nghĩa của việc nghiên cứu đa dạng di truyền ............................... 13 
1.3.3. Các phương pháp đánh giá đa dạng di truyền và xác định chỉ 
thị nhận dạng ở thực vật .............................................................................. 13 
1.4. Tình hình nghiên cứu hoa lan trên thế giới và ở Việt Nam ................... 23 
1.4.1. Nghiên cứu đánh giá đa dạng di truyền và xác định chỉ thị 
nhận dạng hoa lan trên thế giới ................................................................... 23 
1.4.2. Tình hình nghiên cứu hoa lan ở Việt Nam ....................................... 34 
CHƢƠNG II. VẬT LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 39 
2.1. Vật liệu nghiên cứu ................................................................................ 39 
2.2. Nội dung nghiên cứu .............................................................................. 39 
x 
2.2.1. Nội dung 1: Đánh giá đa dạng di truyền nguồn gen hoa lan 
Hoàng Thảo bản địa Việt Nam ................................................................... 39 
2.2.2. Nội dung 2: Giải trình tự vùng ITS của gen ribosom nhân để 
nhận dạng chính xác một số nguồn gen hoa lan Hoàng Thảo bản địa 
trong tập đoàn nghiên cứu. .......................................................................... 39 
2.3. Phương pháp nghiên cứu ........................................................................ 39 
2. 3.1. Phương đánh giá đa dạng di truyền ở mức hình thái ...................... 39 
2.3.2. Phương pháp đánh giá đa dạng di truyền mở mức phân tử bằng 
chỉ thị RAPD ............................................................................................... 40 
2.3.3. Giải trình tự vùng ITS của gen ribosom nhân .................................. 44 
2.4. Phần mềm xử lý số liệu ......................................................................... 47 
2. 5. Địa điểm và thời gian nghiên cứu ......................................................... 48 
CHƢƠNG III. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN.................49 
 ........ 49 
3.1.1. Kết quả đánh giá đa dạng si truyền bằng chỉ thị hình thái ............... 52 
3.1.2 Kết quả đánh giá đa dạng di truyền ở mức phân tử .......................... 91 
3.1.3. Kết hợp chỉ thị hình thái và chỉ thị RAPD trong phân tích đa 
dạng di truyền các giống hoa lan Hoàng Thảo ......................................... 107 
3.2. Kết quả nhận dạng các mẫu giống hoa lan Hoàng thảo dựa vào 
trình tự vùng ITS ........................................................................................... 109 
3.2.1. Kết quả khuếch đại vùng ITS bằng PCR ....................................... 109 
3.2.2. Kết quả phân tích trình tự các mẫu giống hoa lan Hoàng thảo 
dựa trên trình tự ITS .................................................................................. 110 
KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ ......................................................................... 136 
TÀI LIỆU THAM KHẢO .......................................................................... 138 
1 
MỞ ĐẦU 
1. Tính cấp thiết của đề tài 
Họ lan, hay họ phong lan, (Orchidaceae) là họ thực vật có hoa, thuộc 
bộ lan (Orchidaceae), lớp thực vật một lá mầm (Monocotydonea). Đây là một 
trong những họ lớn nhất của thực vật bao gồm 800 chi khác nhau, chúng được 
phân bố ở trên toàn thế giới, ngoại trừ châu Nam Cực (Trần Hợp, 1989; 
Huang và Chen, 2010). 
Chi lan Hoàng Thảo (Dendrobium) có số lượng lớn, đa dạng về hình 
dáng, màu sắc và kích thước với hơn 1148 loài khác nhau, đứng thứ 2 trong 
họ hoa lan, sau chi lan Lọng (Bulbophyllum) (Leitch và cs., 2009). Vùng 
Đông Nam Á có thể coi là quê hương của chi lan Hoàng Thảo với hàng trăm 
loài, riêng ở Việt Nam đã có hơn 100 loài (Trần Hợp, 1998; Nguyễn Xuân 
Linh, 2002; Averyanov, 2004; Dương Đức Huyến, 2007), chúng được phân 
bố rộng rãi trên khắp các vùng miền trong cả nước. 
Với một số lượng lớn các loài của chi lan Hoàng Thảo có giá trị như 
vậy, cho đến nay vẫn chưa có công trình nào trong nước nghiên cứu đánh giá, 
tư liệu hoá ở mức độ phân tử về đa dạng di truyền tập đoàn hoa lan Hoàng 
Thảo Việt Nam một cách sâu rộng, bài bản và có hệ thống. Do đó, việc đặt tên 
cho từng giống vẫn rất lộn xộn từ những tên giống được dịch sang từ tiếng 
Anh và tiếng Latin, có rất nhiều tên giống trùng nhau. Bên cạnh đó, việc di 
chuyển các giống lan Hoàng Thảo giữa các vùng, các nước khác nhau đã gây 
ra sự nhầm lẫn và hiểu sai về xuất xứ, nguồn gốc bản địa và mối quan hệ di 
truyền giữa các giống với nhau. Điều đó gây ra không ít khó khăn trong việc 
bảo tồn, khai thác có hiệu quả kể cả thương mại các giống hoa trên ... p 20 at level 6.2624E-02 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 20 2 
 D20 D21 
------------- C L U S T E R C Y C L E 11 ------------- 
 Combined group 17 into group 7 at level 7.7147E-02 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 7 2 
 D7 D17 
------------- C L U S T E R C Y C L E 12 ------------- 
 Combined group 29 into group 9 at level 9.3913E-02 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 9 2 
 D9 D29 
------------- C L U S T E R C Y C L E 13 ------------- 
 Combined group 20 into group 16 at level 1.1164E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 16 3 
 D16 D20 D21 
------------- C L U S T E R C Y C L E 14 ------------- 
 Combined group 11 into group 4 at level 1.3613E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 4 4 
 D4 D5 D6 D11 
------------- C L U S T E R C Y C L E 15 ------------- 
 Combined group 23 into group 9 at level 1.6114E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 9 3 
 D9 D29 D23 
------------- C L U S T E R C Y C L E 16 ------------- 
 Combined group 15 into group 10 at level 1.8764E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 10 2 
 D10 D15 
------------- C L U S T E R C Y C L E 17 ------------- 
 Combined group 4 into group 1 at level 2.1927E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 1 5 
 D1 D4 D5 D6 D11 
------------- C L U S T E R C Y C L E 18 ------------- 
 Combined group 30 into group 9 at level 2.5163E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 9 4 
 D9 D29 D23 D30 
------------- C L U S T E R C Y C L E 19 ------------- 
 Combined group 3 into group 1 at level 2.8746E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 1 6 
 D1 D4 D5 D6 D11 D3 
------------- C L U S T E R C Y C L E 20 ------------- 
 Combined group 28 into group 8 at level 3.2381E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 8 2 
 D8 D28 
------------- C L U S T E R C Y C L E 21 ------------- 
 Combined group 12 into group 7 at level 3.6683E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 7 7 
 D7 D17 D12 D26 D13 D19 D14 
------------- C L U S T E R C Y C L E 22 ------------- 
 Combined group 31 into group 8 at level 4.1446E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 8 4 
 D8 D28 D31 D32 
------------- C L U S T E R C Y C L E 23 ------------- 
 Combined group 22 into group 2 at level 4.6702E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 2 3 
 D2 D18 D22 
------------- C L U S T E R C Y C L E 24 ------------- 
 Combined group 10 into group 1 at level 5.2081E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 1 8 
 D1 D4 D5 D6 D11 D3 D10 D15 
------------- C L U S T E R C Y C L E 25 ------------- 
 Combined group 27 into group 9 at level 5.7690E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 9 5 
 D9 D29 D23 D30 D27 
------------- C L U S T E R C Y C L E 26 ------------- 
 Combined group 9 into group 2 at level 6.4318E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 2 8 
 D2 D18 D22 D9 D29 D23 D30 D27 
------------- C L U S T E R C Y C L E 27 ------------- 
 Combined group 7 into group 2 at level 7.1332E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 2 15 
 D2 D18 D22 D9 D29 D23 D30 D27 D7 
 D17 D12 D26 D13 D19 D14 
------------- C L U S T E R C Y C L E 28 ------------- 
 Combined group 16 into group 8 at level 7.8839E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 8 7 
 D8 D28 D31 D32 D16 D20 D21 
------------- C L U S T E R C Y C L E 29 ------------- 
 Combined group 8 into group 2 at level 8.7570E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 2 22 
 D2 D18 D22 D9 D29 D23 D30 D27 D7 
 D17 D12 D26 D13 D19 D14 D8 D28 D31 
 D32 D16 D20 D21 
------------- C L U S T E R C Y C L E 30 ------------- 
 Combined group 2 into group 1 at level 9.8397E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 1 30 
 D1 D4 D5 D6 D11 D3 D10 D15 D2 
 D18 D22 D9 D29 D23 D30 D27 D7 D17 
 D12 D26 D13 D19 D14 D8 D28 D31 D32 
 D16 D20 D21 
------------- C L U S T E R C Y C L E 31 ------------- 
 Combined group 24 into group 1 at level 1.1414E+00 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 1 32 
 D1 D4 D5 D6 D11 D3 D10 D15 D2 
 D18 D22 D9 D29 D23 D30 D27 D7 D17 
 D12 D26 D13 D19 D14 D8 D28 D31 D32 
 D16 D20 D21 D24 D25 
Percent chaining = 10.63 
 Distance (Objective Function) 
 0.001 0.286 0.571 0.856 1.141 
 |-------+-------+-------+-------+-------+-------+-------+-------+ 
 Information remaining (%) 
 100.000 75.000 50.000 25.000 0.000 
 |-------+-------+-------+-------+-------+-------+-------+-------+ 
D1 -----------| 
D4 |-----| |---| 
D5 | |----| | 
D6 | | |------------| 
D11 ------| | |-------------------------| 
D3 ---------------| | | 
D10 ---------|------------------| | 
D15 ---------| | 
D2 |------------------------| | 
D18 | |---------| | 
D22 -------------------------| | | 
D9 ----|---| |--| |--------| 
D29 ----| |----| | | | | 
D23 --------| |-----------------| | | | | 
D30 -------------| |---| |---------| | | 
D27 -------------------------------| | | | | 
D7 ---|---------------| | | | | 
D17 ---| |------------------| | | | 
D12 -| | | | | 
D26 -|-----------------| |-----| | 
D13 || | | 
D19 || | | 
D14 | | | 
D8 -----------------|----| | | 
D28 -----------------| |--------------------| | | 
D31 |---------------------| |----| | 
D32 | | | 
D16 -----|-------------------------------------| | 
D20 --|--| | 
D21 --| | 
D24 |--------------------------------------------------------------| 
D25 | 
************************* Cluster analysis completed ************************* 
*********************** Hierarchical Cluster Analysis *********************** 
PC-ORD, Version 4.10 
 5 Sep 2014, 9:01 
duong1 
Linkage method: GROUP AVERAGE 
Distance measure: Jaccard 
------------- C L U S T E R C Y C L E 1 ------------- 
 Combined group 6 into group 5 at level 6.3147E-04 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 5 2 
 D5 D6 
------------- C L U S T E R C Y C L E 2 ------------- 
 Combined group 18 into group 2 at level 1.3433E-03 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 2 2 
 D2 D18 
------------- C L U S T E R C Y C L E 3 ------------- 
 Combined group 19 into group 13 at level 3.2964E-03 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 13 2 
 D13 D19 
------------- C L U S T E R C Y C L E 4 ------------- 
 Combined group 25 into group 24 at level 5.4709E-03 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 24 2 
 D24 D25 
------------- C L U S T E R C Y C L E 5 ------------- 
 Combined group 14 into group 13 at level 1.0215E-02 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 13 3 
 D13 D19 D14 
------------- C L U S T E R C Y C L E 6 ------------- 
 Combined group 32 into group 31 at level 1.7156E-02 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 31 2 
 D31 D32 
------------- C L U S T E R C Y C L E 7 ------------- 
 Combined group 5 into group 4 at level 2.6839E-02 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 4 3 
 D4 D5 D6 
------------- C L U S T E R C Y C L E 8 ------------- 
 Combined group 26 into group 12 at level 3.7027E-02 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 12 2 
 D12 D26 
------------- C L U S T E R C Y C L E 9 ------------- 
 Combined group 13 into group 12 at level 4.8647E-02 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 12 5 
 D12 D26 D13 D19 D14 
------------- C L U S T E R C Y C L E 10 ------------- 
 Combined group 21 into group 20 at level 6.2624E-02 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 20 2 
 D20 D21 
------------- C L U S T E R C Y C L E 11 ------------- 
 Combined group 17 into group 7 at level 7.7147E-02 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 7 2 
 D7 D17 
------------- C L U S T E R C Y C L E 12 ------------- 
 Combined group 29 into group 9 at level 9.3913E-02 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 9 2 
 D9 D29 
------------- C L U S T E R C Y C L E 13 ------------- 
 Combined group 20 into group 16 at level 1.1164E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 16 3 
 D16 D20 D21 
------------- C L U S T E R C Y C L E 14 ------------- 
 Combined group 11 into group 4 at level 1.3613E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 4 4 
 D4 D5 D6 D11 
------------- C L U S T E R C Y C L E 15 ------------- 
 Combined group 23 into group 9 at level 1.6114E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 9 3 
 D9 D29 D23 
------------- C L U S T E R C Y C L E 16 ------------- 
 Combined group 15 into group 10 at level 1.8764E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 10 2 
 D10 D15 
------------- C L U S T E R C Y C L E 17 ------------- 
 Combined group 4 into group 1 at level 2.1927E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 1 5 
 D1 D4 D5 D6 D11 
------------- C L U S T E R C Y C L E 18 ------------- 
 Combined group 30 into group 9 at level 2.5163E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 9 4 
 D9 D29 D23 D30 
------------- C L U S T E R C Y C L E 19 ------------- 
 Combined group 3 into group 1 at level 2.8746E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 1 6 
 D1 D4 D5 D6 D11 D3 
------------- C L U S T E R C Y C L E 20 ------------- 
 Combined group 28 into group 8 at level 3.2381E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 8 2 
 D8 D28 
------------- C L U S T E R C Y C L E 21 ------------- 
 Combined group 12 into group 7 at level 3.6683E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 7 7 
 D7 D17 D12 D26 D13 D19 D14 
------------- C L U S T E R C Y C L E 22 ------------- 
 Combined group 31 into group 8 at level 4.1446E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 8 4 
 D8 D28 D31 D32 
------------- C L U S T E R C Y C L E 23 ------------- 
 Combined group 22 into group 2 at level 4.6702E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 2 3 
 D2 D18 D22 
------------- C L U S T E R C Y C L E 24 ------------- 
 Combined group 10 into group 1 at level 5.2081E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 1 8 
 D1 D4 D5 D6 D11 D3 D10 D15 
------------- C L U S T E R C Y C L E 25 ------------- 
 Combined group 27 into group 9 at level 5.7690E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 9 5 
 D9 D29 D23 D30 D27 
------------- C L U S T E R C Y C L E 26 ------------- 
 Combined group 9 into group 2 at level 6.4318E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 2 8 
 D2 D18 D22 D9 D29 D23 D30 D27 
------------- C L U S T E R C Y C L E 27 ------------- 
 Combined group 7 into group 2 at level 7.1332E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 2 15 
 D2 D18 D22 D9 D29 D23 D30 D27 D7 
 D17 D12 D26 D13 D19 D14 
------------- C L U S T E R C Y C L E 28 ------------- 
 Combined group 16 into group 8 at level 7.8839E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 8 7 
 D8 D28 D31 D32 D16 D20 D21 
------------- C L U S T E R C Y C L E 29 ------------- 
 Combined group 8 into group 2 at level 8.7570E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 2 22 
 D2 D18 D22 D9 D29 D23 D30 D27 D7 
 D17 D12 D26 D13 D19 D14 D8 D28 D31 
 D32 D16 D20 D21 
------------- C L U S T E R C Y C L E 30 ------------- 
 Combined group 2 into group 1 at level 9.8397E-01 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 1 30 
 D1 D4 D5 D6 D11 D3 D10 D15 D2 
 D18 D22 D9 D29 D23 D30 D27 D7 D17 
 D12 D26 D13 D19 D14 D8 D28 D31 D32 
 D16 D20 D21 
------------- C L U S T E R C Y C L E 31 ------------- 
 Combined group 24 into group 1 at level 1.1414E+00 
 leaving the following groups: 
 No.in 
 Group Group SAMPLES in group 
 1 32 
 D1 D4 D5 D6 D11 D3 D10 D15 D2 
 D18 D22 D9 D29 D23 D30 D27 D7 D17 
 D12 D26 D13 D19 D14 D8 D28 D31 D32 
 D16 D20 D21 D24 D25 
Percent chaining = 10.63 
 Distance (Objective Function) 
 0.001 0.286 0.571 0.856 1.141 
 |-------+-------+-------+-------+-------+-------+-------+-------+ 
 Information remaining (%) 
 100.000 75.000 50.000 25.000 0.000 
 |-------+-------+-------+-------+-------+-------+-------+-------+ 
D1 -----------| 
D4 |-----| |---| 
D5 | |----| | 
D6 | | |------------| 
D11 ------| | |-------------------------| 
D3 ---------------| | | 
D10 ---------|------------------| | 
D15 ---------| | 
D2 |------------------------| | 
D18 | |---------| | 
D22 -------------------------| | | 
D9 ----|---| |--| |--------| 
D29 ----| |----| | | | | 
D23 --------| |-----------------| | | | | 
D30 -------------| |---| |---------| | | 
D27 -------------------------------| | | | | 
D7 ---|---------------| | | | | 
D17 ---| |------------------| | | | 
D12 -| | | | | 
D26 -|-----------------| |-----| | 
D13 || | | 
D19 || | | 
D14 | | | 
D8 -----------------|----| | | 
D28 -----------------| |--------------------| | | 
D31 |---------------------| |----| | 
D32 | | | 
D16 -----|-------------------------------------| | 
D20 --|--| | 
D21 --| | 
D24 |--------------------------------------------------------------| 
D25 | 
************************* Cluster analysis completed ************************* 
PHỤ LỤC 2 
SẢN PHẨM PCR- RAPD VỚI 20 MỒI NGẪU NHIÊN 
Mồi OPN4 
Mồi OPN7 
Mồi OPN1 
Mồi OPN10 
Mồi OPN9 
Mồi OPN20 
Mồi OPN17 
Mồi OPN13 
Mồi OPN8 
Mồi OPN11 
Mồi OPN3 
Mồi OPN6 
Mồi OPN12 
Mồi OPN14 
Mồi OPN16 
Mồi OPN20 
Mồi OPA2 
Mồi OPA12 
Mồi OPA18 
Mồi OPN2 
PHỤ LỤC 3 
TRÌNH TỰ VÙNG ITS CỦA 32 MẪU LAN HOÀNG THẢO 
 PHỤ LỤC 4 
KẾT QUẢ PHÂN TÍCH SẮP CỘT THẲNG HÀNG (ALIGNMENTS) 
TRÌNH TỰ VÙNG ITS CỦA 32 MẪU LAN HOÀNG THẢO