Luận án Nghiên cứu một số đặc điểm dịch tễ học của bệnh tiêu chảy thành dịch ở lợn (ped) tại miền bắc Việt Nam

 HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM 
¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯ 
NGUYỄN TRUNG TIẾN 
NGHIÊN CỨU MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC CỦA 
BỆNH TIÊU CHẢY THÀNH DỊCH Ở LỢN (PED) 
TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM 
LUẬN ÁN TIẾN SĨ 
NHÀ XUẤT BẢN ĐẠI HỌC NÔNG NGHIỆP - 2018 
HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM 
¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯ 
NGUYỄN TRUNG TIẾN 
NGHIÊN CỨU MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC CỦA 
BỆNH TIÊU CHẢY THÀNH DỊCH Ở LỢN (PED) 
TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM 
Chuyên ngành: Dịch tễ học thú y 
Mã số: 9.64.01.08 
Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS. Nguyễn Bá Hiên 
HÀ NỘI - 2018
 i 
LỜI CAM ĐOAN 
Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu riêng của bản thân. Các kết quả 
nghiên cứu được trình bày trong luận án là trung thực, khách quan và chưa từng dùng 
bảo vệ để lấy bất kỳ học vị nào. 
Tôi xin cam đoan rằng mọi sự giúp đỡ cho việc thực hiện luận án đã được cám ơn 
và các thông tin trích dẫn trong luận án này đều được chỉ rõ nguồn gốc. 
Hà Nội, ngày tháng năm 2018 
Tác giả luận án 
Nguyễn Trung Tiến 
 ii 
LỜI CẢM ƠN 
Để hoàn thành luận án, tác giả đã nhận được sự giúp đỡ và tạo điều kiện của rất 
nhiều người, sau đây là lời cảm ơn chân thành của tác giả: 
Trước hết, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới Thầy giáo PGS.TS. Nguyễn Bá 
Hiên, người đã trực tiếp hướng dẫn tôi trong suốt quá trình nghiên cứu và hoàn thành 
luận án. Nhờ có sự hướng dẫn nhiệt tình và những ý kiến đóng góp quý báu của thầy mà 
luận án của tôi đã được hoàn thành. 
Tôi xin trân trọng cảm ơn Ban Giám đốc Học viện Nông nghiệp Việt Nam, Ban 
Quản lý đào tạo, Ban Chủ nhiệm khoa Thú y, Bộ môn Vi sinh vật - Truyền nhiễm, 
Phòng Thí nghiệm trọng điểm công nghệ sinh học Thú y, cùng toàn thể các thầy, cô 
giáo và cán bộ Khoa Thú y - Học viện Nông nghiệp Việt Nam, đã trang bị cho tôi 
những kiến thức quý báu và giúp đỡ tôi hoàn thành công trình nghiên cứu này. 
Trân trọng cảm ơn Lãnh đạo, toàn thể cán bộ công nhân viên Trung tâm Kiểm 
nghiệm thuốc Thú y TW1, các bạn bè và đồng nghiệp đã luôn tạo điều kiện về thời gian, 
động viên, chia sẻ vật chất, tinh thần, giúp đỡ tôi trong quá trình học tập, nghiên cứu và 
hoàn thành luận án. 
Hà Nội, ngày tháng năm 2018 
Nghiên cứu sinh 
Nguyễn Trung Tiến 
 iii 
MỤC LỤC 
Lời cam đoan ..................................................................................................................... i 
Lời cảm ơn ........................................................................................................................ ii 
Mục lục ............................................................................................................................ iii 
Danh mục các từ viết tắt .................................................................................................. vi 
Danh mục bảng ............................................................................................................... vii 
Danh mục hình ............................................................................................................... viii 
Trích yếu luận án .............................................................................................................. x 
Thesis abstract ................................................................................................................. xii 
Phần 1. Mở đầu ............................................................................................................... 1 
1.1. Tính cấp thiết của đề tài ........................................................................................ 1 
1.2. Mục tiêu nghiên cứu ............................................................................................. 2 
1.3. Phạm vi nghiên cứu .............................................................................................. 3 
1.4. Những đóng góp mới của đề tài ............................................................................ 3 
1.5. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài .............................................................. 3 
Phần 2. Tổng quan tài liệu ............................................................................................. 4 
2.1. Giới thiệu chung ................................................................................................... 4 
2.2. Lịch sử bệnh tiêu chảy thành dịch ở lợn ............................................................... 4 
2.3. Tình hình dịch PED trên thế giới và Việt Nam .................................................... 5 
2.3.1. Tình hình dịch PED trên thế giới .......................................................................... 5 
2.3.2. Tình hình dịch PED ở Viêṭ Nam........................................................................... 6 
2.4. Căn bệnh ............................................................................................................... 8 
2.4.1. Phân loại và hình thái của PEDV.......................................................................... 8 
2.4.2. Cấu trúc phân tử của virus gây bệnh ..................................................................... 9 
2.4.3. Đặc tính nuôi cấy của virus ................................................................................ 12 
2.4.4. Sức đề kháng của virus gây bệnh PED .............................................................. 12 
2.4.5. Dịch tễ học lâm sàng ........................................................................................... 13 
2.5. Dịch tễ học phân tử ............................................................................................. 16 
2.6. Triệu chứng và bệnh tích của lợn mắc PED ....................................................... 18 
2.6.1. Triệu chứng lâm sàng.......................................................................................... 18 
2.6.2. Bệnh tích ............................................................................................................. 19 
 iv 
2.7. Các phương pháp chẩn đoán PEDV ................................................................... 20 
2.7.1. Phát hiện virus .................................................................................................... 20 
2.7.2. Chẩn đoán phân biệt ........................................................................................... 23 
2.7.3. Phân lập virus ...................................................................................................... 24 
2.8. Phòng và điều trị bệnh ........................................................................................ 25 
Phần 3. Nội dung - nguyên liệu - phương pháp nghiên cứu ...................................... 30 
3.1. Địa điểm nghiên cứu ........................................................................................... 30 
3.2. Thời gian thực hiện đề tài ................................................................................... 30 
3.3. Nội dung nghiên cứu ........................................................................................... 30 
3.3.1. Nghiên cứu tình hình dịch PED tại một số tỉnh miền Bắc Việt Nam ................. 30 
3.3.2. Phân tích đặc điểm về trình tự gen...................................................................... 30 
3.3.3. Nghiên cứu một số đặc điểm đặc điểm dịch tễ học phân tử của PEDV ............. 30 
3.4. Vật liệu nghiên cứu ............................................................................................. 31 
3.5. Phương pháp nghiên cứu .................................................................................... 31 
3.5.1. Phương pháp điều tra một số đặc điểm dịch tễ ................................................... 32 
3.5.2. Phương pháp theo dõi lâm sàng .......................................................................... 32 
3.5.3. Phương pháp mổ khám ....................................................................................... 32 
3.5.4. Phương pháp lấy mẫu ......................................................................................... 32 
3.5.5. Phương pháp tách ARN tổng số ......................................................................... 32 
3.5.6. Phương pháp tổng hợp cDNA ............................................................................ 33 
3.5.7. Phương pháp phát hiện PEDV ............................................................................ 34 
3.5.8. Phương pháp giải trình tự gen............................................................................. 34 
3.5.9. Phương pháp xác định khoảng cách di truyền .................................................... 35 
3.5.10. Phương pháp xây dựng cây phả hệ ..................................................................... 35 
3.5.11. Phương pháp phân tích đặc điểm dịch tễ học phân tử ........................................ 35 
3.5.12. Phương pháp xử lý số liệu .................................................................................. 36 
Phần 4. Kết quả và thảo luận ....................................................................................... 37 
4.1. Tình hình dịch PED ở một số tỉnh miền Bắc từ 2013-2015 ............................... 37 
4.1.1. Kết quả thiết lập phản ứng RT-PCR phát hiện PEDV ........................................ 37 
4.1.2. Kết quả phát hiện PEDV trong mẫu bệnh phẩm từ 2013-2015 .......................... 41 
4.1.3. Tình hình dịch PED ở một số tỉnh miền Bắc theo trang trại ............................... 42 
4.1.4. Kết quả theo dõi triệu chứng, bệnh tích của lợn mắc PED ................................. 44 
 v 
4.2. Kết quả phân tích đặc điểm về trình tự gen ........................................................ 48 
4.2.1. Đặc điểm gen S của các chủng PEDV lưu hành ở Việt Nam ............................. 48 
4.2.2. Đặc điểm gen ORF3 của PEDV lưu hành ở Việt Nam ....................................... 61 
4.3. Nghiên cứu một số đặc điểm về dịch tễ học phân tử của PEDV ........................ 67 
4.3.1. Đặc điểm về sự lưu hành của PEDV theo nhóm di truyền ................................. 67 
4.3.2. Hiện tượng tái tổ hợp của PEDV lưu hành ở Việt Nam ..................................... 73 
4.3.3. Đặc điểm dịch tễ học phân tử của PEDV theo không gian và thời gian ............. 75 
Phần 5. Kết luận và đề nghị ......................................................................................... 85 
5.1. Kết luận ............................................................................................................... 85 
5.2. Đề nghị ................................................................................................................ 85 
Danh mục công trình công bố có liên quan đến luận án ................................................. 87 
Tài liệu tham khảo .......................................................................................................... 87 
Phụ lục .......................................................................................................................... 103 
 vi 
DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT 
Từ viết tắt Chữ viết đầy đủ 
CPE Cytopathogenic effect 
cs. Cộng sự 
DMEM Dulbecco's Modified Eagle’s Medium 
DMSO Dimethyl Sulfoxide 
E Envelope 
EDTA Ethylene Diamine Tetraacetic acid 
ELISA Enzyme Linked Immuno-sorbent Assay 
FAO Food and Agriculture Organization 
FBS Fetal Bovine Serum 
M Membrane 
MOI Multiplicity of Infection 
N Nucleocapsid 
ORF Open Reading Frame 
ORF3 Open Reading Frame 3 
PBS Phosphate Buffer Saline 
PDCoV Porcine deltacoronavirus 
PED Porcine Epidemic Diarrhea 
PEDV Porcine Epidemic Diarrhea Virus 
RNA Ribonucleic Acid 
RT-PCR Reverse Transcription- Polymerase Chain Reaction 
S Spike protein 
TCID50 50% Tissue Culture Infective Dose 
TGE Transmissible Gastroenteritis 
TGEV Transmissible Gastroenteritis Virus 
TPB Tryptose Phosphate Broth 
 vii 
DANH MỤC BẢNG 
STT Tên bảng Trang 
3.1. Thông tin về mồi đặc hiệu được dùng trong nghiên cứu ....................................... 31 
3.2. Thành phần phản ứng tổng hợp cDNA .................................................................. 34 
4.1. Tương đồng trình tự nucleotide và amino acid của 11 chủng PEDV với các 
chủng tham chiếu ................................................................................................... 39 
4.2. Kết quả phát hiện PEDV trong mẫu thu thập từ 2013-2015 .................................. 41 
4.3. Tình hình dịch PED ở lợn của một số tỉnh miền Bắc theo trang trại ..................... 43 
4.4. Kết quả nghiên cứu triệu chứng lâm sàng của lợn mắc PED ................................ 44 
4.5. Kết quả nghiên cứu bệnh tích đại thể của lợn mắc PED ....................................... 46 
4.6. Danh sách các chủng PEDV thuộc genogroup 1 ................................................... 75 
4.7. Danh sách các chủng PEDV thuộc genogroup 2 nhóm châu Á ............................ 80 
 viii 
DANH MỤC HÌNH 
STT Tên hình Trang 
2.1. Hạt virus PED chủng KPEDV-9 phân lập tại Hàn Quốc ........................................ 9 
2.2. Mô hình cấu trúc và bộ gen PEDV ........................................................................ 10 
2.3. Hiệu giá của PEDV tồn tại trên bề mặt vật liệu theo thời gian ............................. 13 
2.4. Con đường truyền lây của PEDV .......................................................................... 17 
2.5. Bệnh tích đại thể ở lợn sơ sinh mắc PED .............................................................. 19 
2.6. So sánh độ nhạy của một số phương pháp phát hiện PEDV ................................. 22 
4.1. Kết quả RT-PCR phát hiện PEDV trong mẫu bệnh phẩm .................................... 37 
4.2. Kết quả giải trình tự sản phẩm PCR nhân lên bởi cặp mồi P1/P2 ......................... 38 
4.3. Triệu chứng của lợn con theo mẹ mắc PED .......................................................... 45 
4.4. Bệnh tích đại thể của lợn con theo mẹ mắc PED .................................................. 47 
4.5. Tỷ lệ % tương đồng về trình tự gen S của 38 chủng PEDV .................................. 49 
4.6. Phân loại các chủng PEDV lưu hành ở Việt Nam dựa vào gen S ......................... 50 
4.7. Khoảng cách di truyền của gen S giữa các chủng PEDV ...................................... 51 
4.8. Đột biến thêm- xóa ở gen S của 38 chủng PEDV ................................................. 52 
4.9. Tốc độ thay đổi nucleotide tại các vị trí codon của gen mã hóa vùng quyết 
định kháng nguyên ................................................................................................. 54 
4.10. Trình tự amino acid ở vùng COE của 38 chủng PEDV ........................................ 56 
4.11. Trình tự amino acid ở vùng S1D của 38 chủng PEDV ......................................... 58 
4.12. Trình tự amino acid ở vùng S10 của 38 chủng PEDV ........................................... 60 
4.13. Trình tự nucleotide ... /2015/121
257 KC688871_CH.HZ.11.1 317 KP281647_ZJHZ1 377 KP281636_HeNJZ1 437 KU641666_HeB/TS/2015
258 KC120791_P17 318 KP281646_FJAX2 378 KP281637_HeNJZ2 438 KU641664_ShX/YA/2015
259 JX880080_ZJ 319 KP281645_FJAX1 379 KP281615_HeNZZ2 439 KU641662_SX/LL/2015
260 JN547393_CH/XCYL/11 320 KP281648_ZJHZ2 380 KC342825_CH28 440 KU641661_HeB/HS/2015
261 JN584172_CH/XCYL2/11 321 KC294282_GDZQ.1202 381 KJ646570_FJ.ND 441 KU641660_HLJ/852/2015
262 KC342820_CH17 322 JX878383_SC 382 JX501329_CH/AY/11 442 KU641659_HuN/2015/1210
263 JX880077_ZJ 323 KX010469_GZMR 383 JX910246_AHFY 443 KU641658_JX/2015/1221
264 KJ646568_FJ.QK 324 JN547397_CH/KFQX/11 384 JX910244_AHBB 444 KU641657_AH/HF/2015
265 KM048300_CH/HeN/DF.2012.1 325 KJ857448_KDJN12YG 385 JX910243_AHLX 445 KU641656_LN/DL/2015
266 KF495663_2013AHLA 326 KJ857440_KDJN10NJ 386 JX910242_AHLA 446 KU641653_SD/2015/415
267 KF495659_2013AHHB 327 KJ857446_KDJN12GAM 387 KF495661_2013AHBB 447 KU641651_SD/LC/2015
268 KC161186_AH2011 328 KC294281_GDZQ.1204 388 KC120802_P1 448 KU641648_SH/2015/122
269 JQ027028_CH/HLJHG/2011 329 KP281644_HeNPY4 389 KC120787_P9 449 KU641643_HLJ/QQHR/2015
270 JQ027022_CH/FJND.2/2011 330 KP281643_HeNPY3 390 KC120784_P4 450 KU645785_CH/XX/2015
271 JQ027021_CH/FJND.1/2011 331 KX852336_HLJ/HEB.1/16 391 KC120779_P14 451 KU645780_CH/QX2/2014
272 JQ027020_CH/BJYQ/2011 332 KP222525_SH5 392 KP281634_HeNKF2 452 KU645779_CH/QX1/2014
273 KC342819_CH13 333 KJ857434_GW06CHC 393 KP281633_HeNKF1 453 KX010474_GZGY.01
274 KC161199_JSYC2012 334 KJ857433_GB06SY 394 KP281632_HeNXY2 454 KT799999_CH.HuN.20140416
275 KM890284_WG/2013 335 KJ857430_IC05TK 395 KC161196_JSSX2011 455 KT799995_CH.HeB.20140324
276 KC294280_TJNH.1203 336 KJ857432_GN05DJ 396 KF476059_CHJCH 456 KT968511_14JM.01
277 KP281651_HBHA2 337 KJ857429_CJ98 397 KF476057_CHLSHAN 457 KR138441_NC10
278 KP281650_ZJHZ4 338 EU054929_DR13 398 KF476049_CHXY.02 458 KM890292_ZM/2013
279 KU641654_SD/YT/2015 339 HQ537438_M1763 399 KF476052_CHXIP.01 459 KM890286_WS/2013
280 KU641647_HeN/MY/2015 340 HQ537434_BI981 400 KF476058_CHXIP.03 460 KM890280_HX/2013
281 KC342824_CH27 341 HQ537433_BI976 401 KT388434_P1 461 KP281631_HeNXY1
282 KM048308_CH/HeN/ZMD.2012 342 HQ537435_BI1108 402 KT388432_P10 462 KP281630_HeNZZ4
283 KM048298_CH/HeN/AY.2012.2 343 HQ537455_PFF1051 403 KT388429_P40 463 KP281629_HeNZZ3
284 KM890282_LH/2013 344 HQ537448_CPF259 404 KT388428_P50 464 KU641672_SH/2015/124
285 JX880075_ZJ 345 HQ537441_V2501 405 KT388427_P60 465 KU641674_LN/TA/2015
286 JN584171_CH/NYWL/11 346 HQ537439_M2227 406 KT388426_P70 466 KR078318_CH/HeN/XC.2014
287 KM048306_CH/HeN/SQ.2012.2 347 HQ537454_CPF531 407 KT388423_P100 467 KP281653_HeBXT4
288 KC120790_P16 348 HQ537444_VF131 408 KT388422_P110 468 KP281652_HeBXT3
289 JX880081_ZJ 349 HQ537442_MF78 409 KT388425_P80 469 KP281616_HeNPDS1
290 KY679910_SDSX16 350 HQ537437_e1642 410 KT388424_P90 470 KP281617_HeNPDS2
291 JN547398_CH/PDSXX/11 351 HQ537436_M1595 411 KT388430_P30 471 KU641677_BJ/2015/516
292 KX852338_HLJ/HG.1/16 352 HQ537443_BIF118 412 KT388433_P5 472 KF495658_2013AHFD
293 KX852322_HLJ/HG.2/16 353 HQ537440_M2366 413 JQ664304_CH/HBBD/2011 473 KC342823_CH26
294 KC816534_CH.HZ.11.2 354 HQ537456_CPF1074 414 JQ027023_CH/GDQY/2011 474 KC342822_CH25
295 KC161187_AHDX2012 355 HQ537452_PFF513 415 JQ039903_CH/GD/2011 475 KC120801_P18
296 KC161193_JSHZM2012 356 HQ537451_PFF381 416 JQ027029_CH/GXQZ/2011 476 KC120800_P19
297 KC161189_JSBJ2012 357 HQ537449_PFF285 417 JQ027025_CH/GXWM/2011 477 KC120797_P83
298 KC294278_GDHZ.1202 358 HQ537446_CPF193 418 JQ027024_CH/GXNN/2011 478 KC120795_P81
299 KM048301_CH/HeN/DF.2012.3 359 HQ537445_PFF188 419 KX010472_GZ.RHH 479 KC120786_P7
300 JX880076_ZJ 360 HQ537453_PFF514 420 KX010470_GZRHG 480 KC120783_P2 
 112 
481 KC120781_P85 541 KJ526096_CH/JX.2/2013 601 KJ645670_USA/Ohio75/2013 661 KR265803_USA/Nebraska288/2014
482 JQ430682_PF3 542 KF760557.2 602 KJ645665_USA/Ohio69/2013 662 KR265765_USA/Nebraska287/2014
483 KC161197_JSSX2012 543 KF840537_CH/ZJCX.1/2012 603 KJ645657_USA/Ohio60/2013 663 KJ645707_USA/Minnesota84/2013
484 KM048297_CH/HeN/AY.2012.1 544 KC210147_JS.HZ2012 604 KJ645653_USA/Wisconsin55/2013 664 KJ645706_USA/Minnesota71/2013
485 JQ305136_SH3.ORF3 545 JX088695_GD.B 605 KJ645694_USA/Iowa103/2013 665 KJ645691_USA/Minnesota100/2013
486 JN547395_CH/HBQX/10 546 KM609207_PEDV.14 606 LC063823_RNA 666 KM975736_USA/IA/2013/49379
487 KF476055_CHLH 547 KJ196348_SHQP/YM/2013 607 LC063818_RNA 667 KJ645700_MEX/124/2014
488 KF476050_CHQX.02 548 KT323980_LNCT2 608 LC063816_RNA 668 KR265831_CAN/Quebec334/2014
489 KJ857431_JB0536 549 KU975389_CH/SCCD/2014 609 LC063814_RNA 669 KR265766_MEX/Mexico329/2014
490 EU054930_attenuated 550 KJ777678_LZW 610 LC063817_RNA 670 KR265834_USA/Texas435/2014
491 KF476061_CHHEB 551 KJ777677_LZW 611 LC063815_RNA 671 KR265843_USA/Minnesota372/2014
492 KF476060_CHZHZ.04 552 KX066126_BJ.2011.C 612 LC063812_RNA 672 KR265793_USA/Minnesota212/2014
493 KF476054_CHFCH.01 553 JN825712_BJ.2011.1 613 LC063811_RNA 673 KR265844_USA/Missouri373/2014
494 JX163296_HBMC2012 554 KR818833_JSHA2013 614 LC063810_RNA 674 KJ645692_USA/Missouri101/2013
495 KF476053_CHLY.09 555 KU558701_ZJU/G2/2013 615 KJ645699_USA/Ohio123/2014 675 KJ645690_USA/Illinois98/2013
496 GU372741_CH/JL/09 556 KY929406_PT.P96 616 KJ645667_USA/Minnesota72/2013 676 KJ645675_USA/Illinois81/2013
497 GU372739_CH/IMT/06 557 KY929405_PT.P5 617 KR265825_USA/Minnesota200/2014 677 KJ645671_USA/Minnesota76/2013
498 GU372735_CH/HLJM/07 558 KU982973_PEDV/USA/Minnesota135/2015 618 KR265805_USA/Iowa161/2014 678 KJ645669_USA/Wisconsin74/2013
499 KF476051_CHKF.01 559 KU982972_PEDV/USA/Minnesota129/2015 619 KR265806_USA/Minnesota312/2014 679 KR265821_USA/Missouri164/2014
500 KF476048_CHYF.01 560 KJ645705_USA/Minnesota61/2013 620 KR265808_USA/Iowa162/2014 680 KM189367.2
501 GU372740_CH/SHH/06 561 KJ645682_USA/Minnesota90/2013 621 KR265810_USA/Oklahoma320/2014 681 KJ584361_OH15962
502 GU372734_CH/JL/08 562 KJ645676_USA/Minnesota82/2013 622 KR265780_USA/Ohio343/2014 682 KX683006_PC22A
503 GU372736_CH/HNHJ/08 563 KJ645672_USA/Minnesota77/2013 623 KR265777_USA/Kansas275/2014 683 KY499262_PC22A
504 GU372738_CH/HNCH/06 564 KJ645658_USA/Minnesota62/2013 624 KR265776_USA/Minnesota250/2014 684 KM392224_TC
505 GU372737_CH/GSJI/07 565 KJ645663_USA/Minnesota67/2013 625 KR265775_USA/Minnesota338/2014 685 KM392225_TC
506 GU372732_CH/HLJH/06 566 KJ645668_USA/Minnesota73/2013 626 KJ645656_USA/Minnesota59/2013 686 KU893861_PC22A.P3
507 GU372733_CH/S 567 KJ645681_USA/Minnesota89/2013 627 KR265827_USA/Iowa303/2014 687 KU893869_PC22A.P95.13
508 KF476056_CHFH 568 KJ645703_USA/Minnesota127/2014 628 KR265785_USA/Illinois259/2014 688 KR265842_USA/Minnesota409/2014
509 JN547228_CH/S 569 KJ645693_USA/Missouri102/2013 629 KR265770_USA/Illinois255/2014 689 KR265841_USA/Minnesota408/2014
510 JQ710436_SJZ/2011 570 KJ645685_USA/Missouri93/2013 630 KJ645698_USA/Ohio120/2014 690 KR265840_USA/Ohio249/2014
511 JQ710435_TX/2011 571 KJ645684_USA/Missouri92/2013 631 KJ645648_USA/Minnesota42/2013 691 KX580958_PC22A.P140.BI
512 GU372742_CH/GSJII/07 572 KR265826_USA/Illinois258/2014 632 KJ645652_USA/Minnesota54/2013 692 KU893873_PC22A.P160
513 MF737355_KUPE21 573 KR265823_USA/Colorado203/2014 633 KJ645660_USA/Minnesota64/2013 693 KU893872_PC22A.P120
514 JQ023161_virulent 574 KR265781_USA/Ohio295/2014 634 KR265807_USA/Michigan189/2014 694 KU893871_PC22A.P100.C6
515 KR061458_Italy/7239/2009 575 KR265778_USA/Minnesota276/2014 635 KJ645689_USA/Illinois97/2013 695 KU893870_PC22A.P100.C4
516 KU645778_CH/PDS/2015 576 KR265799_USA/Minnesota159/2014 636 KJ645680_USA/Illinois87/2013 696 KR265817_USA/Illinois256/2014
517 AF353511_CV777 577 KR873435_KNU.141112.P10 637 KJ645664_USA/Ohio68/2013 697 KJ645641_USA/Indiana34/2013
518 NC_003436_genome 578 KR873434_KNU.141112.P5 638 KM392226_TC 698 LC063819_RNA
519 EF185992_LZC 579 KR873431_KNU.141112.feces 639 KR265815_USA/Illinois194/2014 699 KJ645659_USA/Illinois63/2013
520 KJ857428_SM98.5P 580 KJ662670_KNU.1305 640 KR265795_USA/Illinois201/2014 700 KM392229_TC
521 KR138442_PZ9 581 KF650375_ISU13.22038.IA.passage9 641 KM392230_TC 701 KF452322_USA/Iowa/16465/2013
522 KC161195_JSSH2008 582 KF650374_ISU13.22038.IA.passage3 642 KM392228_TC.PC173.P2 702 LC063821_RNA
523 KM890311_SC/2013 583 KF650373_ISU13.22038.IA.homogenate 643 KM392227_TC 703 LC063820_RNA
524 KC161194_JSNJ2004 584 KF650372_ISU13.19338E.IN.passage9 644 KM392231_TC 704 KR265828_USA/Minnesota265/2014
525 KU556275_isolate 585 KF650371_ISU13.19338E.IN.passage3 645 KJ645636_USA/Iowa28/2013 705 LC063822_RNA
526 KU556272_isolate 586 KF650370_ISU13.19338E.IN.homogenate 646 KJ645645_USA/Texas39/2013 706 LC063813_RNA
527 KT357520_RPI/PED14 587 KJ184549_USA/KS/2013 647 LC063826_RNA 707 KM975737_USA/NC/2013/49469
528 KT357519_RPI/PED11 588 KF452323_USA/Indiana/17846/2013 648 LC063825_RNA 708 KJ645683_USA/NorthCarolina91/2013
529 KT357518_RPI/PED10 589 KF468752_MN 649 LC063824_RNA 709 KY825242_KNU.141112.S
530 KT357516_RPI/PED08 590 KF468754_IA2 650 LC063827_RNA 710 KY825240_KNU.141112.S
531 KT357515_RPI/PED04 591 KF804028_USA/Iowa/18984/2013 651 KR265822_USA/Michigan252/2014 711 KJ645654_USA/Tennesse56/2013
532 KT357514_RPI/PED03 592 KJ588064_KUIDL.PED.2014.001 652 KR265763_USA/Illinois176/2014 712 KU982971_PEDV/USA/Minnesota4/2015
533 KT357517_RPI/PED09 593 KJ588063_KUIDL.PED.2014.002 653 KR265768_USA/Minnesota179/2014 713 LC063835_RNA
534 KC344844_SPPED1211 594 KJ588062_KUIDL.PED.2014.007 654 KR265801_USA/Indiana254/2014 714 LC063834_RNA
535 JQ710434_MC/2011 595 KJ408801_OH1414 655 KR265802_USA/Illinois260/2014 715 LC063833_RNA
536 KP768390_HC070225 596 KR265830_USA/Ohio300/2014 656 KR265796_USA/Illinois262/2014 716 KR265846_USA/Missouri270/2014
537 KC344849_DTS2PED0612 597 LC063832_RNA 657 KR265788_USA/Minnesota306/2014 717 KU982970_PEDV/USA/NorthDakota93/2015
538 MF577027_PEDV/Belgorod/dom/2008 598 LC063831_RNA 658 KR265774_USA/SouthDakota371/2014 718 KU982969_PEDV/USA/Iowa127/2015
539 KT388431_P20 599 LC063830_RNA 659 KR265809_USA/Nebraska266/2014 719 KP641663_OH9097.14
540 KU836638_Yorkshire.2000 600 LC063829_RNA 660 KR265784_USA/Nebraska348/2014 720 KP641662_OH8593.14 
 113 
721 LC063828_RNA 781 KJ778616_NPL.PEDv/2013/P10 841 KX550281_ZJ15XS0101
722 LC022792_RNA 782 KR265820_USA/Missouri337/2014 842 KY070587_JSCZ1601
723 KU569509_COL/Cundinamarca/2014 783 KR265789_USA/Illinois307/2014 843 KX812523_XM1.2
724 KR265792_USA/Oklahoma418/2014 784 KR265782_USA/Illinois308/2014 844 KX981440_CH/HNZZ47/2016
725 KR265812_USA/Colorado420/2014 785 KR265779_USA/Missouri177/2014 845 JQ282909_CH/FJND.3/2011
726 KR265819_USA/Kansas431/2014 786 KR265790_USA/Texas424/2014 846 KX064280_SD2014
727 LC063837_RNA 787 KJ645644_USA/Oklahoma38/2013 847 KR095279_CH/HNQX.3/14
728 KR265832_USA/Minnesota379/2014 788 KJ645701_USA/Kansas125/2014 848 KC196276_CH/ZMDZY/11
729 KR265813_USA/Minnesota271/2014 789 KR265764_USA/Minnesota163/2014 849 KJ020932_CHYJ130330
730 KR265783_USA/Minnesota269/2014 790 KR265797_USA/Kansas280/2014 850 KC140102_CH/FJZZ.9/2012
731 KF468753_IA1 791 KP641661_OH10123.14 851 KM609203_PEDV.1C
732 KJ778615_NPL.PEDv/2013 792 KR265769_USA/Illinois197/2014 852 KM609211_PEDV.LS
733 KF272920_USA/Colorado/2013 793 KM077139_PEDV/USA/Minnesota188/2014 853 KM609210_PEDV.LY
734 KM052365_NPL.PEDv/2013/p10.1 794 KU982975_PEDV/USA/Missouri130/2015 854 KM609205_PEDV.8C
735 KR265829_USA/Minnesota309/2014 795 KR265833_USA/Oklahoma477/2014 855 KX812524_XM2.4
736 KR265811_USA/SouthDakota336/2014 796 KR265762_USA/Oklahoma1/2015 856 MF346935_CH/JLDH/2016
737 KJ645688_USA/Iowa96/2013 797 KU982974_PEDV/USA/Minnesota123/2015 857 KY111278_PEDV
738 KJ645677_USA/Minnesota83/2013 798 KR265845_USA/Oklahoma466/2014 858 KR011756_FR/001/2014
739 KJ645647_USA/Minnesota41/2013 799 KR265824_USA/Oklahoma471/2014 859 KX289955_HUN/5031/2016
740 KJ645666_USA/Iowa70/2013 800 KU982968_PEDV/USA/Oklahoma133/2015 860 KT860508_USA/IL20697/2014
741 KJ645686_USA/Minnesota94/2013 801 KU982967_PEDV/USA/Kansas126/2015 861 KJ645702_USA/Ohio126/2014
742 KJ645679_USA/Minnesota86/2013 802 KU982977_PEDV/USA/Texas132/2015 862 LC063846_RNA
743 KJ645678_USA/Minnesota85/2013 803 KU982976_PEDV/USA/Texas128/2015 863 LC063845_RNA
744 KJ645662_USA/NorthCarolina66/2013 804 KJ623926_K14JB01 864 LC063844_RNA
745 KJ645661_USA/Minnesota65/2013 805 KR265786_USA/Illinois261/2014 865 KR265761_USA/Hawaii/2014
746 KJ645673_USA/Minnesota78/2013 806 KU982979_PEDV/USA/Minnesota131/2015 866 KM975741_USA/MO/2014/03293
747 KJ645687_USA/Minnesota95/2013 807 KU982978_PEDV/USA/Nebraska108/2015 867 KJ645696_USA/Iowa107/2013
748 KJ645674_USA/Minnesota79/2013 808 KP403954_Ukraine/Poltava01/2014 868 KJ645695_USA/Iowa106/2013
749 KJ645651_USA/Colorado47/2013 809 KU982980_PEDV/USA/Minnesota125/2015 869 KM392232_TC
750 KJ645650_USA/Kansas46/2013 810 KU982981_PEDV/USA/Minnesota124/2015 870 KR265759_USA/Minnesota187/2014
751 KJ645640_USA/Oklahoma32/2013 811 KY963963_KNU.1601 871 KJ645655_USA/Minnesota58/2013
752 KJ645638_USA/Colorado30/2013 812 KX791060_CHSD2014 872 KM975740_USA/IL/2013/59573.5
753 KJ645639_USA/Texas31/2013 813 KU380331_CH.SD01 873 KM975739_USA/IA/2013/20849
754 KJ645637_USA/Kansas29/2013 814 KC210145_AH2012 874 KM975738_USA/IA/2013/19321
755 KR265818_USA/Minnesota290/2014 815 KM609208_PEDV.15F 875 KJ645635_USA/Indiana12.83/2013
756 KR265798_USA/Minnesota289/2014 816 KM609206_PEDV.10F 876 LC063847_RNA
757 KR265816_USA/Minnesota202/2014 817 KM609204_PEDV.7C 877 KJ645649_USA/Iowa23.57/2013
758 KR265787_USA/SouthDakota285/2014 818 JX261936_CHGD.01 878 KR265760_USA/Minnesota211/2014
759 KR265771_USA/Minnesota402/2014 819 JX112709_GD.A 879 KM403155_KNU.1406.1
760 KR265794_USA/Minnesota236/2014 820 JX647847_GD.1 880 KJ399978_OH851
761 KR265814_USA/Kansas166/2014 821 KU646831_AH2012/12 881 KJ645704_USA/Minnesota52/2013
762 KR265804_USA/Illinois333/2014 822 KM089829_GDS01 882 KU847996_ZL29
763 KM975735_USA/NC/2013/35140 823 KF384500_CH/GDGZ/2012 883 JX524137_ZJCZ4
764 KJ645646_USA/NorthCarolina40/2013 824 JX489155_LC 884 KR818832_XY2013
765 KR265800_USA/Indiana195/2014 825 JX188454_AJ1102 885 KY928065_CH.hubei.2016
766 KR265791_USA/Kentucky291/2014 826 KF761675_CH/YNKM.8/2013 886 KX580953_KB2013.4
767 KR265772_USA/Kentucky248/2014 827 KT021227_YN1
768 LC063836_RNA 828 KP765609_FL2013
769 KJ645643_USA/Kansas36/2013 829 KM609209_PEDV.CHZ
770 KJ645708_MEX/104/2013 830 KY007139_PEDV.Hjms
771 LC063843_RNA 831 KU252649_YC2014
772 LC063842_RNA 832 KX016034_CH/GDZHDM/1401
773 LC063841_RNA 833 KR153326_CH/GDZHDM/1401
774 LC063840_RNA 834 KR153325_CH/GDZH02/1401
775 KR265773_USA/Minnesota281/2014 835 KY793536_CH/GX/2015/750A
776 LC063839_RNA 836 KM609212_PEDV.LYG
777 KR265767_USA/Kansas432/2014 837 KM609213_PEDV.WS
778 KJ645697_USA/Texas128/2013 838 KT199103_CH/HNLH/2015
779 KJ645642_USA/Oklahoma35/2013 839 KR809885_CH/HNAY/2015
780 KU982966_PEDV/USA/Texas134/2015 840 KY007140_PEDV.LNsy