Luận án Nghiên cứu tác nhân vi khuẩn gây viêm phổi thở máy và gene kháng thuốc bằng kỹ thuật sinh học phân tử

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ 
ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH 
TRẦN MINH GIANG 
NGHIÊN CỨU TÁC NHÂN 
VI KHUẨN GÂY VIÊM PHỔI THỞ MÁY 
VÀ GENE KHÁNG THUỐC 
BẰNG KỸ THUẬT SINH HỌC PHÂN TỬ 
NGÀNH: HỒI SỨC CẤP CỨU VÀ CHỐNG ĐỘC 
MÃ SỐ: 62720122 
LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC 
NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: 
PGS.TS. TRẦN VĂN NGỌC 
THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH - NĂM 2019 
LỜI CAM ĐOAN 
Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi, các kết quả 
nghiên cứu được trình bày trong luận án là trung thực, khách quan và chưa từng 
được công bố ở bất kỳ nơi nào. 
Tác giả luận án 
Trần Minh Giang 
MỤC LỤC 
Trang 
Trang phụ bìa 
Lời cam đoan 
Bảng từ viết tắt và đối chiếu thuật ngữ Anh – Việt 
Danh mục các bảng 
Danh mục các biểu đồ, sơ đồ 
Chương 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU ..................................................................... 3 
1.1. Định nghĩa3 
1.2. Tỉ lệ mới mắc của viêm phổi thở máy ................................................................ 5 
1.3. Tỉ lệ tử vong ........................................................................................................ 6 
1.4. Bệnh nguyên ........................................................................................................ 8 
1.5. Các yếu tố nguy cơ ............................................................................................ 25 
1.6. Chẩn đoán .......................................................................................................... 28 
1.7. Thực hiện kháng sinh đồ trên vi khuẩn phân lập được từ VPTM ..................... 29 
1.8. Ứng dụng sinh học phân tử trong phát hiện gene kháng thuốc ......................... 30 
Chương 2 ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ....................... 32 
2.1. Thiết kế nghiên cứu ........................................................................................... 32 
2.2. Địa điểm nghiên cứu ......................................................................................... 32 
2.3. Thời gian nghiên cứu ........................................................................................ 32 
2.4. Đối tượng nghiên cứu........................................................................................ 32 
2.5. Cỡ mẫu và công thức tính cỡ mẫu .................................................................... 32 
2.6. Tiêu chuẩn chọn mẫu ........................................................................................ 33 
2.7. Phương pháp tiến hành ...................................................................................... 34 
2.8. Phương pháp phát hiện gene kháng thuốc.45 
2.9. Thu thập số liệu và phân tích dữ liệu ................................................................ 45 
2.10. Đạo đức trong nghiên cứu46 
2.11. Liệt kê và định nghĩa các biến số (phụ lục 11) ............................................... 46 
2.12. Sơ đồ nghiên cứu..47 
Chương 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU ................................................................. 48 
3.1. Đặc điểm chung ................................................................................................. 48 
3.2. Định danh vi khuẩn dựa trên vi sinh kinh điển ................................................. 50 
3.3. Định danh vi khuẩn dựa trên giải trình tự gene 16S-rRNA .............................. 51 
3.4. Tổng số loài vi khuẩn phát hiện được trên từng mẫu dịch rửa phế quản 
phế nang ................................................................................................................... 55 
3.5. So sánh giữa giải trình tự gene 16S-rRNA và vi sinh kinh điển trong định 
danh vi khuẩn ........................................................................................................... 56 
3.6. Tính độ nhạy và độ đặc hiệu của PGM ............................................................. 58 
3.7. Thời gian nằm ICU và tác nhân vi khuẩn gây viêm phổi thở máy ................... 59 
3.8. Kết quả kháng sinh đồ ....................................................................................... 60 
3.9. Kết quả kháng sinh đồ MIC dựa trên E-test ...................................................... 66 
3.10. Kết quả PCR tìm gene kháng thuốc ................................................................ 73 
3.11. Kết quả điều trị ................................................................................................ 75 
Chương 4: BÀN LUẬN .......................................................................................... 76 
4.1. Định danh vi khuẩn ........................................................................................... 77 
4.2. Kết quả kháng sinh đồ ....................................................................................... 91 
4.3. Xác định gene kháng thuốc và mối liên quan với đề kháng kháng sinh ........... 98 
KẾT LUẬN ........................................................................................................... 105 
KIẾN NGHỊ .......................................................................................................... 108 
DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH NGHIÊN CỨU 
TÀI LIỆU THAM KHẢO 
PHỤ LỤC 
BẢNG VIẾT TẮT VÀ ĐỐI CHIẾU THUẬT NGỮ ANH - VIỆT 
Từ viết tắt Thuật ngữ tiếng Anh Thuật ngữ tiếng Việt 
APACHE Acute Physiology and Chronic 
Health Evaluation 
Thang điểm lượng giá bệnh 
lý cấp tính và mạn tính 
ARDS Acute Respiratory Distress 
Syndrome 
Hội chứng nguy ngập hô hấp 
cấp 
ATS American Thoracic Society Hội Lồng Ngực Hoa Kỳ 
BA Blood agar Đĩa thạch máu 
BAL Bronchial-alveolar lavage Rửa phế quản phế nang 
BN Bệnh nhân 
Bp Base pair Cặp base 
BVCR Bệnh viện Chợ Rẫy 
BVNDGĐ Bệnh viện Nhân Dân Gia 
Định 
CAHI Chocolate agar Haemophilus 
influenzae 
Thạch chocolate cho 
Haemophilus influenzae 
CDC Centers for Disease Control and 
Prevention 
Trung tâm kiểm soát bệnh 
tật Hoa Kỳ 
CFU Colony-Forming Unit Đơn vị tạo khuẩn lạc 
CMV Cytomegalovirus Virus cytomegalovirus 
COPD Chronic Obstructive Pulmonary 
Disease 
Bệnh phổi tắc nghẽn mạn 
tính 
CPIS Clinical pulmonory infection score Thang điểm viêm phổi lâm 
sàng 
CRP C - reactive protein Protein C phản ứng 
DRPQPN Dịch rửa phế quản phế nang 
EBM Eosin methylene blue agar Thạch eosin methylene blue 
EPIC The European Prevalence of 
Infection in Intensive Care 
Tỉ lệ hiện mắc của nhiễm 
khuẩn ICU trên bệnh nhân 
Châu Âu 
ESBL Extended-Spectrum Beta-
Lactamase 
Men β-lactamase phổ rộng 
Từ viết tắt Thuật ngữ tiếng Anh Thuật ngữ tiếng Việt 
FiO2 Fraction of inspired oxygene Phân suất oxy khí thở vào 
HIV Human immunodeficiency virus 
Virus gây suy giảm miễn 
dịch ở người 
ICU Intensive care unit Khoa săn sóc đặc biệt 
IDSA Infectious Diseases Society of 
America 
Hội bệnh lý truyền nhiễm 
Hoa Kỳ 
IQR Interquartile range Khoảng tứ phân vị 
IVAC Infection-related ventilator - 
associated complication 
Biến chứng liên quan nhiễm 
khuẩn trên bệnh nhân thở 
máy 
KIA Kligler iron agar Thạch kligler iron 
KSĐ Kháng sinh đồ 
KTC Confidence interval Khoảng tin cậy 
MA MacKonkey agar Thạch MacKonkey 
MH Mueller Hinton agar Thạch Mueller Hinton 
MIC Minimal inhibitory concentration Nồng độ ức chế tối thiểu 
MICU Medical intensive care unit Khoa ICU nội 
MRSA Methycillin-Resistant 
Staphylococcus aureus 
Tụ cầu vàng kháng 
methycillin 
MSSA Methycillin-Sensitive 
Staphylococcus aureus 
Tụ cầu vàng nhạy 
methycillin 
NC Nghiên cứu 
NCBI National center for biotechnology 
information 
Trung tâm quốc gia về thông 
tin công nghệ sinh học Hoa 
Kỳ 
NGS Next generation sequencing Giải trình tự thế hệ mới 
NKQ Nội khí quản 
NNIS National Nosocomial Infections 
Surveillance System 
Hệ thống khảo sát nhiễm 
khuẩn bệnh viện quốc gia 
Hoa Kỳ 
NSPQ Nội soi phế quản 
NTNT Ngưng tim ngưng thở 
Từ viết tắt Thuật ngữ tiếng Anh Thuật ngữ tiếng Việt 
OR Odds ratio Tỷ số số chênh 
PCT Procalcitonin Procalcitonin 
PEEP Positive end-expiratory pressure Áp lực dương cuối thì thở ra 
PGM Personal genome machine Máy bộ gene cá thể 
PK/PD pharmacokinetic/pharmacodynamic Dược động/dược lực 
Possible 
VAP 
possible ventilator - associated 
pneumonia 
Có thể viêm phổi thở máy 
PPI Proton pump inhibitors Ức chế bơm proton 
Probable 
VAP 
Probable ventilator - associated 
pneumonia 
Có thể có khả năng viêm 
phổi thở máy 
PSB Protected Specimen Brush Chải phế quản có nòng bảo 
vệ 
RR Risk ratio Tỷ số nguy cơ 
SaO2 Arterial oxygene Saturation Độ bảo hòa oxy động mạch 
SICU Surgical intensive care unit Khoa hồi sức ngoại 
SpO2 Pulse oximetric saturation Độ bão hòa oxy theo mạch 
đập 
SSĐB Săn sóc đặc biệt 
TBMMN Tai biến mạch máu não 
THA Tăng huyết áp 
T0 Nhiệt độ 
VAC Ventilator - associated condition Biến chứng liên quan thở 
máy 
VAE Ventilator-associated event Biến cố liên quan thở máy 
VK Vi khuẩn 
VP Viêm phổi 
VPTM Viêm phổi thở máy 
DANH MỤC CÁC BẢNG 
Bảng 1.1. Tử suất thô theo điều trị kháng sinh ban đầu:.7 
Bảng 1.2. Bệnh nguyên của viêm phổi thở máy:8 
Bảng 1.3. Tần suất vi khuẩn phân lập được từ ICU bệnh viện Fatmawati:..11 
Bảng 1.4. Tần suất vi khuẩn phân lập được từ các bệnh nhân viêm phổi tại các khoa 
ICU ở Việt Nam:..12 
Bảng 1.5.1. Tác nhân vi khuẩn phân lập được từ các bệnh nhân thở máy tại ICU 
bệnh viện Bệnh Nhiệt Đới thành phố Hồ Chí Minh:....13 
Bảng 1.5.2. Tác nhân vi khuẩn phân lập được từ các bệnh nhân thở máy tại ICU 
bệnh viện Bệnh Nhiệt Đới thành phố Hồ Chí Minh (tiếp theo):..14 
Bảng 1.6. Tính đa dạng của vi khuẩn phát hiện được bằng giải trình tự gene:.25 
Bảng 1.7. Các yếu tố nguy cơ của VPTM:...26 
Bảng 2.1. Thành phần phản ứng tạo các amplicon - phản ứng tạo “bản sao” các 
vùng V3, V6, V7 và V9 trong gen 16S-rRNA:38 
Bảng 2.2. Thành phần hóa chất thêm vào dung dịch rửa trong việc tinh sạch phản 
ứng PCR khuếch đại các vùng V3, V6, V7 và V9 trong gene 16S-rRNA:..39 
Bảng 2.3. Thành phần phản ứng tạo amplicon hoàn chỉnh - tạo “đầu bằng” cho các 
bản sao của vùng V3, V6, V7 và V9 trong gene 16S-rRNA:...40 
Bảng 2.4. Thành phần phản ứng tạo “thư viện” - phản ứng gắn Adapter và trP1 vào 
2 đầu các bản sao “đầu bằng” của vùng V3, V6, V7 và V9 trong gene 16S-
rRNA:...40 
Bảng 2.5. Thành phần phản ứng tạo “bản sao” của các thư viện:.41 
Bảng 2.6. Thành phần dung dịch sử dụng cho việc gắn “thư viện” gene vào hạt ISP: 
...42 
Bảng 2.7. Thành phần phản ứng chuẩn bị gắn “thư viện” gene vào hạt ISP:...43 
Bảng 2.8. Thành phần phản ứng tách mạch “thư viện” gene khỏi bản sao đã gắn trên 
hạt SP:...43 
Bảng 3.1. Đặc điểm lâm sàng của bệnh nhân nghiên cứu:...49 
Bảng 3.2. Phân bố vi khuẩn phân lập được bằng định danh truyền thống:..51 
Bảng 3.3. So sánh hai phương pháp định danh vi khuẩn dựa vào nuôi cấy và giải 
trình tự trên hệ thống PGM:.........................57 
Bảng 3.4. Độ nhạy và độ đặc hiệu của PGM:.......58 
Bảng 3.5. Kết quả kháng sinh đồ khuếch tán chung:60 
Bảng 3.6. Kháng sinh đồ khuếch tán đối với Acinetobacter spp:.61 
Bảng 3.7. Kháng sinh đồ khuếch tán đối với Klebsiella spp:...............................62 
Bảng 3.8. Kháng sinh đồ khuếch tán đối với Pseudomonas spp:.63 
Bảng 3.9. Kết quả kháng sinh đồ MIC đối với Acinetobacter baumannii:...66 
Bảng 3.10. Kết quả kháng sinh đồ MIC đối với K. Pneumoniae:.....67 
Bảng 3.11. Kết quả kháng sinh đồ MIC đối với Pseudomonas aeruginosa:68 
Bảng 3.12. Kết quả kháng sinh đồ MIC đối với Escherichia coli:...69 
Bảng 3.13. Kết quả kháng sinh đồ MIC đối với Burkholderia cepacia:..70 
Bảng 3.14. Phân bố gene kháng thuốc phát hiện được:73 
Bảng 3.15. Mối liên quan giữa gene kháng thuốc và đề kháng kháng sinh:.74 
Bảng 3.16. Kết quả người bệnh ra khỏi khoa chung:75 
Bảng 3.17. Kết quả điều trị:..75 
DANH MỤC CÁC BIỂU ĐỒ, SƠ ĐỒ 
Sơ đồ 2.1. Sơ đồ tạo thư viện cho kỹ thuật NGS:.38 
Sơ đồ 2.2. Sơ đồ nghiên cứu:47 
Biểu đồ 3.1. Phân tích cụm trên 99 loài vi khuẩn định danh bằng giải trình tự 16S-
rRNA:53 
Biểu đồ 3.2. Số loài vi khuẩn phát hiện được trên từng mẫu DRPQPN: .55 
Biểu đồ 3.3. Mối liên quan giữa vi khuẩn phân lập được và số ngày nằm ICU:..59 
Biểu đồ 3.4. Mạng lưới của đa kháng kháng sinh đối với A. baumannii, K. 
pneumoniae và P. aeruginosa:..65 
Biểu đồ 3.5. Tỉ lệ số kháng sinh bị đề kháng:...72 
1 
ĐẶT VẤN ĐỀ 
Viêm phổi thở máy (VPTM) là một vấn đề lâm sàng quan trọng không chỉ ở 
Việt Nam mà còn trên thế giới vì tần suất mắc bệnh và tử vong tăng cao. Nghiên 
cứu (NC) ở các nước Âu – Mỹ cho thấy tỉ lệ VPTM là 10% [61], [105]. Tại Canada, 
VPTM là 18 ca trên 1000 ngày thở máy [75]. Các quốc gia Á Châu VPTM là 18% 
[43]. Tại Việt Nam, VPTM dao động từ 20% - 52%, [2], [5], [7], [8], [11], [16], 
[17]. VPTM là nguyên nhân hàng đầu gây tăng tỉ lệ tử vong (26% - 72%), kéo dài 
thời gian nằm viện (41 so với 23 ngày ở nhóm có và không VPTM) và tăng chi phí 
điều trị (5 – 10 lần) [5], [41]. 
VPTM được định nghĩa là viêm nhu mô phổi xảy ra sau 48 giờ thở máy qua 
nội khí quản hoặc qua khai khí quản [42], [61]. Chẩn đoán VPTM được thiết lập 
dựa trên chứng cứ lâm sàng và vi sinh. Việc xác định vi khuẩn (VK) gây bệnh thông 
qua cấy định lượng hoặc bán định lượng đàm hút qua nội khí quản đơn thuần hoặc 
qua nội soi phế quản [34], [41], [50]. 
Việc định danh VK bằng nhuộm Gram, nuôi cấy, đặc tính mọc và các phản 
ứng sinh hóa là chuẩn mực. Tuy nhiên phương pháp vi sinh kinh điển này không thể 
áp dụng trong các trường hợp sau: VK Gram âm khó mọc, mọc chậm; VK hiếm 
hoặc chỉ biểu hiện một vài đặc tính về sinh hóa. Cũng như các VK yếm khí, VK 
không cấy được và bệnh lý nhiễm khuẩn có kết quả cấy âm tính, nhất là trên bệnh 
nhân (BN) sử dụng kháng sinh trước đó [50], [57], [73], [74], [83], [97], [114]. 
Chẩn đoán phân tử, ngày nay, đã trở thành phương pháp tham chiếu để chẩn 
đoán vi sinh học của nhiều bệnh lý hô hấp [73]. Vai trò của giải trình tự gene 16S - 
rRNA trong định danh VK càng được chứng tỏ và được áp dụng rộng rãi trên lâm 
sàng [57], [58], [80], [116], [117]. Phương pháp giải trình tự gene 16S - rRNA có 
thể phát hiện được hệ vi sinh trên đường hô hấp của người khỏe và BN [29], [44], 
[88]. Tại Việt Nam số liệu từ các NC về định danh VK dựa trên sinh học phân tử ở 
các BN VPTM chưa nhiều và chưa được hệ thống đầy đủ. 
2 
Ngày nay, VK đa kháng kháng sinh là một thách thức toàn cầu [58]. Đặc biệt 
là các quốc gia Á Châu, kể cả Việt Nam [12], [20], [59], [74], [78], [101]. Tỉ lệ A. 
baumannii kháng Carbapenem tăng lên nhanh chóng 6,7% (2001) [8]; 8% (2004) 
[17]; 80% (2010) [11]; 90% (2012) [5]. Tuy nhiên, kháng sinh đồ định lượng MIC 
bằng que E-test chưa được áp dụng rộng rãi và số liệu chưa được hệ thống đầy đủ. 
Các VK mang gene SHV, TEM, IMP, OXA, NDM thủy phân phổ rộng các 
cephalosporin là thường gặp [81]. Trong nước, việc tiếp cận có hệ thống gene kháng 
thuốc của VK chính yếu gây VPTM chưa được ghi nhận và hệ thống hóa đầy đủ. 
Ở Việt Nam, chưa có nghiên cứu nào áp dụng giải trình tự thế hệ mới trong 
việc xác định VK gây VPTM trên ... kholderia spp 
Klebsiella pneumoniae Acinetobacter baumannii 
Klebsiella pneumonia 
Pseudomonas spp 
Klebsiella pneumoniae Acinetobacter spp 
Acinetobacter baumannii 
Diaphorobacter spp 
Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 
prevotella maculosa 
Acinetobacter spp Acinetobacter baumannii 
 Kết quả cấy Kết quả PGM 
Staphylococcus aureus 
Staphylococcus aureus Acinetobacter baumannii 
Prevotella baroniae 
Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 
Pseudomonas spp 
Burkholderia cepacia Acinetobacter baumannii 
Burkholderia spp 
Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 
Pseudomonas spp 
Acinetobacter baumannii Staphylococcus aureus 
Alloprevotella rava 
Pseudomonas aeruginosa Acinetobacter spp 
Pseudomonas spp 
Acinetobacter baumannii Acinetobacter spp 
Pseudomonas spp 
Klebsiella pneumoniae Acinetobacter spp 
Corynebacterium spp 
Escherichia coli Acinetobacter baumannii 
Klebsiella pneumoniae 
Pseudomonas aeruginosa 
Pseudomonas spp 
Burkholderia spp 
Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 
Acinetobacter spp Acinetobacter baumannii 
Acinetobacter spp Acinetobacter baumannii 
Klebsiella pneumoniae Elizabethkingia spp 
Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 
Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus 
Escherichia coli Acinetobacter baumannii 
 Kết quả cấy Kết quả PGM 
Acinetobacter baumannii Burkholderia spp 
Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas spp 
Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 
Stenotrophomonas maltophilia Pseudomonas spp 
Acinetobacter baumannii Acinetobacter spp 
Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas spp 
Pseudomonas aeruginosa Acinetobacter spp 
Burkholderia cepacia Corynebacterium striatum 
Klebsiella pneumoniae Haemophilus aegyptius 
Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii 
Acinetobacter baumannii Burkholderia spp 
Enterobacter cloacae Streptococcus spp 
Klebsiella pneumoniae Acinetobacter spp 
Negative Acinetobacter baumannii 
Burkholderia spp 
Corynebacterium striatum 
Pseudomonas spp 
Negative Acinetobacter baumannii 
Acinetobacter spp 
Cylindrosppermum alatospporum 
Negative Acinetobacter spp 
Burkholderia spp 
Prevotella paludivivens 
Negative Klebsiella pneumonia 
Pseudomonas spp 
Negative Acinetobacter baumannii 
Staphylococcus aureus 
 Kết quả cấy Kết quả PGM 
Negative Acinetobacter spp 
Burkholderia spp 
Negative Burkholderia spp 
Negative Corynebacterium striatum 
Phụ lục 12. Liệt kê và định nghĩa các biến số: 
BIẾN SỐ NỀN 
Tên biến Loại biến Số giá trị Nội dung Cách đo 
Giới tính Biến nhị giá 2 
1.nam 
0.nữ 
1.Nam 
0.Nữ 
Ghi nhận từ hồ sơ 
Tuổi Biến định 
lượng 
92 
Từ 18 đến 110 Tuổi = 2014- năm 
sinh của bệnh 
nhân 
Lý do chính 
nhập viện 
Biến nhị giá 2 
1: có 
0: không 
1.Khó thở 
2.Hôn mê 
3.NTNT 
4.Đau ngực 
5.Sốt 
6.Khác 
Ghi nhận lý do 
dập viện từ hồ sơ 
Bệnh nền Biến nhị giá 2 
1: có 
0: không 
1.THA 
2.COPD 
3.Di chứng 
TBMMN 
4.ĐTĐ2 
5.Lao phổi cũ 
6.Suy thận mạn 
7.K giai đoạ 
n cuối 
Ghi nhận phần 
tiền căn bệnh 
 8.Khác 
Thang điểm 
Apache-II 
Biến định 
lượng 
72 Từ o đến 71 - Tính trực tiếp từ 
clincalc thông 
qua: tuổi, và 15 
yếu tố khác 
BIẾN SỐ ĐỘC LẬP 
Tên biến Loại biến Số giá trị Nội dung Cách đo 
Sử dụng thuốc 
an thần dãn cơ 
Biến nhị giá 2 
1: Có 
0: không 
- Có: ít nhất một 
lần sử dụng sau 
đặt NKQ và suốt 
thời gian thở máy 
- Không: không 
ghi nhận 
Cách dùng Biến nhị giá 2 
1: có 
0: không 
1.Liên tục 
2.Ngắt quãng 
- Liên tục: khi 
dùng bơm tiêm tự 
động kéo dài hơn 
6 giờ 
- Ngắt quãng: tiêm 
tĩnh mạch từng 
ống một 
Loại dùng Biến nhị giá 2 
1: có 
0: không 
1.Midazolam 
2.Seduxen 
3.Fentanyl 
4.Norcuron 
5.Propofol 
6.Suxamethonium 
- Có: có sử dụng 
một hay nhiều loại 
- Không: không sử 
dụng loại thuốc đó 
 7.Khác 
Dùng thuốc dạ 
dày 
Biến nhị giá 2 1: Có 
0: Không 
- Có: khi có sử 
dụng cả đường 
miệng và tĩnh 
mạch 
- Không: không có 
sử dụng 
Loại dùng Biến nhị giá 2 
1: có 
0: không 
1.Ức chế bơm 
proton 
2.Ức chế H2 
3.Kháng axít 
4.Sucralfate 
- Có: khi có sử 
dụng một hay 
nhiều loại 
- Không: không có 
sử dụng 
Đặt lại NKQ Biến nhị giá 2 1: có 
0: không 
- Có: khi có đặt lại 
NKQ do: tắc, gập, 
tuột, xì, bệnh nhân 
tự rút 
- Không: khi 
không đặt lại 
NKQ 
Số lần Biến thứ tự 4 Nhỏ nhất là 1 
Lớn nhất là 4 
Ngày xuất hiện 
VPTM 
Biến định 
lượng 
87 Từ 3 đến 90 Ngày xác định 
VPTM trên LÂM 
SÀNG 
Kháng sinh 
đang dùng 
Biến nhị giá 2 
1: có 
1.Cefo/Sul 
2.Levofloxacin 
- Có: khi có sử 
dụng một hay 
 0: không 3.Imipenem 
4.Ciprofloxacin 
5.Moxifloxacin 
6.Cepha 3 
7.Meropenem 
8.Aminoglycosid 
9.Ticar/Clavu 
10.Cefa 4 
11.Colistin 
12.Vancomycin 
13. Am/Sul 
nhiều loại kháng 
sinh 
- Không: không có 
sử dụng 
Số ngày dùng 
kháng sinh 
Định lượng 90 Từ 1-90 Tổng số ngày 
dùng kháng sinh 
nội viện 
Biến chứng 
NSPQ 
Biến nhị giá 2 
1: có 
0: không 
1.Chảy máu 
2.Tràn khí dưới da 
3.Tràn khí trung thất 
4.Khác 
- Có: khi có xảy ra 
một hay nhiều 
biến chứng 
- Không: không 
ghi nhận biến 
chứng nào 
BIẾN SỐ PHỤ THUỘC 
Kết quả cấy 
đàm định lượng 
Biến nhị giá 2 
1: dương 
0: âm 
1.≥104 đơn vị tạo 
khuẩn lạc/ml 
2.<104 đơn vị tạo 
khuẩn lạc/ml 
- Dương: ≥104 đơn 
vị tạo khuẩn 
lạc/ml 
- Âm: <104 đơn vị 
 tạo khuẩn lạc/ml 
Định danh VK 
theo kinh điển 
Biến nhị giá 2 
1: có 
0: không 
1.Acinetobacter 
2.Klebsiella 
3.Enterobacter 
4.Pseudomonas 
5.E.Coli 
6.Staphylococcus 
5.Khác 
Kết quả định danh 
VK từ phòng vi 
sinh 
Kháng sinh đồ 
bằng đĩa 
khuếch tán 
Biến nhị giá 2 
1: nhạy 
0: kháng 
1.Amikacin 
2.Ampi/Sul 
3.Cefepim 
4.Cefoperazone 
5.Cefo/Sul 
6.Ceftazidim 
7.Ceftriaxon 
8.Ciprofloxacin 
9.Colistin 
10.Ertapenem 
11.Gentamycin 
12.Imipenem 
13.Levofloxacin 
14.Meropenem 
15.Moxifloxacin 
16.Neltimycin 
17.Piper/Tazo 
- Nhạy: kết quả 
kháng sinh đồ cho 
biết nhạy với một 
hay nhiều loại 
kháng sinh 
- Kháng: kết quả 
kháng sinh đồ 
kháng với một hay 
nhiều loại kháng 
sinh 
 18.Ticar/Clavu 
Kháng sinh đồ 
định lượng 
MIC 
Biến định 
lượng 
256 μg/ml Điểm cắt của vòng 
vô khuẩn khi tiếp 
giáp với que 
ETEST 
Giải trình tự 
16S-rRNA thế 
hệ mới 
Biến nhị giá 2 
1: có 
0: không 
1.Acinetobacter 
2.Klebsiella 
3.Enterobacter 
4.Pseudomonas 
5.E.Coli 
6.Staphylococcus 
aureus 
5.Khác: 
Kết quả giải trình 
tự đối chiếu trên 
NCBI 
Gen đột biến Biến nhị giá 2 
1: có 
0: không 
1.TEM 
2.KPC 
3.NDM1 
4.SPM 
5.SHV 
6. IMP 
7. OXA 
8. BIC 
6.khác: 
Kết quả giải trình 
tự đối chiếu trên 
NCBI 
Kết quả điều trị Biến nhị giá 2 
1: có 
0: không 
1.Thành công 
2.Thất bại 
- Thành công: hết 
sốt, ↓ tiết đàm, BC 
máu bình thường, 
x. quang ngực 
 không còn thâm 
nhiễm 
- Thất bại: các dấu 
hiệu nhiễm khuẩn 
vẫn còn sau đợt 
điều trị kháng sinh 
Ghi chú: ampi/sul: ampicillin – sulbactam; cefo/sul: cefoperazone – sulbactam; 
cefaIII: cephalosporin thế hệ 3; cefa IV: cephalosporin thế hệ 4; piper/tazo: 
piperacillin – tazobactam; ticar/claavu: ticarcillin – clavulanic acid. 
Phụ lục 13: Danh sách bệnh nhân tham gia nghiên cứu 
STT Họ và tên Năm sinh Số nhập viện 
1 Võ Thị N 1935 46890/2014 
2 Trần Quang K 1942 51448/2014 
3 Nguyễn Văn L 1953 53212/2014 
4 Hà Hữu N 1926 52520/2014 
5 Đinh Công T 1968 53436/2014 
6 Nguyễn Huy L 1931 54730/2014 
7 Lê Văn D 1959 54332/2014 
8 Vũ Tuấn L 1938 53324/2014 
9 Nguyễn Thị C 1926 55324/2014 
10 Trần T 1934 54186/2014 
11 La Thị Ngọc H 1948 54165/2014 
12 Nguyễn Thị T 1924 54024/2014 
13 Lữ Vinh T 1965 54197/2014 
14 Trần Thị K 1930 54237/2014 
15 Lê Bá C 1946 54191/2014 
16 Ngô Tá T 1944 51149/2014 
17 Nguyễn Văn H 1952 55103/2014 
18 Võ Bá T 1944 49749/2014 
19 Hoàng Kim K 1944 55921/2014 
20 Lê Thị M 1944 56824/2014 
21 Võ Thị N 1935 46890/2014 
22 Nguyễn Dương N 1939 56924/2014 
23 Huỳnh H 1930 57231/2014 
24 Nguyễn Văn Đ 1946 56052/2014 
 STT Họ và tên Năm sinh Số nhập viện 
25 Nguyễn Tấn T 1976 57042/2014 
26 Ngô Kim N 1930 56670/2014 
27 Trần Thị Thu H 1934 57729/2014 
28 Nguyễn Thị R 1936 55594/2014 
29 Trần Thị K 1932 58246/2014 
30 Nguyễn Hồng C 1985 58571/2014 
31 Đinh Thị D 1940 57872/2014 
32 Nguyễn Kim T 1922 56284//2014 
33 Trần Thị H 1948 58516/2014 
34 Nguyễn Thanh P 1999 58785/2014 
35 Huỳnh Văn M 1939 56010/2014 
36 Đinh Thị Thu V 1970 55591/2014 
37 Hạ L 1928 58217/2014 
38 Đặng Thị Thu T 1937 58266/2014 
39 Phạm Thị R 1932 59823/2014 
40 Đặng Văn P 1944 59784/2014 
41 Phạm Văn T 1982 60449/2014 
42 Phạm Thị H 1955 60254/2014 
43 Nguyễn Dương N 1936 56924/2014 
44 Võ Bá T 1944 49749/2014 
45 Nguyễn Thị B 1926 60026/2014 
46 Lê Hữu P 1927 59369/2014 
47 Trương Kim H 1951 59311/2014 
48 Nguyễn Văn M 1992 60783/2014 
49 Lê Văn T 1948 61415/2014 
50 Nguyễn Hữu H 1924 60882/2014 
51 Nguyễn Văn P 1929 60977/2014 
 STT Họ và tên Năm sinh Số nhập viện 
52 Phạm Thị Kim C 1942 61720/2014 
53 Trần Thị L 1954 61850/2014 
54 Phùng Thị B 1927 61626/2014 
55 Phạm văn T 1982 60449/2014 
56 Nguyễn Thị Thu D 1937 61961/2014 
57 Huỳnh Thị T 1937 61931/2014 
58 Nguyễn Xuân L 1966 62201/2014 
59 Cao Thị T 1927 62599/2014 
60 Huỳnh văn L 1929 61701/2014 
61 Nguyễn Thị Thu D 1937 61961/2014 
62 Nguyễn Thị M 1941 63361/2014 
63 Nguyễn Thị H 1921 63181/2014 
64 Nguyễn Tấn L 1955 62277/2014 
65 Dương Đình Q 1958 63861/2014 
66 Nguyễn Ngọc T 1930 63870/2014 
67 Lâm Kỳ A 1959 63331/2014 
68 Trần Thị T 1937 64219/2014 
69 Nguyễn Thị T 1928 63763/2014 
70 Dư Lộc T 1939 64188/2014 
71 Lê Thị Mỹ L 1971 64558/2014 
72 Nguyễn Thị N 1928 63797/2014 
73 Nguyễn Thị Xuân M 1941 106/2015 
74 Nguyễn Thị M 1955 479/2015 
75 Nguyễn Thị T 1928 63763/2014 
76 Trần Thị L 1921 65162/2014 
77 Nguyễn Thị Y 1954 1447/2015 
78 Vũ Văn K 1933 143/2015 
 STT Họ và tên Năm sinh Số nhập viện 
79 Trần Quang D 1924 62395/2014 
80 Lê Kỳ T 1951 2224/2015 
81 Đỗ Văn T 1951 65068/2014 
82 Nguyễn Thị L 1933 1215/2015 
83 Nguyễn Thế K 1967 65015/2014 
84 Nguyễn Văn Q 1960 1471/2015 
85 Nguyễn Đức C 1957 872/2015 
86 Đặng Ngọc A 1949 1063/2015 
87 Phạm Thị H 1930 2692/2015 
88 Võ Thị B 1931 2272/2015 
89 Võ Thị H 1961 1069/2015 
90 Nguyễn Thị L 1931 1067/2015 
91 Nguyễn Thị L 1933 7215/2015 
92 Nguyễn D 1935 2322/2015 
93 Đặng Ngọc A 1949 1063/2015 
94 Trần Thị M 1921 2012/2015 
95 Trần Hữu B 1941 3854/2015 
96 Trần Văn H 1988 3849/2015 
97 Nguyễn văn P 1963 3915/2015 
98 Trần Thị L 1926 4803/2015 
99 Đặng Thị Thu T 1937 58266/2014 
100 Dương Văn H 1972 5007/2015 
101 Đào Thanh B 1967 4789/2015 
102 Phạm Thị A 1969 4639/2015 
103 Nguyễn Thế T 1955 3720/2015 
104 Trần Ngọc H 1932 4621/2015 
105 Nguyễn Anh T 1961 5628/2015 
 STT Họ và tên Năm sinh Số nhập viện 
106 Thái Thị B 1948 4851/2015 
107 Đinh K 1935 5487/2015 
108 Tăng Thị N 1934 5857/2015 
109 Phan Văn S 1949 5171/2015 
110 Trương Thị H 1937 5822/2015 
111 Nguyễn Hoa N 1930 7464/2015 
112 Nguyễn Thị Đ 1925 2309/2015 
113 Phạm Thị Hồng H 1957 7223/2015 
114 Lưu Thị Kim L 1950 7287/2015 
115 Đỗ Thị S 1934 2259/2015 
116 Trần Thị H 1937 7580/2015 
117 Bùi văn K 1944 7235/2015 
118 Nguyễn Minh T 1965 7887/2015 
119 Lê Thị P 1960 7955/2015 
120 Lê Văn T 1930 7912/2015 
121 Nguyễn Văn H 1952 8695/2015 
122 Đặng L 1931 8302/2015 
123 Châu Thị L 1928 6054/2015 
124 Nguyễn Thị Đ 1933 7834/2015 
125 Trần Thị L 1938 7783/2015 
126 Mai Thị N 1932 7721/2015 
127 Trần Thị L 1953 9968/2015 
128 Vương K 1933 8314/2015 
129 Đặng L 1931 8302/2015 
130 Lương Thị thanh V 1940 12005/2015 
131 Huỳnh Thế M 1947 10662/2015 
132 Nguyễn Thị H 1964 10100/2015 
 STT Họ và tên Năm sinh Số nhập viện 
133 Nguyễn Văn B 1913 12608/2015 
134 Võ Văn T 1958 12422/2015 
135 Nguyễn Quang A 1940 9087/2015 
136 Trần Thị P 1984 10923/2015 
137 Võ Thị B 1931 8339/2015 
138 Dương H 1934 12614/2015 
139 Lương Thị Thanh V 1940 12005/2015 
140 Đinh Thị Thu V 1970 55591/2014 
141 Nguyễn Quang H 1929 12206/2015 
142 Phạm Anh D 1951 13011/2015 
143 Nguyễn Thị T 1935 14907/2015 
144 Nguyễn Lê H 1960 14569/2015 
145 Trần Ngọc X 1924 15319/2015 
146 Lê Thị B 1920 8092/2015 
147 Cao X 1937 15351/2015 
148 Đinh Văn R 1953 8062/2015 
149 Đinh P 1948 17137/2015 
150 Hoàng Văn T 1937 17964/2015 
151 Mai Văn T 1948 17572/2015 
152 Phạm Thanh Hoàng Đ 1997 17695/2015 
153 Ngô Thị D 1926 17791/2015 
154 Đinh Văn R 1953 8062/2015 
155 Mai Thi N 1932 7721/2015 
156 Trần Thị C 1930 15220/2015 
157 Phạm Thị H 1946 18671/2015 
158 Lê Thị T 1948 15542/2015 
159 Nguyễn Văn L 1944 20472/2015 
 STT Họ và tên Năm sinh Số nhập viện 
160 Nguyễn Văn L 1942 19414/2015 
161 Nguyễn Văn H 1959 21319/2015 
162 Thạch Thị M 1954 20639/2015 
163 Đoàn Thị T 1920 19363/2015 
164 Võ Thị B 1932 17130/2015 
165 Phan Việt H 1949 21025/2015 
166 Lữ Văn A 1967 24636/2015 
167 Huỳnh Thị N 1932 22964/2015 
168 Bùi Văn T 1955 24393/2015 
169 Lý Đức Đ 1945 25416/2015 
170 Nguyễn thị P 1933 23895/2015 
171 Trần Thị Tuyết N 1945 27337/2015 
172 Mai Thị P 1942 27679/2015 
173 Trần Văn L 1932 22152/2015 
174 Nguyễn thị C 1930 26529/2015 
175 Trần Văn C 1922 26416/2015 
176 Trần thị N 1932 23894/2015 
177 Lê Thị T 1925 27513/2015 
178 Võ Thành L 1995 27645/2015 
179 Nguyễn văn B 1961 24536/2015 
180 Nguyễn thị Nguyệt T 1956 17812/2015 
181 Trần Văn H 1984 27954/2015 
182 Nguyễn thị T 1937 27972/2015 
183 Nguyễn Thị C 1939 26667/2015 
184 Phạm Văn T 1950 28567/2015 
185 Hoàng Thị C 1922 29291/2015 
186 Nguyễn Văn Q 1963 29764/2015 
 STT Họ và tên Năm sinh Số nhập viện 
187 Phạm Thị Q 1943 304481/2015 
188 Nguyễn Thị O 1940 27810/2015 
189 Đặng Thanh V 1953 28061/2015 
190 Nguyễn Văn N 1933 29999/2015 
191 Tôn Thị N 1929 30006/2015 
192 Nguyễn Thị C 1932 28340/2015 
193 Trần Minh K 1920 31312/2015 
194 Phạm Thị Q 1943 30448/2015 
195 Nguyễn Thị C 1932 28346/2015 
196 Nguyễn Thị T 1942 30412/2015 
197 Phạm Văn V 1960 33211/2015 
198 Cao T 1957 31370/2015 
199 Vũ Tiến L 1942 27860/2015 
200 Nguyễn Thượng K 1943 35646/2015 
201 Tiêu Văn T 1934 33642/2015 
202 Phạm Thị Thu T 1959 34187/2015 
203 Nguyễn Bá A 1917 33864/2015 
204 Lê Văn C 1945 33841/2015 
205 Nguyễn Thị T 1915 33048/2015 
206 Lê T 1926 33696/2015 
207 Trần Văn C 1955 36083/2015 
208 Trần Nguyễn Anh N 1985 34757/2015 
209 Nguyễn Thượng K 1943 35646/2015 
210 Trần Thị A 1930 34839/2015 
211 Nguyễn Thị H 1930 36292/2015 
212 Nguyễn Thị Thúy N 1968 37689/2015 
213 Nguyễn Thị H 1957 35176/2015 
 STT Họ và tên Năm sinh Số nhập viện 
214 Hà Văn T 1942 34472/2015 
215 Đinh Văn P 1928 37733/2015 
216 Trần Quang M 1982 36991/2015 
217 Quách Văn B 1956 36220/2015 
218 Nguyễn Thị T 1942 30419/2015 
219 Phạm Thị Ngọc A 1957 39648/2015 
220 Nguyễn Thị X 1930 36390/2015 
Danh sách này đã được xác nhận bởi Phòng Kế Hoạch Tổng Hợp bệnh viện 
Nhân Dân Gia Định. 
Trưởng Phòng Kế Hoạch Tổng Hợp 
BSCK II: Hồ Văn Hân