Luận án Nghiên cứu tình trạng tái phát và tái nhiễm helicobacter pylori bằng xác định tính đa hình gen urec ở bệnh nhân loét hành tá tràng

 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ QUỐC PHÒNG 
VIỆN NGHIÊN CỨU Y DƯỢC LÂM SÀNG 108 
ĐỖ NGUYỆT ÁNH 
NGHIÊN CỨU TÌNH TRẠNG TÁI PHÁT 
VÀ TÁI NHIỄM HELICOBACTER PYLORI 
BẰNG XÁC ĐỊNH TÍNH ĐA HÌNH GEN UreC 
Ở BỆNH NHÂN LOÉT HÀNH TÁ TRÀNG 
LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC 
Hà Nội - 2021
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ QUỐC PHÒNG 
VIỆN NGHIÊN CỨU Y DƯỢC LÂM SÀNG 108 
ĐỖ NGUYỆT ÁNH 
NGHIÊN CỨU TÌNH TRẠNG TÁI PHÁT 
VÀ TÁI NHIỄM HELICOBACTER PYLORI 
BẰNG XÁC ĐỊNH TÍNH ĐA HÌNH GEN UreC 
 Ở BỆNH NHÂN LOÉT HÀNH TÁ TRÀNG 
LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC 
Chuyên ngành: NỘI TIÊU HÓA 
Mã số: 62.72.01.43 
Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS. NGUYỄN THÚY VINH 
 PGS.TS. NGUYỄN THỊ HỒNG HẠNH 
Hà Nội - 2021
LỜI CAM ĐOAN 
Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi. Các số 
liệu, kết quả nghiên cứu trong đề tài này là trung thực, không sao chép và 
chưa từng được công bố trong bất cứ công trình nào khác. 
 Tác giả luận án 
 Đỗ Nguyệt Ánh 
LỜI CẢM ƠN 
Tôi xin chân thành cảm ơn Đảng ủy, Ban Giám đốc, Phòng Sau đại 
học, Bộ môn Nội Tiêu hóa - Viện nghiên cứu khoa học Y Dược lâm sàng 108 
đã tạo điều kiện hết sức thuận lợi cho tôi được học tập và nghiên cứu. 
Tôi xin chân thành cảm ơn Khoa Nội Tiêu hóa (A3), Phòng sau đại học 
- Bệnh viện Trung ương Quân đội 108, đã tạo điều kiện thuận lợi cho tôi hoàn 
thành công trình luận án này. 
Với lòng biết ơn sâu sắc, tôi xin chân thành cảm ơn PGS.TS. Nguyễn Thúy 
Vinh và PGS.TS. Nguyễn Thị Hồng Hạnh là hai người Thầy đã trực tiếp hướng 
dẫn, giúp đỡ tôi hoàn thành công trình nghiên cứu và hoàn thiện luận án. 
Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn tới các Thầy trong Bộ môn Nội Tiêu hóa - 
Viện nghiên cứu khoa học Y Dược lâm sàng 108, các Thầy trong Hội đồng 
chấm luận án các cấp đã đóng góp những ý kiến quý báu cho tôi hoàn thiện 
luận án. 
Tôi xin chân thành cảm ơn Ban Giám đốc Bệnh viện E Trung ương, 
Trung tâm Tiêu hóa, Khoa Nội soi- Thăm dò chức năng, khoa Giải phẫu bệnh 
Bệnh viện E Trung ương, Viện Công nghệ Sinh học- Viện Hàn lâm Khoa học 
và Công nghệ Việt Nam, cùng tất cả các bạn bè, đồng nghiệp đã tạo điều kiện 
và giúp đỡ tôi trong suốt quá trình học tập và nghiên cứu. 
Tôi cũng xin dành tình cảm biết ơn tới bố mẹ, chồng, các con và người 
thân trong gia đình đã luôn động viên tôi trong quá trình học tâp. 
Cuối cùng, tôi xin chân thành cảm ơn tất cả những người bệnh, những 
người tình nguyện đã tin tưởng, hợp tác giúp tôi hoàn thành nghiên cứu này. 
Tác giả luận án 
MỤC LỤC 
Trang 
Lời cam đoan 
Lời cảm ơn 
Mục lục 
Danh mục các chữ, ký hiệu viết tắt 
Danh mục bảng 
ĐẶT VẤN ĐỀ.................................................................................................................... 1 
CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU .................................................................... 4 
1.1. Helicobacter pylori và bệnh loét tá tràng .................................................. 4 
1.1.1. Helicobacter pylori .......................................................................... 4 
1.1.2. Bệnh loét tá tràng ........................................................................... 12 
1.2. Tái nhiễm và tái phát Helicobacter pylori sau điều trị tiệt trừ ................ 20 
1.2.1. Khái niệm tái nhiễm và tái phát vi khuẩn Helicobacter pylori ...... 20 
1.2.2. Tình hình tái phát và tái nhiễm của H. pylori sau điều trị tiệt trừ .. 21 
1.2.3. Các yếu tố liên quan đến tái phát và tái nhễm H. pylori ................ 24 
1.2.4. Ý nghĩa của phân biệt tái nhiễm và tái phát của Helicobacter pylori .. 29 
1.3. Các phương pháp phân biệt bộ gen của Helicobacter pylori và phương 
pháp PCR –RFLP, giải trình tự gen xác định gen UreC .......................... 30 
1.3.1. Các phương pháp phân tích bộ gen của vi khuẩn H. pylori ........... 30 
1.3.2. Gen UreC ....................................................................................... 30 
1.3.3. Phương pháp PCR- RFLP (PCR- Đa hình chiều dài đoạn cắt giới 
hạn) ........................................................................................................... 32 
1.3.4. Phương pháp giải trình tự gen ........................................................ 33 
1.3.5. So sánh hai phương pháp PCR –RFLP và giải trình tự gen trong xác 
định chủng H. pylori................................................................................. 36 
1.3.6. Các nghiên cứu kiểu gen H. pylori bằng phương pháp PCR-RFLP 
và giải trình tự gen ................................................................................... 37 
CHƯƠNG 2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ................ 40 
2.1. Đối tượng nghiên cứu .............................................................................. 40 
2.1.1. Tiêu chuẩn chọn bệnh nhân nghiên cứu ......................................... 40 
2.1.2. Tiêu chuẩn loại trừ bệnh nhân nghiên cứu ..................................... 40 
2.1.3. Nơi tiến hành nghiên cứu .............................................................. 40 
2.2. Phương pháp nghiên cứu ......................................................................... 40 
2.2.1. Thiết kế nghiên cứu ........................................................................ 40 
2.2.2. Cỡ mẫu nghiên cứu ........................................................................ 41 
2.2.3. Các bước tiến hành nghiên cứu ...................................................... 43 
2.2.4. Các chỉ tiêu nghiên cứu .................................................................. 50 
2.2.5. Phương tiện nghiên cứu.................................................................. 54 
2.2.6. Xử lý số liệu ................................................................................... 56 
2.2.7. Khống chế sai số ............................................................................ 58 
2.3. Đạo đức nghiên cứu ................................................................................. 58 
2.4. Sơ đồ nghiên cứu ..................................................................................... 59 
CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU ................................................................ 60 
3.1. Kết quả điều trị loét hành tá tràng có Helicobacter pylori dương tính bằng 
phác đồ EAC ............................................................................................ 60 
3.1.1. Đặc điểm chung của mẫu nghiên cứu ............................................ 60 
3.1.2. Triệu chứng lâm sàng và đặc điểm nội soi trước điều trị .............. 61 
3.1.3. Đặc điểm mức độ nhiễm H. pylori trên mô bệnh học .................... 62 
3.1.4. Tỷ lệ kháng kháng sinh Clarithromycin và Amoxycillin của H. pylori . 62 
3.1.5. Kết quả điều trị của phác đồ EAC .................................................. 63 
3.1.6. Đánh giá tác dụng không mong muốn của phác đồ điều trị ........... 68 
3.1.7. Ảnh hưởng của kháng Clarithromycin và Amoxicillin tới hiệu quả 
điều trị của phác đồ EAC ......................................................................... 68 
3.2. Tình trạng tái phát và tái nhiễm H. pylori sau điều trị ............................ 71 
3.2.1. Sơ đồ về tình trạng tái xuất hiện H. pylori và tái phát ổ loét sau điều 
trị tiệt trừ H. pylori ................................................................................... 71 
3.2.2. Đặc điểm tái phát và tái nhiễm H. pylori sau điều trị tiệt trừ của 
nhóm nghiên cứu ...................................................................................... 73 
3.2.3. Kết quả sinh PCR-RFLP và giải trình tự gen UreC của các chủng 
H. pylori nhiễm trước và sau điều trị tiệt trừ ............................................ 76 
3.2.4. Minh họa kết quả sinh học phân tử so sánh chủng H. pylori trước và 
sau điều trị tiệt trừ. ................................................................................... 90 
CHƯƠNG 4. BÀN LUẬN ............................................................................................ 95 
4.1. Phân tích tỷ lệ kháng Amoxicillin, Clarithromycin và hiệu quả phác đồ 
Esomeprazole-Amoxicilin-Clarithromycin (EAC) trên bệnh nhân loét tá 
tràng có Helicobacter pylori dương tính .................................................. 95 
4.1.1. Đặc điểm nhóm nghiên cứu ........................................................... 95 
4.1.2. Triệu chứng lâm sàng ..................................................................... 96 
4.1.3. Kích thước, số lượng và vị trí ổ loét dạ dày, tá tràng ..................... 97 
4.1.4. Tỷ lệ kháng kháng sinh Clarithromycin và Amoxicillin của H. pylori . 98 
4.1.5. Kết quả điều trị của phác đồ EAC trong điều trị loét tá tràng ...... 100 
4.1.6. Ảnh hưởng của kháng kháng sinh đối với hiệu quả điều trị của phác 
đồ EAC ................................................................................................... 108 
4.2. Xác định tình trạng tái phát hay tái nhiễm Helicobacter pylori sau điều trị 
tiệt trừ thành công, bằng kỹ thuật PCR-RFLP và PCR giải trình tự xác 
định gen UreC ........................................................................................ 112 
4.2.1. Tỷ lệ tái xuất hiện H. pylori sau điều trị tiệt trừ thành công ........ 112 
4.2.2. Tỷ lệ tái phát ổ loét tá tràng.......................................................... 115 
4.2.3. Kết quả phân biệt tái phát và tái nhiễm H. pylori sau điều trị tiệt trừ 
H. pylori thành công ............................................................................... 116 
4.3. Hạn chế của nghiên cứu......................................................................... 126 
KẾT LUẬN ....................................................................................................................128 
KIẾN NGHỊ ...................................................................................................................130 
DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH NGHIÊN CỨU CỦA TÁC GIẢ 
ĐÃ CÔNG BỐ CÓ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN ...........................................131 
TÀI LIỆU THAM KHẢO .........................................................................................133 
PHỤ LỤC
DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT 
TT Phần viết tắt Phần viết đầy đủ 
1 BN Bệnh nhân 
2 bp Base pair- cặp bazơ 
3 CLR Clarithromycin 
4 CS Cộng sự 
5 ddNTP di-deoxynucleotide triphosphate 
6 DDTT Dạ dày tá tràng 
7 DSDD dị sản dạ dày 
8 EAC Esomeprazole-Amoxicillin- Clarithromycin 
9 ELISA Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay 
10 H HhaI 
11 HDI Human development index- chỉ số phát triển con người 
12 H&E Hematoxylin và Eosin 
13 Hn Hind III 
14 HP Helicobacter pylori 
15 IL Interleukin 
16 KS Kháng sinh 
17 KSĐ Kháng sinh đồ 
18 LDD Loét dạ dày 
19 LPS Lipopolysaccharide 
20 LTT Loét tá tràng 
21 M MboI 
22 MBH Mô bệnh học 
23 MIC Minimal Inhibitory Concentration 
(Nồng độ ức chế tối thiểu) 
24 NSAID Non-steroidal anti-inflammatory drug 
TT Phần viết tắt Phần viết đầy đủ 
Thuốc kháng viêm không steroid 
25 OMVs Outer membrane vesicles – Túi màng ngoài 
26 PPIs Proton Pump Inhibitors 
Ức chế bơm proton 
27 RAPD Random Amplification of Polymorphic DNA 
Khuếch đại ngẫu nhiên DNA đa hình thái 
28 RFLP Restriction fragment length polymorphism 
Đa hình chiều dài đoạn cắt giới hạn 
29 VDD Viêm dạ dày 
30 PP Per protocol 
DANH MỤC BẢNG 
Bảng Tên bảng Trang 
Bảng 1.1. Tỷ lệ tái nhiễm H. pylori ở các nước sau điều trị tiệt trừ [63] ............. 29 
Bảng 1.2 . Kết quả dùng kỹ thuật sinh học phân tử xác định tỷ lệ tái phát 
và tái nhiễm H. pylori sau điều trị tiệt trừ ............................................. 39 
Bảng 3.1. Triệu chứng lâm sàng (n=303) .................................................................. 61 
Bảng 3.2. Phân bố kích thước ổ loét của bệnh nhân loét tá tràng n=303) ......... 61 
Bảng 3.3. Phân bố vị trí các ổ loét ở bệnh nhân loét tá tràng (n=303) ................ 62 
Bảng 3.4. Mức độ nhiễm H. pylori (n=303) ............................................................... 62 
Bảng 3.5. Tỷ lệ nuôi cấy vi khuẩn H. pylori thành công (n=303) ......................... 62 
Bảng 3.6. Tỷ lệ H. pylori kháng Clarithromycin trước điều trị (n=175) ............ 63 
Bảng 3.7. Tỷ lệ H. pylori kháng Amoxicillin trước điều trị (n=175) .................... 63 
Bảng 3.8. Tỷ lệ bệnh nhân tái khám lần đầu sau điều trị tiệt trừ H. pylori 
(n=303) ......................................................................................................... 65 
Bảng 3.9. Tỷ lệ giảm triệu chứng đau thượng vị (n=162) ..................................... 65 
Bảng 3.10. Tỷ lệ tiệt trừ H. pylori thành công (n=162) ........................................... 65 
Bảng 3.11. Tỷ lệ liền sẹo ổ loét (n=162) ...................................................................... 66 
Bảng 3.12. Mối liên quan giữa tiệt trừ H. pylori thành công và liền sẹo ổ 
loét (n=162) .................................................................................................. 66 
Bảng 3.13. Tỷ lệ liền sẹo theo mức độ nhiễm H. pylori (n=162) ........................... 67 
Bảng 3.14. Tỷ lệ điều trị tiệt trừ H. pylori thành công theo mức độ nhiễm 
(n=162) ......................................................................................................... 67 
Bảng 3.15. Tỷ lệ tác dụng không mong muốn của phác đồ điều trị 
(n=162) ......................................................................................................... 68 
Bảng 3.16. Ảnh hưởng của kháng Clarithromycin đến hiệu quả tiệt trừ 
H. pylori (n=141) ........................................................................................ 69 
Bảng 3.17. Ảnh hưởng của kháng Amoxicillin đến hiệu quả tiệt trừ H. 
pylori (n=141) .............................................................................................. 69 
Bảng 3.18. Ảnh hưởng của kháng Clarithromycin đến tỷ lệ liền sẹo 
(n=141) ......................................................................................................... 70 
Bảng 3.19. Ảnh hưởng của kháng Amoxicillin đến tỷ lệ liền sẹo ......................... 70 
Bảng 3.20. Tỷ lệ bệnh nhân tái khám sau tiệt trừ H. pylori thành công 
(n=52)............................................................................................................ 73 
Bảng 3.21. Tỷ lệ tái xuất hiện H. pylori sau điều trị tiệt trừ thành công 
(n=52)............................................................................................................ 73 
Bảng 3.22. Tỷ lệ bệnh nhân tái xuất hiện H. pylori và thời gian theo dõi 
(n=52)............................................................................................................ 74 
Bảng 3.23. Tỷ lệ loét tái phát và tình trạng H. pylori sau quá trình theo 
dõi (n=52) ..................................................................................................... 76 
Bảng 3.24. Tỷ lệ tái phát và tái nhiễm sau tiệt trừ H. pylori (n=18) ..................... 76 
Bảng 3. 25. Tỷ lệ tái phát, tái nhi ... TGTTTGTGATGCGTTTAGGCATTGCTGCCGGATTGTATTTTAAAAACATT
CTCAACGAATAAAATTTTAATCGGTAAAGACACCAGAAAAAGCGGTTACATGGTAGAAAACGCTTTAGTGAGC
GCTCTCACTTCCATAGGCTATAATGTGATTCAAATAGGGCCTATGCCTACCCCTGCGATTGCGTTTTTAACCG
AAGACATGCGCTGTGATGCGGGCATTATGATAAGCGCGAGCCACAACCCTTTTGAAGACAATGGCATTAAGTT
TTTCAATTCTTATGGCTATAAGCTTAAAGAAGAAGAAGAAAGAGCGATTGAAGAAATCTTTCATGATGAAGAA
TTACTGCATTCTAGTTATAAAGTGGGCGAGAGCGTCGGCAGCGCTAAAAGGATAGACGATGTCATAGGGCGCT
ATATCGTGCATTTAAAACACTCTTTCCCCAAACATTTGAATTTACAGAGTTTAAGGATCGTGCTAGATACCGC
TAATGGTGCGGCTTATAAAGTGGCTCCGGTCGTTTTTAGCGAGCTTGGGGCTGATGTGTTAGTGATCATGATG
 AGCCTATGGGTGTACATTAATGAGCAATGCGGGCCTTACACCCTACCATTGAGCAGGAGTGAAAAATACCGCG
CGGATCTGGCCTTGCTTTGATGCGATGCGATAGCTAGTGCTGTGATATTAAGGATATCGTGCATGGGATAAGC
TTTAGGTGTTAGGTTTATCAAATCCAAACGCCCTTAC 
2. Đoạn PCR được nhân bản từ H.pylori qua phân tích BLAST 
Đoạn sequence tải 
để so sánh 
Mô tả Tương đồng 
CP032034.1 
Helicobacter pylori strain C-Mx-2011-
145 chromosome 
93.69% 
CP012907.1 
Helicobacter pylori strain 29CaP, 
complete genome 
93.69% 
CP032911.1 
Helicobacter pylori strain 19-A-EK3 
chromosome, complete genome 
94.07% 
III. So sánh trình tự đoạn PCR được khuyếch đại trước và sau điều trị 
Mã trình tự: Query_58607 (dna), Query_58609 (dna) 
Điểm cao 
nhất 
Tổng điểm Tỷ lệ bao 
phủ 
Giá trị 
E 
Độ tương 
đồng 
Mã số 
1103 1103 96% 0.0 93.28% Query_58609 
IV. So sánh kết quả PCR- RFLP trước và sau điều trị 
 HhaI Hind III 
 Mbo I 
V. Nhận xét 
- So sánh với trình tự các chủng H.pylori trong ngân hàng gen xác định vi 
khuẩn trong mẫu sinh thiết trước và sau điều trị tiệt trừ đều là H.pylori. 
 14A 14B 14A 14B 14A 14B
 - Kết quả phân tích PCR-RFLP của chủng trước và sau điều trị khác nhau ở 
kết quả cắt bằng enzyme cắt giới hạn Hha I và Mbo I.. 
- Giải trình tự gen ureC thấy độ tương đồng hai trình tự 93.28%. Trình tự 
chủng nhiễm sau điều trị có 6,72% khác so với trình tự chủng ban đầu. 
- Chủng H.pylori nhễm sau điều trị tiệt trừ khác chủng nhiễm trước điều trị 
Bệnh phẩm mã số 15 -Bệnh nhân 114. Nguyễn Thị U. 
I. Phân tích PCR &PCR-RFLP của gen UreC trước điều trị 
1. Trình tự 449 bp 
CGAAACAAGAGAAAAAGCGTATTTCCTTTTTTTTTTTAAACATCACTTTCCAAGGCAAGGGAGCAGCCCATGT
TTGTGAGCGTTTGGGCTTGCGGCCGGATTGTATTTTCAAGCATTCTAGACCAATAAATCTTAATTGGTAAGAC
ACCAAAAAAGCGGCTATATGGTAGAAAACGCTTTATAAGTGCTTTAACTTCCATAGGCTACAATGTGATTCAA
ATAGGGCCTATGCCCACCCCTGCGATTGCGTTTTTTAACCGAAGACATGCGCTGTGATGCGGGTATTATGATA
AGCGCGAGCCCAACCCTTTTGAAAATAATGGCATAAGTTTTTCATTCTTATGGTTATATCTTAAAGAAAAAAA
AAAAACCATTGAAAAATCTTTCTGATGAAAATTACTGCATTCTAACTATAAAACGGGCCAGACCGCAGAAGAT
TAAAAGGATAC 
2. Đoạn PCR được nhân bản từ H.pylori qua phân tích BLAST 
Đoạn sequence tải 
để so sánh 
Mô tả Tương đồng 
AP014710.1 
Helicobacter pylori DNA, complete 
genome, strain: ML1 
90.32% 
CP034071.1 
Helicobacter pylori strain Hpbs1 
chromosome, complete genome 
89.33% 
CP002605.1 
Helicobacter pylori 83, complete 
genome 
89.33% 
II. Phân tích PCR &PCR-RLFL của gen UreC sau điều trị 
1. Trình tự 770 bp 
ACAAGGGCCCGCCCAAAATTCACCTCTCATGTTTGTGATGCGTTTAGGCATTGCGGCCGGGCTGTATTTTAAA
AACATTCTAAACGAATAAATTTTAATTGGTAAAGACACCAGAAAAAGCGGCTATATGGTAGAAAACGCTTTAG
TGAGCGCTTTAACTTCCATAGGCTATAATGTGATTCAAATAGGGCCTATGCCTACCCCTGCGATTGCGTTTTT
AACCGAAGACATGCGCTGTGATGCGGGTATTATGATAAGCGCAAGCCACAACCCTTTTGAAGATAATGGCATT
AAGTTTTTCAATTCTTATGGTTATAAGCTTAAAGAAGAAGAAGAAAAAGCGATTGAAGAAATCTTTCATGATG
AAGAATTACTGCATTCTAGCTATAAAGTGGGCGAGAGCGTCGGTAGTGCTAAAAGGATAGACGATGTCATAGG
GCGCTATATCGTGCATTTAAAACACTCTTTCCCCAAACATTTGAATTTACAGAGTTTAAGAATCGTGCTAGAT
 ACCGCTAATGGCGCGGCTTATAATGTGGCTCCGGTAGTTTTTAGCGAGCTTGGGGCTGATGTTTTGGTGATTA
TGATGAGCCTATGGTGTATATTATGAGCATGCGGGGCTTTACACCCTACCAGTTGAGCAGGAAGTGAAAATAC
CGCGCGATTTGGGCTTTGCTTTGATGCGATGCTGATAGCTAGTGTGTGATATTAGGAATATCGTGCATGGATA
GCTTTAGGTGTAGGGTTATCATCTCACAAACGCGCCTAAA 
2. Đoạn PCR được nhân bản từ H.pylori qua phân tích BLAST 
Đoạn sequence tải 
để so sánh 
Mô tả Tương đồng 
AP012601.1 
Helicobacter pylori OK310 DNA, 
complete genome 
94.14% 
CP025474.1 
Helicobacter pylori strain H-137 
chromosome, complete genome 
94.01% 
AP017355.1 
Helicobacter pylori DNA, nearly 
complete genome, strain: F94 
94.97% 
III. So sánh trình tự đoạn PCR được khuyếch đại trước và sau điều trị 
Mã trình tự: Query_22697 (dna), Query_22699 (dna) 
Điểm cao 
nhất 
Tổng điểm Tỷ lệ bao 
phủ 
Giá trị 
E 
Độ tương 
đồng 
Mã số 
468 468 84% 3e-136 88.69% Query_22699 
IV. So sánh kết quả PCR- RFLP trước và sau điều trị 
 HhaI Hind III 
 Mbo I 
V. Nhận xét 
 15A 15B 15A 15B 15A 1B
 - So sánh với trình tự các chủng H.pylori trong ngân hàng gen xác định vi 
khuẩn trong mẫu sinh thiết trước và sau điều trị tiệt trừ đều là H.pylori. 
- Kết quả phân tích PCR-RFLP của chủng trước và sau điều trị khác nhau ở 
kết quả cắt bằng enzyme cắt giới hạn Hha I và Mbo I.. 
- Giải trình tự gen ureC thấy độ tương đồng hai trình tự 88.69%. Trình tự 
chủng nhiễm sau điều trị có 11,31% khác so với trình tự chủng ban đầu. 
- Chủng H.pylori nhễm sau điều trị tiệt trừ khác chủng nhiễm trước điều trị. 
Bệnh phẩm mã số 16-Bệnh nhân 134. Phí Trường Th. 
I. Phân tích PCR &PCR-RFLP của gen UreC trước điều trị 
1. Trình tự 765bp 
ACGGCTCCGGGTGGACTCACCCCCATGTTTGTGATGCGTTTGGGCATTGCGGCCGGATTGTATTTTAAAGCAT
TCTAAACCAATAAATCTTAATTGGTAAAGACACCAGAAAAAGCGGCTATATGGTAGAAAACGCTTTAGTAAGT
GCTTTAACTTCCATAGGCTACAATGTGATTCAAATAGGGCCTATGCCCACCCCTGCGATTGCGTTTTTAACCG
AAGACATGCGCTGTGATGCGGGTATTATGATAAGCGCGAGCCACAACCCTTTTGAAGATAATGGCATTAAGTT
TTTCAATTCTTATGGTTATAAGCTTAAAGAAGAAGAAGAAAAAGCGATTGAAGAAATCTTTCATGATGAAGAA
TTACTGCATTCTAGCTATAAAGTGGGCGAGAGCGTCGGTAGCGCTAAAAGGATAGACGATGTCATAGGGCGCT
ATATCGTGCATTTAAAACACTCTTTCCCCAAACATTTGAATTTACAGAGTTTAAGGATCGTGCTAGATACGGC
TAATGGTGCGGCTTATAAAGTGGCTCCGGTAGTTTTTAGCGAGCTTGGGGCTGATGTTTTAGTGATTATGATG
AGCCTATGGTGCATATTATGAGCATGCGGGCTTTACACCCCACCATTGAGCAGAGTGAAAAATACCGCGCGAT
TTGGGCTTGCTTTCGATGCGATGCTGACTGCTAGTGTGTGATATTTAGATATCGTGCATGGGATAGCTTTAGG
GTGTAGGGTACATCTCTATAAAAAAACCCCTATAA 
3. Đoạn PCR được nhân bản từ H.pylori qua phân tích BLAST 
Đoạn sequence tải 
để so sánh 
Mô tả Tương đồng 
AP014710.1 
Helicobacter pylori DNA, 
complete genome, strain: ML1 
93.46% 
AP011941.1 
Helicobacter pylori F30 DNA, 
complete genome 
93.46% 
CP002605.1 
Helicobacter pylori 83, complete 
genome 
93.32% 
II. Phân tích PCR &PCR-RLFL của gen UreC sau điều trị 
1.Trình tự 753bp 
CACAGGGGGTGTGACTCGCCCCATGTTTGTGATGCGTTTGGGCATTGCGGCCGGATTGTATTTTAAAGCATTC
TAAACCAATAAATCTTAATTGGTAAGACACCAGAAAAAGCGGCTATATGGTAGAAAACGCTTTAGTGAGCGCT
TTAACTTCCATAGGCTACAATGTGATTCAAATAGGACCTATGCCTACCCCTGCGATTGCGTTTTTAACCGAAG
 ACATGCGCTGTGATGCGGGTATTATGATAAGCGCGAGCCACAACCCTTTTGAAGATAATGGCATTAAGTTTTT
CAATTCTTATGGTTATAAGCTTAAAGAAGAAGAAGAAAAAGCGATTGAAGAAATCTTTCATGATGAAGAATTA
CTGCATTCTAGCTATAAAGTGGGCGAGAGCGTCGGTAGCGCTAAAAGGATAGACGATGTCATAGGGCGCTATA
TCGTGCATTTAAAACACTCTTTCCCCAAACATTTGAATTTACAGAGTTTAAGATCGTGCTAGATACCGCTAAT
GGTGCGGCTTATAAGTGGCTCCGGTAGTTTTTAGCGAGCTTGGGGCTGATGTTTAGTGATTATGATGAGCCTA
TGGGTGTATATTATGAGCATGTGGGCTTTACACCCTACAGTTGAGCAGAGTGAAAATACGCGCGATTGGGCTT
GCTTGATGCGATGCTGATAGCTAGTGTGTGATATTCAGAATATCGTGCATGGATAGCTTAGGTGTAGGGTTAT
CATCTATAAAAAACGGCCTATAA 
2.Đoạn PCR được nhân bản từ H.pylori qua phân tích BLAST 
Đoạn sequence tải 
để so sánh 
Mô tả Tương đồng 
AP017332.1 
Helicobacter pylori DNA, nearly 
complete genome, strain: F209 
93.24% 
CP006610.2 
Helicobacter pylori UM298, 
complete genome 
93.11% 
CP005491.3 
Helicobacter pylori UM299, 
complete genome 
93.11% 
III. So sánh trình tự đoạn PCR được khuyếch đại trước và sau điều trị 
Mã trình tự: Query_39167 (dna), Query_39169 (dna) 
Điểm cao 
nhất 
Tổng điểm Tỷ lệ bao 
phủ 
Giá trị 
E 
Độ tương 
đồng 
Mã số 
1190 1190 98% 0.0 95.27% Query_39169 
IV. So sánh kết quả PCR- RFLP trước và sau điều trị 
HhaI Hind III 
 Mbo I 
V. Nhận xét 
 13A 13B 13A 13B 13A 13B
 - So sánh với trình tự các chủng H.pylori trong ngân hàng gen xác định vi 
khuẩn trong mẫu sinh thiết trước và sau điều trị tiệt trừ đều là H.pylori. 
- Kết quả phân tích PCR-RFLP của chủng trước và sau điều giống nhau ở kết 
quả cắt bằng 3 enzyme cắt giới hạn Hha I và Mbo I, Hind III. 
- Giải trình tự gen UreC thấy độ tương đồng hai trình tự 95.27%. Trình tự 
chủng nhiễm sau điều trị có 4,73 % khác so với trình tự chủng ban đầu. 
- Chủng H.pylori nhễm sau điều trị tiệt trừ giống chủng nhiễm trước điều trị. 
Bệnh phẩm mã số 17 -Bệnh nhân 217. Nguyễn Đắc T. 
I. Phân tích PCR &PCR-RFLP của gen UreC trước điều trị 
1. Trình tự 777bp 
ACAATGGAGTGACTCACCCCCATGTTTGTGATGCGTTTGGGCATTGCGGCCGGGTTGTATTTTAAAAACATTC
TAAACGAATAAAATTTTAATTGGTAAGACACCAGAAAAAGCGGCTATATGGTAGAAAACGCTTTAGTGAGCGC
TTTAACTTCCATAGGCTATAATGTGATTCAAATAGGGCCTATGCCTACCCCTGCGATTGCGTTTTTAACCGAA
GACATGCGCTGTGATGCGGGCATTATGATAAGCGCAAGCCACAACCCTTTTGAAGATAATGGCATTAAGTTTT
TCAATTCTTATGGTTATAAACTTAAAGAAGAAGAAGAAAAAGCGATTGAAGAATCTTTCATGATGAAGAATTG
CTGCATTCTAGCTATAAAGTGGGCGAGAGCGTCGGTAGCGCTAAAAGGATAGACGATGTCATAGGGCGCTATA
TCGTGCATTTAAAACACTCTTTCCCCAAACATTTGAATTTACAGAGTTTAAGGATCGTGCTAGATACGGCTAA
TGGCGCGGCTTATAAGTGGCTCCGGTAGTTTTTAGCGAGCTTGGGGCTGATGTTTTAGTGATTAATGATGAGC
CTAACGGGTGTATATTATGAGCATGCGGGGCTTTATACCCTACCACTAAGCCAGGAGTGAAAAATACCGCGCG
GATTTGGGCTTTGCTTTGATGCGATGCTGACAGGCTAGTGTGTGATATTTAGCATATCGTGCATGCGATAGCT
TTAGGGGTGTAGGGTTATCATCACTATAAAAACGCCGCGCCTATATA 
2. Đoạn PCR được nhân bản từ H.pylori qua phân tích BLAST 
Đoạn sequence tải 
để so sánh 
Mô tả Tương đồng 
CP000012.1 
Helicobacter pylori 51, complete 
genome 
93.98% 
CP002605.1 
Helicobacter pylori 83, complete 
genome 
93.85% 
CP053256.1 
Helicobacter pylori A45 chromosome, 
complete genome 
93.60% 
II. Phân tích PCR &PCR-RLFL của gen UreC sau điều trị 
1.Trình tự 681bp 
GCAGTTCTACCTCACCCCATGTTTGTGATGCGTTTGGGCGTTCCTGCCGGATTGTATTTTAAAACATTCTAAC
GAATAATTTTATTGGCAAGACACTAGAAAGCGGCTATATGGTAGAACGCTTTAGTGAGCGCTCTCACTTCCAT
AGGCTATATGTGATTCAATAGGGCCTATGCCTACCCCTGCGATTGCGTTTTTAACCGAAGACATGCGCTGTGA
TGCGGGCATTATGATAAGCGCGAGCCACAACCCTTTTGAAGATAATGGTATTAAGTTTTTCATTCTTATGGTT
ATAAGCTTAAAGAAGAAGAAGAAAAGCGATTGAAGAATCTTTCATGATGAGGATTACTGCATTCTAGCTATAA
AGTGGGCGAGAGCGTCGGTAGCGCTAAAAGGATAGACGATGTCATAGGGCGCTATATCGTGCATTTAAAACAC
 TCTTTCCCCAACATTTGATTTGCAGAGTTAAGGATCGTGCTAGATACGGCTATGGTGCGCTATAAGTGGCTCC
GGTCGTTTTAGCGAGCTGGGCTGATGTGTAGTGATATGATGAGCTATGGTGTATATTATGAGCATGCGGGCTT
TACCTACATGAGCAGATGAAATACCGGCGATAGCTGCTTTGATGCCATCTGCAGCTATGTGTGATATAGATCG
CTGGTAGCTAAGGGGGTAGTCATC 
3. Đoạn PCR được nhân bản từ H.pylori qua phân tích BLAST 
Đoạn sequence tải 
để so sánh 
Mô tả Tương đồng 
CP024947.1 
Helicobacter pylori strain J182 
chromosome, complete genome 
91.88% 
AF405553.1 
Helicobacter pylori 
phosphoglucosamine mutase (glmM) 
gene, partial cds 
91.88% 
CP032046.1 
Helicobacter pylori strain G-Mx-
2006-46 chromosome 
91.56% 
III. So sánh trình tự đoạn PCR được khuyếch đại trước và sau điều trị 
Mã trình tự: Query_39127 (dna), Query_39129 (dna) 
Điểm cao 
nhất 
Tổng điểm Tỷ lệ bao 
phủ 
Giá trị 
E 
Độ tương 
đồng 
Mã số 
828 828 89% 0.0 89.47% Query_39129 
IV. So sánh kết quả PCR- RFLP trước và sau điều trị 
 HhaI Hind III 
 Mbo I 
 17A 17B 17A 17B 17A 17B
 V. Nhận xét 
- So sánh với trình tự các chủng H.pylori trong ngân hàng gen xác định vi 
khuẩn trong mẫu sinh thiết trước và sau điều trị tiệt trừ đều là H.pylori. 
- Kết quả phân tích PCR-RFLP của chủng trước và sau điều trị khác nhau ở 
kết quả cắt bằng enzyme cắt giới hạn Hha I và HindIII.. 
- Giải trình tự gen ureC thấy độ tương đồng hai trình tự 89.47%. Trình tự 
chủng nhiễm sau điều trị có 10,53% khác so với trình tự chủng ban đầu. 
- Chủng H.pylori nhễm sau điều trị tiệt trừ khác chủng nhiễm trước điều trị. 
Bệnh phẩm mã số 18 -Bệnh nhân 225 
I. Phân tích PCR &PCR-RFLP của gen UreC trước điều trị 
1. Trình tự 763bp 
AACGAGGCGTGAAGTCGCCCATGTTTGTGATGCGTTTAGGCATTGCTGGCCGGGTCTGTATTTTAAAAACATT
CTCAAACGAATATATTTTATTGGTAAGACACCAGAAAAGCGGCTATATGGTAGAAAACGCTTTAGTGAGCGCT
TTCACTTCCATAGGCTATAATGTGATTCAAATAGGGCCTATGCCTACCCCTGCGATTGCGTTTTTAACCGAAG
ACATGCGCTGTGATGCGGGTATTATGATAAGCGCGAGCCACAACCCTTTTGAAGATAATGGCATTAAGTTTTT
CAATTCTTATGGTTATAAGCTTAAAGAAGAAGAAGAAAAAGCGATTGAAGAAATCTTTCATGATGAAGAATTA
CTGCATTCTAGCTATAAAGTGGGCGAGAGCGTCGGTAGTGCTAAAAGGATAGACGATGTCATAGGGCGCTATA
TCGTGCATTTAAAACACTCTTTCCCCAAACATTTGAATTTACAGAGTTTAAGGAATCGTGCTAGATACCGCTA
ATGGCGCGGCTTATAAGTGGCTCCGGTAGTTTTTAGCGAGCTTGGGGCTGATGTGTTGGTGATCATGATGAGC
CTATGGTGTAATATTATGAGCATGCGGGCTTTACACCCTACCAGTTGAGCCAGAGTGAAAAATACGCGCGATC
TGGGCTTTGCTTTGATGCGATGCTGATAGCTAGTGTGTGATATTTAGGATATCGTGCATGGATAGCTTTAGGG
TGTAGGTATCATCATTCAAAAAAACCGCCTTAA 
4. Đoạn PCR được nhân bản từ H.pylori qua phân tích BLAST 
Đoạn sequence tải 
để so sánh 
Mô tả Tương đồng 
CP000012.1 
Helicobacter pylori 51, complete 
genome 
92.29% 
CP053256.1 
Helicobacter pylori A45 
chromosome, complete genome 
92.29% 
CP003483.1 
Helicobacter pylori Aklavik117, 
complete genome 
92.29% 
II. Phân tích PCR &PCR-RLFL của gen UreC sau điều trị 
1.Trình tự 756bp 
AACGGGGCGTGAGCTCACCCCCATGTTTGTGATGCGTTTAGGCATTGCTGCCGGATTGTATTTTAAAAACATT
CTCAACGAATAAAATTCTAATCGGTAAGACACCAGAAAAAGCGGCTATATGGTAGAAAACGCTTTAGTGAGCG
 CTTTAACTTCCATAGGCTACAATGTGATTCAAATAGGGCCTATGCCTACCCCTGCGATTGCGTTTTTAACCGA
AGACATGCGCTGTGATGCGGGTATTATGATAAGTGCGAGCCACAACCCTTTTGAAGATAATGGCATTAAGTTT
TTCAATTCTTATGGTTATAAGCTTAAAGAAGAAGAAGAAAAAGCGATTGAAGAATCTTTCATGATGAAGAATT
GCTGCATTCTAGCTATAAAGTGGGCGAGAGCGTCGGTAGCGCTAAAAGGATAGATGATGTCATAGGGCGCTAT
ATTGCGCATTTAAAACACTCTTTCCCCAAACATTTGAATTTACAGAGTTTAAGGATCGTGCTAGATACCGCTA
ATGGTGCGGCTTATAAGTGGCTCCGGTAGTTTTTAGCGAGCTTGGGGCTGATGTTTTAGTGATTATGATGAGC
CTATGGTGTACATTATGAGCATGCGGGCTTTACACCCTACCAGTTGAGCAGGAGTGAAAATACGCGCGATCTG
GGCTTGCTTTGATGCGATGCTGACTGCTAGTGTGTGATATTAGATATCGTGCATGGGATAGCTTAGGGTGTTA
GGGTATCATTAAAAAAGCGCTATAAA 
2. Đoạn PCR được nhân bản từ H.pylori qua phân tích BLAST 
Đoạn sequence tải 
để so sánh 
Mô tả Tương đồng 
AP017335.1 
Helicobacter pylori DNA, nearly 
complete genome, strain: F211 
92.45% 
CP025474.1 
Helicobacter pylori strain H-137 
chromosome, complete genome 
92.43% 
AP017343.1 
Helicobacter pylori DNA, nearly 
complete genome, strain: F51 
92.32% 
III. So sánh trình tự đoạn PCR được khuyếch đại trước và sau điều trị 
Mã trình tự: Query_6179 (dna), Query_6181 (dna) 
Điểm cao 
nhất 
Tổng điểm Tỷ lệ bao 
phủ 
Giá trị 
E 
Độ tương 
đồng 
Mã số 
1123 1123 98% 0.0 93.82% Query_6181 
IV. So sánh kết quả PCR- RFLP trước và sau điều trị 
 HhaI Hind III 
 Mbo I 
V. Nhận xét 
 18A 18B 18A 18B 18A 18B
 - So sánh với trình tự các chủng H.pylori trong ngân hàng gen xác định vi 
khuẩn trong mẫu sinh thiết trước và sau điều trị tiệt trừ đều là H.pylori. 
- Kết quả phân tích PCR-RFLP của chủng trước và sau điều trị khác nhau ở 
kết quả cắt bằng enzyme cắt giới hạn Hha I và HindIII.. 
- Giải trình tự gen ureC thấy độ tương đồng hai trình tự 93.82%. Trình tự 
chủng nhiễm sau điều trị có 6,18 % khác so với trình tự chủng ban đầu. 
- Chủng H.pylori nhễm sau điều trị tiệt trừ khác chủng nhiễm trước điều trị