Luận án Nghiên cứu vật liệu khởi đầu phục vụ chọn tạo giống đậu xanh kháng bệnh khảm vàng

LỜI CAM ĐOAN 
i liệu trích dẫn đã được chỉ rõ nguồn gốc. 
Hà Nội, ngày tháng năm 2016 
Tác giả luận án 
 Bùi Thị Thu Huyền 
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT 
VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM 
---------------------------------------- 
BÙI THỊ THU HUYỀN 
NGHIÊN CỨU VẬT LIỆU KHỞI ĐẦU PHỤC VỤ 
CHỌN TẠO GIỐNG ĐẬU XANH KHÁNG BỆNH 
KHẢM VÀNG 
LUẬN ÁN TIẾN SỸ NÔNG NGHIỆP 
HÀ NỘI – 2016 
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT 
VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM 
---------------------------------------- 
BÙI THỊ THU HUYỀN 
NGHIÊN CỨU VẬT LIỆU KHỞI ĐẦU PHỤC VỤ 
CHỌN TẠO GIỐNG ĐẬU XANH KHÁNG BỆNH 
KHẢM VÀNG 
Chuyên ngành : Di truyền và chọn giống cây trồng 
Mã số : 62.62 01 11 
LUẬN ÁN TIẾN SỸ NÔNG NGHIỆP 
NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HOC̣ 
1. PGS.TS. Hà Viết Cường 
2. TS. Trần Danh Sửu 
HÀ NỘI – 2016 
i 
LỜI CAM ĐOAN 
Tôi xin cam đoan các kết quả nghiên cứu được trình bày trong luận 
án là do tôi thực hiện. Các số liệu và kết quả nghiên cứu đã nêu trong 
luận án là trung thực và chưa được ai công bố trên bất kỳ một công trình 
nghiên cứu nào khác. Tôi xin cam đoan mọi sự giúp đỡ đã được cám ơn, 
các tài liệu trích dẫn đã được chỉ rõ nguồn gốc. 
Hà Nội, ngày tháng năm 2016 
Tác giả luận án 
 Bùi Thị Thu Huyền 
ii 
LỜI CẢM ƠN 
Để hoàn thành được luận án này, nghiên cứu sinh đã nhận được sự tận 
tình giúp đỡ của nhiều tập thể và cá nhân. 
Nghiên cứu sinh xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến PGS. TS. Hà Viết 
Cường, TS. Trần Danh Sửu, những người thầy đã tận tình dẫn dắt, động viên 
và tạo mọi điều kiện thuận lợi trong suốt quá trình nghiên cứu khoa học và 
hoàn thành luận án. 
Nghiên cứu sinh biết ơn những ý kiến đóng góp quý báu của các Thầy 
Cô công tác tại Ban Đào tạo sau đại học - Viện Khoa học Nông nghiệp Việt 
Nam trong suốt quá trình học tập tại đây. 
Nghiên cứu sinh xin chân thành cảm ơn các cán bộ, bạn bè đồng nghiệp 
công tác tại Bộ môn Nhân giống và đánh giá nguồn gen, Bộ môn Đa dạng sinh 
học Nông nghiệp – Trung tâm Tài nguyên Thực vật, Trung tâm nghiên cứu Bệnh 
cây nhiệt đới – Học viện Nông nghiệp Việt Nam, Phòng Virus học và Phòng chỉ 
thị Phân tử - Trung tâm Rau Thế giới đã chia sẻ kinh nghiệm, giúp đỡ động viên 
trong suốt quá trình thực hiện luận án. 
Nghiên cứu sinh xin trân trọng gửi lời cảm ơn tới Ban Lãnh Đạo Trung 
tâm Tài nguyên Thực vật, Chủ nhiêṃ tiểu dư ̣ án GIZ taị Viêṭ Nam, TS. 
Nguyêñ Thi ̣ Lan Hoa, Chủ nhiêṃ Dư ̣ án GIZ taị AVRDC, TS. Lawrence 
Kenyon, HTX Nam An Nghiệp, huyện Tuy An, Phú Yên đã tạo điều kiện học 
tập và giúp đỡ tận tình trong quá trình thực hiện nghiên cứu này. 
Cuối cùng, nghiên cứu sinh xin cảm ơn gia đình và bạn bè đã động viên 
khích lệ trong suốt quá trình học tập và hoàn thành luận án. 
Hà Nội, ngày tháng năm 2016 
 Tác giả luận án 
 Bùi Thị Thu Huyền 
iii 
MỤC LỤC 
Lời cam đoan i 
Lời cảm ơn ii 
Mục lục ii 
Danh mục chữ viết tắt vi 
Danh mục bảng vii 
Danh mục hình ix 
MỞ ĐẦU 1 
CHƯƠNG I: TỔNG QUAN TÀI LIÊỤ, CƠ SỞ KHOA HỌC CỦA ĐỀ TÀI 5 
1.1. Cây đậu xanh 5 
1.1.1. Nguồn gốc và phân loại của cây đậu xanh 5 
1.1.2. Đặc điểm nông sinh học và yêu cầu sinh thái của cây đậu xanh 6 
1.1.3. Giá trị kinh tế và giá trị sử dụng của cây đậu xanh 7 
1.1.4. Tình hình nghiên cứu, sản xuất đậu xanh trên thế giới và Việt Nam 8 
1.2. Đa dạng di truyền cây đậu xanh 13 
1.2.1. Kích thước bộ gen cây đậu xanh 13 
1.2.2. Các chỉ thị ADN dùng cho đánh giá đa dạng di truyền đậu xanh 14 
1.2.3. Nghiên cứu đa dạng di truyền cây đậu xanh bằng chỉ thị phân tử 14 
1.2.4. Đa dạng nguồn gen cây đậu xanh 17 
1.3. Những nghiên cứu về bệnh khảm vàng đậu xanh 18 
1.3.1. Bệnh khảm vàng hại đậu xanh và lịch sử phát hiện 18 
1.3.2. Triệu chứng và tác hại do bệnh khảm vàng gây ra 19 
1.3.3. Virus gây bệnh khảm vàng và đặc điểm cấu trúc bộ gen. 21 
1.3.4. Con đường lây truyền bệnh 23 
1.3.5. Điều kiện sinh thái của vectơ và virus 24 
1.3.6. Phổ ký chủ của virus 24 
1.3.7. Nghiên cứu nguồn kháng virus và vectơ 25 
1.3.8. Đánh giá nguồn gen và chọn giống đậu xanh kháng bệnh khảm vàng 26 
iv 
1.4. Nghiên cứu lập bản đồ di truyền và ứng dụng trong cải tiến giống 
 ở cây đậu xanh. 29 
1.4.1. Nghiên cứu lập bản đồ di tuyền ở cây đậu xanh 29 
1.4.2. Lập bản đồ so sánh bộ gen 34 
1.4.3. Nghiên cứu lập bản đồ các gen chính và QTL ở đậu xanh 35 
1.4.4. Lập bản đồ vật lý trên cây đậu xanh 37 
1.4.5. Tiềm năng ứng dụng những thành tựu nghiên cứu hệ gen đậu xanh 
trong cải tiến di truyền cây trồng kháng bệnh nhờ MAS 41 
1.5. Nghiên cứu sử dụng chỉ thị phân tử và lập bản đồ phân tử ở Việt Nam 43 
CHƯƠNG II: VÂṬ LIÊỤ, NÔỊ DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 44 
2.1. Vật liệu nghiên cứu 44 
2.2. Nội dung nghiên cứu 45 
2.3. Thời gian và địa điểm nghiên cứu 45 
2.4. Phương pháp nghiên cứu 46 
2.4.1. Phương pháp xác định virus gây bệnh khảm vàng đậu xanh 46 
2.4.2. Phương pháp đánh giá đa dạng di truyền sử dụng DArT 49 
2.4.3. Phương pháp đánh giá khả năng kháng bệnh khảm vàng trên đậu xanh 50 
2.4.4. Phương pháp đánh giá kiểu gen bằng giải trình tự (GBS) 53 
2.4.5. Phân tích QTLs (Quantitative Trait Loci) 57 
CHƯƠNG III: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 58 
3.1. Phân lập và xác định virus gây bệnh khảm vàng trên đậu xanh 58 
3.1.1. Kết quả thu mẫu bệnh khảm vàng trên cây đậu xanh, các cây họ đậu 
khác tại Việt Nam 58 
3.1.2. Thiết kế mồi phát hiện các virus gây hại trên cây đậu xanh và các cây 
họ đậu khác bằng kỹ thuật PCR 60 
3.1.3. Kết quả chuẩn đoán bệnh virus trên đậu xanh và các cây họ đậu khác 
bằng kỹ thuật PCR 64 
3.1.4. Kết quả giải và phân tích trình tự ADN-A của begomovirus 66 
3.1.5. Kết quả phân tích nguồn gốc phát sinh loài của MYMV từ các trình tự 
ADN-A và ADN-B hoàn chỉnh của Việt Nam 68 
v 
3.2. Đánh giá khả năng kháng bệnh khảm vàng trên đồng ruộng và đặc điểm 
nông sinh học của các mẫu giống đậu xanh 72 
3.2.1. Đánh giá khả năng kháng bệnh khảm vàng 72 
3.2.2. Đánh giá đặc điểm nông sinh học của các mẫu giống đậu xanh 79 
3.3. Đánh giá đa dạng di truyền nguồn gen đậu xanh 86 
3.3.1. Thống kê các chỉ tiêu đánh giá đa dạng di truyền bằng chỉ thị DArT 87 
3.3.2. Phân tích khoảng cách di truyền của các giống đậu xanh 90 
3.3.3. Kết quả chọn tổ hợp lai để xây dựng quần thể lập bản đồ 95 
3.4. Nghiên cứu lập bản đồ gen ở cây đậu xanh 97 
3.4.1. Đánh giá kiểu hình tính kháng bệnh khảm vàng 97 
3.4.2. Đánh giá kiểu gen kháng bệnh khảm vàng bằng giải trình tự 106 
3.4.3. Lập bản đồ liên kết di truyền, bản đồ vật lý của quần thể 
đậu xanh nghiên cứu 109 
3.4.4. Lập bản đồ QTL cho tính kháng bệnh khảm vàng trên đậu xanh 111 
Kết luận và đề nghị 120 
Danh mục các công trình đã công bố có liên quan đến luận án 122 
Tài liệu tham khảo 122 
Phụ lục 143 
vi 
DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT 
ADN Acid Deoxyribo Nucleic Axít Deoxyribonucleic 
AFLP Amplified Fragment Length 
Polymorphism 
Đa hình chiều dài đoạn phân cắt được 
nhân bội 
ARN Acid Ribonucleic Axít Ribonucleic 
A,C,G,T Adenine, Cytosine, 
Guanine, Thyamine 
bp Base pair Cặp bazơ 
BSA Bulked Segregant Analysis Phân tích phân ly nhóm 
CAPS Cleaved Amplified 
Polymorphic Sequences 
Đa hình các phân đọan nhân bản được 
cắt giới hạn 
cM Centimorgan Đơn vị khoảng cách bản đồ di truyền 
CRM Comprehensive reference 
map 
Bản đồ tham khảo 
CTAB Cetyltrimethylammonium 
bromide 
DArT Diversity Array Technology Công nghệ phân tích đa dạng 
EST Expressed Sequence Tag Đoaṇ trình tư ̣biểu hiêṇ (là một đoạn 
trình tự ngắn của một chuỗi cDNA) 
GBS Genotyping by Sequencing Đánh giá kiểu gen bằng giải trình tự 
H Observerd Heterogeneity Hê ̣số di ̣ hơp̣ 
ISSR 
Inter-Simple Sequence 
Repeat 
Trình tư ̣xen giữa các SSR 
LG Linkage group Nhóm liên kết 
MAS Marker Assisted Selection Chọn lọc nhờ chỉ thị phân tử 
NBS-LRR Nucleotide binding site – 
leucine rich repeat 
Vị trí liên kết nucleotide tại những 
Vùng lặp lại giàu leucine 
PIC Polymorphism Information 
Content 
Hệ số đa dạng gen 
PCR Polymerase chain reaction Phản ứng chuỗi trùng hơp̣ 
QTLs Quantitative trait loci Những locut tính trạng số lượng 
RAPD Randomly amplified 
polymorphic DNA 
Đa hình ADN được nhân bôị ngẫu 
nhiên 
RFLP Restriction fragment length 
polymorphisms 
 Đa hình chiều dài đoạn phân cắt giới 
hạn 
RGAs Resistance gene analog Những yếu tố tương tự gen kháng 
RIL Recombinant inbred lines Dòng thuần tái hơp̣ 
SFR Super Fine Resolution Đô ̣phân giải cao 
SSRs Simple sequence repeats Những trình tự lặp lại đơn giản 
SNP Single nucleotide 
polymorphisms 
Đa hình một nucleotid 
vii 
DANH MỤC BẢNG 
TT 
bảng 
Tên bảng Trang 
1.1 Một số loài hoang dại và loài trồng thuộc chi Vigna với tên 
thường gọi và nguồn gốc phát sinh 
6 
1.2 Diện tích và năng suất đậu xanh ở Việt Nam 13 
2.1 Nguồn gốc các nguồn gen đậu xanh được đánh giá khả năng 
kháng bệnh khảm vàng tại Phú Yên 
44 
2.2 Các mồi chung phát hiện ADN-A và ADN-β 47 
2.3 Thang điểm (1-6) đánh giá bệnh khảm vàng (MYMD) 51 
3.1 Tổng hợp kết quả điều tra, thu thập mẫu bệnh Begomovirus 58 
3.2 Kết quả thiết kế mồi cho ADN-A của begomovirus 63 
3.3 Tổng hợp kết quả thu thập theo nhóm cây trồng 64 
3.4 Trình tự của các cặp mồi chống lưng được thiết kế để khuếch đại 
toàn bộ ADN-A và ADN-B của MYMV thu thập từ Việt Nam 
67 
3.5 Các mẫu bệnh được giải trình tự đoạn ADN-A và ADN-B có 
chiều dài hoàn chỉnh (full length) 
71 
3.6 Thống kê mức độ nhiễm bệnh khảm vàng của tập đoàn đậu xanh 
tại Phú Yên vụ Hè 2012 và 2013 
74 
3.7 Danh sách các nguồn gen đậu xanh có khả năng kháng bệnh 
khảm vàng được đánh giá tại Phú Yên qua 2 năm 2012 và 2013 
75 
3.8 Kết quả phân tích ANOVA về ổn định tính kháng của các nguồn 
gen đậu xanh nghiên cứu qua các năm 
77 
3.9 Thời gian sinh trưởng và chiều cao cây của các nguồn gen đậu 
xanh trong tập đoàn 
82 
3.10 Tham số thống kê và phân bố các yếu tố cấu thành năng suất và 
năng suất của các nguồn gen trong tập đoàn đậu xanh 
84 
viii 
3.11 Danh sách các mẫu giống đậu xanh triển vọng trong tập đoàn 
đậu xanh vụ Hè 2013 
86 
3.12 Các giá trị nội dung thông tin đa hình (PIC) cho 560 chỉ thị DarT 87 
3.13 Mối quan hệ giữa chất lượng và các thành phần khác của các 
chỉ thị DArT với 92 nguồn gen đậu xanh 
88 
3.14 Các giá trị PIC cho các chỉ thị DArT đa hình với 54 nguồn gen 
đậu xanh 
89 
3.15 Mối quan hệ giữa chất lượng và các thành phần khác của các 
chỉ thị DArT với 54 nguồn gen đậu xanh 
89 
3.16 Bảng tổng hợp các chỉ tiêu chọn các cặp bố mẹ 96 
3.17 Phân ly kiểu hình tính kháng bệnh khảm vàng của quần thể 
đậu xanh 200 dòng F2:3 và 71 dòng F2:3 rút gọn 
100 
3.18 Phân tích quy luật di truyền tính kháng bệnh khảm vàng của 
quần thể đậu xanh F2:3 trên đồng ruộng 
101 
3.19 Một số đặc điểm nông sinh học chính của hai dòng đậu xanh F5 
triển vọng: dòng 148 và dòng 178 
105 
3.20 Kết quả gọi ra chỉ thị SNP từ phân tích GBS 108 
3.21 Tổng hợp lập bản đồ di truyền đậu xanh dựa trên chỉ thị SNP 110 
3.22 Các QTL quy định tính trạng kháng MYMV của quần thể 
đậu xanh F2:3 lập bản đồ 
113 
3.23 Trình tự ADN chứa chỉ thị SNP liên kết với các vùng QTL chính 114 
3.24 Các vùng QTL xác định được bằng phương pháp SMR 116 
3.25 Các vùng QTL xác định được bằng phương pháp CIM 118 
3.26 Danh sách các chỉ thị được lựa chọn cho việc đánh giá chỉ thị 119 
ix 
DANH MỤC HÌNH 
TT 
hình 
Tên hình Trang 
1.1 Quan hệ di truyền giữa các loài thuộc chi Vinga 6 
1.2 Diện tích đậu xanh của một số nước trên thế giới 11 
1.3 Sản lượng đậu xanh của một số nước trên thế giới 11 
1.4 Năng suất TB của một số nước trên thế giới 12 
1.5 Phân bố bệnh khảm vàng ở Châu Á 19 
1.6 Triệu chứng bệnh khảm vàng trên cây đậu xanh 20 
1.7 Cấu trúc hệ gen của Begomovirus bộ gen kép 22 
1.8 Vectơ truyền bệnh – Bọ phấn (Bemisa tabaci) 23 
1.9 Các loài thuộc chi Vigna bị bệnh khảm vàng gây ra bởi MYMV 25 
2.1 Tạo cây nguồn để lây nhiễm nhân tạo 52 
2.2 Các adapter cho GBS, các mồi giải trình tự và PCR 54 
2.3 Các bước xây dựng thư viện cho GBS 55 
2.4 Quy trình phân tích số liệu GBS 56 
3.1 Các triệu chứng khảm vàng ở đậu xanh tại Phú Yên 59 
3.2 Định vị các vùng thu thập mẫu bệnh khảm vàng chính tại Việt 
Nam, năm 2011-2013 
59 
3.3 Minh họa phản ứng PCR phát hiện begomovirus trên cây đậu xanh 66 
3.4 Cây phát sinh loài của begomovirus gây hại cây họ đậu xây dựng 
dựa trên trình tự nucleotide đầy đủ ADN-A 
70 
3.5 Cây phát sinh loài của begomovirus gây hại cây họ đậu xây dựng 
dựa trên trình tự nucleotide đầy đủ ADN-B 
70 
3.6 Tỉ lệ phản ứng của các nguồn gen đậu xanh với bệnh khảm vàng 
vụ Hè năm 2012 và 2013 tại Phú Yên 
74 
x 
3.7 Biểu đồ nhiệt độ, lượng mưa tại Phú Yên 2010-2012 76 
3.8 Độ ổn định tính kháng của các nguồn gen đậu xanh kháng bệnh 
qua các năm 
77 
3.9 Động thái tăng triệu chứng bệnh của các nguồn gen đậu xanh 
kháng bệnh so với đối chứng nhiễm bệnh 
77 
3.10 Điện di kiểm tra sản phẩm PCR các nguồn gen kháng NM92, 
NM94, VC3960-88 sử dụng cặp mồi MY-AF1/R1 
78 
3.11 Các giống đậu xanh kháng bệnh khảm vàng được chọn lọc 
tại Tùy Hòa, Phú Yên năm 2012-2013 
79 
3.12 Sơ đồ hình cây biểu diễn mối quan hệ của 94 nguồn gen đậu xanh 
nghiên cứu 
93 
3.13 Sơ đồ hình cây biểu diễn mối quan hệ của 54 nguồn gen đậu xanh 
nghiên cứu 
94 
3.14 Phân bố kiểu hình kháng bệnh khảm vàng của quần thể F2:3 đậu xanh 98 
3.15 Đánh giá kiểu hình kháng bệnh ở 35 và 55 ngày sau trồng 99 
3.16 Phân lớp kiểu hình kháng bệnh MYMV của 200 dòng và 71 dòng 
quần thể đậu xanh F2:3 
100 
3.17 Lây nhiễm 71 dòng của quần thể đậu xanh F2:3 bằng bọ phấn 103 
3.18 Triệu chứng của bệnh MYMV sau lây nhiễm 103 
3.19 Phân ly kiểu hình tính kháng của quần thể đậu xanh tuân theo 
quy luật phân phối chuẩn 
104 
3.20 Hình ảnh hạt và quả của dòng đậu xanh triển vọng 178 và 148 106 
3.21 Kiểu hình kháng bệnh của dòng 148 106 
xi 
3.22 Biểu đồ biểu diễn số lượng đoạn đọc ngắn trên mỗi mẫu thu được 
từ giải trình tự 
107 
3.23 Bản đồ liên kết di truyền của quần thể đậu xanh nghiên cứu 110 
3.24 Bản đồ vật lý gồm 11 nhiễm sắc thể của quần thể đậu xanh 
NM94xKPS2 (được lập bằng GBS) 
111 
3.25 Các vùng QTL chính của tính trạng kháng MYMV của quần thể 
đậu xanh trên các nhiễm sắc thể và giá trí LOD của nó 
114 
3.26 Vị trí các vùng QTL trên bản đồ vật lý của đậu xanh bằng SMR 116 
3.27 Vị trí các vùng QTL trên bản đồ vật lý của đậu xanh bằng CIM 118 
1 
MỞ ĐẦU 
1. Tính cấp thiết của đề tài 
Đậu xanh (Vigna radiata (L.) Wilczek.) là một trong những cây thực 
phẩm họ đậu quan trọng ở Châu Á nói chung, khu vực Nam Á và Đông Nam 
Á nói riêng trong đó có Việt Nam. Đậu xanh rất giàu và cân đối protein, thời 
gian sinh trưởng ngắn, có khả năng chịu hạn, thích ứng rộng với môi trường. 
Tuy nhiên, năng suất đậu xanh hiện nay còn thấp và biến động lớn giữa các 
quốc gia. Nguyên nhân chính làm cho năng suất đậu xanh thấp là do sâu bệnh 
hại và thiếu giống kháng sâu bệnh. 
Một trong những bệnh hại nghiêm trọng nhất đến canh tác đậu xanh là 
b ... 011-2-186 4.41 S - 
146 VR2011-2-187 3.52 MS - 
147 VR2011-2-188 4.58 S 4.50 S 
148 VR2011-2-189 2.11 R 2.23 R 
149 VR2011-2-190 3.87 MS - 
150 VR2011-2-191 4.15 S - 
151 VR2011-2-192 2.33 R 2.50 R 
152 VR2011-2-193 3.30 MR - 
153 VR2011-2-194 2.48 R 2.86 MR 
154 VR2011-2-195 3.54 MS - 
155 VR2011-2-196 3.41 MR - 
156 VR2011-2-198 3.59 MS - 
157 VR2011-2-199 3.74 MS 3.87 MS 
158 VR2011-2-201 2.91 R - 
159 VR2011-2-202 3.96 MS 4.00 S 
160 VR2011-2-203 3.70 MS - 
161 VR2011-2-204 4.38 S - 
162 VR2011-2-205 3.58 MS - 
163 VR2011-2-206 3.71 MS - 
164 VR2011-2-207 4.22 S 3.73 MS 
165 VR2011-2-208 3.69 MS - 
166 VR2011-2-209 4.43 S 3.93 MS 
167 VR2011-2-210 3.32 MR - 
168 VR2011-2-211 3.11 MR - 
169 VR2011-2-212 3.58 MS - 
170 VR2011-2-213 3.66 MS - 
171 VR2011-2-214 4.17 S 3.42 MR 
172 VR2011-2-215 2.75 R 2.95 MR 
STT Kí hiệu dòng 
Đánh giá trên đồng ruộng 
trong đk tự nhiên 
Đánh giá trong nhà lưới cách ly trong điều 
kiện lây nhiễm nhân tạo Chỉ số bệnh 
TB (55 ngày 
sau trồng) 
Phản ứng 
bệnh 
Chỉ số bệnh TB 
(55 ngày sau 
trồng) 
Phản ứng bệnh 
173 VR2011-2-216 3.85 MS - 
174 VR2011-2-217 3.48 MR - 
175 VR2011-2-219 3.42 MR 3.62 MS 
176 VR2011-2-220 4.08 S 3.58 MS 
177 VR2011-2-222 4.39 S 3.71 MS 
178 VR2011-2-223 2.04 R 2.11 R 
179 VR2011-2-224 3.08 MR - 
180 VR2011-2-225 4.00 S - 
181 VR2011-2-226 2.86 R 2.77 MR 
182 VR2011-2-227 4.29 S - 
183 VR2011-2-228 3.11 MR - 
184 VR2011-2-231 4.39 S 3.92 MS 
185 VR2011-2-232 3.52 MS - 
186 VR2011-2-234 3.68 MS - 
187 VR2011-2-235 4.22 S - 
188 VR2011-2-236 3.09 MR - 
189 VR2011-2-237 3.75 MS - 
190 VR2011-2-238 3.19 MR - 
191 VR2011-2-239 4.38 S - 
192 VR2011-2-240 2.96 R - 
193 VR2011-2-241 4.39 S - 
194 VR2011-2-243 4.65 S - 
195 VR2011-2-244 3.68 MS - 
196 VR2011-2-245 2.61 R 3.00 R 
197 VR2011-2-247 4.74 S 4.38 S 
198 VR2011-2-248 3.48 MR - 
199 VR2011-2-249 2.89 R - 
200 VR2011-2-250 3.09 MR - 
P1 KPS2 4.93 S 4.76 S 
P2 NM94 2.33 R 2.57 R 
Phụ lục 9. Các đoạn trình tự chứa các SNP đề xuất đánh giá 
Các vùng QTL xác định được bằng QTL icmapping và chỉ thị SNP chặn 2 đầu của vùng 
QTL 
mymv1-1 
Đoạn trình tự chứa chỉ thị bên trái: 
>Vr01 Vr01:36171500..36171600 (36171544) (101 bp) 
CCAAAGAAAGATACGCTGCTGCGTCTGCACCACCCAGGTCCTGG[A/G]GACGTCAAATCTGAACC
GTTGGATTGCCAAAACCAGCTCGAGAATCAGGAAGCACC 
Đoạn trình tự chứa chỉ thị bên phải: 
>Vr01 Vr01:35678450..35678570 (35678505) (121 bp) 
GGCTATGCCAATTCACACTTTTTCCCATCAAATCAGTATTCAGTATTTCATTTTG[A/G]GCCAAGTC
TTTATTTTTCAAAGATAAACCGGGTTGTCTCAGTTGCTCTAATTTTGGGGGAGCTTT 
mymv1-2 
Đoạn trình tự chứa chỉ thị bên trái: 
>Vr05 Vr05:5694470..5694600 (5694513) (131 bp) 
TGCGGTTTCTTTCGATGGTTTTGCGATCAAGTTTAGTGGAATC[A/T]TCGATGGTGCTTGCTGCTA
ATCTCTTCTTCATCTTGATCGATTGCGAGGTTATTTCATAAGTTTGTGTGAAAGAGAAGTGATTAG
GG 
Đoạn trình tự chứa chỉ thị bên phải: 
>Vr05 Vr05:5179450..5179570 (5179489) (121 b) 
AGGGCTTGGTCTTGACTTAAACCAAGTGGATGATGCTTC[T/C]GACATGGGCATTTGCTTGAACA
GTAATCATAAAATTGATGTGCCAATTATGCAGGGGAAATCATCATTGGGTGGTCCACCA 
mymv1-3 
Đoạn trình tự chứa chỉ thị bên trái: 
>Vr07 Vr07:6674651..6674750 (6674722) (100 bp) 
TCAAGTGAAATGAAAAAATACCCCAACAAAAACCAAAAATGGCATGTGAACAGCATACCAGAAG
AATCTTT[C/A]GCAGACTGAGCTTGCACCTGAGCTGCAT 
Đoạn trình tự chứa chỉ thị bên phải: 
>Vr07 Vr07:11673095..11673155 (11673121) (61 bp) 
ATTTAGTATTAAGTCATGGCTGCCAC[G/A]TTTGTCAATTAGGATGCATGGTGATTGATTTCTT 
mymv1-4 
Đoạn trình tự chứa chỉ thị bên trái: 
>Vr09 Vr09:20592321..20592402 (20592377) (82 bp) 
TTGGTAATTTAATCTGTAGGGAGTTTCCAGCACATCACGAGCAACATCCAAATTGC[T/C]TCTTCAT
CCAGCAGCAGCCCACAAT 
Đoạn trình tự chứa chỉ thị bên phải: 
>Vr09 Vr09:20592280..20592380 (20592336) (101 bp) 
GATATTGACTTTAGAAGTGATAAATGGTGCAGCGGGGCCCATTGGTAATTTAATCT[G/T]AGGGA
GTTTCCAGCACATCACGAGCAACATCCAAATTGCTTCT 
Các chỉ thị được phát hiện bằng phân tích SMR 
Đoạn trình tự chứa chỉ thị: 
>Scaffold_183 Scaffold:419900..419992 (419936) (93 bp) 
ATTTGTTGCAAATCAAAATAAGCCCCCTGAAGTTGTGAGCATCCTT[G/A]TCACAAACAAACACAA
GCTTTTGCAATTTTTGGAAAACTTCAATTG 
>scaffold_184 scaffold_184:377032..377123 (377097) (92 bp) 
TTTTTAGGGTTATTATAATAATTTTTAGGGTTATTATAATAACTTGTAGGGTTATAGAAAACTCT 
[C/T]AACTTTGTAAATCATGGCACAGCAAC 
>Vr03 Vr03:10571650..10571750 (10571694) (101 bp) 
CGAAATTTAGGGGGTGAAGTGTTTTGTATGCTTGTGAAATTATA[A/T]AAGTAAAATGTTAAACA
AATAACTCATTTCTCAGGTCAACTTTTTAAAATGTCATG 
>Vr04 Vr04:15430120..15430279 (15430209) (159 bp) 
TTGCTAATGTAACTACTTAAATAAGCAAACTGCATGGATCCTGTTTGAGCTCATTGCATGAAATTT
TCTAGCTGATGCTAAATCTTTGG[A/G]CTTTTCATACGTACAAACCTTGGGTCTGGCTGCATTGCTT
CAAAGCTGGAAACACGTCTTAGGTTAGCTG 
>Vr05 Vr05:5694475..5694583 (5694513) (109 bp) 
TTTCTTTCGATGGTTTTGCGATCAAGTTTAGTGGAATC[A/T]TCGATGGTGCTTGCTGCTAATCTCT
TCTTCATCTTGATCGATTGCGAGGTTATTTCATAAGTTTGTGTGA 
>Vr05 Vr05:8244483..8244583 (8244523) (101 bp) 
CATTGCGGCTGACTACTGATTTTGGAGTACATTATTTGTG[C/A]AGTTCTGCAAAGCAAAGGAGA
ATCTTTACGTGGCCAACCAAAACCGAGAAAGGAAATTGA 
>>Vr10 Vr10:3385389..3385500 (3215234) (112 bp) 
AATAAAAAATATTTCATCTCTTTTCAAGCATATGATCCGAGTCTG[T/G]TTAAAACACACTAATATT
TCCCCATTCCGAAGCCTTTCATTAGCCAGGCAGCGAGCATTTTATTGA 
Nhiễm 
sắc thể
Vị trí Chỉ thị trái Chỉ thị Phải LOD PVE(%)
1 18 Vr01:15808491 Vr01:36171544 2.6378 13.0056
1 19 Vr01:15808491 Vr01:36171544 2.809 13.2957
1 20 Vr01:15808491 Vr01:36171544 2.9796 13.5265
1 21 Vr01:15808491 Vr01:36171544 3.1503 13.7261
1 22 Vr01:15808491 Vr01:36171544 3.3215 13.8933
1 23 Vr01:15808491 Vr01:36171544 3.4937 14.0348
1 24 Vr01:15808491 Vr01:36171544 3.6672 14.1437
1 25 Vr01:15808491 Vr01:36171544 3.8423 14.2277
1 26 Vr01:15808491 Vr01:36171544 4.019 14.2936
1 27 Vr01:15808491 Vr01:36171544 4.1972 14.335
1 28 Vr01:15808491 Vr01:36171544 4.3766 14.3564
1 29 Vr01:15808491 Vr01:36171544 4.5568 14.3516
1 30 Vr01:15808491 Vr01:36171544 4.7372 14.325
1 31 Vr01:15808491 Vr01:36171544 4.9173 14.2704
1 32 Vr01:15808491 Vr01:36171544 5.0962 14.1915
1 33 Vr01:15808491 Vr01:36171544 5.2729 14.0866
1 34 Vr01:15808491 Vr01:36171544 5.4465 13.9414
1 35 Vr01:15808491 Vr01:36171544 5.616 13.763
1 36 Vr01:15808491 Vr01:36171544 5.7801 13.5425
1 37 Vr01:15808491 Vr01:36171544 5.9378 13.2803
1 38 Vr01:15808491 Vr01:36171544 6.0881 12.9659
1 39 Vr01:15808491 Vr01:36171544 6.2299 12.5999
1 40 Vr01:15808491 Vr01:36171544 6.3624 12.1759
1 41 Vr01:15808491 Vr01:36171544 6.4853 11.695
1 42 Vr01:36171544 Vr01:35678505 6.5035 11.5218
1 43 Vr01:36171544 Vr01:35678505 6.3665 11.7436
1 44 Vr01:36171544 Vr01:35678505 6.2019 11.8566
1 45 Vr01:36171544 Vr01:35678505 6.0126 11.8758
1 46 Vr01:36171544 Vr01:35678505 5.801 11.8089
1 47 Vr01:36171544 Vr01:35678505 5.568 11.6564
1 48 Vr01:36171544 Vr01:35678505 5.3128 11.4011
1 49 Vr01:36171544 Vr01:35678505 5.0329 11.0178
1 50 Vr01:36171544 Vr01:35678505 4.7258 10.4592
1 51 Vr01:36171544 Vr01:35678505 4.3925 9.6731
1 52 Vr01:36171544 Vr01:35678505 4.0427 8.6412
1 53 Vr01:36171544 Vr01:35678505 3.6969 7.4747
5 1192 Vr05:2128629 Vr05:5694513 5.4105 20.2773
5 1193 Vr05:2128629 Vr05:5694513 7.3941 31.3428
5 1194 Vr05:2128629 Vr05:5694513 8.673 33.8131
5 1195 Vr05:2128629 Vr05:5694513 9.6394 35.646
5 1196 Vr05:2128629 Vr05:5694513 10.4516 37.1163
5 1197 Vr05:2128629 Vr05:5694513 11.1623 38.2288
5 1198 Vr05:2128629 Vr05:5694513 11.7925 39.0314
Phụ lục 10. Các vùng QTL xác định được bằng phần mền QIL icmapping
Vùng QTL1 mymv1-1
Vùng QTL1 mymv1-2
Nhiễm 
sắc thể
Vị trí Chỉ thị trái Chỉ thị Phải LOD PVE(%)
5 1199 Vr05:2128629 Vr05:5694513 12.3538 39.6018
5 1200 Vr05:2128629 Vr05:5694513 12.8545 39.9906
5 1201 Vr05:2128629 Vr05:5694513 13.3014 40.235
5 1202 Vr05:2128629 Vr05:5694513 13.7003 40.3576
5 1203 Vr05:2128629 Vr05:5694513 14.0562 40.3815
5 1204 Vr05:2128629 Vr05:5694513 14.3738 40.3202
5 1205 Vr05:2128629 Vr05:5694513 14.657 40.186
5 1206 Vr05:2128629 Vr05:5694513 14.9091 39.9945
5 1207 Vr05:2128629 Vr05:5694513 15.1321 39.7547
5 1208 Vr05:2128629 Vr05:5694513 15.3267 39.4758
5 1209 Vr05:2128629 Vr05:5694513 15.4905 39.15
5 1210 Vr05:2128629 Vr05:5694513 15.6166 38.7426
5 1211 Vr05:2128629 Vr05:5694513 15.6895 38.1407
5 1212 Vr05:5694513 Vr05:5179489 15.7149 37.2787
5 1213 Vr05:5694513 Vr05:5179489 16.0083 38.5357
5 1214 Vr05:5694513 Vr05:5179489 16.0433 38.9134
5 1215 Vr05:5694513 Vr05:5179489 15.9515 39.0571
5 1216 Vr05:5694513 Vr05:5179489 15.7674 39.0595
5 1217 Vr05:5694513 Vr05:5179489 15.5 38.9392
5 1218 Vr05:5694513 Vr05:5179489 15.1455 38.6871
5 1219 Vr05:5694513 Vr05:5179489 14.6861 38.2707
5 1220 Vr05:5694513 Vr05:5179489 14.0736 37.6007
5 1221 Vr05:5694513 Vr05:5179489 13.1516 36.1766
7 540 Vr07:6340513 Vr07:6674722 2.7048 5.8083
7 541 Vr07:6340513 Vr07:6674722 2.9327 6.3262
7 542 Vr07:6340513 Vr07:6674722 3.1418 6.7112
7 543 Vr07:6340513 Vr07:6674722 3.3297 6.9965
7 544 Vr07:6340513 Vr07:6674722 3.496 7.1998
7 545 Vr07:6340513 Vr07:6674722 3.6411 7.3331
7 546 Vr07:6340513 Vr07:6674722 3.7653 7.4023
7 547 Vr07:6340513 Vr07:6674722 3.8691 7.4125
7 548 Vr07:6340513 Vr07:6674722 3.9529 7.3659
7 549 Vr07:6340513 Vr07:6674722 4.0172 7.2645
7 550 Vr07:6340513 Vr07:6674722 4.0627 7.1068
7 551 Vr07:6340513 Vr07:6674722 4.0901 6.8941
7 552 Vr07:6674722 Vr07:11673121 4.1295 6.8745
7 553 Vr07:6674722 Vr07:11673121 4.21 7.2268
7 554 Vr07:6674722 Vr07:11673121 4.2867 7.5535
7 555 Vr07:6674722 Vr07:11673121 4.3579 7.8495
7 556 Vr07:6674722 Vr07:11673121 4.4219 8.1087
7 557 Vr07:6674722 Vr07:11673121 4.4771 8.3297
7 558 Vr07:6674722 Vr07:11673121 4.5223 8.5101
7 559 Vr07:6674722 Vr07:11673121 4.556 8.6484
7 560 Vr07:6674722 Vr07:11673121 4.5769 8.7428
7 561 Vr07:6674722 Vr07:11673121 4.5837 8.7901
Vùng QTL1 mymv1-3
Nhiễm 
sắc thể
Vị trí Chỉ thị trái Chỉ thị Phải LOD PVE(%)
7 562 Vr07:6674722 Vr07:11673121 4.5752 8.7886
7 563 Vr07:6674722 Vr07:11673121 4.5503 8.7349
7 564 Vr07:6674722 Vr07:11673121 4.5078 8.6246
7 565 Vr07:6674722 Vr07:11673121 4.447 8.4531
7 566 Vr07:6674722 Vr07:11673121 4.3675 8.2146
7 567 Vr07:6674722 Vr07:11673121 4.2692 7.904
7 568 Vr07:6674722 Vr07:11673121 4.1533 7.5171
7 569 Vr07:6674722 Vr07:11673121 4.0219 7.062
7 570 Vr07:6674722 Vr07:11673121 3.8789 6.5535
9 1234 Vr09:20592571 Vr09:20592377 6.2999 15.0816
9 1235 Vr09:20592571 Vr09:20592377 7.0059 17.6534
9 1236 Vr09:20592571 Vr09:20592377 7.58 18.8622
9 1237 Vr09:20592571 Vr09:20592377 8.0435 19.5805
9 1238 Vr09:20592571 Vr09:20592377 8.4257 20.051
9 1239 Vr09:20592571 Vr09:20592377 8.7443 20.3589
9 1240 Vr09:20592571 Vr09:20592377 9.0103 20.5429
9 1241 Vr09:20592571 Vr09:20592377 9.2305 20.6185
9 1242 Vr09:20592571 Vr09:20592377 9.4087 20.5872
9 1243 Vr09:20592571 Vr09:20592377 9.5468 20.4401
9 1244 Vr09:20592571 Vr09:20592377 9.6457 20.158
9 1245 Vr09:20592571 Vr09:20592377 9.706 19.7156
9 1246 Vr09:20592377 Vr09:20592336 10.1352 20.3827
9 1247 Vr09:20592377 Vr09:20592336 10.6688 21.1631
9 1248 Vr09:20592377 Vr09:20592336 10.916 21.2378
Vùng QTL1 mymv1-4
Permutation analysis.
QTL mapping method: Composite IM (LS)
Statistic: LOD
Selected chromosomes: [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11]
Selected trait: [MYMV]
Selected background loci: [Vr04:15430209 4 154.3, Vr06:35603909 6 356.0, 
QTL_6_580 6 58.0, QTL_6_2880 6 288.0, QTL_9_2060 9 206.0]
Number of iterations: 200
alpha 0.10 = 5.885
alpha 0.05 = 8.176
alpha 0.01 = 10.982
Nhiễm 
sắc thể Locus name Vị trí
Vị trí vật 
lý (Mb)
MYMV 
CIM (Add effect)
MYMV
CIM (LOD)
MYMV
CIM (R^2)
10 scaffold_183:3173 0 0 0.497 7.189 0.373
10 scaffold_184:401589 4 0.4 0.498 7.026 0.366
10 scaffold_183:608490 6 0.6 0.528 7.919 0.402
10 32 3.2 0.541 8.542 0.425
10 34 3.4 0.451 6.836 0.358
4 150.3 15.03 0.53 6.731 0.354
4 152.3 15.23 0.521 7.819 0.398
4 Vr04:15430209 154.3 15.43 0.585 10.485 0.493
4 156.3 15.63 0.554 7.048 0.367
5 22.1 2.21 0.485 7.793 0.397
5 36.1 3.61 0.495 5.971 0.321
5 38.1 3.81 0.517 6.476 0.343
5 40.1 4.01 0.534 6.977 0.364
5 42.1 4.21 0.547 7.466 0.384
5 44.1 4.41 0.554 7.932 0.402
5 46.1 4.61 0.557 8.366 0.419
5 48.1 4.81 0.554 8.764 0.434
5 50.1 5.01 0.55 9.175 0.448
5 52.1 5.21 0.538 9.194 0.449
5 54.1 5.41 0.533 8.927 0.44
5 56.1 5.61 0.528 8.507 0.424
5 58.1 5.81 0.552 8.41 0.42
5 78.1 7.81 0.594 6.779 0.356
5 80.1 8.01 0.584 8.137 0.41
5 82.1 8.21 0.555 9.221 0.45
5 88.1 8.81 0.448 5.916 0.319
5 90.1 9.01 0.464 6.244 0.333
5 92.1 9.21 0.475 6.534 0.345
5 94.1 9.41 0.481 6.78 0.356
5 96.1 9.61 0.484 7.051 0.367
5 98.1 9.81 0.578 8.946 0.44
Phụ lục 11. Các vùng QTL xác định trên Qgen bằng phân tích CIM
5 100.1 10.01 0.644 8.388 0.42
5 102.1 10.21 0.672 7.028 0.366
5 116.1 11.61 0.883 6.016 0.323
5 118.1 11.81 0.85 6.403 0.34
5 120.1 12.01 0.801 6.609 0.349
5 122.1 12.21 0.744 6.672 0.351
5 124.1 12.41 0.685 6.632 0.35
5 126.1 12.61 0.625 6.526 0.345
5 128.1 12.81 0.568 6.382 0.339
5 130.1 13.01 0.516 6.222 0.332
5 132.1 13.21 0.467 6.066 0.325
5 134.1 13.41 0.47 6.499 0.344
Permutation analysis.
QTL mapping method: Composite IM (LS)
Statistic: LOD
Selected chromosomes: [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11]
Selected trait: [MYMV]
Selected background loci: [Vr04:15430209 4 154.3, Vr06:35603909 6 356.0, 
QTL_6_580 6 58.0, QTL_6_2880 6 288.0, QTL_9_2060 9 206.0]
Number of iterations: 200
alpha 0.10 = 5.885
alpha 0.05 = 8.176
alpha 0.01 = 10.982
Nhiễm 
sắc thể Locus name Vị trí
Vị trí vật 
lý (Mb)
MYMV 
CIM (Add effect)
MYMV
CIM (LOD)
MYMV
CIM (R^2)
10 scaffold_183:3173 0 0 0.497 7.189 0.373
10 scaffold_184:401589 4 0.4 0.498 7.026 0.366
10 scaffold_183:608490 6 0.6 0.528 7.919 0.402
10 32 3.2 0.541 8.542 0.425
10 34 3.4 0.451 6.836 0.358
4 150.3 15.03 0.53 6.731 0.354
4 152.3 15.23 0.521 7.819 0.398
4 Vr04:15430209 154.3 15.43 0.585 10.485 0.493
4 156.3 15.63 0.554 7.048 0.367
5 22.1 2.21 0.485 7.793 0.397
5 36.1 3.61 0.495 5.971 0.321
5 38.1 3.81 0.517 6.476 0.343
5 40.1 4.01 0.534 6.977 0.364
5 42.1 4.21 0.547 7.466 0.384
5 44.1 4.41 0.554 7.932 0.402
5 46.1 4.61 0.557 8.366 0.419
5 48.1 4.81 0.554 8.764 0.434
5 50.1 5.01 0.55 9.175 0.448
5 52.1 5.21 0.538 9.194 0.449
5 54.1 5.41 0.533 8.927 0.44
5 56.1 5.61 0.528 8.507 0.424
5 58.1 5.81 0.552 8.41 0.42
5 78.1 7.81 0.594 6.779 0.356
5 80.1 8.01 0.584 8.137 0.41
5 82.1 8.21 0.555 9.221 0.45
5 88.1 8.81 0.448 5.916 0.319
5 90.1 9.01 0.464 6.244 0.333
5 92.1 9.21 0.475 6.534 0.345
5 94.1 9.41 0.481 6.78 0.356
5 96.1 9.61 0.484 7.051 0.367
5 98.1 9.81 0.578 8.946 0.44
Phụ lục 12. Các vùng QTL xác định trên Qgen bằng phân tích CIM
5 100.1 10.01 0.644 8.388 0.42
5 102.1 10.21 0.672 7.028 0.366
5 116.1 11.61 0.883 6.016 0.323
5 118.1 11.81 0.85 6.403 0.34
5 120.1 12.01 0.801 6.609 0.349
5 122.1 12.21 0.744 6.672 0.351
5 124.1 12.41 0.685 6.632 0.35
5 126.1 12.61 0.625 6.526 0.345
5 128.1 12.81 0.568 6.382 0.339
5 130.1 13.01 0.516 6.222 0.332
5 132.1 13.21 0.467 6.066 0.325
5 134.1 13.41 0.47 6.499 0.344
-----
-----
Phụ lục 13: Hình ảnh phân tích kiểu gen của quần thể lập bản đồ (11 NST) trên Qgen sử dụng phân tích SMR và CIM 
 SMR 
 CIM