Luận án Nghiên cứu xây dựng mã vạch adn của một số nguồn gen cây trồng có giá trị kinh tế nhằm phục vụ công tác bảo tồn và chọn tạo giống

1 
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT 
VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM 
NGUYỄN THỊ NGỌC LAN 
NGHIÊN CỨU XÂY DỰNG MÃ VẠCH ADN CỦA 
MỘT SỐ NGUỒN GEN CÂY TRỒNG CÓ GIÁ TRỊ KINH TẾ 
NHẰM PHỤC VỤ CÔNG TÁC BẢO TỒN 
VÀ CHỌN TẠO GIỐNG 
LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP 
Hà Nội - 2020 
2 
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT 
VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM 
NGUYỄN THỊ NGỌC LAN 
NGHIÊN CỨU XÂY DỰNG MÃ VẠCH ADN CỦA MỘT SỐ 
NGUỒN GEN CÂY TRỒNG CÓ GIÁ TRỊ KINH TẾ NHẰM 
PHỤC VỤ CÔNG TÁC BẢO TỒN VÀ CHỌN TẠO GIỐNG 
LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP 
Chuyên ngành: Di truyền và chọn giống cây trồng 
Mã số: 9620111 
Người hướng dẫn khoa học: 
1. TS. Nguyễn Thị Thanh Thủy 
2. PGS.TS. Lã Tuấn Nghĩa 
Hà Nội - 2020 
i 
LỜI CAM ĐOAN 
Tôi xin cam đoan các kết quả nghiên cứu được trình bày trong luận án là do 
tôi thực hiện. Các số liệu và kết quả nghiên cứu được trình là trung thực, khách 
quan và chưa từng dùng để bảo vệ lấy bất kỳ học vị nào. 
Hà Nội, ngày tháng năm 2020 
Tác giả luận án 
Nguyễn Thị Ngọc Lan 
ii 
LỜI CẢM ƠN 
Trong suốt thời gian học tập, nghiên cứu và hoàn thành luận án, tôi đã nhận 
được sự hướng dẫn, chỉ bảo tận tình của các thầy cô giáo, sự giúp đỡ, động viên của 
bạn bè, đồng nghiệp và gia đình. 
 Nhân dịp hoàn thành luận án, cho phép tôi được bày tỏ lòng kính trọng và 
biết ơn sâu sắc tới Tiến sĩ Nguyễn Thị Thanh Thủy; Phó Giáo sư, Tiến Sĩ Lã Tuấn 
Nghĩa đã tận tình hướng dẫn, dành nhiều công sức, thời gian và tạo điều kiện cho 
tôi trong suốt quá trình học tập và thực hiện đề tài luận án. 
Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới Ban Giám đốc, Ban Đào tạo Sau đại 
học - Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, Bộ môn Đa dạng sinh học - Trung tâm 
Tài nguyên thực vật, Bộ môn Đột biến và ưu thế lai - Viện Di truyền nông nghiệp đã 
tận tình giúp đỡ tôi trong quá trình học tập, thực hiện đề tài và hoàn thành luận án. 
Tôi xin chân thành cảm ơn nhóm tác giả thực hiện đề tài “Xây dựng tiêu bản 
ADN (DNA barcode) cho các cây trồng đặc hữu có giá trị kinh tế của Việt Nam” và 
đặc biệt là Tiến sĩ Nguyễn Thị Lan Hoa - chủ nhiệm đề tài đã tạo mọi điều kiện hướng 
dẫn và cho phép tôi thực hiện thí nghiệm cũng như sử dụng các kết quả, số liệu trong 
đề tài luận án. 
Tôi xin chân thành cảm ơn tập thể lãnh đạo, cán bộ viên chức Viện Di truyền 
nông nghiệp đã giúp đỡ và tạo điều kiện cho tôi trong suốt quá trình thực hiện đề tài. 
Cuối cùng, tôi xin gửi lời cảm ơn tới gia đình, người thân, bạn bè, đồng nghiệp đã 
tạo mọi điều kiện thuận lợi và giúp đỡ tôi về mọi mặt, động viên khuyến khích tôi hoàn 
thành luận án. 
Xin chân thành cảm ơn! 
Hà Nội, ngày ... tháng ... năm 2020 
Nghiên cứu sinh 
 Nguyễn Thị Ngọc Lan 
iii 
MỤC LỤC 
Mục Trang 
LỜI CAM ĐOAN ...................................................................................................... i 
LỜI CẢM ƠN ........................................................................................................... ii 
MỤC LỤC ................................................................................................................ iii 
DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT ............................................................................. vii 
DANH MỤC BẢNG .................................................................................................. x 
DANH MỤC HÌNH ................................................................................................ xii 
MỞ ĐẦU .................................................................................................................... 1 
1. TÍNH CẤP THIẾT CỦA ĐỀ TÀI LUẬN ÁN .................................................... 1 
2. MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI LUẬN ÁN ...................................... 2 
3. PHẠM VI NGHIÊN CỨU .................................................................................... 2 
4. NHỮNG ĐÓNG GÓP MỚI CỦA LUẬN ÁN ..................................................... 3 
5. Ý NGHĨA KHOA HỌC VÀ THỰC TIỄN CỦA LUẬN ÁN ............................. 3 
CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU .................................................................. 4 
1.1. CÁC ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU VÀ CÔNG TÁC BẢO TỒN, CHỌN 
TẠO GIỐNG ............................................................................................................. 4 
1.1.1. Các đối tượng nghiên cứu ................................................................................. 4 
1.1.1.1. Cây bưởi ......................................................................................................... 4 
1.1.1.2. Cây chuối ....................................................................................................... 6 
1.1.1.3. Cây nhãn ...................................................................................................... 10 
1.1.1.4. Cây vải ......................................................................................................... 12 
1.1.2. Công tác bảo tồn và chọn tạo giống ................................................................ 16 
1.2. NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ ...... 20 
1.3. KHÁI NIỆM VỀ MÃ VẠCH ADN VÀ HỆ THỐNG GIẢI TRÌNH TỰ 
GEN THẾ HỆ MỚI ................................................................................................ 23 
1.3.1. Khái niệm về mã vạch ADN ........................................................................... 23 
1.3.2. Các gen được sử dụng xây dựng hệ thống mã vạch ADN phổ biến ............... 25 
iv 
1.3.3. Hệ thống giải trình tự gen thế hệ mới được sử dụng cho mã vạch ADN mở 
rộng............................................................................................................................ 27 
1.4. TÌNH HÌNH NGHIÊN CỨU VÀ ỨNG DỤNG MÃ VẠCH ADN ............... 30 
1.4.1. Tình hình nghiên cứu và ứng dụng mã vạch ADN trên thế giới ..................... 30 
1.4.2. Tình hình nghiên cứu và ứng dụng mã vạch ADN ở Việt Nam ..................... 34 
1.4.3. Một số kết quả ứng dụng mã vạch ADN trong công tác bảo tồn và chọn tạo 
giống .......................................................................................................................... 37 
CHƯƠNG 2. VẬT LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU . 39 
2.1. VẬT LIỆU NGHIÊN CỨU ............................................................................. 39 
2.1.1. Các nguồn gen nghiên cứu .............................................................................. 39 
2.1.2. Các chỉ thị phân tử .......................................................................................... 44 
2.1.3. Các bộ kit và mồi dùng cho giải trình tự GBS ................................................ 46 
2.2. NỘI DUNG NGHIÊN CỨU ............................................................................ 47 
2.3. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ................................................................... 48 
2.3.1. Phương pháp tách chiết ADN ......................................................................... 48 
2.3.2. Phương pháp đánh giá đa dạng di truyền bằng chỉ thị EST-SSR, SCoT ........ 48 
2.3.3. Phương pháp xây dựng mã vạch ADN dựa trên trình tự vùng gen rbcL và 
matK .......................................................................................................................... 49 
2.3.4. Phương pháp xây dựng mã vạch ADN mở rộng dựa trên SNP bằng công nghệ 
GBS ........................................................................................................................... 51 
2.4. PHẦN MỀM XỬ LÝ SỐ LIỆU ...................................................................... 53 
2.5. ĐỊA ĐIỂM VÀ THỜI GIAN NGHIÊN CỨU ................................................ 53 
CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN .............................. 54 
3.1. ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN VÀ LỰA CHỌN MẪU ĐẠI DIỆN 
CÁC NGUỒN GEN NGHIÊN CỨU BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ..................... 54 
3.1.1. Đánh giá đa dạng di truyền và lựa chọn mẫu đại diện các giống bưởi bằng chỉ 
thị EST-SSR .............................................................................................................. 54 
3.1.2. Đánh giá đa dạng di truyền và lựa chọn mẫu đại diện nguồn gen chuối, nhãn, 
vải bằng chỉ thị SCoT ................................................................................................ 58 
v 
3.2. XÂY DỰNG MÃ VẠCH ADN DỰA TRÊN TRÌNH TỰ VÙNG GEN rbcL 
CHO MỘT SỐ NGUỒN GEN NGHIÊN CỨU .................................................... 68 
3.2.1. Xây dựng mã vạch ADN dựa trên trình tự vùng gen rbcL của các giống bưởi 
đại diện ...................................................................................................................... 72 
3.2.2. Phân tích mã vạch ADN dựa trên trình tự vùng gen rbcL của các giống chuối 
đại diện ...................................................................................................................... 76 
3.2.3. Phân tích mã vạch ADN dựa trên trình tự vùng gen rbcL của các giống nhãn 
đại diện ...................................................................................................................... 79 
3.2.4. Phân tích mã vạch ADN dựa trên trình tự vùng gen rbcL của các giống vải đại 
diện ............................................................................................................................ 82 
3.3. XÂY DỰNG MÃ VẠCH ADN DỰA TRÊN VÙNG GEN MATK CHO 
MỘT SỐ NGUỒN GEN NGHIÊN CỨU .............................................................. 85 
3.3.1. Phân tích mã vạch ADN dựa trên trình tự vùng gen matK của các giống bưởi 
đại diện ...................................................................................................................... 88 
3.3.2. Phân tích mã vạch ADN dựa trên trình tự vùng gen matK của các giống chuối 
đại diện ...................................................................................................................... 92 
3.3.3. Phân tích mã vạch ADN dựa trên trình tự vùng gen matK của các giống nhãn 
đại diện ...................................................................................................................... 95 
3.3.4. Phân tích mã vạch ADN dựa trên trình tự vùng gen matK của các giống vải 
đại diện ...................................................................................................................... 99 
3.4. XÂY DỰNG MÃ VẠCH ADN MỞ RỘNG DỰA TRÊN SNP BẰNG 
CÔNG NGHỆ GBS CHO MỘT SỐ NGUỒN GEN NGHIÊN CỨU ............... 102 
3.4.1. Xây dựng mã vạch ADN mở rộng dựa trên SNP bằng công nghệ GBS cho 
các giống bưởi nghiên cứu ...................................................................................... 102 
3.4.2. Xây dựng mã vạch ADN mở rộng dựa trên SNP bằng công nghệ GBS cho 
các giống nhãn nghiên cứu ...................................................................................... 113 
3.4.3. Xây dựng mã vạch ADN mở rộng dựa trên SNP bằng công nghệ GBS cho 
các giống vải nghiên cứu ......................................................................................... 122 
KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ ................................................................................... 134 
1. KẾT LUẬN ........................................................................................................ 134 
vi 
2. ĐỀ NGHỊ ............................................................................................................ 135 
DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH CÔNG BỐ .................................................. 136 
LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN .............................................................................. 136 
TÀI LIỆU THAM KHẢO .................................................................................... 137 
I. Tài liệu tham khảo Tiếng Việt .......................................................................... 137 
II. Tài liệu tham khảo Tiếng Anh ........................................................................ 145 
III. Các website tham khảo .................................................................................. 160 
PHỤ LỤC BẢNG SỐ LIỆU ................................................................................. 162 
PHỤ LỤC HÌNH ................................................................................................... 213 
vii 
DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT 
Từ viết tắt Nghĩa tiếng Anh Nghĩa tiếng Việt 
A, C, G, T Adenine, Cytosine, Guanine, 
Thyamine 
ADN Acid Deoxyribo Nucleic Axít Deoxyribonucleic 
ARN Acid Ribonucleic Axít ribonucleic 
Barcode Barcode Mã vạch 
BOLD Barcode of life data system Tổ chức hệ thống dữ liệu mã 
vạch sống 
bp Base pair Cặp bazơ 
CAQMN Cây ăn quả miền Nam 
cDNA Complementary DNA ADN bổ trợ 
CIAT The International Center for 
Tropical Agriculture 
Trung tâm Nghiên cứu Nông 
nghiệp Nhiệt đới Quốc tế 
cpDNA Chloroplast DNA ADN lục lạp 
CO1 Cytochrome C oxidase 1 CO1 
cs Cộng sự 
DDBJ DNA Data bank of Japan Ngân hàng cơ sở dữ liệu ADN 
của Nhật Bản 
DHT Dị hợp tử 
EMBL The European Molecular Biology 
Laboratory 
Cơ sở dữ liệu của Châu Âu về 
sinh học phân tử 
enzyme ennzyme enzym 
EST Expressed Sequence Tag Đoạn trình tự biểu hiện (là một 
đoạn trình tự ngắn của một chuỗi 
cDNA) 
FAO Food and Agriculture Organization 
of the United Nations 
Tổ chức Nông lương Liên Hiệp 
Quốc 
FAOSTAT FAO’s statistical Số liệu thống kê của Tổ chức 
viii 
Nông lương Liên hiệp quốc 
GBS Genotyping By Sequencing Phân tích kiểu gen bằng giải 
trình tự 
GDP Gross Domestic Product Tổng sản phẩm quốc nội 
IBPGR International Board for Plant 
Genetic Resources 
Ủy ban Quốc tế về nguồn gen 
cây trồng 
ID Identification Nhận dạng 
ISSR Internal Simple Senquence Repeats Chuỗi lặp lại đơn giản giữa 
ITS Internal Transcribed Spacer Vùng đệm trong được sao mã 
KHKT NLN 
MNPB 
 Khoa học kỹ thuật Nông lâm 
nghiệp miền núi phía Bắc 
MatK Maturase K MatK 
NCBI National Center for Biotechnology 
Information 
Trung tâm thông tin Công nghệ 
Sinh học Quốc gia 
NC 
CAQMN 
 Nghiên cứu cây ăn quả miền 
Nam 
NCRQ Nghiên cứu rau quả 
nDNA Nuclear DNA ADN nằm trong nhân 
NGS Next Generation Sequencing Giải trình tự gen thế hệ mới 
NHGRI National Human Genome Research 
Institute 
Viện nghiên cứu hệ gen người 
Quốc gia 
NN&PTNT Nông nghiệp và Phát triển nông 
thôn 
NST Nhiễm sắc thể 
PIC Polymorphism Information content Hệ số đa dạng gen 
PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng chuỗi trung hợp 
RAPD Random amplified polymorphic 
DNA 
ADN đa hình được nhân bản 
ngẫu nhiên 
RbcL Ribulose-1,5-bisphosphate rbcL 
ix 
carboxylase 
rDNA Recombinant DNA ADN tái tổ hợp 
SBL Sequencing By Ligation Giải trình tự bằng gắn nối 
SBS Sequencing By Synthesis Giải trình tự bằng tổng hợp 
SCoT Start Codon Targeted SCoT 
SNP Single Nucleotide polymorphism Đa hình đơn nucleotit 
SSRs Simple Sequence Repeats Các chuỗi lặp lại đơn giản 
STS Sequence tagged sites Vị trí chuỗi đánh dấu 
USD United States  ... T T 
33 1698 71,C>T C;T T T T T T/C T/C T/C T T T 
34 1704 64,G>A A;G G G A A G/A G/A G G G G 
35 1710 6,G>T G;T T/G T/G G G T/G G G G G G 
36 1748 52,T>G G;T G G/T G G G T/G G G T/G G 
37 1857 63,A>C A;C C/A C/A A A A C/A C/A C/A A A 
38 1866 57,C>G C;G G G G/C C G G G G G G 
39 1874 27,A>G A;G A A G G G/A G/A G A G/A G 
40 1880 30,A>G A;G G G G G G G G G/A G G 
41 1915 31,G>A A;G G G A A G/A G A G G G 
42 1921 84,A>G A;G G G G G G G G A G G 
43 1959 68,C>T C;T T T T T T T T T/C T T 
44 1998 55,C>T C;T T T T T/C T T T T T T 
45 2214 47,A>G A;G A A G G G/A G/A A A A G 
46 2245 20,A>C A;C C C C C C/A C C C C C 
204 
STT 
Catalog 
ID 
Vị trí 
SNPs 
Kiểu 
alen 
SNP 
T
h
ie
u
 T
h
an
h
 H
a 
T
h
ac
h
 B
in
h
P
h
u
 D
o
n
g
 c
h
u
a 
ch
in
so
m
L
u
c 
N
g
an
 2
 c
h
in
h
 v
u
L
u
c 
N
g
an
 1
 c
h
in
 s
o
m
B
in
h
 K
h
e 
ch
in
 s
o
m
U
 h
o
n
g
 l
a 
v
an
N
g
u
y
en
 H
o
n
g
X
u
an
 D
in
h
T
h
ie
u
 K
h
ai
 X
u
an
 L2 L3 L4 L5 L6 L7 L10 L11 L12 L14 
47 2266 78,C>G C;G G G G/C G/C G/C G/C G G G/C G/C 
48 2271 4,T>G G;T T T G G T G/T G T T T 
49 2354 86,G>T G;T G G T T T/G T T G T G 
50 2357 25,T>C C;T T T T T/C T T/C T T T C 
51 2411 43,C>T C;T T T/C C C T/C C C T T T/C 
52 2514 40,C>T C;T T T T T T T T C T T 
53 2567 57,G>A A;G G G A A G A/G G G A A 
54 2624 40,C>T C;T C C/T T T C/T C/T C C C/T C 
55 2633 82,A>G A;G G A/G G G G G G G G G 
56 2690 28,C>G C;G G/C G/C G G G G G G G/A G 
57 2783 67,T>C C;T T/C C C C T/C C T/C T/C C C 
58 2812 33,T>C C;T C T/C T T T/C T/C T/C C C T/C 
59 3055 76,A>T A;T A A T T T/A T/A A A T A 
60 3059 41,T>C C;T C C/T T/C T T/C C C C T/C C 
61 3152 91,G>T G;T G G T T T/G T/G G G T/G G 
62 3209 47,G>C C;G G G C C C C/G G G C C 
63 3240 51,A>G A;G A A G/A G/A G/A A A A G/A A 
64 3252 56,A>G A;G G/A A A A A A A A A A 
65 3422 51,T>G G;T T T G G T/G T/G T/G T G T 
66 3479 32,C>T C;T C C T T T/C T C C T/C T 
67 3609 30,A>G A;G G A/G G G G G/A G G G G 
68 3745 60,G>C C;G G C G G G G/C G G/C G G 
69 3838 52,A>C A;C C A/C C C C C/A C C C/A C 
70 3903 15,G>A A;G G G G G G G G G G A 
205 
STT 
Catalog 
ID 
Vị trí 
SNPs 
Kiểu 
alen 
SNP 
T
h
ie
u
 T
h
an
h
 H
a 
T
h
ac
h
 B
in
h
P
h
u
 D
o
n
g
 c
h
u
a 
ch
in
so
m
L
u
c 
N
g
an
 2
 c
h
in
h
 v
u
L
u
c 
N
g
an
 1
 c
h
in
 s
o
m
B
in
h
 K
h
e 
ch
in
 s
o
m
U
 h
o
n
g
 l
a 
v
an
N
g
u
y
en
 H
o
n
g
X
u
an
 D
in
h
T
h
ie
u
 K
h
ai
 X
u
an
 L2 L3 L4 L5 L6 L7 L10 L11 L12 L14 
71 4018 52,A>G A;G A A G G A/G G/A A A G G/A 
72 4035 23,A>G A;G G/A G G G A/G G G A G G 
73 4279 37,C>A A;C C C A A C/A A A C C/A A 
74 4288 17,C>A A;C C A/C C C C C C C C C 
75 4295 4,C>G C;G C C/G G G C/G G C C C/G G 
76 4449 11,A>G A;G A A G G A/G G/A A A G G/A 
77 4464 69,A>G A;G A A G G G A/G G A A A 
78 4490 25,G>A A;G G A/G A A A/G G/A A/G G A A 
79 4507 45,A>G A;G A A G G G/A G/A A A G A 
80 4551 47,G>T G;T G G T T T G/T G G T T 
81 4565 60,A>C A;C A A/C C C A/C C C A A/C C 
82 4706 61,G>T G;T G G G T/G G G G G G G 
83 4806 70,C>G C;G G/C G/C C C C G/C C C G/C C 
84 4852 1,A>T A;T T T T T T T T A T T 
85 4935 44,A>G A;G G G A A A/G G/A G G G G/A 
86 5035 32,A>G A;G A A G G G/A G/A G A A A 
87 5068 6,C>A A;C C C C C/A C C C C C C 
88 5123 67,T>A A;T A A A A A A T T A T 
89 5126 17,G>A A;G A A A A A A A G A A 
90 5265 45,G>A A;G G/A A A A A/G A A A A/G A 
91 5305 46,G>A A;G G G A A G/A A A G G G 
92 5310 59,G>C C;G G G C C G/C G/C C G C G 
93 5359 57,C>G C;G C C G G C/G G C C G G/C 
94 5383 19,A>G A;G A A/G A A A A A A A A 
206 
STT 
Catalog 
ID 
Vị trí 
SNPs 
Kiểu 
alen 
SNP 
T
h
ie
u
 T
h
an
h
 H
a 
T
h
ac
h
 B
in
h
P
h
u
 D
o
n
g
 c
h
u
a 
ch
in
so
m
L
u
c 
N
g
an
 2
 c
h
in
h
 v
u
L
u
c 
N
g
an
 1
 c
h
in
 s
o
m
B
in
h
 K
h
e 
ch
in
 s
o
m
U
 h
o
n
g
 l
a 
v
an
N
g
u
y
en
 H
o
n
g
X
u
an
 D
in
h
T
h
ie
u
 K
h
ai
 X
u
an
 L2 L3 L4 L5 L6 L7 L10 L11 L12 L14 
95 5410 61,G>C C;G G G G/C C/G G G G G G G/C 
96 5513 1,T>A A;T T T A T/A A/T T T T T T 
97 5538 63,A>G A;G A A G/A G/A A G/A G/A A A A 
98 5574 22,T>C C;T T T C C T/C T/C T T C C 
99 5575 11,G>A A;G G G G G G G G G G G/A 
255 14360 48,T>C C;T T T C C C C/T C C T C 
256 14463 61,G>A A;G G G A A G/A A G A G G 
257 14479 89,G>T G;T G G T T T/G T/G G T G T 
258 14570 35,G>A A;G A A G G A/G G/A A G A G/A 
259 14659 39,T>C C;T T T C C T/C C T C T T 
260 14708 15,A>G A;G A A G G G/A G/A A G A A 
261 14713 84,A>G A;G G/A A G G G G G G G G 
262 14753 43,C>T C;T C C C C C C C C T/C C 
263 14797 62,C>G C;G C C G G G/C G/C G G/C C C 
264 14911 27,C>T C;T C C T T T/C C T T/C C T 
265 14919 63,G>A A;G G G A A G/A G/A A G/A G G 
266 14946 22,G>A A;G G G A G G/A A G G/A G A 
267 14949 4,A>G A;G A A G G G/A G/A G G/A A G 
268 15056 47,G>A A;G G/A A G G A/G G G A/G G G 
269 15231 68,C>G C;G C C G G G/C G/C G G/C C G 
270 15408 19,T>A A;T A A A A A A A A T/A A 
271 15450 62,T>C C;T T/C T/C T T T/C T/C T T/C T T 
272 15497 24,G>A A;G G G A A G/A A G A G G 
273 15548 80,A>G A;G A A G A G/A G/A A G A G 
274 15646 34,C>T C;T T/C T/C T T T/C T/C T/C T T T 
275 15719 52,A>G A;G A A G G G/A G/A A G A G 
276 15757 30,G>A A;G A/G G G G G G G G G G/A 
277 15797 49,C>T C;T C C T T T/C C T T C C 
207 
STT 
Catalog 
ID 
Vị trí 
SNPs 
Kiểu 
alen 
SNP 
T
h
ie
u
 T
h
an
h
 H
a 
T
h
ac
h
 B
in
h
P
h
u
 D
o
n
g
 c
h
u
a 
ch
in
so
m
L
u
c 
N
g
an
 2
 c
h
in
h
 v
u
L
u
c 
N
g
an
 1
 c
h
in
 s
o
m
B
in
h
 K
h
e 
ch
in
 s
o
m
U
 h
o
n
g
 l
a 
v
an
N
g
u
y
en
 H
o
n
g
X
u
an
 D
in
h
T
h
ie
u
 K
h
ai
 X
u
an
 L2 L3 L4 L5 L6 L7 L10 L11 L12 L14 
278 15835 85,T>C C;T T T C C C/T C/T C C T T/C 
279 15877 82,A>C A;C C A/C A A A/C A A A A A 
280 15904 20,G>A A;G G A A A G/A A A A G A 
281 15905 12,T>C C;T C C C T/C C C C C C C 
282 15922 27,G>A A;G A A G G G A/G A G G G 
283 15934 57,C>T C;T C C/T T T C/T T T C/T C C 
284 15978 38,T>C C;T T C/T C C C/T C C C/T T C 
285 16071 5,A>G A;G A A/G G G A/G A/G G A/G A G 
286 16135 73,A>G A;G G/A G G G G G G G A G 
287 16247 20,A>G A;G G G G/A G/A G G G/A G G G 
288 16269 6,G>C C;G G C/G C G/C G/C C G/C G/C G C 
289 16278 52,C>T C;T T T T T T T T T C T 
290 16340 32,C>A A;C C C A A C/A C/A A C/A C C 
291 16419 52,G>A A;G G A/G A A A/G A A A/G G A 
292 16501 55,G>A A;G G/A G G G A/G G G/A G G G 
293 16566 49,G>A A;G G G G/A A G/A G/A G/A A G A 
294 16630 24,C>T C;T C C T T T C/T T T C T 
295 16669 16,T>C C;T T T T T T/C T T T T C 
296 16684 72,G>A A;G G G A A A A/G A A G G 
297 16728 84,T>C C;T T C/T C C C/T C C/T C T C 
298 16800 29,A>G A;G G/A G G G G G G G G G 
299 16826 20,G>C C;G G G C C G/C G/C C C G G 
300 16846 88,C>G C;G C C C C G/C C C C C C 
301 16964 65,A>C A;C A A/C A A A A A A A A 
302 17027 73,T>G G;T T T G G G/T G/T G G/T T T/G 
303 17040 40,T>G G;T T T G G G T/G T G T T/G 
304 17102 28,C>T C;T C C T T T/C T/C C T C C 
305 17111 63,C>T C;T C C/T T T C/T C/T C/T T C T 
306 17149 73,G>A A;G G G G G G A/G G G G G 
208 
STT 
Catalog 
ID 
Vị trí 
SNPs 
Kiểu 
alen 
SNP 
T
h
ie
u
 T
h
an
h
 H
a 
T
h
ac
h
 B
in
h
P
h
u
 D
o
n
g
 c
h
u
a 
ch
in
so
m
L
u
c 
N
g
an
 2
 c
h
in
h
 v
u
L
u
c 
N
g
an
 1
 c
h
in
 s
o
m
B
in
h
 K
h
e 
ch
in
 s
o
m
U
 h
o
n
g
 l
a 
v
an
N
g
u
y
en
 H
o
n
g
X
u
an
 D
in
h
T
h
ie
u
 K
h
ai
 X
u
an
 L2 L3 L4 L5 L6 L7 L10 L11 L12 L14 
307 17244 64,C>T C;T T T T T/C T T T T T T 
308 17316 24,A>G A;G A A A A G/A G/A A A A A 
309 17332 41,A>G A;G A A G G G/A G A G A G 
310 17386 32,T>G G;T T T G G T/G T G G T G 
311 17389 89,G>C C;G G G G/C C G/C G/C G G G G 
312 17416 52,G>T G;T G G T T T/G T/G G G G T 
313 17543 50,G>T G;T G G T T T/G T G G G T 
314 17721 60,G>T G;T G G G G G G G G G T 
315 17782 85,A>G A;G A A G G G A/G A A A A 
316 17805 19,C>T C;T C C C C C/T C C C T/C C 
317 17813 82,C>T C;T C C C C C C C C C T 
318 17818 24,G>A A;G A A G/A G A G/A G A A G/A 
319 17833 16,G>A A;G G A G G G/A G/A G G/A G G 
320 17993 4,A>G A;G G/A G G G G G G G G G 
321 18000 14,G>T G;T G G T T T G/T T T G T 
322 18010 51,G>T G;T G T T T T T G T G T 
323 18033 8,A>T A;T T/A A A T/A T/A T/A A T/A A T 
324 18125 58,C>T C;T C C/T C C C T/C C C C C 
325 18139 71,G>C C;G G/C G/C G G G/C G/C G G G G 
326 18170 39,T>C C;T T/C C C C C/T C C C T C 
327 18197 10,G>A A;G G C/G G G G G/C G G G A 
328 18212 79,C>T C;T G G A A G/A G/A G A G G/A 
329 18274 27,A>G A;G A A/G G A A/G G G A A G 
330 18359 76,G>A A;G G A/G G G G G/A G G G A 
331 18390 60,C>T C;T C C T T T/C T/C C T C C 
332 18506 13,A>G A;G A A G G G/A G G G A A 
333 18518 53,C>T C;T T T C C C/T C/T C C T T/C 
334 18550 66,G>A A;G G A/G A A A/G A A A/G G A 
335 18606 23,G>A A;G G/A G/A G G G/A G G G/A G G 
209 
STT 
Catalog 
ID 
Vị trí 
SNPs 
Kiểu 
alen 
SNP 
T
h
ie
u
 T
h
an
h
 H
a 
T
h
ac
h
 B
in
h
P
h
u
 D
o
n
g
 c
h
u
a 
ch
in
so
m
L
u
c 
N
g
an
 2
 c
h
in
h
 v
u
L
u
c 
N
g
an
 1
 c
h
in
 s
o
m
B
in
h
 K
h
e 
ch
in
 s
o
m
U
 h
o
n
g
 l
a 
v
an
N
g
u
y
en
 H
o
n
g
X
u
an
 D
in
h
T
h
ie
u
 K
h
ai
 X
u
an
 L2 L3 L4 L5 L6 L7 L10 L11 L12 L14 
336 18698 55,T>C C;T T T C C T/C T C T/C T T 
337 18778 78,A>G A;G A A G G G A/G G G A A 
338 18795 90,A>G A;G G G G G/A G G/A G/A G G G 
339 18800 13,C>G C;G G/C G C C G/C C C G/C G/C C 
340 18855 57,G>C C;G C G/C C C C C G/C C G/C C 
341 19150 78,A>G A;G A A G G G/A G/A A G A G 
342 19299 16,T>C C;T T T C C T/C T/C C C T C 
343 19308 48,C>T C;T C C T/C T T/C T/C C T/C C C 
344 19340 46,A>G A;G A A G/A A G G A G/A A A 
345 19355 46,T>C C;T C C T/C C T C C T/C C C 
346 19402 31,A>T A;T T/A A A A A A A A A A 
347 19404 81,C>T C;T C C C C T/C T/C C T/C C C 
348 19441 28,A>G A;G A A A G A A A A A A 
349 19455 49,A>G A;G G/A G G G G/A G G G/A G/A G 
Tổng 
số SNP 
đặc 
trưng 
239 26 30 10 25 64 29 4 18 12 21 
210 
Bảng 26. Hệ số đa dạng từng locut SNP của các giống nhãn nghiên cứu 
TT Locut SNP 
Tần số 
alen chính 
Kiểu 
gen 
Tổng số 
mẫu 
No. 
alen 
H.s đa 
dạng gen 
H.s 
dị 
hợp 
PIC 
1 SNP-N-120919 0,95 2 11 2 0,09 0,09 0,08 
2 SNP-N-8934 0,91 2 11 2 0,17 - 0,15 
3 SNP-N-253604 0,82 2 11 2 0,3 0,36 0,25 
4 SNP-N-37851 0,73 2 11 2 0,4 0,55 0,32 
5 SNP-N-29557 0,95 2 11 2 0,09 0,09 0,08 
6 SNP-N-223933 0,82 2 11 2 0,3 0,36 0,25 
7 SNP-N-24480 0,86 3 11 2 0,24 0,09 0,21 
8 SNP-N-140148 0,86 3 11 2 0,24 0,09 0,23 
9 SNP-N-87538 0,86 3 11 2 0,24 0,09 0,23 
10 SNP-N-13149 0,82 3 11 2 0,31 - 0,29 
11 SNP-N-251417 0,86 3 11 2 0,24 0,09 0,23 
12 SNP-N-9047 0,82 3 11 2 0,31 - 0,29 
13 SNP-N-117212 0,86 3 11 2 0,24 0,09 0,23 
14 SNP-N-98759 0,86 3 11 2 0,24 0,09 0,23 
15 SNP-N-93310 0,86 3 11 2 0,24 0,09 0,23 
16 SNP-N-6367 0,82 3 11 2 0,31 - 0,29 
17 SNP-N-56005 0,86 3 11 2 0,24 0,09 0,23 
18 SNP-N-41894 0,86 3 11 2 0,24 0,09 0,21 
19 SNP-N-37943 0,86 3 11 2 0,24 0,09 0,23 
20 SNP-N-37593 0,82 3 11 2 0,31 - 0,29 
21 SNP-N-37015 0,86 3 11 2 0,24 0,09 0,23 
22 SNP-N-30030 0,86 3 11 2 0,24 0,09 0,23 
23 SNP-N-250278 0,73 3 11 2 0,43 - 0,39 
24 SNP-N-250261 0,86 3 11 2 0,24 0,09 0,23 
25 SNP-N-218817 0,86 3 11 2 0,24 0,09 0,23 
26 SNP-N-21760 0,86 3 11 2 0,24 0,09 0,23 
27 SNP-N-199277 0,77 3 11 2 0,35 0,27 0,29 
28 SNP-N-162297 0,86 3 11 2 0,24 0,09 0,23 
29 SNP-N-160370 0,82 3 11 2 0,31 - 0,29 
30 SNP-N-149140 0,86 3 11 2 0,24 0,09 0,23 
31 SNP-N-139040 0,82 3 11 2 0,31 - 0,29 
211 
TT Locut SNP 
Tần số 
alen chính 
Kiểu 
gen 
Tổng số 
mẫu 
No. 
alen 
H.s đa 
dạng gen 
H.s 
dị 
hợp 
PIC 
32 SNP-N-13457 0,86 3 11 2 0,24 0,09 0,23 
33 SNP-N-82856 0,86 3 11 2 0,24 0,09 0,23 
34 SNP-N-130143 0,82 3 11 2 0,31 0,18 0,29 
35 SNP-N-108297 0,64 3 11 2 0,51 - 0,44 
36 SNP-N-250300 0,68 3 11 2 0,48 0,45 0,42 
37 SNP-N-217947 0,86 3 11 2 0,24 0,09 0,23 
38 SNP-N-37698 0,73 3 11 2 0,43 0,18 0,39 
39 SNP-N-98526 0,86 3 11 2 0,24 0,09 0,23 
40 SNP-N-59286 0,55 3 11 2 0,6 0,36 0,53 
41 SNP-N-136398 0,73 3 11 2 0,43 0,18 0,39 
42 SNP-N-199261 0,55 3 11 2 0,56 - 0,48 
43 SNP-N-98623 0,68 3 11 2 0,48 0,45 0,42 
44 SNP-N-93617 0,64 3 11 2 0,51 - 0,44 
45 SNP-N-45308 0,55 3 11 2 0,56 - 0,48 
46 SNP-N-228358 0,73 3 11 2 0,43 0,36 0,39 
47 SNP-N-1938 0,82 3 11 2 0,31 - 0,29 
48 SNP-N-83533 0,73 3 11 2 0,43 0,36 0,39 
49 SNP-N-6963 0,77 3 11 2 0,38 0,27 0,34 
50 SNP-N-56856 0,64 3 11 2 0,51 - 0,44 
51 SNP-N-54868 0,45 3 11 2 0,58 - 0,49 
52 SNP-N-41443 0,45 3 11 2 0,58 - 0,49 
53 SNP-N-40998 0,45 3 11 2 0,58 - 0,49 
54 SNP-N-4098 0,77 3 11 2 0,38 0,27 0,34 
55 SNP-N-33568 0,73 3 11 2 0,43 - 0,39 
56 SNP-N-24079 0,45 3 11 2 0,58 - 0,49 
57 SNP-N-21004 0,55 3 11 2 0,56 - 0,48 
58 SNP-N-209949 0,64 3 11 2 0,51 - 0,44 
59 SNP-N-117056 0,77 3 11 2 0,38 0,27 0,34 
60 SNP-N-19147 0,76 3 11 2 0,36 0,12 0,32 
61 SNP-N-18720 0,59 3 11 2 0,54 0,45 0,46 
62 SNP-N-223492 0,77 3 11 2 0,38 0,09 0,34 
63 SNP-N-220728 0,73 3 11 2 0,43 0,18 0,39 
64 SNP-N-19123 0,73 3 11 2 0,43 0,18 0,39 
212 
TT Locut SNP 
Tần số 
alen chính 
Kiểu 
gen 
Tổng số 
mẫu 
No. 
alen 
H.s đa 
dạng gen 
H.s 
dị 
hợp 
PIC 
65 SNP-N-172126 0,73 3 11 2 0,43 0,18 0,39 
66 SNP-N-101352 0,68 3 11 2 0,48 0,09 0,42 
67 SNP-N-8749 0,77 3 11 2 0,38 0,09 0,34 
68 SNP-N-75344 0,5 3 11 2 0,57 0,09 0,48 
 Trung bình 0,76 3 11 2 0,36 0,12 0,32 
213 
PHỤ LỤC HÌNH 
Hình 1. Khảo sát các giống bưởi nghiên cứu bằng chỉ thị EST-SSR 
214 
Hình 2. Khảo sát các giống chuối nghiên cứu bằng chỉ thị SCoT 
215 
Hình 3. Khảo sát các giống nhãn nghiên cứu bằng chỉ thị SCoT 
216 
Hình 4. Khảo sát các giống vải nghiên cứu bằng chỉ thị SCoT 
217 
Hình 5. BLAST trình tự gen rbcL giống bưởi Thanh Trà - G2 
Hình 6. BLAST trình tự gen rbcL giống chuối Tiêu Hồng - B2 
Hình 7. BLAST trình tự gen rbcL giống chuối Trăm Nải - B4 
218 
Hình 8. BLAST trình tự gen rbcL giống vải Thiều Thanh Hà - L2 và 
Thạch Bình - L3 
219 
Hình 9. BLAST trình tự gen matK giống bưởi Da Xanh - G27 
Hình 10. BLAST trình tự gen matK giống chuối Tiêu Hồng - B2 
220 
Hình 11. BLAST trình tự gen matK giống nhãn Long Gia Sần - N14