Luận án Tuyển chọn vi khuẩn lactic kháng với vi khuẩn gây bệnh hoại tử gan tụy cấp tính (vibrio parahaemolyticus) trên tôm thẻ chân trắng (penaeus vannamei)

 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO 
TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ 
NGUYỄN THỊ TRÚC LINH 
TUYỂN CHỌN VI KHUẨN LACTIC 
KHÁNG VỚI VI KHUẨN 
GÂY BỆNH HOẠI TỬ GAN TỤY CẤP TÍNH 
(Vibrio parahaemolyticus) 
TRÊN TÔM THẺ CHÂN TRẮNG 
(Penaeus vannamei) 
LUẬN ÁN TIẾN SĨ 
CHUYÊN NGÀNH NUÔI TRỒNG THỦY SẢN 
CẦN THƠ, 2018 
 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO 
TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ 
NGUYỄN THỊ TRÚC LINH 
TUYỂN CHỌN VI KHUẨN LACTIC 
KHÁNG VỚI VI KHUẨN 
GÂY BỆNH HOẠI TỬ GAN TỤY CẤP TÍNH 
(Vibrio parahaemolyticus) 
TRÊN TÔM THẺ CHÂN TRẮNG 
(Penaeus vannamei) 
CHUYÊN NGÀNH NUÔI TRỒNG THỦY SẢN MÃ SỐ: 62620301 
Người hướng dẫn khoa học: 
 PGS.TS. TRƯƠNG QUỐC PHÚ 
CẦN THƠ, 2018 
i 
ii 
LỜI CẢM TẠ 
Trước hết tôi xin trân trọng và bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến Thầy 
hướng dẫn PGs.Ts. Trương Quốc Phú và PGs.Ts. Đặng Thị Hoàng Oanh trong 
những năm qua đã ân cần hướng dẫn, động viên, giúp đỡ và tạo mọi điều kiện 
thuận lợi cho tôi học tập, nghiên cứu để chăm bồi kiến thức và hoàn thành 
Luận án này. 
Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành đến Ban Đề án Trà Vinh 100 tỉnh Trà 
Vinh, Ban Giám hiệu, Ban Lãnh đạo Khoa Nông nghiệp Thủy sản, Trường 
Đại học Trà Vinh đã tạo điều kiện cho tôi được thực hiện chương trình Nghiên 
cứu sinh. 
Xin gởi lời cảm ơn sâu sắc đến PGs.Ts. Vủ Ngọc Út đã có những ý kiến 
góp ý rất quý báo để giúp tôi hoàn thành chuyên đề nghiên cứu sinh. Hơn thế 
nữa, tôi xin chân thành gởi lời cảm ơn sâu sắc đến dự án Vlir đã điều kiện cho 
tôi có được nguồn kinh phí để thực hiện đề tài. Đồng thời, xin bày tỏ lòng biết 
ơn đến TS. Phạm Thị Tuyết Ngân đã nhiệt tình hướng dẫn chuyên đề, góp ý 
đề cương luận án để tôi có thể hoàn thành đúng tiến độ. 
Trân trọng gởi lời cảm ơn đến PGS. Ts Từ Thanh Dung và PGS.Ts. Trần 
Thị Tuyết Hoa đã tận tình giúp tôi trong việc góp ý đề cương Luận án, chuyên 
đề và tiểu luận tổng quan. 
Tôi xin gửi lời cám ơn chân thành đến Bộ môn Bệnh học Thủy sản, 
Khoa Thủy sản - Trường Đại học Cần Thơ đã rất nhiệt tình, tạo điều kiện 
thuận lợi cho tôi hoàn thành chương trình học tập và nghiên cứu. 
Xin gửi lời cảm ơn đến các anh chị em. Ks. Phan Công Minh (Giám đốc 
Công ty Trách nhiệm Hữu hạn Một thành viên APC); Ths. Trần Trung Giang, 
Ts. Huỳnh Kim Hường, NCS. Nguyễn Thanh Tâm, Ks. Nguyễn Trọng Nghĩa, 
NCS. Trần Việt Tiên, NCS. Nguyễn Hùng Sơn, Ks. Lê Ngọc Huyền, Ks. 
Nguyễn Thị Ngọc Huyền, Ks. Huỳnh Thanh Phong, Ks. Ngô Chí Nguyện, Ks. 
Huỳnh Trung Kiên, Ks. Trần Việt Khánh, NCS. Hồng Mộng Huyền, Ks. 
Nguyễn Ngọc Anh cùng các anh chị em đồng nghiệp tại Trường Đại học Trà 
Vinh đã giúp đỡ tôi rất nhiều trong quá trình thực hiện đề tài và hoàn thành 
Luận án. 
Cuối cùng, xin được bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến gia đình, bạn bè và 
những người thân đã chia sẻ, giúp đỡ và động viên để tôi có thêm nghị lực 
hoàn thành Luận án này. 
 Nguyễn Thị Trúc Linh 
iii 
TÓM TẮT 
Tuyển chọn vi khuẩn lactic (LAB) kháng với vi khuẩn gây bệnh hoại tử 
gan tụy cấp tính (Vibrio parahaemolyticus) trên tôm thẻ chân trắng (Penaeus 
vannamei) được thực hiện tại Trường Đại học Cần Thơ từ tháng 12/2014 đến 
4/2017. Mục tiêu của nghiên cứu là tìm ra chủng LAB có khả năng phòng 
bệnh hoại tử gan tụy cấp tính (AHPND) trên tôm thẻ chân trắng. Nghiên cứu 
được thực hiện với các nội dung (1) Phân lập LAB từ ruột tôm thẻ, ruột cá rô 
phi và bùn đáy ao nuôi tôm ở 3 tỉnh Trà Vinh, Bến Tre và Sóc Trăng và sàng 
lọc các chủng LAB bằng các chỉ tiêu: hình thái, sinh lý, sinh hóa; (2) Xác định 
tính đối kháng của LAB phân lập được với vi khuẩn V. parahaemolyticus bằng 
phương pháp khuếch tán giếng thạch, đồng thời xác định khả năng kháng V. 
parahaemolyticus bằng bacteriocin và khả năng chịu đựng nồng độ muối của 5 
chủng LAB kháng với V. parahaemolyticus mạnh nhất cũng được tiến hành; 
(3) Thử nghiệm ảnh hưởng của LAB bổ sung vào thức ăn lên khả năng kháng 
AHPND. Thí nghiệm này đã được tiến hành nhằm xác định ảnh hưởng của 
LAB bổ sung vào thức ăn đến tỷ lệ sống và khả năng kháng AHPND trên tôm 
thẻ chân trắng. Đồng thời, ảnh hưởng của việc bổ sung C, N và P lên khả năng 
kháng AHPND của 3 chủng LAB cũng được xác định; (4) Định danh chủng 
LAB có khả năng kháng bệnh hoại tử gan tụy cấp tính trên tôm thẻ. 
 Kết quả phân lập LAB từ ruột tôm thẻ, ruột cá rô phi và bùn đáy ao 
nuôi tôm biển ở 3 tỉnh Trà Vinh, Sóc Trăng và Bến Tre đã thu được 94 chủng 
LAB bao gồm: 30 chủng LAB ở Trà Vinh, 25 chủng LAB ở Sóc Trăng, và 39 
chủng LAB ở Bến Tre. Kết quả sàng lọc về các chỉ tiêu hình thái cho thấy tất 
cả các khuẩn lạc phân lập được đều có màu trắng đục, tròn, lồi, có kích cỡ 1-2 
mm sau 48 giờ nuôi cấy trên môi trường MRS agar bổ sung 1,5% NaCl. Đối 
với chỉ tiêu sinh lý cũng cho thấy rằng dưới kính hiển vi LAB có hình cầu và 
hình que, Gram dương, không sinh bào tử. Kết quả xác định đặc điểm sinh hóa 
đã chỉ ra rằng tất cả các chủng LAB được lựa chọn đều có khả năng làm tan 
CaCO3, âm tính oxidase và catalase nhưng dương tính với O/F. 
Kết quả xác định tính đối kháng bằng phương pháp khuếch tán giếng 
thạch đã cho thấy hầu hết 94 chủng LAB phân lập được đều có khả năng 
kháng với vi khuẩn V. parahaemolyticus. Trong 94 chủng phân lập được có 82 
chủng LAB có khả năng kháng với V. parahaemolyticus nhưng chỉ ở mức yếu 
(+) và trung bình (++). Mười hai chủng LAB còn lại bao gồm 08 chủng phân 
lập được ở Trà Vinh và 04 chủng LAB phân lập ở Bến Tre có khả năng kháng 
V. parahaemolyticus ở mức cao (+++) với vòng kháng khuẩn lớn hơn 16 mm, 
đặc biệt có 05 chủng LAB (T3.1, RP5.4.1, T4.2, RP5.5.1, RP6.5) có khả năng 
kháng V. parahaemolyticus mạnh nhất với vòng kháng khuẩn từ 17,5-18,5 
iv 
mm. Kết quả thử nghiệm khả năng tạo bacteriocin và tính kháng khuẩn của 
LAB với V. parahaemolyticus cho thấy rằng chúng không có khả năng ức chế 
vi khuẩn V. parahaemolyticus thí nghiệm. Các chủng LAB dùng trong thí 
nghiệm đều phát triển ở độ mặn từ 0-25‰ nhưng phát triển tốt nhất ở độ mặn 
5‰ với thời gian nuôi 48 giờ và phát triển chậm hơn ở độ mặn 25‰ với thời 
gian nuôi 96 giờ. Kết quả xác định thời gian và mật số LAB khác nhau lên khả 
năng kháng vi khuẩn V. parahaemolyticus cho thấy mật số LAB đến 107 
CFU/mL với các thời gian nuôi từ 24 đến 96 giờ đều không có khả năng kháng 
vi khuẩn V. parahaemolyticus. 
 Kết quả thử nghiệm ảnh hưởng của việc bổ sung LAB vào thức ăn đến 
tỷ lệ sống và khả năng kháng AHPND trên tôm thẻ chân trắng đã cho thấy ở 
các nghiệm thức có bổ sung LAB vào thức ăn và không cảm nhiễm vi khuẩn 
V. parahaemolyticus thì tỷ lệ sống của tôm rất cao và khác biệt không có ý 
nghĩa thống kê so với nghiệm thức đối chứng âm (87,77%). Tỉ lệ sống của tôm 
cao nhất là ở nghiệm thức bổ sung chủng LAB5 (92,23%). Ngoài ra, tôm ở các 
nghiệm thức này không có dấu hiệu AHPND. Ở các nghiệm thức cảm nhiễm 
vi khuẩn V. parahaemolyticus, tôm có dấu hiệu bệnh lý đặc trưng của AHPND 
và chết nhiều nhất ở nghiệm thức VP+LAB3, tỉ lệ chết lên đến 70,02%, kế đến 
là nghiệm thức đối chứng dương (54,43%) và nghiệm thức VP+LAB4 
(43,33%). Tuy nhiên, ở các nghiệm thức VP+LAB1,VP+LAB2 và VP+LAB5 
tôm có tỷ lệ sống khá cao từ (73,33-79,77%), khác biệt không có ý nghĩa 
thống kê so với nghiệm thức ĐCA (87,77%) và phần lớn mẫu gan tụy thu 
được không có dấu hiệu bệnh lý đặc trưng của bệnh hoại tử gan tụy cấp tính 
khi phân tích mô bệnh học. 
 Kết quả thử nghiệm khả năng kháng AHPND của LAB có bổ sung các 
thành phần acid glutamic, đường trehalose, KH2PO4, và K2HPO4 với tỷ lệ C, 
N, P là 15, 1, 0,1 cho thấy hầu hết các nghiệm thức khi bổ sung các thành phần 
trên, tỷ lệ sống của tôm thấp hơn so với các nghiệm thức không bổ sung trong 
trường hợp có và không có cảm nhiễm V. parahaemolyticus. Đối với các 
nghiệm thức không cảm nhiễm V. parahaemolyticus thì tôm không có biểu 
hiện bệnh lý đặc trưng của AHPND, tỷ lệ sống của tôm lên đến 88,2% đối với 
nghiệm thức không bổ sung C, N, P và 82% đối với nghiệm thức có bổ sung 
C, N, P. Tuy nhiên, hai nghiệm thức này khác biệt không có ý nghĩa thống kê 
với nhau. Kết quả phân tích mô bệnh học cũng không thấy mẫu gan tụy có dấu 
hiện bất thường. Tuy nhiên, các nghiệm thức có cảm nhiễm V. 
parahaemolyticus và bổ sung C, N, P thì tỷ lệ sống của tôm thấp hơn so với 
các nghiệm thức còn lại. Tỷ lệ sống thấp nhất là ở nghiệm thức đối chứng 
dương có bổ sung và không bổ sung C, N, P lần lượt là (47 và 52%) và tỉ lệ 
v 
sống cao nhất là nghiệm thức LAB1 (76 và 78%). Kết quả mô bệnh học cho 
thấy ở các nghiệm thức bổ sung C, N, P và LAB đồng thời cảm nhiễm V. 
parahaemolyticus thì gan tụy tôm ít bị ảnh hưởng của sự cảm nhiễm AHPND. 
Việc bổ sung LAB vào thức ăn đặc biệt là chủng LAB1 có khả năng làm hạn 
chế AHPND trên tôm thẻ. Kết quả định danh chủng LAB1 bằng phương pháp 
giải trình tự đoạn gen 16S-rRNA đã xác định chủng vi khuẩn này là 
Lactobacillus plantarum. 
Từ khóa: AHPND, LAB, Lactobacillus plantarum, Tôm thẻ chân trắng 
(Penaeus vannamei), Vibrio parahaemolyticus. 
vi 
ABSTRACT 
 Isolation and selection of lactic acid bacteria (LAB) that can antagonize 
V. parahaemolyticus causing acute hepatopancreatic necrosis disease 
(AHPND) in white-leg shrimp (Penaeus vannamei) were conducted from 
December 2014 to April 2017 at Can Tho University. The objectives of this 
research were selecting LAB strains that can antagonize V. parahaemolyticus 
and using these strains to prevent from AHPND in culture shrimp. The study 
was carried out with following four major contents: (1) Isolating LAB strains 
from gut of white-leg shrimp (Penaeus vannamei), gut of nile tilapia 
(Oreochromis niloticus) and shrimp pond sediment in Tra Vinh, Ben Tre, and 
Soc Trang provinces. Isolated LAB strains were identified by using 
morphological, physiological and bio-chemical characteristics. (2) 
Determining their antagonism against V. parahaemolyticus of LAB strains by 
using agar well diffusion method. Experiment can also determine their 
resistance to V. parahaemolyticus by bacteriocin and the ability of salt 
tolerance of 5 LAB strains that resist to the virulence V. parahaemolyticus also 
conducted. (3) The effects of dietary LAB additive on resistance to AHPND. 
This experiment was conducted to determine the effects of dietary LAB 
additive on survival and the resistance to AHPND. At the same time, the 
effects of C, N, and P supplementation on the resistance to AHPND of the 
three strains of LAB was also determined. (4) Identification of LAB strain that 
is resistant to AHPND in white-leg shrimp. 
 The result of isolation LAB strains from gut of white-leg shrimp, gut of 
nile tilapia and shrimp pond sediment in Tra Vinh, Ben Tre, and Soc Trang 
provinces were found out 94 LAB strains including: 30 strains from TraVinh, 
25 strains from Soc Trang and 39 strains from Ben Tre. Screening results for 
morphological characters showed that all the isolated colonies were milky, 
round, convex, 1-2 mm in size and capable of dissolving CaCO3 after 48 hours 
of culture on MRS agar supplemented with 1,5% NaCl. Physiological 
properties also indicate that the LAB has a spherical (56 stains) and rod (38 
strains) shaped, Gram-positive, non-spore-forming. Biochemical 
characteristics have shown that all strains of LAB indicate negative reaction 
for oxidase and catalase but positive for O/F. 
The results of antagonistic determination by agar-well diffusion method 
showed that almost of 94 isolated LAB strains were resistant to V. 
parahemolyticus. Of these, 82 strains of LAB were weak (+) and medium (++) 
resistant to V. parahaemolyticus. Only 12 strains of LAB, 8 strains were 
isolated in Tra Vinh and 4 were isolated in Ben Tre were strongly resistant 
vii 
(+++) to V. parahaemolyticus with zone of inhibition greater than 16mm. Five 
strains of LAB (T3.1, RP5.4.1, T4.2, RP5.5.1, RP6.5) showed the strongest 
resistance to V. parahaemolyticus with antibacterial rings from 17,5 to 
18,5mm. The results of resistance trials to V. parahaemolyticus of the 5 strains 
of LAB by bacteriocin indicated that they were not able to inhibit V. 
parahaemolyticus bacteria. All LAB strains used in the experiment were able 
to grow at a salinity of 0-25ppt, but grew well in 5ppt of salinity in 48 hours of 
culture. They grew much slower in 25ppt of salinity in 96 hours of culture. 
The results of the effects of different time culture and density of LAB on V. 
parahaemolyticus resistance ability showed that at the density of LAB from 
107 CFU/mL or less and culture time from 24 to 96 hours, LAB were not 
resistant to V. parahaemolyticus. 
 The results of the effect of dietary LAB additive on survival rate and 
resistance to AHPND in Penaeus vannamei showed that the survival rate of 
shrimp was very high from 82,23 to 92,23% in the treatments of dietary LAB 
additive without challenged with V. parahaemolyticus, and there were not 
significantly different to the negative control treatment (87,77%). The highest 
survival rate was obtained in the treatment of dietary LAB5 additive (92,23%). 
In addition, shrimps did not show any symptoms of AHPND. In the 
challenged treatments with V. parahaemolyticus, shrimps showed the typical 
clinical signs of AHPND. The mortality rate was highest in VP+LAB3 
treatment (70,02%), followed by the positive control treatment (54,43%) and 
VP+LAB4 treatment (43,33%). In the VP+LAB1, VP+LAB2 and VP+LAB5 
treatments, shrimps also had the high survival rate (73,37% to 79,97%) and 
shrimp’s hepatopancreas were less affected by AHPND. In summary, the 
survival rate and the resistance to AHPND were significantly improved in 
white-leg shrimp feeding with diets containing LAB1, LAB2, or LAB5 
strains. 
The results of the effects of dietary LAB additive and acid glutamic, 
Trehlose, KH2PO4, K2HPO4 supplementation into water with C, N, P ratio 15, 
1, 0,1 on survival rate and resistance to AHPND in Litopenaeus vannamei 
showed that almost of treatments with C, N, P supplementation indicated the 
survival rate of shrimp were lower than those without C, N, P supplementation 
in case with or without V. parahaemolyticus challenged. In non-challenged V. 
parahaemolyticus treatments, there were no signs of AHPND on shrimps. The 
survival rate of shrimp was 88,2% for C, N, P non-supplementaiton treatment 
and 82% for C, N, P supplementation treatment. Results from histological 
analyses did not show any abnormalities of hepatopancreas. However, 
viii 
treatments with C, N, P supplementation and V. parahaemolyticus challenged 
showed the survival rate of shrimp was lower than did of the other treatments. 
The lowest survival rate was found in positi ... CGGCTCGTAAAACTCTGTTGTTAAAGAAGAACATATCTGAGAGTAACTGT 480 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 485275 AGAAGGGTTTCGGCTCGTAAAACTCTGTTGTTAAAGAAGAACATATCTGAGAGTAACTGT 485334 
Query 481 TCAGGTATTGACGGTATTTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAG 530 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 485335 TCAGGTATTGACGGTATTTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAG 485384 
K
T LUN Lactobacillus plantarum 
 TP. Hồ Chí Minh, ngày 28 tháng 10 năm 2015 
 TRƯỞNG PHÒNG 
 TS.BS.Phạm Hùng Vân 
Số: EG1832/2015/DVVS 
 KẾT QUẢ THÍ NGHIỆM 
THÔNG TIN VỀ MẪU THỬ 
Nơi gởi mẫu: NGUYỄN THỊ TRÚC LINH 
Mẫu thử: Mẫu vi khuẩn TV5 
Yêu cầu: Định danh bằng phương pháp giải trình tự gen 16S 
PHƯƠNG PHÁP THỰC HIỆN 
⌦ Giải trình tự gen 16S rRNA và tra cứu trên BLAST SEARCH 
 Kết quả 
GRAM 
Kết quả giải trình tự gen 16S 
CTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTTCTGGTTAAATACCGTCACTGGGTAAACAGTT
ACTCTTACCCACGTTCTTCTTTAACAACAGAGCTTTACGAGCCGAAACCCTTCTTC
ACTCACGCGGCGTTGCTCCATCAGACTTGCGTCCATTGTGGAAGATTCCCTACTGC
TGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGATTACCCTCT
CAGGTCGGCTACGTATCACTGCCTTGGTGAGCCTTTACCTCACCAACTAGCTAATA
CGCCGCGGGTCCATCCAGAAGTGATAGCAGAGCCATCTTTTAAAAGAAAACCATG
CGGTTTTCTCTGTTATACGGTATTAGCATCTGTTTCCAGGTGTTATCCCCTACTTCT
GGGCAGGTTACCCACGTGTTACTCACCCGTTCGCCACTCACTTCGTGTTAAAATCT
CAATCAGTACAAGTACGTCATAATCAATTAACGGAAGTTCGTTCGACTTGCATGT
ATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCATCCTGAGCCAGGAT 
CÔNG TY TNHH DỊCH VỤ VÀ THƯƠNG MẠI NAM KHOA 
793/58 Trần Xuân Soạn, P. Tân Hưng, Q.7, TP. Hồ Chí Minh, Việt Nam 
Phone: (08)37715818; (08)37752252 Fax: (08)37750583; (08)37752250 
Email: phhvan.nkbiotek@gmail.com Email: namkhoa.biotek@gmail.com 
ISO 9001:2008 WHO GMP/GLP ISO 13485 
Kết quả tra cứu trên BLAST SEARCH 
Pediococcus pentosaceus strain 12 16S ribosomal RNA gene, partial sequence 
Sequence ID: gb|KP119819.1|Length: 1538Number of Matches: 1 
Related Information 
Range 1: 9 to 548GenBankGraphicsNext MatchPrevious Match 
Alignment statistics for match #1 
Score Expect Identities Gaps Strand 
998 bits(540) 0.0 540/540(100%) 0/540(0%) Plus/Minus 
Query 1 CTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTTCTGGTTAAATACCGTCACTGGGTAAACAGTTACTC 60 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 548 CTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTTCTGGTTAAATACCGTCACTGGGTAAACAGTTACTC 489 
Query 61 TTACCCACGTTCTTCTTTAACAACAGAGCTTTACGAGCCGAAACCCTTCTTCACTCACGC 120 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 488 TTACCCACGTTCTTCTTTAACAACAGAGCTTTACGAGCCGAAACCCTTCTTCACTCACGC 429 
Query 121 GGCGTTGCTCCATCAGACTTGCGTCCATTGTGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAG 180 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 428 GGCGTTGCTCCATCAGACTTGCGTCCATTGTGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAG 369 
Query 181 GAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGATTACCCTCTCAGGTCGGCTACGTAT 240 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 368 GAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGATTACCCTCTCAGGTCGGCTACGTAT 309 
Query 241 CACTGCCTTGGTGAGCCTTTACCTCACCAACTAGCTAATACGCCGCGGGTCCATCCAGAA 300 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 308 CACTGCCTTGGTGAGCCTTTACCTCACCAACTAGCTAATACGCCGCGGGTCCATCCAGAA 249 
Query 301 GTGATAGCAGAGCCATCTTTTAAAAGAAAACCATGCGGTTTTCTCTGTTATACGGTATTA 360 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 248 GTGATAGCAGAGCCATCTTTTAAAAGAAAACCATGCGGTTTTCTCTGTTATACGGTATTA 189 
Query 361 GCATCTGTTTCCAGGTGTTATCCCCTACTTCTGGGCAGGTTACCCACGTGTTACTCACCC 420 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 188 GCATCTGTTTCCAGGTGTTATCCCCTACTTCTGGGCAGGTTACCCACGTGTTACTCACCC 129 
Query 421 GTTCGCCACTCACTTCGTGTTAAAATCTCAATCAGTACAAGTACGTCATAATCAATTAAC 480 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 128 GTTCGCCACTCACTTCGTGTTAAAATCTCAATCAGTACAAGTACGTCATAATCAATTAAC 69 
Query 481 GGAAGTTCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCATCCTGAGCCAGGAT 540 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 68 GGAAGTTCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCATCCTGAGCCAGGAT 9 
 KẾT LUẬN Pediococcus pentosaceus 
 TP. Hồ Chí Minh, ngày 18 tháng 07 năm 2015 
 TRƯỞNG PHÒNG 
 TS.BS.Phạm Hùng Vân 
Số: EG1832/2015/DVVS 
 KẾT QUẢ THÍ NGHIỆM 
THÔNG TIN VỀ MẪU THỬ 
Nơi gởi mẫu: NGUYỄN THỊ TRÚC LINH 
Mẫu thử: Mẫu vi khuẩn TV18 
Yêu cầu: Định danh bằng phương pháp giải trình tự gen 16S 
PHƯƠNG PHÁP THỰC HIỆN 
⌦ Giải trình tự gen 16S rRNA và tra cứu trên BLAST SEARCH 
 Kết quả 
GRAM 
Kết quả giải trình tự gen 16S 
ATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAT
GATTAAAGATAGCTTGCTATTTTTATGAAGAGCGGCGAACGGGTGAGTAACGCGT
GGGAAATCTGCCGAGTAGCGGGGGACAACGTTTGGAAACGAACGCTAATACCGCA
TAACAATGAGAATCGCATGATTCTTATTTAAAAGAAGCAATTGCTTCACTACTTGA
TGATCCCGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTAGTGTAAAGGACTACCAAGGCGATGATA
CATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGAC
TCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCGGCAATGGGGGCAACCCTGACCGAG
CAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTTAGAGAA
GAACGTTAAGTAGAGTGGAAAATTACTTAAGTGACGGTATCTAACCAGAAAGGGA
CGGCTAACTACGTGCCAG 
CÔNG TY TNHH DỊCH VỤ VÀ THƯƠNG MẠI NAM KHOA 
793/58 Trần Xuân Soạn, P. Tân Hưng, Q.7, TP. Hồ Chí Minh, Việt Nam 
Phone: (08)37715818; (08)37752252 Fax: (08)37750583; (08)37752250 
Email: phhvan.nkbiotek@gmail.com Email: namkhoa.biotek@gmail.com 
ISO 9001:2008 WHO GMP/GLP ISO 13485 
Kết quả tra cứu trên BLAST SEARCH 
Lactococcus garvieae culture-collection CECT:4531 16S ribosomal RNA gene, partial 
sequence 
Sequence ID: gb|KF012886.1|Length: 805Number of Matches: 1 
Related Information 
Range 1: 7 to 521GenBankGraphicsNext MatchPrevious Match 
Alignment statistics for match #1 
Score Expect Identities Gaps Strand 
952 bits(515) 0.0 515/515(100%) 0/515(0%) Plus/Plus 
Query 1 ATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGATGATTA 60 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 7 ATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGATGATTA 66 
Query 61 AAGATAGCTTGCTATTTTTATGAAGAGCGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTGGGAAATCTG 120 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 67 AAGATAGCTTGCTATTTTTATGAAGAGCGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTGGGAAATCTG 126 
Query 121 CCGAGTAGCGGGGGACAACGTTTGGAAACGAACGCTAATACCGCATAACAATGAGAATCG 180 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 127 CCGAGTAGCGGGGGACAACGTTTGGAAACGAACGCTAATACCGCATAACAATGAGAATCG 186 
Query 181 CATGATTCTTATTTAAAAGAAGCAATTGCTTCACTACTTGATGATCCCGCGTTGTATTAG 240 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 187 CATGATTCTTATTTAAAAGAAGCAATTGCTTCACTACTTGATGATCCCGCGTTGTATTAG 246 
Query 241 CTAGTTGGTAGTGTAAAGGACTACCAAGGCGATGATACATAGCCGACCTGAGAGGGTGAT 300 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 247 CTAGTTGGTAGTGTAAAGGACTACCAAGGCGATGATACATAGCCGACCTGAGAGGGTGAT 306 
Query 301 CGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCT 360 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 307 CGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCT 366 
Query 361 TCGGCAATGGGGGCAACCCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATC 420 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 367 TCGGCAATGGGGGCAACCCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATC 426 
Query 421 GTAAAACTCTGTTGTTAGAGAAGAACGTTAAGTAGAGTGGAAAATTACTTAAGTGACGGT 480 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 427 GTAAAACTCTGTTGTTAGAGAAGAACGTTAAGTAGAGTGGAAAATTACTTAAGTGACGGT 486 
Query 481 ATCTAACCAGAAAGGGACGGCTAACTACGTGCCAG 515 
 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 487 ATCTAACCAGAAAGGGACGGCTAACTACGTGCCAG 521 
 KẾT LUẬN Lactococcus garvieae 
 TP. Hồ Chí Minh, ngày 27 tháng 07 năm 2015 
 TRƯỞNG PHÒNG 
 TS.BS.Phạm Hùng Vân 
Số: EG1832/2015/DVVS 
 KẾT QUẢ THÍ NGHIỆM 
THÔNG TIN VỀ MẪU THỬ 
Nơi gởi mẫu: NGUYỄN THỊ TRÚC LINH 
Mẫu thử: Mẫu vi khuẩn TV11 
Yêu cầu: Định danh bằng phương pháp giải trình tự gen 16S 
PHƯƠNG PHÁP THỰC HIỆN 
⌦ Giải trình tự gen 16S rRNA và tra cứu trên BLAST SEARCH 
 Kết quả 
GRAM 
Kết quả giải trình tự gen 16S 
ATCCTGGCTCAGGATGAACGCCGGCGGTGTGCCTAATACATGCAAGTCGAACGCG
TTGGCCCAATTGATTGATGGTGCTTGCACCTGATTGATTTTGGTTGCCAACGAGTG
GCGGACGGGTGAGTAACACGTAGGTAACCTGCCCAGAAGCGGGGGACAACATTTG
GAAACAGATGCTAATACCGCATAACAGCGTTGTTCGCATGAACAACGCTTAAAAG
ATGGCTTCTCGCTATCACTTCTGGATGGACCTGCGGTGCATTAGCTTGTTGGTGGG
GTAACGGCCTACCAAGGCGATGATGCATAGCCGAGTTGAGAGACTGATCGGCCAC
AATGGGACTGAGACACGGCCCATACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTC
CACAATGGGCGCAAGCCTGATGGAGCAACACCGCGTGAGTGAAGAAGGGTTTCGG
CTCGTAAAGCTCTGTTGTTAAAGAAGAACACGTATGAGAGTAACTGTTCATACGTT
GACGGTATTTAACCAGAAAGTCACGGCTAACTACGTGCCA 
CÔNG TY TNHH DỊCH VỤ VÀ THƯƠNG MẠI NAM KHOA 
793/58 Trần Xuân Soạn, P. Tân Hưng, Q.7, TP. Hồ Chí Minh, Việt Nam 
Phone: (08)37715818; (08)37752252 Fax: (08)37750583; (08)37752250 
Email: phhvan.nkbiotek@gmail.com Email: namkhoa.biotek@gmail.com 
ISO 9001:2008 WHO GMP/GLP ISO 13485 
Kết quả tra cứu trên BLAST SEARCH 
Lactobacillus fermentum 3872, complete genome 
Sequence ID: gb|CP011536.1|Length: 2297851Number of Matches: 5 
Related Information 
Range 1: 216985 to 217522GenBankGraphicsNext MatchPrevious Match 
Alignment statistics for match #1 
Score Expect Identities Gaps Strand 
989 bits(535) 0.0 537/538(99%) 0/538(0%) Plus/Plus 
Query 1 ATCCTGGCTCAGGATGAACGCCGGCGGTGTGCCTAATACATGCAAGTCGAACGCGTTGGC 60 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 216985 ATCCTGGCTCAGGATGAACGCCGGCGGTGTGCCTAATACATGCAAGTCGAACGCGTTGGC 217044 
Query 61 CCAATTGATTGATGGTGCTTGCACCTGATTGATTTTGGTTGCCAACGAGTGGCGGACGGG 120 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 
Sbjct 217045 CCAATTGATTGATGGTGCTTGCACCTGATTGATTTTGGTTGCCAGCGAGTGGCGGACGGG 217104 
Query 121 TGAGTAACACGTAGGTAACCTGCCCAGAAGCGGGGGACAACATTTGGAAACAGATGCTAA 180 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 217105 TGAGTAACACGTAGGTAACCTGCCCAGAAGCGGGGGACAACATTTGGAAACAGATGCTAA 217164 
Query 181 TACCGCATAACAGCGTTGTTCGCATGAACAACGCTTAAAAGATGGCTTCTCGCTATCACT 240 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 217165 TACCGCATAACAGCGTTGTTCGCATGAACAACGCTTAAAAGATGGCTTCTCGCTATCACT 217224 
Query 241 TCTGGATGGACCTGCGGTGCATTAGCTTGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGGCGATGA 300 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 217225 TCTGGATGGACCTGCGGTGCATTAGCTTGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGGCGATGA 217284 
Query 301 TGCATAGCCGAGTTGAGAGACTGATCGGCCACAATGGGACTGAGACACGGCCCATACTCC 360 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 217285 TGCATAGCCGAGTTGAGAGACTGATCGGCCACAATGGGACTGAGACACGGCCCATACTCC 217344 
Query 361 TACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGGCGCAAGCCTGATGGAGCAACACCG 420 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 217345 TACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGGCGCAAGCCTGATGGAGCAACACCG 217404 
Query 421 CGTGAGTGAAGAAGGGTTTCGGCTCGTAAAGCTCTGTTGTTAAAGAAGAACACGTATGAG 480 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 217405 CGTGAGTGAAGAAGGGTTTCGGCTCGTAAAGCTCTGTTGTTAAAGAAGAACACGTATGAG 217464 
Query 481 AGTAACTGTTCATACGTTGACGGTATTTAACCAGAAAGTCACGGCTAACTACGTGCCA 538 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 217465 AGTAACTGTTCATACGTTGACGGTATTTAACCAGAAAGTCACGGCTAACTACGTGCCA 217522 
 KẾT LUẬN Lactobacillus fermentum 
 TP. Hồ Chí Minh, ngày 27 tháng 07 năm 2015 
 TRƯỞNG PHÒNG 
 TS.BS.Phạm Hùng Vân 
Số: EG1832/2015/DVVS 
 KẾT QUẢ THÍ NGHIỆM 
THÔNG TIN VỀ MẪU THỬ 
Nơi gởi mẫu: NGUYỄN THỊ TRÚC LINH 
Mẫu thử: Mẫu vi khuẩn TV28 
Yêu cầu: Định danh bằng phương pháp giải trình tự gen 16S 
PHƯƠNG PHÁP THỰC HIỆN 
⌦ Giải trình tự gen 16S rRNA và tra cứu trên BLAST SEARCH 
 Kết quả 
GRAM 
Kết quả giải trình tự gen 16S 
ATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAACGAA
CTTCCGTTAATTGATTATGACGTACTTGTACTGATTGAGATTTTAACACGAAGTGA
GTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCAGAAGTAGGGGATAACAC
CTGGAAACAGATGCTAATACCGTATAACAGAGAAAACCGCATGGTTTTCTTTTAAA
AGATGGCTCTGCTATCACTTCTGGATGGACCCGCGGCGTATTAGCTAGTTGGTGAG
GTAAAGGCTCACCAAGGCAGTGATACGTAGCCGACCTGAGAGGGTAATCGGCCAC
ATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTC
CACAATGGACGCAAGTCTGATGGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGGTTTCGG
CTCGTAAAGCTCTGTTGTTAAAGAAGAACGTGGGTAAGAGTAACTGTTTACCCAGT
GACGGTATTTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCA 
CÔNG TY TNHH DỊCH VỤ VÀ THƯƠNG MẠI NAM KHOA 
793/58 Trần Xuân Soạn, P. Tân Hưng, Q.7, TP. Hồ Chí Minh, Việt Nam 
Phone: (08)37715818; (08)37752252 Fax: (08)37750583; (08)37752250 
Email: phhvan.nkbiotek@gmail.com Email: namkhoa.biotek@gmail.com 
ISO 9001:2008 WHO GMP/GLP ISO 13485 
Kết quả tra cứu trên BLAST SEARCH 
Pediococcus pentosaceus strain 12 16S ribosomal RNA gene, partial sequence 
Sequence ID: gb|KP119819.1|Length: 1538Number of Matches: 1 
Related Information 
Range 1: 9 to 547GenBankGraphicsNext MatchPrevious Match 
Alignment statistics for match #1 
Score Expect Identities Gaps Strand 
996 bits(539) 0.0 539/539(100%) 0/539(0%) Plus/Plus 
Query 1 ATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAACGAACTTCC 60 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 9 ATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAACGAACTTCC 68 
Query 61 GTTAATTGATTATGACGTACTTGTACTGATTGAGATTTTAACACGAAGTGAGTGGCGAAC 120 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 69 GTTAATTGATTATGACGTACTTGTACTGATTGAGATTTTAACACGAAGTGAGTGGCGAAC 128 
Query 121 GGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCAGAAGTAGGGGATAACACCTGGAAACAGATGC 180 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 129 GGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCAGAAGTAGGGGATAACACCTGGAAACAGATGC 188 
Query 181 TAATACCGTATAACAGAGAAAACCGCATGGTTTTCTTTTAAAAGATGGCTCTGCTATCAC 240 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 189 TAATACCGTATAACAGAGAAAACCGCATGGTTTTCTTTTAAAAGATGGCTCTGCTATCAC 248 
Query 241 TTCTGGATGGACCCGCGGCGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAAGGCTCACCAAGGCAGTG 300 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 249 TTCTGGATGGACCCGCGGCGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAAGGCTCACCAAGGCAGTG 308 
Query 301 ATACGTAGCCGACCTGAGAGGGTAATCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTC 360 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 309 ATACGTAGCCGACCTGAGAGGGTAATCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTC 368 
 Query 361 CTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGACGCAAGTCTGATGGAGCAACGCC 420 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 369 CTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGACGCAAGTCTGATGGAGCAACGCC 428 
Query 421 GCGTGAGTGAAGAAGGGTTTCGGCTCGTAAAGCTCTGTTGTTAAAGAAGAACGTGGGTAA 480 
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 429 GCGTGAGTGAAGAAGGGTTTCGGCTCGTAAAGCTCTGTTGTTAAAGAAGAACGTGGGTAA 488 
Query 481 GAGTAACTGTTTACCCAGTGACGGTATTTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCA 539 
 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 489 GAGTAACTGTTTACCCAGTGACGGTATTTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCA 547 
 KẾT LUẬN Pediococcus pentosaceus 
 TP. Hồ Chí Minh, ngày 27 tháng 07 năm 2015 
 TRƯỞNG PHÒNG 
 TS.BS.Phạm Hùng Vân