Tóm tắt Luận án Tỷ lệ nhiễm và mang gen kháng cephalosporin thế hệ 3 và quinolon của các chủng klebsiella gây nhiễm khuẩn hô hấp phân lập tại bệnh viện nhi trung ương, 2009 - 2010
Giống Klebsiella là một trong các hệ vi khuẩn có ở đường tiêu hóa,
hô hấp của người, là căn nguyên của một số bệnh nhiễm khuẩn ở người, gây
bệnh chủ yếu ở trẻ nhỏ. Trên thế giới loài Klebsiella là một trong những căn
nguyên quan trọng gây nhiễm khuẩn ở bệnh nhi nằm điều trị tại bệnh viện
đặc biệt là những trẻ sơ sinh non yếu và trẻ nhỏ. Tỷ lệ nhiễm khuẩn do
Klebsiella ở trong bệnh viện đặc biệt là những đơn vị hồi sức cấp cứu rất
khác nhau giữa các nước từ 10,2%-26,2% . Tình trạng kháng với hầu hết các
kháng sinh đang là một mối đe doạ lớn đối với thầy thuốc và người bệnh.
Với kháng sinh thông thường như Ampicillin, Cephazolin, Klebsiella spp. đã
kháng cao 60%-100%. Phát hiện gen kháng kháng sinh nhóm quinolon lan
truyền qua plasmid là mốc quan trọng trong nghiên cứu về gen kháng kháng
sinh của vi khuẩn này. Nghiên cứu về cơ chế kháng kháng sinh được tiến
hành với mục đích tìm căn nguyên của sự gia tăng tính kháng kháng sinh của
Klesiella, trong đó cơ chế kháng cephalosporin thế hệ 3 và quinolon được
nghiên cứu ở nhiều nước.
Ở Việt Nam, Klebsiella là căn nguyên hàng đầu gây nhiễm khuẩn
hô hấp phân lập được chủ yếu ở trẻ sơ sinh và trẻ nhỏ nằm điều trị tại bệnh
viện. Tỷ lệ Klebsiella spp kháng và đa kháng kháng sinh cao với ampicillin
và cephalotin kháng 97,8% và 91,7% ở trẻ em. Những nghiên cứu tìm hiểu
về tình trạng mang gen mã hóa sinh men β-lactamase phổ rộng gây kháng
cephalosporin thế hệ 3 và quinolon lan truyền qua plasmid chưa được thực
hiện nhiều ở Việt Nam. Vì vậy, chúng tôi tiến hành đề tài này nhằm mục
tiêu:
1- Xác định tỷ lệ chủng Klebsiella phân lập được ở đường hô hấp
của các bệnh nhi từ 0 đến 6 tuổi tại Bệnh viện Nhi Trung ương năm
2009-2010.
2- Xác định tính kháng kháng sinh của các chủng Klebsiella
phân lập được.
3- Xác định tỷ lệ mang gen kháng cephalosporin thế hệ 3 và
quinolon của các chủng Klebsiella phân lập được.
Tóm tắt nội dung tài liệu: Tóm tắt Luận án Tỷ lệ nhiễm và mang gen kháng cephalosporin thế hệ 3 và quinolon của các chủng klebsiella gây nhiễm khuẩn hô hấp phân lập tại bệnh viện nhi trung ương, 2009 - 2010
1 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG ----------------------------- BÙI THỊ MÙI TỶ LỆ NHIỄM VÀ MANG GEN KHÁNG CEPHALOSPORIN THẾ HỆ 3 VÀ QUINOLON CỦA CÁC CHỦNG KLEBSIELLA GÂY NHIỄM KHUẨN HÔ HẤP PHÂN LẬP TẠI BỆNH VIỆN NHI TRUNG ƯƠNG, 2009-2010 Chuyên ngành: Vi sinh y học Mã số: 62.72.01.15 TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y HỌC HÀ NỘI - 2014 2 CÔNG TRÌNH ĐÃ ĐƯỢC HOÀN THÀNH TẠI VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG Người hướng dẫn khoa học: 1. GS. TS. Nguyễn Thanh Liêm 2. TS. Lê Thị Ánh Hồng Phản biện 1. Phản biện 2. Phản biện 3. ......................................................................... Luận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp viện tại Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương vào hồi ..... giờ ....., ngày ...... tháng ..... năm ....... Có thể tìm hiểu luận án tại: 1. Thư viện Quốc gia 2. Thư viện Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương 3 DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT ADN : Acid Deoxyribo nucleic ARN : Acid ribonucleic C3G : Cephalosporin thế hệ 3 ESBL : Extended Spectrum Beta Lactamases(Men beta- lactamase phổ rộng) HH : hô hấp HSCC : Hồi sức cấp cứu HSN : Hồi sức ngoại MIC : Minimal Inhibitory concentration(nồng độ ức chế tối thiểu) PCR : polymerase chain reaction( phản ứng chuỗi trùng hợp) PFGE : pulsed field Get Eleetrophoness( điện di ung trường) NKHHCT : nhiễm khuẩn hô hấp cấp tính WHO : world heath organization(tổ chức y tế thế giới) 4 ĐẶT VẤN ĐỀ Giống Klebsiella là một trong các hệ vi khuẩn có ở đường tiêu hóa, hô hấp của người, là căn nguyên của một số bệnh nhiễm khuẩn ở người, gây bệnh chủ yếu ở trẻ nhỏ. Trên thế giới loài Klebsiella là một trong những căn nguyên quan trọng gây nhiễm khuẩn ở bệnh nhi nằm điều trị tại bệnh viện đặc biệt là những trẻ sơ sinh non yếu và trẻ nhỏ. Tỷ lệ nhiễm khuẩn do Klebsiella ở trong bệnh viện đặc biệt là những đơn vị hồi sức cấp cứu rất khác nhau giữa các nước từ 10,2%-26,2% . Tình trạng kháng với hầu hết các kháng sinh đang là một mối đe doạ lớn đối với thầy thuốc và người bệnh. Với kháng sinh thông thường như Ampicillin, Cephazolin, Klebsiella spp. đã kháng cao 60%-100%. Phát hiện gen kháng kháng sinh nhóm quinolon lan truyền qua plasmid là mốc quan trọng trong nghiên cứu về gen kháng kháng sinh của vi khuẩn này. Nghiên cứu về cơ chế kháng kháng sinh được tiến hành với mục đích tìm căn nguyên của sự gia tăng tính kháng kháng sinh của Klesiella, trong đó cơ chế kháng cephalosporin thế hệ 3 và quinolon được nghiên cứu ở nhiều nước. Ở Việt Nam, Klebsiella là căn nguyên hàng đầu gây nhiễm khuẩn hô hấp phân lập được chủ yếu ở trẻ sơ sinh và trẻ nhỏ nằm điều trị tại bệnh viện. Tỷ lệ Klebsiella spp kháng và đa kháng kháng sinh cao với ampicillin và cephalotin kháng 97,8% và 91,7% ở trẻ em. Những nghiên cứu tìm hiểu về tình trạng mang gen mã hóa sinh men β-lactamase phổ rộng gây kháng cephalosporin thế hệ 3 và quinolon lan truyền qua plasmid chưa được thực hiện nhiều ở Việt Nam. Vì vậy, chúng tôi tiến hành đề tài này nhằm mục tiêu: 1- Xác định tỷ lệ chủng Klebsiella phân lập được ở đường hô hấp của các bệnh nhi từ 0 đến 6 tuổi tại Bệnh viện Nhi Trung ương năm 2009-2010. 2- Xác định tính kháng kháng sinh của các chủng Klebsiella phân lập được. 3- Xác định tỷ lệ mang gen kháng cephalosporin thế hệ 3 và quinolon của các chủng Klebsiella phân lập được. * Những đóng góp mới của luận án: Nghiên cứu đầu tiên được tiến hành trên đối tượng bệnh nhi từ 0-6 tuổi, đã phát hiện được cơ chế kháng kháng sinh của Klesiella, trong đó xác định được gen kháng cephalosporin thế hệ 3 và quinolon của các chủng Klebsiella phân lập được tại Bệnh viện Nhi Trung ương. 5 * Bố cục luận án: Luận án gồm 120 trang bao gồm: Đặt vấn đề: 2 trang; Chương 1. Tổng quan: 38 trang; Chương 2. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: 21 trang; Chương 3. Kết quả nghiên cứu: 38 trang; Chương 4. Bàn luận: 18 trang; Kết luận: 2 trang và kiến nghị: 1 trang. Luận án gồm: 29 bảng, 18 biểu đồ, 3 sơ đồ và 17 hình. Tài liệu tham khảo: 121 tài liệu. Chương 1 TỔNG QUAN 1.1.Các đặc điểm về giải phẫu, sinh lý và miễn dịch hệ hô hấp 1.1.1. Các đặc điểm về giải phẫu Bộ máy hô hấp bao gồm đường hô hấp trên và đường hô hấp dưới. Ranh giới phân chia là nắp thanh quản . 1.1.2. Đặc điểm sinh lý: Bộ máy hô hấp trẻ em chưa hoàn chỉnh những năm đầu đời. 1.1.3. Cơ chế miễn dịch bảo vệ đường hô hấp Hàng rào niêm mạc Các tế bào thực bào Các yếu tố thể dịch 1.2. Các căn nguyên gây nhiễm trùng hô hấp cấp tính ở trẻ em. 1.2.1. Các căn nguyên gây nhiễm trùng hô hấp cấp tính ở trẻ em - Tác nhân virus: Đa số các trường hợp NKHHCT ở trẻ em là do virus (60- 70%). - Tác nhân vi khuẩn: + Các loại vi khuẩn thường gặp trong nhiễm trùng cộng đồng: Heamophilus Influenzae, Streptococcus Pneumoniae, Moracella Catarrhalis,Staphylococcus aureus. + Các loại vi khuẩn thường gặp trong nhiễm trùng bệnh viện: S. Aureus, P. Aeruginosa, Các trực khuẩn Gram âm dễ mọc khác, Klebsiella pneumoniae ... 1.2.2. Klebsiella trong NKHHCT Nhiễm khuẩn do K.pneumoniae và K. oxytoka thường gặp nhất ở người. Klesiella chiếm 8% các nhiễm trùng của bệnh viện. 14% nhiễm khuẩn huyết nguyên phát do Klesiella. Trong số 145 báo cáo bùng phát nhiễm trùng bệnh viện từ 1983- 1991 có 13 báo cáo được quy kết là do Klesiella. Các trung tâm kiểm soát dịch bệnh và phòng chống chủng Klesiella cho thấy có 3% nguyên nhân bùng phát dịch bệnh do Klesiella. 6 Một cuộc điều tra Klesiella pneumoniae carbamenemase (KPC) ở những bệnh nhân nhiễm khuẩn đường ruột trong năm 2011 thấy sự lan truyền rộng rãi KPC trong 4 huyện liền kề ở Ấn Độ trong 1 năm. Bùng phát nhiễm khuẩn huyết ở trẻ sơ sinh trên khắp thế giới, nhiễm trùng khác do Klesiella. cũng gặp trên toàn thế giới. Thường gặp ở các khu vực Đông Âu, Nam Á, Trung Phi và châu Mỹ la tinh. 1.3. Phương pháp chẩn đoán vi sinh trong nhiễm khuẩn hô hấp cấp tính 1.3.1. Phương pháp thông thường 1.3.2. Phương pháp cấy đếm 1.4. Một số kỹ thuật xác định độ nhạy cảm của vi khuẩn gây bệnh với kháng sinh 1.4.1. Kháng sinh và cơ chế kháng kháng sinh Cơ chế tác động của thuốc kháng sinh lên tế bào vi khuẩn: Kháng sinh ức chế quá trình tổng hợp vách Kháng sinh tác động trên màng nguyên tương Kháng sinh ức chế quá trình sinh tổng hợp protein Kháng sinh ức chế sinh tổng hợp acid nucleic Kháng sinh ức chế quá trình sinh tổng hợp acid folic Cơ chế đề kháng kháng sinh: Đề kháng tự nhiên Đề kháng thu được Cơ sở di truyền học của sự đề kháng thu được: Đề kháng thu được do đột biến trên NST: Đột biến thường xẩy ra ở giai đoạn sao chép các bazơ purin và pyrimidin trong quá trình tổng hợp của ADN, các ADN mới được tổng hợp sẽ không còn giống với phiên bản của ADN thế hệ trước. Đề kháng thu được do nhận được gen đề kháng qua các hình thức vận chuyển di truyền: Biến nạp, tải nạp, tiếp hợp Thành phần di truyền di động (transposons - gen nhảy) Cơ chế lan truyền gen đề kháng 1.4.2. Các cơ chế đề kháng kháng sinh họ vi khuẩn đường ruột với kháng sinh nhóm beta - lactam Đề kháng tự nhiên: Đề kháng tự nhiên do sinh ra enzym - lactamaza và đề kháng tự nhiên không do sinh ra enzym -lactamaza Đề kháng thu được: Đề kháng thu được làm cho vi khuẩn sinh ra enzym - lactamaza 7 Vi khuẩn sinh ra enzym penicillinaza do nhận được gen đề kháng nằm trên plasmid Vi khuẩn tăng cường sản xuất ra enzym penicillinaza do gen đề kháng nằm trên nhiễm sắc thể Đề kháng thu được làm cho vi khuẩn sinh ra enzym cephalosporinaza do gen mã hóa nằm trên nhiễm sắc thể Đề kháng thu được làm cho vi khuẩn sinh ra các enzym - lactamaza khác - Năm 1989-1990, hai tác giả Bauernfeind và Papanicolaou đã tìm thấy ở loài K. pneumoniae sinh ra enzym -lactamaza kháng lại kháng sinh cephamycin (CMY-1, MIR-1), gen mã hóa nằm trên plasmi. - Enzym immipenemaza cũng đã được tìm thấy ở các loài S. marcescens và E. cloacae bởi các tác giả Yang (1990), Lee và Raimondi (1991). - Các Beta Lactamase mới * TEM-TYPE ESBLs (Lớp A): việc thay thế amino acid ở nhiều vị trí ở TEM-1 beta-lactamase có thể được tạo ra ở phòng thí nghiệm mà không mất hoạt tính. Sự thay đổi vị trí này của ESBLs làm thay đổi hình dạng vị trí hoạt hóa của men, cho phép thâm nhập oxyimino-beta-lactam. Trên 130 men TEM đã được tìm thấy, và sự đa dạng của chúng có lợi cho việc theo dõi sự lan tràn của các gene đề kháng. * SHV-TYPE ESBLs (lớp A): SHV-1 chia 68% các amino acid của nó với TEM-1 và có cấu trúc tương tự. Cũng như TEM, SHV-type ESBLs có một hoặc nhiều sự thay thế các amino acid xung quanh vị trí hoạt hóa. Hơn 50 dạng khác nhau của SHV đã được biết. * CTX-TYPE ESBLs (lớp A): Hiện nay, có hơn 40 CTX-M đã được biết. * NHỮNG ESBLs LỚP A KHÁC: PER-1 được phân lập ở Thổ Nhĩ Kỳ, Pháp, và Ý; VEB-1 và VEB-2 tìm thấy ở Đông Nam Á; GES-1, GES-2 và IBC-2 được phân lập ở Nam Phi, Pháp và Hy Lạp. PER-1 cũng thường gặp ở dòng acinetobacter ở Hàn Quốc và Thổ Nhĩ Kỳ. Một số các men này cũng được tìm thấy ở Enterobacteriaceae, ngược lại các ESBLs ít gặp (như BES-1, IBC-1, SFO-1 và TLA-1) chỉ được tìm thấy ở Enterobacteriaceae. * OXA-TYPE ESBLs (lớp D): 12 ESBLs bắt nguồn từ OXA-10, OXA-1, hay OXA-2 bằng cách thay thế các amino acid. * MEN PLASMID-MEDIATED AmpC (lớp C): AmpC beta- lactamases, sinh ra do beta-lactam, được mã hóa ở các gene trên nhiễm sắc 8 thể ở nhiều trực khuẩn gram âm. Các đột biến làm gia tăng tình trạng đề kháng cephalosporin phổ rộng ở Enterobacter cloacae. Hơn 20 AmpC beta-lactamase được tìm thấy truyền qua trung gian plasmid. * CARBAPENEMASES (LỚP A, B VÀ D): carbapenemases là một nhóm khác, hiện nay ít gặp tuy nhiên rất được quan tâm, vì chúng có hoạt tính không những chỉ chống lại oxyimino-cephalosporin và cephamycin mà còn với carbapenem. Plasmid-mediated IMP-type carbapenemases (hiện nay đã biết được 17 loại), được tìm thấy ở Nhật (1990s), ở cả gram âm đường ruột, pseudomonas và acinetobacter sp. 1.4.3. Đề kháng với kháng sinh Quinolon Sự đề kháng với nhóm kháng sinh này cho đến nay vẫn được hiểu là do đột biến trên NST. Sự đột biến này làm thay đổi đặc tính của enzym tác động vào quá trình sinh tổng hợp ADN (enzym ADN - gyrase) làm cho kháng sinh không tác động vào được nữa. Năm 1998, Martinez - Martinez và cộng sự, lần đầu tiên mô tả chủng K. pneumoniae mang gen kháng quinolon nằm trên plasmid, đồng thời các gen này còn gắn trên các Integron khác nhau. Hơn nữa, các plasmid này cũng đồng thời mang gen mã hóa enzym -lactamase phổ rộng hoặc enzyme cephalosporinase. Phát hiện này có tầm quan trọng rất lớn, bởi nó nói lên rằng gen kháng quinolon có thể được lan truyền ngang giữa các vi khuẩn. 1.5. Phương pháp xác định độ nhạy cảm của vi khuẩn với kháng sinh và các phương pháp xác định gen kháng thuốc của vi khuẩn 1.5.1. Phương pháp xác định độ nhạy cảm của vi khuẩn với kháng sinh 1.5.1.1. Kỹ thuật khoanh giấy khuếch tán trên thạch 1.5.1.2. Kỹ thuật xác định nồng độ kháng sinh tối thiểu ức chế vi khuẩn (Minimum Inhibitory Concentration - MIC) Kỹ thuật xác định nồng độ kháng sinh tối thiểu ức chế vi khuẩn trong môi trường đặc Kỹ thuật xác định nồng độ kháng sinh tối thiểu ức chế vi khuẩn trong môi trường lỏng Kỹ thuật xác định nồng độ kháng sinh tối thiểu ức chế vi khuẩn bằng băng giấy Etest 1.5.2.Các kỹ thuật xác định cơ chế kháng kháng sinh 1.5.2.1. Kỹ thuật tiếp hợp trên mặt thạch 1.5.2.2. Kỹ thuật PCR (Polymerase Chain Reaction). 1.5.2.3. Phương pháp Real-Time PCR 1.5.2.4. Kỹ thuật phương pháp lai phân tử 1.5.2.5. Kỹ thuật giải trình tự gen 9 1.6. Nhiễm khuẩn hô hấp và tình hình kháng kháng sinh do Klebsiella 1.6.1. Tình hình nhiễm và kháng kháng sinh của Klebsiella spp. ở nước ngoài Nhiễm khuẩn hô hấp do Klebsiella spp. ở trong cộng đồng là hiếm gặp, thường gặp ở những người có miễn dịch kém như trẻ nhỏ, người già, người mắc bệnh mãn tính .... Nhiễm khuẩn do Klebsiella spp. gặp chủ yếu ở trẻ sơ sinh và sơ sinh non yếu. Tỷ lệ chủng kháng và đa kháng kháng sinh cao, nhất là chủng sinh men β-lactamase phổ rộng và KPC. Đặc biệt là những chủng Klebsiella spp. mang gen NDM-1 gây đề kháng các loại kháng sinh hiện có và làm cho Klebsiella spp. trở thành siêu vi khuẩn kháng thuốc kháng sinh. Tỷ lệ nhiễm khuẩn do Klebsiella spp. khác nhau ở các nước. Tại Châu Âu, tỷ lệ Klebsiella spp. gây nhiễm khuẩn ở các bệnh viện từ 3% - 17%; ở Thổ Nhĩ Kỳ 26,2%. Các chủng Klebsiella spp. gây nhiễm khuẩn bệnh viện đề kháng cao với các kháng sinh ngoại trừ imipenem (IPM) và ciprofloxacin (CIP), tỉ lệ kháng với các kháng sinh thuộc nhóm cephalosporin và quinolon ở cộng đồng là 4% và 21%, tỉ lệ này cao gấp hai lần đối với những chủng phân lập được từ nhiễm trùng bệnh viện. Các chủng phân lập được từ nhiễm trùng bệnh viện đã kháng 60%-100% đối với ampicillin (AM) và cephazolin, xuất hiện chủng kháng với nhiều loại kháng sinh, với IPM và CIP kháng 0%-12%. Các chủng sinh men β- lactamase phổ rộng (ESBLs) là yếu tố lan tràn và bùng phát nhiễm khuẩn bệnh viện đồng thời tăng tỉ lệ chủng kháng đa kháng kháng sinh. Tỉ lệ chủng có men ESBLs phân lập ở bệnh nhân viêm phổi nhiễm trùng bệnh viện là 88,9% còn phân lập từ những bệnh nhân viêm phổi không phải do nhiễm trùng bệnh viện là 11,1%. Những báo cáo mới nhất về cơ chế kháng kháng sinh nhóm quinolon của các nhà nghiên cứu cho thấy vai trò chủ yếu là do đột biến trên nhiễm sắc thể của vi khuẩn. Năm 1998, Martinez - Martinez và cộng sự, lần đầu tiên mô tả chủng Klebsiella pneumoniae kháng nhóm kháng sinh quinolon theo cơ chế lan truyền gen P.M.G 252 trên plasmid. Sự kháng kháng sinh nhóm quinolon được xác định bởi gen qnr nằm trên các Integron khác nhau. Phát hiện này có tầm quan trọng rất lớn bởi nó nói lên rằng gen kháng quinolon có thể lan truyền ngang giữa các vi khuẩn với nhau. Thêm vào đó các integron này đồng thời mang gen kháng kháng sinh cephalosporin thế hệ thứ ba (do enzym -lactmase phổ rộng hoặc do enzyme cephalosporinase). 10 Tỷ lệ mang gen kháng qnr khác nhau giữa các nước và các khu vực:từ 4% đến 55% tập trung cao ở các nước Đông nam Á, đặc biệt là Hàn Quốc và Trung Quốc từ 20,3 đến 55% Sự kháng kháng sinh cephalosporin thế hệ 3 (C3G) liên quan đến sự kháng quinolon theo cơ chế plasmid luôn được các nhà khoa học trên thế giới quan tâm. Cũng giống như quinolon, chủng kháng C3G thay đổi tùy theo vùng địa lý. Những thay đổi quan trọng được báo cáo ở châu Á - Thái Bình Dương. Ở Châu Phi số liệu không nhiều, tỷ lệ kháng khoảng 40%. Đa số chủng mang gen qnr đều kèm theo mang enzym ESBL (SHV-5, SHV-7, CTX-M, Veb-1, Oxa-30) hoặc một -lactamase plasmid type AmpC (Fox-5). Đặc biệt các chủng mang gen kháng CTX-M một gen mã hóa enzym phân hủy Cefotaxime kháng sinh đang được sử dụng nhiều trong điều trị và có nh ... ết hợp cao hơn hẳn nhóm NKHHCT. Sự Khác biệt này có ý nghĩa thống kê , với p< 0,05. 3.2.2. Xác định khả năng sinh enzym β-lactamase phổ rộng của các chủng K. pnemoniae 3.2.2.1. Tỷ lệ sinh ESBLs của các chủng K. pnemoniae chung Nghiên cứu này đã xác định được 152 chủng có khả năng sinh enzym β-lactamase phổ rộng trên tổng số 267 chủng K. pneumoniae spp., chiếm tỷ lệ 56,9% 3.2.2.2.Sự phân bố các chủng K. peumoniae sinh ESBLs phân lập được ở các khoa Bảng 3.22. Tỷ lệ sinh ESBLs của K. pnemoniae ở các khoa 20 ESBLs Khoa Số chủng thử nghiệm (n) Số chủng ESBLs (+) Tỉ lệ % p Hồi sức cấp cứu 41 24 58,5 p< 0,05 Hồi sức ngoại 39 28 71,8 Sơ sinh 106 55 51,9 Hô hấp 81 45 55,6 Tổng số 267 152 56,9 Tỷ lệ chủng sinh ESBLs phân lập được ở các khoa có sự thay đổi từ 51,9 đến 71,8 %, đặc biệt tỷ lệ ở khoa Hồi sức ngoại rất cao 71,8%. Với p <0,05 Biểu đồ 3.14.Tỷ lệ chủng K. pneumoniae sinh ESBLs ở hai nhóm Qua biểu đồ ta thấy tỷ lệ sinh ESBLs của các chủng K. pneumoniae phân lập được ở khoa Hồi sức ngoại là cao nhất trong các khoa. Sự khác biệt này có ý nghĩa thống kê, với p<0,05 3.2.3. Tính nhạy cảm kháng sinh của các chủng K. pnemoniae xác định bằng kỹ thuật định lượng MIC Với 60 chủng có enzym β-lactamase phổ rộng (ESBL +) để đưa vào nghiên cứu xác định nồng độ ức chế tối thiểu của các kháng sinh nhóm β-lactamin, đánh giá mức độ đề kháng trên những chủng này. Kết quả được trình bày ở bảng sau: Bảng 3.26: Nồng độ kháng sinh nhóm β-lactamin ức chế tối thiểu 50% và 90% chủng K. peumoniae Kháng sinh Tên kháng sinh viết tắt Nồng độ ức chế (µg/ml) Điểm gãy MIC (Theo chuẩn CLSI -µg/ml)) MIC50 MIC90 Nhạy Kháng 21 cảm (S) (R) Cefoxitin FOX 4 >4 ≤8 ≥32 Cefoperazon CFP >128 >128 ≤8 ≥32 Astreonam AZT 32 >64 ≤4 ≥16 Cefotaxim CTX 128 >128 ≤1 ≥4 Cefotaxim/Acid clavulanic CTX/CLV 2 >16 ≤1 ≥4 Ceftazidim CAZ 16 >16 ≤4 ≥16 Ceftazidim/Acid clavulanic CAZ/CLV 1 >1 ≤4 ≥16 Piperacillin PIP >256 >256 ≤16 ≥128 Piperacillin/Acid clavulanic PIP/CLV >256 >256 ≤16 ≥128 Cefepim PEP 16 >16 ≤8 ≥32 Imipenem IPM 0,12 >0,12 ≤4 ≥16 Kết quả trên cho thấy: các chủng Klebsiella pneumoniae có ESBL (+) có mức độ kháng kháng sinh nhóm β-lactamin rất cao: nồng độ ức chế tối thiểu 50% và 90% số chủng của một số kháng sinh đã vượt lên trên giới hạn điểm gẫy MIC theo chuẩn CLSI khá cao: Piperacillin và Piperacillin/Acid clavulanic >256 µg/ml; Cefoperazon >128 µg/ml. 3.3. Xác định tỷ lệ chủng K. peumoniae mang gen mã hóa sự kháng kháng sinh Cephalosporin thế hệ 3 và quinolon nằm trên plasmid 3.3.1. Xác định tỷ lệ chủng K. peumoniae mang gen mã hóa sự kháng kháng sinh Cephalosporin thế hệ 3 nằm trên plasmid Bằng kỹ thuật khuếch đại gen (PCR), với các cặp mồi đã thiết kế nhằm mục đích xác định các gen mã hóa sự kháng kháng sinh Cephalosporin thế hệ 3 nằm trên plasmid: CTX-M-3, CTX-M-9, SHV và TEM. Chúng tôi đã thực hiện nghiên cứu trên 107 chủng K. peumoniae. Bảng 3.27. Tỉ lệ chủng K. peumoniae mang gen mã hóa sự kháng C3G nằm trên plasmid Gen mã hóa Số chủng mang gen (n=10) Tỉ lệ (%) CTX-M-3 33 30,8 CTX-M-9 79 73,8 SHV 95 88,8 TEM 86 80,4 CTX-M (CTX-M-3+ CTX-M-9) 99 92,5 22 Tỷ lệ chủng mang gen mã hóa sự kháng C3G nằm trên plasmid khá cao, đặc biệt là CTX-M nói chung là 92,5%; SHV(88,8%) và thấp nhất là CTX-M 3 (30,8%). 3.3.2. Xác định tỷ lệ chủng K. pneumoniae mang gen mã hóa sự kháng kháng sinh nhóm Quinolon (qnr) nằm trên plasmid Bằng kỹ thuật khuếch đại gen (PCR), nghiên cứu trên 107 chủng K. pneumoniae. Kết quả thu được có 41/107 chủng có mang gen mã hóa sự kháng kháng sinh nhóm Quinolon trên plasmid, chiếm tỷ lệ 38,3%. Kết quả cho thấy tỷ lệ chủng mang gen kháng Quinolon nằm trên plasmid trong nghiên cứu này khá cao. Tất cả 107 chủng đưa vào nghiên cứu về gen mã hóa sự kháng kháng sinh, đều đã có chứa các gen mã hóa sự kháng C3G như kết quả phần trên, nhưng kết quả này cho thấy đồng thời có 38,3% số chủng mang gen mã hóa sự kháng kháng sinh nhóm Quinolon (qnr); Trong đó chủ yếu là qnrS (80,6 %), qnrB (17 %) và gen qnrA chiếm tỉ lệ rất nhỏ (2,4 %). 3.3.3. Tỷ lệ chủng mang đồng thời nhiều gen kháng C3G và qnr Bảng 3.29. Tỉ lệ chủng mang đồng thời nhiều gen kháng C3G và Qnr Các gen mã hóa Số lượng (n = 107) Tỉ lệ % p qnr+CTX-M+SHV+TEM 24 22,4 p< 0,05 CTX-M+SHV+TEM 91 85 CTX-M-3+ CTX-M-9 11 10,3 CTX-M-3+CTX-9+SHV+TEM 9 8,4 Tỷ lệ các chủng đồng thời mang nhiều gen mã hóa kháng C3G là rất cao 85%, chủng đồng thời mang gen CTX-M-3 và CTX-M-9 là 10,3%, chủng mang tất cả các gen mã hóa kháng kháng sinh nhóm C3G là 8,4%. Trong số các chủng đồng thời mang nhiều gen mã hóa kháng kháng sinh nhóm C3G có 22,4% chủng mang cả gen mã hóa sự kháng sinh nhóm Quinolon(qnr). Chương 4 BÀN LUẬN 4.1. Đặc điểm phân bố các chủng vi khuẩn gây bệnh trong nhiễm khuẩn hô hấp ở bệnh nhi 0 đến 6 tuổi Tỷ lệ nuôi cấy dương tính chung với các vi khuẩn gây bệnh là 33,1%. Trong đó có 87 mẫu có hai loài chiếm 7,4%. Nhóm NKHHCT 37,4% và NKHHCT kết hợp 28,1 % và cao nhất ở khoa sơ sinh. Tỷ lệ 23 nhiễm khuẩn hô hấp cấp tính ở các nước, trong nước và nghiên cứu của chúng tôi là rất khác nhau. Sự phân bố của các tác nhân vi khuẩn phân lập được đứng đầu là Klebsiella pneumoniae (22,6%) sau đó là Acinetobacter spp. (19,9%), P. aeruginosa(18,4%). Các căn nguyên thường găp ở cộng đồng không cao S. pneumoniae (5,1%), H. influenzae(5,3%). Klebsiella pneumoniae là cao nhất (24,1%) ở nhóm bệnh NKHHCT và Acinetobacter spp.(29,8%) ở nhóm bệnh NKHHCT kết hợp. Sự phân bố này cũng gần giống các nghiên cứu trong và ngoài nước. Tỷ lệ phân bố các chủng K. pnemoniae phân lập được từ các nghiên cứu của các nước cho thấy tỷ lệ phân lập Klebsiella spp. ở bệnh viện là khác nhau tùy từng quốc gia thay đổi từ 10,2 - 32,2%. 4.2. Tính nhạy cảm kháng sinh và khả năng sinh enzym β-lactamase phổ rộng (ESBLs) của chủng Klebsiella pneumoniae 4.2.1. Tỷ lệ phân bố các chủng K. pnemoniae sinh enzym β-lactamase phổ rộng (ESBLs) phân lập được. Trên thế giới tỷ lệ sinh ESBLs của các chủng K. pnemoniae là rất khác nhau theo các vùng địa lý từ 4,9 - 77,7%. Tại Việt Nam, tỉ lệ này cũng rất khác nhau ở các bệnh viện: Bệnh viện Chợ Rẫy 61%, Bệnh viện Việt Đức 39,3%, Bệnh viện Nhi Trung ương 22,97%. Như vậy phần lớn kết quả trong nghiên cứu này tương đối phù hợp với các nghiên cứu trong và ngoài nước, khoa Hồi Sức Ngoại tỷ lệ này cao 71,8% giống nghiên cứu các tác giả nước ngoài. 4.2.2. Tỷ lệ kháng kháng sinh của các chủng K. pnemoniae Nghiên cứu của các nước cho thấy K. pneumoniae kháng với Cefepim (PEP) 62%, Ceftazidime (CAZ)18,4 - 99%, Tazocin (TZP) 78%, Amikacin (AK) 83%, Ciprofloxacine (CIP) 53% và Imipenem (IPM) 11%, Co- trimoxazon 64%, Gentamicin 61%. Trong nghiên cứu của chúng tôi nhận thấy tỷ lệ kháng với Ampicillin (99,2%), với Cephalosporin thế hệ 2, 3 và 4 từ 86,8 đến 93,8% là cao hơn so với kết quả nghiên cứu của các tác giả trong nước và một số nước 40,4 đến 51,2% các chủng Klebsiella spp 75,25 đến 87,29%, cao hơn nhiều so với nghiên cứu vi khuẩn từ dịch hút phế quản của Ngô Thị Thi và cộng sự 40,4 đến 51,2%. K. pneumoniae trong nghiên cứu của chúng tôi kháng với Co- trimoxazon, Gentamicin, Amikacin và Tobramycin cao gần như nghiên cứu trước tại Bệnh nhi Trung ương của tác giả Ngô Thị Thi 79,5%, 70%, 30,2% và 79,5%. Trần Thị Ngọc Anh năm 2007, nghiên cứu sự đề kháng kháng sinh của vi khuẩn gây bệnh thường gặp tại bệnh viện Nhi đồng 2 năm 2007 cho thấy vi khuẩn Klebsiella pneumoniae kháng đa kháng sinh ở mức cao các 24 Trimethoprim/sulfamethoxazol (74%), Cefuroxime(71,2%), Cefotaxime (65,3%), Gentamycine (63,6%), Ceftazidime (53,1%), Netilmycine (43,52%), Amikacin (42,9%). Tình trạng kháng kháng sinh trong nghiên cứu của chúng tôi cao hơn rất nhiều. Hầu hết các chủng trong nghiên cứu của chúng tôi kháng với Ampicilline, còn nhạy cảm với Imipenem và Ciprofloxacin phù hợp với nghiên cứu trước đây. Tỷ lệ kháng với nhiều loại kháng sinh cao. Kháng với 9 đến 12 kháng sinh chiếm đa số trong các chủng K. pnemoniae phân lập được (75%) nói chung. 4.2.3. Mức độ kháng kháng sinh xác định bằng kỹ thuật định lượng MIC Kết quả nghiên cứu của các tác giả nước ngoài đã thực hiện trên các chủng K. pneumoniae có ESBLs (+) có điểm gãy MIC ở nồng độ rất cao. Kết quả xác định nồng độ ức chế tối thiểu MIC50 và MIC90 , của chúng tôi đã khẳng định mức độ kháng kháng sinh nhóm β-lactam của các chủng K. pneumoniae trong nghiên cứu là rất cao, do chúng có enzym ESBL (+). 4.3. Tỷ lệ chủng K. peumoniae mang gen mã hóa sự kháng kháng sinh Cephalosporin thế hệ 3 (C3G) nằm trên plasmid Sự phát hiện các gen mã hóa enzym ESBLs luôn được nghiên cứu ở nhiều quốc gia trên các châu lục. Tác giả Caio Fernando de Oliveira và cộng sự nghiên cứu trên K.pneumoniae phân lập từ bệnh viện ở bang Rio Grande do Sul- Brazil thấy TEM (89,1%), SHV (79,7%), CTX (50%). Tác giả ở Tehran nghiên cứu trên các chủng K.pneumoniae phân lập từ bệnh nhân (2007) với TEM: 32,8%; SHV: 69,6%; nghiên cứu của các tác giả Pháp năm 2009 tỷ lệ mang gen kháng C3G của K. pneumoniae có tỷ lệ TEM (89,1%) cao hơn; Nhưng SHV (79,7%) và CTX-M (25%) thấp hơn nghiên cứu của chúng tôi. Đây là một sự báo động về thực trạng kháng thuốc và sử dụng kháng sinh của chúng ta Ở Việt nam, nghiên cứu của Cao Thị Bảo Vân và cộng sự cho thấy: tỷ lệ mang gen mã hóa sinh β-lactamase của các chủng thuộc họ Enterobacteriacea phân lập năm 2002 là CTX-M chiếm 25,5%, SHV chiếm 38,1%, TEM chiếm 76,3%. Như vậy, nghiên cứu của chúng tôi tỷ lệ mang gen mã hóa sự kháng C3G ở chủng K. pneumoniae đã tăng rất cao, đặc biệt là tỷ lệ mang gen CTX-M chiếm 92,5%), SHV chiếm 88,8% và TEM chiếm 80,4%. 4.4. Tỷ lệ chủng K. peumoniae mang gen mã hóa sự kháng kháng sinh quinolon (qnr) Tỷ lệ các gen kháng Quinolon trong nghiên cứu nàycủa chúng tôi tương đương một số nghiên cứu của một số nước: các tác giả Hyunjoo Pai và cộng sự tỷ lệ qnrB phân lập được là 40,5%, qnrA 3,8%; Myeong Hee Kim 25 và cộng sự ở Hàn Quốc nghiên cứu trên các chủng Klebsiella pneumoniae phân lập từ bệnh viện thấy tổng số các chủng có mang gen qnr là 40,5%. Trong đó qnr B chiếm 85,7%, qnrS 14,3% và Đài Loan, Trung Quốc từ 2,4 đến 40,5%. Với tỷ lệ 38,3% mang gen kháng qnr trong số chủng mang gen kháng C3G cũng nằm trong tỷ lệ cao so với nghiên cứu của các nước. 4.5. Xác định chủng K. peumoniae mang đồng thời gen mã hóa sự kháng kháng sinh Cephalosporin thế hệ 3 (C3G) và quinolon (qnr) Nghiên cứu của chúng tôi này thấy một chủng vi khuẩn mang đồng thời rất nhiều gen mã hóa sự kháng kháng sinh nhóm C3G chiếm tới 85%, điều đó đồng nghĩa với việc rất nhiều gen mã hóa sự kháng thuốc được truyền từ vi khuẩn này sang vi khuẩn khác nhanh chóng trong một thời gian ngắn và rất khó kiểm soát, ngoài ra còn có tỷ lệ không nhỏ mang đồng thời cả gen mã hóa sự kháng Quinonol, chiếm tỷ lệ 22,4%. 4.6. Xác định chủng K. peumoniae mang gen mã hóa sự kháng kháng sinh Cephalosporin thế hệ 3 (C3G) và quinolon (qnr) nằm trên plasmid: Trong nghiên cứu của chúng tôi, kỹ thuật PCR và kỹ thuật Southern Blot đã sử dụng là hai kỹ thuật sinh học phân tử có độ nhạy cảm và độ đặc hiệu cao một lần nữa khẳng định các gen nằm trên plasmid. KẾT LUẬN 1. Với 3.567 mẫu bệnh phẩm đường hô hấp của bệnh nhi 0 đến 6 tuổi ở các khoa HSCC, Sơ sinh, HSN và khoa Hô hấp có 1.181 mẫu dương tính. Tỉ lệ nuôi cấy dương tính là 33,1%. Trong đó có 7,4% mẫu có 2 loài. Trực khuẩn gram âm chiếm đa số tỷ lệ các chủng vi khuẩn phân lập được nói chung. Trong các loài vi khuẩn phân lập được, K.pneumoniae chiếm hàng đầu 22,61%, theo sau là Acinetobacter spp 19,9% và p.aeruginosa là 18,37%. 2. Từ 3.567 mẫu bệnh phẩm đường hô hấp của bệnh nhi 0 đến 6 được chia thành hai nhóm NKHHCT (1.909) và NKHHCT kết hợp (1.658). - Tỷ lệ nuôi cấy dương tính NKHHCT là 37,4%; Trực khuẩn gram âm chiếm đa số, trong đó K.pneumoniae chiếm hàng đầu 24,1%, theo sau là P.aeruginosa là 17,4%. Tỷ lệ phân lập được chủng K. pneumoniae ở khoa Sơ sinh là cao nhất chiếm 13,0%, tiếp đến khoa Hô hấp 8,7% và thấp nhất là khoa Hồi sức cấp cứu 4,2% - Tỷ lệ nuôi cấy dương tính NKHHCT kết hợp là 28,1%; Trực khuẩn gram âm chiếm đa số trong đó Acinetobacter. spp chiếm hàng đầu 26 29,8%, theo sau là K.pneumoniae 20,3%. Tỷ lệ K.pneumoniae phân lập được cao nhất ở khoa Sơ sinh, sau đó là khoa HSCC và HSN. - Cầu trùng Gram dương phân lập được ở nhóm NKHHCT cao hơn nhóm NKHHCT kết hợp . 3. Các chủng Klebsiella kháng cao với kháng sinh nhóm cephacosporin thế hệ 2, 3, 4 từ 86,8% đến 95%. Các chủng K.pneumoniae kháng hầu hết kháng sinh cefuroxime: 93,8%, cephalothin 95,1% và ampicilin 99,2%- 100%, các kháng sinh nhóm aminoglycoside kháng cao với tỷ lệ 65,8% đến 79,4%. Còn nhạy đối với imipenem và ciprofloxcin. Tỷ lệ đa kháng cao, có nhiều kiểu đề kháng, chủ yếu là kiểu đề kháng 9 đến 12 loại kháng sinh(75%). Xuất hiện chủng kháng với tất cả các kháng sinh thử nghiệm. Tỷ lệ K. pneumoniae kháng ≥9 kháng sinh ở bệnh nhi tử vong chiếm tỷ lệ cao hơn ở những chủng K. pneumoniae kháng < 9 kháng sinh, tỷ lệ K. pneumoniae kháng ≥9 kháng sinh ở bệnh nhi tử vong ở nhóm NKHHCT kết hợp cao hơn hẳn nhóm NKHHCT. - Tỷ lệ sinh ESBL ở các chủng K.pneumoniae phân lập được là 56,9%, cao nhất ở khoa Hồi sức ngoại 71,8% và có sự khác biệt giữa các khoa. - MIC có điểm gẫy ở nồng độ cao, lớn hơn chuẩn đề kháng kháng sinh MIC . Kết quả xác định nồng độ ức chế tối thiểu MIC50 và MIC90 của chúng tôi đã khẳng định mức độ kháng kháng sinh nhóm β-lactam của các chủng K. pneumoniae trong nghiên cứu là rất cao. 4. Tỷ lệ mang gen kháng C3G và qinolon trong nghiên cứu cho thấy: - Tỷ lệ mang gen kháng C3G cao: CTXM- 3; 30,8%; CTXM-9: 73,8%; SHV: 88,8%; TEM: 80,4%. Tổng họ CTXM: 92,5%, tỷ lệ chủng mang đồng thời gen CTX-M-3 và CTX-M-9 trong nghiên cứu 10,3%. Tỷ lệ đồng thời mang tất cả các gen kháng C3G là 85%. - Tỷ lệ mang gen kháng qnr là 38,3%. Trong đó qnrA: 2,4%; qnrB: 17% và chủ yếu là qnrS: 80,6%. - Tỷ lệ đồng thời mang gen kháng C3G và qnr trong nghiên cứu là 22,4% . 27 CÁC CÔNG TRÌNH KHOA HỌC ĐÃ CÔNG BỐ 1. Bùi Thị Mùi, Lê Thị Ánh Hồng,Nguyễn Thanh Liêm( 2011), "Tỷ lệ sinh men beta - lactamases phổ rộng và tính nhạy cảm kháng sinh của Klebsiella pneumoniae gây nhiễm khuẩn đường hô hấp trẻ em từ sơ sinh đến 6 tuổi ở Bệnh viện Nhi Trung ương, 2009 - 2010”, Tạp chí Y học Dự phòng, XXI, tr. 83 - 89. 2. Bùi Thị Mùi, Lê Thị Ánh Hồng,Nguyễn Thanh Liêm( 2011), "Tỷ lệ mang một số gen kháng cephalosporin thế hệ 3 và quinolon trên plasmid của Klebsiella pneumoniae gây nhiễm khuẩn đường hô hấp tại Bệnh viện Nhi Trung ương, 2009 - 2010”, Tạp chí Y học Dự phòng, XXI, tr. 201 - 209.
File đính kèm:
- tom_tat_luan_an_ty_le_nhiem_va_mang_gen_khang_cephalosporin.pdf