Luận án Khảo sát vi khuẩn escherichia coli sinh beta-Lactamase phổ rộng trên gà tại một số trại chăn nuôi ở đồng bằng sông Cửu Long

 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO 
TRƢỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ 
BÙI THỊ LÊ MINH 
KHẢO SÁT VI KHUẨN ESCHERICHIA COLI 
SINH BETA-LACTAMASE PHỔ RỘNG 
TRÊN GÀ TẠI MỘT SỐ TRẠI CHĂN NUÔI 
Ở ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG 
LUẬN ÁN TỐT NGHIỆP TIẾN SĨ 
CHUYÊN NGÀNH BỆNH LÝ HỌC VÀ CHỮA BỆNH VẬT NUÔI 
MÃ NGÀNH: 62 64 01 02 
2018 
 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO 
TRƢỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ 
BÙI THỊ LÊ MINH 
KHẢO SÁT VI KHUẨN ESCHERICHIA COLI 
SINH BETA-LACTAMASE PHỔ RỘNG 
TRÊN GÀ TẠI MỘT SỐ TRẠI CHĂN NUÔI 
Ở ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG 
LUẬN ÁN TỐT NGHIỆP TIẾN SĨ 
CHUYÊN NGÀNH BỆNH LÝ HỌC VÀ CHỮA BỆNH VẬT NUÔI 
MÃ NGÀNH: 62 64 01 02 
CÁN BỘ HƢỚNG DẪN 
PGS. TS. LƢU HỮU MÃNH 
2018 
i 
LỜI CẢM TẠ 
Trong suốt quá trình học tập và hoàn thành luận án, ngoài sự nổ lực và phấn 
đấu của bản thân, tôi đã nhận được sự giúp đỡ của rất nhiều người. Nhân đây, tôi gửi 
lời cảm ơn chân thành đến những người đã luôn quan tâm, lo lắng và hỗ trợ tận tình 
cho tôi trong suốt thời gian qua. 
Trước tiên, tôi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến ba mẹ và những người thân yêu 
trong gia đình. Cám ơn ba mẹ đã không quản khó khăn, vất vả, luôn bên cạnh động 
viên và là chỗ dựa tinh thần vững chắc để giúp tôi có thể tiếp bước trên con đường 
học vấn đến ngày hôm nay. Cảm ơn chồng và các con của tôi đã tạo điều kiện tốt 
cho tôi có thời gian học tập, luôn giành cho tôi tất cả tình yêu, sự khuyến 
khích và ủng hộ tôi trong thời gian học tập và hoàn thành luận án tiến sĩ. 
Tôi xin chân thành cảm ơn PGS.TS. Lưu Hữu Mãnh và PGS.TS. 
Nguyễn Nhựt Xuân Dung đã tận tình hướng dẫn, giúp đỡ, dành nhiều thời gian 
và công sức giúp cho tôi có định hướng đúng đắn trong quá trình học tập, thực 
hiện nghiên cứu và hoàn thành luận án tiến sĩ. Thầy và cô là người đã khơi dậy 
và truyền cho tôi lòng tự tin, niềm đam mê nghiên cứu khoa học. 
Xin chân thành cảm ơn Ban Giám Hiệu trường Đại học Cần Thơ, Ban 
Chủ nhiệm Khoa Nông nghiệp và Sinh học ứng dụng, Ban Chủ nhiệm Bộ môn 
Thú y đã tạo điều kiện cho tôi được học tập nâng cao trình độ chuyên môn. 
Cảm ơn quý thầy cô và các bạn đồng nghiệp đã động viên và giúp đỡ tôi trong 
suốt thời gian học tập. 
Xin gửi lời cảm ơn đến các cán bộ của Chi cục thú y, Trạm thú y, các 
chủ hộ và trại chăn nuôi ở tỉnh Vĩnh Long, Trà Vinh, Sóc Trăng, Hậu Giang 
và các học viên cao học, sinh viên đã đồng hành với tôi trong quá trình thực 
hiện luận án. 
Kính chúc mọi người thật dồi dào sức khỏe, hạnh phúc và thành công 
trong cuộc sống. 
Bùi Thị Lê Minh 
ii 
TÓM TẮT 
Luận án được thực hiện để nghiên cứu về E. coli sinh ESBL trên gà ở Đồng 
bằng sông Cửu Long. Mục tiêu của luận án là (i) Xác định sự lưu hành của E. coli 
sinh ESBL trên gà ở quy mô chăn nuôi trang trại và hộ gia đình, các yếu tố có liên 
quan như trứng gà, người chăn nuôi, thịt gà ở cơ sở giết mổ và các yếu tố môi trường 
tại khu vực chăn nuôi và cơ sở giết mổ gia cầm ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu 
Long; (ii) Xác định đặc tính đề kháng kháng sinh của E. coli sinh ESBL đối với một 
số loại kháng sinh được sử dụng phổ biến trên gà và (iii) Đánh giá sự tương đồng di 
truyền của các gen CTX-M và TEM ở vi khuẩn E. coli sinh ESBL phân lập từ gà, 
trứng, người chăn nuôi và môi trường chăn nuôi. 
Mẫu nghiên cứu được thu thập từ 304 hộ gia đình, 104 trang trại nuôi gà công 
nghiệp và 12 cơ sở giết mổ gia cầm ở tỉnh Vĩnh Long, Trà Vinh, Hậu Giang và Sóc 
Trăng. Vi khuẩn E. coli sinh ESBL được phân lập bằng phương pháp đĩa kết hợp. 
Tính nhạy cảm của E. coli sinh ESBL đối với kháng sinh được kiểm tra bằng phương 
pháp khuếch tán trên thạch; 14 loại kháng sinh thử nghiệm là ampicillin, cefaclor, 
cefuroxime, gentamicin, streptomycin, kanamycin, amikacin, tetracycline, 
doxycycline, norfloxacin, ofloxacin, trimethoprim/sulfamethoxazole, fosfomycin và 
colistin. Các vi khuẩn E. coli sinh ESBL chọn lọc được từ phương pháp đĩa kết hợp 
và kết quả kháng sinh đồ được dùng để xác định sự hiện diện các gen TEM, CTX-M 
và SHV bằng phương pháp PCR với các cặp mồi đặc hiệu. Phân tích trình tự 
nucleotide của các gen được thực hiện tại công ty Macrogen, Hàn Quốc. Kết quả 
phân tích trình tự nucleotide của gen TEM và CTX-M được so sánh tương đồng 
di truyền với các gen TEM và CTX-M trên thế giới trong cơ sở dữ liệu Ngân 
hàng gen thuộc Trung tâm Quốc gia về Thông tin Công nghệ Sinh học, Hoa kỳ 
(NCBI) bằng chương trình Blast. Phần mềm Mega 6.0 được sử dụng để xây 
dựng cây phả hệ di truyền bằng phương pháp Maximum-likelihood. 
Kết quả nghiên cứu thu được như sau: 
(i) Tỉ lệ lưu hành vi khuẩn E. coli sinh ESBL trên gà ở Đồng bằng sông Cửu 
Long là 62,01%. Tỉ lệ lưu hành vi khuẩn E. coli sinh ESBL trên gà ở hộ gia đình 
(58,89%) thấp hơn trên gà ở trang trại (70,32%). Gà ở mọi lứa tuổi đều nhiễm E. coli 
sinh ESBL. Người chăn nuôi tiếp xúc trực tiếp với gà nhiễm E. coli sinh ESBL với tỉ 
lệ cao 62,5%. Vi khuẩn E. coli sinh ESBL không được phát hiện ở vỏ trứng gà từ 
trang trại trong khi có 6% vỏ trứng gà từ hộ gia đình nhiễm E. coli sinh ESBL. Các 
yếu tố môi trường chăn nuôi gồm nước sinh hoạt, thức ăn ở máng ăn, nước ở máng 
uống và không khí chuồng nuôi đều có sự hiện của vi khuẩn E. coli sinh ESBL. Tại 
12 cơ sở giết mổ, tỉ lệ nhiễm vi khuẩn E. coli sinh ESBL trên mẫu phân, thịt, gan và 
phổi lần lượt là 48,33% (87/180), 11,11% (20/180), 11, 67% (21/180) và 5% (9/180). 
E. coli sinh ESBL cũng được phát hiện trong các yếu tố môi trường như sàn giết mổ, 
nước vặt lông và nước thải. 
iii 
(ii) Vi khuẩn E. coli sinh ESBL phân lập từ gà và người chăn nuôi gần như 
tương đồng về sự nhạy cảm và đề kháng các loại kháng sinh. Các vi khuẩn E. coli 
sinh ESBL phân lập từ gà và người chăn nuôi đề kháng cao với ampicillin (96,67-
98,87%), cefaclor (92,6-97,5%), cefuroxime (91,4-100%) và 
trimethoprim/sulfamethoxazole (75,0-81,24%). Vi khuẩn E. coli sinh ESBL phân lập 
từ gà đa kháng 2 – 14 trong khi các vi khuẩn này phân lập từ người chăn nuôi đa 
kháng 3-13 loại kháng sinh. Có 359 kiểu hình đa kháng kháng sinh ở E. coli sinh 
ESBL phân lập từ gà trong khi kiểu hình đa kháng kháng sinh ở E. coli sinh ESBL 
phân lập từ người chăn nuôi gà là 40 kiểu. Tuy nhiên, các vi khuẩn E. coli sinh ESBL 
phân lập từ gà và người chăn nuôi đều nhạy cảm cao đối với amikacin (94,17-
94,73%), fosfomycin (92,20-96,67%) và colistin (83,33-86,13%). 
(iii) Các gen TEM, SHV và CTX-M được phát hiện với tỉ lệ cao trên vi khuẩn 
E. coli sinh ESBL phân lập từ các loại mẫu thu thập ở hộ gia đình, trang trại và cơ sở 
giết mổ. Tỉ lệ lưu hành gen TEM (86,21%) và CTX-M (84,15%) cao hơn tỉ lệ lưu 
hành gen SHV (54,68%). Sự lưu hành đồng thời các gen TEM, CTX-M, SHV trên 
một vi khuẩn chiếm ưu thế. Trình tự nucleotide của các gen CTX-M và TEM có sự 
tương đồng rất cao với các gen CTX-M-3 và TEM-1 được công bố trên Ngân hàng 
gen. Các gen CTX-M và TEM trên vi khuẩn E. coli sinh ESBL phân lập từ gà, vỏ 
trứng, người chăn nuôi và các yếu tố môi trường chăn nuôi có mối quan hệ di truyền 
gần nhau. 
Từ khóa: Đề kháng kháng sinh, gà, E. coli, ESBL, CTX-M, SHV, TEM 
iv 
ABSTRACT 
 The dissertation was carried out to research on ESBL producing E. coli in 
chickens in Mekong Delta. The aims of the dissertation were: (i) To determine the 
prevalence of ESBL producing E. coli on chickens in industrial farms and small 
households, relative factors such as eggs, chicken rearers, chicken meat in 
slaughterhouses and the environmental factors of husbandry regions and 
slaughterhouses in Mekong Delta; (ii) To determine the antibiotic resistance 
characterization of ESBL producing E. coli isolated to the most commonly 
antibiotics used for chickens and (iii) To evaluate the homologeneity of CTX-M and 
TEM genes in ESBL producing E. coli isolated from chicken, egg, chicken rearer 
and husbandry environment. 
 Samples were collected from 304 households, 104 industrial chicken farms, 
and 12 chicken slaughterhouses in Vinh Long, Tra Vinh, Hau Giang and Soc Trang 
provinces. ESBL producing E. coli was isolated by combination disk method. The 
antibiotic resistance of bacteria was performed by disk diffusion method. Fourteen 
antibiotics including ampicillin, cefaclor, cefuroxime, gentamicin, streptomycin, 
kanamycin, amikacin, tetracycline, doxycycline, norfloxacin, ofloxacin, 
trimethoprim/sulfamethoxazole, fosfomycin and colistin were tested. ESBL 
producing E. coli isolates selected from the results of combination disk method and 
antimicrobial susceptibility test were determined TEM, SHV and CTX-M genes by 
PCR method with specific primers. Analyzing genetic sequences of nucleotides of 
genes encoding ESBL was carried out at Macrogen company, Korea. The genetic 
homologeneity were compared to the data base of genebank of National Center for 
Biotechnology Information (NCBI) by Blast software. Mega 6.0 software was 
used for building phylogenetic tree and used Maximum-likelihood method. 
 The results are as follows: 
 (i) The prevalence of ESBL producing E. coli on chickens in the Mekong Delta 
was 62.01%. The prevalence of them on chickens in households (58.89%) was 
slower than on chickens in in industrial farms (70.32%). The all of chicken ages 
were infected. The farmers (chicken rearers) contacted directly to poultry were 
infected at high rate 62.5%. ESBL producing E. coli were not detected in egg 
shells from industrial farms while egg shells from households infected 6%. The 
husbandry environmental factors including domestic water, feed and water in 
trough, air were all detected ESBL producing E. coli. At slaughterhouses, the 
prevalence of them in feacal, meat, liver and lung samples were 48.33%, 11.11%, 
11.67% and 5% respectively. ESBL producing E. coli were also detected in the 
environmental factors such as floor, removing feather water and waste water. 
 (ii) Susceptibility and antibiotic resistance of ESBL producing E. coli 
isolated from chickens and farmers seem to be similarity. They were highly resistant 
v 
to ampicillin (96.67-98.87%), cefaclor (92.6-97.5%), cefuroxime (91.4-100%) and 
trimethoprim/sulfamethoxazole (75.0-81.24%). ESBL producing E. coli isolated 
from chickens were multiresistant to 2–14 antibiotics while those isolated from 
farmers were multiresistant to 3-13 antibiotics. There were 359 antibiotic 
multiresistant phenotypes in ESBL producing E. coli isolated from chicken while 
those from farmers were 40. However, these bacteria were highly sensitive to 
amikacin (94.17-94.73%), fosfomycin (92.20-96.67%) and colistin (83.33-86.13%). 
 (iii) TEM, SHV and CTX-M genes were highly detected in ESBL producing E. 
coli isolated from the all of samples collected in households, farms and 
slaughterhouses. The prevalence of TEM (86.21%) and CTX-M (84.15%) genes was 
higher than the prevalence of SHV gene (54.68%). The occurence of TEM, CTX-M, 
SHV gene combination in a bacteria was popular. Nucleotide sequences of TEM and 
CTX-M genes were significantly correlative TEM-1 and CTX-M-3 genes published 
on Gen Bank. CTX-M and TEM genes in ESBL producing E. coli isolated from 
chickens, egg shells, farmers and husbandry environment factors had the high genetic 
homologeneity. 
Key words: Antibiotic resistance, chickens, E. coli, ESBL, CTX-M, SHV, TEM 
vi 
LỜI CAM KẾT KẾT QUẢ 
Tôi xin cam kết luận án này được hoàn thành dựa trên các kết quả nghiên cứu của tôi 
với sự hướng dẫn của PGS.TS. Lưu Hữu Mãnh. Các số liệu và kết quả trình bày 
trong luận án là trung thực và chưa được công bố bởi tác giả khác trong bất cứ luận 
án cùng cấp nào trước đây. 
Cần Thơ, ngày  tháng  năm 2018 
 Người hướng dẫn khoa học Tác giả luận án 
 PGS.TS. Lưu Hữu Mãnh Bùi Thị Lê Minh 
vii 
MỤC LỤC 
Lời cảm tạ i 
Tóm tắt tiếng Việt ii 
Tóm tắt tiếng Anh iv 
Lời cam kết kết quả vi 
Mục lục vii 
Danh mục bảng x 
Danh mục hình xii 
Danh mục viết tắt xiv 
Chƣơng 1: Giới thiệu 1 
1.1 Tính cấp thiết của luận án 1 
1.2 Mục tiêu nghiên cứu 3 
1.3 Những điểm mới của luận án 3 
Chƣơng 2: Tổng quan tài liệu 4 
2. 1 Tổng quan về vi khuẩn Escherichia coli 4 
2.1.1 Lịch sử phát hiện 4 
2.1.2 Phân loại vi khuẩn Escherichia coli gây bệnh 4 
2.1.3 Đặc điểm hình thái và đặc tính nuôi cấy 6 
2.1.4 Đặc tính sinh hóa 6 
2.1.5 Cấu trúc kháng nguyên 8 
2.1.6 Các yếu tố độc lực 10 
2.1.7 Độc tố đường ruột và cơ chế sinh bệnh 11 
2.1.8 Sức đề kháng 12 
2.1.9 Dịch tễ học 13 
2.2 Thuốc kháng sinh và cơ chế tác động của thuốc kháng sinh 16 
2.3 Đề kháng kháng sinh và phân loại đề kháng 18 
2.3.1 Đề kháng giả 18 
2.3.2 Đề kháng thật 18 
2.4 Cơ chế đề kháng kháng sinh của vi khuẩn 20 
2.4.1 Tạo men phân hủy thuốc 21 
2.4.2 Thay đổi tính thấm của tế bào vi khuẩn 22 
2.4.3 Biến đổi vị trí gắn kết 23 
2.4.4 Bơm đẩy thuốc kháng sinh 24 
2.5 Những lợi ích và tác động tiêu cực của việc sử dụng kháng sinh trong chăn nuôi 25 
viii 
2.6 Tổng quan về beta-lactamase phổ rộng 27 
2.6.1 Lịch sử và di truyền của beta-lactamase phổ rộng 27 
2.6.2 Phân loại beta-lactamase phổ rộng 30 
2.6.3 Phương pháp phát hiện vi khuẩn sinh beta-lactamase phổ rộng 32 
2.7 Tình hình nghiên cứu E. coli sinh ESBL 38 
2.7.1 Tình hình nghiên cứu E. coli sinh ESBL trên người 38 
2.7.2 Tình hình nghiên cứu E. coli sinh ESBL trong chăn nuôi gà 42 
Chƣơng 3: Phƣơng tiện và phƣơng pháp nghiên cứu 49 
3.1 Nội dung, thời gian và địa điểm nghiên cứu 49 
3.2 Phương tiện nghiên cứu 50 
3.2.1 Thiết bị 50 
3.2.2 Hóa chất 50 
3.3 Phương pháp nghiên cứu 50 
3.3.1 Phương pháp thu thập mẫu 50 
3.3.2 Phương pháp nuôi cấy và phân lập E. coli sinh ESBL 59 
3.3.3 Phương pháp khảo sát tính nhạy cảm của E. coli sinh ESBL với kháng 
sinh 
62 
3.3.4 Phương pháp xác định gen CTX-M, TEM và SHV 64 
3.3.5 Phương pháp phân tích trình tự nucleotide của gen TEM, CTX-M và xây 
dựng cây phả hệ di truyền 
66 
3.3.6 Các chỉ tiêu theo dõi 67 
3.3.7 Phương pháp phân tích thống kê 68 
Chƣơng 4: Kết quả và thảo luận 69 
4.1 Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL tại hộ gia đình và trang trại 69 
4.1.1 Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL trên gà theo tỉnh 69 
4.1.2 Sự lưu hành E. coli sinh ESBL trên gà theo quy mô chăn nuôi 71 
4.1.3 Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL trên gà thịt theo lứa tuổi 74 
4.1.4 Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL trên gà tiêu chảy 74 
4.1.5 Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL trên trứng 75 
4.1.6 Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL trong môi trường chăn nuôi 76 
4.1.7 Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL trên người chăn nuôi 78 
4. 2 Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL tại cơ sở giết mổ 80 
4.2.1 Kết quả phân lập E. coli sinh ESBL trên gà 80 
4.2.2 Kết quả phân lập E. coli sinh ESBL trên môi trường giết mổ 85 
4.3 Sự đề kháng kháng sinh của E. coli sinh ESBL 86 
ix 
4.3.1 Tính nhạy cảm kháng sinh của E. coli sinh ESBL phân lập từ gà và người 
chăn nuôi gà 
86 
4.3.2 Tính đa kháng thuốc kháng sinh của E. coli sinh ESBL 92 
4.4 Kết quả xác định các gen CTX-M, TEM và SHV 101 
4.5 Kết quả phân tích trình tự nucleotide của gen TEM, CTX-M và xây dựng 
 ... ounts 
 Dương tính Âm tính Total 
 1 298 152 450 
 249,00 201,00 
 9,643 11,945 
 2 200 250 450 
 249,00 201,00 
 9,643 11,945 
Total 498 402 900 
Chi-Sq = 43,176. DF = 1. P-Value = 0,000 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương tính Âm tính Total 
 1 389 201 590 
 334,14 255,86 
 9,006 11,761 
 2 200 250 450 
 254,86 195,14 
 11,807 15,420 
Total 589 451 1040 
Chi-Sq = 47,994. DF = 1. P-Value = 0,000 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương tính Âm tính Total 
 1 378 172 550 
 317,90 232,10 
 11,362 15,562 
 2 200 250 450 
 260,10 189,90 
 13,887 19,021 
Total 578 422 1000 
Chi-Sq = 59,832. DF = 1. P-Value = 0,000 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương tính Âm tính Total 
 1 389 201 590 
 389,74 200,26 
 189 
 0,001 0,003 
 2 298 152 450 
 297,26 152,74 
 0,002 0,004 
Total 687 353 1040 
Chi-Sq = 0,010. DF = 1. P-Value = 0,922 
2. Kết quả so sánh tỉ lệ lƣu hành E. coli sinh ESBL trên gà theo quy mô 
chăn nuôi 
Bảng 4.2: Tỉ lệ lưu hành E. coli sinh ESBL trên gà theo quy mô chăn nuôi 
Quy mô 
chăn nuôi 
Gà thịt Gà đẻ Tổng 
SMKS 
(con) 
SMDT 
(con) 
Tỉ lệ 
(%) 
SMKS 
(con) 
SMDT 
(con) 
Tỉ lệ 
(%) 
SMDT 
(con) 
Tỉ lệ 
(%) 
Hộ gia 
đình 
(n=1.484) 
858 510 59,44
b 
626 364 58,15
a
 874 58,89
b 
Trang trại 
(n=556) 
338 295 87,29
a 
218 96 44,04
b 
391 70,32
a 
Tổng 1.196 805 59,44 844 460 54,50 1.265 62,01 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương tính Âm tính Total 
 1 510 348 858 
 577,50 280,50 
 7,890 16,243 
 2 295 43 338 
 227,50 110,50 
 20,027 41,233 
Total 805 391 1196 
Chi-Sq = 85,393. DF = 1. P-Value = 0,000 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương tính Âm tính Total 
 1 364 262 626 
 341,18 284,82 
 1,526 1,828 
 190 
 2 96 122 218 
 118,82 99,18 
 4,381 5,248 
Total 460 384 844 
Chi-Sq = 12,982. DF = 1. P-Value = 0,000 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương tính Âm tính Total 
 1 510 348 858 
 505,32 352,68 
 0,043 0,062 
 2 364 262 626 
 368,68 257,32 
 0,059 0,085 
Total 874 610 1484 
Chi-Sq = 0,250. DF = 1. P-Value = 0,617 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương tính Âm tính Total 
 1 295 43 338 
 237,69 100,31 
 13,816 32,739 
 2 96 122 218 
 153,31 64,69 
 21,421 50,761 
Total 391 165 556 
Chi-Sq = 118,737. DF = 1. P-Value = 0,000 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương tính Âm tính Total 
 1 874 610 1484 
 920,23 563,77 
 2,322 3,790 
 2 391 165 556 
 344,77 211,23 
 6,198 10,116 
Total 1265 775 2040 
Chi-Sq = 22,426. DF = 1. P-Value = 0,000 
 191 
3. Kết quả so sánh tỉ lệ lƣu hành E. coli sinh ESBL trên gà theo lứa tuổi 
Bảng 4.3: Tỉ lệ lưu hành E. coli sinh ESBL trên gà theo lứa tuổi 
Tuần tuổi Số mẫu khảo sát (con) Số mẫu dương tính (con) Tỉ lệ (%) 
≤ 1 464 301 64,87 
2-4 467 316 67,67
> 4 265 188 70,94 
Tổng 1.196 805 67,31 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương tính Âm tính Total 
 1 301 163 464 
 312,31 151,69 
 0,409 0,843 
 2 316 151 467 
 314,33 152,67 
 0,009 0,018 
 3 188 77 265 
 178,37 86,63 
 0,520 1,071 
Total 805 391 1196 
Chi-Sq = 2,871. DF = 2. P-Value = 0,238 
4. Kết quả so sánh tỉ lệ lƣu hành E. coli sinh ESBL trong môi trƣờng chăn 
nuôi 
Bảng 4.6: Tỉ lệ lưu hành E. coli sinh ESBL trong môi trường chăn nuôi 
Loại mẫu 
Quy mô 
chăn nuôi 
Số mẫu 
khảo sát 
Số mẫu 
dương tính 
Tỉ lệ (%) 
Nước sinh hoạt 
Hộ gia đình 60 3 5,0 
Trang trại 20 1 5,0 
Nước máng uống 
Hộ gia đình 60 27 45,0 
Trang trại 20 6 30,0 
Thức ăn máng ăn 
Hộ gia đình 60 15 25,0 
Trang trại 20 6 30,0 
Không khí 
Hộ gia đình 60 12 20,0b 
Trang trại 20 11 55,0a 
 192 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương 
 tính Âm tính Total 
 1 27 33 60 
 24,75 35,25 
 0,205 0,144 
 2 6 14 20 
 8,25 11,75 
 0,614 0,431 
Total 33 47 80 
Chi-Sq = 1,393. DF = 1. P-Value = 0,238 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương 
 tính Âm tính Total 
 1 15 45 60 
 15,75 44,25 
 0,036 0,013 
 2 6 14 20 
 5,25 14,75 
 0,107 0,038 
Total 21 59 80 
Chi-Sq = 0,194. DF = 1. P-Value = 0,660 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương 
 tính Âm tính Total 
 1 12 48 60 
 17,25 42,75 
 1,598 0,645 
 2 11 9 20 
 5,75 14,25 
 4,793 1,934 
Total 23 57 80 
Chi-Sq = 8,970. DF = 1. P-Value = 0,003 
 193 
5. Kết quả so sánh tỉ lệ lƣu hành E. coli sinh ESBL trên ngƣời chăn nuôi 
gà 
Bảng 4.7: Tỉ lệ lưu hành E. coli sinh ESBL trên người chăn nuôi gà 
Quy mô chăn nuôi 
Số mẫu khảo sát 
(người) 
Số mẫu dương 
tính (người) 
Tỉ lệ (%) 
Hộ gia đình 60 36 60,0 
Trang trại 20 14 70,0 
Tổng 80 50 62,5 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương 
 tính Âm tính Total 
 1 36 24 60 
 37,50 22,50 
 0,060 0,100 
 2 14 6 20 
 12,50 7,50 
 0,180 0,300 
Total 50 30 80 
Chi-Sq = 0,640. DF = 1. P-Value = 0,424 
6. Kết quả so sánh tỉ lệ nhiễm E. coli sinh ESBL trên môi trƣờng giết mổ 
Bảng 4.10: Tỉ lệ nhiễm E. coli sinh ESBL trên môi trường giết mổ 
Loại mẫu Số mẫu khảo sát Số mẫu dương tính Tỉ lệ (%) 
Không khí 12 0 0,00 
Nguồn nước 12 0 0,00 
Nước vặt lông 12 1 8,33b 
Nước thải 12 2 16,67b 
Sàn pha lóc 12 7 58,33
a 
 194 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương 
 tính Âm tính Total 
 1 1 11 12 
 3,33 8,67 
 1,633 0,628 
 2 2 10 12 
 3,33 8,67 
 0,533 0,205 
 3 7 5 12 
 3,33 8,67 
 4,033 1,551 
Total 10 26 36 
Chi-Sq = 8,585. DF = 2. P-Value = 0,014 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương 
 tính Âm tính Total 
 1 1 11 12 
 1,50 10,50 
 0,167 0,024 
 2 2 10 12 
 1,50 10,50 
 0,167 0,024 
Total 3 21 24 
Chi-Sq = 0,381. DF = 1. P-Value = 0,537 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương 
 tính Âm tính Total 
 1 2 10 12 
 4,50 7,50 
 1,389 0,833 
 2 7 5 12 
 4,50 7,50 
 1,389 0,833 
Total 9 15 24 
Chi-Sq = 4,444. DF = 1. P-Value = 0,035 
 195 
7. Kết quả so sánh tỉ lệ phân bố các gen TEM, CTX-M, SHV trên E. coli 
sinh ESBL phân lập từ các loại mẫu 
Bảng 4.20: Sự phân bố các gen CTX-M, TEM và SHV trên E. coli sinh ESBL 
phân lập từ các loại mẫu 
Gen 
Số chủng E. coli sinh ESBL (n=631) 
Số chủng dương tính Tỉ lệ dương tính (%) 
TEM 544 86,21
a 
CTX-M 531 84,15
a 
SHV 345 54,68
b 
Không phát hiện* 14 2,22c 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương tính Âm tính Total 
 1 544 87 631 
 358,50 272,50 
 95,984 126,276 
 2 531 100 631 
 358,50 272,50 
 83,002 109,197 
 3 345 286 631 
 358,50 272,50 
 0,508 0,669 
 4 14 617 631 
 358,50 272,50 
 331,047 435,524 
Total 1434 1090 2524 
Chi-Sq = 1182,207. DF = 3. P-Value = 0,000 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương tính Âm tính Total 
 1 544 87 631 
 537,50 93,50 
 0,079 0,452 
 2 531 100 631 
 537,50 93,50 
 0,079 0,452 
Total 1075 187 1262 
Chi-Sq = 1,061. DF = 1. P-Value = 0,303 
 196 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương tính Âm tính Total 
 1 544 87 631 
 444,50 186,50 
 22,273 53,084 
 2 345 286 631 
 444,50 186,50 
 22,273 53,084 
Total 889 373 1262 
Chi-Sq = 150,714. DF = 1. P-Value = 0,000 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương tính Âm tính Total 
 1 531 100 631 
 438,00 193,00 
 19,747 44,813 
 2 345 286 631 
 438,00 193,00 
 19,747 44,813 
Total 876 386 1262 
Chi-Sq = 129,120. DF = 1. P-Value = 0,000 
8. Kết quả so sánh các kiểu hiện diện gen TEM, CTX-M, SHV trên E. coli 
sinh ESBL phân lập từ gà 
Bảng 4.25: Các kiểu hiện diện gen CTX-M, TEM và SHV trên E. coli sinh 
ESBL phân lập từ gà 
STT Gen 
Số mẫu dương tính (Tỉ lệ %) 
Vĩnh 
Long 
(n=173) 
Trà Vinh 
(n=61) 
Sóc 
Trăng 
(n=122) 
Hậu 
Giang 
(n=132) 
Tổng 
(n=488) 
1 CTX-M 
31 
(17,92) 
6 
(9,83) 
1 
(0,82) 
4 
(3,03) 
42 
(8,61
b
) 
2 TEM 
13 
(7,51) 
2 
(3,27) 
0 
7 
(5,30) 
22 
(4,51
cd
) 
3 SHV 
4 
(2,31) 
0 
6 
(4,92) 
4 
(3,03) 
14 
(2,86
df
) 
4 CTX-M, SHV 
3 
(1,73) 
1 
(1,64) 
1 
(0,82) 
4 
(3,03) 
9 
(1,84
f
) 
5 CTX-M, TEM 
65 
(37,57) 
7 
(11,47) 
73 
(59,83) 
20 
(15,15) 
165 
(33,81
a
) 
6 TEM, SHV 
12 
(6,94) 
12 
(19,67) 
1 
(0,82) 
6 
(4,55) 
31 
(6,35
bc
) 
7 CTX-M, TEM, SHV 
37 
(21,38) 
30 
(49,18) 
40 
(32,78) 
84 
(63,63) 
191 
(39,14
a
) 
 197 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương tính Âm tính Total 
 1 42 446 488 
 67,71 420,29 
 9,765 1,573 
 2 22 466 488 
 67,71 420,29 
 30,862 4,972 
 3 14 474 488 
 67,71 420,29 
 42,609 6,865 
 4 9 479 488 
 67,71 420,29 
 50,910 8,202 
 5 165 323 488 
 67,71 420,29 
 139,771 22,519 
 6 31 457 488 
 67,71 420,29 
 19,906 3,207 
 7 191 297 488 
 67,71 420,29 
 224,463 36,164 
Total 474 2942 3416 
Chi-Sq = 601,791. DF = 6. P-Value = 0,000 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương 
 tính Âm tính Total 
 1 42 446 488 
 32,00 456,00 
 3,125 0,219 
 2 22 466 488 
 32,00 456,00 
 3,125 0,219 
Total 64 912 976 
Chi-Sq = 6,689. DF = 1. P-Value = 0,010 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương 
 tính Âm tính Total 
 198 
 1 22 466 488 
 18,00 470,00 
 0,889 0,034 
 2 14 474 488 
 18,00 470,00 
 0,889 0,034 
Total 36 940 976 
Chi-Sq = 1,846. DF = 1. P-Value = 0,174 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương 
 tính Âm tính Total 
 1 14 474 488 
 11,50 476,50 
 0,543 0,013 
 2 9 479 488 
 11,50 476,50 
 0,543 0,013 
Total 23 953 976 
Chi-Sq = 1,113. DF = 1. P-Value = 0,291 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương 
 tính Âm tính Total 
 1 22 466 488 
 15,50 472,50 
 2,726 0,089 
 2 9 479 488 
 15,50 472,50 
 2,726 0,089 
Total 31 945 976 
Chi-Sq = 5,630. DF = 1. P-Value = 0,018 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương 
 tính Âm tính Total 
 1 22 466 488 
 26,50 461,50 
 0,764 0,044 
 2 31 457 488 
 199 
 26,50 461,50 
 0,764 0,044 
Total 53 923 976 
Chi-Sq = 1,616. DF = 1. P-Value = 0,204 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương 
 tính Âm tính Total 
 1 14 474 488 
 22,50 465,50 
 3,211 0,155 
 2 31 457 488 
 22,50 465,50 
 3,211 0,155 
Total 45 931 976 
Chi-Sq = 6,733. DF = 1. P-Value = 0,009 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương 
 tính Âm tính Total 
 1 42 446 488 
 36,50 451,50 
 0,829 0,067 
 2 31 457 488 
 36,50 451,50 
 0,829 0,067 
Total 73 903 976 
Chi-Sq = 1,792. DF = 1. P-Value = 0,181 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương tính Âm tính Total 
 1 165 323 488 
 178,00 310,00 
 0,949 0,545 
 2 191 297 488 
 178,00 310,00 
 0,949 0,545 
Total 356 620 976 
Chi-Sq = 2,989. DF = 1. P-Value = 0,084 
 200 
9. Kết quả so sánh các kiểu hiện diện gen TEM, CTX-M, SHV trên E. coli 
sinh ESBL phân lập từ ngƣời chăn nuôi gà 
Bảng 4.26: Các kiểu hiện diện gen CTX-M, TEM và SHV trên E. coli sinh 
ESBL phân lập từ người chăn nuôi gà 
STT Gen 
Số mẫu dương tính (Tỉ lệ %) 
Vĩnh 
Long 
(n=5) 
Trà Vinh 
(n=4) 
Sóc 
Trăng 
(n=6) 
Hậu 
Giang 
(n=6) 
Tổng 
(n=21) 
1 CTX-M, TEM 1 (20) 0 1 (16, 7) 1 (16,7) 3 (14,3
b
) 
2 TEM, SHV 0 2 (50) 0 0 2 (9,5
b
) 
3 TEM, CTX-M, SHV 4 (80) 2 (50) 5 (83,3) 5 (83,3) 16 (76,2
a
) 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương tính Âm tính Total 
 1 3 18 21 
 7,00 14,00 
 2,286 1,143 
 2 2 19 21 
 7,00 14,00 
 3,571 1,786 
 3 16 5 21 
 7,00 14,00 
 11,571 5,786 
Total 21 42 63 
Chi-Sq = 26,143. DF = 2. P-Value = 0,000 
Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính 
Expected counts are printed below observed counts 
Chi-Square contributions are printed below expected counts 
 Dương 
 tính Âm tính Total 
 1 3 18 21 
 9,50 11,50 
 4,447 3,674 
 2 16 5 21 
 9,50 11,50 
 4,447 3,674 
Total 19 23 42 
Chi-Sq = 16,243. DF = 1. P-Value = 0,000