Luận án Khảo sát vi khuẩn escherichia coli sinh beta-Lactamase phổ rộng trên gà tại một số trại chăn nuôi ở đồng bằng sông Cửu Long
Luận án được thực hiện để nghiên cứu về E. coli sinh ESBL trên gà ở Đồng
bằng sông Cửu Long. Mục tiêu của luận án là (i) Xác định sự lưu hành của E. coli
sinh ESBL trên gà ở quy mô chăn nuôi trang trại và hộ gia đình, các yếu tố có liên
quan như trứng gà, người chăn nuôi, thịt gà ở cơ sở giết mổ và các yếu tố môi trường
tại khu vực chăn nuôi và cơ sở giết mổ gia cầm ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu
Long; (ii) Xác định đặc tính đề kháng kháng sinh của E. coli sinh ESBL đối với một
số loại kháng sinh được sử dụng phổ biến trên gà và (iii) Đánh giá sự tương đồng di
truyền của các gen CTX-M và TEM ở vi khuẩn E. coli sinh ESBL phân lập từ gà,
trứng, người chăn nuôi và môi trường chăn nuôi.
Mẫu nghiên cứu được thu thập từ 304 hộ gia đình, 104 trang trại nuôi gà công
nghiệp và 12 cơ sở giết mổ gia cầm ở tỉnh Vĩnh Long, Trà Vinh, Hậu Giang và Sóc
Trăng. Vi khuẩn E. coli sinh ESBL được phân lập bằng phương pháp đĩa kết hợp.
Tính nhạy cảm của E. coli sinh ESBL đối với kháng sinh được kiểm tra bằng phương
pháp khuếch tán trên thạch; 14 loại kháng sinh thử nghiệm là ampicillin, cefaclor,
cefuroxime, gentamicin, streptomycin, kanamycin, amikacin, tetracycline,
doxycycline, norfloxacin, ofloxacin, trimethoprim/sulfamethoxazole, fosfomycin và
colistin. Các vi khuẩn E. coli sinh ESBL chọn lọc được từ phương pháp đĩa kết hợp
và kết quả kháng sinh đồ được dùng để xác định sự hiện diện các gen TEM, CTX-M
và SHV bằng phương pháp PCR với các cặp mồi đặc hiệu. Phân tích trình tự
nucleotide của các gen được thực hiện tại công ty Macrogen, Hàn Quốc. Kết quả
phân tích trình tự nucleotide của gen TEM và CTX-M được so sánh tương đồng
di truyền với các gen TEM và CTX-M trên thế giới trong cơ sở dữ liệu Ngân
hàng gen thuộc Trung tâm Quốc gia về Thông tin Công nghệ Sinh học, Hoa kỳ
(NCBI) bằng chương trình Blast. Phần mềm Mega 6.0 được sử dụng để xây
dựng cây phả hệ di truyền bằng phương pháp Maximum-likelihood
Tóm tắt nội dung tài liệu: Luận án Khảo sát vi khuẩn escherichia coli sinh beta-Lactamase phổ rộng trên gà tại một số trại chăn nuôi ở đồng bằng sông Cửu Long
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ BÙI THỊ LÊ MINH KHẢO SÁT VI KHUẨN ESCHERICHIA COLI SINH BETA-LACTAMASE PHỔ RỘNG TRÊN GÀ TẠI MỘT SỐ TRẠI CHĂN NUÔI Ở ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG LUẬN ÁN TỐT NGHIỆP TIẾN SĨ CHUYÊN NGÀNH BỆNH LÝ HỌC VÀ CHỮA BỆNH VẬT NUÔI MÃ NGÀNH: 62 64 01 02 2018 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ BÙI THỊ LÊ MINH KHẢO SÁT VI KHUẨN ESCHERICHIA COLI SINH BETA-LACTAMASE PHỔ RỘNG TRÊN GÀ TẠI MỘT SỐ TRẠI CHĂN NUÔI Ở ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG LUẬN ÁN TỐT NGHIỆP TIẾN SĨ CHUYÊN NGÀNH BỆNH LÝ HỌC VÀ CHỮA BỆNH VẬT NUÔI MÃ NGÀNH: 62 64 01 02 CÁN BỘ HƢỚNG DẪN PGS. TS. LƢU HỮU MÃNH 2018 i LỜI CẢM TẠ Trong suốt quá trình học tập và hoàn thành luận án, ngoài sự nổ lực và phấn đấu của bản thân, tôi đã nhận được sự giúp đỡ của rất nhiều người. Nhân đây, tôi gửi lời cảm ơn chân thành đến những người đã luôn quan tâm, lo lắng và hỗ trợ tận tình cho tôi trong suốt thời gian qua. Trước tiên, tôi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến ba mẹ và những người thân yêu trong gia đình. Cám ơn ba mẹ đã không quản khó khăn, vất vả, luôn bên cạnh động viên và là chỗ dựa tinh thần vững chắc để giúp tôi có thể tiếp bước trên con đường học vấn đến ngày hôm nay. Cảm ơn chồng và các con của tôi đã tạo điều kiện tốt cho tôi có thời gian học tập, luôn giành cho tôi tất cả tình yêu, sự khuyến khích và ủng hộ tôi trong thời gian học tập và hoàn thành luận án tiến sĩ. Tôi xin chân thành cảm ơn PGS.TS. Lưu Hữu Mãnh và PGS.TS. Nguyễn Nhựt Xuân Dung đã tận tình hướng dẫn, giúp đỡ, dành nhiều thời gian và công sức giúp cho tôi có định hướng đúng đắn trong quá trình học tập, thực hiện nghiên cứu và hoàn thành luận án tiến sĩ. Thầy và cô là người đã khơi dậy và truyền cho tôi lòng tự tin, niềm đam mê nghiên cứu khoa học. Xin chân thành cảm ơn Ban Giám Hiệu trường Đại học Cần Thơ, Ban Chủ nhiệm Khoa Nông nghiệp và Sinh học ứng dụng, Ban Chủ nhiệm Bộ môn Thú y đã tạo điều kiện cho tôi được học tập nâng cao trình độ chuyên môn. Cảm ơn quý thầy cô và các bạn đồng nghiệp đã động viên và giúp đỡ tôi trong suốt thời gian học tập. Xin gửi lời cảm ơn đến các cán bộ của Chi cục thú y, Trạm thú y, các chủ hộ và trại chăn nuôi ở tỉnh Vĩnh Long, Trà Vinh, Sóc Trăng, Hậu Giang và các học viên cao học, sinh viên đã đồng hành với tôi trong quá trình thực hiện luận án. Kính chúc mọi người thật dồi dào sức khỏe, hạnh phúc và thành công trong cuộc sống. Bùi Thị Lê Minh ii TÓM TẮT Luận án được thực hiện để nghiên cứu về E. coli sinh ESBL trên gà ở Đồng bằng sông Cửu Long. Mục tiêu của luận án là (i) Xác định sự lưu hành của E. coli sinh ESBL trên gà ở quy mô chăn nuôi trang trại và hộ gia đình, các yếu tố có liên quan như trứng gà, người chăn nuôi, thịt gà ở cơ sở giết mổ và các yếu tố môi trường tại khu vực chăn nuôi và cơ sở giết mổ gia cầm ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long; (ii) Xác định đặc tính đề kháng kháng sinh của E. coli sinh ESBL đối với một số loại kháng sinh được sử dụng phổ biến trên gà và (iii) Đánh giá sự tương đồng di truyền của các gen CTX-M và TEM ở vi khuẩn E. coli sinh ESBL phân lập từ gà, trứng, người chăn nuôi và môi trường chăn nuôi. Mẫu nghiên cứu được thu thập từ 304 hộ gia đình, 104 trang trại nuôi gà công nghiệp và 12 cơ sở giết mổ gia cầm ở tỉnh Vĩnh Long, Trà Vinh, Hậu Giang và Sóc Trăng. Vi khuẩn E. coli sinh ESBL được phân lập bằng phương pháp đĩa kết hợp. Tính nhạy cảm của E. coli sinh ESBL đối với kháng sinh được kiểm tra bằng phương pháp khuếch tán trên thạch; 14 loại kháng sinh thử nghiệm là ampicillin, cefaclor, cefuroxime, gentamicin, streptomycin, kanamycin, amikacin, tetracycline, doxycycline, norfloxacin, ofloxacin, trimethoprim/sulfamethoxazole, fosfomycin và colistin. Các vi khuẩn E. coli sinh ESBL chọn lọc được từ phương pháp đĩa kết hợp và kết quả kháng sinh đồ được dùng để xác định sự hiện diện các gen TEM, CTX-M và SHV bằng phương pháp PCR với các cặp mồi đặc hiệu. Phân tích trình tự nucleotide của các gen được thực hiện tại công ty Macrogen, Hàn Quốc. Kết quả phân tích trình tự nucleotide của gen TEM và CTX-M được so sánh tương đồng di truyền với các gen TEM và CTX-M trên thế giới trong cơ sở dữ liệu Ngân hàng gen thuộc Trung tâm Quốc gia về Thông tin Công nghệ Sinh học, Hoa kỳ (NCBI) bằng chương trình Blast. Phần mềm Mega 6.0 được sử dụng để xây dựng cây phả hệ di truyền bằng phương pháp Maximum-likelihood. Kết quả nghiên cứu thu được như sau: (i) Tỉ lệ lưu hành vi khuẩn E. coli sinh ESBL trên gà ở Đồng bằng sông Cửu Long là 62,01%. Tỉ lệ lưu hành vi khuẩn E. coli sinh ESBL trên gà ở hộ gia đình (58,89%) thấp hơn trên gà ở trang trại (70,32%). Gà ở mọi lứa tuổi đều nhiễm E. coli sinh ESBL. Người chăn nuôi tiếp xúc trực tiếp với gà nhiễm E. coli sinh ESBL với tỉ lệ cao 62,5%. Vi khuẩn E. coli sinh ESBL không được phát hiện ở vỏ trứng gà từ trang trại trong khi có 6% vỏ trứng gà từ hộ gia đình nhiễm E. coli sinh ESBL. Các yếu tố môi trường chăn nuôi gồm nước sinh hoạt, thức ăn ở máng ăn, nước ở máng uống và không khí chuồng nuôi đều có sự hiện của vi khuẩn E. coli sinh ESBL. Tại 12 cơ sở giết mổ, tỉ lệ nhiễm vi khuẩn E. coli sinh ESBL trên mẫu phân, thịt, gan và phổi lần lượt là 48,33% (87/180), 11,11% (20/180), 11, 67% (21/180) và 5% (9/180). E. coli sinh ESBL cũng được phát hiện trong các yếu tố môi trường như sàn giết mổ, nước vặt lông và nước thải. iii (ii) Vi khuẩn E. coli sinh ESBL phân lập từ gà và người chăn nuôi gần như tương đồng về sự nhạy cảm và đề kháng các loại kháng sinh. Các vi khuẩn E. coli sinh ESBL phân lập từ gà và người chăn nuôi đề kháng cao với ampicillin (96,67- 98,87%), cefaclor (92,6-97,5%), cefuroxime (91,4-100%) và trimethoprim/sulfamethoxazole (75,0-81,24%). Vi khuẩn E. coli sinh ESBL phân lập từ gà đa kháng 2 – 14 trong khi các vi khuẩn này phân lập từ người chăn nuôi đa kháng 3-13 loại kháng sinh. Có 359 kiểu hình đa kháng kháng sinh ở E. coli sinh ESBL phân lập từ gà trong khi kiểu hình đa kháng kháng sinh ở E. coli sinh ESBL phân lập từ người chăn nuôi gà là 40 kiểu. Tuy nhiên, các vi khuẩn E. coli sinh ESBL phân lập từ gà và người chăn nuôi đều nhạy cảm cao đối với amikacin (94,17- 94,73%), fosfomycin (92,20-96,67%) và colistin (83,33-86,13%). (iii) Các gen TEM, SHV và CTX-M được phát hiện với tỉ lệ cao trên vi khuẩn E. coli sinh ESBL phân lập từ các loại mẫu thu thập ở hộ gia đình, trang trại và cơ sở giết mổ. Tỉ lệ lưu hành gen TEM (86,21%) và CTX-M (84,15%) cao hơn tỉ lệ lưu hành gen SHV (54,68%). Sự lưu hành đồng thời các gen TEM, CTX-M, SHV trên một vi khuẩn chiếm ưu thế. Trình tự nucleotide của các gen CTX-M và TEM có sự tương đồng rất cao với các gen CTX-M-3 và TEM-1 được công bố trên Ngân hàng gen. Các gen CTX-M và TEM trên vi khuẩn E. coli sinh ESBL phân lập từ gà, vỏ trứng, người chăn nuôi và các yếu tố môi trường chăn nuôi có mối quan hệ di truyền gần nhau. Từ khóa: Đề kháng kháng sinh, gà, E. coli, ESBL, CTX-M, SHV, TEM iv ABSTRACT The dissertation was carried out to research on ESBL producing E. coli in chickens in Mekong Delta. The aims of the dissertation were: (i) To determine the prevalence of ESBL producing E. coli on chickens in industrial farms and small households, relative factors such as eggs, chicken rearers, chicken meat in slaughterhouses and the environmental factors of husbandry regions and slaughterhouses in Mekong Delta; (ii) To determine the antibiotic resistance characterization of ESBL producing E. coli isolated to the most commonly antibiotics used for chickens and (iii) To evaluate the homologeneity of CTX-M and TEM genes in ESBL producing E. coli isolated from chicken, egg, chicken rearer and husbandry environment. Samples were collected from 304 households, 104 industrial chicken farms, and 12 chicken slaughterhouses in Vinh Long, Tra Vinh, Hau Giang and Soc Trang provinces. ESBL producing E. coli was isolated by combination disk method. The antibiotic resistance of bacteria was performed by disk diffusion method. Fourteen antibiotics including ampicillin, cefaclor, cefuroxime, gentamicin, streptomycin, kanamycin, amikacin, tetracycline, doxycycline, norfloxacin, ofloxacin, trimethoprim/sulfamethoxazole, fosfomycin and colistin were tested. ESBL producing E. coli isolates selected from the results of combination disk method and antimicrobial susceptibility test were determined TEM, SHV and CTX-M genes by PCR method with specific primers. Analyzing genetic sequences of nucleotides of genes encoding ESBL was carried out at Macrogen company, Korea. The genetic homologeneity were compared to the data base of genebank of National Center for Biotechnology Information (NCBI) by Blast software. Mega 6.0 software was used for building phylogenetic tree and used Maximum-likelihood method. The results are as follows: (i) The prevalence of ESBL producing E. coli on chickens in the Mekong Delta was 62.01%. The prevalence of them on chickens in households (58.89%) was slower than on chickens in in industrial farms (70.32%). The all of chicken ages were infected. The farmers (chicken rearers) contacted directly to poultry were infected at high rate 62.5%. ESBL producing E. coli were not detected in egg shells from industrial farms while egg shells from households infected 6%. The husbandry environmental factors including domestic water, feed and water in trough, air were all detected ESBL producing E. coli. At slaughterhouses, the prevalence of them in feacal, meat, liver and lung samples were 48.33%, 11.11%, 11.67% and 5% respectively. ESBL producing E. coli were also detected in the environmental factors such as floor, removing feather water and waste water. (ii) Susceptibility and antibiotic resistance of ESBL producing E. coli isolated from chickens and farmers seem to be similarity. They were highly resistant v to ampicillin (96.67-98.87%), cefaclor (92.6-97.5%), cefuroxime (91.4-100%) and trimethoprim/sulfamethoxazole (75.0-81.24%). ESBL producing E. coli isolated from chickens were multiresistant to 2–14 antibiotics while those isolated from farmers were multiresistant to 3-13 antibiotics. There were 359 antibiotic multiresistant phenotypes in ESBL producing E. coli isolated from chicken while those from farmers were 40. However, these bacteria were highly sensitive to amikacin (94.17-94.73%), fosfomycin (92.20-96.67%) and colistin (83.33-86.13%). (iii) TEM, SHV and CTX-M genes were highly detected in ESBL producing E. coli isolated from the all of samples collected in households, farms and slaughterhouses. The prevalence of TEM (86.21%) and CTX-M (84.15%) genes was higher than the prevalence of SHV gene (54.68%). The occurence of TEM, CTX-M, SHV gene combination in a bacteria was popular. Nucleotide sequences of TEM and CTX-M genes were significantly correlative TEM-1 and CTX-M-3 genes published on Gen Bank. CTX-M and TEM genes in ESBL producing E. coli isolated from chickens, egg shells, farmers and husbandry environment factors had the high genetic homologeneity. Key words: Antibiotic resistance, chickens, E. coli, ESBL, CTX-M, SHV, TEM vi LỜI CAM KẾT KẾT QUẢ Tôi xin cam kết luận án này được hoàn thành dựa trên các kết quả nghiên cứu của tôi với sự hướng dẫn của PGS.TS. Lưu Hữu Mãnh. Các số liệu và kết quả trình bày trong luận án là trung thực và chưa được công bố bởi tác giả khác trong bất cứ luận án cùng cấp nào trước đây. Cần Thơ, ngày tháng năm 2018 Người hướng dẫn khoa học Tác giả luận án PGS.TS. Lưu Hữu Mãnh Bùi Thị Lê Minh vii MỤC LỤC Lời cảm tạ i Tóm tắt tiếng Việt ii Tóm tắt tiếng Anh iv Lời cam kết kết quả vi Mục lục vii Danh mục bảng x Danh mục hình xii Danh mục viết tắt xiv Chƣơng 1: Giới thiệu 1 1.1 Tính cấp thiết của luận án 1 1.2 Mục tiêu nghiên cứu 3 1.3 Những điểm mới của luận án 3 Chƣơng 2: Tổng quan tài liệu 4 2. 1 Tổng quan về vi khuẩn Escherichia coli 4 2.1.1 Lịch sử phát hiện 4 2.1.2 Phân loại vi khuẩn Escherichia coli gây bệnh 4 2.1.3 Đặc điểm hình thái và đặc tính nuôi cấy 6 2.1.4 Đặc tính sinh hóa 6 2.1.5 Cấu trúc kháng nguyên 8 2.1.6 Các yếu tố độc lực 10 2.1.7 Độc tố đường ruột và cơ chế sinh bệnh 11 2.1.8 Sức đề kháng 12 2.1.9 Dịch tễ học 13 2.2 Thuốc kháng sinh và cơ chế tác động của thuốc kháng sinh 16 2.3 Đề kháng kháng sinh và phân loại đề kháng 18 2.3.1 Đề kháng giả 18 2.3.2 Đề kháng thật 18 2.4 Cơ chế đề kháng kháng sinh của vi khuẩn 20 2.4.1 Tạo men phân hủy thuốc 21 2.4.2 Thay đổi tính thấm của tế bào vi khuẩn 22 2.4.3 Biến đổi vị trí gắn kết 23 2.4.4 Bơm đẩy thuốc kháng sinh 24 2.5 Những lợi ích và tác động tiêu cực của việc sử dụng kháng sinh trong chăn nuôi 25 viii 2.6 Tổng quan về beta-lactamase phổ rộng 27 2.6.1 Lịch sử và di truyền của beta-lactamase phổ rộng 27 2.6.2 Phân loại beta-lactamase phổ rộng 30 2.6.3 Phương pháp phát hiện vi khuẩn sinh beta-lactamase phổ rộng 32 2.7 Tình hình nghiên cứu E. coli sinh ESBL 38 2.7.1 Tình hình nghiên cứu E. coli sinh ESBL trên người 38 2.7.2 Tình hình nghiên cứu E. coli sinh ESBL trong chăn nuôi gà 42 Chƣơng 3: Phƣơng tiện và phƣơng pháp nghiên cứu 49 3.1 Nội dung, thời gian và địa điểm nghiên cứu 49 3.2 Phương tiện nghiên cứu 50 3.2.1 Thiết bị 50 3.2.2 Hóa chất 50 3.3 Phương pháp nghiên cứu 50 3.3.1 Phương pháp thu thập mẫu 50 3.3.2 Phương pháp nuôi cấy và phân lập E. coli sinh ESBL 59 3.3.3 Phương pháp khảo sát tính nhạy cảm của E. coli sinh ESBL với kháng sinh 62 3.3.4 Phương pháp xác định gen CTX-M, TEM và SHV 64 3.3.5 Phương pháp phân tích trình tự nucleotide của gen TEM, CTX-M và xây dựng cây phả hệ di truyền 66 3.3.6 Các chỉ tiêu theo dõi 67 3.3.7 Phương pháp phân tích thống kê 68 Chƣơng 4: Kết quả và thảo luận 69 4.1 Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL tại hộ gia đình và trang trại 69 4.1.1 Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL trên gà theo tỉnh 69 4.1.2 Sự lưu hành E. coli sinh ESBL trên gà theo quy mô chăn nuôi 71 4.1.3 Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL trên gà thịt theo lứa tuổi 74 4.1.4 Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL trên gà tiêu chảy 74 4.1.5 Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL trên trứng 75 4.1.6 Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL trong môi trường chăn nuôi 76 4.1.7 Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL trên người chăn nuôi 78 4. 2 Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL tại cơ sở giết mổ 80 4.2.1 Kết quả phân lập E. coli sinh ESBL trên gà 80 4.2.2 Kết quả phân lập E. coli sinh ESBL trên môi trường giết mổ 85 4.3 Sự đề kháng kháng sinh của E. coli sinh ESBL 86 ix 4.3.1 Tính nhạy cảm kháng sinh của E. coli sinh ESBL phân lập từ gà và người chăn nuôi gà 86 4.3.2 Tính đa kháng thuốc kháng sinh của E. coli sinh ESBL 92 4.4 Kết quả xác định các gen CTX-M, TEM và SHV 101 4.5 Kết quả phân tích trình tự nucleotide của gen TEM, CTX-M và xây dựng ... ounts Dương tính Âm tính Total 1 298 152 450 249,00 201,00 9,643 11,945 2 200 250 450 249,00 201,00 9,643 11,945 Total 498 402 900 Chi-Sq = 43,176. DF = 1. P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 389 201 590 334,14 255,86 9,006 11,761 2 200 250 450 254,86 195,14 11,807 15,420 Total 589 451 1040 Chi-Sq = 47,994. DF = 1. P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 378 172 550 317,90 232,10 11,362 15,562 2 200 250 450 260,10 189,90 13,887 19,021 Total 578 422 1000 Chi-Sq = 59,832. DF = 1. P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 389 201 590 389,74 200,26 189 0,001 0,003 2 298 152 450 297,26 152,74 0,002 0,004 Total 687 353 1040 Chi-Sq = 0,010. DF = 1. P-Value = 0,922 2. Kết quả so sánh tỉ lệ lƣu hành E. coli sinh ESBL trên gà theo quy mô chăn nuôi Bảng 4.2: Tỉ lệ lưu hành E. coli sinh ESBL trên gà theo quy mô chăn nuôi Quy mô chăn nuôi Gà thịt Gà đẻ Tổng SMKS (con) SMDT (con) Tỉ lệ (%) SMKS (con) SMDT (con) Tỉ lệ (%) SMDT (con) Tỉ lệ (%) Hộ gia đình (n=1.484) 858 510 59,44 b 626 364 58,15 a 874 58,89 b Trang trại (n=556) 338 295 87,29 a 218 96 44,04 b 391 70,32 a Tổng 1.196 805 59,44 844 460 54,50 1.265 62,01 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 510 348 858 577,50 280,50 7,890 16,243 2 295 43 338 227,50 110,50 20,027 41,233 Total 805 391 1196 Chi-Sq = 85,393. DF = 1. P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 364 262 626 341,18 284,82 1,526 1,828 190 2 96 122 218 118,82 99,18 4,381 5,248 Total 460 384 844 Chi-Sq = 12,982. DF = 1. P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 510 348 858 505,32 352,68 0,043 0,062 2 364 262 626 368,68 257,32 0,059 0,085 Total 874 610 1484 Chi-Sq = 0,250. DF = 1. P-Value = 0,617 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 295 43 338 237,69 100,31 13,816 32,739 2 96 122 218 153,31 64,69 21,421 50,761 Total 391 165 556 Chi-Sq = 118,737. DF = 1. P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 874 610 1484 920,23 563,77 2,322 3,790 2 391 165 556 344,77 211,23 6,198 10,116 Total 1265 775 2040 Chi-Sq = 22,426. DF = 1. P-Value = 0,000 191 3. Kết quả so sánh tỉ lệ lƣu hành E. coli sinh ESBL trên gà theo lứa tuổi Bảng 4.3: Tỉ lệ lưu hành E. coli sinh ESBL trên gà theo lứa tuổi Tuần tuổi Số mẫu khảo sát (con) Số mẫu dương tính (con) Tỉ lệ (%) ≤ 1 464 301 64,87 2-4 467 316 67,67 > 4 265 188 70,94 Tổng 1.196 805 67,31 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 301 163 464 312,31 151,69 0,409 0,843 2 316 151 467 314,33 152,67 0,009 0,018 3 188 77 265 178,37 86,63 0,520 1,071 Total 805 391 1196 Chi-Sq = 2,871. DF = 2. P-Value = 0,238 4. Kết quả so sánh tỉ lệ lƣu hành E. coli sinh ESBL trong môi trƣờng chăn nuôi Bảng 4.6: Tỉ lệ lưu hành E. coli sinh ESBL trong môi trường chăn nuôi Loại mẫu Quy mô chăn nuôi Số mẫu khảo sát Số mẫu dương tính Tỉ lệ (%) Nước sinh hoạt Hộ gia đình 60 3 5,0 Trang trại 20 1 5,0 Nước máng uống Hộ gia đình 60 27 45,0 Trang trại 20 6 30,0 Thức ăn máng ăn Hộ gia đình 60 15 25,0 Trang trại 20 6 30,0 Không khí Hộ gia đình 60 12 20,0b Trang trại 20 11 55,0a 192 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 27 33 60 24,75 35,25 0,205 0,144 2 6 14 20 8,25 11,75 0,614 0,431 Total 33 47 80 Chi-Sq = 1,393. DF = 1. P-Value = 0,238 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 15 45 60 15,75 44,25 0,036 0,013 2 6 14 20 5,25 14,75 0,107 0,038 Total 21 59 80 Chi-Sq = 0,194. DF = 1. P-Value = 0,660 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 12 48 60 17,25 42,75 1,598 0,645 2 11 9 20 5,75 14,25 4,793 1,934 Total 23 57 80 Chi-Sq = 8,970. DF = 1. P-Value = 0,003 193 5. Kết quả so sánh tỉ lệ lƣu hành E. coli sinh ESBL trên ngƣời chăn nuôi gà Bảng 4.7: Tỉ lệ lưu hành E. coli sinh ESBL trên người chăn nuôi gà Quy mô chăn nuôi Số mẫu khảo sát (người) Số mẫu dương tính (người) Tỉ lệ (%) Hộ gia đình 60 36 60,0 Trang trại 20 14 70,0 Tổng 80 50 62,5 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 36 24 60 37,50 22,50 0,060 0,100 2 14 6 20 12,50 7,50 0,180 0,300 Total 50 30 80 Chi-Sq = 0,640. DF = 1. P-Value = 0,424 6. Kết quả so sánh tỉ lệ nhiễm E. coli sinh ESBL trên môi trƣờng giết mổ Bảng 4.10: Tỉ lệ nhiễm E. coli sinh ESBL trên môi trường giết mổ Loại mẫu Số mẫu khảo sát Số mẫu dương tính Tỉ lệ (%) Không khí 12 0 0,00 Nguồn nước 12 0 0,00 Nước vặt lông 12 1 8,33b Nước thải 12 2 16,67b Sàn pha lóc 12 7 58,33 a 194 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 1 11 12 3,33 8,67 1,633 0,628 2 2 10 12 3,33 8,67 0,533 0,205 3 7 5 12 3,33 8,67 4,033 1,551 Total 10 26 36 Chi-Sq = 8,585. DF = 2. P-Value = 0,014 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 1 11 12 1,50 10,50 0,167 0,024 2 2 10 12 1,50 10,50 0,167 0,024 Total 3 21 24 Chi-Sq = 0,381. DF = 1. P-Value = 0,537 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 2 10 12 4,50 7,50 1,389 0,833 2 7 5 12 4,50 7,50 1,389 0,833 Total 9 15 24 Chi-Sq = 4,444. DF = 1. P-Value = 0,035 195 7. Kết quả so sánh tỉ lệ phân bố các gen TEM, CTX-M, SHV trên E. coli sinh ESBL phân lập từ các loại mẫu Bảng 4.20: Sự phân bố các gen CTX-M, TEM và SHV trên E. coli sinh ESBL phân lập từ các loại mẫu Gen Số chủng E. coli sinh ESBL (n=631) Số chủng dương tính Tỉ lệ dương tính (%) TEM 544 86,21 a CTX-M 531 84,15 a SHV 345 54,68 b Không phát hiện* 14 2,22c Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 544 87 631 358,50 272,50 95,984 126,276 2 531 100 631 358,50 272,50 83,002 109,197 3 345 286 631 358,50 272,50 0,508 0,669 4 14 617 631 358,50 272,50 331,047 435,524 Total 1434 1090 2524 Chi-Sq = 1182,207. DF = 3. P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 544 87 631 537,50 93,50 0,079 0,452 2 531 100 631 537,50 93,50 0,079 0,452 Total 1075 187 1262 Chi-Sq = 1,061. DF = 1. P-Value = 0,303 196 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 544 87 631 444,50 186,50 22,273 53,084 2 345 286 631 444,50 186,50 22,273 53,084 Total 889 373 1262 Chi-Sq = 150,714. DF = 1. P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 531 100 631 438,00 193,00 19,747 44,813 2 345 286 631 438,00 193,00 19,747 44,813 Total 876 386 1262 Chi-Sq = 129,120. DF = 1. P-Value = 0,000 8. Kết quả so sánh các kiểu hiện diện gen TEM, CTX-M, SHV trên E. coli sinh ESBL phân lập từ gà Bảng 4.25: Các kiểu hiện diện gen CTX-M, TEM và SHV trên E. coli sinh ESBL phân lập từ gà STT Gen Số mẫu dương tính (Tỉ lệ %) Vĩnh Long (n=173) Trà Vinh (n=61) Sóc Trăng (n=122) Hậu Giang (n=132) Tổng (n=488) 1 CTX-M 31 (17,92) 6 (9,83) 1 (0,82) 4 (3,03) 42 (8,61 b ) 2 TEM 13 (7,51) 2 (3,27) 0 7 (5,30) 22 (4,51 cd ) 3 SHV 4 (2,31) 0 6 (4,92) 4 (3,03) 14 (2,86 df ) 4 CTX-M, SHV 3 (1,73) 1 (1,64) 1 (0,82) 4 (3,03) 9 (1,84 f ) 5 CTX-M, TEM 65 (37,57) 7 (11,47) 73 (59,83) 20 (15,15) 165 (33,81 a ) 6 TEM, SHV 12 (6,94) 12 (19,67) 1 (0,82) 6 (4,55) 31 (6,35 bc ) 7 CTX-M, TEM, SHV 37 (21,38) 30 (49,18) 40 (32,78) 84 (63,63) 191 (39,14 a ) 197 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 42 446 488 67,71 420,29 9,765 1,573 2 22 466 488 67,71 420,29 30,862 4,972 3 14 474 488 67,71 420,29 42,609 6,865 4 9 479 488 67,71 420,29 50,910 8,202 5 165 323 488 67,71 420,29 139,771 22,519 6 31 457 488 67,71 420,29 19,906 3,207 7 191 297 488 67,71 420,29 224,463 36,164 Total 474 2942 3416 Chi-Sq = 601,791. DF = 6. P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 42 446 488 32,00 456,00 3,125 0,219 2 22 466 488 32,00 456,00 3,125 0,219 Total 64 912 976 Chi-Sq = 6,689. DF = 1. P-Value = 0,010 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 198 1 22 466 488 18,00 470,00 0,889 0,034 2 14 474 488 18,00 470,00 0,889 0,034 Total 36 940 976 Chi-Sq = 1,846. DF = 1. P-Value = 0,174 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 14 474 488 11,50 476,50 0,543 0,013 2 9 479 488 11,50 476,50 0,543 0,013 Total 23 953 976 Chi-Sq = 1,113. DF = 1. P-Value = 0,291 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 22 466 488 15,50 472,50 2,726 0,089 2 9 479 488 15,50 472,50 2,726 0,089 Total 31 945 976 Chi-Sq = 5,630. DF = 1. P-Value = 0,018 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 22 466 488 26,50 461,50 0,764 0,044 2 31 457 488 199 26,50 461,50 0,764 0,044 Total 53 923 976 Chi-Sq = 1,616. DF = 1. P-Value = 0,204 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 14 474 488 22,50 465,50 3,211 0,155 2 31 457 488 22,50 465,50 3,211 0,155 Total 45 931 976 Chi-Sq = 6,733. DF = 1. P-Value = 0,009 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 42 446 488 36,50 451,50 0,829 0,067 2 31 457 488 36,50 451,50 0,829 0,067 Total 73 903 976 Chi-Sq = 1,792. DF = 1. P-Value = 0,181 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 165 323 488 178,00 310,00 0,949 0,545 2 191 297 488 178,00 310,00 0,949 0,545 Total 356 620 976 Chi-Sq = 2,989. DF = 1. P-Value = 0,084 200 9. Kết quả so sánh các kiểu hiện diện gen TEM, CTX-M, SHV trên E. coli sinh ESBL phân lập từ ngƣời chăn nuôi gà Bảng 4.26: Các kiểu hiện diện gen CTX-M, TEM và SHV trên E. coli sinh ESBL phân lập từ người chăn nuôi gà STT Gen Số mẫu dương tính (Tỉ lệ %) Vĩnh Long (n=5) Trà Vinh (n=4) Sóc Trăng (n=6) Hậu Giang (n=6) Tổng (n=21) 1 CTX-M, TEM 1 (20) 0 1 (16, 7) 1 (16,7) 3 (14,3 b ) 2 TEM, SHV 0 2 (50) 0 0 2 (9,5 b ) 3 TEM, CTX-M, SHV 4 (80) 2 (50) 5 (83,3) 5 (83,3) 16 (76,2 a ) Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 3 18 21 7,00 14,00 2,286 1,143 2 2 19 21 7,00 14,00 3,571 1,786 3 16 5 21 7,00 14,00 11,571 5,786 Total 21 42 63 Chi-Sq = 26,143. DF = 2. P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính. Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 3 18 21 9,50 11,50 4,447 3,674 2 16 5 21 9,50 11,50 4,447 3,674 Total 19 23 42 Chi-Sq = 16,243. DF = 1. P-Value = 0,000
File đính kèm:
- luan_an_khao_sat_vi_khuan_escherichia_coli_sinh_beta_lactama.pdf
- Thong tin luan an- Eng-BuiThiLeMinh.docx
- Thong tin luan an-Vi-BuiThiLeMinh.doc
- TOM TAT-Eng-BUITHILEMINH.pdf
- TOM TAT-Vi-BUITHILEMINH.pdf