Luận án Nghiên cứu đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng, kiểu gen của pneumocystis jirovecii gây viêm phổi trên bệnh nhân HIV / AIDS

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ QUỐC PHÒNG
HỌC VIỆN QUÂN Y
NGUYỄN TUẤN ANH 
NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM LÂM SÀNG, CẬN LÂM SÀNG, KIỂU GEN CỦA 
PNEUMOCYSTIS JIROVECII GÂY 
VIÊM PHỔI TRÊN BỆNH NHÂN HIV/AIDS
LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC
 HÀ NỘI – 2020 
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO 	 BỘ QUỐC PHÒNG
HỌC VIỆN QUÂN Y
NGUYỄN TUẤN ANH
NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM LÂM SÀNG, CẬN LÂM SÀNG, KIỂU GEN CỦA 
PNEUMOCYSTIS JIROVECII GÂY 
VIÊM PHỔI TRÊN BỆNH NHÂN HIV/AIDS
Chuyên ngành	: Nội khoa
Mã số	: 9720107
LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC
Người hướng dẫn khoa học:
1. GS.TS. Đỗ Quyết
2. PGS.TS. Thái Khắc Châu
 HÀ NỘI - 2020
LỜI CAM ĐOAN
Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi. Các số liệu, kết quả trong luận án là trung thực và chưa từng được công bố trong bất kỳ công trình nào khác.
Tác giả luận án 
Nguyễn Tuấn Anh
LỜI CẢM ƠN
Tôi xin được bày tỏ lòng biết ơn và kính trọng sâu sắc đến GS.TS. Đỗ Quyết, PGS.TS Thái Khắc Châu, hai người Thầy hướng dẫn đã luôn tận tình hướng dẫn tôi trong việc lựa chọn đề tài, giúp đỡ và động viên tôi trong suốt quá trình thực hiện và nghiêm khắc góp ý kiến, chỉnh lý trong suốt quá trình hoàn thành luận án. Tôi xin được bày tỏ lòng biết ơn và kính trọng sâu sắc đến PGS.TS. Nguyễn Huy Lực, PGS.TS. Mai Xuân Khẩn, PGS.TS. Tạ Bá Thắng, những người Thầy đã tận tình hướng dẫn, góp ý kiến và chỉnh sửa để luận án được hoàn thành. 
Tôi xin chân thành cảm ơn GS.TS. Nguyễn Văn Kính, TS. Phạm Ngọc Thạch, PGS.TS. Nguyễn Vũ Trung, đã tạo mọi điều kiện, quan tâm và tận tình giúp đỡ tôi trong quá trình thực hiện luận án.
Tôi xin cảm ơn Tiến sĩ Lê Văn Duyệt người đã tham giúp đỡ tôi hoàn thành luận án. 
Xin được trân trọng cảm ơn Ban Giám đốc, Phòng Đào tạo Sau đại học, Bộ môn – Khoa Nội Hô hấp – Học viện Quân y, Ban Giám đốc Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ương đã tạo nhiều điều kiện thuận lợi giúp tôi hoàn thành nhiệm vụ và chương trình học tập.
Xin cảm ơn Khoa Chẩn đoán hình ảnh, Khoa vi rút Ký sinh trùng, Khoa Sinh học phân tử, Khoa Xét nghiệm – Phòng kế hoạch tổng hợp Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương đã giúp đỡ và tạo điều kiện thuận lợi cho tôi trong việc tìm kiếm tài liệu, thu thập số liệu nghiên cứu và thực hiện các kỹ thuật xét nghiệm phục vụ cho đề tài nghiên cứu.
Trong suốt quá trình nghiên cứu thực hiện luận án, tôi cũng nhận được sự động viên, giúp đỡ và đóng góp ý kiến của các Thầy, Cô và các bạn đồng nghiệp. Xin được bày tỏ sự cảm ơn chân thành với những tình cảm và sự giúp đỡ tốt đẹp đó.
Nhân dịp này, tôi xin được bày tỏ lòng biết ơn, yêu thương và kính trọng sâu sắc tới các bậc sinh thành đã nuôi dưỡng và dạy dỗ tôi trong suốt những năm qua; Cảm ơn vợ và các con – luôn là nguồn động viên tinh thần lớn lao giúp tôi hoàn thành nhiệm vụ học tập và nghiên cứu.
Và, cho phép tôi được coi luận án này như một món quà tinh thần tặng những người thân yêu của gia đình, các thầy cô giáo, đồng nghiệp và bạn bè vô cùng quý mến của tôi.
Nguyễn Tuấn Anh
MỤC LỤC
Trang
Trang phụ bìa
Lời cam đoan
Lời cảm ơn
Mục lục 
Danh mục chữ viết tắt
Danh mục bảng
Danh mục biểu đồ
Danh mục hình
PHỤ LỤC	
DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT
Từ viết tắt
AIDS
AFB
ARV
ATP
BA
BAL
BCLP
BCTT
CBCL
CCR5
CFU
CMV
CrD
CRP
CT
CXCR4
ĐLC
DNA
EBV
GALT
Gp 120
Gp41
HAART
HBV
HCV
HIV
HPV
HR
IFAT
LDH
MAC
MDR-TB
MsM
MTB
NNRTI
NTS
NVP 
OADC
OR
PANTA
PCR
ADN
PM
PML
PJ
PcP
PPE
RNA
RT
SIV	
STDs
TB
TC
TSTBLP
UC
UNAIDS
VK
WHO 
Từ gốc tiếng Anh
Acquired Immunodeficiency
Syndrome
Acid fast bacilli
Antiretroviral
Adenosine triphosphate
Blood agar
Bronchoaveolar lavage
Cutaneous B cell lymphoma
Chemokine Co-receptor 5
Colony-forming unit
Cyto megalo virus
Crohn’s disease
C-reactive protein
Computed tomography
C-X-Chemokine receptor type 4
Deoxyribonucleic acid
Epstein bar virus
Gut-associated lymphoid tissue
Glycoprotein 120
Glycoprotein 41
Highn active antiretroviral therapy
Hepatitis B virus
Hepatitis C virus
Human immunodeficiency virus
Human papilloma virus
Hazard ratio
Immuno fluorescence antibody test
Lactate dehydrogenase
Mycobacterium avium complex
Multidrug resistance tuberculosis
Men who have sex with men
Mycobacterium tuberculosis
Non-nucleoside reverse transcriptase inhibitor
Non typhoidal salmonella
Nevirapine
Oleic acid, dextrose, bovine albumin, catalase
Oral hairy leukoplakia
Polymycin, Amphotericin, Nalidixic acid, Trimethoprim, Azlocillin
Polymerase Chain Reaction
Acid deoxyribonucleic
Penicillium marneffei
Progiessive multi-focal leucoencephalopathy
Pneumocystis jirovecii pneumonia
Pneumocystis carinii pneumonia
Palpulo prusitic eruption
Ribonucleic acid
Reverse transcriptase
Simian immunodeficiency virus
Sexually transmitted diseases	
Ulcerative colitis
United Nations Programme on HIV/AIDSWorld health Oganization
World Health Organization
Nghĩa tiếng Việt
Hội chứng suy giảm miễn dịch mắc phải
Trực khuẩn kháng cồn kháng toan
Thuốc kháng vi rút sao chép ngược
Adenosine triphosphate
Thạch máu
Dịch rủa phế quản phế nang
Bạch cầu lympho
Bạch cầu trung tính
U lympho tế bào B ở da
Đồng phụ thể chemokine 5
Đơn vị đo số lượng một chủng vi khuẩn
Vi rút cự bào
Bệnh Crohn
Phản ứng protein C
Chụp cắt lớp vi tính
Đồng thụ thể chemokine X-C kiểu 4
Độ lệch chuẩn
Axit deoxyribonucleic
Vi rút Epstein barr
Mô lympho ở ruột
Glycoprotein trọng lượng phân tử 120 Kilodanton
Glycoprotein trọng lượng phân tử 41 Kilodanton
Điều trị bằng thuốc kháng vi rút hoạt 
tính cao
Vi rút viêm gan B
Vi rút viêm gan C
Vi rút gây suy giảm miễn dịch ở người
Vi rút gây u nhú ở người
Tỷ suất rủi ro
Xét nghiệm kháng thể miễn dịch huỳnh quang
Lactate dehydrogenase
Trực khuẩn lao không điển hình
lao đa kháng thuốc
Tình dục đồn giới nam
Trực khuẩn lao
Thuốc ức chế enzyme sao chép ngược không phải nicleoside
Samonella không gây bệnh thương hàn
Nevirapine
Oleic acid, dextrose, bovine albumin, catalase
Bạch sản dạng lông
Polymycin, Amphotericin, Nalidixic acid, Trimethoprim, Azlocillin
Phản ứng chuỗi polymerase
Axit deoxyribonucleic
Nấm penicillium marneffei
Bệnh lý não chất trắng đa ổ tiến triển 
Viêm phổi do Pneumocystis jirovecii
Viêm phôi do carinii
Sẩn ngứa dạng cục
Axit ribonucleic
Enzyme sao chép ngược
Vi rút gây suy giảm miễn dịch ở khỉ xanh Châu Phi
Các bệnh lây truyền qua đường tình dục
Tế bào
Tiểu cầu
Tổng số tế bào lympho
Viêm loét đại tràng
Chương trình HIV/AIDS của Liên hiệp quốc
Vi khuẩn
Tổ chức Y tế Thế giới
DANH MỤC BẢNG
Bảng
Tên bảng
 Trang
2.1. 	Cặp mồi đặc hiệu cho gen mã hóa major surface glycoprotein dùng cho Realtime PCR phát hiện PJ	53
2.2. 	Cặp mồi đặc hiệu cho gen major surface glycoprotein dùng cho PCR để khẳng định kết quả Realtime PCR các mẫu có PJ dương tính.	53
2.3. 	Các cặp mồi đặc hiệu cho các locus mt26S, 26S rDNA, ITS1, β-TUB, SOD, CYB, DHPS, DHFR dùng cho phân tích tính đa hình di truyền của PJ.	54
3.1.	Đặc điểm độ tuổi của nhóm bệnh nhân	68
3.2. 	Phân bố vùng địa lý của nhóm bệnh nhân	68
3.3. 	Đường lây truyền HIV của nhóm bệnh nhân	69
3.4. 	Sự tiếp cận điều trị ARV của nhóm bệnh nhân	69
3.5. 	Đặc điểm sốt của nhóm bệnh nhân	71
3.6. 	Các triệu chứng cơ năng của nhóm bệnh nhân	72
3.7. 	Đặc điểm toàn trạng và hô hấp của nhóm bệnh nhân	73
3.8. 	Các đặc điểm khác của bệnh nhân nghiên cứu	74
3.9. 	Chỉ số xét nghiệm huyết học của nhóm bệnh nhân	75
3.10. 	Đặc điểm tải lượng HIV của bệnh nhân	77
3.11. 	Các chỉ số xét nghiệm sinh hóa của bệnh nhân	78
3.12. 	Đặc điểm tổn thương phổi trên phim cắt lớp vi tính	79
3.13. 	Một số đặc điểm khác trên phim cắt lớp vi tính	80
3.14. 	Đặc điểm tổn thương phổi trên phim X quang	81
3.15. 	Biến đổi trình tự nucleotide trên locus ITS1	83
3.16. 	Biến đổi trình tự nucleotide trên locus CYB	85
3.17. 	Biến đổi trình tự nucleotide trên locus mt26S	86
3.18. 	Biến đổi trình tự nucleotide trên locus 26S	87
Bảng
Tên bảng
 Trang
3.19. 	Biến đổi trình tự nucleotide trên locus SOD	88
3.20. 	Biến đổi trình tự nucleotide trên locus β-tubulin	89
3.21. 	Biến đổi trình tự nucleotide trên locus DHPS	90
3.22. 	Biến đổi trình tự nucleotide trên locus DHFR	91
3.23. 	Kết quả xác định các kiểu gen của PJ dựa vào sự biến đổi trình tự nucleotide trên 08 locus	92
3.24. 	Các kiểu gen mới tìm thấy ở các chủng PJ trong nghiên cứu	93
3.25. 	Phân bố kiểu gen và số mẫu PJ dựa trên 8 locus	94
3.26. 	Mối liên quan giữa kiểu gen PJ với đặc điểm sốt của bệnh nhân 	96
3.27. 	Mối liên quan giữa kiểu gen PJ với tổn thương phổi của bệnh nhân HIV/AIDS	97
3.28. 	Mối liên quan giữa kiểu gen PJ với suy hô hấp của bệnh nhân HIV/AIDS viêm phổi	98
3.29. 	Mối liên quan giữa kiểu gen PJ với số lượng tế bào CD4 của bệnh nhân HIV/AIDS	99
3.30. 	Mối liên quan giữa kiểu gen PJ với nồng độ CRP của bệnh nhân HIV/AIDS	100
3.31. 	Mối liên quan giữa kiểu gen PJ với kết quả điều trị của bệnh nhân HIV/AIDS	101
DANH MỤC BIỂU ĐỒ
Biểu đồ
Tên biểu đồ
Trang
3.1. 	Đặc điểm giới tính của bệnh nhân nghiên cứu	67
3.2. 	Lý do vào viện của bệnh nhân	70
3.3. 	Đặc điểm số lượng tế bào CD4 của bệnh nhân	76
3.4. 	Chỉ số xét nghiệm định lượng Protein phản ứng C của bệnh nhân	77
3.5. 	Kết quả nội soi phế quản ống mềm của bệnh nhân nghiên cứu	82
DANH MỤC HÌNH
Hình
Tên Hình
Trang
1.1. 	Hình mờ dạng lưới rõ, lan tỏa do viêm phổi PJ	25
1.2. 	Hình đông đặc phế nang hai phổi điển hình của PJ	25
1.3. 	Hình mờ mô kẽ trên bệnh nhân có tiền sử PJ và hình tràn khí màng phổi do PJ	25
1.4. 	Viêm phổi do PJ..	25
1.5. 	CLVT ngực với độ phân giải cao trong bệnh nhân nhiễm HIV với hình ảnh kính mờ do nhiễm PJ	27
1.6. 	Tổn thương dạng kính mờ với hình thái ở dạng lan tỏa hoặc dạng khảm trên CT độ phân giải cao do nhiễm PJ trên bệnh nhân suy giảm miễn dịch	27
1.7. 	Các nhân đông đặc và dày vách liên tiểu thùy có thể thấy ở giai đoạn bán cấp do thâm nhiễm viêm tổ chức hóa trên CT độ phân giải cao do nhiễm PJ	27
1.8. 	Viêm phổi PJ. Kén phổi thường nhiều và hai bên phổi, dễ phát hiện trên CT độ phân giải cao với sự đa dạng về kích thước, hình dáng và phân bố	27
1.9. 	Tràn khí màng phổi khí phổi trên hình ảnh.	27
1.10.	Phổi hai bên với nhiều kén CT do PJ.	27
2.1. 	Kết quả điện di sản phẩm PCR từ các mẫu dương tính với PJ.	59
2.2. 	Kết quả giải trình tự gen ITS1 của mẫu PJ có mã bệnh phẩm 26	61
3.1.	 Cây phả hệ của PJ gây bệnh tại Việt Nam và một số chủng PJ gây bệnh trên thế giới.	95
ĐẶT VẤN ĐỀ
Nhiễm HIV/AIDS thường kéo theo các bệnh nhiễm trùng cơ hội do suy giảm hệ thống miễn dịch. Các bệnh nhiễm trùng cơ hội hay gặp thường là nhiễm trùng phổi, hệ thống thần kinh, tiêu hóa, da và niêm mạc. Phổi là cơ quan dễ tổn thương nhất ở bệnh nhân HIV/AIDS, trong đó viêm phổi do Pneumocytis jirovecii là một trong nhưng căn nguyên hàng đầu gây viêm phổi ở bệnh nhân nhiễm HIV/AIDS. Pneumocystis jirovecii là sinh vật gây bệnh cơ hội bất thường và là căn nguyên gây viêm phổi nặng với tỷ lệ tử vong cao ở những người bị suy giảm miễn dịch. Triệu chứng lâm sàng của viêm phổi do Pneumocystis jirovecii là khởi phát từ từ, âm ỉ kèm với ho khan, có sốt, mệt, sút cân, khó thở tăng dần, phổi có ran khô, hình ảnh X-quang phổi và cắt lớp vi tính có hình ảnh thâm nhiễm không thuần nhất, lấm tấm khắp hai phế trường, các trường hợp viêm phổi nặng có thể thấy thâm nhiễm từng ổ, xét nghiệm thấy giảm cả hồng cầu, bạch cầu, tiểu cầu, tế bào CD4 giảm nặng (<200 tế bào/mm3) [1].
Cho đến trước năm 1980 viêm phổi do Pneumocystis jirovecii không phổ biến và chủ yếu gây bệnh trên đối tượng mắc hội chứng suy giảm miễn dịch hoặc sử dụng thuốc ức chế miễn dịch kéo dài, đặc biệt là hóa trị ung thư. Tuy nhiên, với sự xuất hiện của đại dịch HIV/AIDS, Pneumocystis jirovecii nổi lên như một căn nguyên gây bệnh phổ biến nhất ở đối tượng mắc HIV/AIDS trên toàn thế giới. Trước đây, khi chưa có phác đồ thuốc dự phòng đặc hiệu cho Pneumocystis jirovecii [2], căn nguyên này được tìm thấy ở hơn 60% số bệnh nhân nhiễm HIV và ước tính trên 80% số bệnh nhân có số lượng CD4 dưới 200 tế bào/ml bị nhiễm Pneumocystis jirovecii [3]. Sau khi sử dụng phác đồ thuốc dự phòng Pneumocystis jirovecii bậc 1 và bậc 2 vào đầu những năm 1990, tỷ lệ nhiễm Pneumocystis jirovecii ở bệnh nhân HIV/AIDS giảm đáng kể, và tiếp tục giảm mạnh khi áp dụng điều trị bằng thuốc kháng retrovirus hoạt tính cao (HAART) [4], [5]. 
Mặc dù đã có phác đồ thuốc dự phòng và điều trị hiệu quả, Pneumocystis jirovecii vẫn tiếp tục là một trong những căn nguyên gây viêm phổi với tỷ lệ mắc bệnh và tử vong cao ở nhóm bệnh nhân nhiễm HIV/AIDS. Ngày nay, với sự phát triển của các kỹ thuật phân tích sinh học phân tử, trong đó có kỹ thuật khuếch đại các gen (polymerase chain reaction - PCR) và kỹ thuật giải trình tự chuỗi nucleotide (gene sequencing), đã cho phép chẩn đoán chính xác căn nguyên Pneumocystis jirovecii trong các mẫu bệnh phẩm đường hô hấp của bệnh nhân và đặc điểm di truyền của chúng mà không cần sử dụng các kỹ thuật xâm lấn. Do đó việc ứng dụng các kỹ thuật sinh học phân tử trong chẩn đoán và nghiên cứu về Pneumocystis jirovecii sẽ giúp nâng cao hiệu quả chẩn đoán và kiến thức về dịch tễ học phân tử của loài vi sinh vật này.
Tại Việt Nam, trước đây đã có một số nghiên cứu về bệnh HIV/AIDS cũng như các bệnh nhiễm trùng cơ hội có liên quan, trong đó một số nghiên cứu đã mô tả nhiễm trùng do Pneumocystis jirovecii trên bệnh nhân HIV/AIDS. Các nghiên cứu này mới chỉ tập trung vào đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng cũng như các yếu tố tiên lượng và điều trị mà chưa đề cập đến đặc điểm sinh học phân tử của Pneumocystis jirovecii và mối liên quan giữa đặc điểm sinh học phân tử với các yếu tố lâm sàng, cận lâm sàng. Do đó, để góp phần nâng cao hiệu quả chẩn đoán và điều trị, cũng như làm sáng tỏ các đặc điểm sinh học phân tử của Pneumocystis jirovecii gây bệnh tại Việt Nam, chúng tôi tiến hành thực hiện đề tài: “Nghiên cứu đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng, kiểu gen của Pneumocystis jirovecii gây viêm phổi trên bệnh nhân HIV/AIDS” với hai mục tiêu: 
Mô tả đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng của viêm phổi do Pneumocystis jirovecii ở bệnh nhân HIV/AIDS.
Xác định kiểu gen của Pneumocystis jirovecii và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng của viêm phổi do Pneumocystis jirovecii ở bệnh nhân HIV/AIDS. 
CHƯƠNG 1
TỔNG QUAN
Tổng quan về HIV
Căn nguyên gây hội chứng suy giảm miễn dịch ở người (Human Inmmunodeficiency Virus - HIV) là một vi rút thuộc chi Lentivirus, họ Retroviridae [6]. Tương tự như một số loài vi rút khác, HIV có cấu tạo genome là ARN, tuy nhiên điểm khác biệt mà HIV có được đó là chúng phiên mã ngược sợi ARN thành ADN sợi đôi ở ngoài tế bào chất dưới sự xúc tác của enzyme phiên mã ngược (reverse transcriptase), sau đó di chuyển vào trong nhân để gắn xen vào trong hệ genome của người. Nhờ sở hữu đặc tính này mà HIV có thể nhân lên với tốc độ rất nhanh và rất khó tiêu diệt bởi hệ thống miễn dịch của con người. Ngoài ra, do việc phải trải qua giai đoạn phiên mã ngược để tổng hợp sợi đôi ADN, sau đó sử dụng hệ thống sinh học của tế bào chủ lại phiên mã ra sợi ARN để tạo ra hạt vi rút mới, vì vậy mà HIV thường xảy ra đột biến và có tính đa ...  on mtLSU-rRNA and DHPS sequences of Pneumocystis jirovecii from immunocompromised and immunocompetent patients in Italy, Infect Genet Evol, 14: 68-72.
76.	Stringer J.R. (2002). Pneumocystis, Int J Med Microbiol, 292(5-6): 391-404.
77.	Tasaka S. (2015). Pneumocystis Pneumonia in Human Immunodeficiency Virus-infected Adults and Adolescents: Current Concepts and Future Directions, Clin Med Insights Circ Respir Pulm Med, 9(Suppl 1): 19-28.
78.	Morris A., Norris K.A. (2012). Colonization by Pneumocystis jirovecii and its role in disease, Clin Microbiol Rev, 25(2): 297-317.
79.	Nakamura H., Tateyama M., Tasato D., et al. (2009). Clinical utility of serum beta-D-glucan and KL-6 levels in Pneumocystis jirovecii pneumonia, Intern Med, 48(4): 195-202.
80.	Finkelman M.A. (2010). Pneumocystis jirovecii infection: Cell wall beta-D-glucan biology and diagnostic utility, Crit Rev Microbiol, 36(4): 271-81.
81.	Held J., Koch M.S., Reischl U., et al. (2011). Serum (1 --> 3)-beta-D-glucan measurement as an early indicator of Pneumocystis jirovecii pneumonia and evaluation of its prognostic value, Clin Microbiol Infect, 17(4): 595-602.
82.	Merali S., Vargas D., Franklin M., et al. (2000). S-adenosylmethionine and Pneumocystis carinii, J Biol Chem, 275(20): 14958-63.
83.	Wakefield A.E., Pixley F.J., Banerji S. et al. (1990). Amplification of mitochondrial ribosomal RNA sequences from Pneumocystis carinii DNA of rat and human origin, Mol Biochem Parasitol, 43(1): 69-76.
84.	Huggett J.F., Taylor M.S., Kocjan G., et al. (2008). Development and evaluation of a real-time PCR assay for detection of Pneumocystis jirovecii DNA in bronchoalveolar lavage fluid of HIV-infected patients, Thorax, 63(2): 154-9.
85.	Wilson J.W., Limper A.H., Grys T.E. et al. (2011). Pneumocystis jirovecii testing by real-time polymerase chain reaction and direct examination among immunocompetent and immunosuppressed patient groups and correlation to disease specificity, Diagn Microbiol Infect Dis, 69(2): 145-52.
86.	Larsen H.H., Huang L., Kovacs J.A., et al. (2004). A prospective, blinded study of quantitative touch-down polymerase chain reaction using oral-wash samples for diagnosis of Pneumocystis pneumonia in HIV-infected patients, J Infect Dis, 189(9): 1679-83.
87.	Chakaya J.M., Bii C., Ng'ang'a L., et al. (2003). Pneumocystis carinii pneumonia in HIV/AIDS patients at an urban district hospital in Kenya, East Afr Med J, 80(1): 30-5.
88.	Sheikholeslami M. F., Sadraei J., Farnia P., et al. (2015). Co-infection of Mycobacterium tuberculosis and Pneumocystis jirovecii in the Iranian Patients With Human Immunodeficiency Virus, Jundishapur J Microbiol, 8(2): 1-4.
89.	Andama A.O., Cattamanchi A., Davis J.L., et al. (2009). Modified Giemsa method for confirmation of Pneumocystis pneumonia in low-income countries, BMJ Case Rep, 2009: 1-5.
90.	Sarah S.L., Larry K.P., Charles G.P. (2012). Principles and practice of pediatric infectious disease, Elsevier Health Sciences.
91.	Kibiki G.S., Beckers P., Mulders B., et al. (2007). Aetiology and presentation of HIV/AIDS-associated pulmonary infection in patients presenting for bronchoscopy at a referral hospital in nothern Tanzania, East African medical journal, 84(9): 420-428.
92.	Lee C.H., Helweg-Larsen J., Tang X., et al. (1998). Update on Pneumocystis carinii f. sp. hominis typing based on nucleotide sequence variations in internal transcribed spacer regions of rRNA genes, J Clin Microbiol, 36(3): 734-41.
93.	Nguyễn Trần Chính, Lê Mạnh Hùng, Nguyễn Hữu Chí và cộng sự (2007). Viêm phổi do Pneumocystis jiroveci trên bệnh nhân HIV/AIDS tại bệnh viện bệnh nhiệt đới, Tạp chí nghiên cứu y học, Y học Thành phố Hồ Chí Minh, 11: 8-10.
94.	Nguyễn Tiến Lâm (2011). Nhận xét về căn nguyên gây nhiễm trùng đường hô hấp trên 50 bệnh nhân AIDS được nội soi phế quản tại bệnh viện nhiệt đới trung ương năm 2011, Y học thực hành, 11(2): 36-41.
95.	Trịnh Thị Minh Liên Lê Đăng Hà (2002). Nhận xét một số đặc điểm lâm sàng và xét nghiệm ở bệnh nhân nhiễm HIV/AIDS ở Hà Nội, Tạp chí y học, 4(421): 89-9.
96.	Vanspauwen M.J., Knops V.E., Bruggeman C.A., et al. (2014). Molecular epidemiology of Pneumocystis jiroveci in human immunodeficiency virus-positive and -negative immunocompromised patients in The Netherlands, J Med Microbiol, 63(Pt 10): 1294-302.
97.	Larsen H.H., Masur H., Kovacs J.A., et al. (2002). Development and evaluation of a quantitative, touch-down, real-time PCR assay for diagnosing Pneumocystis carinii pneumonia, J Clin Microbiol, 40(2): 490-4.
98.	Hauser P.M., Francioli P., Bille J., et al. (1997). Typing of Pneumocystis carinii f. sp. hominis by single-strand conformation polymorphism of four genomic regions, J Clin Microbiol, 35(12): 3086-91.
99.	Esteves F., Gaspar J., Tavares A., et al. (2010). Population structure of Pneumocystis jirovecii isolated from immunodeficiency virus-positive patients, Infect Genet Evol, 10(2): 192-9.
100.	Costa M.C., Esteves F., Antunes F., et al. (2006). Genetic characterization of the dihydrofolate reductase gene of Pneumocystis jirovecii isolates from Portugal, J Antimicrob Chemother, 58(6): 1246-9.
101.	Cục phòng chống HIV/AIDS (2010). Báo cáo tổng kết 20 năm Việt nam đối diện với đại dịch HIV/AIDS, Hội nghị toàn quốc 20 năm phòng, chống HIV/AIDS 2010: 1-15.
102.	Võ Thanh Nhơn, Lê Hoàng Hạnh, Tạ Văn Trầm và cộng sự. (2015). Đặc điểm dịch tễ, lâm sàng, cận lâm sàng bệnh nhân HIV/AIDS điều trị ARV tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt Đới, Tạp chí Y học dự phòng, 168 (8): 21-14.
103.	Lê Mạnh Hùng (2008). Nghiên cứu đặc điểm dịch tễ, lâm sàng các trường hợp viêm phổi nhiễm trùng trên người nhiễm HIV tại Thành phố Hồ chí Minh. , Luận văn Tiến sĩ y học: 1-142.
104.	Meng Z.H., Li Y., Huang K., et al. (2010). Rhodococcus equi pneumonia among patients with AIDS clinical features and treatment, Zhonghua yi xue za zhi, 90(9): 593-596.
105.	Guo F., Chen Y., Yang S.L., et al. (2014). Pneumocystis pneumonia in HIV-infected and immunocompromised non-HIV infected patients: a retrospective study of two centers in China, PLoS One, 9(7): 1-8.
106.	Rego F.I., Vieira A.R., Drummond B.D., et al. (2019). Pneumocystosis pneumonia: A comparison study between HIV and non-HIV immunocompromised patients, Pulmonology, 25 (5): 271-274.
107.	Soumya S., Manjula D., Radhamani M.P., et al. (2008). A profile of bacteriologically confirmed pulmonary tuberculosis in children, Indian pediatrics, 45(9): 737-739.
108.	Laurence Huang (2009). Pulmonary Manifestations of HIV, HIV InSite Knowledge Base Chapter, University of California San Francisco.
109.	Carolyn M.A., Hamdan A.L, Klaus L.I., et al. (2010). Imaging lung manifestations of HIV/AIDS, Annals of thoracic medicine, 5(4): 201.
110.	Rosemary J.B (2005). Infectious lung complications in patients with HIV/AIDS, Current opinion in pulmonary medicine, 11(3): 203-207.
111.	Bernard J.N., Sayoki G.M., Johan N.B, et al. (2008). Pulmonary tuberculosis among people living with HIV/AIDS attending care and treatment in rural northern Tanzania, BMC public health, 8(1): 341.
112.	Odaibo G.N., Gboun M.F., Ekanem E.E., et al. (2006). HIV infection among patients with pulmonary tuberculosis in Nigeria, African journal of medicine and medical sciences, 35: 93-98.
113.	Nkoghe D., Voglozin M., Toung M.M., et al. (2010). [Hematological abnormalities associated with pulmonary tuberculosis in persons living with human immunodeficiency virus infection in Cote d'Ivoire], Med Trop (Mars), 70(4): 415-6.
114.	Saathoff E., Villamor E., Mugusi F., et al. (2011). Anemia in adults with tuberculosis is associated with HIV and anthropometric status in Dar es Salaam, Tanzania, The International Journal of Tuberculosis and Lung Disease, 15(7): 925-932.
115.	Parinitha S.S., Kulkarni M.H. (2012). Haematological changes in HIV infection with correlation to CD4 cell count, The Australasian medical journal, 5(3): 157.
116.	Madelon F.E., Paling F.P., Hoepelman A.I.M., et al. (2011). Evaluating the evidence for the implementation of C-reactive protein measurement in adult patients with suspected lower respiratory tract infection in primary care: a systematic review, Family practice, 29(4): 383-393.
117.	Sage E.K,. Noursadeghi M., Evans H.E., et al. (2010). Prognostic value of C-reactive protein in HIV-infected patients with Pneumocystis jirovecii pneumonia, International journal of STD & AIDS, 21(4): 288-292.
118.	Nguyễn Kim Thư và cộng sự (2011). TCD4 và mối liên quan với nhiễm trùng cơ hội trên bệnh nhân HIV/AIDS điều trị nội trú tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương, Y học thực hành, 841(9).
119.	Lin C.Y., Sun HY., Chen M.Y., et al. (2009). Aetiology of cavitary lung lesions in patients with HIV infection, HIV medicine, 10(3): 191-198.
120.	Sanket U.S., Sheela P.K., Amar R.P (2009). Evaluation of ocular manifestations and blindness in HIV/AIDS patients on HAART in a tertiary care hospital in western India, British Journal of Ophthalmology, 93(1): 88-90.
121.	Stevent S., Zubairi D. (2008). Clinical manifestations and antiretroviral management of HIV/AIDS patients with tuberculosis co-infection in Kramat 128 Hospital, Acta Med Indones, 40(3): 117-23.
122.	Giordano M., Elisabetta M.P., Francesca C., et al. (2008). Bacterial community acquired pneumonia in HIV-infected inpatients in the highly active antiretroviral therapy era, Infection, 36(3): 231-236.
123.	Dai Y., Li T.S., Wang A.X., et al. (2006). [Clinical characteristics of 143 Chinese HIV/AIDS patients], Zhongguo Yi Xue Ke Xue Yuan Xue Bao, 28(5): 651-4.
124.	Pepper T., Joseph P., Mwenya C., et al. (2008). Normal chest radiography in pulmonary tuberculosis: implications for obtaining respiratory specimen cultures, Int J Tuberc Lung Dis, 12(4): 397-403.
125.	Choukri F., Menotti J., Sarfati C., et al. (2010). Quantification and spread of Pneumocystis jirovecii in the surrounding air of patients with Pneumocystis pneumonia, Clin Infect Dis, 51(3): 259-65.
126.	Ma L., Kovacs J. A., Cargnel A., et al.. (2002). Mutations in the dihydropteroate synthase gene of human-derived Pneumocystis carinii isolates from Italy are infrequent but correlate with prior sulfa prophylaxis, J Infect Dis, 185(10): 1530-2.
127.	Kazanjian P., Locke A.B., Hossler P.A., et al. (1998). Pneumocystis carinii mutations associated with sulfa and sulfone prophylaxis failures in AIDS patients, AIDS, 12(8): 873-8.
MỘT SỐ HÌNH ẢNH VỀ REAL-TIME PCR, PCR 
VÀ GIẢI TRÌNH TỰ GEN CỦA PJ
Hình ảnh về real-time PCR phát hiện PJ
Hình 1: Kết quả real-time PCR phát hiện PJ: Tín hiệu màu xanh nước biến là chứng nội tại (Internal Control – IC), các tín hiệu màu xanh da trời là tín hiệu của mẫu xét nghiệm
Hình ảnh về PCR khẳng định PJ
Hình 2. Kết quả điện di sản phẩm PCR từ các mẫu dương tính với PJ. Giếng M là thang ADN chuẩn, giếng từ 1 đến 7 tương ứng với các mẫu bệnh phẩm từ 1 đến 7, kích thước sản phẩm PCR trên gel agarose là khoảng 350 bp.
Hình ảnh về giải trình tự gen tìm biến thể PJ 
Hình 3. Kết quả phân tích trình tự nucleotide của gen 26S. Trình tự nucleotide gen 26S của các mẫu PJ được so sánh với trình tự nucleotide của gen 26S gốc để tìm các trình tự biến đổi ở các vị trí. Sự khác biệt về trình tự nucleotide là căn cứ để phân loại kiểu gen của PJ.
BN: Bùi Đức D31t: Hình ảnh kính mờ lan tỏa kèm theo dầy tổ chức kẽ. 
Figure 1
BN: Nguyễn Ngọc T 36t: Hình ảnh Dầy tổ chức kẽ lan tỏa hai phế trường
BN:Hoàng Đức L 53t: Hình ảnh kính mờ lan tỏa có xu hướng đông đặc
Bn: Nguyễn Thị Bích N 36t: Hình ảnh kính mờ và dầy tỏ chức kẽ.
Bệnh viện
Bệnh Nhiệt đới Trung ương
 MÃ SỐ:
 MẪU THU NHẬP SỐ LIỆU
I – Hành chính: 
Họ Và tên bệnh nhân:Năm sinh:Nam(1)/nữ(2):..
Nghề nghiệp:
Trí thức
Công nhân
Nông dân
Tự do
Không nghề
Khác
Địa chỉ:
Năm phát hiện HIV(+):
Đường lây truyền HIV:
TCMT
TD
Cả hai
Không rõ
Tiền sử bệnh tật:
Đã mắc NTCH
Chưa bị mắc
Không nhớ
Nếu là (1): chỉ rõ: Những bệnh gì?...........................................
 Thời gian mắc?
 Đã điều trị những thuốc gì? Thời gian bao nhiêu lâu?:
 .............
 .............
Điểu trị thước kháng vi rút ARV:
Có
Không
 Nếu (1): Ghi rõ phác đồ sử dụng, thời gian sử dụng
Bệnh khác: ( nêu rõ thời gian bị bệnh, những biện pháp điều trị đã sử dụng)
 II- Lâm sàng:
 Lý do vào viện:
Sốt
Ho
Khó thở
Đau ngực
Khác: (nêu rõ lý do):
 Ngày có triệu chứng đầu tiên:
 Ngày thăm khám: ..
 Thăm khám lâm sàng:
	Mạch: 1. < 80 ckỳ/phút
	 2. 80 – 120 ckỳ/phút
	 3. > 120 ckỳ/phút
	Nhiệt độ:
< 380C
38 – 39,50C
> 39,50C
	Nhịp thở:
< 30 lần/phút
30 – 40 lần/phút
> 40 lần/phút
	HA: mmHg
	Ho: 	1. Có	2. Không
	Đờm:
Có máu
Vàng
Trắng
Không đờm
	Tím tái:	1. Có	2. Không
	Đau ngực:
Không đau
Đau nhẹ
Đau vừa
Rất đau
	Rales ở phổi:
Rít, ngáy
Ẩm
Nổ
Hỗn hợp
Không rales
	Hội chứng đông đặc ở phổi:	1. Có	2. Không
	Hội chứng 3 giảm ở phổi:	1. Có	2. Không
 Các thuốc sử dụng trước khi đến viện:
Có
Không
 Nếu (1): ghi rỗ tên thuốc, hàm lượng, liều lượng và thời gian dùng:
STT
Tên thuốc, hàm lượng
Liều lượng
Số ngày dùng
 III- Kết quả xét nghiệm Cận lâm sàng:
A.Xét nghiệm máu:
Xét nghiệm HIV 3 phương pháp:
Xét nghiệm tải lượng virut
Xét nghiệm tế bào CD4
Xét nghiệm Huyết học và hóa sinh 
Ngày xét nghiệm
Hồng cầu
Hb
Bạch cầu
% TT
% LP
TSTBLP
Tiểu cầu
Máu lắng
% PT
Fibrinogen
CRP
Ure
Đường
Creatinin
Na+
K+
Cl-
LDH
GOT
GPT
Bilirubin TP
Bilirubin TT
Protein TP
Albumin
Viêm gan B
Viêm gan C
CD4
Khác
Chẩn đoán hình ảnh: (trước khi tiến hành soi PQ)
	-A. Xq- phổi:
	1. Không thấy hình ảnh tổn thương:
	2. Nốt mờ có[ ] không [ ]
 Vị trí 
 Tính chất..
	3. Hình ảnh tổn thương phổi kẽ Có [ ] không [ ]
 Tính chất.
 Vị trí.
 Khác.
 4. Tổn thương phế nang có [ ] không [ ]
 Vị trí .
 Tính chất.
	5. Tổn thương thâm nhiễm dạng nốt trong nhu mô
	6. Tổn thương dạng lưới
	7. Tràn dịch màng phổi có [ ] không [ ]
 8. Tràn dịch màng tim có [ ] không [ ]
 9. Tràn khí màng phổi Có [ ] không [ ]
	10. Khác (tả rõ):
B. Hình ảnh chụp cắt lớp vi tính: 
Mổ tả: đặc điểm ..
 Vị trí..
 Tính chất
 Khác.
3. Xét nghiệm vi sinh và miễn dịch:
3.1. Bệnh phẩm đờm bẹnh nhân khạc: 1. Có bệnh phẩm 2. Không bphẩm
STT
Yêu cầu
Soi trực tiếp
AT
DT
1
lao (M.tuberculosis)
2
Nấm
3
Vi khuẩn
 3.2. Hình ảnh nội soi phế quản:
3.3. Xét nghiệm bệnh phẩm dịch rửa phế quản phế nang:
STT
Yêu cầu
Soi trực tiếp
Nuôi cấy
PCR
AT
DT
AT
DT
AT
DT
1
lao (M.tuberculosis)
2
Nấm (Candida,
..
..
..
..
.
Penicilliumarneffei,
..
..
..
..
..
..
Cryptococcus neoformans,
..
..
..
..
..
..
Aspergilus
..
..
..
..
..
..
3
Vi khuẩn
4
PC. Jiroveci
5
CMV
 Nếu (3) dương tính: Ghi rõ tên vi khuẩn phân lập được:
IV- Chẩn đoán:
	1. Ban đầu:
	2. Xác định:
	3. Giai đoạn lâm sàng:
Điều trị: Phác đồ điều trị
 Thuốc dùng, liều lượng
 Diễn tiến
 Kết quả ra viện
Hết sốt sau ngày điều trị
Không phải thở oxy sau ngày điều trị .
Nghe phổi hết ran sau ngày điều trị
Thời gian nằm viện sau ngày điều trị 
Không đáp ứng với điều trị