Luận án Nghiên cứu vai trò của các yếu tố phiên mã nac đáp ứng với điều kiện hạn ở cây họ đậu
Hạn hán được biết tới như là một trong những yếu tố bất lợi phi sinh học
ảnh hưởng tiêu cực tới năng suất cây trồng và an ninh lương thực trên toàn thế
giới. Hơn nữa, hạn hán là nguyên nhân gây ra một số ảnh hưởng bất lợi khác
nhau về quá trình trao đổi chất ở thực vật như sự co giãn tế bào, phá hủy màng
tế bào, giảm chức năng của các enzyme tham gia quá trình liên kết màng, oxy
hóa lipid và các protein bởi việc tích lũy sản phẩm dư thừa của các phản ứng
oxy hóa, và ức chế khả năng quang hợp. Để đối phó với hạn, cây trồng kích
hoạt một số cơ chế đáp ứng với bất lợi ở các mức độ sinh hóa, sinh lý và phân
tử khác nhau để giúp chúng sống sót. Hơn nữa, thực vật cũng có thể đáp ứng
với hạn hán một cách gián tiếp thông qua một số mạng lưới điều khiển khác
nhau, trong đó các yếu tố phiên mã (TF) đóng vai trò quan trọng trong việc điều
hòa biểu hiện của các gen mục tiêu. Các protein NAC được biết tới như là một
siêu họ trong số các họ TF và có mặt ở hầu hết các loài thực vật. Các TF NAC
tham gia vào tất cả các quá trình sinh trưởng, phát triển và đáp ứng với các môi
trường bất lợi khác nhau ở thực vật.
Trong những năm gần đây, nhiều công bố đã chỉ ra vai trò của các TF NAC
tham gia quá trình đáp ứng hạn ở thực vật. Cụ thể, một vài gen NAC đã được
phát hiện và nghiên cứu chức năng trong điều kiện stress hạn hoặc stress thẩm
thấu ở cây mô hình Arabidopsis (ANAC019, ANAC055, ANAC072/RD26 và
ANAC016), và một số cây trồng quan trọng như cây lúa (OsNAC5, OsNAC6 và
OsNAC10), cây lúa mỳ (TaNAC2, TaNAC29 và TaNAC67), cho thấy tiềm năng
trong việc cải thiện khả năng chống chịu hạn cho cây trồng
Tóm tắt nội dung tài liệu: Luận án Nghiên cứu vai trò của các yếu tố phiên mã nac đáp ứng với điều kiện hạn ở cây họ đậu
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM ---------- NGUYỄN HỮU KIÊN NGHIÊN CỨU VAI TRÒ CỦA CÁC YẾU TỐ PHIÊN MÃ NAC ĐÁP ỨNG VỚI ĐIỀU KIỆN HẠN Ở CÂY HỌ ĐẬU LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP HÀ NỘI – 2020 ii BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM ---------- NGUYỄN HỮU KIÊN NGHIÊN CỨU VAI TRÒ CỦA CÁC YẾU TỐ PHIÊN MÃ NAC ĐÁP ỨNG VỚI ĐIỀU KIỆN HẠN Ở CÂY HỌ ĐẬU Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã số: 9420201 LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP Người hướng dẫn khoa học: 1. PGS. TS. Nguyễn Văn Đồng 2. TS. Trần Phan Lam Sơn HÀ NỘI - 2020 i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của tôi dưới sự hướng dẫn của PGS.TS. Nguyễn Văn Đồng và TS. Trần Phan Lam Sơn. Các kết quả trình bày trong luận án là trung thực, một phần đã được công bố trong các Tạp chí khoa học quốc tế và đã được sự đồng ý của tất cả các tác giả trong các bài báo, và chưa từng được sử dụng để công bố trong các công trình nghiên cứu để nhận học vị nào khác. Tất cả trích dẫn đều ghi rõ nguồn gốc. Hà Nội, ngày tháng năm 2020 TÁC GIẢ Nguyễn Hữu Kiên ii LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên, tôi xin chân thành cảm ơn chương trình đào tạo hợp tác quốc tế IPA (International Program Associate) liên kết giữa Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam (VAAS, Việt Nam) và Viện Nghiên cứu RIKEN Nhật (Bản) đã tạo mọi điều kiện và giúp đỡ trong suốt quá trình học tập, thực hiện và hoàn thành luận án. Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến PGS.TS. Nguyễn Văn Đồng (Nguyên Giám đốc Phòng Thí nghiệm Trọng điểm Công nghệ Tế bào Thực vật – Viện Di truyền Nông nghiệp) và TS. Trần Phan Lam Sơn (Trưởng Nhóm nghiên cứu về con đường dẫn truyền tín hiệu (nay đổi tên thành Nhóm nghiên cứu về đáp ứng với yếu tố bất lợi) thuộc Trung tâm Khoa học về nguồn tài nguyên bền vững, Viện RIKEN, Nhật Bản) đã tận tình hướng dẫn, giúp đỡ và tạo điều kiện thuận lợi để tôi thực hiện và hoàn thành công trình nghiên cứu này. Tôi xin gửi lời cảm ơn tới các postdoc, kỹ thuật viên và nhân viên trong nhóm nghiên cứu của TS. Trần Phan Lam Sơn, nơi tôi thực hiện các nội dung của luận án đã hướng dẫn, giúp đỡ và tạo điều kiện vể thời gian cho tôi hoàn thành công trình nghiên cứu này. Tôi cũng xin chân thành cảm ơn Ban Đào tạo Sau đại học, thuộc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam và lãnh đạo Viện Di truyền Nông nghiệp đã tạo điều kiện cho tôi trong suốt quá trình học tập và hoàn thành luận án nghiên cứu. Cuối cùng, tôi xin cảm ơn gia đình đặc biệt bố mẹ, anh chị và vợ luôn ủng hộ, động viên, khích lệ và là chỗ dựa về tinh thần cho tôi trong suốt quá trình học tập và hoàn thành luận án nghiên cứu. Ngoài ra, tôi cũng gửi lời cảm ơn tới bạn bè và đồng nghiệp đã luôn ủng hộ và có những ý kiến đóng góp quý báu để tôi có thể hoàn thành luận án nghiên cứu này. Hà Nội, ngày tháng năm 2020 TÁC GIẢ Nguyễn Hữu Kiên iii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN .............................................................................................. i LỜI CẢM ƠN ................................................................................................... ii MỤC LỤC ........................................................................................................ iii DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT ...................................................................... vii DANH MỤC BẢNG ......................................................................................... x DANH MỤC HÌNH ........................................................................................ xii MỞ ĐẦU ........................................................................................................... 1 1. Tính cấp thiết của đề tài .......................................................................... 1 2. Mục tiêu nghiên cứu của luận án ............................................................ 2 2.1. Mục tiêu tổng quát ............................................................................... 2 2.2. Mục tiêu cụ thể ..................................................................................... 2 3. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của luận án ............................................ 3 3.1. Ý nghĩa khoa học .................................................................................. 3 3.2. Ý nghĩa thực tiễn .................................................................................. 3 4. Những đóng góp mới của luận án ........................................................... 4 Chương 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU ............................................................ 6 1.1. Hạn hán và những ảnh hưởng bất lợi của hạn hán đối với cây trồng ...... 6 1.1.1. Những thiệt hại của ngành trồng trọt do hạn hán gây ra ............. 6 1.1.2. Hạn hán và nguyên nhân gây ra hạn hán ở cây trồng ................ 11 1.1.3. Ảnh hưởng của hạn đối với cây trồng .......................................... 12 1.1.3.1. Ảnh hưởng của hạn tới sự sinh trưởng và phát triển của cây trồng ...13 1.1.3.2. Ảnh hưởng của hạn tới đặc điểm hình thái và giải phẫu ............ 14 1.1.3.3. Ảnh hưởng của hạn tới mối quan hệ giữa cây và nước ............... 15 1.1.3.4. Ảnh hưởng của hạn tới quá trình quang hợp .............................. 15 1.1.3.5. Ảnh hưởng của hạn tới quá trình hô hấp ..................................... 17 1.1.3.6. Ảnh hưởng của hạn tới sự hấp thu dinh dưỡng khoáng .............. 18 1.1.3.7. Ảnh hưởng của hạn tới sự cân bằng hormone ............................. 18 1.1.3.8. Ảnh hưởng của hạn tới hàm lượng protein, axit amin và khoáng chất ... 19 iv 1.1.3.9. Ảnh hưởng của hạn tới lipid ........................................................ 22 1.1.3.10. Ảnh hưởng của hạn tới quá trình oxy hóa ................................. 22 1.1.3.11. Ảnh hưởng của hạn tới các phân tử ........................................... 23 1.2. Sự đáp ứng của cây trồng với hạn ..................................................... 24 1.3. Vai trò của yếu tố phiên mã NAC trong quá trình đáp ứng với stress hạn của cây trồng ............................................................................ 27 1.3.1. Tổng quan yếu tố phiên mã NAC ..................................................... 27 1.3.2. Cấu trúc đặc trưng của các protein NAC ........................................ 29 1.3.3. Chức năng của yếu tố phiên mã NAC trong quá trình đáp ứng với hạn ở cây trồng .................................................................................................... 29 1.4. Vai trò của cây họ đậu ........................................................................ 35 1.4.1. Vai trò của cây đậu tương ............................................................. 35 1.4.2. Vai trò của cây đậu gà ................................................................... 37 1.4.3. Ảnh hưởng của hạn tới cây đậu tương và đậu gà ........................ 39 1.5. Cải thiện khả năng chống chịu hạn của cây họ đậu sử dụng kỹ thuật chuyển gen ........................................................................................ 43 Chương 2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .................. 47 2.1. Vật liệu nghiên cứu ............................................................................. 47 2.1.1. Vật liệu thực vật ............................................................................. 47 2.1.2. Các chủng khuẩn, nấm men và vector ......................................... 47 2.1.3. Các cặp mồi được sử dụng cho PCR và qRT-PCR ...................... 47 2.2. Thời gian và địa điểm nghiên cứu ..................................................... 47 2.2.1. Thời gian nghiên cứu .................................................................... 47 2.2.2. Địa điểm nghiên cứu ..................................................................... 48 2.3. Phương pháp nghiên cứu ................................................................ 48 2.3.1. Trồng và xử lý cây đậu tương ................................................... 48 2.3.2. Tách chiết, tinh sạch RNA và tổng hợp cDNA cho tách dòng gen GmNAC085 ................................................................................................ 48 2.3.3. Thiết kế cấu trúc vector và phân tích khả năng hoạt động phiên mã của GmNAC085 trong nấm men .............................................................. 49 v 2.3.4. Thiết kế cấu trúc vector biểu hiện gen GmNAC085 trong cây mô hình Arabidopsis ...................................................................................... 50 2.3.5. Phương pháp biến nạp và sàng lọc cây Arabidopsis chuyển gen 35S:GmNAC085 ....................................................................................... 52 2.3.6. Phương pháp phân tích cây chuyển gen 35S:GmNAC085 bằng kỹ thuật lai southern blot .............................................................................. 53 2.3.7. Đánh giá khả năng sinh trưởng của các cây Arabidopsis chuyển gen 35S:GmNAC085 trong điều kiện thường ........................................ 53 2.3.8. Phương pháp đo hàm lượng diệp lục ở lá .................................... 54 2.3.9. Đánh giá khả năng chịu hạn của cây Arabidopsis chuyển gen 35S:GmNAC085 trong điều kiện xử lý hạn ............................................ 54 2.3.9.1. Phương pháp đánh giá hạn trên cùng khay ................................. 55 2.3.9.2. Phương pháp cân trọng lượng cốc .............................................. 55 2.3.10. Phương pháp đo nhiệt độ bề mặt lá của cây WT và cây chuyển gen 35S:GmNAC085 trong điều kiện xử lý hạn ..................................... 56 2.3.11. Đo tỷ lệ thành phần nước, mức độ rò rỉ ion và độ ẩm đất ......... 56 2.3.12. Xác định hàm lượng malondiadehyde và khả năng hoạt động của các enzyme chống oxy hóa ............................................................... 57 2.3.13. Phương pháp trồng, xử lý và thu mẫu của cây đậu gà .............. 57 2.3.14. Tách chiết RNA, xử lý DNAseI, và tổng hợp cDNA cho phân tích qRT-PCR ........................................................................................... 58 2.3.15. Phân tích sự biểu hiện của các gen bằng kỹ thuật qRT-PCR ... 58 2.3.16. Tiêu chuẩn lựa chọn gen CaNAC đáp ứng hạn tiềm năng ....... 59 2.3.17. Phân tích ý nghĩa thống kê .......................................................... 60 Chương 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN ................................................... 61 3.1. Nghiên cứu chức năng của gen GmNAC085 trong quá trình đáp ứng với điều kiện hạn ở cây mô hình Arabidopsis ................................... 61 3.1.1. Kết quả thiết kế cấu trúc vector và phân tích sự hoạt động phiên mã của GmNAC085 trong nấm men ....................................................... 61 3.1.2. Kết quả phân lập và thiết kế vector biểu hiện gen GmNAC085 trong cây mô hình Arabidopsis ............................................................... 63 vi 3.1.3. Kết quả sàng lọc và lựa chọn các dòng cây Arabidopsis chuyển gen 35S:GmNAC085 ................................................................................ 66 3.1.4. Kết quả đánh giá kiểu hình của cây Arabidopsis chuyển gen 35S:GmNAC085 OE1 và OE2 ở điều kiện thường ................................ 68 3.1.5. Kết quả đánh giá khả năng kháng hạn của cây Arabidopsis chuyển gen 35S:GmNAC085 ................................................................... 70 3.1.6. Kết quả đánh giá mức độ phá hủy tế bào và tốc độ thoát hơi nước của các cây chuyển gen 35S:GmNAC085 ở điều kiện xử lý hạn .......... 72 3.1.7. Sự biểu hiện của GmNAC085 tăng cường bảo vệ cây Arabidopsis chuyển gen chống lại phản ứng oxy hóa do stress hạn gây ra .............. 74 3.1.8. Sự biểu hiện của GmNAC085 làm tăng mức biểu hiện của các gen chỉ thị trong cây Arabidopsis chuyển gen 35S:GmNAC085 ở điều kiện stress hạn .......................................................................................... 77 3.2. Đánh giá mức độ biểu hiện của các gen CaNAC trong cây đậu gà ở điều kiện xử lý hạn và ABA....................................................................... 84 3.2.1. Kết quả so sánh tỷ lệ thành phần nước giữa hai giống đậu gà Hashem và ILC482 ở điều kiện xử lý mất nước ..................................... 84 3.2.2. Đặc trưng biểu hiện của các gen CaNAC ở lá và rễ của giống Hashem và ILC482 trong điều kiện xử lý hạn ................................................................ 85 3.2.3. Đặc trưng biểu hiện của các gen CaNAC ở lá và rễ của giống Hashem và ILC482 trong điều kiện xử lý ABA ...................................... 94 3.2.4. Sự biểu hiện khác nhau của các gen CaNAC ở trong lá của 2 giống ILC482 và Hashem ...................................................................... 102 3.2.5. Sự biểu hiện khác nhau của các gen CaNAC trong rễ của 2 giống ILC482 và Hashem ................................................................................ 105 3.2.6. Lựa chọn các gen CaNAC tiềm năng cho nghiên cứu chức năng sâu hơn ................................................................................................... 107 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ....................................................................... 113 DANH MỤC CÔNG TRÌNH ĐÃ CÔNG BỐ CÓ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN .. 115 TÀI LIỆU THAM KHẢO ............................................................................. 116 PHỤ LỤC ...................................................................................................... 134 vii DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Thuật ngữ tiếng anh Thuật ngữ tiếng việt ABA Abscisic acid Axit abscisic Ade Adenine A-đê-nin ABRC3 ABA response complex 3 Phức hợp đáp ứng ABA 3 AD Activation domain Vùng trình tự hoạt hóa AP2/ERF APETALA2/Ethylene response element binding factors Các yếu tố liên kết đáp ứng với ethylene APX Ascorbate peroxidase Ascorbate peroxidase AREB/ABF Abscisic acid-responsive element binding Liên kết yếu tố đáp ứng ABA ATP Adenosine triphosphate Adenosine triphosphat bZIP bZIP transcription factor Yếu tố phiên mã bZIP CAT Catalase Catalaza CCA1 Circadian clock associated 1 Liên kết nhịp sinh học 1 cDNA complementary DNA ADN bổ sung CO2 Carbon dioxide cacbon điôxít CSD1 Copper/Zinc superoxide dismutase 1 Copper/Zinc superoxide dismutase 1 D Drought Xử lý hạn DAD Days after drought Ngày sau xử lý hạn DNA Deoxinucleic acid Axit deoxinucleic DREB Dehydration responsive element-binding protein Protein liên kết với yếu tố đáp ứng mất nước ERD1 Early responsive to dehydration stress 1 Đáp ứng sớm với bất lợi mất nước 1 GM Germination medium Môi trường nảy mầm viii GR Glutathione reductase Glutathione reductase His Histidine Histidin IAA Indole-3-acetic acid Axit indole-3-acetic LB Lysogeny broth Môi ... tomato”, Plant biotechnology journal 16, pp. 354-366. 116. Thu N.B.A., Nguyen Q., Hoang X., Thao N., Tran L.S. (2014a), “Evaluation of drought tolerance of the Vietnamese soybean cultivars 130 provides potential resources for soybean production and genetic engineering”, Journal of Biomedicine and Biotechnology, pp. 809736. 117. Thu N.B.A., Hoang X.L., Doan H., Nguyen T.H., Bui D., Thao N.P., Tran L.S. (2014b), “Differential expression analysis of a subset of GmNAC genes in shoots of two contrasting drought-responsive soybean cultivars DT51 and MTD720 under normal and drought conditions”, Molecular biology reports 41, pp. 5563-5569. 118. Thu N.B.A., Hoang X.L.T., Nguyen T.D.H., Thao N.P., Tran L.S.P. (2014c), “Differential expression of two-component system-related drought-responsive genes in two contrasting drought-tolerant soybean cultivars DT51 and MTD720 under well-watered and drought conditions”, Plant Molecular Biology Reporter 33, pp. 1599-1610. 119. Tizaoui K., Kchouk M.E. (2012), “Genetic approaches for studying transgene inheritance and genetic recombination in three successive generations of transformed tobacco”, Genetics and molecular biology 35, pp. 640-649. 120. Tran L.S., Mochida K. (2010), “Functional genomics of soybean for improvement of productivity in adverse conditions”, Functional & integrative genomics 10, pp. 447-462. 121. Tran L.S., Nakashima K., Sakuma Y., Simpson S.D., Fujita Y., Maruyama K., Fujita M., Seki M., Shinozaki K., Yamaguchi-Shinozaki K. (2004), “Isolation and functional analysis of Arabidopsis stress-inducible NAC transcription factors that bind to a drought-responsive cis-element in the early responsive to dehydration stress 1 promoter”, Plant Cell 16, pp. 2481-2498. 122. Tran L.S., Nishiyama R., Yamaguchi-Shinozaki K., Shinozaki K. (2010), “Potential utilization of NAC transcription factors to enhance abiotic stress tolerance in plants by biotechnological approach”, GM crops 1, pp. 32-39. 123. Voitsik A.M., Muench S., Deising H.B., Voll L.M. (2013), “Two recently duplicated maize NAC transcription factor paralogs are induced in response to 131 Colletotrichum graminicola infection”, BMC Plant Biol 13, pp. 85. 124. Wang J., Zhang L., Cao Y., Qi C., Li S., Liu L., Wang G., Mao A., Ren S., Guo Y.D. (2018), “CsATAF1 positively regulates drought stress tolerance by ABA-dependent pathway and promoting ROS scavenging in cucumber” Plant and Cell Physiology 59, pp. 930-945. 125. Wang H., Wang H., Shao H., Tang X. (2016a), “Recent advances in utilizing transcription factors to improve plant abiotic stress tolerance by transgenic technology”, Frontiers in plant science 7, pp. 67. 126. Wang W., Wang C., Pan D., Zhang Y., Luo B., Ji J. (2018), “Effects of drought stress on photosynthesis and chlorophyll fluorescence images of soybean (Glycine max L.) seedlings”, Int J Agric Biol Eng 11, pp. 196–201. 127. Wu H., Fu B., Sun P., Xiao C., Liu J.H. (2016), “A NAC transcription factor represses putrescine biosynthesis and affects drought tolerance”, Plant physiology 172, pp. 1532-1547. 128. Xing Y., Jia W., Zhang J. (2007), “AtMEK1 mediates stress-induced gene expression of CAT1 catalase by triggering H2O2 production in Arabidopsis”, Journal of experimental botany 58, pp. 2969-2981. 129. Xue G.P., Way H.M., Richardson T., Drenth J., Joyce P.A., McIntyre C.L. (2011), “Overexpression of TaNAC69 leads to enhanced transcript levels of stress up-regulated genes and dehydration tolerance in bread wheat”, Molecular plant 4, pp. 697-712. 130. Yang M., Zhu L., Pan C., Xu L., Liu Y., Ke W., Yang P. (2015a), “Transcriptomic analysis of the regulation of rhizome formation in temperate and tropical lotus (Nelumbo nucifera)”, Scientific reports 5, pp. 13059. 131. Yang X., Wang X., Ji L., Yi Z., Fu C., Ran J., Hu R., Zhou G. (2015b), “Overexpression of a Miscanthus lutarioriparius NAC gene MlNAC5 confers enhanced drought and cold tolerance in Arabidopsis”, Plant cell reports 34, pp. 943-958. 132 132. Yang X., Kim M.Y., Ha J., Lee S.H. (2019), “Overexpression of the Soybean NAC Gene GmNAC109 Increases Lateral Root Formation and Abiotic Stress Tolerance in Transgenic Arabidopsis Plants”, Frontiers in Plant Science 10, pp. 1036. 133. Yu X., Peng H., Liu Y., Zhang Y., Shu Y., Chen Q., Shi S., Ma L., Ma H., Zhang H. (2014), “CarNAC2, a novel NAC transcription factor in chickpea (Cicer arietinum L.), is associated with drought-response and various developmental processes in transgenic Arabidopsis”, Journal of Plant Biology 57, pp. 55-66. 134. Yu X., Liu Y., Wang S., Tao Y., Wang Z., Shu Y., Peng H., Mijiti A., Wang Z., Zhang H., Ma H. (2016a), “CarNAC4, a NAC-type chickpea transcription factor conferring enhanced drought and salt stress tolerances in Arabidopsis”, Plant cell reports 35, pp. 613-627. 135. Yu X., Liu Y., Wang S., Tao Y., Wang Z., Mijiti A., Wang Z., Zhang H., Ma H. (2016b), “A chickpea stress-responsive NAC transcription factor, CarNAC5, confers enhanced tolerance to drought stress in transgenic Arabidopsis”, Plant Growth Regulation 79, pp. 187-197. 136. Zare M., Azizi M.H., Bazrafshan F. (2011), “Effect of drought stress on some agronomic traits in ten barley ( Hordeum vulgare ) cultivars”, Tech J Eng Appl Sci 1, pp. 57–62. 137. Zhang L., Zhang L., Xia C., Zhao G., Jia J., Kong X. (2015), “The novel wheat transcription factor TaNAC47 enhances multiple abiotic stress tolerances in transgenic plants’’, Frontiers in plant science 6, pp. 1174. 138. Zhao X., Yang X., Pei S., He G., Wang X., Tang Q., Jia C., Lu Y., Hu R., Zhou G. (2016), “The Miscanthus NAC transcription factor MlNAC9 enhances abiotic stress tolerance in transgenic Arabidopsis”, Gene 586, pp. 158-169. 139. Zhu M., Chen G., Zhang J., Zhang Y., Xie Q., Zhao Z., Pan Y., Hu Z. (2014), “The abiotic stress-responsive NAC-type transcription factor 133 SlNAC4 regulates salt and drought tolerance and stress-related genes in tomato (Solanum lycopersicum)”, Plant Cell Reports 33, pp. 1851-1863. 134 PHỤ LỤC Phụ lục bảng 1. Các cặp mồi sử dụng cho PCR và qRT-PCR liên quan tới nội dung nghiên cứu chức năng gen GmNAC085 Mục đích Tên mồi Trình tự (5’ – 3’) Kích thước (bp) Phân tích phiên mã ở nấm men GmNAC085F-NdeI GATCATATGAACTCAAGTGCGCAAAAGGTTGA 549 GmNAC085R-PstI ATACTGCAGTCAGTCCCTAAACCCGAACT Cặp mồi sử dụng giải trình tự trong vector tách dòng pKS T3 primer TTAATTGGGAGTGATTTCCC T7 primer GTAATACGACTCACTATAGGGCG Tách dòng gen GmNAC085 GmNAC085F-NotI GTCGACATGGGAGTTCCAGAGAGAGAC 1035 GmNAC085R-XhoI CCCGGGTCAGTCCCTAAACCCGAACTC 35Spro-F CCCACTATCCTTCGCAA qRT-PCR Gen tham chiếu ở Arabidopsis ACT2-F2 GATCTCCAAGGCCGAGTATGAT 106 ACT2-R2 CCCATTCATAAAACCCCAGC Các gen đích GmNAC085-F GCAATGGGTCATCACCTTCT 214 GmNAC085-R GACCCAAATTCGGAAACTGA sAPX-F CCTCCGGAGGGTATCGTTATCTA 162 sAPX-R ACAGCCAGAAACATTGTCCAAAAGG CAT1-F TGGGATTCAGACAGGCAAGAACG 162 CAT1-R GTTTGGCCTCACGTTAAGACGAGT CSD1-F TGAACTCAGCCTGGCTACTGG 164 CSD1-R AGCCACACACCAGAAGATACACAC NCED3-F CGGTGGTTTACGACAAGAACAA 103 NCED3-R CAGAAGCAATCTGGAGCATCAA LEA14-F GATTTCTTCTGATCGACAAAACCTA 92 LEA14-R AGCAAACCCAACTTATTACATTACG RD20-F TTAGCTCCGGTCACCAGTCA 69 RD20-R CATGTATGGTTTTGGTAATGTTTCC RD29B-F GCAAGCAGAAGAACCAATCA 71 RD29B-R CTTTGGATGCTCCCTTCTCA AtNAC019-F CGCTAACTGCGGTGACTCTA 250 AtNAC019-R CAATCCTCGCAGCTTCATCT Các cặp mồi sử dụng cho PCR và qRT-PCR được thiết kế dựa trên phần mềm Primer3 ( 135 Phụ lục bảng 2. Các cặp mồi của các gen CaNAC sử dụng cho qRT-PCR ở cây đậu gà STT Gen Mồi xuôi (5’ – 3’) Mồi ngược (5’ – 3’) Kích thước (bp) 1 CaNAC02 CCATGGGAGCTACCAAAGAA TTTCGATCTCTCGGGCTAAA 71 2 CaNAC04 AACAAGACCACCTGACCCTG AATGCGTCGATTTCTCAACC 89 3 CaNAC05 CTAAGGCAACGTTCGGAGAG TTTGGCCTAGCACCATTAGG 79 4 CaNAC06 GTCCCTTCTGTGTCCACGAT GCTCCACCACTCTGAACCTC 86 5 CaNAC16 CACCAAAGGGCCTCAAGACAG GCCTCATGGATCCAATTTGCCTAT 93 6 CaNAC19 AGAGGTTTGGTTTGTTGGTG CCAAACACATGGTGAGGAAA 86 7 CaNAC21 CTTACCCTTTACCCGCTTCC TCTTCTCCCAAATCACCTGG 88 8 CaNAC24 TGCCACCAGGTTTTAGGTTC AATGATGGAAACAGGCAAGG 98 9 CaNAC27 GCTTTGTTTGGGGATGAAGA ACCTGCACCAGCTGCTCTAT 93 10 CaNAC40 ACGATCCTTGGGATCTTCCT ATATTTCCTGTCTCGTGGCG 80 11 CaNAC41 CCTGAAGAGGCAATTGACAGA TCACCACTGCAGTCAAAGGT 77 12 CaNAC43 CACTGGTGTTCTACGCTGGA GCCGGCTGATCTATCAACAT 95 13 CaNAC44 CCCACATGGTACTCGTACTGG TTGCAAGCCAGAAGAAGGAT 85 14 CaNAC46 TATTGGAAGGCAACAGGGTC TTTCTTAGGCCAACAATGCC 71 15 CaNAC47 TTTCACACGGATTCAAGCTG ACAAATTCGTTCCACTTGGG 95 16 CaNAC50 CCCACCGATGAAGAACTTGT TACTGGAAGGGGTGCAGAAG 66 17 CaNAC52 GCTACATCAAAGCCATGCCC GGCCTCACTCCATTTGGGTA 143 18 CaNAC57 GTGGTATGCAGGACCAAGCA GGTGGTGGACGATGGTGATT 193 19 CaNAC67 ACAGGAGGAGAAGCTCGGAT TCCTCATCCCGCTTTGAACC 233 20 IF4a TGGACCAGAACACTAGGGACATT AAACACGGGAAGACCCAGAA 60 Các cặp mồi sử dụng cho qRT-PCR được lấy từ công trình nghiên cứu trước đó của [43]. 136 Phụ lục bảng 3. Giá trị Ct của gen quản gia ACT2 trong phân tích mức độ biểu hiện của các gen chỉ thị đáp ứng với hạn trong cây Arabidopsis chuyển gen 35S:GmNAC085 Xử lý STT mẫu Giá trị Ct của gen quản gia ACT2 qua các lần lặp lại Lần 1 Lần 1 Lần 3 WT-tưới nước đầy đủ 1 18.17 19.63 18.73 2 17.71 19.33 18.86 3 17.98 19.52 18.68 OE1-tưới nước đầy đủ 4 17.55 19.72 18.54 5 17.9 19.75 18.83 6 18.14 19.72 18.93 OE2-tưới nước đầy đủ 7 18.42 19.46 19.16 8 18.24 19.46 19.37 9 18.68 19.85 18.72 WT-xử lý hạn 10 18.89 20.19 19.94 11 18.65 20.25 19.91 12 18.93 20.62 19.9 OE1-xử lý hạn 13 18.72 20.3 20.3 14 18.86 20.37 20.75 15 18.85 20.3 20.61 OE2-xử lý hạn 16 19.59 20.59 20.38 17 19.43 20.45 20.54 18 19.64 20.42 20.52 137 Phụ lục bảng 4. Giá trị Ct của gen quản gia IF4a trong phân tích mức độ biểu hiện của các gen CaNAC ở cây đậu gà Giống đậu gà Điều kiện xử lý Loại mẫu STT Giá trị Ct của gen quản gia IF4a Lần 1 Lần 1 Lần 3 Hashem Đối chứng ngâm nước (2 giờ) Lá 1 21.62 21.16 20.26 2 21.66 21.62 20.72 3 21.71 21.56 20.66 Rễ 4 21.19 21.09 20.2 5 21.24 21.29 20.39 6 21.29 21.36 20.48 Xử lý ABA (2 giờ) Lá 7 22.27 21.92 21 8 22.05 21.48 20.59 9 22.48 22.17 21.27 Rễ 10 21.05 21.08 20.16 11 21.06 21.14 20.22 12 21.13 21.26 20.31 Xử lý mất nước (2 giờ) Lá 13 21.85 21.97 21.1 14 21.68 21.82 20.94 15 21.57 21.8 20.9 Rễ 16 21.65 21.56 20.65 17 21.22 21.72 20.85 18 20.95 21.11 20.22 Đối chứng ngâm nước (5 giờ) Lá 19 21.64 21.7 20.82 20 21.78 21.88 20.98 21 21.75 21.62 20.7 Rễ 22 20.87 21.25 20.34 23 20.82 21.21 20.31 24 20.82 21.29 20.39 Xử lý ABA (5 giờ) Lá 25 22.22 22.38 21.5 26 22.08 22.31 21.42 27 22.09 22.35 21.45 Rễ 28 21.46 21.95 21.06 29 21.28 22.07 21.16 30 21.23 21.78 20.85 Xử lý mất nước (5 giờ) Lá 31 21.69 22.69 21.82 32 21.73 22.17 21.28 33 21.89 22.49 21.55 Rễ 34 21.53 21.64 20.74 138 35 21.56 22.51 21.59 36 21.45 21.84 20.9 ILC482 Đối chứng ngâm nước (2 giờ) Lá 37 21.97 20.12 21.51 38 21.8 20.28 21.3 39 21.93 20.07 21.47 Rễ 40 20.97 19.74 20.46 41 21.46 20.29 20.95 42 21.09 19.9 20.6 Xử lý ABA (2 giờ) Lá 43 22.16 21.26 21.68 44 22.15 21.19 21.63 45 22.31 31.69 21.81 Rễ 46 21.36 28.03 20.87 47 20.93 19.94 20.44 48 21.28 21.88 20.8 Xử lý mất nước (2 giờ) Lá 49 21.7 30.55 21.22 50 21.92 20.78 21.43 51 22.05 27.57 21.58 Rễ 52 21.59 20.32 21.09 53 21.36 26.29 20.86 54 21.33 26.79 20.82 Đối chứng ngâm nước (5 giờ) Lá 55 21.7 20.32 21.2 56 21.7 26.74 21.22 57 21.79 20.8 21.32 Rễ 58 21.69 20.89 21.19 59 21.34 21.2 20.82 60 21.46 21.45 20.92 Xử lý ABA (5 giờ) Lá 61 22.3 21.75 21.8 62 22.04 22.76 21.56 63 22.33 22.71 21.85 Rễ 64 22.55 22.87 22.04 65 22.2 23.21 21.68 66 22.02 23.03 21.55 Xử lý mất nước (5 giờ) Lá 67 21.5 22.25 20.99 68 21.89 21.79 21.43 69 22.12 22.13 21.59 Rễ 70 21.72 21.85 21.2 71 21.36 21.59 20.84 72 21.35 21.28 20.82 139 Phụ lục bảng 5. Trình tự DNA và amino axit mã hóa cho GmNAC085 Vùng Trình tự DNA (5’ – 3’) Trình tự amino axit Vùng trình tự mã hóa đầy đủ gen GmNAC085 ATGGGAGTTCCAGAGAGAGACCCTCTTGCACAATTGAGC TTGCCTCCTGGATTTAGATTTTATCCCACTGATGAGGAGC TTTTGGTTCAGTACCTTTGCCGCAAGGTTGCTGGCCATC ATTTCTCTCTTCCAATCATTGCTGAAGTTGATTTGTACAA GTTTGATCCATGGGTTCTTCCAGGTAAGGCAGCGTTTGG AGAGAAGGAGTGGTACTTCTTCAGTCCAAGAGACAGGA AGTACCCGAATGGTTCACGACCAAACAGAGTTGCGGGT TCTGGGTATTGGAAAGCCACTGGAACTGACAAAATCATC ACCACTGAAGGTAGAAAAGTTGGCATAAAAAAAGCACT TGTTTTCTACGTTGGCAAAGCACCCAAAGGCTCCAAAAC CAATTGGATCATGCACGAGTATCGCCTTCTCGACTCTTCC CGCAAACACAACCTCGGAACCGCAAAGCTTGATGATTG GGTTCTGTGTCGTATCTATAAGAAGAACTCAAGTGCGCA AAAGGTTGAGGCAAATCTTTTGGCTATGGAATGTAGCAA TGGGTCATCACCTTCTTCATCGTCCCACGTGGACGACAT GCTGGAATCGTTGCCGGAGATCGATGATCGGTGCTTCAC CCTGCCGCGAGTGAACTCAGTCAGAACAATGCAGCAGC AGGACGAGAAATTCGGATTTCAGAACATGGGATCCGGGT TTTTCACCGATTGGGTCAACCCGACGGATCTTGATTCAGT TTCCGAATTTGGGTCGGGTTGCCAAACCCAAGGGATGGT GAATTATGATTGTAATGACTTATTTGTCCCTTCTGTGCCGC CCTTCGGCCACAGCCATGTAAACTACATGGTGGGGGCAC CACCGTCCGAGGAGGAGGTTCAAAGCGGTGTGAGGACT CAACAGGCCGATGGGGCCGCATGTTTTCAGCAGAACCC AAATGCCCGATTGTTACCGGGCTCGGGCGACCCATTTGG GTTTGGGTTCATCATGGGTCAGCAAGTTGAGTTCGGGTT TAGGGACTGA MGVPERDPLAQLS LPPGFRFYPTDEEL LVQYLCRKVAGHH FSLPIIAEVDLYKF DPWVLPGKAAFG EKEWYFFSPRDRK YPNGSRPNRVAGS GYWKATGTDKIIT TEGRKVGIKKALV FYVGKAPKGSKTN WIMHEYRLLDSSR KHNLGTAKLDDW VLCRIYKKNSSAQ KVEANLLAMECS NGSSPSSSSHVDD MLESLPEIDDRCFT LPRVNSVRTMQQQ DEKFGFQNMGSGF FTDWVNPTDLDSV SEFGSGCQTQGMV NYDCNDLFVPSVP PFGHSHVNYMVG APPSEEEVQSGVR TQQADGAACFQQ NPNARLLPGSGDP FGFGFIMGQQVEF GFRD* Vùng TRR ở đầu C- của GmNAC085 AACTCAAGTGCGCAAAAGGTTGAGGCAAATCTTTTGGCT ATGGAATGTAGCAATGGGTCATCACCTTCTTCATCGTCCC ACGTGGACGACATGCTGGAATCGTTGCCGGAGATCGATG ATCGGTGCTTCACCCTGCCGCGAGTGAACTCAGTCAGAA CAATGCAGCAGCAGGACGAGAAATTCGGATTTCAGAAC ATGGGATCCGGGTTTTTCACCGATTGGGTCAACCCGACG GATCTTGATTCAGTTTCCGAATTTGGGTCGGGTTGCCAA ACCCAAGGGATGGTGAATTATGATTGTAATGACTTATTTG TCCCTTCTGTGCCGCCCTTCGGCCACAGCCATGTAAACT ACATGGTGGGGGCACCACCGTCCGAGGAGGAGGTTCAA AGCGGTGTGAGGACTCAACAGGCCGATGGGGCCGCATG TTTTCAGCAGAACCCAAATGCCCGATTGTTACCGGGCTC GGGCGACCCATTTGGGTTTGGGTTCATCATGGGTCAGCA AGTTGAGTTCGGGTTTAGGGACTGA NSSAQKVEANLLA MECSNGSSPSSSSH VDDMLESLPEIDD RCFTLPRVNSVRT MQQQDEKFGFQN MGSGFFTDWVNP TDLDSVSEFGSGC QTQGMVNYDCND LFVPSVPPFGHSHV NYMVGAPPSEEEV QSGVRTQQADGA ACFQQNPNARLLP GSGDPFGFGFIMG QQVEFGFRD* 140 Phụ lục hình 1. Cấu trúc vector tách dòng pKS 141 Phụ lục hình 2. Cấu trúc vector pGBKT7 sử dụng cho phân tích khả năng hoạt động phiên mã của GmNAC085 trong nấm men 142 Phụ lục hình 3. Cấu trúc vector biểu hiện pGKX được xây dựng dựa trên nền vector pGreenII 143 Phụ lục hình 4. Kết quả PCR kiểm tra sản phẩm gắn đoạn gen GmNAC085 vào vector biểu hiện pGKX Chú thích: M, thang chuẩn 1 kb ladder; 1-6, các khuẩn lạc; (-), đối chứng âm
File đính kèm:
- luan_an_nghien_cuu_vai_tro_cua_cac_yeu_to_phien_ma_nac_dap_u.pdf
- Nguyễn Hữu Kiên_Thong tin ve nhung ket luan moi cua luan an Tien si (TV và EN).pdf
- Nguyễn Hữu Kiên_THÔNG TIN VỀ NHỮNG KẾT LUẬN MỚI CỦA LUẬN ÁN TIẾN SĨ.docx
- Nguyễn Hữu Kiên_Tóm tắt luận án EN.pdf
- Nguyễn Hữu Kiên_Tóm tắt luận án TV.pdf