Luận án Tính kháng thuốc oseltamivir của virut cúm a lưu hành tại miền bắc Việt Nam, 2001 – 2012

i 
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ 
VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG 
-----------------*------------------- 
HOÀNG VŨ MAI PHƯƠNG 
TÍNH KHÁNG THUỐC OSELTAMIVIR 
CỦA VIRUT CÚM A LƯU HÀNH 
TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM, 2001 – 2012 
LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y HỌC 
HÀ NỘI – 2014 
ii 
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ 
VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG 
-----------------*------------------- 
HOÀNG VŨ MAI PHƯƠNG 
TÍNH KHÁNG THUỐC OSELTAMIVIR 
CỦA VIRUT CÚM A LƯU HÀNH 
TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM, 2001 – 2012 
 Chuyên ngành: Vi sinh Y học 
 Mã số : 62.72.01.15 
LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y HỌC 
Người hướng dẫn khoa học: 
 1. GS.TS. Đặng Đức Anh 
 2. PGS.TS. Lê Thị Quỳnh Mai 
HÀ NỘI – 2014 
iii 
LỜI CAM ĐOAN 
Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi. 
Các số liệu, kết quả trong luận văn là trung thực và chưa từng được ai công bố trong 
bất kỳ công trình nào khác. 
NGHIÊN CỨU SINH 
Hoàng Vũ Mai Phương 
iv 
LỜI CẢM ƠN 
Để hoàn thành luận văn này, tôi xin trân trọng cảm ơn: 
 Khoa Đào tạo và Quản lý khoa học, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung Ương. 
 Ban Giám đốc, Ban Chủ nhiệm Khoa Virút, Viện Vệ sinh Dịch tễ 
Trung Ương. 
 Đã tạo điều khiện tốt nhất, giúp đỡ tôi trong suốt quá trình học tập và nghiên cứu. 
 Tôi xin gửi lời cảm ơn đặc biệt đến GS.TS Đặng Đức Anh, người đã tạo điều kiện 
cho tôi đến với chuyên ngành vi rút, cho tôi những lời khuyên hữu ích, sự động viên và 
lòng nhiệt tình trong suốt quá trình nghiên cứu và hoàn thành luận văn. Tôi xin gửi 
lòng biết ơn sâu sắc tới PGS.TS. Lê Thị Quỳnh Mai, người đã tận tình dìu dắt giúp 
đỡ tôi từ những ngày đầu tiên bước chân vào lĩnh vực vi rút học, truyền đạt những 
kinh nghiệm quý báu và luôn khuyến khích tôi bước về phía trước, tiếp cận với những 
kiến thức nâng cao và mở rộng để tôi có thể hoàn thành luận văn này. 
 Tôi xin trân trọng cảm ơn TS. Nguyễn Lê Khánh Hằng, Ths Nguyễn Cơ 
Thạch, Ths Lê Thị Thanh, CN Phạm Thị Hiền cùng các bạn đồng nghiệp công tác 
tại Phòng thí nghiệm Cúm - Khoa Vi rút - Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung Ương đã 
nhiệt tình giúp đỡ và ủng hộ tôi trong suốt quá trình hoàn thành luận văn. 
 Tôi xin chân thành cảm ơn sự tài trợ của Trung tâm Cúm thuộc Viện sức 
khỏe Hàn Quốc (KNIH )trong suốt quá trình nghiên cứu. 
 Tôi xin chân thành cảm ơn TS Mendi Jamsran, TS Aeron Hurt, chuyên viên 
của Tổ chức Y tế Thế giới, cho những hỗ trợ kỹ thuật ban đầu của nghiên cứu. 
 Tôi xin gửi tặng Gia đình, bạn bè và những người thân trong gia đình đã hết 
lòng giúp đỡ, động viên tôi trên con đường sự nghiệp khoa học để tôi đạt được thành 
quả ngày hôm nay. 
Hà nội, ngày 22 tháng 10 năm 2013 
HOÀNG VŨ MAI PHƯƠNG 
v 
MỤC LỤC 
Trang phụ bìa .................................................................................................... i 
Lời cam đoan ..................................................................................................... ii 
Lời cảm ơn......................................................................................................... iii 
Mục lục .............................................................................................................. iv 
Chữ viết tắt ........................................................................................................ vii 
Danh mục bảng ................................................................................................. viii 
Danh mục hình, biểu đồ, sơ đồ ......................................................................... ix 
ĐẶT VẤN ĐỀ .................................................................................................... 1 
CHƯƠNG I – TỔNG QUAN ............................................................................ 4 
1.1. Vi rút cúm A ............................................................................................... 4 
1.1.1. Cấu tạo chung và hệ gen của vi rút cúm A ................................................. 4 
1.1.2. Cơ chế nhân lên của vi rút cúm A .............................................................. 11 
1.1.3. Thay đổi nhỏ và thay đổi lớn trong hệ gen của vi rút cúm A ...................... 13 
1.1.4. Sự trao đổi và tích hợp trong hệ gen của vi rút cúm A ............................... 15 
1.1.5. Khả năng gây bệnh của vi rút cúm ............................................................. 16 
1.1.6. Tiến hóa của vi rút cúm A ......................................................................... 17 
1.2. Phòng và điều trị cúm A ............................................................................ 18 
1.2.1. Văc xin phòng cúm ................................................................................... 18 
1.2.2. Thuốc điều trị vi rút cúm A ....................................................................... 20 
1.2.3. Các thuốc kháng vi rút mới ....................................................................... 23 
1.3. Tình hình kháng thuốc của vi rút cúm A với thuốc kháng vi rút ............ 25 
1.3.1. Tình hình kháng thuốc của vi rút cúm với thuốc amantadine ..................... 25 
1.3.2. Tình hình kháng thuốc của vi rút cúm với thuốc oseltamivir...................... 26 
1.4. Kỹ thuật áp dụng trong quá trình xác định tính kháng thuốc của vi rút cúm A ...... 27 
vi 
1.4.1. Nguyên nhân của hiện tượng kháng thuốc ................................................. 27 
1.4.2. Các kỹ thuật được áp dụng trong giám sát sự kháng thuốc thông qua sự 
thay đổi vật liệu di truyền của vi rút cúm ........................................................... 28 
1.4.3. Kỹ thuật xác định mức độ kháng oseltamivir dựa trên hoạt động của 
neuraminidase ..................................................................................................... 32 
1.4.4. Giám sát sự kháng thuốc vi rút cúm........................................................... 34 
CHƯƠNG II - ĐỐI TƯỢNG, VẬT LIỆU 
VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .............................................................. 37 
2.1. Đối tượng nghiên cứu ................................................................................. 37 
2.2. Phương pháp nghiên cứu ........................................................................... 37 
2.3. Vật liệu và kỹ thuật xét nghiệm ................................................................. 38 
2.3.1. Vật liệu ..................................................................................................... 38 
2.3.2. Kỹ thuật xét nghiệm .................................................................................. 42 
2.4. Phân tích số liệu.......................................................................................... 51 
CHƯƠNG III – KẾT QUẢ ............................................................................... 53 
3.1. Các vi rút cúm A thu thập trong giai đoạn từ 2001 – 2012 ............................ 53 
3.2. Xác định giá trị IC50 ngưỡng của các phân típ vi rút cúm A .......................... 54 
3.3. Sự tương tác của oseltamivir với các vi rút cúm A ....................................... 60 
3.4. Vị trí đột biến trên protein NA của các chủng cúm A liên quan đến kháng 
 thuốc oseltamivir .............................................................................................. 65 
3.5. Tỉ lệ các chủng vi rút cúm A kháng oseltamivir tại miền Bắc Việt Nam, 
2001-2012 .......................................................................................................... 69 
3.6. Sự tương đồng về gen HA và NA giữa các vi rút cúm A có biểu hiện giảm độ 
nhạy oseltamivir với các vi rút cùng phân típ lưu hành trong giai đoạn 
nghiên cứu .......................................................................................................... 72 
vii 
CHƯƠNG IV – BÀN LUẬN............................................................................. 86 
4.1. Sự lưu hành của các vi rút cúm A trong khoảng thời gian nghiên cứu .......... 86 
4.2. Mức độ và tỉ lệ các vi rút cúm A giảm độ nhạy cảm với oseltamivir thông 
qua giá trị ức chế 50% (IC50) ............................................................................... 88 
4.3. Sự liên quan của các đột biến trên gen NAvới quá trình kháng thuốc 
oseltamivir của các chủng cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam ..................... 94 
4.4. Sự liên quan về mặt di truyền học của các chủng vi rút A mang gen đột biến 
và các vi rút cúm A lưu hành cùng thời gian. ...................................................... 98 
KẾT LUẬN ....................................................................................................... 101 
KIẾN NGHỊ ...................................................................................................... 103 
DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH CỦA TÁC GIẢ ĐÃ CÔNG BỐ CÓ LIÊN 
QUAN ĐẾN LUẬN ÁN 
TÀI LIỆU THAM KHẢO 
PHỤ LỤC 
viii 
CHỮ VIẾT TẮT 
ABI Applied Biosystems 
APHL 
Association of Public Health Laboratories 
(Tổ chức của các PTN trong hệ thống Y tế Cộng đồng) 
ATSH An Toàn Sinh Học 
DNA Deoxiribonucleic Acid 
GISRS 
Global Influenza Surveillance and Response System 
(Hệ thống phản ứng và giám sát cúm toàn cầu) 
IC50 Inhibition Concentration 50% (Nồng độ ức chế 50% vi rút) 
IQR Interquartile Range (Khoảng liên tứ phân vị) 
ISIRV-AVG 
International Society for Influenza and other Respiratory 
Virus Diseases – Antiviral Group (Hiệp hội quốc tế về 
cúm và các vi rút gây bệnh đường hô hấp khác – Nhóm 
nghiên cứu thuốc kháng vi rút) 
Kb Kilobase 
NAI Neuraminidase Inhibition (Ức chế neuraminidase) 
NIID 
National Institute of Infectious Diseases - Japan 
(Viện các bệnh truyền nhiễm quốc gia – Nhật Bản) 
PCR Polymerase Chain Reaction 
pdm Pandemic 
PTN Phòng Thí Nghiệm 
RNA Ribonucleic Acid 
RT-PCR Reverse transcription-polymerase chain reaction 
SOP Standard Operating Procedure (Quy trình chuẩn) 
TCYTTG Tổ chức Y tế Thế giới 
US-CDC 
United States- Centers for Disease Control and Prevention 
(Trung tâm kiểm soát bệnh dịch Hoa Kỳ) 
WHO World Health Organization (Tổ chức Y tế Thế giới) 
ix 
DANH MỤC BẢNG 
Bảng Tên bảng Trang 
1.1. Các phân đoạn gen của vi rút cúm A ............................................................ 6 
3.1. Phân bố theo năm các phân típ virut cúm A sử dụng trong nghiên cứu .........53 
3.2. Giá trị trung bình của các phân típ cúm A thực hiện trong nghiên cứu 
và giá trị IC50 của các vi rút trong bộ chứng chuẩn ................................ 56 
3.3. Giá trị IC50 của các chủng A/H1N1 kháng oseltamivir năm 2008 và 
2009 .............................................................................................................60 
3.4. Giá trị IC50 của các chủng A/H1N1pdm09 kháng oseltamivir năm 
2009 và 2011 ................................................................................................61 
3.5. Giá trị IC50 của các chủng A/H3N2 từ năm 2003 đến 2012 ...........................62 
3.6. Giá trị IC50 của các chủng A/H5N1 năm 2005 và 2008 ................................62 
3.7. Kết quả phân loại mức độ giảm độ nhạy của vi rút cúm A với 
oseltamivir................................................................................................64 
3.8. Mức độ giảm nhạy cảm của vi rút cúm với oseltamivir và các điểm 
đột biến ........................................................................................................70 
3.9. Tỉ lệ kháng oseltamivir của các chủng vi rút cúm A trong nghiên cứu 
dựa trên hai phương pháp (ức chế neuraminidase và giải trình tự gen) ..........71 
x 
DANH MỤC HÌNH VẼ, SƠ ĐỒ, BIỂU ĐỒ 
Hình Tên hình Trang 
1.1. Cấu trúc vi rút cúm ....................................................................................... 4 
1.2. Hình ảnh vi rút cúm ...................................................................................... 4 
1.3. Sự tham gia của các polymerase vào quá trình sao mã của vi rút cúm ...........10 
1.4. Cấu trúc ribonucleoprotein của vi rút cúm ....................................................10 
1.5. Cơ chế nhân lên của vi rút và cơ chế tác dụng của thuốc kháng vi rút ...........12 
1.6. Cấu trúc và cơ chế tác dụng của amantadine và rimantadine ........................21 
1.7. Cấu trúc của oseltamivir và zanamivir ..........................................................22 
1.8. Cơ chế hoạt động của neuraminidase và chất ức chế neuraminidase 
trong quá trình giải phóng vi-rút ra khỏi tế bào .............................................23 
2.1. Thang chỉ thị phân tử chuẩn 1 kb Invitrogen ................................................50 
3.1. Đột biến tại vị trí 275 trên protein NA của các chủng cúm A/H1N1 .............66 
3.2. Đột biến tại vị trí 275 trên protein NA của các chủng cúm 
A/H1N1pdm09 .............................................................................................67 
3.3. Đột biến tại vị trí 117 trên protein NA của các chủng cúm A/H5N1 ..............68 
3.4. Đột biến tại vị trí 275 trên protein NA của các chủng cúm A/H5N1 ..............69 
3.5. Cây gia hệ gen HA các chủng cúm A/H1N1, 2001-2009 ..............................74 
3.6. Cây gia hệ phân đoạn gen mã hóa HA các chủng cúm A/H1N1 – 
nhóm 2, 2001-2009 .......................................................................................75 
3.7. Cây gia hệ gen NA các chủng cúm A/H1N1, 2001-2009 ..............................76 
3.8. Cây gia hệ phân đoạn gen mã hóa NA các chủng cúm A/H1N1- nhóm 
2, 2001-2009 ................................................................................................77 
3.9. Cây gia hệ gen HA các chủng cúm A/H1N1pdm09 ................................79 
3.10. Cây gia hệ gen NA các chủng cúm A/H1N1pdm09 ................................80 
3.11. Cây gia hệ gen HA các chủng cúm A/H5N1 .................................................83 
xi 
3.12. Cây gia hệ gen HA các chủng cúm A/H5N1 clade 1 ................................84 
3.13. Cây gia hệ gen HA các chủng cúm A/H5N1 clade 2.3.4 ...............................84 
Sơ đồ Tên sơ đồ Trang 
2.1. Quá trình phân lập vi rút cúm ................................................................ 43 
2.2. Quá trình xác định giá trị ức chế 50% của oseltamivir với vi rút cúm ..........45 
Biểu đồ Tên biểu đồ Trang 
3.1. Sự phân bố giá trị IC50 của toàn bộ các chủng cúm A, 2001-2012 .................55 
3.2. Độ tập trung của các giá trị IC50 của các chủng A/H1N1 trong nghiên 
cứu ...............................................................................................................
57 
3.3. Độ tập trung của các giá trị IC50 của các chủng A/H1N1pdm09 trong 
nghiên cứu ................................................................................................
58 
3.4. Độ tập trung của các giá trị IC50 của các chủng A/H3N2 trong nghiên 
cứu ...............................................................................................................58 
3.5. Độ tập trung của các giá trị IC50 của các chủng H5N1 trong nghiên 
cứu  ... lymeric forms of NP". Virol J, 5, pp. 
37. 
86. Rameix-Welti M. A., A. F., Buchy P., Mardy S., Aubin J. T., Veron M., van 
der Werf S. , Naffakh N.,. (2006), "Natural Variation Can Significantly Alter 
 the Sensitivity of Influenza A (H5N1) Viruses to Oseltamivir". Antimicrobial 
Agents and Chemotherapy, 50(11), pp. 3809–3815. 
87. Reddy D. (2010), "Responding to pandemic (H1N1) 2009 influenza: the role 
of oseltamivir". J Antimicrob Chemother, 65(Suppl 2), pp. ii35–40. 
88. Ronaghi M. (2011), "Pyrosequencing Sheds Light on DNA Sequencing". 
Genome Res., 11, pp. 3-11. 
89. Saito R., et al. (2007), "High prevalence of amantadine-resistance influenza a 
(H3N2) in six prefectures, Japan, in the 2005-2006 season". J Med Virol, 
79(10), pp. 1569-76. 
90. Samaan, G., M. McPherson, and J. Partridge. (2013), "A review of the 
evidence to support influenza vaccine introduction in countries and areas of 
WHO's Western Pacific Region". PLoS One, 8(7), pp. e70003. 
91. Samuel B. Graitcer, L. G., Laurie Kamimoto, Saumil Doshi et al.,. (2011), 
"Characteristics of Patients with Oseltamivir- Resistant Pandemic (H1N1) 
2009, United States". Emerging Infectious Diseases, 17(2), pp. 255. 
92. Sandbulte M. R., et al. (2011), "Discordant antigenic drift of neuraminidase 
and hemagglutinin in H1N1 and H3N2 influenza viruses". Proc Natl Acad 
Sci U S A, 108(51), pp. 20748-53. 
93. Sanger F., C. A. R. (1975), "A rapid method for determining sequences in 
DNA by primed synthesis with DNA polymerase". Journal of Molecular 
Biology, 94(3), pp. 441-446. 
94. Shih C., A., Hsiao T., Ho M., LiW.,. (2007), "Simultaneous amino acid 
substitutions at antigenic sites drive influenza A hemagglutinin evolution". 
PNAS, 105(15), pp. 6283-6288. 
95. Sims L. D., E. T. M., Liu K. K., et.al. (2003), "Avian influenza in Hong 
Kong 1997-2002". Avian Diseases, 47(3), pp. 832-838. 
96. Sleeman, K., et al. (2013), "R292K substitution and drug susceptibility of 
influenza A(H7N9) viruses". Emerg Infect Dis, 19(9), pp. 1521-4. 
 97. Smith D. J., et al. (2004), "Mapping the antigenic and genetic evolution of 
influenza virus". Science, 305(5682), pp. 371-6. 
98. Smith G. J., et al. (2009), "Origins and evolutionary genomics of the 2009 
swine-origin H1N1 influenza A epidemic". Nature, 459(7250), pp. 1122-5. 
99. Subbarao EK, L. W., Murphy BR. (1993), "A single amino acid in the PB2 
gene of influenza A virus is a determinant of host range". J Virol., 67(4), pp. 
1761-1764. 
100. Suki Man-Yan Lee, H.-L. Y. (2012), "Targeting the host or the virus Current 
and novel concepts for antiviral approaches against influenza virus 
infection". Antiviral Research, 96, pp. 391-404. 
101. Suzuki Y., S. R., Sato I., Zaraket H., Nishikawa M., Tamura T., Dapat C., 
Caperig-Dapat I., Baranovich T., Suzuki T., Suzuki H.,. (2011), 
"Identification of oseltamivir resistance among pandemic and seasonal 
influenza A (H1N1) viruses by an His275Tyr genotyping assay using the 
cycling probe method". J.Clin.Microbiol., 49(1), pp. 125-130. 
102. Takano R, K. M., Igarashi M, Le QM, Sekijima M, Ito K, Takada A, 
Kawaoka Y.,. (2013), "Molecular mechanisms underlying oseltamivir 
resistance mediated by an I117V substitution in the neuraminidase of 
subtype H5N1 avian influenza A viruses". J Infect Dis., 207(1), pp. 89-97. 
103. Tamura D., M. K., Yamazaki M., Fujino M., et al.,. (2009), "Oseltamivir-
Resistant Influenza A Viruses Circulating in Japan". J. Clin. Microbiol., 
47(5), pp. 1424-1427. 
104. Tashiro M., et al. (2009), "Surveillance for neuraminidase-inhibitor-resistant 
influenza viruses in Japan, 1996-2007". Antivir Ther, 14(6), pp. 751-61. 
105. Tong S., et al. (2012), "A distinct lineage of influenza A virus from bats". 
Proc Natl Acad Sci U S A, 109(11), pp. 4269-74. 
106. Vuong D. C., Hoang V. M. P., Nguyen L. K. H., et al. (2012), "The genetic 
match between vaccine strains and circulating seasonal influenza A viruses 
 in Vietnam, 2001–2009". Influenza and Other Respiratory Viruses, 
DOI:10.1111/irv.12038. 
107. Wallace R. G., et al. (2007), "A statistical phylogeography of influenza A 
H5N1". Proc Natl Acad Sci U S A, 104(11), pp. 4473-8. 
108. Walter M. B., I. M., Pamela K. Y., Frances MD G., Adolfo G., Noelia M., 
Daniel R P., Ana S G.-R., Brent S S. (2013), "Influenza A(H1N1)pdm09 
virus infection in marine mammals in California". Emerging Microbes and 
Infections, 2(e40), pp. doi:10.1038. 
109. Wang M., Q. J., Liu Y., Vavricka C. J., Wu Y., Li Q., Gao F. G.,. (2011), 
"Influenza A Virus N5 Neuraminidase Has an Extended 150-Cavity ". 
Journal of Virology, 85(16), pp. 8431-8435. 
110. WHO. (2009), "Influenza A(H1N1) virus resistance to oseltamivir - 
2008/2009 influenza season, northern hemisphere". 
111. WHO. (2011), "Manual for the laboratory diagnosis and virological 
surveillance of influenza". pp. 103-114. 
112. WHO. (2012), "Laboratory methodologies for testing the antiviral 
susceptibility of influenza viruses: Neuraminidase inhibitor (NAI) 
Genotyping: molecular-based assays". 
113. WHO. (2012), "Laboratory methodologies for testing the antiviral 
susceptibility of influenza viruses: Neuraminidase inhibitor (NAI) 
Phenotyping: neuraminidase inhibition assays". 
114. WHO. (2012), "Weekly epidemiological record". 39(87), pp. 369-380. 
115. WHO. (2013), Cumulative number of confirmed human cases for avian 
influenza A(H5N1) reported to WHO, 2003-2013. 
umulativeNumberH5N1cases.pdf. 
116. WHO. (2013), Number of confirmed human cases of avian influenza 
A(H7N9) reported to WHO. 
eportWebH7N9Number.pdf. 
117. WHO. (2013), Vaccines.  
118. Wright P. F., N. G., Kawaoka Y.,, (2007), Orthomyxoviridae, in Field's 
Virology,5th David M. Knipe, P.M.H., Editor, Lippincott Williams & 
Wilkins: Philadelphia. pp. 1713-1716. 
119. Yang J., L. Y., Huang Y., Su C., Lo J. , Ho Y., Yao C., Hsu L., Wu H., Liu 
M.,. (2011), "Reassortment and Mutations Associated with Emergence and 
Spread of Oseltamivir-Resistant Seasonal Influenza A/H1N1 Viruses in 
2005–2009". PLoS ONE, 6(3), pp. e18177. 
120. Yi P. L., X. X., Wharton A. S., Martin R. S., et al.,. (2013), "Evolution of 
the receptor binding properties of theinfluenza A(H3N2) hemagglutinin". 
PNAS, 110(7), pp. 2677-2683. 
121. Zambon, M. (2011), "Assessment of the burden of influenza in children". 
Lancet, 378(9807), pp. 1897-8. 
122. Zambon M., P. C., (2009), Influenza, in Clinical Virology,6th al., A.J.Z.e., 
Editor, John Wiley&Sons: Sussex. 
123. Zhao D., L. L., Li Y., Jiang Y., Liu L, et al.,. (2012), "Phylogenetic and 
Pathogenic Analyses of Avian Influenza A H5N1 Viruses Isolated from 
Poultry in Vietnam". PLoS ONE, 7(11), pp. e50959. doi:10.1371. 
PHỤ LỤC 1 
1. Hình ảnh minh họa các bước thực hiện thử nghiệm ức chế neuraminidase 
1.1 Xác định độ hoạt động của neuraminidase 
1.1.1 Hoạt động của neuraminidase qua máy đọc Victor X2 
1.1.2 Biểu đồ thể hiện sự hoạt động của neuraminidase và mức độ pha loãng 
của mỗi vi rút cúm 
 1.2 Thử nghiệm ức chế neuraminidase 
1.2.1 Kết quả ban đầu qua máy đọc Victor X2 
1.2.2 Giá trị IC50 của các phân típ vi rút cúm A thông thường 
 Stt A/H1N1 (nM) 
A/H1N1pdm09 
(nM) 
A/H3N2 
(nM) 
A/H5N1 
(nM) 
1 0.16 0.37 0.34 1.3 
2 0.37 0.19 0.05 0.13 
3 0.24 0.08 0.18 1.2 
4 0.35 0.24 0.01 0.3 
5 0.21 0.02 0.01 0.56 
6 0.34 0.1 0.25 0.94 
7 0.4 0.13 0.52 0.79 
8 0.16 0.09 0.31 2.36 
9 0.31 0.06 0.11 4.55 
10 0.2 0.12 0.08 1.75 
11 0.48 0.09 0.07 4.16 
12 1.03 0.12 0.18 1.83 
13 0.25 0.11 0.17 7.27 
14 0.4 0.06 0.04 7.3 
15 0.26 0.29 0.04 3.41 
16 0.33 0.45 0.24 8.98 
17 0.45 0.05 0.02 2.65 
18 0.45 0.32 0.05 6.3 
19 0.12 0.16 0.07 0.45 
20 0.13 0.29 0.35 3.65 
21 0.33 0.08 0.99 2.01 
22 0.64 0.12 0.02 
23 0.25 0.15 0.07 
24 0.96 0.07 0.59 
25 1.18 0.14 0.27 
26 1.03 0.18 0.04 
27 1.35 0.21 0.22 
28 0.1 0.24 
29 0.12 0.53 
30 0.17 0.39 
31 0.12 0.18 
32 0.1 0.31 
33 1.51 0.02 
34 0.17 0.20 
35 0.09 0.03 
1.2.3 Biểu đồ thể hiện mức độ kháng thuốc của vi rút bằng phần mềm JASPR 
A/H1N1 
A/H1N1pdm09 
A/H3N2 
A/H5N1 
Chủng chứng 
 2. Các vị trí đột biến trên protein NA chủng A/H1N1, A/H1N1pdm09 và 
A/H5N1 được xác định sau khi giải trình tự gen của các chủng vi rút trong 
nghiên cứu 
Vi-rút cúm A/H1N1 
Tên chủng 
Đột biến trên protein NA (Vị trí axit amin*) 
Q137K Y156H I223V S247G H275Y 
2008 
A/Vietnam/TX285/08 - - - - 
A/Vietnam/TB289/08 - - - - 
A/Vietnam/TX200/08 - - - - 
A/Vietnam/TX233/08 - - - - 
A/Vietnam/BT241/08 - - - - 
A/Vietnam/LS324/08 - - - - 
2009 
A/Vietnam/32036/09 - - - - 
A/Vietnam/E197/09 - - - - 
A/Vietnam/Q271/09 - - - - 
A/Vietnam/31808/09 - - - - 
A/Vietnam/34381/09 - - - - 
A/Vietnam/N116/09 - - - - 
Vi rút cúm A/H1N1pdm09 
Tên chủng 
Đột biến trên protein NA (Vị trí axit amin*) 
I223M I223K S247N H275Y 
Q313K 
vàI427T 
2009 
A/Vietnam/32023/09 - - -  - 
A/Vietnam/32043/09 - - -  - 
A/Vietnam/32047/09 - - -  - 
A/Vietnam/32060/09 - - -  - 
A/Vietnam/32067/09 - - -  - 
A/Vietnam/32081/09 - - -  - 
A/Vietnam/32085/09 - - -  - 
A/Vietnam/33419/09 - - -  - 
2011 A/Vietnam/36530/11 - - -  - 
Vi rút cúm A/H5N1 
Tên chủng Đột biến trên protein NA (Vị trí axit amin*) 
 I117V Q136L V149A D199G S247N H275Y N295S 
2003 A/Vietnam/UT3030/03 - - - - - - - 
2004 
A/Vietnam/1203/04 - - - - - - - 
 A/Vietnam/1194/04 - - - - - - - 
 A/Vietnam/3062/04 - - - - - - - 
 A/Vietnam/JP178/04 - - - - - - - 
2005 
A/Vietnam/JP14/05 - - - - - - - 
 A/Vietnam/JP4207/05 - - - - - - - 
A/VietNam/HN30408/05 - - - - -  - 
2007 
A/Vietnam/HN31203/07 - - - - - - - 
A/Vietnam/HN31209/07  - - - - - - 
A/Vietnam/HN31242/07 - - - - - - - 
A/Vietnam/HN31244/07 - - - - - - - 
A/Vietnam/HN31312/07 - - - - - - - 
A/Vietnam/HN31323/07 - - - - - - - 
A/Vietnam/HN31239/07 - - - - - - - 
A/Vietnam/HN31388/07 - - - - - - - 
2008 
A/Vietnam/HN31394/08 - - - - - - - 
A/Vietnam/HN31412/08  - - - - - - 
A/Vietnam/HN31432M/08 - - - - - - - 
A/Vietnam/HN31413/08  - - - - - - 
A/Vietnam/HN31461/08 - - - - - - - 
2009 
A/Vietnam/HN31641/09 - - - - - - - 
A/Vietnam/HN31604/09 - - - - - - - 
A/Vietnam/HN31633/09 - - - - - - - 
A/Vietnam/HN31673/09 - - - - - - - 
2010 
A/Vietnam/HN36250/10 - - - - - - - 
A/Vietnam/HN36282/10 - - - - - - - 
A/Vietnam/HN36285/10 - - - - - - - 
 3. Mã số các trình tự gen mã hóa HA và NA của các chủng vi rút cúm A/H1N1, 
A/H1N1pdm09 và A/H5N1 trên Ngân hàng dữ liệu DNA NCBI (National 
Center for Biotechnology Information – US National Library of Medicine) 
3.1 Mã số các trình tự gen mã hóa HA và NA của các chủng vi rút cúm 
A/H1N1 
STT Tên chủng Mã số đăng ký 
Gen HA Gen NA 
1 A/HaNoi/2017/2001 CY103972 CY103974 
2 A/HaNoi/2143/2001 CY104686 CY104688 
3 A/HaNoi/2253/2001 CY103980 CY103982 
4 A/HaNoi/2476/2001 CY103988 CY103990 
5 A/HaNoi/2480/2001 CY104694 CY104696 
6 A/HaNoi/2532/2001 CY103996 CY103998 
7 A/HaNoi/2546/2002 CY104004 CY104006 
8 A/HaNoi/2704/2002 CY104012 CY104014 
9 A/HaNoi/ARI36/2003 CY104702 CY104704 
10 A/HaNoi/BM857/2003 CY105222 CY105224 
11 A/HaNoi/BM862/2003 CY105230 CY105232 
12 A/HaNoi/BM870/2003 CY104710 CY104712 
13 A/HaNoi/BM893/2003 CY104718 CY104720 
14 A/HaNoi/BM898/2003 CY104020 CY104022 
15 A/HaNoi/BM902/2003 CY104726 CY104728 
16 A/HaNoi/BM910/2003 CY104734 CY104736 
17 A/HaNoi/BM945/2003 CY104742 CY104744 
18 A/HaNoi/BM949/2003 CY104028 CY104030 
19 A/HaNoi/BM959/2003 CY104750 CY104752 
20 A/HaNoi/BT241/2008 CY104870 CY104872 
21 A/HaNoi/HN1004/2003 CY104036 CY104038 
22 A/HaNoi/HN1017/2003 CY104758 CY104760 
23 A/HaNoi/HN1024/2003 CY104044 CY104046 
24 A/HaNoi/HN337/2003 CY104766 CY104768 
25 A/HaNoi/Q421/2006 CY105118 CY105120 
26 A/HaNoi/Q555/2006 CY104838 CY104840 
27 A/HaNoi/Q580/2006 CY104846 CY104848 
28 A/HaNoi/Q591/2006 CY104284 CY104286 
31 A/HaNoi/N229/2008 CY104292 CY104294 
32 A/HaNoi/TX200/2008 CY105134 CY105136 
33 A/HaNoi/TX233/2008 CY105142 CY105144 
 3.2 Mã số các trình tự gen mã hóa HA và NA của các chủng vi rút cúm 
A/H1N1pdm09 
STT Tên chủng 
Mã số đăng ký 
Gen HA Gen NA 
1 A/Viet Nam/001-1020/2009 CY128467 CY128469 
2 A/Viet Nam/001-1424/2009 CY128435 CY128437 
3 A/Viet Nam/001-1716/2009 CY128443 CY128445 
4 A/Viet Nam/001-1880/2009 CY128451 CY128453 
5 A/Viet Nam/001-1889/2009 CY128459 CY128461 
6 A/Viet Nam/001-1890/2009 CY128064 CY128066 
7 A/Viet Nam/11032002/2009 CY128371 CY128050 
8 A/Viet Nam/11032006/2009 CY128379 CY128381 
9 A/Viet Nam/11032010/2009 CY128387 CY128389 
10 A/Viet Nam/11032011/2009 CY128054 CY128056 
11 A/Viet Nam/11032016/2009 CY128395 CY128397 
12 A/Viet Nam/11032017/2009 CY128403 CY128405 
13 A/Viet Nam/11032021/2009 CY128411 CY128413 
14 A/Viet Nam/12032001/2009 CY128419 CY128421 
15 A/Viet Nam/12032005/2009 CY128427 CY128429 
16 A/Viet Nam/13032001/2009 CY128131 CY128133 
17 A/Viet Nam/13032002/2009 CY128139 CY128141 
18 A/Viet Nam/13032008/2009 CY128147 CY128149 
19 A/Viet Nam/13032009/2009 CY128155 CY128157 
20 A/Viet Nam/13032011/2009 CY128163 CY128165 
21 A/Viet Nam/13032015/2009 CY128171 CY128173 
22 A/Viet Nam/13032016/2009 CY128179 CY128181 
23 A/Viet Nam/13032019/2009 CY128187 CY128189 
24 A/Viet Nam/13032030/2009 CY128195 CY128197 
25 A/Viet Nam/811/2009 CY128467 CY128085 
26 A/Viet Nam/817/2009 CY128435 CY128077 
27 A/Viet Nam/818/2009 CY128443 CY128093 
28 A/Viet Nam/823/2009 CY128451 CY128109 
31 A/Viet Nam/835/2009 CY128459 CY128101 
32 A/Viet Nam/841/2009 CY128064 CY128125 
33 A/Viet Nam/850/2009 CY128371 CY128117 
 3.3 Mã số các trình tự gen mã hóa HA và NA của các chủng vi rút cúm 
A/H5N1 
STT Tên chủng Mã số đăng ký 
Gen HA Gen NA 
1 A/Vietnam/UT3028/2003 HM114449 HM114451 
2 A/Vietnam/UT3030/2003 HM114465 HM114467 
3 A/Vietnam/UT3035/2003 HM114473 HM114475 
4 A/Viet Nam/1203/2004 EF541403 EF541467 
5 A/Viet Nam/3046/2004 AY651335 AY651446 
6 A/Viet Nam/JP178/2004 EF456795 EF456796 
7 A/Vietnam/1194/2004 EF541402 EF541466 
8 A/Vietnam/UT30259/2004 HM114513 HM114515 
9 A/Vietnam/UT3040/2004 HM114481 HM114483 
10 A/Vietnam/UT3062/2004 HM114505 HM114507 
11 A/Viet Nam/HN30408/2005 EF456803 EF456804 
12 A/Viet Nam/JP14/2005 EF456799 EF456801 
13 A/Viet Nam/JP4207/2005 EF456798 EF456800 
14 A/Vietnam/UT30850/2005 HM114537 HM114539 
15 A/Viet Nam/HN31242/2007 EU294369 EU294372 
16 A/Vietnam/HN31244/2007 HQ215515 HQ215516 
17 A/Vietnam/HN31388M1/2007 HM114585 HM114587 
18 A/Vietnam/UT31203A/2007 HM114545 HM114547 
19 A/Vietnam/UT31239/2007 HM114553 HM114555 
20 A/Vietnam/UT31244II/2007 HM114561 HM114563 
21 A/Vietnam/UT31312II/2007 HM114577 HM114579 
22 A/Vietnam/HN31432M/2008 HM114617 HM114619 
23 A/Vietnam/UT31394II/2008 HM114593 HM114595 
24 A/Vietnam/UT31412II/2008 HM114601 
25 A/Vietnam/UT31413II/2008 HM114609 HM114611 
 PHỤ LỤC 2 
Hình ảnh làm việc tại phòng thí nghiệm ATSH cấp 2 
 Hình ảnh làm việc tại phòng thí nghiệm ATSH cấp 3