Luận án Ứng dụng chỉ thị phân tử để nghiên cứu cải thiện tỉ lệ bạc bụng trên các giống lúa cao sản

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PHÁT TRIỂN NÔNG THÔN 
 VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM 
TRƢƠNG ÁNH PHƢƠNG 
ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ ĐỂ NGHIÊN CỨU 
CẢI THIỆN TỈ LỆ BẠC BỤNG TRÊN 
CÁC GIỐNG LÚA CAO SẢN 
(Oryza sativa L.) 
LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP 
CẦN THƠ, NĂM 2019 
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PHÁT TRIỂN NÔNG THÔN 
 VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM 
TRƢƠNG ÁNH PHƢƠNG 
ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ ĐỂ NGHIÊN CỨU 
CẢI THIỆN TỈ LỆ BẠC BỤNG TRÊN 
CÁC GIỐNG LÚA CAO SẢN 
(Oryza sativa L.) 
Chuyên ngành: Công nghệ sinh học 
Mã số: 9420201 
LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP 
NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC: 
PGS.TS. NGUYỄN THỊ NGỌC ẨN 
GS.TS. NGUYỄN THỊ LANG 
CẦN THƠ, NĂM 2019 
CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM 
Độc Lập – Tự Do – Hạnh Phúc 
----------- 
LỜI CAM ĐOAN 
Tôi xin cam đoan luận án “Ứng dụng chỉ thị phân tử để cải thiện tỉ lệ bạc bụng 
trên các giống lúa cao sản (Oryza sativa L.)” là công trình nghiên cứu của tôi với sự 
hƣớng dẫn của GS.TS. Nguyễn Thị Lang và PGS.TS. Nguyễn Thị Ngọc Ẩn. Các số 
liệu và kết quả trình bày trong luận án này là trung thực và chƣa từng đƣợc ngƣời 
khác công bố trong bất kỳ công trình nào khác. 
 TÁC GIẢ LUẬN ÁN 
 TRƢƠNG ÁNH PHƢƠNG 
LỜI CẢM ƠN 
Tôi xin trân thành cảm ơn sâu sắc đến: 
Cô GS.TS. Nguyễn Thị Lang đã dành nhiều thời gian quý báu, công sức và tận 
tình hƣớng dẫn, giúp đỡ và tạo điều kiện thuận lợi nhất cho tôi trong thời gian thực 
hiện luận án và theo học tại Viện. 
Cô PGS.TS. Nguyễn Thị Ngọc Ẩn đã nhiệt tình động viên, giúp đỡ và tạo điều 
kiện thuận lợi cho việc học tập và nghiên cứu của tôi. 
Xin đƣợc gửi lời biết ơn sâu sắc đến Ban Lãnh đạo, Quý thầy cô, anh chị em 
Bộ môn Di Truyền Chọn giống cây trồng Viện lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long; Ban 
lãnh đạo Viện nghiên cứu nông nghiệp công nghệ cao ĐBSCL đã sắp xếp công việc 
cũng nhƣ tạo điều kiện thuận lợi về thời gian và cơ sở vật chất để tôi có thể hoàn 
thành chƣơng trình học tập và luận án đúng tiến độ. 
Cuối cùng, sự thành công của luận án không thể không kể đến sự đóng góp 
không nhỏ của các thành viên trong gia đình, sự tạo điều kiện thuận lợi của Lãnh 
đạo cơ quan và các đồng nghiệp cơ quan, những ngƣời luôn ủng hộ, động viên và 
giúp tôi vƣợt qua rất nhiều khó khăn trong thời gian học tập. 
Chân thành cám ơn./. 
Cần Thơ, ngày tháng năm 2019 
Tác giả luận án 
 TRƢƠNG ÁNH PHƢƠNG 
 i 
MỤC LỤC 
Trang 
Mục lục .................................................................................................................... i 
Danh sách bảng .......................................................................................................... vi 
Danh sách hình ......................................................................................................... viii 
Danh mục từ viết tắt ................................................................................................... xi 
MỞ ĐẦU ................................................................................................................... 1 
1. Đặt vấn đề ............................................................................................................... 1 
2. Mục tiêu nghiên cứu ................................................................................................ 2 
3. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài ................................................................ 2 
3.1. Ý nghĩa khoa học ................................................................................................. 2 
3.2. Ý nghĩa thực tiễn .................................................................................................. 3 
4. Tính khoa học của đề tài ......................................................................................... 3 
5. Những đóng góp mới của đề tài .............................................................................. 3 
6. Phạm vi nghiên cứu ................................................................................................. 4 
7. Tính mới của đề tài .................................................................................................. 4 
Chƣơng 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU VÀ CƠ SỞ KHOA HỌC CỦA ĐỀ TÀI ........ 5 
1.1. Tính trạng bạc bụng trên cây lúa .......................................................................... 5 
1.1.1. Lúa chất lƣợng và tính trạng bạc bụng .............................................................. 5 
1.1.2. Các yếu tố ảnh hƣởng đến độ bạc bụng ............................................................ 8 
1.1.2.1. Ảnh hƣởng của nhiệt độ ................................................................................. 8 
1.1.2.2. Ảnh hƣởng của dinh dƣỡng .......................................................................... 11 
1.1.2.3. Ảnh hƣởng bởi thời gian thu hoạch ............................................................. 12 
 ii 
1.1.3. Bản chất di truyền tính trạng kiểm soát độ bạc bụng ...................................... 13 
1.2. Phƣơng pháp lai hồi giao trong chọn tạo giống lúa ........................................... 16 
1.2.1. Một số khái niệm trong phƣơng pháp lai hồi giao .......................................... 16 
1.2.2. Ƣu điểm của phƣơng pháp lai hồi giao ........................................................... 18 
1.2.3. Nhƣợc điểm của phƣơng pháp lai hồi giao ..................................................... 19 
1.3. Ứng dụng chỉ thị phân tử trong chọn tạo giống lúa ........................................... 19 
1.3.1. Sơ lƣợc về phƣơng pháp chọn lọc bằng chỉ thị phân tử .................................. 20 
1.3.2. Một số thành tựu của chỉ thị SSR trong chọn giống lúa ................................. 20 
1.4. Chọn tạo giống bằng phƣơng pháp lai hồi giao kết hợp với chỉ thị phân tử ...... 22 
1.4.1. Các giả thuyết mô hình MAS .......................................................................... 23 
1.4.2. Điều kiện để ứng dụng MAS ........................................................................... 24 
1.4.3. Một số nghiên cứu chọn tạo giống lúa thông qua MAS ................................. 26 
1.5. Ứng dụng công nghệ sinh học trong nghiên cứu di truyền của tính trạng 
bạc bụng ............................................................................................................ 28 
Chƣơng 2: VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ............................... 33 
2.1. Địa điểm và thời gian nghiên cứu ...................................................................... 33 
2.2. Vật liệu nghiên cứu ............................................................................................ 33 
2.3. Phƣơng pháp nghiên cứu .................................................................................... 33 
2.3.1. Nội dung 1: Chọn lọc bố mẹ cho lai tạo giống lúa có tỷ lệ bạc bụng thấp ..... 33 
2.3.1.1. Thu thập và chuẩn bị mẫu ................................................................... 33 
2.3.1.2. Đánh giá độ bạc bụng ở hạt gạo........................................................... 34 
2.3.1.3. Phân nhóm đa dạng di truyền kiểu hình ...................................................... 35 
2.3.1.4. Phƣơng pháp đánh giá kiểu gen .................................................................. 36 
 iii 
2.3.2. Nội dung 2: Chọn tạo quần thể lai hồi giao liên quan tính trạng hạt gạo ít 
bạc bụng nhờ chỉ thị phân tử ............................................................................ 38 
2.3.3. Nội dung 3: Chọn lọc các quần thể hồi giao thông qua lập bản đồ GGT ....... 39 
2.3.3.1. Kiểm tra kiểu gen của quần thể con lai trên nhiễm sắc thể số 7 dựa 
trên các chỉ thị phân tử đa hình giữa cây bố và mẹ .......................................... 39 
2.3.3.2. Lập bản đồ GGT đánh giá sự di truyền của quần thể con lai, qua đó 
chọn lọc các cá thể mang gen mục tiêu mong muốn ........................................ 39 
2.3.4. Nội dung 4: Phân tích tƣơng tác kiểu gen và môi trƣờng của các dòng lúa 
triển vọng .......................................................................................................... 41 
2.3.4.1. Phƣơng pháp bố trí thí nghiệm .................................................................... 41 
2.3.4.2. Phân tích tƣơng tác kiểu gen và môi trƣờng ............................................... 41 
2.3.5. Phƣơng pháp xử lý số liệu ............................................................................... 42 
Chƣơng 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN ...................................... 43 
3.1. Chọn lọc bố mẹ cho lai tạo giống lúa có tỷ lệ bạc bụng thấp ............................ 43 
3.1.1. Đánh giá độ bạc bụng trên các giống lúa vật liệu lai ...................................... 43 
3.1.2. Phân nhóm di truyền các giống lúa vật liệu lai dựa trên kết quả đánh giá 
cấp bạc bụng ..................................................................................................... 47 
3.1.3. Phân tích kiểu gen liên quan đến độ bạc bụng của các giống lúa vật liệu 
lai ................................................................................................................. 49 
3.1.4. Chọn bố mẹ cho lai tạo giống có độ bạc bụng thấp ........................................ 54 
3.2. Chọn tạo quần thể lai hồi giao liên quan tính trạng hạt gạo ít bạc bụng nhờ 
chỉ thị phân tử ................................................................................................... 56 
3.2.1. Kết quả lai tạo quần thể hồi giao OM3673/ RVT//OM3673 .......................... 56 
3.2.1.1. Kết quả chọn tạo quần thể hồi giao BC1 của tổ hợp 
OM3673/RVT//OM3673 .................................................................................. 56 
 iv 
3.2.1.2. Kết quả chọn tạo quần thể hồi giao BC2 của tổ hợp 
OM3673/RVT//OM3673 .................................................................................. 58 
3.2.1.3. Kết quả chọn tạo quần thể hồi giao BC3 của tổ hợp 
OM3673/RVT//OM3673 .................................................................................. 61 
3.2.2. Kết quả lai tạo quần thể hồi giao OM3673/ TLR434//OM3673 ..................... 64 
3.2.2.1. Kết quả chọn tạo quần thể hồi giao BC1 của tổ hợp 
OM3673/TLR434//OM3673 ............................................................................ 65 
3.2.2.2. Kết quả chọn tạo quần thể hồi giao BC2 của tổ hợp 
OM3673/TLR434//OM3673 ............................................................................ 68 
3.3. Chọn lọc các quần thể hồi giao thông qua lập bản đồ GGT .............................. 72 
3.3.1. Chọn lọc các cá thể BC3F3 của quần thể lai hồi OM3673/RVT//OM3673 ..... 72 
3.3.2. Chọn lọc các cá thể BC2F3 của quần thể lai hồi giao 
OM3673/TLR434//OM3673 ............................................................................ 74 
3.4. Phân tích tƣơng tác kiểu gen và môi trƣờng của các dòng lúa triển vọng ......... 76 
3.4.1. Đánh giá tƣơng tác kiểu gen và môi trƣờng của các dòng lúa triển vọng 
dựa trên năng suất trong vụ Đông Xuân 2016-2017 ........................................ 77 
3.4.2. Đánh giá tƣơng tác kiểu gen và môi trƣờng của các dòng lúa triển vọng 
dựa trên tỷ lệ gạo không bạc bụng trong vụ Đông Xuân 2016-2017 ............... 83 
3.4.3. Đánh giá tƣơng tác kiểu gen và môi trƣờng của các dòng lúa triển vọng 
dựa trên năng suất trong vụ Hè Thu 2017 ........................................................ 88 
3.4.4. Phân tích tƣơng tác kiểu gen và môi trƣờng của các dòng lúa triển vọng 
dựa trên tỷ lệ gạo không bạc bụng trong vụ Hè Thu 2017 ............................... 93 
KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ ....................................................................................... 98 
1. KẾT LUẬN .......................................................................................................... 98 
2. ĐỀ NGHỊ ............................................................................................................. 99 
 v 
TÀI LIỆU THAM KHẢO ....................................................................................... 100 
PHỤ LỤC 
 vi 
DANH SÁCH BẢNG 
TT Tên bảng Trang 
1.1 Sự tƣơng quan giữa số thế hệ BCnF1 với tỷ lệ kiểu gen của dòng triển 
vọng (nhận gen mong muốn) đƣợc đƣa vào con lai BCnF1 .............................. 25 
2.1 Tiêu chuẩn hệ thống đánh giá mẫu bạc bụng ................................................... 35 
3.1 Các giống lúa có tỉ lệ bạc bụng thấp qua đánh giá ở các thời điểm thu 
hoạch khác nhau ............................................................................................... 46 
3.2 Tỷ lệ chính xác của kiểu gen so với kiểu hình dựa trên 2 chỉ thị phân tử 
Indel5 và RM21938 .......................................................................................... 51 
3.3 Số lƣợng cá thể chọn lọc qua các thế hệ F1 đến BC3 ....................................... 56 
3.4 Cấp bạc bụng của 10 dòng triển vọng mang gen qui định tính trạng ít bạc 
bụng ................................................................................................................. 64 
3.5 Số lƣợng cá thể chọn lọc qua các thế hệ F1 đến BC2 ....................................... 65 
3.6 Cấp bạc bụng của 4 dòng triển vọng mang gen qui định tính trạng ít bạc 
bụng ................................................................................................................. 71 
3.7 Năng suất (tấn/ha) của bộ dòng lúa triển vọng tại 6 điểm vụ Đông Xuân 
2016-2017 ......................................................................................................... 79 
3.8 Các chỉ số liên quan tính ổn định và thích nghi của các dòng lúa triển 
vọng dựa trên năng suất trong vụ Đông Xuân 2016-2017 ............................... 80 
3.9 Tỉ lệ gạo không bạc bụng (%) của các dòng lúa triển vọng tại 6 vùng sinh 
thái khác nhau trong vụ Đông Xuân 2016-2017 .............................................. 84 
3.10 Các chỉ số liên quan tính ổn định và thích nghi của các dòng lúa triển 
vọng dựa trên tỉ lệ gạo không bạc bụng trong vụ Đông Xuân 2016-2017 ....... 85 
3.11 Năng suất (tấn/ha) của các dòng lúa triển vọng tại 6 điểm trong vụ Hè 
Thu 2017 ........................................................................................................... 89 
 vii 
3.12 Các chỉ số liên quan tính ổn định và thích nghi của các dòng lúa triển 
vọng dựa trên năng suất trong vụ Hè Thu 2017 ............................................... 91 
3.13 Tỉ lệ gạo không bạc bụng (%) của các dòng lúa triển vọng tại 6 vùng sinh 
thái khác nhau trong vụ Hè Thu 2017 .............................................................. 93 
3.14 Các chỉ số liên quan tính ổn định và thích nghi của các dòng lúa triển 
vọng dựa trên tỉ lệ gạo không bạc bụng trong vụ Hè Thu 2017 ....................... 94 
 viii 
DANH SÁCH HÌNH 
TT Tên hình Trang 
1.1 Mẫu so sánh hạt gạo không bạc bụng và hạt gạo bạc bụng ............................... 6 
1.2  ... nrung S, Vanavichit A, Siangliw JL, Pa-In N, Jantaboon J, 
Siangliw M, Fukai S. (2005), ―Molecular breeding for rainfed lowland rice in the 
Mekong region‖, Plant Prod Sc, 8: 330-333. 
120. Toshiaki Mitsui, Takeshi Shiraya, Kentaro Kaneko, Kaede Wada. (2013), 
―Proteomics of Rice Grain under High Temperature Stress‖, Frontiers in Plant 
Science, 4(36): 1-5. 
121. Toth B., Francia E., Rizza F., Stanca A.M., Galiba G., Pecchioni N. (2004), De 
velopment of PCR-based markers on chromosome 5H for assisted selection of frost-
tolerant genotypes in barley, Mol Breed, Published on line. 
122. Van Berloo (2008), ―GGT 2.0: Versatile software for visualization and analysis 
of genetic data J Hered‖, 99 (2): 232-236. 
123. Varavinit S, Shobsngob S, Varanyanond W, Chinachoti P, Naivikul O. (2003), 
―Effect of amylose content on gelatinization, retrogradation and pasting properties 
of flours from different cultivars of Thai rice‖. Starch-Stärke, 55:410–415. 
124. Vu HTT, Le DD, Ismail AM, Le HH. (2012), ―Marker-assisted backcrossing 
(MABC) for improved salinity tolerance in rice (Oryza sativa L.) to cope with 
climate change in Vietnam‖, Aust J Crop Sci, 6(12): 1649-1654. 
125. Xi, Z.Y., He, F.H., Zeng, R.Z., Zhang, Z.M., Ding, X.H., Li, W.T. (2008), 
―Characterization of donor genome contents of backcross progenies detected by 
SSR markers in rice‖, Euphytica, 160: 369-377. 
126. Xi M, Lin ZM, Zhang XC, Liu ZH, Li GH, Wang QS, Wang SH, Ding YF. 
(2014), ―Endosperm structure of white-belly and white-core rice grains shown by 
scanning electron microscopy‖, Plant Prod Sci, 17(4): 285–290. 
127. Yamakawa H., Ebitani T. and Terao T. (2008), Comparison between locations of 
QTLs for grain chalkiness and genes responsive to high temperature during grain 
filling on the rice chromosome map. Breeding Science, 58, pp.337-343. 
128. Yamakawa H, Hirose T, Kuroda M. Yamaguchi T (2007). Comprehensive 
expression profiling of rice grain filling-related gene under high temperature using 
DNA microarray. Plant Physiol. 144: 258-277.  
098665 
129. Yibo Li, Chuchuan F, Yongzhong X, Peng Y, Lijun L, Bao Y, Bo Peng, Weibo 
X, Gongwei Wang, Xianghua Li, Jinghua X, Caiguo X, Yuping H (2014). Chalk5 
encodes a vacuolar H
+
-translocating pyrophosphatase influencing grain chalkiness 
in rice. Nat. Genet. 46: 398- 404. 
130. Yi M, Nwe K T, Vanavichit A, Chai-arree W, Toojinda T. (2009), ―Marker 
assisted backcross breeding to improve cooking quality traits in Myanmar rice 
cultivar Manawthukha‖, Field Crops Res, 113: 178-186. 
131. Zhao K., Wright M., Kimball J., Eizenga G., McClung A., Kovach M., Tyagi 
W, Ali M.D., Tung C.W., Reynolds A, Bustamante C.D, McCouch S.R. (2010), 
―Genomic diversity and introgression in O. sativa reveal the impact of 
domestication and breeding on the rice genome‖, PloS ONE, 5(5) e10780, pp:1-1. 
132. Zhou LJ, Zhai HQ, Wan JM (2009), ―Curent status and strategies for 
improvement of rice grain chalkiness‖, Yi Chuan, 31(6): 563-572. 
133. Zhu A, Zhang Y, Zhang Z, Wang B, Xue P, Cao Y, Chen Y, Li Z, Liu Q, Cheng 
S, Cao L. (2018), ―Genetic Dissection of qPCG1 for a Quantitative Trait Locus for 
Percentage of Chalky Grain in Rice (Oryza sativa L.)‖, Front Plant Sci, 9: 1173. 
PHỤ LỤC 
1. Phụ lục 1: C c giống lúa vật liệu lai 
Bảng 3.15: Kết quả đánh giá cấp bạc bụng của các giống lúa vật liệu lai 
TT 
Tên giống/dòng Cấp bạc bụng theo thời gian thu hoạch (cấp 0-1-5-9) 
25 N 26 N 27 N 28 N 29 N 30 N 31 N 32 N 
1 CT 2 6,1 7,3 7,8 8,3 8,3 8,4 8,4 8,4 
2 CT 3 3,7 5,9 6,1 6,3 7,7 8,1 8,1 8,5 
3 MNR 2 3,9 3,9 4,3 4,9 5,7 6,1 6,3 6,3 
4 MNR 3 4,1 4,5 4,8 5,0 5,2 5,5 6,0 6,0 
5 MNR 4 6,9 7,2 7,7 8,3 8,5 8,5 8,8 8,8 
6 OM 10000 8,3 8,5 8,8 8,8 8,8 8,8 8,9 8,9 
7 OM 10029 6,8 6,9 7,7 7,8 8,5 8,6 8,8 8,9 
8 OM 10030 6,4 7,4 8,3 8,3 8,3 8,6 8,8 8,8 
9 OM 10037 2,2 2,3 2,3 2,7 2,9 3,4 4,9 5,9 
10 OM 10037-3 1,1 1,4 1,7 1,8 2,2 3,7 5,1 5,8 
11 OM 10040 2,4 2,6 3,5 5,6 5,9 6,3 6,3 7,0 
12 OM 10041 4,6 6,0 7,0 7,1 7,4 7,9 7,9 7,9 
13 OM 10042 3,4 3,4 5,7 5,7 6,0 6,8 6,8 6,8 
14 OM 10093 2,2 2,5 4,0 4,1 4,9 5,4 6,3 6,4 
15 OM 10097 1,6 1,7 1,8 2,3 2,3 2,8 3,8 4,0 
16 OM 10115 1,3 1,3 1,9 1,9 2,1 2,6 2,6 4,5 
17 OM 10126 0,9 1,4 2,0 2,9 3,1 3,2 4,3 4,3 
18 OM 10174 1,6 2,0 2,1 2,2 2,4 2,7 3,0 3,0 
19 OM 10174-2 2,2 2,3 2,7 3,0 3,4 3,4 3,8 5,0 
20 OM 10179 1,7 1,8 2,8 2,8 3,0 3,1 4,2 4,2 
21 OM 10179-2 1,7 1,8 2,7 2,8 3,2 3,3 3,5 4,0 
22 OM 10236 3,5 3,5 5,0 5,3 6,2 6,7 6,7 7,4 
23 OM 10252 0,3 0,6 0,8 1,1 1,4 1,7 1,7 1,7 
24 OM 10258 0,3 0,3 0,7 0,7 1,6 1,6 1,7 2,0 
25 OM 10375 1,6 2,4 2,9 3,4 3,6 4,6 5,3 5,3 
26 OM 10383 1,0 1,1 1,7 1,8 2,6 2,9 3,4 4,4 
27 OM 10385 0,7 0,8 0,9 1,3 1,4 1,7 2,4 2,5 
28 OM 10418 2,8 3,2 3,6 3,8 3,9 4,1 4,1 4,8 
29 OM 10834 2,1 2,2 2,4 2,8 3,0 3,0 3,1 4,1 
30 OM 10836 6,2 6,2 6,8 7,4 7,6 8,2 8,2 8,3 
31 OM 27L 1,4 2,3 2,5 2,6 2,9 3,6 3,8 4,1 
32 OM 28L 2,3 3,1 3,1 3,4 3,6 3,9 4,0 5,7 
33 OM 35L 2,7 3,1 3,3 3,7 4,0 4,9 5,3 6,2 
34 OM 3673 4,5 5,2 6,0 6,5 7,5 7,6 7,7 7,7 
35 OM 36L 7,0 7,7 7,9 7,9 8,0 8,6 8,7 8,8 
36 OM 4900 8,5 8,7 8,8 8,9 8,9 9,0 9,0 9,0 
37 OM 53L 3,8 3,9 5,4 5,9 6,2 6,3 6,7 7,0 
38 OM 5894 1,9 2,2 2,4 2,6 3,0 4,2 5,2 5,6 
39 OM 5992 3,9 4,4 4,8 5,6 5,7 5,9 6,4 7,2 
40 OM 6013 2,9 3,2 3,2 3,6 3,8 4,2 4,5 4,5 
41 OM 6063 1,7 2,0 2,6 4,0 4,1 5,7 6,3 8,3 
42 OM 64L 1,5 1,9 2,2 3,2 3,2 3,6 3,8 4,8 
43 OM 6600 5,6 7,1 7,5 7,7 7,8 8,2 8,3 8,3 
44 OM 6691 6,0 6,2 6,4 6,5 7,7 8,5 8,9 8,9 
45 OM 6707 1,5 1,7 3,0 3,3 3,9 4,0 4,9 6,2 
46 OM 6832 2,5 2,9 3,3 4,5 4,6 4,7 5,6 5,6 
47 OM 6878 6,7 6,7 7,2 7,3 7,8 6,6 6,6 6,6 
48 OM 6L 1,7 2,6 3,1 3,3 3,6 4,8 6,1 6,3 
49 OM 70L 6,1 6,1 7,8 7,9 8,0 8,6 8,8 8,8 
50 OM 72L 3,1 3,3 3,7 3,8 3,8 4,9 5,7 5,7 
51 OM 7340 3,1 4,0 4,2 4,3 5,4 5,7 6,0 6,0 
52 OM 7345 3,1 4,2 4,9 6,6 6,9 8,5 8,9 8,9 
53 OM 7393 3,5 4,3 4,4 5,0 5,2 6,5 6,5 6,5 
54 OM 7L 2,3 3,4 3,9 6,0 6,3 6,5 7,0 7,0 
55 OM 8105 7,9 8,3 8,6 8,9 8,9 9,0 9,0 9,0 
56 OM 8108 4,0 4,8 5,2 5,4 5,4 5,5 5,6 5,8 
57 OM 8900 1,9 3,7 3,7 4,2 4,6 5,1 6,6 6,6 
58 OM 8902 2,3 2,8 3,4 5,1 5,1 5,7 6,8 6,8 
59 OM 8927 1,3 1,9 2,1 2,6 2,6 2,8 3,2 3,2 
60 OM 8928 2,0 2,4 2,8 2,9 3,2 4,8 5,5 5,6 
61 OM 95L 2,1 2,6 2,7 3,2 3,4 3,4 3,6 4,0 
62 OM 9922 1,1 1,7 1,8 2,2 2,3 2,4 2,7 2,7 
63 OM 9998-1 6,9 7,5 8,3 8,4 8,5 9,0 9,0 9,0 
64 OMCS 2012 0,9 0,9 1,2 1,5 1,8 2,6 3,1 3,6 
65 OMCS 2013 5,2 5,5 5,6 5,8 6,2 6,5 8,1 8,1 
66 RVT 0,6 0,8 0,8 0,9 0,9 1,1 1,1 1,3 
67 T2 4,8 5,1 5,2 5,3 5,8 6,8 8,8 8,8 
68 TLR 375 8,5 8,6 8,8 8,8 8,8 8,9 8,9 8,9 
69 TLR 375 7,1 7,9 8,5 8,5 8,5 8,6 8,7 8,8 
70 TLR 378 2,5 4,2 4,4 4,6 4,7 5,4 7,0 7,6 
71 TLR 379 4,8 5,2 5,5 6,0 6,9 7,1 7,2 7,6 
72 TLR 390 1,9 2,8 3,0 3,4 3,5 4,0 4,1 4,7 
73 TLR 391 2,0 2,4 3,5 4,0 4,3 4,6 4,7 4,9 
74 TLR 392 1,2 3,2 3,9 4,9 6,0 6,0 6,0 6,0 
75 TLR 393 2,4 2,4 2,4 2,6 3,3 3,7 3,9 5,0 
76 TLR 394 4,8 4,9 5,8 6,5 6,9 7,1 7,1 8,0 
77 TLR 395 3,2 3,3 3,5 3,6 3,9 4,4 6,1 6,1 
78 TLR 396 1,0 2,0 2,2 2,3 2,4 3,1 3,4 4,8 
79 TLR 397 2,9 3,0 3,1 4,4 4,8 5,0 5,4 7,4 
80 TLR 402 7,6 7,9 8,5 8,6 8,6 8,7 8,8 8,9 
81 TLR 416 0,7 1,3 1,5 1,5 1,7 1,8 2,1 2,6 
82 TLR 417 0,3 0,4 0,6 0,6 0,7 1,8 2,6 3,0 
83 TLR 418 3,4 4,3 4,5 4,8 5,2 6,0 6,1 6,5 
84 TLR 419 1,5 1,7 1,8 1,8 1,8 1,9 2,1 2,3 
Chú thích: N: ngày sau khi lúa trổ 50% 
85 TLR 420 1,2 1,3 1,4 1,4 1,4 1,6 1,7 2,0 
86 TLR 421 5,3 5,5 5,7 5,9 6,2 6,6 7,3 7,5 
87 TLR 423 3,6 3,9 4,1 4,5 6,0 6,0 6,2 6,4 
88 TLR 424 6,0 6,1 6,6 6,9 7,1 7,3 7,3 7,4 
89 TLR 425 1,0 1,2 1,3 1,3 2,0 2,5 3,0 3,4 
90 TLR 426 0,3 0,3 0,5 0,6 0,9 1,0 1,5 2,0 
91 TLR 427 2,5 2,7 2,7 3,2 3,2 3,4 4,3 7,5 
92 TLR 428 4,0 4,4 4,5 5,1 5,5 6,3 6,5 7,8 
93 TLR 429 2,8 3,1 4,5 4,9 5,8 5,9 6,1 7,4 
94 TLR 430 1,4 1,8 2,0 2,4 2,6 3,7 4,2 4,3 
95 TLR 431 0,5 1,1 1,3 1,7 1,9 2,3 2,4 2,6 
96 TLR 432 4,7 5,3 5,3 6,1 6,8 7,2 8,4 8,5 
97 TLR 434 0,5 0,6 0,8 0,9 0,9 0,9 1,1 1,1 
98 TLR 435 5,7 6,3 6,5 6,7 7,5 8,1 8,6 8,7 
99 TLR 436 1,6 2,2 2,2 2,5 3,3 3,3 4,5 6,2 
100 TLR 437 1,5 2,0 2,0 2,1 2,1 2,7 3,0 3,7 
101 TLR 439 2,7 3,0 3,6 4,2 4,5 4,6 5,1 5,8 
102 TLR 440 3,7 4,1 4,3 4,4 4,5 4,8 5,6 7,4 
103 TLR 441 2,1 2,2 2,8 3,0 3,2 3,2 3,4 4,1 
104 TLR438 2,0 2,1 2,3 2,6 2,6 2,6 3,6 7,7 
105 TV2 3,2 3,6 3,9 4,2 4,5 5,4 5,6 6,7 
2. Phụ lục 2: Dụng cụ và hóa chất sử dụng trong thí nghiệm 
* Dụng cụ và ho chất thực hiện ly trích DNA 
 - Đĩa nghiền: phá vỡ tế bào 
 - Tube 1.5 ml 
 - Micropipet: 1µl-1000 µl 
 - Ống đong 1ml-1000 ml 
 - Máy ly tâm (Biofuge pico-Heraeus) 
 - Chloroform 100 % 
- Cồn 100 % 
- Dung dịch đệm ly trích DNA: 
Tris, EDTA, NaCl, SDS, Chloroform, Nƣớc cất hai lần, TE buffer. 
* Dụng cụ và hóa chất để thực hiện điện di agarose gel 
- Bộ máy điện di loại nằm ngang (Gibco BRL Model 4001-Life technologies) 
- Máy chụp hình gel bằng tia UV 
- Agarose 
- TAE gồm: Tris, EDTA, glacial acetic acid, nƣớc cất hai lần 
- DNA loading buffer: sucrose, xylene cyanol, bromophenol blue, EDTA, H2O 
- Ethidium bromide 
- DNA ladder 1 kb làm marker chuẩn. 
* Dụng cụ và ho chất để thực hiện phản ứng chuỗi polymerase 
- Mẫu DNA ly trích 
- dNTPs 
- PCR buffer 
- Các primer dùng cho SSR marker 
- Taq polymerase 
- Máy Thermal cycler (BioRad) 
Bảng 2.2: Thành phần dung dịch đệm ly trích DNA và TE buffer (pH = 8) 
Thành phần dung dịch đệm ly trích DNA (5 ml) 
Thành phần Nồng độ Thể tích Chức năng 
Tris (pH = 8) 50 mM 0,25 ml Ổn định pH = 8 
EDTA (pH = 8) 25 mM 0,25 ml Kết hợp với Mg2+, cofactor của 
DNase (tự do) 
NaCl 300 mM 0,30 ml Kết hợp với ethanol 100% để 
tủa và rửa sạch DNA, bảo vệ 
DNA 
SDS 1% 0,50 ml Biến tính protein 
Nƣớc cất 3,70 ml Dung môi hòa tan 
Thành phần dung dịch TE buffer (pH = 8) (50 ml) 
Thành phần Nồng độ Thể tích 
Tris (pH = 8) 10 mM 0,5 ml 
EDTA (pH = 8) 0,5 mM 0,1 ml 
Nƣớc 49,4 ml 
(Nguồn: Nguyễn Thị Lang, 2002) 
Bảng 2.3: Các thành phần của gel polyacrylamide và agarose đƣợc sử dụng 
Gel polyacrylamide 6% Gel agarose 3% 
Thành phần Thể tích Thành phần Thể tích 
Nƣớc cất 78,9 ml Nƣớc cất 98 ml 
10X TBE buffer 5,0 ml 50X TAE buffer 2 ml 
40% Acrylamide 15,0 ml Agarose 3,0 g 
10% APS 1,0 ml 
TEMED 100,0 µl 
Tổng cộng 100,0 ml Tổng cộng 100,0 ml 
(Nguồn: IRRI, 2006; Nguyễn Thị Lang, 2002) 
3. Phụ lục 3: Danh s ch primers phân tích GGT trên nhiễm sắc thể số 7 
ST
T 
Tên 
Primer 
Forward Primer (5’-3’) Reversed Primer (5’-3’) 
1 Indel 5 CAGCTATGTGTAGCTTCG GTGCTCATTGGGCGGTTT 
2 RM21938 CCAAATTGCTTCCTCGGATATAGG CGGATTTAGGGAGTTCGTGTTCG 
3 RM51 TCTCGATTCAATGTCCTCGG CTACGTCATCATCGTCTTCCC 
4 RM180 CTACATCGGCTTAGGTGTAGCAA
CACG 
ACTTGCTCTACTTGTGGTGAGGG
ACTG 
5 RM261 CTACTTCTCCCCTTGTGTCG TGTACCATCGCCAAATCTCC 
6 RM248 TCCTTGTGAAATCTGGTCCC GTAGCCTAGCATGGTGCATG 
7 RM6326 TAGCTTGGTTCGGTCAAACC ACCAGATTGTTAGCAACCCG 
8 RM3635 CGTGAGAGCGTGAGAGACAG ACTTTGGTGTTCCCTCCCTC 
9 RM3753 GAATGAGCTAAGAACACGCC CTGATGGCCCAAGACTTTTG 
10 RM1362 TGATCTAAACAGGCCCTTAG CATCATCAAGACCACACATC 
11 RM20782 GCTAGTAAGAGTGTGCAGTCATG
G 
CATGTGCCTCTTCTGAGTACTGG 
12 RM5436 CAAAGGGGGTGTCCTCTATG GTTGCTCGTCCTACATGTGC 
13 RM5752 TTGCAATTAATTCGATCTCC GCAGATCGATTCGTTAGTTC 
14 RM1335 GCATGCATGAATATGATGG AGATCGAACAAGAAGAGTGG 
15 Indel 14 TCATGATCAATGCACAA AAGACTCCAAGACAACT 
4. Phụ lục 4: Đ nh gi tƣơng quan giữa kiểu hình và kiểu gen bạc bụng trên 
c c giống lúa vật liệu 
Bảng 3.16: Tƣơng quan giữa kiểu hình và kiểu gen của tính trạng bạc bụng ở 105 
giống lúa 
STT Tên 
Tỷ lệ 
bạc bụng 
Chỉ thị 
Indel5 
Chỉ thị 
RM21938 
1 TLR 434 <10% AA AA 
2 RVT <10% AA AA 
3 OM 10252 <10% aa aa 
4 OM 10258 <10% AA AA 
5 TLR 420 <10% AA AA 
6 TLR 426 <10% AA AA 
7 TLR 419 <10% Aa aa 
8 OM 10385 <10% aa aa 
9 TLR 416 <10% AA AA 
10 TLR 431 <10% aa aa 
11 OM 9922 <10% aa aa 
12 OM 10174 <10% aa aa 
13 TLR 417 <10% AA AA 
14 OM 8927 <10% aa AA 
15 TLR 425 <10% aa aa 
16 OMCS 2012 <10% aa aa 
17 TLR 437 <10% Aa AA 
18 OM 10097 <10% aa aa 
19 OM 10179-2 <10% - - 
20 OM 95L <10% aa aa 
21 OM 10834 <10% aa aa 
22 OM 27L <10% AA aa 
23 TLR 441 <10% aa aa 
24 OM 10179 <10% aa aa 
25 OM 10126 <10% aa aa 
26 TLR 430 <10% Aa AA 
27 OM 10383 <10% AA AA 
28 OM 10115 <10% aa aa 
29 OM 6013 <10% aa aa 
30 TLR 390 <10% aa aa 
31 OM 10418 <10% aa aa 
32 OM 64L <10% aa aa 
33 TLR 396 <10% aa AA 
34 TLR 391 <10% aa aa 
35 OM 10174-2 ≥10% aa aa 
36 TLR 393 ≥10% aa AA 
37 OM 10375 ≥10% aa aa 
38 OM 5894 ≥10% aa aa 
39 OM 6832 ≥10% aa aa 
40 OM 8928 ≥10% aa aa 
41 OM 28L ≥10% aa aa 
42 OM 72L ≥10% aa aa 
43 OM 10037-3 ≥10% aa aa 
44 OM 8108 ≥10% aa aa 
45 TLR 439 ≥10% aa aa 
46 OM 10037 ≥10% AA AA 
47 MNR 3 ≥10% - aa 
48 OM 7340 ≥10% aa aa 
49 TLR 392 ≥10% aa aa 
50 TLR 395 ≥10% aa aa 
51 OM 35L ≥10% AA aa 
52 OM 6707 ≥10% aa aa 
53 TLR 436 ≥10% aa aa 
54 MNR 2 ≥10% - - 
55 OM 6L ≥10% aa aa 
56 OM 10093 ≥10% aa aa 
57 TLR 423 ≥10% aa aa 
58 OM 7393 ≥10% aa aa 
59 TLR 418 ≥10% aa aa 
60 OM 6878 ≥10% aa AA 
61 OM 8900 ≥10% aa aa 
62 TV2 ≥10% - - 
63 OM 10042 ≥10% aa aa 
64 OM 8902 ≥10% aa aa 
65 OM 10040 ≥10% aa aa 
66 OM 53L ≥10% AA aa 
67 OM 7L ≥10% aa aa 
68 OM 5992 ≥10% aa aa 
69 OM 10236 ≥10% aa aa 
70 TLR 397 ≥10% aa aa 
71 TLR 424 ≥10% aa aa 
72 TLR 429 ≥10% aa aa 
73 TLR 440 ≥10% aa aa 
74 TLR 421 ≥10% aa aa 
75 TLR 427 ≥10% aa aa 
76 TLR 378 ≥10% - aa 
77 TLR 379 ≥10% aa aa 
78 OM 3673 ≥10% aa aa 
79 TLR438 ≥10% aa aa 
80 TLR 428 ≥10% aa aa 
81 OM 10041 ≥10% aa aa 
82 TLR 394 ≥10% aa aa 
83 OMCS 2013 ≥10% aa aa 
84 OM 10836 ≥10% aa aa 
85 OM 6063 ≥10% aa aa 
86 OM 6600 ≥10% aa aa 
87 CT 2 ≥10% aa aa 
88 CT 3 ≥10% aa AA 
89 TLR 432 ≥10% aa aa 
90 TLR 435 ≥10% - - 
91 MNR 4 ≥10% aa aa 
92 OM 10030 ≥10% - - 
93 OM 36L ≥10% aa aa 
94 OM 70L ≥10% AA AA 
95 T2 ≥10% - - 
96 TLR 375 ≥10% aa aa 
97 OM 10000 ≥10% AA aa 
98 OM 10029 ≥10% aa AA 
99 OM 6691 ≥10% aa aa 
100 OM 7345 ≥10% aa aa 
101 TLR 375 ≥10% - - 
102 TLR 402 ≥10% aa aa 
103 OM 4900 ≥10% aa aa 
104 OM 8105 ≥10% aa aa 
105 OM 9998-1 ≥10% aa aa 
Chú thích: AA: gen ít bạc bụng đồng hợp tử; Aa: gen ít bạc bụng dị hợp tử; aa: không 
mang gen ít bạc bụng 
5. Phụ lục 5: Một số hình ảnh 
Hình 3.29: Sơ đồ chọn tạo quần thể OM3673/ RVT //OM3673 nhờ chỉ thị phân tử 
 (5 cây) 
(255 cây, chọn 100 cây) 
(14 cây) 
(201 cây, chọn 77 cây) 
(10 cây) 
(327 cây, chọn 100 cây) 
OM3673 X 
(138 cây) 
(107 cây) 
RVT 
F1 X OM3673 
BC1F1 BC1F2 
BC1F2 
Indel5, RM21938 
X OM3673 
BC2F1 BC2F2 
BC2F2 
Indel5, RM21938 
(159 cây) 
X OM3673 
BC3F1 BC3F2 
BC3F2 
Indel5, RM21938 
(350 cây) 
Hình 3.30: Sơ đồ chọn tạo quần thể OM3673/ TLR434//OM3673 nhờ chỉ thị phân tử 
Hình 3.31: Hình ảnh các Tổ hợp lúa lai hồi giao 
 (7 cây) 
(434 cây, chọn 100 cây) 
(4 cây) 
(372 cây, chọn 100 cây) 
OM3673 X 
(197 cây) 
(244 cây) 
TLR434 
F1 X OM3673 
BC1F1 BC1F2 
BC1F2 
Indel5, RM21938 
X OM3673 
BC2F1 BC2F2 
BC2F2 
Indel5, RM21938 
(156 cây)