Luận án Xác định một số đặc điểm vi sinh của Escherichia coli sinh beta lactamase phổ mở rộng ở người khỏe mạnh tại cộng đồng huyện Vũ Thư, tỉnh Thái Bình, năm 2016

i 
LỜI CẢM ƠN 
Trong suốt quá trình học tập và hoàn thành luận án, tôi luôn nhận đƣợc 
sự giúp đỡ tận tình của nhiều Cơ quan, tập thể và cá nhân. Nhân dịp này, tôi 
xin trân trọng cảm ơn Ban lãnh đạo Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung Ƣơng, Trung 
tâm Đào tạo và Quản lý Khoa học, Bộ môn Vi sinh đã luôn tạo điều kiện 
thuận lợi giúp đỡ tôi trong suốt quá trình học tập, nghiên cứu và hoàn thành 
bản luận án. 
Tôi xin trân trọng cảm ơn Đảng ủy, Ban Giám hiệu, Trung tâm Dịch vụ 
Khoa học Kỹ thuật Y Dƣợc - Trƣờng Đại học Y Dƣợc Thái Bình, Khoa vi 
khuẩn - Viện vệ sinh Dịch tễ Trung Ƣơng, Viện Y tế công cộng phủ Osaka-
Nhật Bản đã cho phép tôi đƣợc sử dụng các trang thiết bị máy móc, hỗ trợ kỹ 
thuật và tạo điều kiện, môi trƣờng nghiên cứu tốt nhất cho tôi thực hiện 
nghiên cứu, hoàn thành luận án. 
Đặc biệt, tôi xin bày tỏ lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc đến PGS.TS 
Hoàng Thị Thu Hà và PGS.TS. Phạm Ngọc Khái, những ngƣời thầy đã tận 
tình hƣớng dẫn và chia sẻ cho tôi những kiến thức, phƣơng pháp nghiên cứu 
khoa học vô cùng quý giá, luôn động viên, quan tâm và giúp đỡ tôi trong suốt 
quá trình học tập, nghiên cứu và hoàn thành luận án . 
Tôi vô cùng biết ơn các nhà khoa học trong các hội đồng chấm thi và 
tham gia phản biện đã cho tôi những ý kiến quý giá để hoàn thành luận án. 
Tôi xin chân thành cảm ơn những ngƣời dân xã Nguyên Xá đã nhiệt 
tình tham gia nghiên cứu, giúp tôi hoàn thành đề tài luận án. 
Tôi luôn biết ơn các bạn bè, đồng nghiệp đã đóng góp công sức, động 
viên, giúp đỡ tôi trong suốt quá trình học tập và hoàn thành luận án. 
Sau nữa, tôi vô cùng biết ơn những ngƣời thân trong gia đình đã luôn 
quan tâm, động viên, khích lệ và là chỗ dựa vững chắc để tôi vƣợt qua mọi 
khó khăn trong suốt quá trình học và nghiên cứu để hoàn thành luận án. 
 Tác giả luận án 
ii 
LỜI CAM ĐOAN 
Tôi xin cam đoan đây là công trình khoa học của riêng tôi. Các số liệu và 
kết quả nêu trong luận án là trung thực và chƣa có ai từng công bố trong bất 
cứ công trình nghiên cứu nào. 
Hà Nội, ngày tháng năm 2020 
Nghiên cứu sinh 
Khổng Thị Điệp 
iii 
MỤC LỤC 
LỜI CẢM ƠN .................................................................................................................. i 
LỜI CAM ĐOAN ............................................................................................................ ii 
MỤC LỤC ...................................................................................................................... iii 
DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT ............................................................................ vi 
DANH MỤC CÁC BẢNG ............................................................................................ ix 
DANH MỤC CÁC HÌNH ............................................................................................. xii 
ĐẶT VẤN ĐỀ ................................................................................................................. 1 
Chƣơng 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU ............................................................................. 3 
1.1. Tình hình nhiễm và kháng kháng sinh của E. coli sinh β-lactamase phổ mở 
rộng ở ngƣời ................................................................................................................. 3 
1.1.1. Tình hình nhiễm E. coli sinh β-lactamase phổ mở rộng ở ngƣời ................. 3 
1.1.2. Tình hình kháng kháng sinh của E. coli sinh ESBL trên ngƣời ................... 9 
1.2. Một số đặc điểm và phƣơng pháp nghiên cứu E. coli sinh ESBL .................... 17 
1.2.1. Đặc điểm sinh học ........................................................................................ 17 
1.2.2. Đặc điểm và sự lƣu hành các ESBL và các gen mã hóa sinh ESBL .......... 18 
1.2.3. Đặc điểm phân nhóm phát sinh loài (phylogenetic group) ......................... 23 
1.2.4. Đặc điểm gây bệnh của vi khuẩn E. coli trên ngƣời ................................... 24 
1.2.5. Khả năng lan truyền vi khuẩn E. coli sinh ESBL ....................................... 27 
1.2.6. Các phƣơng pháp nghiên cứu E. coli sinh ESBL ........................................ 28 
Chƣơng 2: PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .............................................................. 37 
2.1. Đối tƣợng, địa điểm và thời gian nghiên cứu .................................................... 37 
2.1.1. Địa điểm nghiên cứu .................................................................................... 37 
2.1.2. Thời gian nghiên cứu ................................................................................... 39 
2.1.3. Đối tƣợng nghiên cứu .................................................................................. 39 
2.2. Phƣơng pháp nghiên cứu .................................................................................... 39 
2.2.1. Thiết kế nghiên cứu ...................................................................................... 39 
2.2.2. Phƣơng pháp chọn mẫu và tính cỡ mẫu ...................................................... 39 
2.3. Các biến số và chỉ số nghiên cứu ....................................................................... 41 
iv 
2.4. Vật liệu nghiên cứu ............................................................................................. 42 
2.5. Các kỹ thuật áp dụng trong nghiên cứu ............................................................. 45 
2.5.1. Kỹ thuật lấy mẫu phân ................................................................................. 47 
2.5.2. Kỹ thuật nuôi cấy, phân lập E. coli từ mẫu phân ........................................ 48 
2.5.3. Kỹ thuật định danh vi khuẩn E. coli ............................................................ 49 
2.5.4. Kỹ thuật xác định kiểu hình ESBL của các chủng E. coli .......................... 50 
2.5.5. Kỹ thuật xác định đặc điểm kháng kháng sinh của E. coli sinh ESBL ...... 52 
2.5.6. Kỹ thuật xác định gen mã hóa sinh ESBL của E. coli sinh ESBL ............. 54 
2.5.7. Kỹ thuật xác định gen mcr-1 kháng colistin của E. coli sinh ESBL .......... 55 
2.5.8. Kỹ thuật xác định đặc điểm phân nhóm phát sinh loài của các chủng E. coli 
sinh ESBL ............................................................................................................... 56 
2.5.9. Kỹ thuật xác định gen độc lực của vi khuẩn E. coli sinh ESBL ................. 58 
2.5.10. Phân tích mối liên hệ kiểu gen bằng kỹ thuật PFGE ................................ 59 
2.5.11. Kỹ thuật xác định các loại plasmid của các chủng E. coli sinh ESBL ..... 61 
2.5.12. Xác định vị trí các gen mã hóa sinh ESBL bằng phƣơng pháp Southern 
Blot .......................................................................................................................... 63 
2.5.13. Đánh giá khả năng truyền các gen mã hóa sinh ESBL của các chủng 
E. coli sinh ESBL trong mô hình phòng thí nghiệm bằng phƣơng pháp tiếp hợp66 
2.6. Phƣơng pháp xử lý số liệu .................................................................................. 68 
2.7. Biện pháp khống chế sai số ................................................................................ 68 
2.8. Đạo đức nghiên cứu ............................................................................................ 69 
Chƣơng 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU......................................................................... 70 
3.1. Sự lƣu hành của vi khuẩn E. coli sinh ESBL trong mẫu phân ngƣời khỏe mạnh 
tại cộng đồng nông thôn tỉnh Thái Bình.................................................................... 70 
3.1.1. Đặc điểm của đối tƣợng xét nghiệm ............................................................ 70 
3.1.2. Sự lƣu hành của của vi khuẩn E. coli sinh ESBL trong mẫu phân ngƣời 
khỏe mạnh ............................................................................................................... 72 
3.2. Đặc điểm sinh học của các chủng E. coli sinh ESBL ........................................ 76 
3.2.1. Đặc điểm sinh vật, hóa học của các chủng E. coli sinh ESBL ................... 76 
3.2.2. Đặc điểm kháng kháng sinh của các chủng E. coli sinh ESBL .................. 77 
v 
3.2.3. Đặc điểm các gen mã hóa sinh ESBL ở các chủng E. coli sinh ESBL ...... 79 
3.2.4. Đặc điểm phân nhóm phát sinh loài của các chủng E. coli sinh ESBL ..... 84 
3.2.5. Đặc điểm các gen độc lực trong các chủng E. coli sinh ESBL .................. 86 
3.2.6. Mối liên hệ kiểu gen giữa các chủng E. coli sinh ESBL ............................ 88 
3.2.7. Phân tích đặc điểm plasmid của các chủng E. coli sinh ESBL .................. 91 
Chƣơng 4: BÀN LUẬN .............................................................................................. 100 
4.1. Sự lƣu hành của vi khuẩn E. coli sinh ESBL trong mẫu phân ngƣời khỏe mạnh 
tại cộng đồng nông thôn tỉnh Thái Bình.................................................................. 100 
4.1.1. Đặc điểm của đối tƣợng xét nghiệm .......................................................... 100 
4.1.2. Sự lƣu hành của E. coli sinh ESBL trong mẫu phân ngƣời khỏe mạnh ... 101 
4.2. Đặc điểm sinh học của các chủng E. coli sinh ESBL ...................................... 104 
4.2.1. Đặc điểm sinh vật, hóa học của các chủng E. coli sinh ESBL ................. 104 
4.2.2. Đặc điểm kháng kháng sinh của các chủng E. coli sinh ESBL ................ 104 
4.2.3. Đặc điểm các gen mã hóa sinh ESBL ở các chủng E. coli sinh ESBL .... 108 
4.2.4. Đặc điểm phân nhóm phát sinh loài của các chủng E. coli sinh ESBL ... 111 
4.2.5. Đặc điểm các gen độc lực của các chủng E. coli sinh ESBL ................... 112 
4.2.6. Mối liên hệ kiểu gen giữa các chủng E. coli sinh ESBL .......................... 114 
4.2.7. Phân tích đặc điểm plasmid của các chủng E. coli sinh ESBL ................ 117 
4.3. Hạn chế và hƣớng nghiên cứu tiếp theo ........................................................... 123 
KẾT LUẬN ................................................................................................................. 124 
KIẾN NGHỊ ................................................................................................................. 126 
DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH CÔNG BỐ KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ 
TÀI LUẬN ÁN ........................................................................................................... 127 
TÀI LIỆU THAM KHẢO 
PHỤ LỤC 
vi 
DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT 
DNA Acid Deoxyribo nucleic 
AMP Ampicillin 
ATCC American Type Culture Collection 
ASTS Antibiotic Susceptibility Testing Surveillance 
(Chƣơng trình quốc gia giám sát độ nhạy cảm với kháng sinh) 
CAZ Ceftazidime 
CAZ-C Ceftazidime/acid clavulanic 
CFU Clon forming unit 
CHL Chloramphenicol 
CIP Ciprofloxacin 
CLA Acid clavulanic 
CLIG Cellobiose - lactose- indole - β- d-glucuronidase agar 
CLSI Clinical and Laboratories Standards Institute 
(Viện tiêu chuẩn lâm sàng và phòng thí nghiệm) 
CTX Cefotaxim 
CTX-C Cefotaxim/acid clavulanic 
CXM Cefuroxim 
DAEC Diffusely adherent E. coli ( E. coli gây bám dính phân tán 
E. coli Escherichia coli 
EAEC Enteroaggregative E. coli (E. coli gây bám dính kết tập ruột) 
ECDC European Centre for Disease Prevention and Control 
vii 
(Trung tâm kiểm soát và phòng ngừa dịch bệnh, Châu Âu) 
EDTA Ethylene Diamine Tetraacetic Acid 
EHEC Enterohemorrhagic E. coli (E. coli gây xuất huyết đƣờng 
ruột) 
EIEC Enteroinvasive E. coli (E. coli xâm nhập đƣờng ruột) 
EPEC Enteropathogenic E. coli (E. coli gây bệnh đƣờng ruột) 
ETEC Enterotoxigenic E. coli (E. coli sinh độc tố ruột) 
ESBL Extended -Spectrum Beta-Lactamase 
FOF Fosfomycin 
FOX Cefoxitin 
GEN Gentamycin 
H2S Hydro Sulfua 
KAN Kanamycin 
LB Luria Betari 
LCR Ligase Chain Reaction 
LIM Lysine-Indole-Motility 
LT Heat-Labile-Toxin 
MEM Meropenem 
MIC Minimum Inhibitor Concentrate (nồng độ ức chế tối thiểu) 
MH Muller Hilton 
MLST Multi locus sequence typing (giải trình tự gen nhiều locus) 
NAL Nalidixic acid 
PCR Polymerase chain reaction (phản ứng trùng hợp chuỗi) 
viii 
PCR-SSCP PCR single-strDNA conformational polymorphism 
PFGE Pulse-field gel electrophoresis (điện di xung trƣờng) 
RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism 
(đa hình chiều dài các đoạn cắt bởi enzyme giới hạn) 
SMART Study for Monitoring Antimicrobial Resistance Trends program 
(Chƣơng trình giám sát xu hƣớng kháng kháng sinh) 
STR Streptomycin 
SXT Trimethoprim/sulfamethoxazole 
ST Shiga toxin 
STEC Shiga toxin-producing Escherichia coli 
TET Tetracyclin 
TE Tris-EDTA 
TSA Trypticase Soy Agar 
TSI Triple sugar/ iron agar 
WHO World Health Organization (Tổ chức Y tế thế giới) 
ix 
DANH MỤC CÁC BẢNG 
Bảng 1.1. Tỷ lệ E. coli sinh ESBL ở một số bệnh viện (ASTS) .................................... 7 
Bảng 1.2. Các kháng sinh để đánh giá kháng đa thuốc ở Enterobacteriaceae [85] ..... 11 
Bảng 1.3. Ƣu, nhƣợc điểm của các phƣơng pháp phát hiện E. coli sinh ESBL .......... 33 
Bảng 2.1. Tên các kỹ thuật thực hiện trong nghiên cứu ............................................... 46 
Bảng 2.2. Tiêu chuẩn chẩn đoán E. coli [70] ............................................................... 50 
Bảng 2.3. Đƣờng kính vùng ức chế đối với vi khuẩn thuộc họ Enterobacteriaceae của 
một số loại kháng sinh [43] ........................................................................................... 53 
Bảng 2.4. Trình tự mồi cho phản ứng PCR xác định các gen mã hóa sinh ESBL ...... 54 
Bảng 2.5. Trình tự mồi cho phản ứng Realtime xác định gen mcr-1 .......................... 55 
Bảng 2.6. Trình tự mồi cho phản ứng PCR đa mồi xác định nhóm phát sinh loài ..... 57 
Bảng 2.7. Phân nhóm phát sinh loài dựa vào các gen chuA, yjaA, và TspE4C2 ......... 57 
Bảng 2.8. Trình tự mồi cho phản ứng PCR xác định các gen độc lực......................... 58 
Bảng 2.9. Trình tự các cặp mồi cho phản ứng PCR xác định các plasmid ................. 62 
Bảng 3.1. Đặc điểm chung của đối tƣợng xét nghiệm ................................................. 70 
Bảng 3.2. Đặc điểm của đối tƣợng xét nghiệm theo nhóm tuổi .................................. 70 
Bảng 3.3. Đặc điểm hộ gia đình của các đối tƣợng xét nghiệm .................................. 71 
Bảng 3.4. Đặc điểm đối tƣợng xét nghiệm theo trình độ học vấn ............................... 71 
Bảng 3.5. Đặc điểm đối tƣợng xét nghiệm theo nghề nghiệp ...................................... 72 
Bảng 3.6. Kết quả cấy mẫu phân ngƣời trên MacConkey có CTX 1µg/ml ................ 72 
Bảng 3.7. Tỷ lệ mang E. coli sinh ESBL trong mẫu phân ngƣời khỏe mạnh ............. 73 
Bảng 3.8. Tỷ lệ mang E. coli sinh ESBL theo nhóm tuổi ............................................ 73 
Bảng 3.9. Tỷ lệ mang E. coli sinh ESBL theo giới tính ............................................... 74 
Bảng 3.10. Số ngƣời mang E. coli sinh ESBL trong các hộ gia đình .......................... 74 
Bảng 3.11. Tỷ lệ mang E. coli sinh ESBL ...  S. (1990),"Phylogenetic 
distribution of branched RNA-linked multicopy single-stranded DNA among 
natural isolates of Escherichia coli", J Bacteriol,172 (11)6175-81. 
64. Higa S., Sarassari R., Hamamoto K., et al. (2019),"Characterization of CTX-M 
type ESBL-producing Enterobacteriaceae isolated from asymptomatic healthy 
individuals who live in a community of the Okinawa prefecture, Japan", J Infect 
Chemother,25 (4)314-317. 
65. Huong B. T.M, Hirai I., Ueda S., et al. (2015),"Carriage of Escherichia coli 
Producing CTX-M-Type Extended-Spectrum beta-Lactamase in Healthy 
Vietnamese Individuals", Antimicrob Agents Chemother,59 (10)6611-4. 
66. J Soilleux M., M Morand A., Arlet Guillaume, R Scavizzi M.&Labia Roger 
(1996),"Survey of Klebsiella pneumoniae producing extended-spectrum β-
lactamases: Prevalence of TEM-3 and first identification of TEM-26 in France", 
Antimicrobial agents and chemotherapy,40 1027-9. 
67. Johnson J. K., Arduino S. M., Stine O. C., Johnson J. A.&Harris A. D. 
(2007),"Multilocus sequence typing compared to pulsed-field gel electrophoresis 
for molecular typing of Pseudomonas aeruginosa", J Clin Microbiol,45 
(11)3707-12. 
68. Johnson J. R., Kuskowski M. A., O'Bryan T T., Colodner R.&Raz R. 
(2005),"Virulence genotype and phylogenetic origin in relation to antibiotic 
resistance profile among Escherichia coli urine sample isolates from Israeli 
women with acute uncomplicated cystitis", Antimicrob Agents Chemother,49 
(1)26-31. 
69. Johnson T. J., Wannemuehler Y. M., Johnson S. J., et al. (2007),"Plasmid 
replicon typing of commensal and pathogenic Escherichia coli isolates", Appl 
Environ Microbiol,73 (6)1976-83. 
70. Jorgensen J. H. &Pfaller M. A.(2015),Manual of Clinical Microbiology,, 
American Society for Microbiology, USA 
71. Kaper J. B., Nataro J. P. &Mobley H. L. (2004),"Pathogenic Escherichia coli", 
Nat Rev Microbiol,2 (2)123-40. 
72. Kawahara R., Fujiya Y., Yamaguchi T., et al. (2019),"Most domestic livestock 
possess colistin-resistant commensal Escherichia coli harboring mcr in a rural 
community in Vietnam", Antimicrob Agents Chemother, 
73. Kim J. &Lee H. J. (2000),"Rapid discriminatory detection of genes coding for 
SHV beta-lactamases by ligase chain reaction", Antimicrobial agents and 
chemotherapy,44 (7)1860-1864. 
74. Kiratisin P., Apisarnthanarak A., Laesripa C.&Saifon P. (2008),"Molecular 
characterization and epidemiology of extended-spectrum-beta-lactamase-
producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae isolates causing health 
care-associated infection in Thailand, where the CTX-M family is endemic", 
Antimicrob Agents Chemother,52 (8)2818-24. 
75. Komatsu M., Aihara M., Shimakawa K., et al. (2003),"Evaluation of MicroScan 
ESBL confirmation panel for Enterobacteriaceae-producing, extended-spectrum 
beta-lactamases isolated in Japan", Diagn Microbiol Infect Dis,46 (2)125-30. 
76. Koningstein M., Leenen M. A., Mughini-Gras L., et al. (2015),"Prevalence and 
Risk Factors for Colonization With Extended-Spectrum Cephalosporin-Resistant 
Escherichia coli in Children Attending Daycare Centers: A Cohort Study in the 
Netherlands", J Pediatric Infect Dis Soc,4 (4)e93-9. 
77. Kumar D., Singh A. K., Ali M. R.&Chander Y. (2014),"Antimicrobial 
Susceptibility Profile of Extended Spectrum beta-Lactamase (ESBL) Producing 
Escherichia coli from Various Clinical Samples", Infect Dis (Auckl),7 1-8. 
78. Li B., Sun J. Y., Liu Q. Z., et al. (2011),"High prevalence of CTX-M beta-
lactamases in faecal Escherichia coli strains from healthy humans in Fuzhou, 
China", Scand J Infect Dis,43 (3)170-4. 
79. Li X. M., Jang S. J., Bae I. K., et al. (2010),"[Frequency of extended-spectrum 
beta-lactamase (ESBL) and AmpC beta-lactamase genes in Escherichia coli and 
Klebsiella pneumoniae over a three-year period in a University Hospital in 
Korea]", Korean J Lab Med,30 (6)616-23. 
80. Liao Kang, Chen Yili, Wang Menghe, et al. (2017),"Molecular characteristics of 
extended-spectrum β-lactamase-producing Escherichia coli and Klebsiella 
pneumoniae causing intra-abdominal infections from 9 tertiary hospitals in 
China", Diagnostic Microbiology and Infectious Disease,87 (1)45-48. 
81. Liu Y. Y., Wang Y., Walsh T. R., et al. (2016),"Emergence of plasmid-mediated 
colistin resistance mechanism MCR-1 in animals and human beings in China: a 
microbiological and molecular biological study", Lancet Infect Dis,16 (2)161-8. 
82. Livermore D. M., Struelens M., Amorim J., et al. (2002),"Multicentre 
evaluation of the VITEK 2 Advanced Expert System for interpretive reading of 
antimicrobial resistance tests", J Antimicrob Chemother,49 (2)289-300. 
83. M'Zali F. H., Heritage J., Gascoyne-Binzi D. M., Snelling A. M.&Hawkey P. 
M. (1998),"PCR single strand conformational polymorphism can be used to 
detect the gene encoding SHV-7 extended-spectrum beta-lactamase and to 
identify different SHV genes within the same strain", J Antimicrob 
Chemother,41 (1)123-5. 
84. Mabilat C. &Courvalin P. (1990),"Development of "oligotyping" for 
characterization and molecular epidemiology of TEM beta-lactamases in 
members of the family Enterobacteriaceae", Antimicrob Agents Chemother,34 
(11)2210-6. 
85. Magiorakos A. P., Srinivasan A., Carey R. B., et al. (2012),"Multidrug-resistant, 
extensively drug-resistant and pandrug-resistant bacteria: an international expert 
proposal for interim standard definitions for acquired resistance", Clin Microbiol 
Infect,18 (3)268-81. 
86. Maiden M. C. (2006),"Multilocus sequence typing of bacteria", Annu Rev 
Microbiol,60 561-88. 
87. Malhotra-Kumar S., Xavier B. B., Das A. J., et al. (2016),"Colistin-resistant 
Escherichia coli harbouring mcr-1 isolated from food animals in Hanoi, 
Vietnam", Lancet Infect Dis,16 (3)286-7. 
88. Marcadé Geraldine, Gautier Valérie, Arlet Guillaume, et al. (2008),"Replicon 
typing of plasmids in Escherichia coli producing extended-spectrum β-
lactamases", Journal of Antimicrobial Chemotherapy,63 (1)67-71. 
89. Mashayekhi Fatemeh, Moghny Mandana, Faramarzpoor Motahare, et al. 
(2014),"Molecular Characterization and Antimicrobial Resistance of 
Uropathogenic Escherichia coli", Iranian Journal of Biotechnology,12 (2)32-40. 
90. McGann P., Snesrud E., Maybank R., et al. (2016),"Escherichia coli Harboring 
mcr-1 and blaCTX-M on a Novel IncF Plasmid: First Report of mcr-1 in the 
United States", Antimicrob Agents Chemother,60 (7)4420-1. 
91. Mnif B., Harhour H., Jdidi J., et al. (2013),"Molecular epidemiology of 
extended-spectrum beta-lactamase-producing Escherichia coli in Tunisia and 
characterization of their virulence factors and plasmid addiction systems", BMC 
Microbiol,13 147. 
92. Morrissey I., Hackel M., Badal R., et al. (2013),"A Review of Ten Years of the 
Study for Monitoring Antimicrobial Resistance Trends (SMART) from 2002 to 
2011", Pharmaceuticals (Basel),6 (11)1335-46. 
93. Nakama R., Shingaki A., Miyazato H., et al. (2016),"Current status of extended 
spectrum beta-lactamase-producing Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae and 
Proteus mirabilis in Okinawa prefecture, Japan", J Infect Chemother,22 (5)281-6. 
94. Nakayama T., Jinnai M., Kawahara R., et al. (2017),"Frequent use of colistin-
based drug treatment to eliminate extended-spectrum beta-lactamase-producing 
Escherichia coli in backyard chicken farms in Thai Binh Province, Vietnam", 
Trop Anim Health Prod,49 (1)31-37. 
95. Nakayama Tatsuya, Ueda Shuhei, Huong Bui Thi Mai, et al. (2015),"Wide 
dissemination of extended-spectrum β-lactamase-producing Escherichia coli in 
community residents in the Indochinese peninsula", Infection and drug 
resistance,8 1-5. 
96. Nemoy L. L., Kotetishvili M., Tigno J., et al. (2005),"Multilocus sequence 
typing versus pulsed-field gel electrophoresis for characterization of extended-
spectrum beta-lactamase-producing Escherichia coli isolates", J Clin 
Microbiol,43 (4)1776-81. 
97. Nhung N.T., Hoa N.M., Cuong N.V., et al. (2016),"Use of Colistin and Other 
Critical Antimicrobials on Pig and Chicken Farms in Southern Vietnam and Its 
Association with Resistance in Commensal Escherichia coli Bacteria", Appl 
Environ Microbiol,82 (13)3727-3735. 
98. Nicolas-Chanoine M. H., Gruson C., Bialek-Davenet S., et al. (2013),"10-Fold 
increase (2006-11) in the rate of healthy subjects with extended-spectrum beta-
lactamase-producing Escherichia coli faecal carriage in a Parisian check-up 
centre", J Antimicrob Chemother,68 (3)562-8. 
99. Orden J. A., Ruiz-Santa-Quiteria J. A., Garcia S., Cid D.&De La Fuente R. 
(2000),"In vitro susceptibility of Escherichia coli strains isolated from diarrhoeic 
dairy calves to 15 antimicrobial agents", J Vet Med B Infect Dis Vet Public 
Health,47 (5)329-35. 
100. Partridge S. R., Kwong S. M., Firth N.&Jensen S. O. (2018),"Mobile Genetic 
Elements Associated with Antimicrobial Resistance", Clin Microbiol Rev,31 (4) 
101. Paterson D. L. &Bonomo R. A. (2005),"Extended-spectrum beta-lactamases: a 
clinical update", Clin Microbiol Rev,18 (4)657-86. 
102. Phong L.Q., Ueda S., Hue N.T.N., et al. (2015),"Characteristics of Extended-
Spectrum beta-Lactamase-Producing Escherichia coli in Retail Meats and 
Shrimp at a Local Market in Vietnam", Foodborne Pathog Dis,12 (8)719-25. 
103. Phuong H.H., Awasthi S. P., N Phuc. D., et al. (2017),"Antimicrobial 
resistance profiles and molecular characterization of Escherichia coli strains 
isolated from healthy adults in Ho Chi Minh City, Vietnam", J Vet Med Sci,79 
(3)479-485. 
104. Pitari G. M., Zingman L. V., Hodgson D. M., et al. (2003),"Bacterial 
enterotoxins are associated with resistance to colon cancer", Proc Natl Acad Sci 
U S A,100 (5)2695-9. 
105. PulseNet (2013),"Standard Operating Procedure for PulseNet PFGE of 
Escherichia coli O157:H7, Escherichia coli non-O157 (STEC), Salmonella 
serotypes, Shigella sonnei and Shigella flexneri", 
https://www.cdc.gov/pulsenet/pdf/ecoli-shigella-salmonella-pfge-protocol-
508c.pdf, 
106. Rozwandowicz M., Hordijk J., Mevius D. J., et al. (2018),"Plasmids carrying 
antimicrobial resistance genes in Enterobacteriaceae", Journal of Antimicrobial 
Chemotherapy,73 (5)1121-1137. 
107. Sanders C. C., Peyret M., Moland E. S., et al. (2000),"Ability of the VITEK 2 
advanced expert system To identify beta-lactam phenotypes in isolates of 
Enterobacteriaceae and Pseudomonas aeruginosa", J Clin Microbiol,38 (2)570-4. 
108. Sangare S. A., Rondinaud E., Maataoui N., et al. (2017),"Very high prevalence 
of extended-spectrum beta-lactamase-producing Enterobacteriaceae in 
bacteriemic patients hospitalized in teaching hospitals in Bamako, Mali", PLoS 
One,12 (2)e0172652. 
109. Sasaki T., Hirai I., Niki M., et al. (2010),"High prevalence of CTX-M beta-
lactamase-producing Enterobacteriaceae in stool specimens obtained from 
healthy individuals in Thailand", J Antimicrob Chemother,65 (4)666-8. 
110. Schoevaerdts D., Verroken A., Huang T. D., et al. (2012),"Multidrug-resistant 
bacteria colonization amongst patients newly admitted to a geriatric unit: a 
prospective cohort study", J Infect,65 (2)109-18. 
111. Shacheraghi F. &Shakibaie M.R (2010),"Molecular Identification of ESBL 
Genes blaGES-1, blaVEB-1, blaCTX-M blaOXA-1, blaOXA-4, blaOXA-10 and 
blaPER-1 in Pseudomonas aeruginosa Strains Isolated from Burn Patients by 
PCR, RFLP and Sequencing Techniques ", Int J Biol life Sci, 
112. Shukla I, Tiwari R &Agrawal M (2004),"Prevalence of extended spectrum -
lactamase producing klebsiella pneumoniae in a tertiary care hospital", Indian 
Journal of Medical Microbiology,22 (2)87-91. 
113. Smet A., Rasschaert G., Martel A., et al. (2011),"In situ ESBL conjugation 
from avian to human Escherichia coli during cefotaxime administration", J Appl 
Microbiol,110 (2)541-9. 
114. Tenover F. C., Arbeit R. D., Goering R. V., et al. (1995),"Interpreting 
chromosomal DNA restriction patterns produced by pulsed-field gel 
electrophoresis: criteria for bacterial strain typing", Journal of clinical 
microbiology,33 (9)2233-2239. 
115. The European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) 
(2012),"SURVEILLANE REPORT: Antimicrobial resistance surveillance in 
Europe 2012", 
https://ecdc.europa.eu/sites/portal/files/media/en/publications/Puications 
antimicrobial-resistance-surveillance-europe-2012.pdf 
116. Trung N. V., Phung L.V ., Chinh L. H. , Khanh N.G.&Weintraub A. 
(2005),"Detection and characterization of diarrheagenic Escherichia coli from 
young children in Hanoi, Vietnam", J Clin Microbiol,43 (2)755-60. 
117. Tzelepi E., Magana Ch, Platsouka E., et al. (2003),"Extended-spectrum beta-
lactamase types in Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli in two Greek 
hospitals", Int J Antimicrob Agents,21 (3)285-8. 
118. Vaidya Sunil, Dvivedi Garima &Jadhav Santoshkumar (2011),"Cross-
neutralization between three mumps viruses & mapping of haemagglutinin-
neuraminidase (HN) epitopes", Journal of Laboratory Physicians,3 (1)37-42. 
119. Valenza G., Nickel S., Pfeifer Y., et al. (2014),"Extended-spectrum-beta-
lactamase-producing Escherichia coli as intestinal colonizers in the German 
community", Antimicrob Agents Chemother,58 (2)1228-30. 
120. van der Donk Christina F. M., van de Bovenkamp Jeroen H. B., De Brauwer 
Els I. G. B., et al. (2012),"Antimicrobial Resistance and Spread of Multi Drug 
Resistant Escherichia coli Isolates Collected from Nine Urology Services in the 
Euregion Meuse-Rhine", PLOS ONE,7 (10)e47707. 
121. Villegas M. V., Blanco M. G., Sifuentes-Osornio J.&Rossi F. 
(2011),"Increasing prevalence of extended-spectrum-beta-lactamase among 
Gram-negative bacilli in Latin America--2008 update from the Study for 
Monitoring Antimicrobial Resistance Trends (SMART)", Braz J Infect Dis,15 
(1)34-9. 
122. Walkty A., Karlowsky J. A., Adam H. J., et al. (2016),"Frequency of MCR-1-
mediated colistin resistance among Escherichia coli clinical isolates obtained 
from patients in Canadian hospitals (CANWARD 2008-2015)", CMAJ Open,4 
(4)E641-e645. 
123. Zhao R., Shi J., Shen Y., et al. (2015),"Phylogenetic Distribution of Virulence 
Genes Among ESBL-producing Uropathogenic Escherichia coli Isolated from 
Long-term Hospitalized Patients", J Clin Diagn Res,9 (7)Dc01-4. 
125. Wang Yuan, Wu Jian &Cao Yi (2015),"The extended spectrum β-lactamases 
(ESBL) and virulence genes of intestinal enteroaggregative Escherichia coli 
(EAEC) in healthy elderly individuals", International journal of clinical and 
experimental medicine,8 (11)20953-20958. 
126. Wilson G. &McCabe D. (2007),"The use of antibiotic-containing agars for the 
isolation of extended-spectrum β-lactamase-producing organisms in intensive 
care units", Clinical Microbiology and Infection,13 (4)451-453. 
127. World Health Organization (2014),"Antimicrobial Resistance: Global Report 
on Surveillance", 
PHỤ LỤC