Nghiên cứu chuyển gen mã hóa protein bề mặt của virus H5N1 vào cây đậu tương phục vụ sản xuất vaccine thực vật
Cúm là một căn bệnh nguy hiểm gây tử vong cao và hằng năm trên thế
giới đã có hơn nửa tỷ người mắc bệnh. Hiện nay, virus cúm A/H5N1- chủng
virus nguy hiểm nhất ở gia cầm đã lan truyền trên 40 quốc gia ở châu Á,
Trung đông, châu Âu và châu Phi. Ở nước ta, dịch cúm gia cầm H5N1 xảy ra
từ những tháng cuối năm 2003 gây thiệt hại nghiêm trọng cho ngành chăn
nuôi gia cầm và ảnh hưởng đến sức khoẻ con người. Việt Nam và Indonesia
là hai quốc gia có số người nhiễm virus cúm A/H5N1 và có tỷ lệ tử vong cao
nhất so với các quốc gia trên thế giới. Chính vì vậy nghiên cứu làm sáng tỏ
bệnh cúm A/H5N1 và nhân tố gây bệnh để xây dựng biện pháp phòng và
khống chế bệnh là yêu cầu thực tiễn đặt ra.
Dịch cúm gia cầm diễn biến ngày càng phức tạp vì hệ gen của virus cúm
A luôn biến đổi. Bên cạnh đó, nguồn tàng trữ và lây lan bệnh là chim di cư và
thủy cầm rất khó kiểm soát và khống chế. Hiện nay, việc phòng chống virus
cúm A nói chung và H5N1 nói riêng, bên cạnh các biện pháp phòng chống
dịch như tiêu độc, xử lý gia cầm bị bệnh, thanh lý gia cầm nhiễm hoặc nguy
cơ nhiễm thì biện pháp sử dụng vaccine vẫn là hướng thiết yếu nhất để khống
chế và ngăn chặn sự lây lan dịch sang người. Hiện nay, ngoài vaccine truyền
thống, vaccine thế hệ mới được tạo ra bằng các phương pháp tái tổ hợp và di
truyền ngược đang được sử dụng rộng rãi.
Tóm tắt nội dung tài liệu: Nghiên cứu chuyển gen mã hóa protein bề mặt của virus H5N1 vào cây đậu tương phục vụ sản xuất vaccine thực vật
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN –––––––––––––––––– NGUYỄN THU HIỀN NGHIÊN CỨU CHUYỂN GEN MÃ HÓA PROTEIN BỀ MẶT CỦA VIRUS H5N1 VÀO CÂY ĐẬU TƯƠNG PHỤC VỤ SẢN XUẤT VACCINE THỰC VẬT LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC THÁI NGUYÊN - 2013 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN –––––––––––––––––– NGUYỄN THU HIỀN NGHIÊN CỨU CHUYỂN GEN MÃ HÓA PROTEIN BỀ MẶT CỦA VIRUS H5N1 VÀO CÂY ĐẬU TƯƠNG PHỤC VỤ SẢN XUẤT VACCINE THỰC VẬT Chuyên ngành: Di truyền học Mã số: 62 42 01 21 LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Người hướng dẫn khoa học: 1. PGS.TS. CHU HOÀNG HÀ 2. GS. TS. CHU HOÀNG MẬU THÁI NGUYÊN - 2013 1 MỞ ĐẦU 1. Đặt vấn đề Cúm là một căn bệnh nguy hiểm gây tử vong cao và hằng năm trên thế giới đã có hơn nửa tỷ người mắc bệnh. Hiện nay, virus cúm A/H5N1- chủng virus nguy hiểm nhất ở gia cầm đã lan truyền trên 40 quốc gia ở châu Á, Trung đông, châu Âu và châu Phi. Ở nước ta, dịch cúm gia cầm H5N1 xảy ra từ những tháng cuối năm 2003 gây thiệt hại nghiêm trọng cho ngành chăn nuôi gia cầm và ảnh hưởng đến sức khoẻ con người. Việt Nam và Indonesia là hai quốc gia có số người nhiễm virus cúm A/H5N1 và có tỷ lệ tử vong cao nhất so với các quốc gia trên thế giới. Chính vì vậy nghiên cứu làm sáng tỏ bệnh cúm A/H5N1 và nhân tố gây bệnh để xây dựng biện pháp phòng và khống chế bệnh là yêu cầu thực tiễn đặt ra. Dịch cúm gia cầm diễn biến ngày càng phức tạp vì hệ gen của virus cúm A luôn biến đổi. Bên cạnh đó, nguồn tàng trữ và lây lan bệnh là chim di cư và thủy cầm rất khó kiểm soát và khống chế. Hiện nay, việc phòng chống virus cúm A nói chung và H5N1 nói riêng, bên cạnh các biện pháp phòng chống dịch như tiêu độc, xử lý gia cầm bị bệnh, thanh lý gia cầm nhiễm hoặc nguy cơ nhiễm thì biện pháp sử dụng vaccine vẫn là hướng thiết yếu nhất để khống chế và ngăn chặn sự lây lan dịch sang người. Hiện nay, ngoài vaccine truyền thống, vaccine thế hệ mới được tạo ra bằng các phương pháp tái tổ hợp và di truyền ngược đang được sử dụng rộng rãi. Tuy nhiên, các loại vaccine này có nhược điểm như giá thành cao, khó bảo quản và mức độ an toàn thấp. Do vậy, các nhà khoa học trên thế giới vẫn đang tiếp tục phát triển những loại vaccine mới có tính ưu việt hơn, rẻ hơn, dễ bảo quản, an toàn và hiệu quả hơn. Vaccine ăn được từ thực vật là vaccine tác động vào thể dịch, kích thích cả hệ thống miễn dịch thể dịch và miễn dịch tế bào. Vaccine thực vật có hoạt tính 2 tương tự như vaccine thông thường, chỉ khác là vaccine này được thực vật sản xuất trong những phần ăn được như lá, củ, quả và hạt. Vaccine thực vật có một số ưu điểm nổi bật so với các loại vaccine khác ở chỗ có thể ăn tươi hoặc nấu chín; dễ dàng sản xuất khối lượng lớn bằng cách tăng diện tích trồng cây chuyển gen có khả năng sản xuất kháng nguyên; vaccine thực vật có tính ổn định, an toàn cao, dễ bảo quản, dễ sử dụng và có hiệu quả kinh tế. Ở Việt Nam, đậu tương là cây có giá trị kinh tế cao, hạt đậu tương là nguồn thực phẩm chính cho vật nuôi và con người. Sự biểu hiện thành công gen gus trên cây đậu tương là cơ sở của việc ứng dụng kỹ thuật chuyển gen để sản xuất các chất có dược tính như vaccine trong hạt đậu tương. Với ưu điểm nổi bật như sản xuất đơn giản, giá thành thấp, hiệu quả cao trong phòng bệnh và có độ an toàn, vaccine sản xuất từ thực vật được xem là hướng đi phù hợp trong chiến lược chăm sóc sức khoẻ cộng đồng ở các quốc gia đang phát triển. Xuất phát từ lý do trên chúng tôi đã tiến hành đề tài luận án là: “Nghiên cứu chuyển gen mã hóa protein bề mặt của virus H5N1 vào cây đậu tương phục vụ sản xuất vaccine thực vật”. 2. Mục tiêu nghiên cứu Thiết kế được vector mang cấu trúc gen HA, đoạn gen HA1 của virus cúm A/H5N1. Tạo được cây đậu tương chuyển gen mang cấu trúc đoạn gen HA1 và biểu hiện được protein tái tổ hợp HA1 ở hạt đậu tương. 3. Nội dung nghiên cứu 3.1. Thiết kế và tổng hợp gen HA và đoạn gen HA1, nhân dòng gen HA và đoạn gen HA1 trong tế bào vi khuẩn E.coli và tạo vector chuyển gen mang cấu trúc gen HA và đoạn gen HA1. 3 3.2. Biến nạp cấu trúc vector chuyển gen mang gen HA và đoạn gen HA1 vào vi khuẩn A. tumefaciens. Lây nhiễm vi khuẩn A. tumefaciens tái tổ hợp vào mô lá thuốc lá và tái sinh tạo cây thuốc lá chuyển gen mang gen HA và đoạn gen HA1; 3.3. Phát triển hệ thống tái sinh đa chồi phục vụ chuyển gen ở cây đậu tương; 3.4. Chuyển cấu trúc vector mang gen gus biểu hiện ở hạt vào cây đậu tương. Đánh giá hiệu quả chuyển gen gus ở giống đậu tương ĐT12 và DT84; 3.5. Chuyển cấu trúc vector mang đoạn gen HA1 vào cây đậu tương và phân tích sự có mặt của đoạn gen chuyển HA1 ở cây đậu tương của thế hệ T0; 3.6. Phân tích dòng cây đậu tương chuyển gen ở thế hệ T1 bằng kỹ thuật PCR và lai Western blot để xác định sự biểu hiện của protein HA1 ở hạt đậu tương. 4. Những đóng góp mới của luận án 4.1. Hai cấu trúc vector mang gen HA và mang đoạn gen HA1 biểu hiện trong hạt đã được thiết kế thành công và tạo được chủng vi khuẩn Agrobacterium tumefaciens tái tổ hợp mang cấu trúc gen HA, đoạn gen HA1 của virus cúm A/H5N1. 4.2. Giống đậu tương ĐT12 và DT84 đã được thử nghiệm chuyển gen gus. Hiệu suất chuyển gen được kiểm tra ở giai đoạn hạt là 7,8% đối với giống ĐT12 và 4,3 % với giống DT84. 4.3. Chuyển cấu trúc SLHEP-HA1 vào cây đậu tương và thu được 8 dòng cây đậu tương ở thế hệ T0 mang cấu trúc vector biểu hiện đặc trưng trong hạt SLHEP-HA1. 4.4. Ở thế hệ T1 đã thu được dòng đậu tương H11 chuyển gen mang đoạn gen HA1 và biểu hiện thành công protein HA1 trong hạt của dòng đậu tương H11. 4 5. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn Về khoa học: Đã thiết kế được vector chuyển gen mang cấu trúc gen HA và đoạn gen HA1 biểu hiện ở hạt thực vật. Biểu hiện thành công gen gus ở hạt. Đã hoàn thiện được quy trình tái sinh đa chồi ở cây đậu tương. Với việc lây nhiễm vi khuẩn A. tumefaciens tái tổ hợp vào mô đậu tương đã tổn thương, tạo cây đậu tương chuyển gen và đã biểu hiện thành công protein HA1 của virus H5N1 trong hạt đậu tương. Về thực tiễn: Với kết quả protein HA1 đã được biểu hiện thành công trong hạt đậu tương ở thế hệ T1 là cơ sở của việc tiếp tục kiểm tra đáp ứng khả năng miễn dịch của gia cầm, đồng thời làm tiền đề cho việc nghiên cứu sản xuất vaccine ăn được ở thực vật. 5 Chương 1 TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1. BỆNH CÚM GIA CẦM VÀ VIRUS CÚM A/H5N1 1.1.1. Bệnh cúm gia cầm và dịch bệnh cúm A/H5N1 Cúm gia cầm (Avian Influenza, AI) là bệnh truyền nhiễm cấp tính của gia cầm, do nhóm virus cúm A thuộc họ Orthomyxoviridae gây ra [38]. Đây là nhóm virus có biên độ rộng, được phân chia thành nhiều phân type khác nhau dựa trên kháng nguyên HA và NA có trên bề mặt capsid của hạt virus. Nhóm virus cúm A có 16 phân type HA (từ H1 đến H16) và 9 phân type NA (từ N1 đến N9) và sự tái tổ hợp giữa các phân type HA và NA sẽ tạo ra nhiều phân type khác nhau về độc tính và khả năng gây bệnh [42]. Virus cúm A/H5N1 có độc lực cao và gây bệnh trên người vào những năm 1996-2008 [106]. Chủng virus cúm A/H5N1 được phát hiện lần đầu tiên gây bệnh dịch trên gà tại Scotland vào năm 1959. Sau đó, cúm A/H5N1 đã tái xuất hiện tại Quảng Đông (1996) và Hồng Kông (1997) với sự biến đổi sâu sắc, không những gây chết gia cầm mà còn thích ứng trên người và gây chết người bệnh [142]. Năm 2003, virus H5N1 gây ra dịch cúm trên gia cầm tại Hồng Kông, Trung Quốc và lây lan sang hàng chục quốc gia ở châu Á, châu Âu và châu Phi, trong đó có Việt Nam. Cấu trúc virus cúm A/H5N1 vẫn như trước đó, nhưng xét về độc lực , loài vật chủ nhiễm bệnh, tính kháng nguyên- miễn dịch và mức độ truyền lây có nhiều nét đặc trưng hơn và khác với những biến chủng H5N1 trước đây. Các chủng virus cúm A/H5N1 thuộc phân dòng Thanh Hải (nguồn gốc vùng Bắc Trung Quốc) xuất hiện cuối năm 2005, bắt đầu lan sang một số nước vùng Trung Á, Nga rồi tràn ngập vào các nước vùng Tây Á, bao gồm cả Thổ Nhĩ Kỳ, các nước Bắc-Trung Phi, trong đó Ai Cập và Nigeria là các nước chịu thiệt hại nhiều nhất [25]. 6 Theo thống kê của Tổ chức Y tế thế giới (WHO) đến tháng 3/2013, đã có tới 622 trường hợp mắc cúm A/H5N1, trong đó có 371 trường hợp đã tử vong, chiếm 59,65%. Trong đó quốc gia có số người mắc bệnh và số tử vong cao là các nước Ai cập, Indonesia và Việt Nam. Kết quả điều tra dịch tễ học cho thấy, hầu hết những ca nhiễm cúm gia cầm H5N1 trên người đều có liên quan đến tiếp xúc với gia cầm bị bệnh hoặc trung gian qua thực phẩm chế biến từ gia cầm bị bệnh hoặc qua tiếp xúc trực tiếp như giết mổ, vận chuyển, mua bán gia cầm. Việt Nam được WHO xác định là quốc gia “điểm nóng” do virus cúm A/H5N1 có các điều kiện thuận lợi để tiến hóa thích nghi lây nhiễm và trở thành virus của người. Ở Việt Nam, đại dịch bùng phát từ năm 2003, đã tái phát qua bốn đợt dịch. Đợt thứ nhất xảy ra ở 57 tỉnh, thành phố; đợt dịch thứ tư gần đây nhất xảy ra ở 21 tỉnh, thành phố, đã tiêu hủy trên 50 triệu gia cầm các loại, thiệt hại lên đến hàng ngàn tỷ đồng [9]. Qua điều tra dịch tễ, các trường hợp nhiễm cúm A/H5N1 trên người được ghi nhận đồng thời với thời điểm có dịch cúm trên gia cầm. Mặc dù số ca nhiễm ít nhưng tỷ lệ tử vong rất cao (59%) và chi phí điều trị rất tốn kém, do vậy biện pháp tốt nhất là dự phòng để tránh mắc bệnh [7]. 1.1.2. Virus cúm A/H5N1 1.1.2.1. Đặc tính của virus cúm A/H5N1 Virus cúm A/H5N1 mẫn cảm với nhiệt độ, với các dung môi hòa tan lipid, với các loại hóa chất sát trùng và oxy hóa, với formaldehyde và với các tia phóng xạ. Các hạt virus tồn tại trong pH từ 6,5 đến 7,9. Trong điều kiện quá acid hoặc quá kiềm đều làm giảm khả năng lây nhiễm. Virus A/H5N1 bị bất hoạt dưới ánh sáng trực tiếp sau 40 giờ, tồn tại được 15 ngày ánh sáng thường, tia tử ngoại bất hoạt được virus nhưng không phá hủy được kháng nguyên của virus. Tuy nhiên, virus bị phá hủy hoàn toàn ở 100oC hoặc 30 7 phút ở 60oC, tồn tại 3 tháng ở nhiệt độ thấp (trong phân gia cầm), và hàng năm ở -70 oC. Trong phủ tạng gia cầm (40oC) tồn tại được 25-30 ngày, nhưng trong cơ thể người (37oC) chỉ sống được 7-8 ngày, còn ở nước 30oC tồn tại được 4 ngày [24] [26] [75]. Về mặt dịch tễ học, virus cúm A có nhiều biến chủng khác nhau. Các phân type (subtype) là kết quả tái tổ hợp của 15 HA (H1-H15) và 9 NA (N1-N9). Hemagglutinin mới, dạng thứ 16 (H16), được tìm thấy năm 2005 từ con mòng biển đầu đen. Trình tự H16 có độ tương đồng cao với H13 [25] [32]. Các phân type gây nhiễm cho hầu hết các loài sinh vật bao gồm loài người, các loài lông vũ (gà, thủy cầm), lợn, ngựa, chim, chồn đất, hải cẩu, cá voi... Chúng thích ứng hầu hết với mọi loại vật chủ và hệ gen luôn luôn biến đổi, định kỳ gây nên những vụ dịch cúm kinh hoàng trong lịch sử ở động vật và người [140]. Do đặc tính biến đổi gen nhanh chóng và trao đổi gen để tái tổ hợp tạo biến thể mới lan truyền trong quần thể sinh vật, cúm A là nhóm virus nguy hiểm truyền bệnh từ động vật sang người .Virus A/H5N1 được coi là loại biến chủng có mức độ độc lực cao nhất đối với các loài động vật và người, có nhiều minh chứng khoa học cho thấy chủng này bắt nguồn từ H6N2 hoặc và trao đổi gen thông qua H9N2 trên lợn [77]. Về danh pháp, để ký hiệu và lưu trữ một cách khoa học và đầy đủ, các chủng virus cúm sau khi phân lập phải được ký hiệu theo danh pháp quy định với trật tự như sau: tên serotype/loài bị nhiễm/nơi phân lập/số hiệu chủng/thời gian phân lập/loại hình subtype (HA (H) và NA (N)) [35] [25]. Ví dụ: virus cúm có ký hiệu A/chicken/Vietnam/HG4/ 2005(H5N1) có thông tin về danh pháp là cúm nhóm A, loài nhiễm là gà (chicken), nơi phân lập là Việt Nam, số hiệu chủng là HG4 – Hậu Giang 4, thời gian phân lập là năm 2005, phân type là H5N1. 8 Tính gây bệnh hay độc lực của virus cúm A được chia làm hai loại: (1) loại độc lực cao (HPAI - Highly pathogenic avian influenza) và (2) loại độc lực thấp (LPAI - Low pathogenic avian influenza). Cả hai loại đều cùng tồn tại trong tự nhiên [30]. HPAI là loại virus cúm A có khả năng gây tổn thương nhiều cơ quan nội tạng trong cơ thể nhiễm, trên gia cầm chúng thường gây chết 100% số gia cầm bị nhiễm trong vòng 48 giờ sau nhiễm. Loại này rất nguy hiểm gây lo ngại cho cộng đồng. Virus loại HPAI phát triển tốt trên tế bào phôi gà và tế bào thận chó trong môi trường nuôi cấy không có trypsin [29]. LPAI là loại virus khi phát triển trong cơ thể nhiễm, có thể gây bệnh cúm nhẹ không có triệu chứng lâm sàng điển hình và không làm chết vật chủ. Đây là loại virus lây truyền rộng rãi và tạo nên các ổ bệnh trong tự nhiên của virus cúm A, loại này có thể trao đổi gen với các chủng virus có độc lực cao đồng nhiễm trên cùng một tế bào và trở thành loại virus HPAI nguy hiểm [68] [155]. 1.1.2.2. Cấu trúc hệ gen của virus cúm A/H5N1 Hệ gen của virus cúm A/H5N1 có khoảng 13500 nucleotide, gồm 8 phân đoạn gen mã hoá cho 8 phân tử protein [34]. Các phân đoạn 1, 2 và 3 là những phân đoạn mã hóa tổng hợp các enzyme trong phức hợp polymerase (RNA transcriptase) của virus, có độ dài ổn định và có tính bảo tồn cao, cụ thể là: Phân đoạn 1 (gen PB2) mã hóa tổng hợp enzyme PB2, là tiểu đơn vị thành phần trong phức hợp polymerase của virus, chịu trách nhiệm khởi đầu phiên mã RNA virus. PB2 có khối lượng phân tử 87.103 Da [38]. Tính thích nghi nhiệt độ cơ thể loài vật chủ được cho là có liên quan đến vị trí amino acid 627 ở protein PB2 (ở virus cúm gia cầm vị trí này là Glu - thích ứng với nhiệt độ cơ thể gia cầm khoảng 40oC, còn ở virus thích nghi trên người là Lys - thích ứng nhiệt độ cơ thể người khoảng 37oC) [63]. Phân đoạn 2 (gen PB1) mã hóa tổng hợp enzyme PB1 - tiểu đơn vị xúc tác của phức hợp enzym polymerase trong quá trình tổng hợp RNA virus, chịu 9 trách nhiệm gắn mũ RNA [38]. Gần đây, đã có phát hiện thêm một protein (PB1-F2) được mã hóa bởi một khung đọc mở khác của PB1, có vai trò gây ra hiện tượng apoptosis (hiện tượng tế bào chết theo chương trình) [38]. Phân đoạn 3 (gen PA) là phân đoạn gen bảo thủ cao, mã hóa tổng hợp protein enzyme PA có khối lượng phân tử là 96.103 Da. PA là một tiểu đơn vị của polymerase chịu trách nhiệm kéo dài sự phiên mã RNA trong quá trình tổng hợp RNA của virus [8]. Các phân đoạn 4 và 6 mã hóa cho các protein (HA và NA) bề mặt capsid của virus, có tính kháng nguyên đặc trưng theo từng chủng virus cúm A, cụ thể như sau: Phân đoạn 4 (gen HA) có độ dài thay đổi tuỳ theo từng chủng virus cúm A Gen HA mã hóa tổng hợp protein HA - kháng nguyên bề mặt virus cúm, gồm hai tiểu phần là HA1 và HA2. Vùng nối giữa HA1 và HA2 gồm một số amino acid mang tính kiềm được mã hóa bởi một chuỗi oligonucleotide, đó là điểm cắt của protease và đây là vùng quyết định độc lực của virus [8 ]. Protein HA có khối lượng phân tử khoảng 63.103 Da (nếu không được glycosyl hóa) và 77.103 Da (nếu được glycosyl hóa, trong đó HA1 là 48.103 Da và HA2 là 29.103 Da) [ ... Haire, D. Stevens, R. Russell, S. Gamblin, J. Skehel, and Y. Kawaoka (2006), Haemagglutinin mutations responsible for the binding of H5N1 influenza A viruses to human-type receptors. Nature, 444(7117): pp 378-382. 152. Zeng, P., Vadnais D.A. , Zhang Z. and Polacco J.C. (2004) Refined glufosinate selection in Agrobacterium-mediated transformation of soybean [Glycine max (L.) Merrill]. Plant Cell Rep. 22: pp.478–482. 153. Zhang, Z., Xing A., Staswick P. and. Clemente T.E (1999) The use of glufosinate as a selective agent in Agrobacteriummediated transformation of soybean. Plant Cell Tissue Organ Cult. 56: pp.37–46. 131 154. Zhao, Z., Shortridge K., M.G. M, Guan Y., and Wan X. (2008), Genotypic diversity of H5N1 highly pathogenic avian influenza viruses. J Gen Virol, 89(9): pp.2182-2193. 155. Zhou H., Jin M., Yu Z., Xu X., Peng Y., Wu H., Liu J., Liu H., Cao S., and Chen H. (2007), Effective small interfering RNAs targeting matrix and nucleocapsid protein gene inhibit influenza A virus replication in cells and mice. Antiviral Res, 76(2): pp.186-193. 156. Zyprian E. and Kado C.I (1990), “Agrobacterium – mediated plant transformation by novel mini- T- vectors in conjunction with a high- copy vir region helper plasmid”. Pant Mol. Biol, 15, pp . 245 – 256. i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của tôi và một số kết quả cùng cộng tác với các cộng sự khác. Các số liệu và kết quả trình bày trong luận án là trung thực, một phần đã được công bố trên các Tạp chí khoa học chuyên ngành và trong Kỷ yếu Hội nghị Khoa học-Công nghệ với sự đồng ý và cho phép của các đồng tác giả. Phần còn lại chưa được ai công bố trong bất kỳ công trình nào khác. Tác giả Nguyễn Thu Hiền ii LỜI CẢM ƠN Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn tới GS.TS Chu Hoàng Mậu, PGS.TS Chu Hoàng Hà đã tận tình hướng dẫn, chỉ bảo và tạo điều kiện thuận lợi cho tôi trong suốt quá trình học tập, nghiên cứu và hoàn thành luận án. Tôi xin cảm ơn Phòng thí nghiệm trọng điểm Công nghệ gen, xin chân thành cảm ơn TS. Lê Văn Sơn cùng toàn thể cán bộ phòng Công nghệ tế bào thực vật, Viện Công nghệ Sinh học đã tận tình giúp đỡ, truyền đạt những kinh nghiệm quý báu cho tôi trong quá trình nghiên cứu và thực hiện đề tài luận án. Xin cảm ơn sự giúp đỡ của nhóm nghiên cứu và các đồng nghiệp. Tôi xin chân thành cảm ơn PGS.TS. Nguyễn Thị Tâm cùng tập thể cán bộ Bộ môn Di truyền & Sinh học hiện đại đã giúp đỡ và tạo điều kiện thuận lợi cho tôi trong suốt quá trình học tập và nghiên cứu đề tài luận án. Tôi xin cảm ơn các thầy cô khoa Sinh-Kỹ thuật Nông nghiệp và Phòng Quản lý sau đại học, trường Đại học Sư phạm – Đại học Thái Nguyên, xin cảm ơn lãnh đạo trường Đại học Sư phạm và lãnh đạo Đại học Thái Nguyên. Tôi xin cảm ơn sự giúp đỡ và tạo điều kiện của Ban chủ nhiệm khoa Khoa học cơ bản, Ban giám hiệu Trường Đại học Y Dược – Đại học Thái Nguyên. Tôi xin cảm ơn gia đình và bạn bè đã luôn động viên, giúp đỡ tôi trong suốt quá trình học tập và thực hiện thành công luận án này. Nghiên cứu sinh Nguyễn Thu Hiền iii MỤC LỤC MỞ ĐẦU ...................................................................................................................................................................................... 1 1. Đặt vấn đề .............................................................................................................................................................................. 1 2. Mục tiêu nghiên cứu ................................................................................................................................................... 2 3. Nội dung nghiên cứu .................................................................................................................................................. 2 4. Những đóng góp mới của luận án ................................................................................................................ 3 5. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn ......................................................................................................................... 4 Chương 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU ....................................................................................................... 5 1.1. BỆNH CÚM GIA CẦM VÀ VIRUS CÚM A/H5N1 ....................................................... 5 1.1.1. Bệnh cúm gia cầm và dịch bệnh cúm A/H5N1 ................................................................... 5 1.1.2. Virus cúm A/H5N1 ............................................................................................................................................ 6 1.2. VACCINE PHÒNG CHỐNG BỆNH CÚM A/H5N1 ............................................................ 19 1.2.1. Các loại vaccine phòng chống bệnh cúm A/H5N1 ..................................................... 19 1.2.2. Nghiên cứu sản xuất vaccine phòng chống bệnh cúm A/H5N1 ................... 22 1.3. ỨNG DỤNG KỸ THUẬT CHUYỂN GEN TRONG NGHIÊN CỨU SẢN XUẤT VACCINE THỰC VẬT ............................................................................................................................ 27 1.3.1. Nghiên cứu chuyển gen ở cây đậu tương .............................................................................. 27 1.3.2. Thành tựu ứng dụng kỹ thuật chuyển gen trong chọn giống đậu tương................. 39 1.3.3. Ứng dụng kỹ thuật chuyển gen trong nghiên cứu sản xuất vaccine thực vật ...................................................................................................................................................................................................... 44 Chương 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .............................. 49 2.1. VẬT LIỆU ................................................................................................................................................................... 49 2.1.1. Nguyên liệu thực vật .................................................................................................................................... 49 2.1.2. Chủng vi khuẩn và các loại vector ................................................................................................ 49 2.1.3. Hóa chất ..................................................................................................................................................................... 49 2.1.4. Thiết bị ........................................................................................................................................................................ 49 2.2. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ...................................................................................................... 50 2.2.1. Nhóm phương pháp sử dụng để thiết kế vector chuyển gen.................................. 51 iv 2.2.2. Các phương pháp sử dụng trong xây dựng mô hình tái sinh và chuyển gen in vitro ................................................................................................................................................................................................... 57 2.2.3. Phương pháp phân tích cây chuyển gen .................................................................................. 62 2.3. ĐỊA ĐIỂM NGHIÊN CỨU VÀ HOÀN THÀNH LUẬN ÁN............................ 63 Chương 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN ......................................... 64 3.1. THIẾT KẾ VECTOR CHUYỂN GEN MANG GEN HA VÀ ĐOẠN GEN HA1 CỦA VIRUS H5N1 ......................................................................................................................... 64 3.1.1. Kết quả thiết kế vector chuyển gen mang gen HA ...................................................... 64 3.1.2. Kết quả thiết kế vector chuyển gen mang đoạn gen HA1 ................................... 79 3.2. KẾT QUẢ TẠO CÂY ĐẬU TƯƠNG CHUYỂN GEN MANG ĐOẠN GEN HA1 .................................................................................................................................................................................. 87 3.2.1. Phát triển hệ thống tái sinh phục vụ chuyển gen ở hai giống đậu tương ĐT12 và DT84 ..................................................................................................................................................................... 87 3.2.2. Kết quả chuyển gen gus vào cây đậu tương thông qua vi khuẩn ................ 95 3.2.3. Kết quả chuyển cấu trúc đoạn gen HA1 vào cây đậu tương ........................ 100 3.3. KẾT QUẢ PHÂN TÍCH CÂY ĐẬU TƯƠNG CHUYỂN GEN MANG ĐOẠN GEN HA1 ......................................................................................................................................................... 102 3.3.1. Phân tích sự có mặt của đoạn gen HA1 ở các dòng cây đậu tương chuyển gen ở thế hệ T0 ............................................................................................................................................. 102 3.3.2. Phân tích các dòng cây đậu tương chuyển gen ở thế hệ T1 ............................. 104 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ ............................................................................................................................. 108 CÁC BÀI BÁO ĐÃ CÔNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN ........................ 110 TÀI LIỆU THAM KHẢO .............................................................................................................................. 111 v DANH MỤC NHỮNG CHỮ VIẾT TẮT AS Acetosyrigone A. tumefaciens Agrobacterium tumefaciens BAP 6-benzyladenine purin bp Base pair CCM Cocultivation medium DNA Deoxyribonucleic acid dNTP Deoxynucleoside triphosphate đtg Đồng tác giả EDTA Ethylene diamine tetraacetic acid E. coli Escherichia coli GA3 Gibberellic acid GM Môi trường nảy mầm gus Gen mã hóa enzyme β-Glucuronidase IAA Indoleacetic acid IBA Indole-3-butyric acid kb Kilo base LB Luria and Bertani MS Môi trường cơ bản theo Murashige và Skoog (1962) NAA α-Naphthaleneacetic acid nptII Neomycin phosphotransferase gene OD Optical density PCR Polymerase Chain Reaction PPT Phosphinothricin RM Môi trường ra rễ SDS Sodium dodecylsulfat vi SIM Môi trường tạo chồi SEM Môi trường kéo dài chồi Taq Thermus Aquaticus T-DNA Vùng DNA plasmid chuyển vào thực vật Ti- plasmid Plasmid tạo khối u T0, T1, T2 Các thế hệ cây đậu tương chuyển gen T0 Cây đậu tương chuyển gen tái sinh từ chồi T1 Hạt của cây chuyển gen T0 nảy mầm thành cây T1 T2 Hạt của cây chuyển gen T1 nảy mầm thành cây T2 Vir Virulence Region v/p vòng/phút X-gluc 5-bromo-4-chloro-3-indolyl glucuronide YEP Yeast extract peptone vii DANH MỤC BẢNG TT Tên bảng Trang Bảng 2.1 Thành phần phản ứng PCR 51 Bảng 2.2 Chu kỳ nhiệt cho phản ứng PCR 51 Bảng 2.3 Thành phần phản ứng ligation 53 Bảng 2.4 Thành phần hóa chất tách plasmid 53 Bảng 2.5 Thành phần phản ứng LR 55 Bảng 2.6 Thành phần phản ứng cắt bằng enzyme hạn chế 56 Bảng 2.7 Thành phần môi trường nuôi khuẩn 57 Bảng 2.8 Thành phần các loại môi trường tái sinh in vitro 58 Bảng 3.1 Trình tự cặp mồi XhoI-HA/HindIII-HA 67 Bảng 3.2 Trình tự cặp mồi XhoI-HA1/HindIII-HA1 79 Bảng 3.3 Ảnh hưởng của thời gian khử trùng đến khả năng nảy mầm hạt 88 Bảng 3.4 Kết quả tái sinh đa chồi trên các môi trường chứa BAP nồng độ khác nhau 91 Bảng 3.5 Ảnh hưởng của GA3 và IAA đến khả năng kéo dài chồi 92 Bảng 3.6 Ảnh hưởng của IBA đến khả năng tạo rễ 94 Bảng 3.7 Kết quả chuyển gen gus vào nách lá mầm đậu tương thông qua vi khuẩn A. tumefacines 96 Bảng 3.8 Khả năng tái sinh thông qua nách lá mầm của giống đậu tương ĐT12 sau khi biến nạp cấu trúc gen HA1 102 viii DANH MỤC HÌNH TT Tên hình Trang Hình 1.1 Hình thái, mô hình cấu tạo, cấu trúc ribonucleoprotein của virus cúm A/H5N1 11 Hình 1.2 Mô hình cấu trúc protein Hemagglutinin 15 Hình 1.3 Sơ đồ xâm nhiễm của virus cúm A/H5N1 trong tế bào chủ 18 Hình 1.4 Khối u thực vật do A. tumefaciens 30 Hình 1.5 Cấu trúc Ti- Plasmit 32 Hình 1.6 Mô hình chuyển gen gián tiếp nhờ A. tumefaciens 34 Hình 2.1 Sơ đồ thí nghiệm tổng quát 50 Hình 2.2 Sơ đồ thí nghiệm tái sinh và chuyển gen vào cây đậu tương 60 Hình 3.1 Trình tự (A) và cấu trúc của đoạn gen nhân tạo (SLHEP) (B) 65 Hình 3.2 Trình tự gen HA đã được thay đổi mã bộ ba (HAop) 67 Hình 3.3 Hình ảnh điện di kiểm tra kết quả PCR nhân đoạn gen HAop bằng XhoI-HA/HindIII-HA (M: Thang DNA chuẩn 1kb) 68 Hình 3.4 Hình ảnh điện di kiểm tra sản phẩm thôi gel 69 Hình 3.5 Sơ đồ thí nghiệm ghép nối gen HA/HA1 vào vector p201-SLEHP tạo p201-SLEHP-HA/HA1 70 Hình 3.6 Hình ảnh kết quả biến nạp plasmid tái tổ hợp vào E. coli 71 Hình 3.7 Hình ảnh điện di kiểm tra kết quả chọn dòng plasmid tái tổ hợp p201-SLHEP-HAop 72 ix Hình 3.8 Sơ đồ thiết kế cấu trúc p201-HA/HA1 vào vector pPhaso-dest tạo pPhaso-dest-HA/HA1 73 Hình 3.9 Hình ảnh điện di kiểm tra vector tái tổ hợp pPhaso-HAop 75 Hình 3.10 Hình ảnh điện di sản phẩm PCR kiểm tra vector biến nạp trong chủng A. tumefaciens CV58 76 Hình 3.11 Sơ đồ mô tả sự tái sinh và chuyển gen HA ở cây thuốc lá 78 Hình 3.12 Hình ảnh điện di sản phẩm PCR kiểm tra gen chuyển HAop trong cây thuốc lá 78 Hình 3.13 Hình ảnh điện di kiểm tra kết quả PCR nhân đoạn gen HA1 bằng XhoI-HA/HindIII-HA (M: Thang DNA chuẩn 1kb) 80 Hình 3.14 Trình tự nucleotide và trình tự amino acid suy diễn của đoạn gen HA1op 81 Hình 3.15 Hình ảnh điện di kiểm tra kết quả chọn dòng plasmid tái tổ hợp p201-SLHEP-HA1 83 Hình 3.16 Hình ảnh điện di kiểm tra vector chuyển gen mang cấu trúc pPhaso-SLEHP-HA1 84 Hình 3.17. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR kiểm tra vector biến nạp trong chủng CV58 85 Hình 3.18 Kết quả điện di sản phẩn PCR kiểm tra cây thuốc lá chuyển gen HA1 86 Hình 3.19 Hạt nảy mầm sau các thời gian khử trùng khác nhau 89 Hình 3.20 Cụm chồi tạo được sau 4 tuần nuôi cấy trên SIM 91 Hình 3.21 Cụm chồi trên môi trường kéo dài SEM 93 x Hình 3.22 Đậu tương tái sinh đa chồi (A) và chọn lọc cây chuyển gen trên môi trường chứa kháng sinh kanamycine (B) 96 Hình 3.23 Biểu hiện gen gus trên cây đậu tương chuyển genA, B: lá mầm hạt non; C, D: mảnh lá; A, C: cây không chuyển gen; B, D: cây chuyển gen; E: cây đậu tương mang gen gus 97 Hình 3.24 Sơ đồ mô tả quy trình tái sinh phục vụ chuyển gen ở cây đậu tương ĐT12 99 Hình 3.25 Quy trình chuyển gen ở giống đậu tương ĐT12 101 Hình 3.26 Các cây đậu tương chuyển gen thế hệ T0 được trồng trong nhà lưới 102 Hình 3.27 Phân tích cây đậu tương chuyển gen mang đoạn gen HA1op ở thế hệ T0 103 Hình 3.28 Phân tích sản phẩm PCR bằng cặp mồi đặc hiệu XhoI- HA/ HindIII-HA với các dòng cây đậu tương thế hệ T1 105 Hình 3.29 Phân tích protein HA1op trong hạt đậu tương chuyển gen bằng western blot 106
File đính kèm:
- nghien_cuu_chuyen_gen_ma_hoa_protein_be_mat_cua_virus_h5n1_v.pdf
- Nguyen Thu Hien 01-2014.jpg
- Thong tin luan an NCS Nguyen Thu Hien 01-2014.doc
- Tom tat English Nguyen Thu Hien 01-2014 DHTN.pdf
- Tom tat Tieng Viet Nguyen Thu Hien 01-2014DHTN.pdf