Xây dựng qui trình evagreen real ‐ time pcr phát hiện các gen blaoxa ở acinetobacter baumannii

Đặt vấn đề: Acinetobacter baumannii là tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện nguy hiểm hàng đầu vì tính

đa kháng thuốc của chúng. Đặc biệt, A. baumannii sở hữu gene blaOXA có khả năng tạo carbapenemase, giúp chúng kháng carbapenem.

Mục đích: Nghiên cứu nhằm xây dựng qui trình real‐time PCR phát hiện các gene blaOXA‐23/‐51/‐58 ở A.

baumannii.

Phương pháp: Qui trình được xây dựng từ khâu thiết kế và kiểm tra tính đặc hiệu của các mồi, xác định

thành phần và chương trình real‐time PCR tối ưu cho phản ứng nhân bản các gene blaOXA‐23/‐51/‐58.

Kết quả: Kết quả cho thấy qui trình có khả năng phát hiện chính xác các gene blaOXA‐23/‐51/‐58 đặc trưng

của A. baumannii với độ nhạy (1,42x100‐1,42x101 bản sao/μl) và độ đặc hiệu cao.

Kết luận: Chúng tôi đã xây dựng thành công qui trình EvaGreen real‐time PCR phát hiện các nhóm gene

blaOXA‐23/‐51/‐58 ở A. baumannii. Qui trình có thể được sử dụng để phát hiện nhanh các chủng A. baumannii mang các gene này và tiềm năng trở thành công cụ nghiên cứu dịch tễ học phân tử về sự hiện diện các gene blaOXA ở A. baumannii trong môi trường bệnh viện.

pdf 5 trang dienloan 5980
Bạn đang xem tài liệu "Xây dựng qui trình evagreen real ‐ time pcr phát hiện các gen blaoxa ở acinetobacter baumannii", để tải tài liệu gốc về máy hãy click vào nút Download ở trên

Tóm tắt nội dung tài liệu: Xây dựng qui trình evagreen real ‐ time pcr phát hiện các gen blaoxa ở acinetobacter baumannii

Xây dựng qui trình evagreen real ‐ time pcr phát hiện các gen blaoxa ở acinetobacter baumannii
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 5 * 2014  Nghiên cứu Y học
Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học 197
XÂY DỰNG QUI TRÌNH EVAGREEN REAL‐TIME PCR  
PHÁT HIỆN CÁC GEN blaOXA Ở ACINETOBACTER BAUMANNII 
Nguyễn Tuấn Anh*, Huỳnh Minh Tuấn**, Nguyễn Văn Vĩnh Châu***, Hồ Huỳnh Thùy Dương*,**** 
TÓM TẮT 
Đặt vấn đề: Acinetobacter baumannii là tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện nguy hiểm hàng đầu vì tính 
đa kháng thuốc của chúng. Đặc biệt, A. baumannii sở hữu gene  blaOXA có khả năng tạo carbapenemase, giúp 
chúng kháng carbapenem.  
Mục đích: Nghiên cứu nhằm xây dựng qui trình real‐time PCR phát hiện các gene blaOXA‐23/‐51/‐58 ở A. 
baumannii. 
Phương pháp: Qui trình được xây dựng từ khâu thiết kế và kiểm tra tính đặc hiệu của các mồi, xác định 
thành phần và chương trình real‐time PCR tối ưu cho phản ứng nhân bản các gene blaOXA‐23/‐51/‐58. 
Kết quả: Kết quả cho thấy qui trình có khả năng phát hiện chính xác các gene blaOXA‐23/‐51/‐58 đặc trưng 
của A. baumannii với độ nhạy (1,42x100‐1,42x101 bản sao/μl) và độ đặc hiệu cao.  
Kết luận: Chúng tôi đã xây dựng thành công qui trình EvaGreen real‐time PCR phát hiện các nhóm gene 
blaOXA‐23/‐51/‐58 ở A. baumannii. Qui trình có thể được sử dụng để phát hiện nhanh các chủng A. baumannii 
mang các gene này và tiềm năng trở thành công cụ nghiên cứu dịch tễ học phân tử về sự hiện diện các gene 
blaOXA ở A. baumannii trong môi trường bệnh viện. 
Từ khóa: A. baumannii, β‐lactamase, carbapenemase, OXA, real‐time PCR, EvaGreen 
ABSTRACT 
DEVELOPMENT OF AN EVAGREEN REAL‐TIME PCR PROTOCOL  
FOR THE DETECTION OF SEVERAL blaOXA GENES IN ACINETOBACTER BAUMANNII 
Nguyen Tuan Anh, Huynh Minh Tuan, Nguyen Van Vinh Chau, Ho Huynh Thuy Duong 
* Y Hoc TP. Ho Chi Minh * Vol. 18 ‐ Supplement of No 5‐ 2014: 197 ‐ 201 
Backgrounds:  Acinetobacter  baumannii  currently  is  the  most  leading  and  dangerous  factor  causing 
nosocomial infections for their multidrug resistant traits. Aspecially, A. baumannii harbours blaOXA genes with 
ability of producing carbapenemase, helping them resist to carbapenem, the so‐called present strongest antibiotic, 
commonly used in multidrug resistant bacterial infections. 
Objectives: To set up and optimize an EvaGreen real‐time PCR protocol for the detection of blaOXA‐23, ‐51, 
‐58 genes in A. baumannii  
Methods: The process was constructed through basic steps: specific primer design and experimental check, 
optimization of real‐time PCR components and temperature program using the intercalating dye, EvaGreen, and 
finally evaluating the specificity and sensitivity of the system. 
Results: The  results  showed  that  the protocol  could  be used  to detect  correctly  blaOXA‐23/‐51/‐58 genes 
specific to A. baumannii with high specificity and sensitivity. 
Conclusions: We built up successfully an EvaGreen real‐time PCR protocol for the detection of blaOXA‐23/‐
51/‐58  genes  in  A.  baumannii.  The  protocol  can  also  be  used  to  identify  rapidly  strains  of  A.  baumannii 
possessing  these  genes  and  potentially  becomes  a  tool  to  study  blaOXA‐owning  A.  baumannii  infection 
* Công ty TNHH CNSH Khoa Thương       ** Khoa Kiểm soát Nhiễm khuẩn, BV ĐH Y Dược Tp.HCM 
*** Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Tp.HCM.  **** Bộ môn Di truyền, Đại học Khoa học Tự nhiên TP. Hồ Chí Minh 
Tác giả liên lạc: ThS. Nguyễn Tuấn Anh  , ĐT: 091 7 429 336  , Email: ntanhbio@gmail.com 
Nghiên cứu Y học  Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 5 * 2014
Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học 198 
epidemiology in different hospitals or geographical areas. 
Keywords: A. baumannii, β‐lactamase, carbapenemase, OXA, real‐time PCR, EvaGreen 
ĐẶT VẤN ĐỀ 
Acinetobacter baumannii (A. baumannii), trực 
khuẩn Gram  (‐) không  lên men glucose, đang 
trở  thành  tác  nhân  nhiễm  trùng  bệnh  viện 
nguy hiểm nhất,  đặc biệt  ở những bệnh viện 
đông bệnh nhân(2,1). Vì sự xuất hiện và gia tăng 
những  chủng  A.  baumannii  đa  kháng  thuốc, 
carbapenem  được  lựa  chọn  để  điều  trị  khi 
nhiễm  những  chủng  này.  Carbapenem,  điển 
hình là imipenem và meropenem, có phổ hoạt 
tính rất rộng, kháng lại vi sinh vật Gram (+) và 
Gram  (‐), bao gồm  cả vi khuẩn yếm khí. Đặc 
biệt, carbapenem là lựa chọn để điều trị những 
trường  hợp  nhiễm  khuẩn  nặng,  có  biểu  hiện 
kháng β‐lactamase phổ rộng (ESBL) và AmpC 
β‐lactamase(4,9).  
Carbapenem  thuộc  nhóm  kháng  sinh  β‐
lactam,  bao  gồm  penicillin,  cephalosporin  và 
carbapenem,  là  nhóm  kháng  sinh  quan  trọng, 
được sử dụng để điều trị nhiễm trùng gây ra bởi 
nhiều loại vi khuẩn, trong đó có A. baumannii, vì 
tính hiệu quả và an toàn; ngoài ra hoạt tính của 
nhóm  kháng  sinh  này  dễ  dàng  được  tăng  lên 
nhờ những cải biến  trong  cấu  trúc phân  tử(10,9). 
Nhóm kháng sinh này hoạt động kìm hãm sinh 
trưởng và phân chia tế bào vi khuẩn bằng cách 
bất hoạt peptidoglycan transpeptidase(1), enzyme 
có  vai  trò  quan  trọng  trong  hình  thành mạng 
lưới peptidoglycan của vách tế bào vi khuẩn. Sự 
bất hoạt enzyme này dẫn đến làm chết tế bào vi 
khuẩn.  Tuy  nhiên,  enzyme  β‐lactamase  là 
enzyme có nguồn gốc từ vi khuẩn, với hoạt tính 
phân hủy kháng sinh β‐lactam, có vai trò bảo vệ 
vi  khuẩn  khỏi  kháng  sinh  và  cũng  là  nguyên 
nhân  chính dẫn  đến  tính  kháng  đối  với nhóm 
kháng sinh này.  
Enzyme  β‐lactamase  được phân  chia  thành 
bốn nhóm phân tử riêng biệt, gồm lớp A, B, C và 
D, dựa  trên  tính  tương đồng về  trình  tự amino 
acid. Oxacillinase (OXA) là β‐lactamase lớp D, có 
đặc  tính  thủy  phân  oxacillin  nhanh  hơn  hơn 
penicillin hoặc benzylpenicillin(3). Điều đặc biệt, 
một  số  enzyme  trong  nhóm  này  có  hoạt  tính 
thủy phân carbapenem(10). Các enzyme OXA có 
khả  năng  thủy  phân  carbapenem  được  chia 
thành 8 nhóm phụ, trong đó có 4 nhóm đã được 
phát  hiện  ở  A.  baumaniii  là  OXA‐23(9),  OXA‐
24(2), OXA‐51(11), OXA‐58(13).  
Dịch  tễ  phân  tử  cho  thấy  các  nhóm  gen 
blaOXA hiện diện trên khắp thế giới(7). Chủng A. 
baumannii mang nhóm gene blaOXA‐23 phổ biến 
ở  United  Kingdom,  Brazil,  Argentina,  China, 
Korea,  Singapore,  Vietnam,  USA,  Libya, 
Pakistan, Australia và Columbia(7,15). Các  chủng 
A.  baumannii  với  nhóm  gene  blaOXA‐58  được 
phát hiện đầu  tiên ở Pháp và hiện nay đã xuất 
hiện  ở  Argentina,  Colombia,  Bolivia,  Chile, 
Venezuela,  Spain,  Turkey,  Romania,  United 
Kingdom,  Italy, Poland, Switzerland, Germany, 
Ireland,  Portugal,  Hungary,  Bulgaria,  Greece, 
USA, Oceania và Asia(7,12). Nhóm gene blaOXA‐24 
ban đầu là nhóm ít phổ biến hơn các nhóm còn 
lại,  nhưng  hiện  đã  xuất hiện  ở Brazil, Taiwan, 
France,  Croatia,  Chile,  Spain,  Belgium,  Czech 
Republic,  USA  và  Iran(17).  Một  số  chủng  A. 
baumannii kháng với carbepenem với vai trò chủ 
yếu  là  của  nhóm  gene  blaOXA‐51. Nhóm  gene 
này được cho là tồn tại tự nhiên gần như ở tất cả 
các chủng A. baumannii(2,16).  
Carbapenemase  phổ  biến  nhất  ở  A. 
baumannii  là  β‐lactamase mã  hóa  bởi  blaOXA(17). 
Nghiên cứu này nhằm xây dựng qui trình phát 
hiện  các  gene  blaOXA‐23,  ‐51,  ‐58  phục  vụ  cho 
mục đích nghiên cứu dịch tễ học phân tử và cơ 
chế biểu hiện của những gene này. Từ đó, có cơ 
sở để xác định những chủng nguy hiểm, nguy cơ 
cao gây nhiễm trùng bệnh viện. 
PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 
Vật liệu 
Vi khuẩn A. baumannii chuẩn (ATCC 19606) 
mang  gene  OXA‐51  và  các  mẫu  vi  khuẩn  A. 
baumannii  được  phân  lập  từ  bệnh  phẩm  của 
bệnh nhân điều trị ở bệnh viện Đại học Y Dược 
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 5 * 2014  Nghiên cứu Y học
Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học 199
TP.  Hồ  Chí  Minh  trong  thời  gian  từ  tháng 
01/2012 đến tháng 12/2013. 
Thiết kế mồi 
Các cặp mồi  đặc hiệu cho  từng nhóm gene 
blaOXA‐23, ‐51, ‐58 và một cặp mồi đặc hiệu cho 
gene  16S  rRNA  của A. baumannii  (Bảng  1)  làm 
đối chứng nội phản ứng được  thiết kế và đánh 
giá  bằng một  số  phần mềm  sinh  học  phân  tử 
chuyên dụng như PrimerQuest, Oligo Analyzer, 
Annhyb,  và  Blast  (NCBI). Mồi  được  đặt  tổng 
hợp  tại  công  ty  IDT  (Integrated  DNA 
Technologies, USA). 
Bảng 1. Trình tự các mồi được thiết kế 
Mồi Trình tự mồi (5’ 3’) Kích thước (bp) Tmmồi (oC) Sản phẩm (bp) Tmsản phẩm (oC) 
OXA23-F CACTAGGAGAAGCCATGAAGC 21 54.9 114 72.7 
OXA23-R CAGCATTACCGAAACCAATACG 22 54.8 
OXA51-F GAAGTGAAGCGTGTTGGTTATG 22 54.4 148 71.7 
OXA51-R GCCTCTTGCTGAGGAGTAAT 20 54.3 
OXA58-F ATATTTAAGTGGGATGGAAAGCC 23 53.4 110 70.5 
OXA58-R CGTGCCAATTCTTGATATACAGG 23 54.6 
IC-F CCAGTGACAAACTGGAGGAAG 21 55.5 199 70.0 
IC-R GCTGTGTAGCAACCCTTTGTA 21 55.2 
Phương  pháp  tách  chiết  DNA  của  A. 
baumannii 
Khuẩn lạc đặc trưng của A. baumannii được 
thu nhận và  tăng sinh  trong môi  trường LB ở 
điều  kiện  370C  trong  24  giờ.  Sau  khi  kết  thúc 
tăng sinh, DNA bộ gene của A. baumannii được 
tách  chiết  theo nguyên  tắc hấp phụ  đặc hiệu 
lên pha rắn (màng silica) bằng bộ kit tách chiết 
“DNA  column‐based  extraction  kit”  (Khoa 
Thương). Tất  cả mọi  thao  tác  đều  được  thực 
hiện  theo  đúng  hướng  dẫn  trong  bộ  kit  của 
nhà sản xuất. 
Thành phần phản ứng EvaGreen real‐time 
PCR 
Hỗn hợp phản ứng EvaGreen real‐time PCR 
có  thành  phần  gồm  1X  AptaTaq  Fast  DNA 
polymerase  (Roche), 200 nM  cho  từng  cặp mồi 
xuôi  và  ngược  (IDT)  OXA23‐F/R,  OXA51‐F/R, 
OXA58‐F/R hoặc IC‐F/R, 1X EvaGreen (Biotium), 
5μl DNA  trong  tổng  thể  tích  là 25μl. Chu  trình 
nhiệt cho phản ứng EvaGreen real‐time PCR: 40 
chu  kỳ  gồm  15  giây  ‐  95oC  và  15  giây  ‐  60oC. 
Chương trình phân tích nhiệt độ nóng chảy của 
sản phẩm tương ứng với quá trình tăng nhiệt độ 
từ  65oC  lên  95oC, mỗi  bước  tăng  0,5oC  và  lưu 
trong 20 giây. 
KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 
Hiệu quả nhân bản của mồi 
Chúng  tôi kiểm  tra hiệu quả nhân bản  của 
từng cặp mồi thiết kế bằng phản ứng EvaGreen 
real‐time  PCR  trên mẫu DNA  tách  chiết  từ  vi 
khuẩn A. baumannii sau  tăng  sinh. Các mẫu  vi 
khuẩn này  đã  được  xác  định  sở hữu  các  gene 
blaOXA tương ứng bằng phương pháp giải trình 
tự gene. 
OXA23-F/R OXA51-F/R OXA58-F/R IC-F/R 
 Hình 1. Hiệu quả nhân bản của mồi 
Kết quả (Hình 1) cho thấy chỉ một đỉnh chảy 
đặc  trưng  tương  ứng  với mỗi  cặp mồi,  không 
hiện diện các đỉnh chảy (sản phẩm) ký sinh. Như 
vậy, bộ mồi  thiết kế hoạt  động nhân bản hiệu 
quả  trong phản  ứng PCR. Nhiệt  độ nóng  chảy 
(Tm)  của  các  sản phẩm nhân bản  trình  tự gen 
Nghiên cứu Y học  Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 5 * 2014
Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học 200 
OXA23  (114 bp), OXA51  (148 bp), OXA58  (110 
bp) và IC  (199 bp)  tương ứng được xác định  là 
80,0oC; 78,5oC; 78,5oC và 84,0oC. Như vậy, căn cứ 
vào nhiệt  độ nóng  chảy  đặc  trưng  có  thể nhận 
diện  được các  sản phẩm nhân bản của các cặp 
mồi tương ứng.  
Tính đặc hiệu của mồi 
Tính đặc hiệu của các cặp mồi được kiểm 
tra với DNA đặc trưng của A. baumannii và của 
các  vi  khuẩn  khác  như  E.  coli  (ATCC  25922, 
35218,  35401),  Pseudomonas  aeruginosa  (ATCC 
27853),  Klebsiella  pneumoniae  (ATCC  700603), 
Listeria monocytogenes (ATCC 19115), Salmonella 
typhimurium  (ATCC  29946),  Staphylococcus 
aureus  (ATCC  12600),  Vibrio  parahaemolyticus 
(ATCC  17802),  Shigella  sonnei  (ATCC  29030), 
Shigella  flexneri  (ATCC  15391),  Shigella  boydii 
(ATCC 8700). 
OXA23-F/R OXA51-F/R OXA58-F/R IC-F/R 
Hình 2. Tính đặc hiệu của mồi 
Kết  quả  cho  thấy  các  cặp mồi OXA23‐F/R, 
OXA51‐F/R và OXA58‐F/R  đặc hiệu với những 
đỉnh chảy đặc trưng, không nhân bản DNA của 
các vi khuẩn không phải  là A. baumanniii (Hình 
2). Riêng với  cặp mồi OXA58‐F/R,  đỉnh  chảy  ở 
nhiệt độ 71oC được xác định là của nhị phân mồi 
(primer‐dimer).  Cặp mồi  IC‐F/R  được  thiết  kế 
đặc hiệu với 16S rRNA của A. baumannii, không 
đặc hiệu với 16S rRNA của các vi khuẩn khác. Vì 
thế, phản ứng kém với DNA của vi khuẩn khác, 
thể hiện qua tín hiệu định lượng thấp (không thể 
hiện  ở  đây)  và  những  đỉnh  chảy  với  nhiệt  độ 
không đặc trưng. 
Tối ưu hóa nhiệt độ lai (Ta) 
Chúng  tôi  khảo  sát  các  nhiệt  độ  lai  từ 
50,0oC  đến 65,0oC, bao gồm  các nhiệt  độ  sau: 
50,0oC;  51,0oC;  53,0oC;  55,9  oC;  59,5oC;  62,5oC; 
64,1oC;  65,0oC.  Mẫu  DNA  A.  baumannii  sử 
dụng có nồng độ 1,42x101 bản sao/μl. Tiêu chí 
tối ưu là giá trị Ct của phản ứng real‐time PCR 
càng nhỏ càng tốt. 
Bảng 2. Giá trị Ct tối ưu hóa nhiệt độ lai của mồi 
Ta (oC) 50,0 51,0 53,0 55,9 59,5 62,5 64,1 65,0
OXA23-F/R 28,8 28,7 28,2 27,4 26,6 26,9 26,8 27,1
OXA51-F/R 30,3 29,7 29,6 29,3 28,5 28,1 27,3 28,5
OXA58-F/R 33,8 33,4 32,1 31,9 30,4 30,1 30,2 30,3
IC-F/R 31,8 31,6 31,1 29,2 28,8 28,6 28,5 28,1
Kết  quả  cho  thấy  khoảng  nhiệt  độ  lai  phù 
hợp cho cả bốn cặp mồi là từ 59,5oC đến 65,0oC. 
Với  khoảng nhiệt  độ này, phản  ứng nhân  bản 
trên cả bốn cặp mồi cho hiệu quả ổn định, giá trị 
Ct  thấp  và  các  đỉnh  chảy  phân  tách  rõ  ràng. 
Nhiệt độ lai tối ưu được chọn là 62,5oC. 
Tối ưu hóa nồng độ mồi  
Thí  nghiệm  được  tiến  hành  với  3  nghiệm 
thức 1, 2 và 3 với nồng độ mồi  lần  lượt  là 100, 
200 và 300 nM. Bốn  loại mồi được  tối ưu riêng 
rẽ. Nhiệt  độ  lai  sử dụng như đã  tối  ưu  ở  trên. 
Mẫu DNA A. baumannii sử dụng có nồng độ như 
trên. Mỗi mẫu được lập lại 3 lần chạy. 
Bảng 3: Giá trị Ct tối ưu hóa nồng độ mồi 
Nghiệm thứcOXA23-F/ROXA51-F/R OXA58-F/R IC-F/R
1 31,4±0,7 34,7±0,2 36,6±0,6 32,6±0,4
2 29,2±0,1 30,3±0,1 33,2±0,5 29,6±0,3
3 28,9±0,1 30,1±0,1 32,2±0,6 28,8±0,1
Kết quả (Bảng 3) cho thấy với mỗi mẫu thử, 
giá  trị Ct  ở nồng độ mồi 200 và 300 nM  tương 
đương nhau và luôn tốt hơn giá trị Ct của nồng 
độ mồi  100nM.  Vì  vậy,  nồng  độ mồi  200  nM 
được chọn tối ưu cho mỗi loại mồi khảo sát, do 
lượng cần dùng trong phản ứng ít hơn. 
Độ nhạy của phản ứng 
Để  kiểm  tra  độ  nhạy  của  phản  ứng 
EvaGreen  real‐time PCR,  thí nghiệm  được  tiến 
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 5 * 2014  Nghiên cứu Y học
Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học 201
hành với DNA tách chiết từ mẫu tế bào vi khuẩn 
A. baumannii sau tăng sinh (1.42x106 bản sao/μl), 
được pha loãng theo bậc 10. Điều kiện phản ứng 
sử dụng như đã tối ưu ở trên. Mỗi mẫu được lập 
lại 3 lần chạy. 
Bảng 4: Giá trị Ct khảo sát độ nhạy của phản ứng 
EvaGreen real‐time PCR 
Mẫu Nồng độ* OXA23-F/R OXA51-F/R OXA58-F/R IC-F/R
1 1.42x105 15,2±0,4 16,2±0,5 19,2±0,4 16,0±0,5
2 1.42x104 18,2±0,1 19,5±0,3 22,4±0,2 19,2±1,0
3 1.42x103 21,7±0,1 23,2±0,1 26,7±0,8 23,6±0,6
4 1.42x102 24,7±0,3 26,5±0,0 29,5±0,5 26,8±0,9
5 1.42x101 28,9±0,2 31,0±0,1 33,8±0,8 31,5±0,3
6 1.42x100 33,4±0,7 35,2±0,3 N/A 36,0±0,6
(*) đơn vị nồng độ: bản sao/μl 
Kết  quả  (Bảng  4)  cho  thấy  phản  ứng 
EvaGreen  real‐time  PCR  đối  với mồi  OXA23‐
F/R, OXA51‐F/R  và  IC‐F/R  cho  tín hiệu dương 
tính ổn định với mẫu DNA có nồng độ 1.42x100 
bản  sao/μl;  Trong  khi  đó,  tín  hiệu  dương  tính 
của mồi OXA58‐F/R ổn định ở mẫu DNA nồng 
độ 1.42x101 bản sao/μl. 
KẾT LUẬN 
Chúng tôi đã xây dựng thành công quy trình 
EvaGreen real‐time PCR để phát hiện các nhóm 
gene  blaOXA‐23,  blaOXA‐51  và  blaOXA‐58  của  vi 
khuẩn A. baumannii. Quy trình có thể được ứng 
dụng để khảo sát dịch  tễ học phân  tử các gene 
này  ở  các  chủng A. baumannii khác nhau  trong 
lâm  sàng và hỗ  trợ  trong  chẩn  đoán nhiễm A. 
baumannii ở người bệnh như là một chọn lựa bổ 
sung bên cạnh quy trình nuôi cấy truyền thống.  
TÀI LIỆU THAM KHẢO 
1. Bonfiglio  G,  Russo  G,  and  Nicoletti  G  (2002).  Recent 
developments  in  carbapenems. Expert Opin  Investig Drugs 
11(4), p. 529‐44. 
2. Bou G, Oliver A,  and Martinez‐Beltran  J  (2000). OXA‐24,  a 
novel class D beta‐lactamase with carbapenemase activity  in 
an  Acinetobacter  baumannii  clinical  strain.  Antimicrob 
Agents Chemother 44(6), p. 1556‐61. 
3. Bush K,  Jacoby GA,  and Medeiros AA  (1995). A  functional 
classification  scheme  for  beta‐lactamases  and  its  correlation 
with  molecular  structure.  Antimicrob  Agents  Chemother 
39(6), p. 1211‐33. 
4. Donald HM, et al. (2000). Sequence analysis of ARI‐1, a novel 
OXA beta‐lactamase,  responsible  for  imipenem  resistance  in 
Acinetobacter  baumannii  6B92.  Antimicrob  Agents 
Chemother 44(1), p. 196‐9. 
5. Green  DW  (2002).  The  bacterial  cell  wall  as  a  source  of 
antibacterial targets. Expert Opin Ther Targets 6(1), p. 1‐19. 
6. Heritier  C,  et  al.  (2005).  Characterization  of  the  naturally 
occurring  oxacillinase  of  Acinetobacter  baumannii. 
Antimicrob Agents Chemother 49(10), p. 4174‐9. 
7. Higgins  PG,  et  al.  (2010).  Global  spread  of  carbapenem‐
resistant Acinetobacter baumannii.  J Antimicrob Chemother 
65(2), p. 233‐8. 
8. Livermore DM and Woodford N  (2006). The beta‐lactamase 
threat  in  Enterobacteriaceae,  Pseudomonas  and 
Acinetobacter. Trends Microbiol 14(9), p. 413‐20. 
9. Nicolau DP (2008). Carbapenems: a potent class of antibiotics. 
Expert Opin Pharmacother 9(1), p. 23‐37. 
10. Nordmann P and Poirel L (2002). Emerging carbapenemases 
in Gram‐negative aerobes. Clin Microbiol  Infect 8(6), p. 321‐
31. 
11. Peleg AY, Seifert H,  and Paterson DL  (2008). Acinetobacter 
baumannii:  emergence  of  a  successful  pathogen.  Clin 
Microbiol Rev 21(3), p. 538‐82. 
12. Poirel L and Nordmann P  (2006). Carbapenem resistance  in 
Acinetobacter  baumannii:  mechanisms  and  epidemiology. 
Clin Microbiol Infect 12(9), p. 826‐36. 
13. Poirel L, et al. (2005). OXA‐58, a novel class D {beta}‐lactamase 
involved  in  resistance  to  carbapenems  in  Acinetobacter 
baumannii. Antimicrob Agents Chemother 49(1), p. 202‐8. 
14. Theaker  C,  Azadian  B,  and  Soni N  (2003).  The  impact  of 
Acinetobacter  baumannii  in  the  intensive  care  unit. 
Anaesthesia 58 (3), p. 271‐4. 
15. Turton  JF, et al.  (2005). Detection and  typing of  integrons  in 
epidemic  strains  of  Acinetobacter  baumannii  found  in  the 
United Kingdom. J Clin Microbiol 43(7), p. 3074‐82. 
16. Turton  JF,  et  al.  (2006).  Identification  of  Acinetobacter 
baumannii by detection of the blaOXA‐51‐like carbapenemase 
gene intrinsic to this species. J Clin Microbiol 44(8), p. 2974‐6. 
17. Zarrilli  R,  et  al.  (2009).  Carbapenem  resistance  in 
Acinetobacter baumannii: the molecular epidemic features of 
an  emerging  problem  in  health  care  facilities.  J  Infect Dev 
Ctries 3(5), p. 335‐41. 
Ngày nhận bài báo:        05/9/2014 
Ngày phản biện nhận xét bài báo:    29/9/2014 
Ngày bài báo được đăng:  20/10/2014 

File đính kèm:

  • pdfxay_dung_qui_trinh_evagreen_real_time_pcr_phat_hien_cac_gen.pdf