Luận án Mối liên quan giữa SNP của IL28B với genotype và đột biến vùng core của HCV
Bệnh viêm gan virút C là một trong những nguyên nhân chính gây xơ
gan và ung thư gan. Theo Tổ chức Y tế thế giới, năm 2015 có 71 triệu người
trên toàn thế giới nhiễm HCV mạn tính. Trung bình hàng năm có 399.000
người chết do các bệnh có liên quan đến virút viêm gan C (xơ gan, ung thư
biểu mô tế bào gan và suy gan). Khác với viêm gan virút B, hiện tại vẫn chưa
có vắc-xin phòng ngừa HCV [26], [51], [60].
Việt Nam chưa có một điều tra hệ thống dịch tễ học nhiễm HCV. Kết
quả nghiên cứu của các tác giả dựa trên các đối tượng không mang tính chất
đại diện với số lượng hạn chế nên tỷ lệ nhiễm HCV rất khác biệt từ 0,08 đến
3,9% [7], [13], [14], [19].
Theo Hiệp hội nghiên cứu bệnh gan của Mỹ, tỷ lệ nhiễm HCV của vùng
Đông Nam Á là 1,5-3,5% [69].
Tuy tỷ lệ nhiễm HCV ở Việt Nam không cao như HBV (10-20%) [4]
nhưng xét về mức độ trầm trọng thì bệnh nhân nhiễm HCV phải gánh chịu
những biến chứng nặng nề hơn. Theo WHO, dưới 5% người lớn nhiễm HBV
sẽ chuyển sang giai đoạn nhiễm mạn tính trong khi tỷ lệ này ở người nhiễm
HCV là 60-80%. Trong số này, 15-30% bệnh nhân sẽ bị xơ gan trong vòng 20
năm. Bệnh nhân nhiễm HCV mạn tính sẽ là nguồn lây chủ yếu cho cộng đồng
trong khi hiện tại vẫn chưa có sẳn một loại vắc-xin phòng ngừa viêm gan C
[51]
Tóm tắt nội dung tài liệu: Luận án Mối liên quan giữa SNP của IL28B với genotype và đột biến vùng core của HCV
0 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƢỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH ----------------- PHẠM BÁ CHUNG MỐI LIÊN QUAN GIỮA SNP CỦA IL28B VỚI GENOTYPE VÀ ĐỘT BIẾN VÙNG CORE CỦA HCV LUAÄN AÙN TIEÁN SÓ Y HOÏC TP. Hồ Chí Minh – Năm 2018 1 MỞ ĐẦU Bệnh viêm gan virút C là một trong những nguyên nhân chính gây xơ gan và ung thư gan. Theo Tổ chức Y tế thế giới, năm 2015 có 71 triệu người trên toàn thế giới nhiễm HCV mạn tính. Trung bình hàng năm có 399.000 người chết do các bệnh có liên quan đến virút viêm gan C (xơ gan, ung thư biểu mô tế bào gan và suy gan). Khác với viêm gan virút B, hiện tại vẫn chưa có vắc-xin phòng ngừa HCV [26], [51], [60]. Việt Nam chưa có một điều tra hệ thống dịch tễ học nhiễm HCV. Kết quả nghiên cứu của các tác giả dựa trên các đối tượng không mang tính chất đại diện với số lượng hạn chế nên tỷ lệ nhiễm HCV rất khác biệt từ 0,08 đến 3,9% [7], [13], [14], [19]. Theo Hiệp hội nghiên cứu bệnh gan của Mỹ, tỷ lệ nhiễm HCV của vùng Đông Nam Á là 1,5-3,5% [69]. Tuy tỷ lệ nhiễm HCV ở Việt Nam không cao như HBV (10-20%) [4] nhưng xét về mức độ trầm trọng thì bệnh nhân nhiễm HCV phải gánh chịu những biến chứng nặng nề hơn. Theo WHO, dưới 5% người lớn nhiễm HBV sẽ chuyển sang giai đoạn nhiễm mạn tính trong khi tỷ lệ này ở người nhiễm HCV là 60-80%. Trong số này, 15-30% bệnh nhân sẽ bị xơ gan trong vòng 20 năm. Bệnh nhân nhiễm HCV mạn tính sẽ là nguồn lây chủ yếu cho cộng đồng trong khi hiện tại vẫn chưa có sẳn một loại vắc-xin phòng ngừa viêm gan C [51]. Rất may, khác với viêm gan B, bệnh nhân viêm gan C có thể được chữa lành hoàn toàn. Chẳng hạn, với phác đồ Interferon-Ribavirin tỷ lệ đạt đáp ứng virút bền vững là 40-76%. [43], [70]. Ngoài việc dựa vào kiểu gen HCV, gần đây các nhà khoa học đã phát hiện kiểu gen IL28B có liên quan đến kết quả SVR ở bệnh nhân viêm gan C mạn tính khi sử dụng phác đồ này. Các bệnh nhân có kiểu gen tốt có SVR cao hơn hai lần bệnh nhân sở hữu kiểu gen hỗn hợp hay xấu [32], [41], [78], [86], [96]. Mặt khác, đột biến vùng core HCV 2 cũng đã được ghi nhận có ảnh hưởng đến kết quả điều trị và biến chứng ung thư biểu mô tế bào gan ở bệnh nhân viêm gan C mạn tính [23], [47], [57], [71]. Như vậy, hiện tại có ba chỉ dấu sinh học ảnh hưởng đến kết quả điều trị bệnh nhân viêm gan C với phác đồ Interferon-Ribavirin. Vấn đề đặt ra là các chỉ dấu sinh học này có liên hệ gì với nhau hay không ? Hơn nữa, tại khu vực tỉnh Trà Vinh chưa thấy công bố một đề tài nghiên cứu về tình hình nhiễm HCV nên việc thực hiện đề tài “Mối liên quan giữa IL28B với genotype và đột biến vùng core HCV” sẽ giúp xác định tỷ lệ kiểu gen và đột biến vùng core HCV; tỷ lệ kiểu gen SNP rs12979860 của IL28B ở những bệnh nhân viêm gan virút C mạn tính khu vực Trà Vinh, cũng như khảo sát mối liên hệ giữa ba chỉ dấu sinh học: kiểu gen SNP rs12979860, kiểu gen HCV và đột biến vùng core HCV. MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU 1. Xác định tỷ lệ kiểu gen HCV, đột biến vùng core HCV và kiểu gen SNP rs12979860 của IL28B. 2. Xác định mối liên quan giữa đột biến vùng core HCV với kiểu gen HCV. 3. Xác định mối liên quan giữa kiểu gen SNP rs12979860 của IL28B với kiểu gen HCV và đột biến vùng core HCV. 3 Chƣơng 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1. MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM CƠ BẢN CỦA HCV 1.1.1. LỊCH SỬ VIÊM GAN C Trong thập niên 70, người ta nhận thấy gần 90% các viêm gan virút xảy ra sau truyền máu không có liên quan đến virút A cũng như virút B nên các trường hợp này được gọi là viêm gan không A-không B (non A-non B). Từ năm 1978, qua mô hình thực nghiệm trên khỉ Chimpanzee, người ta đã chứng minh có một tác nhân lây truyền qua đường tiêm chích có thể gây ra bệnh cảnh viêm gan không A-không B. Mãi đến năm 1989, nhờ vào phương pháp tạo dòng vô tính (clonage) và phân tích trình tự (sequencing) của genom virút, Choo và cộng sự lần đầu tiên đã phát hiện ra tác nhân đó chính là virút viêm gan C. Tuy nhiên, các hạt tử của virút viêm gan C chỉ mới được quan sát và mô tả dưới kính hiển vi điện tử từ năm 1994. Hình 1.1. HCV dưới kính hiển vi điện tử “Nguồn: Universitätsklinikum Heidelberg, 2012” [53] 4 1.1.2. CẤU TRÚC CỦA VIRÚT VIÊM GAN C HCV là virút đầu tiên được phát hiện bằng kỹ thuật sinh học phân tử, thuộc họ Flaviviridae, giống Hepacivirus. Virút có đường kính 55-65 nm, trọng lượng phân tử vào khoảng 4.106 daltons. Bộ gen gồm một sợi đơn RNA có cực tính dương nằm bên trong phần nucleocapsid hình đa diện. Ngoài cùng là lớp màng bọc lipid chứa các protein E1 và E2 tạo thành phức hợp dimer. Hình 1.2. Sơ đồ cấu tạo HCV “Nguồn: Sharma SD, 2010” [83] Mật độ của các hạt tử HCV trong huyết thanh rất thay đổi, từ 1,03 đến 1,72g/ml. Sở dĩ mật độ của HCV thay đổi như vậy là do các virion lưu hành trong máu dưới nhiều dạng khác nhau: hoặc là ở dạng tự do có tính lây nhiễm rất cao nhưng chỉ hiện diện ở mật độ tương đối thấp (khoảng 1,03); hoặc là ở dạng kết hợp với các đại phân tử, đặc biệt là các lipoprotein hoặc hiện diện trong các phức hợp miễn dịch nhưng mật độ lại cao (khoảng 1,10). Thực nghiệm trên khỉ Chimpanzee cho thấy tính lây nhiễm của các hạt tử HCV tự do cao hơn rõ rệt so với dạng kết hợp với các đại phân tử. Qua phương pháp khuyếch đại chuỗi di truyền (PCR) và phương pháp lai ghép tại chỗ người ta nhận thấy khuynh hướng của HCV không chỉ ở các tế bào gan mà các chuỗi HCV-RNA còn được tìm thấy trong các tế bào đơn HCV-RNA Protein E1 Vỏ virút Protein E2 Vùng core HCV 5 nhân ở máu ngoại vi. HCV có thể lây nhiễm ở các lymphô bào B và T cũng như ở các dòng đơn bào. Việc phát hiện này có nhiều ý nghĩa rất quan trọng: - Việc nuôi cấy HCV có thể thực hiện được ở các dòng lymphô bào. - Các tế bào đơn nhân có thể là nguồn “dự trữ” virút và đặc biệt có thể là nguyên nhân gây tái nhiễm HCV sau khi ghép gan. - Sự lây nhiễm ở các tế bào đơn nhân có thể chọn lọc nên một vài “biến chủng” đặc biệt và tạo điều kiện cho bệnh tồn tại kéo dài [1]. 1.1.3. CẤU TRÚC CỦA BỘ GEN HCV Bộ gen của HCV là một sợi đơn RNA có cực tính dương, gồm khoảng 9.600 nucleotide, được chia làm ba vùng: * Đầu 5’ không mã hóa dài khoảng 341 nucleotide, là vị trí gắn kết với ribosome, được gọi là IRES (internal ribosome entry site), để khởi phát quá trình giải mã cho việc tổng hợp chuổi polyprotein tiền chất của virút. * Đầu 3’ không mã hóa chứa một đoạn 30-60 nucleotide tương đối thay đổi, nằm phía sau codon kết thúc. Tiếp theo là một đoạn poly U/UC, gồm 50- 100 nucleotide rất thay đổi. Sau cùng là một chuỗi 98 base bảo tồn cao (vùng “3’-X”). Đây là đoạn bảo tồn nhất của bộ gen HCV. Thử nghiệm cho thấy tương tác giữa vùng 3’-X, vùng mã hóa NS5B và vùng poly U/UC là tuyệt đối cần thiết cho sự nhân bản của virút [95]. * Vùng được mã hóa nằm giữa hai đầu 5’ và 3’. Vùng này chỉ có một khung đọc mở duy nhất (open reading frame) gồm 9.379-9.481 nucleotide, được giải mã để tổng hợp thành một polyprotein tiền chất của virút gồm khoảng 3.000 axít amin. Sau đó polyprotein này sẽ được các enzym protease của virút và các enzym peptidase tín hiệu của tế bào (host signal peptidase) phân cắt thành các protein cấu trúc và protein không cấu trúc. 6 Các protein cấu trúc đƣợc tạo ra từ các gen C, E1 và E2 - Protein lõi (21 kDa) tạo nên phần nucleocapsid bao bọc bên ngoài chuỗi RNA của virút. Protein lõi có liên quan một số protein tế bào và các con đường có tác động trực tiếp đến vòng đời và sinh học của HCV, có vai trò trong việc tác động chống virus của Interferon thông qua việc tương tác với protein tế bào. Đột biến protein lõi làm thay đổi cấu trúc virút, gây ra kém đáp ứng với phác đồ Interferon-Ribavirin. Đặc biệt, hai dạng đột biến R70Q và L91M gây đáp ứng kém với phác đồ Interferon-Ribavirin [36]. - Protein E1 (37 kDa) và E2 (61 kDa) là hai glycoprotein của lớp vỏ, liên kết với nhau thành các phức hợp dimer. Một đoạn khoảng 30 axít amin ở gần đầu tận E2 được gọi là vùng siêu biến HVR-1 (hypervariable region). Đây là đoạn biến đổi di truyền nhiều nhất của protein vỏ và được giả định tồn tại như một vòng polypeptide trên bề mặt của virion. Bệnh nhân thường có kháng thể phản ứng với các peptid, đại diện cho trình tự HVR-1 của virút mà họ đang nhiễm. Việc xuất hiện kháng thể tạo ra những biến thể chọn lọc có chuỗi HVR-1 ít phản ứng hơn với kháng thể. Có bằng chứng cho thấy HVR-1 có một hoặc nhiều quyết định kháng nguyên trung hòa và đó là vị trí đột biến gây ra thoát lưới miễn dịch trong suốt giai đoạn nhiễm khuẩn cấp tính và mạn tính [91]. Hình 1.3. Cấu trúc bộ gen HCV “Nguồn: Zahid Hussain, 2013” [97] 7 - Protein p7 (7 kDa): là một chuỗi polypeptid gồm 63 axít amin, có chức năng như một kênh ion, cần thiết cho việc sản xuất những virion lây nhiễm. Do nó bị ức chế bởi bởi nhiều hợp chất khác nhau nên là một mục tiêu thích hợp cho việc phát triển các loại thuốc kháng HCV [81]. Các protein không cấu trúc - Protein NS2 (23 kDa) là một cystein protease, cắt polyprotein tiền chất tại chỗ nối NS2/NS3 [94]. - Protein NS3 (68 kDa) có rất nhiều chức năng: men serine protease nằm ở đầu tận N (N-terminal) và men NTPase phụ thuộc RNA/helicase nằm ở đầu tận C (C-terminal). Enzym serine protease sẽ cắt chuỗi polyprotein tiền chất tại các vị trí NS3/NS4A, NS4A/NS4B, NS4B/NS5A, NS5A/NS5B. Enzym helicase tham gia vào quá trình nhân đôi của virút. - Protein NS4A (6 kDa) là một đồng yếu tố cần thiết cho hoạt tính của men protease NS3. Protein NS4B (26 kDa) là một protein màng, kỵ nước, có vai trò trong việc sao chép RNA cũng như quá trình lắp ráp và phóng thích virút [28]. - Protein NS5A (56-58 kDa) là một phosphoprotein, có chức năng trong việc sao chép RNA. NS5A chứa vùng quyết định cho tính nhạy cảm của HCV đối với Interferon-alpha (ISDR – Interferon sensitivity determining region). Vùng này làm mất tác dụng của Interferon qua trung gian việc ức chế men protein kinase R (PKR). Một khi PKR bị ức chế bởi NS5A thì khả năng kháng virút và chống tăng sinh virút của Interferon bị giảm đi. Mặt khác, NS5A có thể gây biểu hiện IL-8, làm ức chế biểu hiện gene kích hoạt sản xuất Interferon. Nếu có đột biến xảy ra ở vùng NS5A có thể tạo được đáp ứng tốt với Interferon. NS5B (65 kDa) là men RNA polymerase phụ thuộc RNA, giúp tổng hợp chuỗi RNA từ khuôn mẫu RNA. Với hoạt tính enzym giống protein NS3, 8 NS5B RNA polymerase hiện nay là mục tiêu cho việc phát triển thuốc kháng virút bằng chất tương tự nucleoside, chất ức chế phân tử nhỏ không phải nucleoside và chất tương tự cyclosporin A [68]. 1.1.4. SỰ NHÂN BẢN CỦA HCV Một hệ thống nuôi cấy tế bào đã giúp xác định toàn bộ chu kỳ sống của virút từ lúc xâm nhập tế bào đến lúc phóng thích các virion lây nhiễm. Những nghiên cứu này kết hợp với những suy luận hợp lý từ những virút có nhánh RNA (+) khác đã đưa ra giả thuyết sau. Virút có khả năng xâm nhập tế bào bằng cách tương tác với vài phân tử thụ thể ở bề mặt tế bào đặc hiệu; những phân tử thụ thể đó gồm CD81, thụ thể LDL, DC-SIGN, thụ thể dọn rác người SR-B1 và CLDN-1 [46] Sau khi bám dính, xâm nhập và đi vào trong không bào của tế bào, sự thay đổi pH tại chỗ làm thay đổi hình thể protein võ, làm tan chảy màng không bào. RNA của virút được phóng thích vào tế bào chất, tại đây nó hoạt động như mRNA, điều khiển dịch mã tạo thành chuỗi polyprotein của virút. Khả năng hồi phục virút lây nhiễm bằng cách cấy truyền trong gan tinh tinh bộ gen RNA tổng hợp cũng như khả năng nhân bản của RNA virút ở tế bào lây nhiễm cung cấp bằng chứng thuyết phục cho bước này trong chu kỳ nhân bản. Nhân bản virút xảy ra kết hợp với lưới nội bào tương thô bằng quá trình gắn kết ribosome và chuỗi polyprotein trải qua một chuỗi phân cắt ly giải protein. Protein lõi vẫn ở trong tế bào chất sau khi được phân cắt bởi tín hiệu peptid peptidase từ chuỗi tín hiệu ở đầu C tận trong khi E1, E2 được bài tiết vào trong lòng lưới nội bào tương, vẫn gắn kết với màng và được glycosyl hóa. Một phức hợp replicase gồm NS3, NS4A, NS4B, NS5A và NS5B tạo thành cụm “màng lưới” của tế bào chất, bắt nguồn từ lưới nội bào tương. Phức hợp replicase này nhận diện cấu trúc và chuỗi đặc hiệu ở đầu tận 3’ của bộ gen 9 RNA, điều khiển tổng hợp nhánh bổ sung âm của bộ gen. Sản phẩm RNA kép có khả năng được dùng làm khuôn tổng hợp nhiều bản sao RNA có cực tính dương. RNA được đóng gói thành những hạt virút mới, nhô vào trong lưới nội bào tương, làm phóng thích virút qua con đường bài tiết túi. Kháng nguyên đặc hiệu HCV và cả hai sợi HCV-RNA có cực tính âm và dương đã được xác định trong tế bào gan cho thấy nhân bản xảy ra trong tế bào gan qua một sợi âm trung gian. Tuy nhiên cũng có dữ liệu cho thấy virút cũng có thể nhân bản ở lymphô bào ngoại vi hoặc lymphô bào ở tủy xương. Hình 1.4. Chu trình nhân bản của HCV “Nguồn: Ploss A, Dubuisson J, 2012” [76] Những giả định chính trong quá trình nhân bản của HCV. Những bước đặc biệt bao gồm: virion bám dính và xâm nhập vào tế bào gan nhờ một phức hợp thụ thể chưa được mô tả đầy đủ, hòa màng do thay đổi pH và phóng thích RNA virút vào tế bào chất; sự phiên mã diễn ra tại vị trí gắn kết ribosome (IRES) và xử lý polyprotein của virút, tạo ra protein lõi, protein võ E1 và E2, viroporin giả định p7 và 6 loại protein không cấu trúc cần thiết cho sự nhân bản của RNA, hình thành phức hợp nhân bản, lắp ráp tạo thành màng lưới từ mạng lưới nội bào tương (qua trung gian NS4B) và phức hợp replicase ở đầu tận 3’ của RNA virion; tổng hợp một nhánh trung gian RNA (-); tổng hợp nhiều nhánh RNA (+); lắp ráp hạt virút ở mạng lưới nội bào tương, bộ Golgi và phóng thích virút khỏi tế bào. Xâm nhập Nhập bào 3. Cởi áo 4. Phiên mã Sao chép RNA 6.Lắp ráp virion 7. Phóng thích virion 10 1.1.5. SỰ KHÁC BIỆT BÊN TRONG BỘ GEN VÀ KHÁI NIỆM “QUASI-SPECIES” Ở cùng một bệnh nhân bị nhiễm một loại kiểu gen nào đó, sau một thời gian diễn tiến bệnh, người ta nhận thấy trong huyết thanh của bệnh nhân có sự hiện diện của nhiều “quần thể” virút với số lượng khác nhau. Các “quần thể” này gần giống như “quần thể” ban đầu nhưng chỉ khác nhau < 5% về trình tự nucleotide và được gọi là hiện tượng “quasi-species”. Sở dĩ có sự khác biệt trong bộ gen như thế, trước tiên là do sự sai sót của men RNA polymerase. Thêm vào đó, còn do sự hiện diện của “vùng siêu biến” HVR1 (gồm 27 axít amin) nằm ở đầu tận –N của protein E2. Người ta ghi nhận sự đột biến của bộ gen xảy ra > 50% tại HVR1 này. Tuy nhiên, cần lưu ý rằng trong hiện tượng “quasi-species”, sự đột biến nói trên không dẫn đến làm thay đổi kiểu gen của bệnh nhân trong quá trình diễn tiến của bệnh. Vùng siêu biến cũng là vị trí của epitop trung hòa virút. Khi nhiễm HCV trong giai đoạn cấp, HVR1 bị đột biến rất nhanh dưới áp lực miễn dịch của ký chủ. Do đó, chính đáp ứng miễn dịch dịch thể đã kích thích sự biến đổi của HVR1. Điều này đã được chứng minh qua sự việ ... trị loại bỏ HCV-RNA [21]. Kết quả nghiên cứu của chúng tôi cho thấy bệnh nhân nhiễm HCV kiểu gen 2a chiếm tỷ lệ khá cao (40,3%), đứng hàng thứ hai. Có khả năng những bệnh nhân này cũng ít bị biến chứng ung thư biểu mô tế bào gan sau khi đạt SVR. Tuy nhiên, cần có nghiên cứu kiểm chứng, theo dõi biến chứng ung thư biểu mô tế bào gan ở bệnh nhân viêm gan virút C mạn tính người Việt Nam sau khi đã đào thải HCV bằng thuốc kháng virút. Thời gian (Năm) Tỷ lệ tích lũy HCC (%) 105 4.4. MỐI LIÊN QUAN GIỮA CÁC KIỂU GEN SNP rs12979860 CỦA IL28B VỚI CÁC KIỂU GEN HCV VÀ ĐỘT BIẾN VÙNG CORE HCV 4.4.1 Tỷ lệ SNP rs12979860 của IL28B theo kiểu gen HCV Sau khi phân tích tỷ lệ SNP rs12979860 của IL28B theo kiểu gen HCV trong nhóm bệnh nhân có HCV-RNA (+) (n=134) ở bảng 3.23, chúng tôi nhận thấy khác biệt giữa các nhóm không có ý nghĩa thống kê, p = 0,43 > 0,05. Kết quả này tương tự với kết quả nghiên cứu của Maryam và cộng sự năm 2016 [66], kết quả nghiên cứu của Fateme Zare và cộng sự năm 2016 [35], không tìm thấy mối liên quan giữa SNP rs12979860 IL28B với kiểu gen HCV. Ngược lại, kết quả nghiên cứu của chúng tôi khác với kết quả của Christoph Sarrazin. Với 267 trường hợp nhiễm viêm gan C mạn tính kiểu gen 2 và 3 vaø 378 trường hợp nhiễm viêm gan C mạn tính do kiểu gen 1, được so sánh với nhóm chứng 200 người khỏe mạnh, tần suất kiểu gen IL28B CC lại thấp hơn trong nhóm bệnh nhân nhiễm HCV kiểu gen 1 so với nhóm bệnh nhân nhiễm HCV kiểu gen 2 và 3. Theo kết luận của Christoph Sarrazin, trong nhóm bệnh nhân nhiễm HCV kiểu gen 2 và 3, kiểu gen IL28B CC có liên quan với đáp ứng virút bền vững (p = 0,01) [82]. Có thể do không có sự chọn lọc trong quá trình nhiễm HCV theo kiểu gen HCV và kiểu gen IL28B của bệnh nhân nên hai chỉ dấu sinh học này độc lập với nhau. Nhìn chung, nhóm bệnh nhân nhiễm HCV kiểu gen 6 chiếm tỷ lệ cao trong nghiên cứu của chúng tôi. Tuy nhiên, không có sự khác biệt giữa hai nhóm có kiểu gen IL28B CC và nhóm có kiểu gen IL28B CT, TT. Nghiên cứu của chúng tôi chỉ đưa ra nhận xét khách quan, chưa thể xác định được tính thanh thải virút ở bệnh nhân có kiểu gen IL28B CC. Để đưa ra kết luận chính xác hơn, cần có những nghiên cứu khác với thiết kế nghiên cứu tốt hơn, cỡ mẫu lớn hơn và với thời gian dài hơn, khảo sát trên nhiều yếu tố giúp loại trừ được những khả năng gây nhiễu. 106 4.4.2. Tải lƣợng HCV-RNA theo kiểu gen IL28B, của từng loại kiểu gen HCV. Khi khảo sát tải lượng HCV-RNA của hai nhóm bệnh nhân IL28B CC và IL28B CT, TT được phân theo từng kiểu gen 1, 2a và 6 ở bảng 3.26 cho thấy khác biệt giữa các nhóm không có ý nghĩa thống kê với p > 0,05. Trong đó, xét riêng từng kiểu gen thì kiểu gen 1, 2a có trung vị tải lượng virút không khác nhau lắm giữa hai nhóm bệnh nhân IL28B CC và IL28B CT, TT (3,9 x 10 6 IU/ml; 2,6 x 10 6 IU/ml ở kiểu gen 1 và 1,37 x 10 6 IU/ml; 1,2 x 10 6 IU/ml ở kiểu gen 2a). Trong khi đó những bệnh nhân nhiễm HCV kiểu gen 6 có trung vị tải lượng virút ở nhóm IL28B CC thấp hơn so với nhóm IL28B CT, TT (6,6 x 10 6 IU/ml và 9,9 x 10 6 IU/ml). Khi khảo sát riêng nhóm bệnh nhân IL28B CC, so sánh tải lượng virút giữa các nhóm kiểu gen 1, 2a và 6 ở bảng 3.27 cho thấy trung vị tải lượng virút của kiểu gen 2a thấp hơn nhiều so với hai kiểu gen 1 và 6 (1,4 x 106 IU/ml so với 3,9 x 106 IU/ml và 6,6 x 106 IU/ml). Kết quả phân tích cho thấy sự khác biệt giữa nhóm kiểu gen 1 và hai nhóm kiểu gen còn lại không có ý nghĩa thống kê (p > 0,05) trong khi sự khác biệt giữa nhóm kiểu gen 2a và nhóm kiểu gen 6 có ý nghĩa thống kê, p = 0,01 < 0,05. Như vậy, bệnh nhân nhiễm HCV kiểu gen 6 có tải lượng virút nhiều hơn bệnh nhân nhiễm HCV kiểu gen 2a. Kết quả này gần giống như kết quả của Xia Rong và cộng sự trong một đề tài nghiên cứu được công bố vào năm 2012, “Tương quan giữa tải lượng virút và kiểu gen HCV: người hiến máu nhiễm HCV kiểu gen 6a có tải lượng virút cao hơn các kiểu gen khác”. Tác giả khảo sát 299 người hiến máu tình nguyện bị nhiễm HCV (ở Viện huyết học Quảng Châu), xác định được bốn kiểu gen 1, 2, 3 và 6 với tỷ lệ lần lượt là 48,9%, 8,7%, 12,3% và 30,1%. Tải lượng virút ở nhóm bệnh nhân nhiễm kiểu gen 1 và 6 (6,07 và 6,15 log10 IU/ml) cao hơn tải lượng virút của nhóm bệnh nhân nhiễm kiểu gen 2 và 3 (5,66 và 5,49 log10 IU/ml), p < 0,001 [79]. Do đặc thù của Việt Nam nên 107 trong nghiên cứu này chúng tôi không phân lập được kiểu gen 3. Kết quả cho thấy trung vị tải lượng virút của nhóm bệnh nhân nhiễm kiểu gen 6 cao hơn trung vị tải lượng của hai kiểu gen 1 và 2a (6,6 x 106 IU/ml so với 3,9 x 106 IU/ml và 1,4 x 10 6 IU/ml). Tuy nhiên có thể do cỡ mẫu nghiên của chúng tôi không đủ lớn (chỉ có 15 bệnh nhân nhiễm HCV kiểu gen 1) nên khác biệt giữa tải lượng virút của nhóm bệnh nhân nhiễm HCV kiểu gen 1 với tải lượng virút của hai nhóm bệnh nhân còn lại không có ý nghĩa thống kê. 4.4.3. Mối liên quan giữa IL28B với kiểu gen của HCV theo tuổi, giới. Khảo sát tỷ lệ IL28B theo giới và tuổi của từng kiểu gen (1, 2a và 6) ở bảng 3.28. Nhìn chung, tỷ lệ kiểu gen IL28B CC của những bệnh nhân nhiễm HCV kiểu gen 1 và 6 gần giống nhau ở hai phái nam và nữ (tỷ lệ tương ứng là 66,7%-70%/kiểu gen 1 và 79,3%-79,3%/kiểu gen 6). Riêng những bệnh nhân nhiễm HCV kiểu gen 2a thì phái nam có tỷ lệ mang kiểu gen IL28B CC nhiều hơn phái nữ (93,3% so với 76,9%). Nếu xét theo tuổi thì tỷ lệ kiểu gen IL28B CC của hai nhóm tuổi (≤ 60 và > 60) ở nhóm bệnh nhân nhiễm HCV kiểu gen 1 gần tương tự nhau (69,2% và 66,7%). Tuy nhiên, kiểu gen IL28B CC chiếm ưu thế ở những bệnh nhân > 60 tuổi nhiễm HCV kiểu gen 2a và 6 (87,5%/kiểu gen 2a và 90%/kiểu gen 6). Phân tích thống kê cho thấy khác biệt giữa các nhóm không có ý nghĩa thống kê với p > 0,05. 4.4.4. Mối liên quan giữa các kiểu gen SNP rs12979860 của IL28B với đột biến vùng core HCV Khảo sát moái liên quan giöõa IL28B với đột biến vùng core HCV trong nhóm bệnh nhân có HCV-RNA döông tính (n=134) ở bảng 3.29, chúng tôi nhận thấy khác biệt giữa các nhóm không có ý nghĩa thống kê với p = 0,65 > 0,05. Kết quả này tương tự với kết quả của Alestig và cộng sự năm 2011 trên 108 50 bệnh nhân da trắng nhiễm HCV kiểu gen 1b. Erik Alestig keát luaän IL28B và đột biến vùng core HCV độc lập với nhau [34]. Tuy nhiên, kết quả nghiên cứu của chúng tôi khác với kết quả của hai nghiên cứu sau: - Năm 2010, Mariko Kobayashi và cộng sự nghiên cứu đề tài “Mối liên quan giữa SNP IL28B và đột biến axít amin ở vùng core HCV của bệnh nhân người Nhật viêm gan C mạn tính”. Tác giả kết luận tần suất đột biến dạng R70Q chiếm ưu thế ở nhóm bệnh nhân nữ mang kiểu gen CT, TT: . Tỷ lệ đột biến R70Q ở bệnh nhân nữ mang kiểu gen CT, TT: 19/32 (59,3%) . Tỷ lệ đột biến R70Q ở bệnh nhân nam mang kiểu gen CT, TT: 26/50 (52,0%). . Tỷ lệ đột biến R70Q ở bệnh nhân nữ mang kiểu gen CC: 26/81 (32,1%) . Tỷ lệ đột biến R70Q ở bệnh nhân nam mang kiểu gen CC: 27/125 (21,6%) [65]. - Năm 2016, Danesh Kadjbaf và cộng sự khảo sát đề tài “Tần suất đột biến axít amin 70 vùng core HCV và kiểu gen của đa hình gần gen IFNL3 ở bệnh nhân viêm gan virút C mạn tính”. Có 429 bệnh nhân tham gia nghiên cứu trong số đó 426 bệnh nhân được định kiểu gen rs12979860. Kết quả có 75 bệnh nhân mang kiểu gen TT. Tác giả kết luận đột biến axít amin 70 vùng core HCV phổ biến hơn ở nhóm bệnh nhân mang kiểu gen rs12979860 TT so với nhóm bệnh nhân không mang kiểu gen này (17,3% so với 8,5%, p = 0,022) [27]. Như vậy, theo kết quả của hai nghiên cứu trên, đột biến axít amin 70 ở vùng core HCV thường xuất hiện ở bệnh nhân viêm gan virút C mạn tính có kiểu gen IL28B CT, TT. Do mẫu nghiên cứu của chúng tôi không đủ lớn, chỉ thu dung được 29 trường hợp bệnh nhân có kiểu gen CT, TT nên không thể kiểm chứng kết quả của hai nghiên cứu trên. Cần có những nghiên cứu khác với số mẫu lớn hơn, có nhiều bệnh nhân viêm gan C mạn tính mang kiểu gen CT, TT hơn. 109 Tỷ lệ HCV đột biến vùng core theo tuổi trong nhóm người có IL28B CC (n=105) ở bảng 3.30 cho thấy hai nhóm bệnh nhân ≤ 60 tuổi (50,5%) và > 60 tuổi (49,5%) có số lượng gần bằng nhau (53 và 52 trường hợp). Tuy nhiên, số lượng bệnh nhân mang virus đột biến vùng core HCV chiếm ưu thế so với số lượng bệnh nhân không mang virus đột biến vùng core (58 so với 47 trường hợp). Đặc biệt, những bệnh nhân ≤ 60 tuổi có tỷ lệ mang virus đột biến nhiều hơn gấp đôi so với nhóm bệnh nhân có vùng core HCV bình thường (67,9% so với 32,1%). Xét về tỷ lệ virút đột biến nhận thấy trong nhóm bệnh nhân có virút đột biến thì tỷ lệ bệnh nhân ≤ 60 tuổi (36/58 – 62,1%) cao hơn nhiều so với nhóm bệnh nhân > 60 tuổi (22/58 – 37,9%), trong khi nhóm bệnh nhân không có virút đột biến thì tỷ lệ bệnh nhân ≤ 60 tuổi (17/47 – 36,2%) thấp hơn nhiều so với nhóm bệnh nhân > 60 tuổi (30/47 – 63,8%). Phân tích kết quả cho thấy sự khác biệt giữa các nhóm có ý nghĩa thống kê với p = 0,04 < 0,05, OR = 2,888 (KTC 95%: 1,301-6,408), đột biến vùng core phổ biến ở bệnh nhân ≤ 60 tuổi. Tỷ lệ HCV đột biến vùng core theo tuổi, trong nhóm bệnh nhân có IL28B CT, TT (n=29) ở bảng 3.30 cho thấy nhóm bệnh nhân ≤ 60 tuổi có số lượng nhiều gấp đôi nhóm bệnh nhân > 60 tuổi (20 so với 9). Xét về tỷ lệ virút đột biến thì trong nhóm bệnh nhân có virút đột biến, tỷ lệ bệnh nhân ≤ 60 tuổi (13/18 – 72,2%) cao hơn nhiều so với nhóm bệnh nhân > 60 tuổi (5/18 – 27,8%). Tương tự, nhóm bệnh nhân không có virút đột biến thì tỷ lệ bệnh nhân ≤ 60 tuổi (7/11 – 63,6%) cao hơn nhiều so với nhóm bệnh nhân > 60 tuổi (4/11 – 36,4%). Phân tích kết quả cho thấy không có sự khác biệt giữa các nhóm với p = 0,69 > 0,05. Tuy nhiên, kết quả này chỉ nên ghi nhận do số lượng mẫu giới hạn ở mức 29 bệnh nhân. Cần có một nghiên cứu khác có cỡ mẫu lớn hơn để xác định rõ liệu có sự khác biệt về tỷ lệ đột biến vùng core HCV theo tuổi trong nhóm bệnh nhân mang kiểu gen IL28B CT, TT. 110 Tỷ lệ HCV đột biến vùng core theo giới, trong nhóm bệnh nhân có IL28B CC (n=105), ở bảng 3.30, ghi nhận số lượng bệnh nhân nữ (60 trường hợp) nhiều hơn số lượng bệnh nhân nam (45 trường hợp). Xét nhóm bệnh nhân nữ, có tỷ lệ bệnh nhân không có virút đột biến (51,7%) và có virút đột biến (48,3%) gaàn tương đương nhau trong khi nhóm bệnh nhân nam có tỷ lệ bệnh nhân mang virút đột biến (64,4%) cao hơn nhóm bệnh nhân không đột biến (35,6%). Xét nhóm bệnh nhân có virút đột biến cho thấy tỷ lệ nam và nữ bằng nhau (29/58 – 50%). Trong khi ở nhóm bệnh nhân không có virút đột biến thì tỷ lệ bệnh nhân nữ (31/47 – 66%) nhiều hơn gần gấp đôi tỷ lệ bệnh nhân nam (16/47 – 34%). Phân tích kết quả cho thấy không có sự khác biệt giữa các nhóm với p = 0,14 > 0,05. Tỷ lệ đột biến vùng core HCV theo giới, trong nhóm bệnh nhân có IL28B CT, TT (n=29) ở bảng 3.30 cho thấy số lượng bệnh nhân nöõ (18 trường hợp) nhiều hơn số lượng bệnh nhân nam (11 trường hợp). Xét riêng nhóm bệnh nhân nöõ có tỷ lệ bệnh nhân mang virút đột biến và không đột biến bằng nhau (9/18 – 50%). Ngược lại, nhóm bệnh nhân nam có tỷ lệ bệnh nhân mang virút đột biến (81,8%) cao hơn nhiều so với nhóm bệnh nhân không mang virút đột biến (18,2%). Xét nhóm bệnh nhân mang virút đột biến thì tỷ lệ bệnh nhân nam và nữ bằng nhau (9/18 – 50%). Nhóm bệnh nhân không mang virút đột biến có tỷ lệ bệnh nhân nữ (9/11 – 81,8%) cao hơn rất nhiều so với bệnh nhân nam (2/11 – 18,2%). Phân tích kết quả cho thấy không có sự khác biệt giữa các nhóm với p = 0,12 > 0,05. Tải lượng HCV-RNA của hai nhóm bệnh nhân viêm gan C mạn tính có đột biến và không đột biến vùng core HCV, đều mang IL28B CC, ñöôïc khảo sát ở bảng 3.31, trung vị tải lượng của nhóm có đột biến vùng core HCV lớn hơn trung vị tải lượng của nhóm không có đột biến vùng core HCV (5,8 x 106 111 IU/ml so với 1,7 x 10 6 IU/ml). Khác biệt giữa các nhóm không có ý nghĩa thống kê với p = 0,053 > 0,05. Tải lượng HCV-RNA của hai nhóm bệnh nhân viêm gan virút C mạn tính có đột biến và không đột biến vùng core HCV, mang kiểu gen IL28B CT, TT cũng được phân tích ở bảng 3.31, cho thấy trung vị tải lượng của hai nhóm gần bằng nhau (8,1 x 106 IU/ml so với 7,8 x 106 IU/ml). Khác biệt giữa các nhóm không có ý nghĩa thống kê với p = 0,8 > 0,05. Tải lượng HCV-RNA theo kiểu gen IL28B, có đột biến vùng core HCV, thuộc kiểu gen 1 (n=20) và kiểu gen 6 (n=55) ở bảng 3.32. Đối với nhóm bệnh nhân nhiễm HCV kiểu gen 1, trung vị tải lượng HCV-RNA gần bằng nhau ở hai nhóm bệnh nhân mang IL28B CC và IL28B CT, TT (3,0 x 10 6 IU/ml so với 2,6 x 106 IU/ml). Tuy nhiên, tải lượng HCV- RNA của những bệnh nhân nhiễm HCV kiểu gen 6 có chênh lệch giữa hai nhóm. Nhóm bệnh nhân IL28B CT, TT có trung vị tải lượng (16,7 x 106 IU/ml) lớn hơn nhiều so với nhóm bệnh nhân mang kiểu gen IL28B CC (6,9 x 10 6 IU/ml). Khi phân tích kết quả thì khác biệt giữa các nhóm được xét riêng theo kiểu gen 1 và 6 đều ghi nhận không có sự khác biệt có ý nghĩa thống kê với p-value lần lượt là 0,72 và 0,17 (> 0,05). Như vậy, chúng tôi: * Không tìm thấy mối liên quan giữa các kiểu gen SNP rs12979860 của IL28B với kiểu gen của HCV và đột biến vùng core HCV * Tuy nhiên, đối với bệnh nhân mang kiểu gen IL28B CC: - HCV kiểu gen 2a chiếm ưu thế ở nhóm bệnh nhân trên 60 tuổi. - Trong nhóm bệnh nhân nữ: HCV kiểu gen 6 chiếm ưu thế ở nhóm bệnh nhân ≤ 60 tuổi; HCV kiểu gen 2a chiếm ưu thế ở nhóm bệnh nhân > 60 tuổi. - Tải lượng HCV-RNA ở kiểu gen 6 nhiều hơn tải lượng HCV-RNA ở kiểu gen 2a. - Đột biến vùng core phổ biến ở bệnh nhân ≤ 60 tuổi. 112 KẾT LUẬN Qua nghiên cứu 164 bệnh nhân nhiễm HCV, trong đó có 30 bệnh nhân không phát hiện được HCV-RNA và 134 bệnh nhân được định lượng HCV- RNA bằng kỹ thuật real-time PCR. 1. Xác định được ba kiểu gen HCV lưu hành là 6, 2 và 1 với tỷ lệ lần lượt là 43,3%, 40,3% và 16,4%. Phát hiện được các dạng đột biến vùng core HCV với tỷ lệ như sau: R70H L91C (40,8%), R70Q L91C (27,6%), L91C (14,5%), L91M (6,6%), R70Q L91M (6,6%) và R70Q (3,9%). Xác định được tỷ lệ kiểu gen SNP rs12979860 của IL28B lần lượt là: CC (81,1%), CT (17,7%) và TT (1,2%). Không tìm thấy sự khác biệt về tần suất kiểu gen IL28B CC ở hai nhóm bệnh nhân có HCV-RNA (-) và HCV-RNA (+). 2. Tỷ lệ đột biến vùng core rất cao với HCV kiểu gen 1 và 6 (90,9% và 94,8%) nhưng rất thấp với HCV kiểu gen 2a (1,9%) (p = 0,0001). 3. Không tìm thấy mối liên quan giữa các kiểu gen SNP rs12979860 của IL28B với các kiểu gen HCV và đột biến vùng core HCV. 113 KIẾN NGHỊ Kết quả nghiên cứu của chúng tôi cho thấy đột biến vùng core HCV phổ biến ở nhóm bệnh nhân nhiễm HCV kiểu gen 6 và 1b. Do đó, cần có những nghiên cứu đánh giá vai trò của đột biến vùng core HCV trong việc theo dõi biến chứng ung thư biểu mô tế bào gan ở những bệnh nhân này, sau khi đã đạt đáp ứng virút bền vững.
File đính kèm:
- luan_an_moi_lien_quan_giua_snp_cua_il28b_voi_genotype_va_dot.pdf
- Thông tin luận án đưa lên mạng.pdf
- Tóm tăt luận án.pdf