Luận án Một số gen mã hóa carbapenemase và mối liên quan với mức độ kháng carbapenem của acinetobacter baumannii tại Việt Nam

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ 
TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI 
LƯU THỊ VŨ NGA 
MỘT SỐ GEN MÃ HÓA 
CARBAPENEMASE VÀ MỐI LIÊN QUAN 
VỚI MỨC ĐỘ KHÁNG CARBAPENEM 
CỦA ACINETOBACTER BAUMANNII 
TẠI VIỆT NAM 
LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC 
HÀ NỘI – 2021 
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ 
TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI 
LƯU THỊ VŨ NGA 
MỘT SỐ GEN MÃ HÓA 
CARBAPENEMASE VÀ MỐI LIÊN QUAN 
VỚI MỨC ĐỘ KHÁNG CARBAPENEM 
CỦA ACINETOBACTER BAUMANNII 
TẠI VIỆT NAM 
Chuyên ngành : Vi sinh Y học 
Mã số : 62720115 
LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC 
Người hướng dẫn khoa học 
1. PGS. TS. Nguyễn Vũ Trung 
2. TS. Phạm Hồng Nhung 
HÀ NỘI - 2021 
LỜI CẢM ƠN 
Với lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc, tôi xin chân thành cảm ơn: 
Các thầy cô trong Ban Giám hiệu, Phòng Đào tạo Sau đại học và Bộ 
môn Vi sinh Trường Đại học Y Hà Nội đã tạo mọi điều kiện thuận lợi giúp tôi 
trong suốt quá trình học tập, thực hiện luận án này. 
PGS. TS. Nguyễn Vũ Trung, Trưởng Bộ môn Vi sinh Trường Đại học Y 
Hà Nội, Phó Giám đốc Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ương, người thầy đã 
tận tình ủng hộ, động viên và hướng dẫn tôi trong suốt quá trình học tập 
nghiên cứu để hoàn thành bản luận án này. 
TS Phạm Hồng Nhung, Phó Trưởng Bộ môn Vi sinh Trường Đại học Y 
Hà Nội, Phó trưởng khoa Vi sinh Bệnh viện Bạch Mai, người cô đã luôn có 
những ý tưởng hay về phương pháp nghiên cứu giúp tôi hoàn thành bản luận 
án này. 
TS Trần Huy Hoàng, Trưởng phòng Kháng sinh, Phó trưởng khoa Vi 
khuẩn Viện vệ sinh Dịch tễ Trung ương đã tạo mọi điều kiện thuận lợi cho tôi 
thực hiện nghiên cứu và có những ý kiến đóng góp quí báu giúp tôi hoàn thành 
bản luận án này. 
Tôi xin trân trọng cảm ơn các Giáo sư, Phó giáo sư, Tiến sĩ thành viên 
hội đồng chấm luận án. 
Tôi xin chân thành cảm ơn Ban giám đốc, tập thể cán bộ nhân viên Khoa 
Vi sinh Bệnh viện Thanh Nhàn đã tạo điều kiện giúp đỡ tôi trong quá trình 
học tập, nghiên cứu. 
Tôi xin chân thành cảm ơn tập thể cán bộ nhân viên Khoa Vi khuẩn Viện 
Vệ sinh Dịch tễ Trung ương đã tạo điều kiện và giúp đỡ tôi trong quá trình 
thực hiện luận án. 
Xin chân thành cảm ơn các đồng nghiệp, bạn bè đã động viên khuyến 
khích và giúp đỡ tôi trong quá trình thực hiện luận án. 
Đặc biệt tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới gia đình bố, mẹ, anh, em 
và những người thân nhất là chồng và các con tôi đã khích lệ và tạo mọi điều 
kiện thuận lợi nhất cho tôi trong quá trình học tập và hoàn thành luận án. 
Tôi xin ghi nhận những tình cảm và công lao ấy. 
 Hà Nội, ngày tháng năm 2021 
Nghiên cứu sinh 
Lưu Thị Vũ Nga 
LỜI CAM ĐOAN 
Tôi là LƯU THỊ VŨ NGA, nghiên cứu sinh khóa 34, Trường Đại học Y 
Hà Nội, chuyên ngành Vi sinh y học, xin cam đoan: 
1. Đây là luận án do bản thân tôi trực tiếp thực hiện dưới sự hướng dẫn 
của Thầy PGS.TS. Nguyễn Vũ Trung và Cô TS. Phạm Hồng Nhung. 
2. Công trình này không trùng lặp với bất kỳ nghiên cứu nào khác đã 
được công bố tại Việt Nam. 
3. Các số liệu và thông tin trong nghiên cứu là hoàn toàn chính xác, 
trung thực và khách quan, đã được xác nhận và chấp thuận của cơ sở nơi 
nghiên cứu. 
Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về những cam kết này. 
Hà Nội, ngày tháng năm 2021 
Người viết cam đoan 
Lưu Thị Vũ Nga 
DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT 
Chữ 
viết tắt 
Tên đầy đủ 
AK Amikacin 
BV Bệnh viện 
CAP Viêm phổi cộng đồng (community-acquired pneumonia 
CAZ Ceftazidime 
CEP Cephalosporin 
CHDL Enzym beta-lactamase nhóm D thủy phân carbapenem 
(carbapenem-hydrolyzing class D β-lactamases) 
CIM Kỹ thuật bất hoạt carbapenem 
(Carbapenem Inactivation Method) 
CLSI Viện chuẩn thức xét nghiệm lâm sàng Hoa Kỳ (Clinical and 
Laboratory Standards Institute) 
CO Colistin 
CPM Cefepime 
CRAB A. baumannii kháng carbapenem 
(Carbapenem-Resitant A. baumannii) 
CSAB A. baumannii nhạy cảm với carbapenem 
(Carbapenem- susceptible A. baumannii) 
DOR Doripenem 
EUCAST Ủy ban châu Âu về thử nghiệm độ nhạy cảm với kháng sinh 
(European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing) 
I Trung gian (intermediate) 
ICU Đơn vị chăm sóc tích cực (Intensive care unit) 
IPM Imipenem 
IS Trình tự chèn (insertion sequences) 
KS Kháng sinh 
LEV Levofloxacin 
LPS Lipopolysaccharide 
MBL Beta-lactamase nhóm B (Metallo-β-lactamases) 
MDR Đa kháng kháng sinh (Multi-drug resistant) 
MEM Meropenem 
MH Môi trường Muller – Hinton 
MHT Thử ngiệm Modified Hodge test 
MI Minocycllin 
NCBI Trung tâm Thông tin Công nghệ Sinh học Quốc gia, Hoa Kỳ 
(National Center for Biotechnology Information). 
NDM-1 New Delhi metallo-beta-lactamase 1 
NKBV Nhiễm khuẩn bệnh viện 
NST Nhiễm sắc thể 
Omp Protein màng ngoài (outer membrane protein) 
OXA Oxacillinase 
PBPs Các protein gắn penicilin (Penicillin-Binding Proteins) 
PCR Phản ứng chuỗi trùng hợp (Polymerase Chain Reaction) 
PDR Toàn kháng kháng sinh (Pandrug resistant). 
R Đề kháng (resistant) 
RI Cụm gen kháng (Resistance island) 
S Nhạy cảm (susceptible) 
SMART Nghiên cứu xu hướng đề kháng kháng sinh (Study for 
Monitoring Antimicrobial Resistance Trends) 
THT Thử nghiệm Triton-Hodge test 
TSB Môi trường canh thang dinh dưỡng (Trypto-casein soy broth) 
VAP Viêm phổi liên quan đến thở máy 
(Ventilator-associated pneumonia) 
XDR Đề kháng mở rộng (Extensively drug resistant) 
MỤC LỤC 
ĐẶT VẤN ĐỀ ............................................................................................... 1 
Chương 1. TỔNG QUAN ............................................................................. 3 
1.1. KHÁNG SINH NHÓM CARBAPENEM ................................................ 3 
1.1.1. Cấu trúc của kháng sinh nhóm carbapenem .................................... 3 
1.1.2. Cơ chế tác động của carbapenem .................................................... 4 
1.2. ACINETOBACTER BAUMANNII ........................................................ 5 
1.2.1. Đặc điểm sinh học của A. baumannii .............................................. 5 
1.2.2. Các yếu tố độc lực của A. baumannii .............................................. 6 
1.2.3. Khả năng gây bệnh của A. baumannii ............................................. 9 
1.2.4. Đặc điểm bộ gen liên quan đến độc lực, khả năng gây bệnh và 
sức đề kháng của A. baumannii ...................................................... 11 
1.2.5. Tình hình kháng kháng sinh của A. baumannii ............................. 12 
1.2.6. Cơ sở di truyền học của sự lan truyền gen đề kháng kháng sinh ở 
Acinetobacter baumannii ................................................................ 14 
1.3. ĐỀ KHÁNG CARBAPENEM DO CARBAPENEMASE Ở 
ACINETOBACTER BAUMANNII................................................................. 17 
1.3.1. Phân loại và cơ chế hoạt động của carbapenemase ....................... 17 
1.3.2. Một số loại carbapenemase lớp B và D thường gặp ở A. baumannii .. 19 
1.3.3. Nghiên cứu gen mã hóa carbapenemase và tình hình đề kháng 
carbapenem của A. baumannii tại Việt Nam ................................... 27 
1.4. MỘT SỐ PHƯƠNG PHÁP PHÁT HIỆN KIỂU GEN VÀ 
CARBAPENEMASE Ở A. BAUMANNII ..................................................... 31 
1.4.1. Phương pháp phát hiện gen mã hóa carbapenemase ...................... 31 
1.4.2. Phương pháp kiểu hình phát hiện carbapenemase ......................... 32 
1.4.3. Phương pháp sinh hóa xác định hoạt tính enzyme carbapenemase ... 37 
1.4.4. Một số phương pháp nghiên cứu khả năng lan truyền của các 
chủng vi khuẩn mang gen đề kháng kháng sinh ở mức độ phân tử.. 40 
1.5. TÍNH CẤP THIẾT CỦA LUẬN ÁN..................................................... 41 
Chương 2. ĐỐI TƯỢNG, PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .................. 42 
2.1. ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU ............................................................... 42 
2.2. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU.......................................................... 42 
2.2.1. Thiết kế nghiên cứu ...................................................................... 42 
2.2.2. Chọn mẫu và cỡ mẫu .................................................................... 42 
2.3. SƠ ĐỒ NGHIÊN CỨU ......................................................................... 43 
2.4. THỜI GIAN VÀ ĐỊA ĐIỂM NGHIÊN CỨU ....................................... 44 
2.5. NỘI DUNG NGHIÊN CỨU .................................................................. 44 
2.5.1. Thu thập và lưu giữ mẫu nghiên cứu............................................. 44 
2.5.2. Kỹ thuật PCR phát hiện gen blaOXA-51-like ở các chủng A. baumannii .... 44 
2.5.3. Kỹ thuật xác định nồng tối thiểu ức chế vi khuẩn phát triển 
(Minimum Inhibitory Concentrations - MIC) của kháng sinh ............ 46 
2.5.4. Kỹ thuật PCR phát hiện một số gen mã hóa carbapenemase lớp D 
và B ở A. baumannii ....................................................................... 50 
2.5.5. Xác định kiểu gen của vi khuẩn bằng kỹ thuật điện di xung 
trường (Pulsed-field gel electrophoresis -PFGE) ............................ 54 
2.5.6. Một số thử nghiệm phát hiện sinh carbapenemase ở A. baumannii .... 55 
2.6. XỬ LÝ VÀ PHÂN TÍCH SỐ LIỆU ...................................................... 59 
2.7. ĐẠO ĐỨC NGHIÊN CỨU ................................................................... 60 
Chương 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU ...................................................... 61 
3.1. XÁC ĐỊNH NỒNG ĐỘ ỨC CHẾ TỐI THIỂU (MIC) CỦA 
CARBAPENEM VỚI CÁC CHỦNG A. BAUMANNII ................................ 61 
3.1.1. Đặc điểm đối tượng nghiên cứu .................................................... 61 
3.1.2. Xác định MIC của carbapenem với các chủng A. baumannii ........ 62 
3.2. PHÁT HIỆN MỘT SỐ GEN MÃ HÓA CARBAPENEMASE LỚP D, 
B CỦA ACINETOBACTER BAUMANNII .................................................... 70 
3.2.1. PCR phát hiện một số gen mã hóa carbapenemase........................ 70 
3.2.2. Xác định mối liên hệ kiểu gen PFGE và kiểu hình đề kháng 
kháng sinh của các chủng A. baumannii ......................................... 78 
3.3. XÁC ĐỊNH MỐI LIÊN QUAN GIỮA MIC VỚI SỰ XUẤT HIỆN 
CARBAPENEMASE VÀ GEN MÃ HÓA CARBAPENEMASE ................ 84 
Chương 4. BÀN LUẬN .............................................................................. 90 
4.1. XÁC ĐỊNH NỒNG ĐỘ ỨC CHẾ TỐI THIỂU (MIC) CỦA 
CARBAPENEM VỚI CÁC CHỦNG A. BAUMANNII ................................ 90 
4.1.1. Đặc điểm đối tượng nghiên cứu .................................................... 90 
4.1.2. Nồng độ ức chế tối thiểu (MIC) của carbapenem với các chủng 
A. baumannii .................................................................................. 92 
4.2. PHÁT HIỆN MỘT SỐ GEN MÃ HÓA CARBAPENEMASE LỚP D, 
B Ở ACINETOBACTER BAUMANNII ....................................................... 102 
4.2.1. PCR xác định một số gen mã hóa carbapenemase lớp D, B ........ 102 
4.2.2. Mối liên hệ kiểu gen PFGE và kiểu hình đề kháng kháng sinh của 
các chủng A. baumannii................................................................ 106 
4.3. MỐI LIÊN QUAN GIỮA MIC VỚI SỰ XUẤT HIỆN CARBAPENEMASE 
VÀ GEN MÃ HÓA CARBABENEMASE ................................................ 109 
KẾT LUẬN ............................................................................................... 120 
NHỮNG ĐÓNG GÓP MỚI CỦA LUẬN ÁN ......................................... 121 
KIẾN NGHỊ VỀ NHỮNG NGHIÊN CỨU TIẾP THEO ....................... 122 
DANH MỤC CÔNG TRÌNH KHOA HỌC CỦA TÁC GIẢ CÓ LIÊN 
QUAN ĐẾN LUẬN ÁN 
TÀI LIỆU THAM KHẢO 
PHỤ LỤC 
DANH MỤC BẢNG 
Bảng 1.1. Phân loại beta-lactamase theo chức năng tương quan với cấu 
trúc phân tử............................................................................... 18 
Bảng 1.2. Một số loại carbapenemase lớp D, B thường gặp ở A. baumannii ... 20 
Bảng 1.3. Khả năng thủy phân KS của một số loại OXA ở A. baumannii . 22 
Bảng 2.1. Trình tự mồi đặc hiệu cho gen blaOXA-51-like ............................... 45 
Bảng 2.2. Nồng độ các kháng sinh pha loãng bậc 2 .................................. 47 
Bảng 2.3. Các đoạn mồi đặc hiệu phát hiện gen kháng carbapenem.......... 51 
Bảng 3.1. Phân bố chủng nghiên cứu theo bệnh viện và vùng miền .......... 61 
Bảng 3.2. Phân bố số chủng nghiên cứu theo loại mẫu bệnh phẩm ........... 62 
Bảng 3.3. Tỷ lệ A. baumannii đề kháng với carbapenem .......................... 62 
Bảng 3.4. Giá trị MIC của kháng sinh với các chủng A. baumanni ........... 63 
Bảng 3.5. Mức độ đề kháng của chủng nghiên cứu theo vùng miền .......... 64 
Bảng 3.6. Giá trị MIC của một số kháng sinh ở 2 nhóm CSAB và CRAB ... 65 
Bảng 3.7. Tỷ lệ các chủng A. baumannii dương tính với ISAba1 .............. 71 
Bảng 3.8. Tỷ lệ carbapenemase dương tính theo từng kỹ thuật ................. 85 
Bảng 3.9. Mối liên quan giữa MIC với carbapenemase dương tính theo 
từng kỹ thuật ............................................................................. 86 
Bảng 3.10. Mối liên quan giữa gen mã hóa carbapenemase với carbapenemase 
dương tính theo từng kỹ thuật ................................................... 87 
Bảng 3.11. Mối liên quan giữa MIC với sự xuất hiện carbapenemase và 
gen mã hóa carbapenemase ở A. baumannii .............................. 88 
DANH MỤC BIỂU ĐỒ 
Biểu đồ 1.1. Phân bố căn nguyên gây VAP theo mức thu nhập của các nước . 10 
Biểu đồ 3.1. Phân bố tỷ lệ (%) giá trị MIC của carbapenem đối với các 
chủng A. baumannii .............................................................. 65 
Biểu đồ 3.2. Phân bố tỷ lệ (%) giá trị MIC của cefepime ở 2 nhóm CSAB 
và CRAB .............................................................................. 66 
Biểu đồ 3.3. Phân bố tỷ lệ (%) giá trị MIC của ceftazidime ở 2 nhóm 
CSAB và CRAB ................................................................... 67 
Biểu đồ 3.4. Phân bố tỷ lệ (%) giá trị MIC của amikacin ở 2 nhóm CSAB 
và CRAB .............................................................................. 67 
Biểu đồ 3.5. Phân bố tỷ lệ (%) giá trị MIC của levofloxacin ở 2 nhóm 
CSAB và CRAB ................................................................... 68 
Biểu đồ 3.6. Phân bố tỷ lệ (%) giá trị MIC của minocyclin ở 2 nhóm 
CSAB và CRAB ................................................................... 68 
Biểu đồ 3.7. Phân bố tỷ lệ (%) giá trị MIC của colistin ở 2 nhóm CSAB 
và CRAB .............................................................................. 69 
Biểu đồ 3.8. Tỷ lệ gen mã hóa carbapenemae phát hiện được ở các chủng 
A. baumannii ........................................................................ 70 
Biểu đồ 3.9. Tỷ lệ tổ hợp các gen mã hóa carbapenemase ở các chủng 
A. baumannii ........................................................................ 70 
Biểu đồ 3.10. Tỷ lệ các gen mã hóa carbapenemase ở 2 nhóm CSAB và 
CRAB ................................................................................... 76 
Biểu đồ 3.11. Tỷ lệ đề kháng kháng sinh của các chủng A. baumannii 
mang 1 và ≥ 2 gen  ... ân tử của Acinetobacter baumannii gây nhiễm khuẩn tại bệnh viện đa 
khoa Thống Nhất Đồng Nai. Đại học Bách Khoa - Đai học Quốc gia 
Thành phố Hồ Chí Minh. 
176. Oliveira, E.A.d., et al. (2019). High rate of detection of OXA-23-
producing Acinetobacter from two general hospitals in Brazil. Revista da 
Sociedade Brasileira de Medicina Tropical, 52. 
177. Poirel, L., et al. (2008). Acinetobacter radioresistens as a silent source of 
carbapenem resistance for Acinetobacter spp. Antimicrobial agents and 
chemotherapy, 52(4): p. 1252-1256. 
178. Hu, X., et al. (2017). Diversity of New Delhi metallo-beta-lactamase-
producing bacteria in China. International Journal of Infectious 
Diseases, 55: p. 92-95. 
179. Phạm Duy Thái (2015). Một số đặc tính cảu các chủng Acinetobacter 
baumannii gây nhiễm khuẩn bệnh viện mang gen NDM-1 kháng 
carbapenem, Chuyên ngành Vi sinh vật. Đại học khoa học tự nhiên. 
180. Labarca, J.A., et al. (2016). Carbapenem resistance in Pseudomonas 
aeruginosa and Acinetobacter baumannii in the nosocomial setting in 
Latin America. Critical reviews in microbiology, 42(2): p. 276-292. 
181. Ellington, M.J., et al. (2006). Multiplex PCR for rapid detection of genes 
encoding acquired metallo-β-lactamases. Journal of Antimicrobial 
Chemotherapy, 59(2): p. 321-322. 
182. Tamma, P.D., et al. (2017). Is There a Carbapenem MIC Cutoff Value 
That Distinguishes Carbapenemase-Producing and Non-Carbapenemase-
Producing Carbapenem Non-Susceptible Pseudomonas and Acinetobacter 
Isolates? infection control & hospital epidemiology, 38(11): p. 1378-1379. 
 183. Martínez, P. and S. Mattar (2012). Imipenem-resistant Acinetobacter 
baumannii carrying the ISAba1-bla OXA-23, 51 and ISAba1-bla ADC-7 
genes in Monteria, Colombia. Brazilian journal of microbiology, 43(4): 
p. 1274-1280. 
184. Rodríguez-Martínez, J.-M., et al. (2010). Extended-spectrum 
cephalosporinase in Acinetobacter baumannii. Antimicrobial agents and 
chemotherapy, 54(8): p. 3484-3488. 
185. Heritier, C., L. Poirel, and P. Nordmann (2006). Cephalosporinase over-
expression resulting from insertion of ISAba1 in Acinetobacter 
baumannii. Clinical microbiology and infection, 12(2): p. 123-130. 
186. Doyle, D., et al. (2012). Laboratory detection of Enterobacteriaceae that 
produce carbapenemases. Journal of clinical microbiology, 50(12): p. 
3877-3880. 
187. Girlich, D., L. Poirel, and P. Nordmann (2012). Value of the modified 
Hodge test for detection of emerging carbapenemases in 
Enterobacteriaceae. Journal of clinical microbiology, 50(2): p. 477-479. 
188. González, L.J., et al. (2016). Membrane anchoring stabilizes and favors 
secretion of New Delhi metallo-[beta]-lactamase. Nature chemical 
biology, 12(7): p. 516-522. 
 PHỤ LỤC 2 
Kết quả đại diện so sánh giải trình tự sản phẩm PCR 
đoạn gen blaOXA-51-like với trình tự gen chuẩn 
Kết quả hình ảnh giải trình tự sản phẩm PCR gen blaOXA-51-like 
 PHỤ LỤC 3 
 Kết quả đại diện so sánh giải trình tự sản phẩm PCR 
đoạn gen blaOXA-23-like với trình tự gen chuẩn 
Kết quả hình ảnh giải trình tự sản phẩm PCR gen blaOXA-23-like 
PHỤ LỤC 3 
 Kết quả đại diện so sánh giải trình tự sản phẩm PCR 
đoạn gen blaOXA-58-like với trình tự gen chuẩn 
Acinetobacter baumannii strain WCHAB005078 plasmid pOXA58_005078, 
complete sequence 
Sequence ID: CP027245.2 Length: 70509Number of Matches: 1 
Range 1: 34403 to 35001 GenBankGraphics 
Kết quả hình ảnh giải trình tự sản phẩm PCR gen blaOXA-58-like 
PHỤ LỤC 4 
Kết quả đại diện so sánh giải trình tự sản phẩm PCR 
đoạn gen blaNDM-1 với trình tự gen chuẩn 
Acinetobacter baumannii strain ASKPNAB9 subclass B1 metallo-beta-
lactamase NDM-1 (blaNDM) gene, blaNDM-1 allele, complete cds 
Sequence ID: MK682768.1 Length: 813 Number of Matches: 1 
Kết quả hình ảnh giải trình tự sản phẩm PCR gen blaNDM-1 
PHỤ LỤC 6 
 Kết quả đại diện so sánh giải trình tự sản phẩm PCR 
đoạn gen ISAba1 với trình tự gen chuẩn 
Acinetobacter baumannii strain B response regulator (adeR) gene, complete 
cds; insertion sequence ISAba1, complete sequence; and kinase sensor 
(adeS) gene, complete cds 
Sequence ID: JQ690824.1 Length: 3038 Number of Matches: 1 
Kết quả hình ảnh giải trình tự sản phẩm PCR gen ISAba1 
 PHỤ LỤC 7 
Kết quả đại diện so sánh giải trình tự sản phẩm PCR 
đoạn gen ISAba1/blaOXA-23-like với trình tự gen chuẩn 
Acinetobacter baumannii strain 6AB15 insertion sequence ISAba1, complete 
sequence; and OXA-23 carbapenemase (oxa-23) gene, complete cds 
Sequence ID: GQ849192.1 Length: 2036 Number of Matches: 1 
Kết quả hình ảnh giải trình tự sản phẩm PCR gen ISAba1/OXA-23-like 
 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/GQ849192.1 
Acinetobacter baumannii strain 6AB15 insertion sequence ISAba1, 
complete sequence; and OXA-23 carbapenemase (oxa-23) gene, 
complete cds 
GenBank: GQ849192.1 
FASTA Graphics 
LOCUS GQ849192 2036 bp DNA linear BCT 20-
APR-2010 
DEFINITION Acinetobacter baumannii strain 6AB15 insertion sequence 
ISAba1, 
 complete sequence; and OXA-23 carbapenemase (oxa-23) gene, 
complete 
 cds. 
ACCESSION GQ849192 
VERSION GQ849192.1 
KEYWORDS . 
SOURCE Acinetobacter baumannii 
 ORGANISM Acinetobacter baumannii 
 Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; 
Pseudomonadales; Moraxellaceae; Acinetobacter; Acinetobacter 
calcoaceticus/baumanniicomplex. 
REFERENCE 1 (bases 1 to 2036) 
 AUTHORS Lin,Y.C., Hsia,K.C., Chen,Y.C., Sheng,W.H., Chang,S.C., 
Liao,M.H.and Li,S.Y. 
 TITLE Genetic basis of multidrug resistance in Acinetobacter spp. 
 clinical isolates in Taiwan 
 JOURNAL Antimicrob. Agents Chemother. (2010) In press 
 PUBMED 20194701 
 REMARK Publication Status: Available-Online prior to print 
REFERENCE 2 (bases 1 to 2036) 
 AUTHORS Lin,Y.-C., Hisa,K.-C., Chen,Y.-C., Sheng,W.-H., Chang,S.-C. 
and Li,S.-Y. 
 TITLE Identification of antimicrobial-resistant genes associates 
with fluoroquinolones, aminoglycosides, cephalosporins, and 
 carbapenemases in the Acinetobacter spp. clinical isolates 
from Taiwan 
 JOURNAL Unpublished 
REFERENCE 3 (bases 1 to 2036) 
 AUTHORS Lin,Y.-C., Hisa,K.-C., Chen,Y.-C., Sheng,W.-H., Chang,S.-C. 
and Li,S.-Y. 
 TITLE Direct Submission 
 JOURNAL Submitted (25-AUG-2009) Research and Diagnostic Center, 
Centers for Disease Control, No. 161, Kun-Yang Street, Taipei, Taiwan 
FEATURES Location/Qualifiers 
 source 1..2036 
 /organism="Acinetobacter baumannii" 
 /mol_type="genomic DNA" 
 /strain="6AB15" 
 /isolation_source="patient in hospital" 
 /db_xref="taxon:470" 
 mobile_element 1..1180 
 /mobile_element_type="insertion sequence:ISAba1" 
 gene 1215..2036 
 /gene="oxa-23" 
 CDS 1215..2036 
 /gene="oxa-23" 
 /codon_start=1 
 /transl_table=11 
 /product="OXA-23 carbapenemase" 
 /protein_id="ACW65151.1" 
/translation="MNKYFTCYVVASLFLSGCTVQHNLINETPSQIVQGHNQVIHQYF 
DEKNTSGVLVIQTDKKINLYGNALSRANTEYVPASTFKMLNALIGLENQKTDINEIFK 
WKGEKRSFTAWEKDMTLGEAMKLSAVPVYQELARRIGLDLMQKEVKRIGFGNAEIGQQ 
VDNFWLVGPLKVTPIQEVEFVSQLAHTQLPFSEKVQANVKNMLLLEESNGYKIFGKTG 
WAMDIKPQVGWLTGWVEQPDGKIVAFALNMEMRSEMPASIRNELLMKSLKQLNII" 
ORIGIN 
PHỤ LỤC 8 
DANH SÁCH CHỦNG NGHIÊN CỨU 
Số 
TT 
Mã 
nghiên 
cứu 
Mã bệnh 
phẩm 
Phân lập từ 
loại bệnh 
phẩm 
Ngày phân 
lập mẫu 
Bệnh viện 
1 1 1 Đờm 05.5.2016 Trung ương Huế 
2 2 2 
Dịch nội khí 
quản 
05.5.2016 Trung ương Huế 
3 3 3 
Dịch nội khí 
quản 
05.5.2016 Trung ương Huế 
4 4 4 
Dịch nội khí 
quản 
05.5.2016 Trung ương Huế 
5 5 5 Mủ 06.5.2016 Trung ương Huế 
6 6 6 Mủ 14.5.2016 Trung ương Huế 
7 7 7 
Dịch nội khí 
quản 
15.5.2016 Trung ương Huế 
8 8 8 Máu 16.5.2016 Trung ương Huế 
9 9 9 Đờm 16.5.2016 Trung ương Huế 
10 10 10 Đờm 18.5.2016 Trung ương Huế 
11 11 11 Đờm 31.5.2016 Trung ương Huế 
12 12 12 Mủ 05.6.2016 Trung ương Huế 
13 13 13 
Dịch nội khí 
quản 
14.6.2016 Trung ương Huế 
14 14 14 Đờm 16.6.2016 Trung ương Huế 
15 15 15 
Dịch nội khí 
quản 
25.6.2016 Trung ương Huế 
16 16 16 Đờm 13.7.2016 Trung ương Huế 
17 17 17 Đờm 17.7.2016 Trung ương Huế 
 18 18 18 Đờm 19.7.2016 Trung ương Huế 
19 19 19 
Dịch nội khí 
quản 
22.7.2016 Trung ương Huế 
20 20 20 
Dịch nội khí 
quản 
22.7.2016 Trung ương Huế 
21 21 21 Mủ 25.7.2016 Trung ương Huế 
22 22 22 Mủ 25.7.2016 Trung ương Huế 
23 23 23 Mủ 27.7.2016 Trung ương Huế 
24 24 39320 Đờm 13.5.2016 Đa khoa Nghệ An 
25 25 20094 Đờm 18.5.2016 Đa khoa Nghệ An 
26 26 39376 Đờm 21.5.2016 Đa khoa Nghệ An 
27 27 39399 Đờm 24.5.2016 Đa khoa Nghệ An 
28 28 39387 Đờm 25.5.2016 Đa khoa Nghệ An 
29 29 39467 Đờm 03.6.2016 Đa khoa Nghệ An 
30 30 39475 Đờm 03.6.2016 Đa khoa Nghệ An 
31 31 39506 Đờm 03.6.2016 Đa khoa Nghệ An 
32 32 39486 Mủ 04.6.2016 Đa khoa Nghệ An 
33 33 39498 Đòm 04.6.2016 Đa khoa Nghệ An 
34 34 1 
Dịch phế 
quản 
30.5.2016 
Đa khoa Bắc 
Giang 
35 36 2 
Dịch phế 
quản 
01.6.2016 
Đa khoa Bắc 
Giang 
36 37 3 
Dịch phế 
quản 
03.6.2016 
Đa khoa Bắc 
Giang 
37 38 4 
Dịch phế 
quản 
05.6.2016 
Đa khoa Bắc 
Giang 
38 39 9 
Dịch phế 
quản 
20.6.2016 
Đa khoa Bắc 
Giang 
 39 40 10 
Dịch phế 
quản 
24.6.2016 
Đa khoa Bắc 
Giang 
40 41 11 
Dịch phế 
quản 
27.6.2016 
Đa khoa Bắc 
Giang 
41 42 12 
Dịch phế 
quản 
27.6.2016 
Đa khoa Bắc 
Giang 
42 43 13 
Dịch phế 
quản 
07.7.2016 
Đa khoa Bắc 
Giang 
43 44 14 Nước tiểu 08.7.2016 
Đa khoa Bắc 
Giang 
44 45 15 Mủ 08.7.2016 
Đa khoa Bắc 
Giang 
45 46 17 Máu 12.7.2016 
Đa khoa Bắc 
Giang 
46 47 18 Đờm 13.7.2016 
Đa khoa Bắc 
Giang 
47 49 137H 
Dịch phế 
quản 
15.02.2016 Thanh Nhàn 
48 50 4T Chân catheter 16.02.2016 Thanh Nhàn 
49 51 893H 
Dịch phế 
quản 
25.4.2016 Thanh Nhàn 
50 52 29T Chân catheter 03.5.2016 Thanh Nhàn 
51 53 968H 
Dịch phế 
quản 
06.5.2016 Thanh Nhàn 
52 54 971H 
Dịch phế 
quản 
12.5.2016 Thanh Nhàn 
53 55 2391M Mủ 21.5.2016 Thanh Nhàn 
54 56 1003H 
Dịch phế 
quản 
25.5.2016 Thanh Nhàn 
55 58 1116H 
Dịch phế 
quản 
21.6.2016 Thanh Nhàn 
56 60 1229H Dịch phế 10.7.2016 Thanh Nhàn 
 quản 
57 61 1258H 
Dịch phế 
quản 
15.7.2016 Thanh Nhàn 
58 62 1270H 
Dịch phế 
quản 
18.7.2016 Thanh Nhàn 
59 63 1002Đ Đờm 26.6.2016 Đa khoa Hà Tĩnh 
60 64 1007Đ Đờm 26.6.2016 Đa khoa Hà Tĩnh 
61 65 214D Đờm 10.7.2016 Đa khoa Hà Tĩnh 
62 66 1045Đ Đờm 12.7.2016 Đa khoa Hà Tĩnh 
63 67 1052Đ Đờm 14.7.2016 Đa khoa Hà Tĩnh 
64 68 1063Đ Đờm 17.7.2016 Đa khoa Hà Tĩnh 
65 69 225D Dịch mủ 20.7.2016 Đa khoa Hà Tĩnh 
66 70 1078Đ Đờm 22.7.2016 Đa khoa Hà Tĩnh 
67 71 1079Đ Đờm 22.7.2016 Đa khoa Hà Tĩnh 
68 72 1082Đ Đờm 25.7.2016 Đa khoa Hà Tĩnh 
69 73 1100Đ Đờm 01.8.2016 Đa khoa Hà Tĩnh 
70 74 1107Đ Đờm 04.8.2016 Đa khoa Hà Tĩnh 
71 77 238D Dịch mủ 04.8.2016 Đa khoa Hà Tĩnh 
72 78 1119Đ Đờm 06.8.2016 Đa khoa Hà Tĩnh 
73 79 1120Đ Đờm 06.8.2016 Đa khoa Hà Tĩnh 
74 84 3475m Máu 21.7.2016 Thanh Nhàn 
75 85 1284H 
Dịch phế 
quản 
21.7.2016 Thanh Nhàn 
76 86 1317H 
Dịch phế 
quản 
15.8.2016 Thanh Nhàn 
77 87 1419H 
Dịch phế 
quản 
08.9.2016 Thanh Nhàn 
 78 88 15221 Đờm 14.11.2016 Chợ Rẫy 
79 89 15190 Đờm 14.11.2016 Chợ Rẫy 
80 90 15144 Đờm 14.11.2016 Chợ Rẫy 
81 91 15128 Đờm 14.11.2016 Chợ Rẫy 
82 93 15073 
Dịch phế 
quản 
14.11.2016 Chợ Rẫy 
83 94 15048 Đờm 14.11.2016 Chợ Rẫy 
84 95 15016 Đờm 13.11.2016 Chợ Rẫy 
85 96 14986 Đờm 14.11.2016 Chợ Rẫy 
86 97 15203 Đờm 14.11.2016 Chợ Rẫy 
87 98 15642 
Dịch vết 
thương 
15.11.2016 Chợ Rẫy 
88 99 15487 
Dịch vết 
thương 
15.11.2016 Chợ Rẫy 
89 100 15467 Đờm 15.11.2016 Chợ Rẫy 
90 101 15338 Đờm 15.11.2016 Chợ Rẫy 
91 102 15091 
Dịch vết 
thương 
14.11.2016 Chợ Rẫy 
92 103 3DH 
Dịch đường 
hô hấp 
01.01.2016 
Đa khoa Xanh 
Pôn 
93 104 7M Mủ 03.01.2016 
Đa khoa Xanh 
Pôn 
94 105 34DH 
Dịch đường 
hô hấp 
05.01.2016 
Đa khoa Xanh 
Pôn 
95 106 57DH 
Dịch đường 
hô hấp 
09.01.2016 
Đa khoa Xanh 
Pôn 
96 107 112DH 
Dịch đường 
hô hấp 
12.01.2016 
Đa khoa Xanh 
Pôn 
97 108 114DH 
Dịch đường 
hô hấp 
13.01.2016 
Đa khoa Xanh 
Pôn 
 98 109 120DH 
Dịch đường 
hô hấp 
13.01.2016 
Đa khoa Xanh 
Pôn 
99 110 121DH 
Dịch đường 
hô hấp 
16.01.2016 
Đa khoa Xanh 
Pôn 
100 111 138DH 
Dịch đường 
hô hấp 
18.01.2016 
Đa khoa Xanh 
Pôn 
101 112 148DH 
Dịch đường 
hô hấp 
26.01.2016 
Đa khoa Xanh 
Pôn 
102 113 185DH 
Dịch đường 
hô hấp 
26.01.2016 
Đa khoa Xanh 
Pôn 
103 114 191DH 
Dịch đường 
hô hấp 
28.01.2016 
Đa khoa Xanh 
Pôn 
104 115 192DH 
Dịch đường 
hô hấp 
28.01.2016 
Đa khoa Xanh 
Pôn 
105 116 222DH 
Dịch đường 
hô hấp 
10.02.2016 
Đa khoa Xanh 
Pôn 
106 117 223DH 
Dịch đường 
hô hấp 
18.02.2017 
Đa khoa Xanh 
Pôn 
107 118 247DH 
Dịch đường 
hô hấp 
28.02.2018 
Đa khoa Xanh 
Pôn 
108 119 269DH 
Dịch đường 
hô hấp 
05.03.2019 
Đa khoa Xanh 
Pôn 
109 120 BQD-TH-01 
Dịch phế 
quản 
11.10.2016 
TW Quân đội 
108 
110 121 BQD-MU-26 Mủ 03.10.2016 
TW Quân đội 
108 
111 122 BQD-MU-32 Mủ 23.11.2016 
TW Quân đội 
108 
112 123 BQD-TH-08 
Dịch phế 
quản 
16.11.2016 
TW Quân đội 
108 
113 125 BQD-TH-28 
Dịch phế 
quản 
06.10.2016 
TW Quân đội 
108 
114 126 BQD-TH-29 
Dịch phế 
quản 
07.11.2016 
TW Quân đội 
108 
 115 127 BQD-TH-31 
Dịch phế 
quản 
03.10.2016 
TW Quân đội 
108 
116 128 BQD-TH-47 
Dịch phế 
quản 
13.11.2016 
TW Quân đội 
108 
117 130 BQD-NT-15 Nước tiểu 08.12.2016 
TW Quân đội 
108 
118 131 BQD-NT-09 Nước tiểu 13.03.2016 
TW Quân đội 
108 
119 132 BQĐ-TH-34 
Dịch phế 
quản 
24.10.2016 
TW Quân đội 
108 
120 133 BQD-TH-40 
Dịch phế 
quản 
10.10.2016 
TW Quân đội 
108 
121 134 BQD-MA-9 Máu 28.10.2016 
TW Quân đội 
108 
122 136 BQD-MA-34 Máu 08.04.2016 
TW Quân đội 
108 
123 137 BQD-MA-37 Máu 24.02.2016 
TW Quân đội 
108 
124 139 BNĐ-TH-74 
Dịch phế 
quản 
12.5.2016 Nhi Đồng 1 
125 140 BNĐ-TH-158 
Dịch phế 
quản 
19.8.2016 Nhi Đồng 1 
126 141 BNĐ-TH-143 
Dịch phế 
quản 
10.7.2016 Nhi Đồng 1 
127 142 BNĐ-TH-55 
Dịch phế 
quản 
21.4.2016 Nhi Đồng 1 
128 143 BNĐ-TH-4 
Dịch phế 
quản 
11.01.2016 Nhi Đồng 1 
129 144 BNĐ-TH-24 
Dịch phế 
quản 
10.02.2016 Nhi Đồng 1 
130 145 1473H 
Dịch phế 
quản 
15.9.2016 Thanh Nhàn 
131 146 1478H 
Dịch phế 
quản 
15.9.2016 Thanh Nhàn 
 132 147 3562n Nước tiểu 16.9.2016 Thanh Nhàn 
133 148 1498H 
Dịch phế 
quản 
21.9.2016 Thanh Nhàn 
134 149 3431M Mủ vết mổ 25.9.2016 Thanh Nhàn 
135 150 1699H 
Dịch phế 
quản 
05.10.2016 Thanh Nhàn 
136 151 BNĐ-TH-25 
Dịch phế 
quản 
12.02.2016 Nhi Đồng 1 
137 152 BNĐ-TH-64 
Dịch phế 
quản 
21.04.2016 Nhi Đồng 1 
138 153 BNĐ-TH-147 
Dịch phế 
quản 
28.07.2016 Nhi Đồng 1 
139 154 BNĐ-MAH-24 Máu 29.04.2016 Nhi Đồng 1 
140 155 BNĐ-TH-141 
Dịch phế 
quản 
08.07.2016 Nhi Đồng 1 
141 156 BNĐ-TH-69 
Dịch phế 
quản 
21.07.2016 Nhi Đồng 1 
142 157 BNĐ-TH-67 
Dịch phế 
quản 
20.07.2016 Nhi Đồng 1 
143 158 BNĐ-TH-23 
Dịch phế 
quản 
05.01.2016 Nhi Đồng 1 
144 159 BNĐ-TH-72 
Dịch phế 
quản 
10.05.2016 Nhi Đồng 1