Nghiên cứu đặc điểm dịch tễ học và kết quả điều trị nhiễm nấm trên bệnh nhân bỏng nặng tại bệnh viện bỏng quốc gia (2017 – 2019)
Bỏng là một tổn thương thường gặp, cả trong chiến tranh và thời bình.
Trên bệnh nhân bỏng nặng xuất hiện nhiều rối loạn bệnh lý khác nhau, trong
đó có suy giảm miễn dịch toàn thân và tại chỗ, do đó bệnh nhân bỏng có nguy
cơ cao bị nhiễm trùng. Nhiễm trùng trên bệnh nhân bỏng có thể do nhiều
nguyên nhân khác nhau như vi khuẩn, nấm Cho đến nay nhiễm trùng vẫn là
một trong những nguyên nhân tử vong hàng đầu ở bệnh nhân bỏng [1]. Với sự
tiến bộ trong chăm sóc bệnh nhân, xuất hiện của nhiều loại kháng sinh thế hệ
mới, phổ rộng đã kiểm soát khá hiệu quả căn nguyên nhiễm khuẩn trên bệnh
nhân bỏng. Những tiến bộ này, tuy nhiên không làm giảm được tình trạng
nhiễm nấm, đôi khi còn tạo điều kiện thuận lợi cho nấm phát triển trên một cơ
địa thuận lợi là những bệnh nhân bỏng, đặc biệt là bệnh nhân bỏng nặng.
Nhiễm nấm trên bệnh nhân bỏng có nhiều mức độ khác nhau, có thể chỉ
là nấm phát triển trên bề mặt tổn thương, ở các bệnh phẩm không vô khuẩn
(như dịch đường tiêu hóa, hô hấp.) hay nấm xâm lấn sâu xuống vùng mô
lành, nhiễm nấm huyết. Nhiễm nấm bỏng do nhiều loài nấm khác nhau.
Candida chiếm thành phần chủ yếu, bao gồm cả Candida albicans và
Candida non-albicans, ngoài ra còn một số loại nấm sợi như Aspegillus,
Fusarium, Mucor
Tóm tắt nội dung tài liệu: Nghiên cứu đặc điểm dịch tễ học và kết quả điều trị nhiễm nấm trên bệnh nhân bỏng nặng tại bệnh viện bỏng quốc gia (2017 – 2019)
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN SỐT RÉT – KÝ SINH TRÙNG – CÔN TRÙNG TRUNG ƯƠNG -----------------*------------------ ĐINH XUÂN QUANG NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC VÀ KẾT QUẢ ĐIỀU TRỊ NHIỄM NẤM TRÊN BỆNH NHÂN BỎNG NẶNG TẠI BỆNH VIỆN BỎNG QUỐC GIA (2017 – 2019) LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y HỌC HÀ NỘI - 2020 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN SỐT RÉT – KÝ SINH TRÙNG – CÔN TRÙNG TRUNG ƯƠNG -----------------*------------------ ĐINH XUÂN QUANG NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC VÀ KẾT QUẢ ĐIỀU TRỊ NHIỄM NẤM TRÊN BỆNH NHÂN BỎNG NẶNG TẠI BỆNH VIỆN BỎNG QUỐC GIA (2017 – 2019) Chuyên ngành: Dịch tễ học Mã số: 972 01 17 LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y HỌC Người hướng dẫn khoa học 1. PGS. TS. Lê Trần Anh 2. PGS. TS. Lê Thị Hồng Hanh HÀ NỘI - 2020 i LỜI CAM ĐOAN Tôi là Đinh Xuân Quang, nghiên cứu sinh khóa 8, Viện Sốt rét - Ký sinh trùng - Côn trùng Trung ương, chuyên ngành Dịch tễ học Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu do chính tôi thực hiện dưới sự hướng dẫn trực tiếp của PGS.TS Lê Trần Anh, Học viện Quân y và PGS.TS Lê Thị Hồng Hanh, bệnh viện Nhi Trung ương. Trong quá trình thực hiện luận án, tôi đã đề nghị và được chủ nhiệm và các cộng sự tham gia thực hiện đề tài cấp Bộ Quốc phòng: “Nghiên cứu đặc điểm sinh học, lâm sàng, cận lâm sàng, các yếu tố liên quan và đánh giá kết quả điều trị nhiễm nấm trên bệnh nhân bỏng” cho phép sử dụng mẫu và một phần số liệu của đề tài. Các số liệu và kết quả trong luận án là hoàn toàn trung thực, chưa được công bố ở bất kỳ công trình nào khác. Các bước tiến hành của đề tài đúng như đề cương nghiên cứu, chấp hành các quy định y đức trong tiến hành nghiên cứu. Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm về những cam kết này. Hà Nội, ngày tháng năm 2020 Tác giả Đinh Xuân Quang ii LỜI CẢM ƠN Với lòng chân thành, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới PGS. TS. Lê Trần Anh, PGS. TS. Lê Thị Hồng Hanh đã hướng dẫn và giúp đỡ tận tình trong suốt quá trình học tập, nghiên cứu và hoàn thành luận án. Tôi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới PGS. TS. Trần Thanh Dương - Viện trưởng, Viện Sốt rét - Ký sinh trùng - Côn trùng Trung ương; PGS. TS. Cao Bá Lợi, trưởng phòng cùng toàn thể cán bộ của Phòng Khoa học - Đào tạo, Viện Sốt rét - Ký sinh trùng - Côn trùng Trung ương, đã tạo điều kiện thuận lợi và giúp đỡ tôi nhiệt tình trong thời gian nghiên cứu, học tập và hoàn thành luận án. Tôi xin chân thành cảm ơn các đồng nghiệp ở bộ môn Ký sinh trùng, Học viện Quân y; khoa Hồi sức cấp cứu, bệnh viện Bỏng quốc gia, Học viện Quân y về sự giúp đỡ chuyên môn trong quá trình thực hiện luận án. Cuối cùng tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới gia đình, bạn bè đã luôn khuyến khích, chia sẻ, động viên, giúp đỡ tôi trong những lúc khó khăn để hoàn thành luận án này. Hà Nội, ngày tháng năm 2020 Tác giả Đinh Xuân Quang iii DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT APACHE : Acute Physiology and Chronic Health Evaluation (điểm đánh giá tình trạng sức khỏe dài hạn và các thông số sinh lý trong giai đoạn cấp) BN : bệnh nhân CI : Colonization index (chỉ số nấm xâm thực). CLSI : Clinical and Laboratory Standards Institute (Viện tiêu chuẩn lâm sàng và xét nghiệm Mỹ) CVC : Central Venous Catheters (catheter tĩnh mạch trung tâm) FC : Fungal colonization (nấm phát triển, nhiễm nấm xâm thực) FWI : Fungal wound infection (nhiễm nấm vết thương). IA : Invasive aspergillosis (bệnh nấm xâm lấn do Aspergillus) IC : Invasive candidiasis (bệnh nấm xâm lấn do Candida) ICU : Intensive care unit (đơn vị hồi sức tích cực). IDSA : Infectious Diseases Society of America (Hiệp hội bệnh truyền nhiễm Mỹ) IFI : Invasive fungal infection (nhiễm nấm xâm lấn) MIC : Minimum inhibitory concentration (nồng độ ức chế tối thiểu) SOFA : Sequential Organ Failure Assessment (đánh giá suy đa tạng) TPN : Total parenteral nutrition (nuôi dưỡng đường tĩnh mạch) ƯCMD : Thuốc ức chế miễn dịch iv MỤC LỤC Trang Trang phụ bìa LỜI CAM ĐOAN ........................................................................................... I LỜI CẢM ƠN ............................................................................................... II DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT .................................................................... III MỤC LỤC ................................................................................................... IV DANH MỤC CÁC BẢNG .......................................................................... VII ĐẶT VẤN ĐỀ ............................................................................................... 1 CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU ......................................................... 3 1.1. Tỷ lệ và yếu tố liên quan nhiễm nấm trên bệnh nhân bỏng .............. 3 1.1.1. Khái niệm, phân loại ................................................................. 3 1.1.2. Tỷ lệ nhiễm nấm trên bệnh nhân bỏng ...................................... 6 1.1.3. Yếu tố liên quan nhiễm nấm ..................................................... 8 1.2. Kỹ thuật định danh và thành phần loài nấm ở bệnh nhân bỏng ...... 15 1.2.1. Kỹ thuật định danh loài nấm ................................................... 15 1.2.2. Thành phần loài nấm ở bệnh nhân bỏng .................................. 16 1.2.3. Một số nghiên cứu về thành phần loài nấm ở Việt Nam .......... 20 1.3. Độ nhạy của nấm với một số thuốc kháng nấm và kết quả điều trị nhiễm nấm trên bệnh nhân bỏng ................................................................... 22 1.3.1. Các nhóm thuốc kháng nấm .................................................... 22 1.3.2. Độ nhạy của nấm với thuốc kháng nấm .................................. 24 1.3.3. Điều trị nhiễm nấm ở bệnh nhân bỏng .................................... 28 CHƯƠNG 2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ............. 35 2.1. Đối tượng, phương pháp nghiên cứu mục tiêu 1: xác định tỷ lệ và yếu tố liên quan nhiễm nấm ở bệnh nhân bỏng nặng .................................... 35 v 2.1.1. Đối tượng nghiên cứu ............................................................. 35 2.1.2. Thời gian và địa điểm nghiên cứu ........................................... 35 2.1.3. Phương pháp nghiên cứu ........................................................ 36 2.2. Đối tượng, phương pháp nghiên cứu mục tiêu 2 xác định thành phần loài nấm phân lập được ở bệnh nhân bỏng nặng ........................................... 42 2.2.1. Đối tượng nghiên cứu ............................................................. 42 2.2.2. Thời gian và địa điểm nghiên cứu ........................................... 42 2.2.3. Phương pháp nghiên cứu ........................................................ 42 2.3. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu mục tiêu 3 xác định độ nhạy của nấm và đánh giá kết quả điều trị nhiễm nấm ở bệnh nhân bỏng nặng ..... 49 2.3.1. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu xác định độ nhạy của nấm .......................................................................................................... 49 2.3.2. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu đánh giá kết quả điều trị nhiễm nấm ở bệnh nhân bỏng nặng .......................................................... 52 CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU ..................................................... 57 3.1. Kết quả nghiên cứu tỷ lệ và yếu tố liên quan nhiễm nấm ở bệnh nhân bỏng nặng ..................................................................................................... 57 3.1.1. Thông tin về đối tượng nghiên cứu ......................................... 57 3.1.2. Tỷ lệ nhiễm nấm ..................................................................... 59 3.1.3. Các yếu tố liên quan nhiễm nấm ở bệnh nhân bỏng nặng ........ 61 3.2. Kết quả nghiên cứu thành phần loài nấm ở bệnh nhân bỏng nặng .. 68 3.2.1. Thành phần loài nấm gây nhiễm nấm xâm thực ...................... 68 3.2.2. Thành phần loài nấm gây nhiễm nấm xâm lấn ........................ 74 3.3. Kết quả nghiên cứu xác định độ nhạy của nấm và đánh giá kết quả điều trị nhiễm nấm ở bệnh nhân bỏng nặng .................................................. 85 3.3.1. Kết quả xác định độ nhạy của nấm với thuốc kháng nấm ........ 85 3.3.2. Đánh giá kết quả điều trị nhiễm nấm ở bệnh nhân bỏng nặng . 87 vi CHƯƠNG 4. BÀN LUẬN ........................................................................... 91 4.1. Tỷ lệ và yếu tố liên quan nhiễm nấm ở bệnh nhân bỏng nặng ........ 91 4.1.1. Tỷ lệ nhiễm nấm ..................................................................... 91 4.1.2. Các yếu tố liên quan nhiễm nấm ở bệnh nhân bỏng nặng ........ 94 4.2. Thành phần loài nấm ở bệnh nhân bỏng nặng .............................. 100 4.2.1. Thành phần loài nấm gây nhiễm nấm xâm thực .................... 100 4.2.2. Thành phần loài gây nhiễm nấm xâm lấn .............................. 104 4.3. Độ nhạy của nấm với thuốc kháng nấm và kết quả điều trị nhiễm nấm ở bệnh nhân bỏng nặng ....................................................................... 108 4.3.1. Độ nhạy của nấm với thuốc kháng nấm ................................ 108 4.3.2. Đánh giá kết quả điều trị nhiễm nấm ở bệnh nhân bỏng nặng 112 KẾT LUẬN ................................................................................................ 118 KIẾN NGHỊ ............................................................................................... 120 DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH NGHIÊN CỨU ĐÃ CÔNG BỐ CÓ LIÊN QUAN ĐẾN NỘI DUNG LUẬN ÁN TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC vii DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 1.1. Thành phần loài gây nhiễm nấm vết thương ở bệnh nhân bỏng 18 Bảng 1.2. Thành phần loài gây nhiễm nấm huyết ở bệnh nhân bỏng 20 Bảng 2.1. Thành phần phản ứng PCR 48 Bảng 2.2. Phân loại mức độ đáp ứng với thuốc kháng nấm của một số loài Candida hay gặp dựa trên nồng độ ức chế tối thiểu (µg/mL) 52 Bảng 3.1. Phân bố tuổi đối tượng nghiên cứu (n=400) 57 Bảng 3.2. Một số thông số lâm sàng của đối tượng nghiên cứu (n=400) 58 Bảng 3.3. Diện tích bỏng và ngày nằm điều trị trung bình của đối tượng nghiên cứu (n=400) 59 Bảng 3.4. Tỷ lệ nhiễm nấm ở đối tượng nghiên cứu 59 Bảng 3.5. Tỷ lệ nhiễm nấm theo giới 60 Bảng 3.6. Tỷ lệ nhiễm nấm theo nhóm tuổi 60 Bảng 3.7. Liên quan tình trạng bệnh lý bỏng và nhiễm nấm xâm thực ở đối tượng nghiên cứu 61 Bảng 3.8. Liên quan can thiệp điều trị và nhiễm nấm xâm thực ở đối tượng nghiên cứu 62 Bảng 3.9. Phân tích đa biến yếu tố liên quan nhiễm nấm xâm thực ở đối tượng nghiên cứu 63 Bảng 3.10. Liên quan diện tích bỏng, thời gian điều trị và nhiễm nấm xâm thực 64 Bảng 3.11. Liên quan diện tích bỏng, thời gian điều trị và nhiễm nấm xâm lấn 64 Bảng 3.12. Liên quan tình trạng bệnh lý bỏng và nhiễm nấm xâm lấn ở đối tượng nghiên cứu 65 Bảng 3.13. Liên quan can thiệp điều trị và nhiễm nấm xâm lấn ở đối tượng viii nghiên cứu 66 Bảng 3.14. Phân tích đa biến yếu tố liên quan nhiễm nấm xâm lấn ở đối tượng nghiên cứu 67 Bảng 3.15. Cơ cấu nấm men, nấm sợi ở bệnh nhân bỏng nặng 68 Bảng 3.16. Thành phần loài nấm men ở bệnh nhân nhiễm nấm 69 Bảng 3.17. Một số chuỗi nucleotide nấm men được đăng ký trên ngân hàng gen 73 Bảng 3.18. Thành phần loài nấm sợi ở bệnh nhân nhiễm nấm 74 Bảng 3.19. Cơ cấu nấm men, nấm sợi gây nhiễm nấm vết thương 74 Bảng 3.20. Thành phần loài nấm men gây nhiễm nấm vết thương 75 Bảng 3.21. Thành phần loài nấm sợi gây nhiễm nấm vết thương 77 Bảng 3.22. Một số chuỗi nucleotide nấm sợi đăng ký trên ngân hàng gen 84 Bảng 3.23. Thành phần loài gây nhiễm nấm huyết 84 Bảng 3.24. Tỷ lệ đáp ứng của Candida với từng loại thuốc kháng nấm 85 Bảng 3.25. Đáp ứng của Candida albicans với thuốc kháng nấm 86 Bảng 3.26. Đáp ứng của Candida tropicalis với thuốc kháng nấm 86 Bảng 3.27. Đáp ứng của Candida khác với thuốc kháng nấm 87 Bảng 3.28. Phác đồ điều trị kháng nấm áp dụng trên bệnh nhân 87 Bảng 3.29. Diễn biến điểm Candida score theo kết quả điều trị 88 Hình 3.13. Diễn biến chỉ số nấm xâm thực sau điều trị 88 Bảng 3.30. Thời gian sạch nấm trong mô sinh thiết (ngày, n=32) 89 Bảng 3.31. Thời gian sạch nấm trong máu bệnh nhân nhiễm nấm huyết (n = 10) 89 Bảng 3.32. Kết quả điều trị nhiễm nấm xâm lấn 90 Bảng 3.33. So sánh tỷ lệ tử vong theo phác đồ và thời gian điều trị nấm ở bệnh nhân nhiễm nấm xâm lấn 90 ix DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 2.1. Hình ảnh vi thể của Aspergillus 45 Hình 2.2. Màu sắc nấm Candida trong môi trường Brilliance Candida Agar 46 Hình 2.3. Sơ đồ thiết kế nghiên cứu 56 Hình 3.1. Phân bố giới đối tượng nghiên cứu (n=400) 57 Hình 3.2. Tỷ lệ nhiễm nấm xâm thực theo thời gian (n=400) 63 Hinh 3.3. Tỷ lệ nhiễm nấm xâm lấn theo thời gian ở đối tượng nghiên cứu (n=400) 68 Hình 3.4. Nấm Candida albicans phân lập được từ bệnh nhân nghiên cứu nuôi cấy trên môi trường Brilliance Candida Agar. 70 Hình 3.5. Nấm men phân lập được từ bệnh nhân nghiên cứu nuôi cấy trên môi trường Brilliance Candida Agar 70 Hình 3.6. Hình ảnh sản phẩm điện di một số mẫu nấm phân lập được từ bệnh nhân nghiên cứu 71 Hình 3.7. So sánh chuỗi nucleotide chủng nấm phân lập từ BN_23 72 Hình 3.8. Hình ảnh nấm men trong tiêu bản mô bệnh học ở bệnh nhân 158 75 Hình 3.9. So sánh chuỗi nucleotide chủng nấm phân lập từ bệnh nhân 158 76 Hình 3.10. Hình ảnh nấm phát triển tại vết thương bỏng bệnh nhân 50 77 Hình 3.11. Nấm Aspergillus fumigatus trong tiêu bản mô bệnh học ở bệnh nhân nghiên cứu 78 Hình 3.12. Hình ảnh đại thể, vi thể nấm Aspergillus spp. phân lập được từ mô sinh thiết bệnh nhân 50 78 Hình 3.13. So sánh chuỗi nucleotide chủng nấm phân lập từ bệnh nhân 50 79 x Hình 3.14. Hình ảnh nấm Aspergillus oryzae trong tiêu bản mô bệnh học ở bệnh nhân nghiên cứu 80 Hình 3.15. Nấm Aspergillus oryzae trong tiêu bản mô bệnh học ở bệnh nhân nghiên cứu 80 Hình 3.16. So sánh chuỗi nucleotide chủng nấm phân lập từ BN_43 81 Hình 3.17. Hình ảnh nấm Fusarium trong tiêu bản mô bệnh học ở bệnh nhân nghiên cứu 82 Hình 3.18. Hình ảnh đại thể, vi thể Fusarium phân lập được từ bệnh nhân nghiên cứu 82 Hình 3.19. So sánh chuỗi nucleotide chủng nấm phân lập từ BN_43 83 1 ĐẶT VẤN ĐỀ Bỏng là một tổn thương thường gặp, cả trong chiến tranh và thời bình. Trên bệnh nhân bỏng nặng xuất hiện nhiều rối loạn bệnh lý khác nhau, trong đó có suy giảm miễn dịch toàn thân và tại chỗ, do đó bệnh nhân bỏng có nguy cơ cao bị nhiễm trùng. Nhiễm trùng trên bệnh nhân bỏng có thể do nhiều nguyên nhân khác nhau như vi khuẩn, nấm Cho đến nay nhiễm trùng vẫn là một trong những nguyên nhân tử vong hàng đầu ở bệnh nhân bỏng [1]. Với sự tiến bộ trong chăm sóc bệnh nhân, xuất hiện của nhiều loại kháng sinh thế hệ mới, phổ rộng đã kiểm soát khá hiệu quả căn nguyên nhiễm khuẩn trên bệnh nhân bỏng. Những tiến bộ này, tuy nhiên không làm giảm được tình trạng nhiễm nấm, đôi khi còn tạo điều kiện thuận lợi cho nấm phát tr ... l) hoặc lưu lượng nước tiểu <110 110 – 170 171 – 299 300 – 400 hoặc < 500ml/ngày >440 hoặc < 200ml/ngày ĐÁNH GIÁ TÌNH TRẠNG NẶNG BẰNG THANG ĐIỂM APACHE II Điểm 4 3 2 1 0 1 2 3 4 Nhiệt độ (oC) ≥41 39-40,9 38,5–38,9 36–38,4 34–35,9° 32–33,9° 30–31,9° ≤29,9° HATB (mmHg) ≥ 160 130–159 110–129 70–109 50–69 ≤ 49 Tần số tim ≥ 180 140–179 110–139 70–109 55–69 40–54 ≤ 39 Tần số thở ≥ 50 35–49 25–34 12–24 10–11 6–9 ≤ 5 A-aDO2* ≥ 500 350–499 200–349 < 200 PaO2** (mm Hg) > 70 61–70 55–60 < 55 PH động mạch ≥ 7,7 7,6–7,69 7,5–7,59 7,33–7,49 7,25–7,32 7,15– 7,24 < 7,15 Na (mmol/L) ≥ 180 160–179 155–159 150–154 130–149 120–129 111–119 ≤ 110 K (mmol/L) ≥ 7 6–6,9 5,5–5,9 3,5–5,4 3–3,4 2,5–2,9 < 2,5 Creatinine (mg/dL) ≥ 3,5 2–3,4 1,5–1,9 0,6–1,4 < 0,6 Hct (%) ≥ 60 50–59,9 46–49,9 30–45,9 20–29,9 < 20 WBC (G/L) ≥ 40 20–39,9 15–19,9 3–14,9 1–2,9 < 1 Glasgow 15 – điểm Glasgow *Nếu FiO2≥0,5, **Nếu FiO2˂0,5 BỆNH ÁN NGHIÊN CỨU ĐỀ TÀI :NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC, LÂM SÀNG, CẬN LÂM SÀNG, YẾU TỐ LIÊN QUAN VÀ ĐÁNH GIÁ KẾT QUẢ ĐIỀU TRỊ NHIỄM NẤM TRÊN BỆNH NHÂN BỎNG *************************** BỆNH ÁN NGHIÊN CỨU- Số Số bệnh án Ngày vào viện Họ và tên Giới: Nam Nữ Tuổi: Địa chỉ Buồng ICU Số ngày điều trị Tại ICU Tại VBQG Chẩn đoán Tổng S: % Bỏng sâu: % Tác nhân: Bỏng HH: Có Không Thời gian đến VBQG KQ sơ/cấp cứu Toàn thân Vết thương Phẫu thuật Sô lần PT: Thứ 1: % - N Thứ 2: % - N Thứ 3: % - N Thứ 4: % - N Thứ 5: % - N Thứ 6: % - N Vật liệu che phủ Auto Other Auto Other Auto Other Các kháng sinh đã dùng KS1: N TG KS2: N TG Các kháng sinh đã dùng KS3: N TG KS4: N TG Các kháng sinh đã dùng KS5: N TG KS6: N TG Chế phẩm máu Plasma Khối hồng cầu Biến chứng bệnh bỏng Kết quả điều trị Khỏi TV TV 28 ngày Diễn biến lâm sàng& thủ thuật xâm lấn Chỉ tiêu N1 N3 N7 N10 N14 N21 N28 N35 N42 Ý thức Thân nhiệt Da niêm mạc Thay băng (diễn biến vết thương) XQ P/F Điểm APACHE II Điểm SOFA Cân nặng Σ đường xâm nhập Diễn biến cận lâm sàng Chỉ tiêu N1 N3 N7 N10 N14 N121 N28 N35 N42 Điện giải đồ Na+ K+ Ca++ Công thức máu HC HST BC Neutro Lympho TC Khí máu động mạch pH pO2 pCO2 Be HCO3 Lactat Marker viêm PCT CRP Sinh hóa máu Chỉ tiêu N1 N3 N7 N10 N14 N121 N28 N35 N42 Ure Cre GOT GPT Bil TP Bil TT Pro Alb Glu Thang điểm xâm nhiễm nấm Chỉ số xâm nhiễm nấm – Colonization Index Thang điểm Candida Score W 1 W 2 W 3 W 4 số mẫu cấy mọc nấm Candida CI= ---------------------------- tổng số mẫu cấy các vị trí W1 W2 W3 W4 Nhiễm trùng nặng Phẫu thuật Dinh dưỡng tĩnh mạch Candida xâm nhiễm nhiều vị trí (≥ 2) Tổng điểm Yếu tố liên quan CHỈ TIÊU Có/Không Tổng số ngày Điều trị dài ngày tại các khoa Hồi sức cấp cứu Catheter tĩnh mạch trung tâm Catheter động mạch xâm nhập Catheter lọc máu Lọc máu Nuôi dưỡng đường tĩnh mạch Điều trị hóa chất/dùng thuốc ức chế miễn dịch Đặt sonde tiểu Thông khí nhân tạo Phẫu thuật Dùng kháng sinh phổ rộng Suy thận Đái tháo đường / tăng đường huyết Điểm APACHE II > 20 Bị ung thư Có tình trạng cư trú của Candida trong cơ thể Viêm tụy cấp Tổng số Phác đồ dự phòng nấm Lựa chọn kháng sinh STT Tên kháng sinh Đường dùng Ngày bắt đầu Ngày kết thúc Liều sử dụng 1 Fluconazole 2 Intraconazol 3 Cancidas 4 Voriconazole 5 Amphotericin B Phác đồ tiếp cận Dự phòng Định hướng Kinh nghiệm Mục tiêu Phác đồ điều trị nấm STT Tên kháng sinh Đường dùng Ngày bắt đầu Ngày kết thúc Đường dùng và Liều sử dụng 1 Fluconazole 2 Intraconazol 3 Cancidas 4 Voriconazole 5 Amphotericin B 6 Phối hợp Kết quả xét nghiệm nấm: Dương tính/Âm tính; Tên nấm Xét nghiệm W1 W2 W3 W4 Dịch vết thương Dịch họng Đờm Da lành Mô sinh thiết Nước tiểu Phân Máu Kết quả điều trị nhiễm nấm - Diễn biến vết bỏng nông :....... - Diễn biến vết bỏng sâu : ...... - Sạch nấm sau : ngày - Diễn biến lâm sàng : ........ ..................................................... ..................................................... Qui trình chạy máy VITEK 2 – COMPACT (Pháp) để định danh và xác định độ nhạy của nấm men với thuốc kháng nấm 1. Chuẩn bị Thiết bị Máy đo độ đục chuẩn: VITEK 2 DensiCHEK Plus Kit Bộ chuẩn máy đo độ đục: DensiCHEK™ Plus Standards Kit VITEK® 2 Cassette Vật tư Ống tube trong vô trùng kích thước 12 x 0,75mm Ăng cấy Đèn cồn Bộ hút nước muối: Dispenser Pipette cố định thể tích 280µl và đầu côn. VITEK Card: YST Card (21343), thẻ kháng nấm đồ (AST YS0), bảo quản ở 2-80C Dung dịch natri clorua vô trùng 0,45% pH (4,5 – 7,0) Bệnh phẩm Khuẩn lạc thuần: 18 - 72 giờ Điều kiện ủ: 35 – 370C, hiếu khí, không có CO2 Chủng chứng : Candida albicans ATCC® 14053 - Chạy kiểm tra (QC) + Chuẩn bị chủng chứng: nấm cấy trên môi trường Sabouraud Dextrose Agar (SDA), ủ ở 350C trong 24 giờ. Kiểm tra khuẩn lạc thuần + Qui trình chạy QC Trước khi xét nghiệm QC, thông tin mỗi lần nhận hóa chất cho mỗi loại thẻ xét nghiệm phải được nhập vào phần mềm. Từ màn hình chính kích chuột vào biểu tượng QC. Sau khi đăng nhập vào QC, kích vào biểu tượng Record Shipment trên thanh công cụ Nhập số lô, số lượng và ngày nhập cho mỗi loại thẻ xét nghiệm, phần mềm sẽ tự động nhập hạn sử dụng và thông tin về loại thẻ xét nghiệm Quy trình chạy giống chạy mẫu bệnh phẩm bình thường nhưng khác nhau về nhập thông tin trên máy tính: Từ phần mềm Vitek 2 Compact, tạo virtual cassette -> New virtual cassette. Chọn Cassette -> Quét barcode của thẻ xét nghiệm. Kích vào cột QC của cassette. Phần mềm sẽ hiển thị một danh sách các chủng chuẩn làm QC cho từng thẻ xét nghiệm. Chọn chủng làm QC, sau đó kích vào OK và lưu thông tin. - Xem kết quả QC Kích vào biểu tượng QC trên màn hình chính để xem lại kết quả. Báo cáo sẽ chứa các giá trị mong đợi và kết quả chạy thực tế, kết quả lệch so với giá trị mong đợi sẽ được tô màu vàng. An toàn - Áp dụng các biện pháp an toàn sinh học khi xử lý mẫu và thực hiện xét nghiệm. - Phải mang găng tay trong suốt quá trình thực hiện xét nghiệm - Không được ăn uống, hút thuốc ở khu vực làm xét nghiệm - Xem tất cả các mẫu thử như là nguồn lây nhiễm. 2. Thực hiện 2.1. Chuẩn bị - Mẫu bệnh phẩm là các khuẩn lạc thuần đã chuẩn bị theo đúng yêu cầu - Chuẩn bị thẻ xét nghiệm: Lấy thẻ xét nghiệm và để ở nhiệt độ phòng khoảng 30 phút trước khi làm xét nghiệm. - Kiểm tra máy đo độ đục bằng bộ chuẩn máy theo hướng dẫn sử dụng của máy DENSICHEK PLUS sau đó chuẩn 0 bằng nước muối - Ghi lên phiếu XN số cassette, ngày & giờ làm XN, tên người làm (Bench), mã bệnh phẩm (Lab ID), loại thẻ XN cho từng mẫu. 2.2.Các bước thực hiện - Lấy ống nghiệm vô trùng kích thước 12 x 0.75 cm (chú ý: không chạm tay vào miệng ống nghiệm) đặt trên khay cassette - Pha huyền dịch định danh: lấy 3 ml dung dịch natri clorua 0,45% vào ống nghiệm - Sử dụng que cấy vô trùng lấy các khuẩn lạc đã phân lập, nghiền kỹ trên thành ống, trộn đều và đưa vào máy đo độ đục: đạt độ đục 1,8 – 2,2 McFarland. - Chuẩn bị ống nghiệm làm kháng nấm đồ: Lấy 3ml dung dịch natri clorua 0,45% vào ống nghiệm mới và đặt vào cassette - Pha mẫu huyền dịch nấm làm kháng nấm đồ: Dùng pipette hút 280µl huyền dịch nấm đã chuẩn bị sang ống nghiệm làm kháng nấm đồ. - Lấy thẻ từ túi bảo vệ và đặt vào cassette - Nhập thông tin cassette vào máy tính: Từ phần mềm Vitek 2 Compact, tạo virtual cassette -> New virtual cassette. Chọn Cassette -> Quét barcode của thẻ xét nghiệm. Nếu làm đồng thời cả định danh và KSĐ thì bôi đen cả 2 dòng định danh và KSĐ. Lưu thông tin cassette - Đặt cassette vào buồng hút của máy và nhấn “Start fill”. Chờ khoảng 70 giây, máy hút xong. Chờ đèn báo kết thúc, mở cửa buồng hút trước sau đó mở cửa buồng vận hành và chuyển cassette từ buồng hút buồng vận hành. - Chờ đến khi đèn báo kết thúc và trạng thái của buồng Loader trên màn hình máy là “Remove” thì lấy cassette từ buồng vận hành và đóng cửa lại. - Nhập thông tin bệnh nhân vào phần mềm - Nhập thông tin bệnh nhân: Từ màn hình chính kích vào “Enter Manage Patient Information View”, màn hình “View and Maintain Patienr Information” xuất hiện. Kích vào “Add Patient”. Các trường có dấu hoa thị màu đỏ là các trường bắt buộc phải nhập thông tin. - Máy VITEK 2 Compact sẽ đọc 15 phút một lần đến khi thu được kết quả, thẻ xét nghiệm sẽ được tự động đẩy vào thùng rác trong máy - Chờ kết quả. Kết quả hoàn thành - Review kết quả và in kết quả (nếu cần) Chú ý - Nếu chỉ làm xét nghiệm định danh, có thể bỏ qua bước làm kháng nấm đồ. - Nếu chỉ làm xét nghiệm kháng nấm đồ: vẫn phải làm cả bước định danh. 2.3. Diễn giải và báo cáo, phân tích kết quả Dữ liệu sẽ được tự động ghi vào phần mềm trên máy tính. Phần mềm phân tích kết quả và xác định vi sinh vật dựa và các phản ứng sinh hóa, giá trị nồng độ ức chế tối thiểu (MIC) và phiên giải kết quả (tham khảo): S (nhạy), I (trung gian), R (kháng) cho mỗi kháng nấm có trong thẻ. Phần mềm suy luận đưa ra kết quả S, I, R cho các kháng nấm không có trong thẻ Phần mềm phân tích và đưa ra độ tin cậy của các kết quả kháng sinh đồ, hiển thị bằng các màu sắc: xanh, vàng, đỏ, tím. + Màu xanh (Mức độ tin cậy chắc chắn): các phenotype đưa ra không làm thay đổi giá trị MIC, có thể thay đổi phiên giải kết quả cho điều trị + Màu vàng (mức độ tin cậy chắc chắn với sự hiệu chỉnh): Các phenotype đưa ra khi có một sự thay đổi giá trị MIC hoặc thay đổi giá trị thử nghiệm (ví dụ: beta lactamase, ESBL,) trong phân tích của phần mềm. Có thể thay đổi phiên giải kết quả cho điều trị. + Màu đỏ (mức độ tin cậy không chắc chắn): Các phenotype không thể đưa ra. Các kết quả kháng sinh là không phù hợp với cơ sở dữ liệu của phần mềm. Không sử dụng các kết quả kháng sinh đồ có màu đỏ + Màu tím (chưa có cơ sở dữ liệu, phần mềm không thực hiện phân tích): Các phenotype không thể đưa ra. Các phenotype cho các sinh vật xét nghiệm không được mô tả trong cơ sở dữ liệu của phần mềm. Qui trình định danh nấm bằng kỹ thuật sinh học phân tử + Tách chiết DNA bằng bộ sinh phẩm Fungi/Yeast Genomic DNA Isolation Kit (Cat. 27300) của hãng Norgen Biotek Corp. (Canada) theo hướng dẫn của nhà sản xuất. Chuẩn bị bộ sinh phẩm tách chiết DNA: thêm 42 ml cồn Ethanol tuyệt đối vào dung dịch Wash Solution A. Thêm 500 µl nước cất vào 1 ống eppendorf 1.5 ml. Dùng que cấy lấy 1 ít bào tử nấm rồi hòa tan vào ống nước cất. Ly tâm 14,000 rpm trong 1 phút, loại bỏ dịch nổi. Thêm 250 µl Resuspension Solution A, vortex nhẹ để hòa tan. Thêm 20 µl Lyticase, ủ ở 37˚C trong 45 phút. Thường xuyên lắc trong quá trình ủ. Thêm 500 µl Lysis Buffer L, 5 µl RNase A rồi hòa tan. Chuyển hỗn hợp vào Bead Tube, vortex ở tốc độ tối đa trong 5 phút. Ủ ống Bead Tube ở 65˚C trong 10 phút, lắc 2 - 3 lần trong khi ủ. Ly tâm nhẹ sau đó chuyển tất cả dung dịch bao gồm cả các tế bào vào ống ly tâm. (Không được lấy các hạt trong Bead Tube) Ly tâm 14,000 rpm trong 2 phút, chuyển dịch nổi sang ống mới. Thêm một lượng cồn bằng với thể tích dịch nổi vừa hút, trộn đều. Thêm 300 µl Solution BX, vortex. Hút 650 µl hỗn hợp vào cột lọc, ly tâm 10,000 rpm trong 1 phút, bỏ dịch phía dưới. Sử dụng ống cũ, thực hiện như trên với phần hỗn hợp còn lại. Thêm 500 µl Wash Solution A vào cột lọc. Ly tâm 10,000 rpm trong 1 phút. Bỏ dịch phía dưới, sử dụng ống cũ. Lặp lại bước trên, rửa lần 2. Ly tâm 14,000 rpm trong 2 phút Chuyển cột lọc vào một ống Elution 1.7 ml. Thêm 100 µl Elution Buffer B, ly tâm 10,000 vòng trong 2 phút. Nếu không thu được toàn bộ thể tích thì ly tâm thêm 1 phút nữa. + Kỹ thuật đo nồng độ ADN sau khi tách: bằng máy Nanodrop 1000 (Thermo, Đức). Khởi động máy tính kết nối với thiết bị; Click đúp vào biểu tượng phần mềm của thiết bị Nanodrop 1000 trên Desktop. Một cửa số giao diện của phần mềm hiện ra. Tiếp tục Click vào biểu tượng Nucleotid, khi đó có một cửa sổ giao diện mới hiện ra; Bật nắp mắt quang của thiết bị, nhỏ 1 µl nước khử ion vào mắt, đóng nắp và click chuột vào vị trí OK trong cửa số mới trên máy tính; Dùng khăn giấy khô lau nước trên mắt thiết bị và tiếp tục nhỏ 1 µl vào đó. Đóng nắp mắt thiết bị và bấm vào phím Blank trên cửa số giao diện của phần mềm hiện ra trên máy tính; Dùng khăn giấy khô lau nước trên mắt thiết bị và nhỏ 1 µl dung dịch ADN cần đo vào đó. Đóng nắp thiết bị và Click chuột vào vị trí Measurement. Vài giây sau đó kết quả đo sẽ hiện trên của số giao diện của thiết bị trên màn hình máy tính với các thông số chính: nồng độ, chỉ số OD (260/280) Các mẫu tiếp theo cần đo lặp lại như ở bước trên; Kết thúc đo, kết quả đo được ghi chép và lưu trên máy tính; ADN của các mẫu nấm sau khi tách chiết và đo đạc được bảo quản ở - 20oC cho tới khi chạy PCR. + Kỹ thuật khuyếch đại gen (PCR) với mồi ITS1, ITS4 Kiểm tra sản phẩm: điện di trên gel agarose 1.5% và ghi hình trên máy chụp gen. Sản phẩm PCR của các mẫu xuất hiện band (dương tính) tiếp tục được sử dụng cho cắt giới hạn. Các mẫu âm tính hoặc bị lỗi (xuất hiện nhiều band) được chạy lại PCR hoặc tiến hành tách chiết lại ADN và thực hiện lại từ đầu. Chụp ảnh và phân tích kết quả với thiết bị có ánh sáng UV: So sánh kích thước gen với các tác giả khác để định loại nấm. + Giải trình tự gen: Sản phẩn PCR được tinh sạch và giải trình tự trực tiếp bằng máy ABI 3130xl Gentic Analyzer. Tinh sạch sản phẩm PCR chuẩn bị cho giải trình tự: sử dụng bộ kít tinh sạch ADN của hãng Omega: Lấy 20µl sản phẩm PCR trong các tube của các mẫu cần giải trình tự cho vào các tube eppendorf. Bổ sung 20µl dung dịch bám màng (membrane binding solution) vào 20µl sản phẩm PCR cần tinh sạch. Hút hỗn dung dịch để chuyển toàn bộ sang cột SV minicolumn, ủ ở nhiệt độ phòng trong thời gian 1 phút sau đó ly tâm 12.000 vòng/phút trong 3 phút, loại bỏ dịch chảy xuống dưới ống thu. Thêm 700µl dung dịch rửa màng (membrane wash solution) và ly tâm 12.000 vòng/phút trong 3 phút, loại bỏ dịch chảy xuống dưới ống thu. Lặp lại bước trên với 500µl dung dịch rửa màng để làm sạch hoàn toàn. Chuyển SV minicolumn sang ống thu eppendorf 1,5ml và thêm 30µl nucleaza-free để hòa tan ADN, ủ trong 1 phút ở nhiệt độ phòng, sau đó ly tâm 12.000 vòng/phút trong 3 phút và thu dịch dưới ống eppendorf, loại bỏ cột lọc. Dịch thu được chứa ADN tinh sạch được bảo quản trong tủ -20oC cho đến khi giải trình tự. Chạy Bigdye: Bảng. Thành phần phản ứng Bigdye Thành phần Thể tích (µl) ADN khuôn (20ng) 2 Bigdye reaction mix 1 Dung dịch đệm 5X bigdye 2 Mồi (2pmol) 2 Nước khử ion 3 Chu trình nhiệt: 96oC (10 giây) - 59 oC (5 giây) - 60 oC (2 phút) - 4 oC(+∞) Nạp mẫu vào máy giải trình tự tự động ABI 3130 để giải trình tự Sản phẩm sau khi chạy Bigdye được chuẩn bị để nạp vào máy đọc trình tự tự động ABI 3130.
File đính kèm:
- nghien_cuu_dac_diem_dich_te_hoc_va_ket_qua_dieu_tri_nhiem_na.pdf
- Bia tom tat luan an.pdf
- Thong tin dua len mang TV TA.pdf
- Tom tat luan an_3.pdf
- Tom tat luan an_TA.pdf