Luận án Nghiên cứu cải tiến năng suất một số dòng / giống lúa bằng chỉ thị phân tử

i 
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT 
VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM 
 ..................................... 
NGUYỄN THỊ THÚY ANH 
NGHIÊN CỨU CẢI TIẾN NĂNG SUẤT MỘT SỐ 
DÒNG/GIỐNG LÚA BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ 
 LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP 
HÀ NỘI, 2018 
ii 
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT 
VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM 
 ..................................... 
NGUYỄN THỊ THÚY ANH 
NGHIÊN CỨU CẢI TIẾN NĂNG SUẤT MỘT SỐ 
DÒNG/GIỐNG LÚA BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ 
 Chuyên ngành: Công nghệ sinh học 
Mã số: 9 42 02 01 
 LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP 
Người hướng dẫn Khoa học: 
1. GS.TS. Trần Trung 
2. PGS.TS. Trần Đăng Khánh 
HÀ NỘI, 2018 
i 
LỜI CAM ĐOAN 
Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của tôi và nhóm tác giả. Toàn 
bộ số liệu và kết quả nghiên cứu trong luận án này là trung thực và chƣa từng đƣợc 
sử dụng để công bố trong các công trình nghiên cứu nhận học vị, các thông tin trích 
dẫn trong luận án này đều đƣợc chỉ rõ nguồn gốc. 
 Hà Nội, ngày tháng năm 2018 
Tác giả luận án 
 Nguyễn Thị Thúy Anh 
ii 
LỜI CẢM ƠN 
Lời đầu tiên, tôi xin đƣợc bày tỏ lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc tới 
GS.TS.Trần Trung, PGS.TS.Trần Đăng Khánh, những ngƣời thầy đã tận tình hƣớng 
dẫn, giúp đỡ và tạo điều kiện thuận lợi để tôi hoàn thành công trình nghiên cứu này. 
Luận án nhận đƣợc sự hỗ trợ về kinh phí từ đề tài độc lập cấp Nhà nƣớc mã số 
ĐTĐL.2012-G36 và đề tài KC.06.12/11-15. 
 Tôi trân trọng cảm ơn Ban lãnh đạo Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, 
tập thể lãnh đạo và cán bộ Ban đào tạo sau đại học đã tạo mọi điều kiện thuận lợi 
cho tôi trong suốt quá trình học tập và nghiên cứu. 
 Đặc biệt, tôi xin chân thành cảm ơn tập thể cán bộ Bộ môn Sinh học Phân tử, 
Bộ môn Kỹ thuật Di truyền - Viện Di truyền Nông nghiệp, nơi tôi thực hiện các nội 
dung chính trong luận án, đã giúp đỡ tôi và đóng góp nhiều ý kiến quý báu trong 
quá trình thực hiện và hoàn thành luận án. 
 Tôi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến Lãnh đạo trƣờng Đại học Sƣ phạm Kỹ 
thuật Hƣng Yên, các đồng nghiệp Khoa Công nghệ Hóa học và Môi trƣờng đã hỗ 
trợ, giúp đỡ và động viên tôi trong suốt thời gian học tập và nghiên cứu. 
 Cuối cùng, tôi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới gia đình, bạn bè và ngƣời thân 
đã luôn bên cạnh chia sẻ, động viên, giúp đỡ tôi trong quá trình học tập, nghiên cứu 
và hoàn thành luận án. 
 Hà Nội, ngày tháng năm 2018 
Tác giả luận án 
 Nguyễn Thị Thúy Anh 
iii 
MỤC LỤC 
LỜI CAM ĐOAN ..................................................................................................... i 
LỜI CẢM ƠN ......................................................................................................... ii 
MỤC LỤC .............................................................................................................iii 
DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT .............................................................................. vi 
DANH MỤC BẢNG ............................................................................................ viii 
DANH MỤC HÌNH x 
MỞ ĐẦU ................................................................................................................ 1 
1. Tính cấp thiết của đề tài ....................................................................................... 1 
2. Mục tiêu nghiên cứu ............................................................................................ 2 
4. Đối tƣợng và phạm vi nghiên cứu ........................................................................ 3 
5. Những đóng góp mới của luận án ........................................................................ 3 
CHƢƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU .................................................................. 4 
1.1. Ứng dụng chỉ thị di truyền trong chọn tạo giống lúa ......................................... 4 
1.1.1. Khái niệm và phân loại chỉ thị di truyền ......................................................... 4 
1.1.2. Ứng dụng chỉ thị phân tử trong nghiên cứu và chọn giống ............................. 9 
1.2. Ứng dụng chỉ thị phân tử cải tiến năng suất lúa ............................................... 16 
1.2.1. Khái quát về năng suất và các yếu tố cấu thành năng suất ............................ 16 
1.2.2. Các QTL/gen liên kết với các tính trạng năng suất ....................................... 17 
1.2.3. Ứng dụng chỉ thị phân tử cải tiến năng suất lúa ............................................ 29 
1.3. Nghiên cứu ứng dụng chỉ thị phân tử trong chọn tạo giống lúa ở Việt Nam .... 40 
CHƢƠNG 2. VẬT LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ...... 43 
2.1. Vật liệu ........................................................................................................... 43 
2.1.1. Các dòng/giống lúa làm vật liệu nghiên cứu ................................................. 43 
2.1.2. Chỉ thị phân tử dùng trong nghiên cứu ......................................................... 44 
2.1.3. Hóa chất và thiết bị ...................................................................................... 45 
2.1.4. Địa điểm và thời gian nghiên cứu ................................................................ 45 
2.2. Nội dung nghiên cứu ...................................................................................... 45 
iv 
2.2.1. Đánh giá nguồn vật liệu phục vụ cho công tác chọn tạo giống lúa. ............... 45 
2.2.2. Sử dụng chỉ thị phân tử để khảo sát đa hình ADN giữa dòng/giống cho và 
nhận QTL/gen tăng số hạt trên bông trên các nhiễm sắc thể. .................................. 45 
2.2.3. Cải tiến năng suất giống lúa trồng đại trà cho đồng bằng sông Hồng và dòng 
NPT1 (Dạng hình mới) triển vọng bằng chỉ thị phân tử và lai trở lại ...................... 46 
2.2.4. Trồng thử nghiệm và đánh giá một số dòng/giống triển vọng ....................... 46 
2.3. Phƣơng pháp nghiên cứu ................................................................................ 46 
2.3.1. Phƣơng pháp bố trí thí nghiệm đồng ruộng .................................................. 46 
2.3.2. Phƣơng pháp lai hữu tính, lai trở lại giữa giống cho và nhận QTL/gen ......... 46 
2.3.3. Phƣơng pháp chọn giống nhờ chỉ thị phân tử ............................................... 47 
2.3.4. Các chỉ tiêu và phƣơng pháp đánh giá khả năng chống chịu của các dòng, 
giống lúa nghiên cứu ............................................................................................. 49 
2.3.5. Các chỉ tiêu và phƣơng pháp đánh giá đặc điểm sinh trƣởng, hình thái và 
năng suất, yếu tố cấu thành năng suất...50 
2.3.6. Một số kỹ thuật sử dụng trong phòng thí nghiệm ......................................... 52 
2.3.7. Phƣơng pháp phân tích kết quả và xử lý số liệu ........................................... 57 
CHƢƠNG 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN.......................................................... 58 
3.1. Đánh giá nguồn vật liệu phục vụ cho công tác chọn tạo giống lúa................... 58 
3.1.1. Đánh giá chỉ tiêu hình thái sinh trƣởng và phát triển, chỉ tiêu năng suất và các 
yếu tố cấu thành năng suất các dòng/giống lúa dùng làm dòng cho gen ................. 58 
3.1.2. Đánh giá các chỉ tiêu hình thái sinh trƣởng phát triển, chỉ tiêu năng suất và 
các yếu tố cấu thành năng suất các dòng/giống lúa dùng làm dòng nhận gen ......... 61 
3.2. Sử dụng chỉ thị phân tử khảo sát đa hình ADN giữa dòng/giống cho và nhận 
QTL/gen tăng số hạt trên bông trên các nhiễm sắc thể ........................................... 62 
3.2.1. Kết quả xác định chỉ thị phân tử đa hình tại vị trí QTL/gen quy định tính trạng 
tăng số hạt trên bông giữa dòng/giống cho và nhận QTL/gen ................................ 62 
3.2.2. Kết quả khảo sát đa hình trên 12 NST giữa dòng/giống cho và nhận QTL/gen 
quy định tính trạng tăng số hạt trên bông ............................................................... 64 
v 
3.3. Cải tiến năng suất giống lúa trồng đại trà cho đồng bằng sông Hồng và dòng 
NPT1 (dạng hình mới) triển vọng bằng chỉ thị phân tử và lai trở lại ...................... 69 
3.3.1. Kết quả sử dụng chỉ thị phân tử đa hình chọn lọc cá thể con lai của tổ hợp lai 
Khang dân 18/KC25 .............................................................................................. 69 
3.3.2. Kết quả sử dụng chỉ thị phân tử đa hình chọn lọc cá thể con lai của tổ hợp lai 
NPT1/KC25 .......................................................................................................... 86 
3.4. Trồng thử nghiệm và đánh giá một số dòng/giống triển vọng........................ 100 
3.4.1. Kết quả trồng thử nghiệm và đánh giá một số dòng/giống triển vọng của tổ 
hợp KD18 x KC25............................................................................................... 100 
3.4.2. Kết quả trồng thử nghiệm và đánh giá một số dòng/giống triển vọng của tổ 
hợp NPT1 x KC25 ............................................................................................... 110 
3.4.3. Kết quả đánh giá dòng K2 (thế hệ BC3F5 của tổ hợp KD18/KC25) và dòng 
N8 (thế hệ BC3F5 của tổ hợp NPT1/KC25) .......................................................... 119 
KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ ............................................................................. 123 
Kết luận ............................................................................................................... 123 
Kiến nghị ............................................................................................................. 123 
DANH MỤC CÔNG TRÌNH ĐÃ CÔNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN .... 124 
TÀI LIỆU THAM KHẢO ................................................................................... 125 
PHỤ LỤC............................................................................................................ 138 
vi 
DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT 
Chữ viết tắt Giải thích thuật ngữ 
ADN Axit deoxyribonucleic 
ARN Axit ribonucleic 
AFLP 
Amplified fragment length polymophism (Đa hình chiều dài 
đoạn đƣợc nhân bản) 
BC Backcross (Lai trở lại) 
B/K Số bông/khóm 
Cs Cộng sự 
CCC Chiều cao cây 
CV% Coefficient of variation (Hệ số biến động) 
DP Donor parent (Cây cho gen) 
đ/c Đối chứng 
HVNN Học viện Nông nghiệp 
HC/B Hạt chắc/bông 
HD Heading day (Thời gian sinh trƣởng) 
HI Haverst index (Chỉ số thu hoạch) 
HL/B Hạt lép/bông 
GA Gibberellin 
GGT Graphical Genotypes 
GN Grain number (Số hạt trên bông) 
GL Grain length (Chiều dài hạt) 
GS Grain size (Kích thƣớc hạt) 
GW Grain weight (Khối lƣợng hạt) 
IRRI 
International rice research institute (Viện Nghiên cứu lúa Quốc 
tế) 
KD18 Khang dân 18 
LSD Least significant difference (Sự sai khác có ý nghĩa) 
NIL Near-isogenic line (Dòng cận đẳng gen) 
vii 
NPT New plant type (Dạng hình mới) 
NST Nhiễm sắc thể 
NSLT Năng suất lý thuyết 
NSTT Năng suất thực thu 
MAS Marker assisted selection (Chọn lọc nhờ chỉ thị phân tử) 
MABC 
Marker assisted backcrossing (Chọn lọc nhờ chỉ thị phân tử và 
lai trở lại) 
KL1000 Khối lƣợng nghìn hạt 
PBP Branches per panicle (Số nhánh trên bông) 
PCR Polymerase chain reaction (Chuỗi phản ứng trùng hợp) 
PL Panicle length (Chiều dài bông) 
PN Panicle number (Số bông) 
QTL Quantitative trait locus (Locus tính trạng số lƣợng) 
RAPD 
Randomly amplified polymorphic DNA (Đa hình các đoạn 
ADN khuyếch đại ngẫu nhiên) 
RFLP 
Restriction fragment length polymorphism (Đa hình chiều dài 
đoạn phân cắt giới hạn) 
RP Recipient parent (Cây nhận gen) 
TB Trung bình 
TGST Thời gian sinh trƣởng 
TS Tổng số 
TT Thứ tự 
SNP Single nucleotide polymorphisms (Đa hình nucleotide đơn) 
viii 
DANH MỤC BẢNG 
TT 
bảng 
Tên bảng Trang 
1.1 
Kết quả dự kiến chƣơng trình MABC kết hợp sử dụng chọn lọc 
gen mục tiêu và chọn lọc nền di truyền 
14 
1.2 Các QTL/gen kiểm soát tính trạng đẻ nhánh ở lúa 19 
1.3 Các QTL/gen liên kết tính trạng số hạt trên bông 25 
1.4 Các QTL/gen quy định tính trạng hình dạng hạt 27 
1.5 
Tóm tắt một số nghiên cứu ứng dụng chỉ thị phân tử để cải tiến 
năng suất lúa 
34 
2.1 Danh sách 13 dòng dùng làm dòng cho QTL/gen 43 
2.2 Tên và trình tự nucleotide của các mồi đƣợc sử dụng 44 
2.3 Thành phần và hàm lƣợng tham gia phản ứng PCR 53 
2.4 Chƣơng trình phản ứng PCR 54 
3.1 
Kết quả theo dõi các chỉ tiêu hình thái sinh trƣởng phát triển, 
các yếu tố cấu thành năng suất và năng suất thực thu của các 
dòng cho gen vụ Xuân 2013 tại Từ Liêm - Hà Nội 
58 
3.2 
Kết quả đánh giá mức độ nhiễm sâu bệnh, chống đổ và độ thuần 
đồng ruộng của các dòng thí nghiệm vụ Xuân 2013 tại Từ Liêm 
- Hà Nội 
60 
3.3 
Kết quả theo dõi các chỉ tiêu hình thái sinh trƣởng, các yếu tố 
cấu thành năng suất và năng suất của các dòng nhận gen vụ 
Xuân 2013 tại Từ Liêm - Hà Nội 
61 
3.4 Thống kê các chỉ thị SSR đa hình giữa Khang dân 18/KC25 65 
3.5 Thống kê các chỉ thị SSR đa hình giữa dòng NPT1/KC25 66 
3.6 
Tỉ lệ phần trăm alen giống nhận gen của 32 cá thể BC1F1 mang 
QTL/gen 
72 
3.7 
Tỉ lệ phần trăm alen giống nhận gen của 15 cá thể BC2F1mang 
QTL/gen 
77 
3.8 Các cá thể đồng hợp tử giống bố thế hệ BC3F2 tổ hợp 84 
ix 
KD18/KC25 
3.9 
Các cá thể đồng hợp tử giống bố thế hệ BC3F2 tổ hợp 
NPT1/KC25 
99 
3.10 
Đặc điểm sinh trƣởng và hình thái của các dòng triển vọng (tổ 
hợp KD18/KC25) vào vụ Xuân 2016 tại Hoài Đức - Hà Nội 
101 
3.11 
Mức độ nhiễm sâu, bệnh hại của các dòng triển vọng (tổ hợp 
KD18/KC25) vụ Xuân 2016 tại Hoài Đức - Hà Nội 
102 
3.12 
Các yếu tố cấu thành năng suất của các dòng triển vọng (tổ hợp 
KD18/KC25) vụ Xuân 2016 tại Hoài Đức - Hà Nội 
103 
3.13 
Đặc điểm sinh trƣởng và hình thái của các dòng triển vọng (tổ 
hợp KD18/KC25) vào vụ Mùa 2016 tại Hoài Đức - Hà Nội 
106 
3.14 
Mức độ nhiễm sâu, bệnh hại của các dòng triển vọng (tổ hợp 
KD18/KC25) vụ Mùa 2016 tại Hoài Đức - Hà Nội 
107 
3.15 
Các yếu tố cấu thành năng suất của các dòng triển vọng (tổ hợp 
KD18/KC25) vụ Mùa 2016 tại Hoài Đức - Hà Nội 
108 
3.16 
Đặc điểm sinh trƣởng và hình thái của các dòng triển vọng (tổ 
hợp NPT1/KC25) vụ Xuân 2016 tại Hoài Đức - Hà Nội 
111 
3.17 
Mức độ nhiễm sâu, bệnh hại của các dòng triển vọng (tổ hợp 
NPT1/KC25) vụ Xuân 2016 tại Hoài Đức - Hà Nội 
112 
3.18 
Các yếu tố cấu thành năng suất của các dòng triển vọng (tổ hợp 
NPT1/KC25) vụ Xuân 2016 tại Hoài Đức - Hà Nội 
113 
3.19 
Đặc điểm sinh trƣởng và hình thái của các dòng triển vọng (tổ 
hợp NPT1/KC25) vụ Mùa 2016 tại Hoài Đức - Hà Nội 
115 
3.20 
Mức độ nhiễm sâu, bệnh hại của các dòng triển vọng (tổ hợp 
NPT1/KC25) vụ Mùa 2016 tại Hoài Đức - Hà Nội 
116 
3.21 
Các yếu tố cấu thành năng suất của các dòng triển vọng (tổ hợp 
NPT1/KC25) vụ Mùa 2016 tại Hoài Đức - Hà Nội 
117 
3.22 
Đặc điểm sinh trƣởng và hình thái của dòng K2 và dòng N8 tại 
Hoài Đức - Hà Nội 
119 
3.23 
Mức độ nhiễm sâu bệnh của dòng K2 và dòng N8 vụ Xuân 2017 
tại Hoài Đức - Hà Nội 
120 
3.24 
Yếu tố cấu thành năng suất và năng suất thực thu của dòng K2 
 ... RRECTED) 23 9816.90 239.437 
 ----------------------------------------------------------------------------- 
 TABLE OF MEANS FOR FACTORIAL EFFECTS FILE 5NSLT 25/ 1/17 6:26 
 ------------------------------------------------------------------ :PAGE 3 
 nang suat ly thuyet cac dong trien vong 
 MEANS FOR EFFECT CT$ 
------------------------------------------------------------------------------- 
 CT NOS NL NSLT 
 ĐC 3 2.00000 75.4000 
 K1 3 2.00000 108.700 
 K2 3 2.00000 110.300 
 K5 3 2.00000 107.000 
 K7 3 2.00000 96.8000 
 K8 3 2.00000 111.200 
 K9 3 2.00000 113.000 
 K11 3 2.00000 111.800 
SE(N= 3) 0.577350 8.66608 
 5%LSD 16DF 1.67245 17.8037 
------------------------------------------------------------------------------- 
ANALYSIS OF VARIANCE SUMMARY TABLE FILE 5NSLT 25/ 1/17 6:26 
 ------------------------------------------------------------------ :PAGE 4 
 nang suat ly thuyet cac dong trien vong 
 F-PROBABLIITY VALUES FOR EACH EFFECT IN THE MODEL. SECTION - 1 
 VARIATE GRADN MEAN STADNARD DEVIATION C OF V |CT$ | 
 (N= 23) -------------------- SD/MEAN | | 
 NO. BASED ON BASED ON % | | 
 OBS. TOTAL SS RESID SS | | 
 NL 42 2.0000 0.82639 1.0000 50.0 1.0000 
 NSLT 42 98.026 15.474 15.010 9.7 0.3307 
Năng suất thực thu các dòng chọn lọc 
 BALANCED ANOVA FOR VARIATE NL FILE 5NSTT 25/ 1/17 6:29 
 ------------------------------------------------------------------ :PAGE 1 
 nang suat thuc thu cac dong chon loc 
 VARIATE V002 NL 
 LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER 
 SQUARES SQUARES LN 
 ============================================================================= 
 1 CT$ 7 0.000000 0.000000 0.00 1.000 2 
 * RESIDUAL 16 28.0000 1.00000 
 ----------------------------------------------------------------------------- 
 * TOTAL (CORRECTED) 23 28.0000 .682927 
 ----------------------------------------------------------------------------- 
 BALANCED ANOVA FOR VARIATE NSTT FILE 5NSTT 25/ 1/17 6:29 
 ------------------------------------------------------------------ :PAGE 2 
 nang suat thuc thu cac dong chon loc 
 VARIATE V003 NSTT 
 LN SOURCE OF VARIATION DF SUMS OF MEAN F RATIO PROB ER 
 SQUARES SQUARES LN 
152 
 ============================================================================= 
 1 CT$ 7 1032.04 79.3874 1.46 0.193 2 
 * RESIDUAL 16 1518.36 54.2271 
 ----------------------------------------------------------------------------- 
 * TOTAL (CORRECTED) 23 2550.40 62.2048 
 ----------------------------------------------------------------------------- 
 TABLE OF MEANS FOR FACTORIAL EFFECTS FILE 5NSTT 25/ 1/17 6:29 
 ------------------------------------------------------------------ :PAGE 3 
 nang suat thuc thu cac dong chon loc 
 MEANS FOR EFFECT CT$ 
------------------------------------------------------------------------------- 
 CT$ NOS NL NSTT 
 ĐC 3 2.00000 57.7000 
 K1 3 2.00000 71.9000 
 K2 3 2.00000 73.2000 
 K5 3 2.00000 70.3000 
 K7 3 2.00000 62.7000 
 K8 3 2.00000 70.4000 
 K9 3 2.00000 72.9000 
 K11 3 2.00000 71.9000 
SE(N= 3) 0.577350 4.25155 
 5%LSD 16DF 1.67245 10.8158 
------------------------------------------------------------------------------- 
ANALYSIS OF VARIANCE SUMMARY TABLE FILE 5NSTT 25/ 1/17 6:29 
 ------------------------------------------------------------------ :PAGE 4 
 nang suat thuc thu cac dong chon loc 
 F-PROBABLIITY VALUES FOR EACH EFFECT IN THE MODEL. SECTION - 1 
 VARIATE GRADN MEAN STADNARD DEVIATION C OF V |CT$ | 
 (N= 42) -------------------- SD/MEAN | | 
 NO. BASED ON BASED ON % | | 
 OBS. TOTAL SS RESID SS | | 
 NL 42 2.0000 0.82639 1.0000 50.0 1.0000 
 NSTT 42 64.806 7.8870 7.3639 8.1 0.1926 
153 
PHỤ LỤC 4: DANH SÁCH 156 CHỈ THỊ SÀNG LỌC ĐA HÌNH TRÊN 12 NST 
STT Tên chỉ thị NST Trình tự mồi xuôi Trình tự mồi ngƣợc 
Vị trí 
(Mb) 
Sản 
phẩm 
PCR 
(bp) 
Nhiệt 
độ 
gắn 
mồi 
(
o
C) 
1 RM10916 1 CATCTCAAAGTCTCAAACCCTAGCC CTCGTGCTCCCTGTACCTACTCC 15,0 296 55 
2 RM10136 1 GGTGGGACTGAGGCTTAATCG GTACACCGTGGTGAACAACTTGC 2,6 255 60 
3 RM10965 1 AGCTCAAGGCCTCTAAACTCCTATCC GCAGACGATGAGGATCCATGC 16,3 81 60 
4 RM10968 1 TCCTTCACCTCCGCCTCAAACC CCATGGAGACTAGGTGGAACTTGAGG 16,4 117 55 
5 RM10986 1 TGGAGAGGAATGGGTGAGAAGC CCTCTACAGTCCTCCACCAGAGG 17,2 163 55 
6 RM12038 1 AGACGCACGCAACATCACTCG GGGTATACCATACTCCCTCCGTTGC 39,2 384 55 
7 RM11062 1 CCGAATCGTGGTGGTGTGAGC GCGAGCTCGATTCCTTGCTTCC 19,3 219 55 
8 RM11504 1 TCGTCTTTGAGCCCACCATATTCG CGCACCAGCACCCTTGTATCC 27,8 281 55 
9 RM11757 1 GCTTGTTGCCTGTGAACAGTAGC TGTCAGCATGCAACATCAATCC 33,4 598 55 
10 RM11745 1 CTCCTACATGTCCACGATAACAGC AGGAGGGTGAGTGAATGTGTCC 33,2 196 60 
11 RM11799 1 CCGTAGTATGTTACGGACATGAGG TGTTATGGCAGAGTGGTAGATGC 34,5 196 55 
12 RM11847 1 TCTTCATTGCATTGCTGCTACG AACCAACCGTACTGTTTCTTCTCC 35,7 278 55 
13 RM11438 1 GCACGGTTCTCTTTCTGTGATAGC TTTCGAAGACCGTAGTAGCAGTGG 26,5 175 60 
14 RM7643 1 TCCTCCTATTCGGTCGAAAC ACCAACGAAATACCGGCAC 28,1 160 61 
15 RM8094 1 AAGTTTGTACACATCGTATACA CGCGACCAGTACTACTACTA 11,2 209 55 
16 RM8094A 1 AAGTTTGTACACATCGTATACA CGCGACCAGTACTACTACTA 11,2 209 55 
17 RM8094B 1 AAGTTTGTACACATCGTATACA CGCGACCAGTACTACTACTA 11,2 209 55 
18 RM10757 1 GGCGCTAGTTATGGTAGAGATTTCG AACAAATCTAGCGGCTGTTTCC 11,9 157 55 
154 
19 RM10793 1 GACTTGCCAACTCCTTCAATTCG TCGTCGAGTAGCTTCCCTCTCTACC 12,6 123 60 
20 RM10800 1 CGTACGCCCTCACATCACCTTTCC CTCTCCGGGAGCTCACTTGTCG 12,7 143 55 
21 RM10825 1 GGACACAAGTCCATGATCCTATCC GTTTCCTTTCCATCCTTGTTGC 13,3 97 60 
22 RM10829 1 TCATCCGTGGAGCAAGGAGAGG CCTAGCTAATTGGAGTCCGGGTTGG 13,3 122 60 
23 RM10115 1 ACAAGACGAGGTAACACGCAAGC GCGAAGGATCAACGATGATATGG 2,1 245 60 
24 RM10649 1 GACCAATATGGAGTGGTCTCTTGG ACGCTCCGCCTGCTATTTAGG 10,2 444 55 
25 RM10681 1 CGAAGAGCAGCCACATAACAAGC TAGAGACGGTTGGGAGTTGTTGG 10,8 199 55 
26 RM10694A 1 TTTCCCTGGTTTCAAGCTTACG AGTACGGTACCTTGATGGTAGAAAGG 10,9 194 60 
27 RM10694 1 TTTCCCTGGTTTCAAGCTTACG AGTACGGTACCTTGATGGTAGAAAGG 10,9 194 60 
28 RM10720 1 GCAAACGTCTACGTGAGAAACAAGC GCATGTGGTGCCTTAACATTTGG 11,4 204 55 
29 RM10741 1 AGGTCGCCTGAGTTTCATACCC TGTGCGGTTTAAGATAGAGTGAGC 11,6 195 55 
30 RM10782 1 CTACTGATATGCCCGTACCAACG CCAAACTGGAGTAGTATTAGGTGTGG 12,4 201 55 
31 RM10806 1 TTAGAGCGCCACTTAGCAGCTTGG TCTTTCTTCGCCTTTGTCGTTTCG 12,8 201 55 
32 RM10815 1 CCACCCGCAACTCACTAGTCC ATCTAAAGTGACCCTGATCGAACG 13,1 207 55 
33 RM10820 1 ACCCTAGCTAGCCACCATGAACC GAAAGCCCTTCTTTCTCCACTCTACC 13,2 263 55 
34 RM8115 1 TATATAGTAAATTTGTTTGGTGTAGG ACAGATGGATATTATAAGAAGTAACA 12,6 112 55 
35 RM7075 1 TATGGACTGGAGCAAACCTC GGCACAGCACCAATGTCTC 15,1 155 55 
36 RM5461 1 GCCTCCCATATAAACCGGC AGCGAAGGGAACACGACAG 26,9 134 55 
37 RM7278 1 GCTAGTCTGATGAATGCCG TTAGAACACCACATGGCAGC 1,8 175 55 
38 RM3482 1 TTGTTGTCAAGCTACGGTGG CTGCTTCGTGATGTTGTTGG 39,7 101 55 
39 RM3412b 1 AAAGCAGGTTTTCCTCCTCC CCCATGTGCAATGTGTCTTC 11,5 211 55 
40 RM3412a 1 AAAGCAGGTTTTCCTCCTCC CCCATGTGCAATGTGTCTTC 11,5 211 55 
41 RM3412 1 AAAGCAGGTTTTCCTCCTCC CCCATGTGCAATGTGTCTTC 11,5 211 55 
42 RM5365 1 TCTGTTCGATGTTCCCATCG TAAACTCAAACAGGCTGGGC 14,5 180 55 
155 
43 RM493 1 TAGCTCCAACAGGATCGACC GTACGTAAACGCGGAAGGTG 12,3 211 55 
44 RM1287 1 GTGAAGAAAGCATGGTAAATG CTCAGCTTGCTTGTGGTTAG 10,8 162 55 
45 RM 1125 1 GGGGCCAGAGTTTTCTTCAG GTACGCGCAGAAAATGAGAG 20,5 147 50 
46 RM449 1 TTGGGAGGTGTTGATAAGGC ACCACCAGCGTCTCTCTCTC 15,1 116 55 
47 RM312 1 GTATGCATATTTGATAAGAG AAGTCACCGAGTTTACCTTC - 97 55 
48 RM240 1 CCTTAATGGGTAGTGTGCAC TGTAACCATTCCTTCCATCC 31,4 132 55 
49 RM1 1 GCGAAAACACAATGCAAAAA GCGTTGGTTGGACCTGAC 5,0 113 55 
50 RM11229 1 TGACAGAAACAAAGCGGAAGG TCCAAACCGCTATTCTTGTAGC 22,3 393 55 
51 RM11300 1 GGTGAGGGAGGTACCGAACTAGG AACTAGGGCGCTGGGAGAGG 23,8 492 55 
52 RM207 2 CCATTCGTGAGAAGATCTGA CACCTCATCCTCGTAACGCC 35,3 118 55 
53 RM6 2 GTCCCCTCCACCCAATTC CGTCTAGCGTTGGCTGCAC 29,5 163 55 
54 RM425 2 CCAACGAAGATTCGAAGCTC CAGCACCATGAAGTCGCC 32,3 126 55 
55 RM1243 2 TTTCGGGAGGGATTATGACC GTGACCCCCGATACAAACAC 3,5 157 50 
56 RM526 2 CCCAAGCAATACGTCCCTAG ACCTGGTCATGACAAGGAGG 26,6 240 55 
57 RM5356 2 AGAGCACTTGGAGTGAAGAGG AAGCGAGGGAGACAGATGC 9,4 152 61 
58 RM7355 2 GAACCCACCCAAACAAACAC GCTTCGGTTTTTCGTGAGAG 7,1 193 55 
59 RM12769 2 GAAGCAGAAGGCGTAACCTATCG CACAGCAGAAAGAGACACACAGC 7,2 163 55 
60 RM13197 2 AAACCCTCCGGCTCATTCTTGC ACTCGAATCGTATCGGCTTGAGG 16,4 182 55 
61 RM13155 2 TACCAACAGGGAGTTGTCTCTCG AGCGACGGTGTAAAGAATAAGTCG 15,2 478 55 
62 RM148 3 ATACAACATTAGGGATGAGGCTGG TCCTTAAAGGTGGTGCAATGCGAG 35,6 129 55 
63 RM282 3 CTGTGTCGAAAGGCTGCAC CAGTCCTGTGTTGCCAGCAAG 12,4 136 55 
64 RM1164 3 CGTTTCTCCGAGAAAAGTCG CAAGGTGGTCGTTGAGGC 14,8 200 55 
65 RM5480 3 AAGAAGAGGATTTCCTCGCC GTCCAAGATTTCGCAACGG 5,3 186 55 
66 RM5548 3 TCAGCACTGATCGAACAATAGG GCAATGCTGAAATTCTCTGTGG 35,7 144 55 
156 
67 RM3297 3 CTCGTACTCCTCTTCCACCG GTAACCTAGCTGCCCCTTCC 13,2 163 55 
68 RM3654 3 GAAGAGACATTGTAGGCGGC CCTCCTGCGATGGTCATC 8,8 112 61 
69 RM7389 3 AGCGACGGATGCATGATC TTGAGCCGGAGGTAGTCTTG 36,1 111 55 
70 RM7431 3 CGGGACTTCTCATAGGCATG ACTACTGGCTTCCCACAACG 19,5 145 55 
71 RM1332 3 AACTACATGTATTGCAATGA AGAACACTCCAGATTATTTC 2,4 122 55 
72 RM14795 3 GCGCGATAAACGTTTGAGAGAAGG AAATCAGTCGCGGTTGCTGTCC 10,3 160 55 
73 RM14820 3 AGGTCGTCGATGTCCCTCTCC AAACCATCGTGGCATCATCTCC 10,8 189 55 
74 RM16589 4 GTCCTTATCCCTACCCACGTCAACC CTCTTTGTCCACGCGCTAGAAGG 11,2 195 55 
75 RM16820 4 CCCTGCACCTGGATTCTCTCTCC ATTGACGCCACAGACAAGAACAAGA
CG 
18,4 173 55 
76 RM17391 4 ACTTTGCTCTGAACTTGCAGTGG GTCAGCTGCTATCAGGATTCACG 29.3 175 60 
77 RM17411 4 ACATCCCACACATTCACAATCTGC GAGTCCTGTTGGCTAGACTTTCAGC 29,8 168 60 
78 RM3333 4 GAAGCAAAAGCTATCGACAC GAGCTTGTTGGCACCTTAC 34,7 201 55 
79 RM537 4 CCGTCCCTCTCTCTCCTTTC ACAGGGAAACCATCCTCCTC 0,2 236 55 
80 RM344 4 CAGAGACAATAGTCCCTGCAC GTAGGAGGAGATGGATGATGG 9,8 163 55 
81 RM551 4 AGCCCAGACTAGCATGATTG GAAGGCGAGAAGGATCACAG 0,17 192 55 
82 RM335 4 GTACACACCCACATCGAGAAG GCTCTATGCGAGTATCCATGG 0,7 104 55 
83 RM349 4 TTGCCATTCGCGTGGAGGCGC GTCCATCATCCCTATGGTCG 32,5 136 55 
84 RM280 4 ACACGATCCACTTGCGC TGTGTCTTGAGCAGCCAGG 34,9 155 
85 RM31 5 GATCACGATCCACTGGAGCT AAGTCCATTACTCTCCTCCC 28,6 140 55 
86 RM249 5 GGCGTAAAGGTTTTGCATGT ATGATGCCATGAAGGTCAGC 10,7 121 55 
87 RM334 5 GTTCAGTGTTCAGTGCCACC GACTTTGATCTTTGGTGGACG - 182 55 
88 RM3215 5 CGGCGTAGCTAAATTTGGAC ATGGCGAGCAAGGAAGTAAG 8,5 197 55 
89 RM3327 5 CGGGAGAACCGAGCAATC TCGAGTGTCGAGACATCCAC 22,4 135 61 
90 RM7027 5 AGGACCTGGACTTTATGGGC CCTGCACTGCTCCACAGTAC 15,8 85 55 
157 
91 RM19034 5 CTTCAACCTCCGGCAAGTAATGG CAAGCAACCCGCTATTCTCACC 26,7 120 55 
92 RM19199 5 GCTCTACCAGGTATTATAGCCGATCC AACTCCTCCAAGGTTCCATAGCC 29 158 55 
93 RM18161 5 GAAGGCCTGAATAGTAGGATGG GATACCCATGGATAATGCTTGC 8,1 357 60 
94 RM3 6 ACACTGTAGCGGCCACTG CCTCCACTGCTCCACATCTT 19,5 145 55 
95 RM345 6 ATTGGTAGCTCAATGCAAGC GTGCAACAACCCCACATG 30,8 167 55 
96 RM564 6 ATGCAGAGGATTGGCTTGAG ATGCAGAGGATTGGCTTGAG 11,8 228 55 
97 RM494 6 GGGAGGGGATCGAGATAGAC TTTAACCTTCCTTCCGCTCC 31 203 55 
98 RM527 6 GGCTCGATCTAGAAAATCCG TTGCACAGGTTGCGATAGAAG 9,8 233 55 
99 RM528 6 GGCATCCAATTTTACCCCTC AAATGGGAGCATGGAGGTCAC 26,5 232 55 
100 RM7434 6 GGAGGAAAGGTTGGAGAAGG TTTCCCGTATTCCATGAGCC 23,9 143 50 
101 RM19238 6 GACTGGGAGGATGAAAGAGATGG AGGTCAGTCGCTGTTCTCTTACG 0,29 168 55 
102 RM20163 6 CCATCGAGGAAACCAAAGTAAAGG TTCTCACGCACCTTAGTCAATGG 19,7 183 55 
103 RM20192 6 CACTCGATTCACCCAGATCC TTATCCCCTCCTCTTTAGGC 20,3 208 55 
104 RM19545 6 TAGTTGGGTGGAAATGGTCATCC TAAGACGAGTGGTCACACAGTGC 5,0 465 55 
105 RM19840 6 TTATACACAGATGACGCACACG TGGGTTAAGGGACACACTTAGG 10,8 254 60 
106 RM20019 6 GGTTAGAGGTGGCCTGGGTAGG CTGGCAATCCAGTGATAGTGAGC 15,7 246 55 
107 RM21539 7 GCCCAACTACTTCGACAGCTTCC CAATGACCTGAGTAGCATCCAAGG 16,5 394 55 
108 RM20848 7 AAAGTGGGCACTGAGATACAACG AGCGAAGGCAGTGAAGTTTCG 0,8 610 55 
109 RM21584 7 CACCGTGAGGAGCCTACCATTCC TAAGGCCAGGGAGGAGCAGTGG 17,4 187 55 
110 RM21645 7 GCACGGACAGGTCCAGAAGAGC ATCGCCCTAGCGAAATCAGAAATCC 18,8 168 55 
111 RM21471 7 TCTTGCCATCACATAGCAACAGG ACTCGGTGAGCATCCAATGTCC 14,6 160 60 
112 RM7338 7 CTTATCTCTCGGCAAGCAGC CTCACACGCATGGATCAATC 15,4 164 55 
113 RM3635 7 CGTGAGAGCGTGAGAGACAG ACTTTGGTGTTCCCTCCCTC 11,0 109 55 
114 RM3753 7 GAATGAGCTAAGAACACGCC CTGATGGCCCAAGACTTTTG 23,6 119 50 
158 
115 RM320 7 CAACGTGATCGAGGATGATC GATTTGCTTACCACAGTC 18,7 167 55 
116 RM487 7 CAGCTGGGGAAGAGAGAGAG TCAGAAACTAAACGCACCCC 25,9 205 55 
117 RM11 7 TCTCCTCTTCCCCCGATC ATAGCGGGCGAGGCTTAG 19,2 140 55 
118 RM125 7 ATCAGCAGCCATGGCAGCGACC AGGGGATCATGTGCCGAAGGCC - 127 55 
119 RM248 7 TCCTTGTGAAATCTGGTCCC GTAGCCTAGCATGGTGCATG 29,3 102 55 
120 RM210 8 TCACATTCGGTGGCATTG CGAGGATGGTTGTTCACTTG 22,5 140 55 
121 RM80 8 TTGAAGGCGCTGAAGGAG CATCAACCTCGTCTTCACCG 24,5 142 55 
122 RM447 8 CCCTTGTGCTGTCTCCTCTC ACGGGCTTCTTCTCCTTCTC 26,5 111 55 
123 RM331 8 GAACCAGAGGACAAAAATGC CATCATCACTTTGCAGCCAG 12,3 176 55 
124 RM22825 8 AGCACATCACAAACCTACCCTACC CCTAATTAATCCCGCGGAACC 11,7 160 55 
125 RM23060 8 CAGCAGCTGCCTCAGTGTCACC AACGTTGTCGGTGAAGGTCCATCC 19,2 126 55 
126 RM22786 8 CAAAGAGGATCGAGATGCTCACC CCTATGATCTGACGCCCTTCTCC 11,1 184 60 
127 RM22897 8 AGAGAGGAGCGACAGGGAGGAAGG TGGCCCAAGTCGGCTTAGATGC 14,7 372 55 
128 RM22870 8 CCCGGTAGTAGTGGGTTATGTCC CTAGTCGCCCTGAGAAGAAGACC 13,9 248 55 
129 RM23654 9 CTCCGATGCCTTCTTCCTCTTGC AAAGGGAGTAGCAAGCCGAGTGG 0,1 186 60 
130 RM7175 9 ACAGTAAACGTGGTGCCTCC AGAAGTAGCCTCGAGGACCC 16,8 105 55 
131 RM1026 9 GCCTCTGGCAGAATAGCATC TATCACTTTGCTGCCTAGGC 22,6 194 55 
132 RM105 9 GTCGTCGACCCATCGGAGCCAC TGGTCGAGGTGGGGATCGGGTC 2,0 134 55 
133 RM296 9 CACATGGCACCAACCTCC GCCAAGTCATTCACTACTCTGG 4,61 123 55 
134 RM311 10 TGGTAGTATAGGTACTAAACAT TCCTATACACATACAAACATAC 9,5 179 55 
135 RM333 10 GTACGACTACGAGTGTCACCAA GTCTTCGCGATCACTCGC 22,1 191 55 
136 RM5392 10 GCCGTCTACCTCATGGTCAC CCATAACCGTGGTGTTTGAG 17,3 149 55 
137 RM3628 10 AATCATGCCTAGAGCATCGG GTTCAACATGGGTGCAGATG 23,7 126 55 
138 RM25181 10 AAAGAGCTTCCCTAATGGCTTCG GAGAGAATGACCTCTCCCAAGACC 8,8 162 55 
159 
139 RM25271 10 AGACGCTACTCCCACCTGTAACC ATATCATTGCCGCAACACAAGC 11,2 185 55 
140 RM24865 10 TTGAGTGAGGAGACTATCTGTACG TTGTTTGGTCAGAGTAGCTTGG 0,15 195 55 
141 RM25022 10 ACATTCCGCGTTTGTGTGTAGC GCTTGGTAGTTGGGCTGATGG 3,6 225 60 
142 RM25955 11 TTGGAGGGAGTAGTGTGTATGC CACCTATCAGTAAACGGTACAGC 0,2 152 55 
143 RM25972 11 GCGAGTCACCAAGACGATAGACAGC CTCCTCCTCAAGCTCCTCCTTCC 0,4 263 55 
144 RM7283 11 GGGGCATATAACGCAAACAC ATTTTAGGAGGCTCACGTGG 9,1 183 55 
145 RM3625 11 CTTGCAATTCAATTGCTTAC GGTGGCCTAGTGAAACTAAA 6,6 143 55 
146 RM3137 11 GTTAGGAATTCCATGCTGCG TGCCCGTGCTCGATAAGG 6,1 197 61 
147 RM341 11 CAAGAAACCTCAATCCGAGC CTCCTCCCGATCCCAATC 20 172 55 
148 RM1124 11 AAGCTATCCCCCTTTTTGGC AGGGATCGGTAGACCCAATC 3,8 180 55 
149 RM287 11 TTCCCTGTTAAGAGAGAAATC GTGTATTTGGTGAAAGCAAC 16,7 118 55 
150 RM209 11 ATATGAGTTGCTGTCGTGCG CAACTTGCATCCTCCCCTCC 17,7 134 55 
151 RM206 11 CCCATGCGTTTAACTATTCT CGTTCCATCGATCCGTATGG 22 147 55 
152 RM247 12 TAGTGCCGATCGATGTAACG CATCTGGTTTTGACAAAGCG 3,1 131 55 
153 RM1194 12 GTGGAGATTGGAGAGAAGCG AATACGCTCTCTGTCCCTGC 25,8 170 55 
154 RM1208 12 GCAGGGGACACGAGATTTC TGTGCTCTGCTTGGAGAGTG 1,0 187 55 
155 RM7102 12 TTGAGAGCGTTTTTAGGATG TCGGTTTACTTGGTTACTCG 13,2 169 55 
156 RM7558 12 CAGTAGCAGGCTCCCTTTTG ATCAGGAACACCAGAGACGG 27,0 149 55 
160