Luận án Nghiên cứu đa hình / đột biến gen Cyp2c9, Cyp2c19, Cyp3a5 và Cyp2d6 cytochrome p450 ở người kinh Việt Nam

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC 
VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM 
HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ 
----------------------------- 
Vũ Phương Nhung 
NGHIÊN CỨU ĐA HÌNH/ĐỘT BIẾN GEN CYP2C9, CYP2C19, 
CYP3A5 VÀ CYP2D6 CYTOCHROME P450 
Ở NGƯỜI KINH VIỆT NAM 
LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC 
Hà Nội – Năm 2020 
 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC 
VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM 
HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ 
----------------------------- 
Vũ Phương Nhung 
NGHIÊN CỨU ĐA HÌNH/ĐỘT BIẾN GEN CYP2C9, CYP2C19, 
CYP3A5 VÀ CYP2D6 CYTOCHROME P450 
Ở NGƯỜI KINH Ở VIỆT NAM 
 Chuyên ngành: Công nghệ sinh học 
 Mã số: 9420201 
LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC 
 NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: 
 1. TS. Nguyễn Hải Hà 
 2. GS. TS. Nông Văn Hải 
Hà Nội – Năm 2020 
i 
LỜI CAM ĐOAN 
Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi với sự hướng dẫn 
khoa học của TS. Nguyễn Hải Hà và GS.TS. Nông Văn Hải. Những kết quả thu được 
của luận án là mới, trung thực và chưa từng được công bố trong bất kỳ công trình nào 
khác. Các kết quả công bố chung đã được cán bộ hướng dẫn và các đồng tác giả cho 
phép sử dụng trong Luận án. 
Hà Nội, ngày tháng năm 2020 
 Tác giả luận án 
 Vũ Phương Nhung 
ii 
LỜI CẢM ƠN 
Trước tiên, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành và sâu sắc nhất tới GS.TS. 
Nông Văn Hải-nguyên Viện trưởng Viện Nghiên cứu hệ gen, Chủ tịch hội đồng Khoa 
học Viện Nghiên cứu hệ gen và TS. Nguyễn Hải Hà-Phó trưởng phòng Phân tích hệ 
gen, Viện Nghiên cứu hệ gen, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam. Trong 
suốt quá trình học tập và nghiên cứu, tinh thần say mê và nghiêm khắc trong khoa 
học cùng với sự hướng dẫn tận tình và khích lệ của các thầy là động lực lớn lao giúp 
tôi không ngừng cố gắng và phấn đấu, vượt qua nhiều khó khăn để có thể hoàn thành 
Luận án. 
Tôi xin chân thành cảm ơn TS. Nguyễn Đăng Tôn-Trưởng phòng Phân tích hệ 
gen cùng các đồng nghiệp công tác tại phòng Phân tích hệ gen đã luôn tạo điều kiện 
thuận lợi, đồng hành và giúp đỡ tôi trong suốt quá trình học tập và làm việc chuyên 
môn tại Phòng. Bằng những tình cảm chân thành nhất, tôi xin trân trọng cảm ơn 
những giúp đỡ quý báu đó. 
Trong quá trình nghiên cứu và học tập, tôi đã nhận được những ý kiến đóng 
góp quý báu của các nhà khoa học, các cán bộ nghiên cứu tại Viện nghiên cứu hệ 
gen, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam. Những nhận xét và góp ý 
chuyên môn sâu sắc trong các buổi báo cáo, hội thảo đã giúp tôi hoàn thiện tốt nhất 
Luận án của mình. 
Nhân dịp này, tôi cũng xin chân thành cảm ơn ban Giám đốc, tập thể cán bộ 
Học viện Khoa học và Công nghệ, Viện Hàn lâm khoa học và Công nghệ Việt Nam 
đã tạo điều kiện thuận lợi nhất cho tôi trong quá trình học tập và nghiên cứu tại đây. 
 Sau cùng, tôi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến gia đình, người thân và bạn bè 
đã luôn tin tưởng và là nguồn động viên tinh thần lớn lao đối với tôi trong suốt quá 
trình học tập, nghiên cứu và hoàn thành Luận án. 
 Hà Nội, ngày tháng năm 2020 
 Tác giả luận án 
 Vũ Phương Nhung 
iii 
 MỤC LỤC 
LỜI CAM ĐOAN ..................................................................................................... i 
LỜI CẢM ƠN ......................................................................................................... ii 
DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT DÙNG TRONG LUẬN ÁN ........................ vii 
DANH MỤC BẢNG .............................................................................................. ix 
DANH MỤC HÌNH ................................................................................................ x 
MỞ ĐẦU ................................................................................................................ 1 
CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN ................................................................................... 4 
1.1. CYP450 và chuyển hóa thuốc trong gan ........................................................... 4 
1.2. Đa dạng di truyền các gen mã hóa cho enzyme CYP450 tham gia chuyển hóa 
thuốc. ...................................................................................................................... 6 
1.2.1. Gen CYP2C9 ................................................................................................. 7 
1.2.2. Gen CYP2C19 ............................................................................................. 11 
1.2.3. Gen CYP2D6 ............................................................................................... 14 
1.2.4. Gen CYP3A5................................................................................................ 17 
1.3. Ảnh hưởng của đa dạng di truyền các gen dược học đối với các ADR và sự khác 
biệt trong đáp ứng thuốc ........................................................................................ 20 
1.3.1. Khái quát về các ADR ................................................................................. 20 
1.3.2. Một số trường hợp đa dạng di truyền các gen dược học gây nên khác biệt trong 
đáp ứng thuốc ........................................................................................................ 22 
1.4. Ứng dụng và triển vọng của di truyền dược học trong lâm sàng ...................... 29 
1.5. Một số phương pháp nghiên cứu đa dạng di truyền của các gen CYP450 ........ 32 
1.5.1. Các phương pháp nghiên cứu SNP và indel ................................................. 32 
1.5.2. Các phương pháp nghiên cứu CNV .............................................................. 34 
1.6. Tình hình nghiên cứu đa hình di truyền một số gen CYP450 trên người Việt Nam 
và phạm vi nghiên cứu của luận án ........................................................................ 37 
1.6.1. Tình hình nghiên cứu đa hình di truyền của các gen CYP450 tại Việt Nam và 
trên thế giới ........................................................................................................... 37 
iv 
1.6.2. Phạm vi nghiên cứu của luận án ................................................................... 39 
CHƯƠNG 2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ........................... 40 
2.1. Đối tượng nghiên cứu ..................................................................................... 40 
2.2. Các thiết bị, dụng cụ được sử dụng trong nghiên cứu ...................................... 40 
2.3. Phương pháp nghiên cứu ................................................................................ 41 
2.3.1 Tách chiết DNA tổng số ............................................................................... 41 
2.3.2. Xác định nồng độ DNA tổng số ................................................................... 42 
2.3.3. Phương pháp PCR Khuếch đại đặc hiệu các gen .......................................... 43 
2.3.3.1. Thiết kế mồi .............................................................................................. 43 
2.3.3.2. PCR đặc hiệu các gen CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6 và CYP3A5 ............. 45 
2.3.4. Giải trình tự Sanger...................................................................................... 46 
2.3.4.1. PCR giải trình tự ....................................................................................... 46 
2.3.4.2. Tinh sạch sản phẩm PCR giải trình tự ....................................................... 47 
2.3.4.3. Biến tính sản phẩm PCR và điện di mao quản trên máy giải trình tự ......... 47 
2.3.5. Phương pháp MLPA .................................................................................... 47 
2.3.5.1. Thực hiện phản ứng MLPA....................................................................... 48 
2.3.5.2. Điện di mao quản phân tách đoạn ............................................................. 49 
2.3.5.3. Phân tích kết quả bằng phần mềm Coffalyzer ........................................... 49 
2.3.6. Long range (LR) PCR .................................................................................. 50 
2.3.7. Real-time PCR ............................................................................................. 51 
2.3.8. Phân tích số liệu nghiên cứu ........................................................................ 52 
2.3.8.1. Phân tích kết quả giải trình tự Sanger và đánh giá trạng thái cân bằng di truyền 
Hardy-Weinberg của quần thể ............................................................................... 52 
2.3.8.2. Phân tích thống kê .................................................................................... 52 
2.3.9. Dự đoán chức năng in silico của các biến thể mới ........................................ 53 
2.3.9.1. Dự đoán chức năng của các biến thể mới trong vùng mã hóa .................... 53 
v 
2.3.9.2. Dự đoán chức năng của các biến thể mới trong vùng không mã hóa ......... 53 
2.3.9.3. Dự đoán chức năng của các biến thể mới trong vùng promoter ................. 54 
CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN.......................................................... 55 
3.1. Tách chiết DNA tổng số ................................................................................. 55 
3.2. Khuếch đại đặc hiệu các gen CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6, CYP3A5 và giải trình 
tự ........................................................................................................................... 55 
3.3. Phân tích đa hình/đột biến các gen CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6 và CYP3A5 ở 
quần thể người Kinh Việt Nam .............................................................................. 59 
3.3.1. Đa hình/đột biến của gen CYP2C9 ............................................................... 59 
3.3.2. Đa hình/đột biến của gen CYP2C19 ............................................................. 65 
3.3.3. Đa hình/đột biến của gen CYP2D6 ............................................................... 70 
3.3.4. Đa hình/đột biến của gen CYP3A5 ............................................................... 83 
3.4. Phân tích liên kết giữa các biến thể trên CYP2C9, CYP2C19 và CYP2D6 ....... 85 
3.5. Dự đoán chức năng in silico của các biến thể mới tìm thấy trên CYP2C9, 
CYP2C19 và CYP2D6 ........................................................................................... 87 
3.6. So sánh tần số allele của các gen nghiên cứu giữa quần thể người Kinh Việt Nam 
với các quần thể người khác trên thế giới............................................................... 90 
3.6.1. So sánh tần số allele của gen CYP2C9 giữa quần thể người Kinh Việt Nam với 
các quần thể người khác trên thế giới..................................................................... 90 
3.6.2. So sánh tần số allele của gen CYP2C19 giữa quần thể người Kinh Việt Nam 
với các quần thể người khác trên thế giới............................................................... 92 
3.6.3. So sánh tần số allele của gen CYP2D6 giữa quần thể người Kinh Việt Nam với 
các quần thể người khác trên thế giới..................................................................... 93 
3.6.4. So sánh tần số allele của gen CYP3A5 giữa quần thể người Kinh Việt Nam với 
các quần thể người khác trên thế giới..................................................................... 96 
3.7. Thảo luận ........................................................................................................ 98 
3.7.1. Sự phân bố của các SNP gây ảnh hưởng chức năng protein CYP2C9, 
CYP2C19, CYP2D6 và CYP3A5 ở các quần thể người trên thế giới ....................... 98 
vi 
3.7.2. Phân tích liên kết giữa các biến thể và ý nghiã trong nghiên cứu đa daṇg di 
truyền các gen CYP450........................................................................................ 102 
3.7.3. Vai trò của các CNV và SV của các gen nghiên cứu trong đa dạng đáp ứng 
thuốc cá nhân....................................................................................................... 103 
3.7.4. Vai trò của các biến thể mới của CYP2C9, CYP2C19 và CYP2D6 đối với chức 
năng của các protein tương ứng ........................................................................... 105 
3.7.5. Ý nghĩa của việc sử dụng thông tin di truyền các gen CYP450 tham gia chuyển 
hóa thuốc trong tối ưu hiệu quả dùng thuốc trên người Kinh Việt Nam ............... 107 
KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ ............................................................................. 112 
DANH MỤC CÔNG TRÌNH CỦA TÁC GIẢ ..................................................... 114 
TÀI LIỆU THAM KHẢO ................................................................................... 115 
PHỤ LỤC................................................................................................................ 1 
vii 
DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT DÙNG TRONG LUẬN ÁN 
Tên viết tắt 
Tên đầy đủ tiếng Anh Nghĩa tiếng Việt dùng 
trong luận án 
ADR Adverse drug reaction Phản ứng có hại của thuốc 
CNV Copy number variant Biến thể số bản sao 
CPIC Clinical Pharmacogenetics 
Implementation Consortium 
Hiệp hội ứng dụng Di 
truyền dược học lâm sàng 
CYP2C19 Cytochrome P450 2C19 
CYP2C9 Cytochrome P450 2C9 
CYP2D6 Cytochrome P450 2D6 
CYP3A5 Cytochrome P450 3A5 
CYP450 Cytochrome P450 
DMSO Dimethyl sulfoxide 
DNA Deoxyribonucleic acid 
dNTPs Deoxynucleotide triphosphates 
EDTA Ethylenediaminetetraacetic Acid 
EM Extensive metabolizer Chuyển hóa thuốc bình 
thường 
FDA U.S. Food and Drug Administration Cục quản lý Thực phẩm và 
Dược phẩm Hoa Kỳ 
FPR False positive rate Tỉ lệ dương tính giả 
GWAS Genome-wide association study Nghiên cứu tương quan 
toàn bộ hệ gen 
HSF Human Splicing Finder 
viii 
IM Intermediate metabolizer Chuyển hóa thuốc trung 
bình 
Indel Insertion/deletion Biến thể thêm/mất 
nucleotide 
INR International normalized ratio Chỉ số phản ánh thời gian 
hình thành cục máu đông 
LD Linkage disequilibrium Độ liên kết giữa các biến 
thể 
LR-PCR Long range PCR 
MLPA Multiplex ligation dependent probe 
amplification 
Khuếch đại đa đầu dò phụ 
thuộc phản ứng ghép nối 
PCR Polymerase chain reaction 
PGRN Pharmacogenomics Research 
Netwwork 
Mạng lưới nghiên cứu hệ 
gen dược học 
PharmVar Pharmacogene Variation Đa dạng di truyền các gen 
dược học 
PM Poor metabolizer Chuyển hóa thuốc yếu 
SNP Single nucleotide polymorphism Đa hình đơn nucleotide 
SRS Substrate recognition site Vị trí nhận biết cơ chất 
SSRI Selective serotonin reuptake 
inhibitor 
Ức chế tái hấp thu 
serotonine 
SV Structural variant Biến thể cấu trúc 
TPMT Thiopurine S-methyltransferase enzyme chuyển hóa các 
thuốc thiopurine 
UM Ultra rapid metabolizer Chuyển hóa thuốc cực 
nhanh 
ix 
DANH MỤC BẢNG 
Bảng 2.1. Trình tự các cặp mồi sử dụng cho khuếch đại gen CYP2C9 ................... 43 
Bảng 2.2. Trình tự các cặp mồi sử dụng cho khuếch đại gen CYP2C19 ................. 44 
Bảng 2.3. Trình tự các mồi sử dụng cho khuếch đại gen CYP2D6 ......................... 44 
Bảng 2.4. Trình tự các cặp mồi sử dụng cho khuếch đại gen CYP3A5  ... FVN54 Nữ Bình thường Kinh 80,9 
55 FVN55 Nữ Bình thường Kinh 69,7 
56 FVN56 Nữ Bình thường Kinh 64,7 
57 FVN75 Nữ Bình thường Kinh 45 
58 FVN77 Nữ Bình thường Kinh 29,3 
59 FVN78 Nữ Bình thường Kinh 61,9 
60 FVN79 Nữ Bình thường Kinh 89,9 
61 FVN80 Nữ Bình thường Kinh 77,5 
62 FVN82 Nữ Bình thường Kinh 62,8 
63 FVN83 Nữ Bình thường Kinh 58,2 
64 FVN84 Nữ Bình thường Kinh 65,6 
65 FVN85 Nữ Bình thường Kinh 54,3 
66 FVN86 Nữ Bình thường Kinh 52,8 
67 FVN87 Nữ Bình thường Kinh 70,9 
68 FVN89 Nữ Bình thường Kinh 42,4 
69 FVN90 Nữ Bình thường Kinh 40,2 
70 FVN91 Nữ Bình thường Kinh 68,8 
71 FVN92 Nữ Bình thường Kinh 51,1 
72 FVN93 Nữ Bình thường Kinh 60 
73 FVN95 Nữ Bình thường Kinh 139,6 
74 FVN96 Nữ Bình thường Kinh 43,8 
75 FVN97 Nữ Bình thường Kinh 43,5 
76 FVN98 Nữ Bình thường Kinh 58,1 
77 FVN99 Nữ Bình thường Kinh 54,9 
78 FVN111 Nữ Bình thường Kinh 76,8 
79 FVN112 Nữ Bình thường Kinh 87,6 
80 FVN113 Nữ Bình thường Kinh 114,2 
81 FVN114 Nữ Bình thường Kinh 55,7 
82 MVN01 Nam Bình thường Kinh 25,4 
83 MVN03 Nam Bình thường Kinh 38,3 
84 MVN 04 Nam Bình thường Kinh 42,2 
85 MVN 05 Nam Bình thường Kinh 39,3 
86 MVN 06 Nam Bình thường Kinh 19,4 
87 MVN 7 Nam Bình thường Kinh 53,4 
88 MVN 8 Nam Bình thường Kinh 42,6 
89 MVN 9 Nam Bình thường Kinh 33,6 
90 MVN 10 Nam Bình thường Kinh 29,7 
91 MVN 11 Nam Bình thường Kinh 53,8 
92 MVN 12 Nam Bình thường Kinh 68,6 
93 MVN 13 Nam Bình thường Kinh 21,7 
94 MVN 14 Nam Bình thường Kinh 123,1 
95 MVN 15 Nam Bình thường Kinh 94,8 
96 MVN 16 Nam Bình thường Kinh 106,5 
97 MVN 17 Nam Bình thường Kinh 44,7 
98 MVN 18 Nam Bình thường Kinh 40 
99 MVN 19 Nam Bình thường Kinh 57,8 
100 MVN 20 Nam Bình thường Kinh 106,7 
101 MVN 21 Nam Bình thường Kinh 55,6 
102 MVN 22 Nam Bình thường Kinh 88,5 
103 MVN 23 Nam Bình thường Kinh 60,1 
104 MVN 24 Nam Bình thường Kinh 113,9 
105 MVN 25 Nam Bình thường Kinh 111,6 
106 MVN 26 Nam Bình thường Kinh 92,2 
107 MVN 27 Nam Bình thường Kinh 83 
108 MVN 28 Nam Bình thường Kinh 73,1 
109 MVN 29 Nam Bình thường Kinh 152,9 
110 MVN 30 Nam Bình thường Kinh 44,5 
111 MVN 31 Nam Bình thường Kinh 94,9 
112 MVN 32 Nam Bình thường Kinh 74,7 
113 MVN 33 Nam Bình thường Kinh 26,6 
114 MVN 34 Nam Bình thường Kinh 26,1 
115 MVN 35 Nam Bình thường Kinh 92,6 
116 MVN 36 Nam Bình thường Kinh 51,2 
117 MVN 37 Nam Bình thường Kinh 129,5 
118 MVN 38 Nam Bình thường Kinh 44,1 
119 MVN 39 Nam Bình thường Kinh 36,6 
120 MVN 40 Nam Bình thường Kinh 27,7 
121 MVN 41 Nam Bình thường Kinh 84,3 
122 MVN 42 Nam Bình thường Kinh 116,6 
123 MVN 43 Nam Bình thường Kinh 115,2 
124 MVN 44 Nam Bình thường Kinh 90 
125 MVN 45 Nam Bình thường Kinh 86,7 
126 MVN 46 Nam Bình thường Kinh 29,8 
127 MVN 47 Nam Bình thường Kinh 31,7 
128 MVN 48 Nam Bình thường Kinh 25,5 
129 MVN 49 Nam Bình thường Kinh 40,7 
130 MVN 50 Nam Bình thường Kinh 30 
131 MVN 51 Nam Bình thường Kinh 35 
132 MVN 52 Nam Bình thường Kinh 43,8 
133 MVN 53 Nam Bình thường Kinh 53,6 
134 MVN 54 Nam Bình thường Kinh 58,1 
135 MVN 55 Nam Bình thường Kinh 32,6 
136 MVN 56 Nam Bình thường Kinh 40,8 
Phụ lục 2. Đánh giá trạng thái cân bằng quần thể của các biến thể trên CYP2C9 
STT Name Position ObsHET PredHET HWpval 
1 251T>C 251 0 0,02 0,0101 
2 3235G>C 3235 0,01 0,01 1 
3 3411T>C 3411 0,01 0,01 1 
4 3415C>T 3415 0,01 0,01 1 
5 9032G>C 9032 0,05 0,049 1 
6 10311A>G 10311 0,06 0,058 1 
7 10376T>C 10376 0,01 0,01 1 
8 33622T>C 33622 0,01 0,01 1 
9 38658A>G 38658 0,01 0,01 1 
10 42614A>C 42614 0,07 0,068 1 
11 42627C>A 42627 0,02 0,02 1 
12 42726C>T 42726 0,06 0,058 1 
13 42801A>G 42801 0,01 0,01 1 
14 47543delT 47543 0 0 1 
Phụ lục 3. Đánh giá trạng thái cân bằng quần thể của các biến thể trên CYP2C19 
STT Name Position ObsHET PredHET HWpval 
1 (-)806C>T -806 0,02 0,02 1 
2 (-)98T>C -98 0,398 0,354 0,3679 
3 12637C>G 12637 0,01 0,01 1 
4 12662A>G 12662 0,37 0,326 0,3161 
5 17948G>A 17948 0,061 0,059 1 
6 19154G>A 19154 0,35 0,326 0,727 
7 57637delG 57637 0 0 1 
8 57678T>G 57678 0,01 0,01 1 
9 57740C>G 57740 0,394 0,351 0,3839 
10 80160C>T 80160 0,41 0,36 0,2769 
11 80161A>G 80161 0,06 0,058 1 
12 87106T>C 87160 0,43 0,439 0,9749 
13 87313A>C 87313 0,07 0,068 1 
14 90008C>T 90008 0,01 0,01 1 
Phụ lục 4. Đánh giá trạng thái cân bằng quần thể của các biến thể trên CYP2D6 
STT Name Position ObsHET PredHET HWpval 
1 (-740) C>T -740 0,178 0,186 0,8467 
2 (-678) G>A -678 0,193 0,231 0,1204 
3 (-498) C>A -498 0,096 0,131 0,034 
4 (-184) A>T -184 0,007 0,007 1 
5 (-175) A>T -175 0,074 0,071 1 
6 100C>T 100 0,311 0,449 7.00E-04 
7 137insT 137 0 0 0 
8 214G>C 214 0,17 0,18 0,7685 
9 221C>A 221 0,176 0,185 0,8386 
10 223C>G 223 0,147 0,161 0,5393 
11 227T>C 227 0,176 0,196 0,4066 
12 232G>C 232 0,206 0,251 0,085 
13 233A>C 233 0,147 0,196 0,0221 
14 245A>G 245 0,14 0,155 0,4715 
15 310G>T 310 0,132 0,327 3,98E-10 
16 1039C>T 1039 0,221 0,409 3,43E-07 
17 1661G>C 1661 0,301 0,348 0,1787 
18 1759G>A 1759 0,015 0,015 1 
19 1846G>A 1846 0,022 0,022 1 
20 2097A>G 2097 0,353 0,443 0,0275 
 21 2137G>C 2137 0,007 0,007 1
22 2607G>A 2607 0,022 0,05 0,0029 
23 2611T>A 2611 0,007 0,007 1 
24 2851C>T 2851 0,213 0,256 0,1084 
25 2988G>A 2988 0,044 0,043 1 
26 3157G>T 3157 0,007 0,007 1 
27 3384A>C 3384 0,14 0,486 1,40E-17 
28 3790C>T 3790 0,051 0,34 1,33E-20 
29 3851G>A 3851 0,015 0,015 1 
30 4181G>C 4181 0,082 0,49 1,92E-24 
Phụ lục 5. Trình tự mồi sử dụng cho phản ứng LR-PCR 
(Tham khảo từ Hersberger và cộng sự, 2000) 
Tên mồi Vị trí Trình tự mồi Vị trí 
Dup 43 5'-CACACCGGGCACCTGTACTCCTCA-3' 66 
Dlow 7846 5'-CAGGCATGAGCTAAGGCACCCAGAC-3' 7822 
DPKup -259 5'-GTTATCCCAGAAGGCTTTGCAGGCTTCA-3' -232 
DPKlow 4844 5'-GCCGACTGAGCCCTGGGAGGTAGGTA-3' 4819 
Vị trí của các mồi được đánh số dựa trên trình tự tham chiếu của gen CYP2D6 
(GenBank Accession No. M33388). Riêng mồi Dup nằm ở vùng nối giữa 2 gen 
CYP2D7 và CYP2D6 (GenBank Accession No. X90926). 
Phụ lục 6. Trình tự mồi sử dụng cho phản ứng giải trình tự Sanger 
Gen Vùng gen Trình tự mồi 
CYP2C9 
Promoter 5'-AGGGGGTTTAATGGTAAAGGTGT-3' 
Exon 1 5'-TGCTGACCAGATCCCACAATA-3' 
Exon 2 5'-GCAAGTATAATCATCATCATGGTTTCTATT-3' 
Exon 3 5'-CTCTCAGCTTCAAACCCCC-3' 
Exon 4 5'-ATGCATGCCGAACTCTTTTT-3' 
Exon 5 5'-CAATAAAAATTTCCCCATCAAGA-3' 
Exon 6 5'-TTTGGGCAAGTTGGTCTACA-3' 
Exon 7 5'-CACATTTGTGCATCTGTAACCA-3' 
Exon 8 5'-TGGAAATGGTACTGCCCTTC-3' 
Exon 9 5'-CCCATCCACCCATCTATCTC-3' 
CYP2C19 
Promoter 5'-TCCTGCCTTCACGTGTTTTT-3' 
Exon 1 5'-TAGTGGGCCTAGGTGATTGG-3' 
Exon 2 5'-AGTCAGGCTTAGTAAATGGA-3' 
Exon 3 5'-ATCTCCCTCCTAGTTTCGT-3' 
Exon 4 5'-ATGCATGCCAAACTCTTTTT-3' 
Exon 5 5'-CAATAAAAATTTCCCCATCAAGA-3' 
Exon 6 5'-AGCCAAAGACAAAAACCACATC-3' 
Exon 7 5'-TGATGTTTGGATACCTTCATCAT-3' 
Exon 8 5'-CTGCTCTTCTTTGGAATGGTG-3' 
Exon 9 5'-GATGACGGGTCAGAAGAAGC-3' 
CYP2D6 
Promoter 5'-CCAGTGCTTCTAGCCCCATA-3' 
Exon 1 5'-ACTGGCAGCACAGTCAACAC-3' 
Exon 2 5'-CTCCTTCCACCTGCTCACTC-3' 
Exon 3 5'-CAAGGTGGATGCACAAAGAG-3' 
Exon 4 5'-AAGAAGTCGCTGGAGCAGTG-3' 
Exon 5 5'-GGCCAAGGACTCTGTACCTCCTA-3' 
Exon 6 5'-GGCAGAGATGGAGGTGA-3' 
Exon 7 5'-CGTGAGCCCATCTGGGAAA-3' 
Exon 8 5'-CAGCAGGGAGGTGAAGAAGA-3' 
Exon 9 5'-TGCTCAGCCTCAACGTACCCCT-3' 
CYP3A5 
*3 5'-CTTGCAGCATTTAGTCCTTGTGAG-3' 
*6 5'-GACAGCTAAAGTGGTGAGGG-3' 
*8 5'-CTTGACCATTCCAGTTCCTGA-3' 
*9 5'-ATG CTT CTGCCAGTAGCAAC-3' 
Phụ lục 7. Dữ liệu MLPA về CNV gen CYP2D6 của một số mẫu trong nghiên cứu 
Tên mẫu 
Vị trí đầu dò của kit MLPA cho CYP2D6 và các tỉ lệ sau chuẩn 
hóa (Final ratio) 
Exon 1 Exon 5 Exon 6 Exon 9 
FVN19 1,59 1,65 1,65 1,07 
FVN22 0,81 0,95 1 1,01 
FVN23 0,86 1,01 0,93 0,99 
FVN30 1,35 1,63 1,58 0,91 
FVN50 0,73 0,74 0,7 1,39 
FVN69 0,41 0,38 0,36 0,49 
FVN74 1,58 1,56 1,54 1,02 
FVN76 0,57 0,62 0,94 0,77 
FVN86 0,71 0,77 0,72 1,41 
FVN87 1,45 1,47 1,49 0,56 
FVN92 0,46 0,43 0,46 0,64 
FVN94 1,47 1,37 1,57 0,53 
MVN 03 1,85 1,96 1,94 0,96 
MVN 09 0,48 0,58 0,55 0,63 
MVN 26 0,61 0,67 0,6 0 
MVN 37 1,76 1,83 1,69 1,07 
MVN 41 0,97 1,03 1,05 1 
MVN 42 1 1 0,99 1,07 
Các vị trí đầu dò đánh dấu màu vàng: tăng số bản sao CYP2D6 
Các vị trí đầu dò dánh dấu màu xanh: mất số bản sao của CYP2D6 
Phụ lục 8. Tổng hợp số liệu về kiểu gen và kiểu hình chuyển hóa thuốc của các gen CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6 và CYP3A5 trên các mẫu 
nghiên cứu 
STT Mã mẫu 
CYP2C9 CYP2C19 CYP2D6 CYP3A5 
Kiểu gen Kiểu hình Kiểu gen Kiểu hình Kiểu gen Kiểu hình Kiểu gen Kiểu hình 
1 FVN01 *1/*1 EM *1/*3 IM *10/*15 IM *1/*3 IM 
2 FVN02 *1/*1 EM *1/*1 EM *10/*10 IM *1/*3 IM 
3 FVN03 *1/*1 EM *1/*1 EM *60/*60 PM *1/*3 IM 
4 FVN04 *1/*1 EM *1/*2 IM *1/*10 IM *1/*3 IM 
5 FVN05 *1/*1 EM *1/*2 IM *5/*10 IM *3/*3 PM 
6 FVN06 *1/*1 EM *1/*2 IM *10/*10 IM *1/*3 IM 
7 FVN07 *1/*1 EM *1/*2 IM *5/*36-*10 ND *3/*3 PM 
8 FVN08 *1/*1 EM *1/*1 EM *10/*10 IM *1/*3 IM 
9 FVN09 *1/*1 EM *1/*1 EM *2/*10 ND *3/*3 PM 
10 FVN10 *1/*1 EM *1/*1 EM *1/*1 EM *1/*3 IM 
11 FVN11 *1/*1 EM *1/*3 IM *10/*36-*10 ND *3/*3 PM 
12 FVN12 *1/*1 EM *1/*1 EM *2/*10 ND *3/*3 PM 
13 FVN13 *1/*3 IM *1/*1 EM *10/*36-*10 ND *3/*3 PM 
14 FVN14 *1/*1 EM *1/*3 IM *1/*10 IM *1/*3 IM 
15 FVN15 *1/*1 EM *1/*1 EM *10/*10 IM *1/*3 IM 
16 FVN16 *1/*1 EM *1/*2 IM *2/*68-*4 ND *1/*1 EM 
17 FVN17 *1/*1 EM *1/*2 IM *10/*10 IM *1/*3 IM 
18 FVN18 *1/*1 EM *1/*1 EM *10/*10 IM *1/*3 IM 
19 FVN19 *1/*1 EM *1/*1 EM *10/*36-*10 ND *3/*3 PM 
20 FVN20 *1/*1 EM *1/*1 EM *5/*36-*10 ND *3/*3 PM 
21 FVN21 *1/*1 EM *1/*2 IM *1/*2 EM *1/*3 IM 
22 FVN22 *1/*3 IM *1/*1 EM *10/*10 IM *3/*3 PM 
23 FVN23 *1/*1 EM *1/*2 IM *1/*2 EM *3/*3 PM 
24 FVN24 *1/*1 EM *1/*1 EM *10/*10 IM *3/*3 PM 
25 FVN25 *1/*1 EM *1/*2 IM *2/*65 IM *3/*3 PM 
26 FVN26 *1/*1 EM *1/*3 IM *10/*36-*10 ND *3/*3 PM 
27 FVN27 *1/*1 EM *1/*1 EM *1/*10 IM *1/*1 EM 
28 FVN28 *1/*1 EM *1/*1 EM *1/*2 EM *3/*3 PM 
29 FVN29 *1/*1 EM *1/*2 IM *1/*10 IM *3/*3 PM 
30 FVN30 *1/*1 EM *1/*1 EM *1/*36-*10 ND *3/*3 PM 
31 FVN31 *1/*1 EM *1/*2 IM *13/*10 IM *3/*3 PM 
32 FVN32 *1/*1 EM *1/*1 EM *5/*10 IM *1/*1 EM 
33 FVN33 *1/*1 EM *1/*2 IM *5/*36-*10 ND *1/*3 IM 
34 FVN34 *1/*1 EM *1/*1 EM *1/*5 IM *3/*3 PM 
35 FVN35 *1/*1 EM *1/*1 EM *1/*10 IM *1/*1 EM 
36 FVN36 *1/*1 EM *1/*2 IM *10/*36-*10 ND *3/*3 PM 
37 FVN37 *1/*1 EM *1/*1 EM *2/*10 ND *3/*3 PM 
38 FVN38 *1/*1 EM *1/*2 IM *36-*10/*36-*10 ND *1/*3 IM 
39 FVN39 *1/*3 IM *1/*1 EM *1/*36-*10 ND *3/*3 PM 
40 FVN40 *1/*1 EM *1/*1 EM *2/*10 ND *1/*3 IM 
41 FVN41 *1/*1 EM *1/*2 IM *10/*10 IM *1/*3 IM 
42 FVN42 *1/*1 EM *2/*2 PM *10/*10 IM *1/*1 EM 
43 FVN43 *1/*1 EM *1/*1 EM *4/*10 ND *3/*3 PM 
44 FVN44 *1/*1 EM *1/*1 EM *10/*10 IM *3/*3 PM 
45 FVN45 *1/*1 EM *2/*2 PM *10/*10 IM *1/*3 IM 
46 FVN46 *1/*1 EM *1/*1 EM *1/*1 EM *3/*3 PM 
47 FVN47 *1/*1 EM *1/*1 EM *2/*10 ND *1/*3 IM 
48 FVN48 *1/*1 EM *1/*1 EM *10/*10 IM *1/*3 IM 
49 FVN49 *1/*1 EM *1/*1 EM *1/*5 *1/*1 EM 
50 FVN50 *1/*1 EM *1/*1 EM *1/*10 IM *1/*3 IM 
51 FVN51 *1/*1 EM *1/*1 EM *1/*10 IM *1/*3 IM 
52 FVN52 *1/*1 EM *1/*1 EM *1/*10 IM *1/*1 EM 
53 FVN53 *1/*1 EM *1/*2 IM *1/*1 EM *1/*3 IM 
54 FVN54 *1/*1 EM *1/*1 EM *1/*10 IM *3/*3 PM 
55 FVN55 *1/*1 EM *1/*1 EM *1/*1 EM *3/*3 PM 
56 FVN56 *1/*1 EM *1/*1 EM *10/*10 IM *1/*3 IM 
57 FVN111 *1/*1 EM *2/*17 IM *1/*10 IM *1/*3 IM 
58 FVN112 *1/*1 EM *1/*2 IM *10/*10 IM *1/*3 IM 
59 FVN113 *1/*1 EM *1/*1 EM *10/*10 IM *1/*3 IM 
60 FVN114 *1/*1 EM *1/*1 EM *1/*2 EM *3/*3 PM 
61 MVN 01 *1/*1 EM *1/*1 EM *5/*10 IM *1/*3 IM 
62 MVN 03 *1/*1 EM *1/*1 EM *36-*10/*36-*10 ND *1/*3 IM 
63 MVN 04 *1/*1 EM *1/*1 EM *10/*10 IM *1/*3 IM 
64 MVN 05 *1/*1 EM *1/*1 EM *1/*10 IM *3/*3 PM 
65 MVN 06 *1/*1 EM *1/*2 IM *10/*65 IM *1/*3 IM 
66 MVN 7 *1/*1 EM *1/*1 EM *10/*10 IM *3/*3 PM 
67 MVN 8 *1/*1 EM *1/*2 IM *5/*10 IM *1/*1 EM 
68 MVN 9 *1/*1 EM *1/*2 IM *5/*10 IM *1/*3 IM 
69 MVN 10 *1/*1 EM *1/*1 EM *5/*10 IM *3/*3 PM 
70 MVN 11 *1/*1 EM *1/*1 EM *10/*36-*10 ND *1/*3 IM 
71 MVN 12 *1/*1 EM *1/*2 IM *10/*36-*10 ND *3/*3 PM 
72 MVN 13 *1/*1 EM *1/*1 EM *10/*10 IM *3/*3 PM 
73 MVN 14 *1/*1 EM *1/*1 EM *36-*10/*36-*10 ND *3/*3 PM 
74 MVN 15 *1/*1 EM *1/*2 IM *10/*36-*10 ND *1/*3 IM 
75 MVN 16 *1/*1 EM *1/*2 IM *1/*5 IM *3/*3 PM 
76 MVN 17 *1/*3 IM *1/*1 EM *5/*13-*2 ND *3/*3 PM 
77 MVN 18 *1/*1 EM *1/*1 EM *10/*67 ND *1/*3 IM 
78 MVN 19 *1/*1 EM *1/*2 IM *65/*36-*10 ND *3/*3 PM 
79 MVN 20 *1/*1 EM *1/*1 EM *5/*36-*10 ND *1/*3 IM 
80 MVN 21 *1/Del ND *1/*1 EM *36-*10/*36-*10 ND *3/*3 PM 
81 MVN 22 *1/*3 IM *1/*2 IM *1/*10 IM *1/*3 IM 
82 MVN 23 *1/Del ND *1/*1 EM *1/*2 EM *1/*3 IM 
83 MVN 24 *1/Del ND *1/*2 IM *10/*36-*10 ND *1/*3 IM 
84 MVN 25 *1/*1 EM *1/*1 EM *1/*1 EM *3/*3 PM 
85 MVN 26 *1/*1 EM *1/*1 EM *5/*36 PM *1/*3 IM 
86 MVN 27 *1/*1 EM *1/*1 EM *10/*10 IM *1/*1 EM 
87 MVN 28 *1/*1 EM *1/*2 IM *10/*65 IM *1/*3 IM 
88 MVN 29 *1/*1 EM *1/*1 EM *2/*10 ND *1/*3 IM 
89 MVN 30 *1/*1 EM *1/*2 IM *1/*10 IM *1/*3 IM 
90 MVN 31 *1/*3 IM *1/*2 IM *1/*5 IM *3/*3 PM 
91 MVN 32 *1/*1 EM *1/*2 IM *5/*13-*1 ND *1/*1 EM 
92 MVN 33 *1/*1 EM *1/*1 EM *5/*65 IM *1/*3 IM 
93 MVN 34 *1/*1 EM *1/*1 EM *2/*10 ND *1/*3 IM 
94 MVN 35 *1/*1 EM *2/*2 PM *1/*10 IM *3/*3 PM 
95 MVN 36 *1/*1 EM *2/*17 IM *10/*10 IM *3/*3 PM 
96 MVN 37 *1/*1 EM *1/*1 EM *10/*36-*10 ND *3/*3 PM 
97 MVN 39 *1/*1 EM *2/*3 PM *10/*36-*10 ND *1/*1 EM 
98 MVN 41 *1/*1 EM *1/*2 IM *1/*10 IM *3/*3 PM 
99 MVN 42 *1/*1 EM *1/*2 IM *1/*14 ND *3/*3 PM 
100 MVN 43 *1/*1 EM *1/*1 EM *10/*10 IM *3/*3 PM 
101 FVN75 - - - - *1/*10 IM - - 
102 FVN77 - - - - *2/*65 IM - - 
103 FVN78 - - - - *1/*10 IM - - 
104 FVN79 - - - - *1/*1 EM - - 
105 FVN80 - - - - *2/*65 IM - - 
106 FVN82 - - - - *10/*36-*10 ND - - 
107 FVN83 - - - - *1/*10 IM - - 
108 FVN84 - - - - *1/*10 IM - - 
109 FVN85 - - - - *10/*36-*10 ND - - 
110 FVN86 - - - - *4/*13-*1 ND - - 
111 FVN87 - - - - *5/*36-*36-*10 ND - - 
112 FVN89 - - - - *1/*10 IM - - 
113 FVN90 - - - - *2/*10 ND - - 
114 FVN91 - - - - *5/*13-*2 ND - - 
115 FVN92 - - - - *2/*5 ND - - 
116 FVN93 - - - - *10/*36-*10 ND - - 
117 FVN95 - - - - *13/*10 IM - - 
118 FVN96 - - - - *1/*2 EM - - 
119 FVN97 - - - - *10/*36-*10 ND - - 
120 FVN98 - - - - *10/*10 IM - - 
121 FVN99 - - - - *5/*36-*10 ND - - 
122 MVN 38 - - - - *10/*10 IM - - 
123 MVN 40 - - - - *10/*10 IM - - 
124 MVN 44 - - - - *10/*65 IM - - 
125 MVN 45 - - - - *10/*10 IM - - 
126 MVN 46 - - - - *1/*1 EM - - 
127 MVN 47 - - - - *10/*10 IM - - 
128 MVN 48 - - - - *1/*1 EM - - 
129 MVN 49 - - - - *2/*10 ND - - 
130 MVN 50 - - - - *10/*10 IM - - 
131 MVN 51 - - - - *1/*86 IM - - 
132 MVN 52 - - - - *1/*10 IM - - 
133 MVN 53 - - - - *10/*10 IM - - 
134 MVN 54 - - - - *10/*10 IM - - 
135 MVN 55 - - - - *36-*10/*36-*10 ND - - 
136 MVN 56 - - - - *10/*10 IM - - 
Chú thích: EM: Chuyển hóa thuốc bình thường 
 IM: Chuyển hóa thuốc trung bình 
 PM: Chuyển hóa thuốc yếu 
 ND: Chưa biết