Luận án Nghiên cứu đột biến, mức độ biểu hiện gen egfr và tình trạng methyl hóa một số gen liên quan trên bệnh nhân ung thư biểu mô tuyến tại phổi

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC 
VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM 
HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ 
----------------------------- 
NGUYỄN NGỌC QUANG 
NGHIÊN CỨU ĐỘT BIẾN, MỨC ĐỘ BIỂU HIỆN GEN EGFR 
VÀ TÌNH TRẠNG METHYL HÓA MỘT SỐ GEN LIÊN QUAN 
TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƢ BIỂU MÔ TUYẾN Ở PHỔI 
LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC 
Hà Nội – 2020
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC 
VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM 
HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ 
----------------------------- 
NGUYỄN NGỌC QUANG 
NGHIÊN CỨU ĐỘT BIẾN, MỨC ĐỘ BIỂU HIỆN GEN EGFR 
VÀ TÌNH TRẠNG METHYL HÓA MỘT SỐ GEN LIÊN QUAN 
TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƢ BIỂU MÔ TUYẾN Ở PHỔI 
Chuyên ngành: Công nghệ sinh học 
Mã số: 942 02 01 
LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC 
NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC: 
1. PGS. TS. Chu Hoàng Hà 
 2. TS. BS. Nguyễn Phi Hùng 
Hà Nội – 2020 
LỜI CAM ĐOAN 
Tôi xin cam đoan: 
Luận án là công trình nghiên cứu của tôi và một số kết quả cùng nghiên cứu, 
cộng tác với các nhà khoa học khác; 
Các số liệu và kết quả trình bày trong luận án là trung thực, một phần đã 
được công bố trên các tạp chí khoa học chuyên ngành cũng như các hội nghị trong 
nước và quốc tế với sự đồng ý và cho phép của đồng tác giả; những kết quả còn lại 
trong luận án chưa được tác giả nào công bố trong bất kỳ công trình nào khác. 
 Hà Nội, ngày tháng năm 2020 
 Nghiên cứu sinh 
 Nguyễn Ngọc Quang 
 Nguyễn Ngọc Quang 
LỜI CẢM ƠN 
Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới PGS. TS. Chu Hoàng Hà, Viện Công 
nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam đã hướng dẫn, chỉ 
bảo tận tình trong suốt quá trình tôi thực hiện luận án. Thầy không chỉ truyền thụ 
cho tôi nhiều kiến thức chuyên môn mà còn giúp tôi bồi đắp lòng say mê, sự nghiêm 
túc, tính cẩn thận trong nghiên cứu khoa học. Đó là nền tảng cho quá trình thực 
hiện luận án là hành trang giúp tôi tự tin vững bước trên con đường khoa học sau 
này. 
Trong thời gian học tập và nghiên cứu, tôi xin trân trọng cảm ơn TS. BS. 
Nguyễn Phi Hùng, Trung tâm Giải phẫu bệnh & Sinh học phân tử, Bệnh viện K. 
Thầy đã luôn hướng dẫn, động viên, dành cho tôi nhiều lời khuyên quý báu trong 
những lúc tôi gặp khó khăn. 
Tôi xin gửi lời cảm ơn đến PGS. TS. Tạ Văn Tờ, TS. Vương Diệu Linh và các 
đồng nghiệp thuộc Trung tâm Giải phẫu bệnh & Sinh học phân tử, Bệnh viện K đã 
tạo điều kiện thuận lợi cho tôi thực hiện tốt đề tài. 
Tôi xin chân thành cảm ơn Học viện Khoa học và Công nghệ, Viện Hàn lâm 
Khoa học và Công nghệ Việt Nam, Phòng thí nghiệm trọng điểm Công nghệ Gen, 
Viện Công Nghệ Sinh học đã luôn bên cạnh giúp đỡ và cổ vũ tôi trong suốt thời 
gian qua. 
Với tất cả lòng biết ơn, tôi xin dành cho bố mẹ, bạn bè đã luôn tin tưởng, 
thông cảm, động viên, tạo điều kiện và chia sẻ khó khăn trong thời gian qua, giúp 
tôi hoàn thành tốt luận án này. 
 Nghiên cứu sinh 
 Nguyễn Ngọc Quang 
 MỤC LỤC 
MỞ ĐẦU .................................................................................................................... 1 
CHƢƠNG 1. TỔNG QUAN ..................................................................................... 4 
1.1. Ung thư phổi......................................................................................................... 4 
1.1.1. Thực trạng ung thư phổi .................................................................................... 4 
1.1.2. Phân loại ung thư phổi ...................................................................................... 6 
1.1.3. Các giai đoạn ung thư phổi ............................................................................... 7 
1.2. Ung thư biểu mô tuyến của phổi .......................................................................... 9 
1.2.1 Đặc điểm ung thư biểu mô tuyến ....................................................................... 9 
1.2.2. Các phân típ mô bệnh học trong ung thư biểu mô tuyến ................................ 11 
1.3. Biến đổi gen EGFR trong ung thư phổi ............................................................. 13 
1.3.1. Cấu trúc và chức năng gen EGFR ................................................................... 13 
1.3.2. Đột biến gen EGFR trong ung thư phổi .......................................................... 15 
1.3.3. Biểu hiện protein EGFR trong ung thư phổi ................................................... 17 
1.4. Methyl hóa DNA trong ung thư phổi ................................................................. 17 
1.4.1. Methyl hóa DNA ............................................................................................. 17 
1.4.2. Methyl hóa các gen EGFR, BRCA1, MLH1, MGMT và RASSF1A trong 
ung thư phổi ...................................................................................................... 20 
1.5. Điều trị đích trong ung thư và ung thư phổi ....................................................... 29 
1.5.1. Điều trị đích trong ung thư .............................................................................. 29 
1.5.2. Điều trị đích trong ung thư phổi ...................................................................... 31 
1.6. Phương pháp phân tích biến đổi phân tử trong ung thư phổi ............................. 33 
1.6.1. Phương pháp phân tích đột biến gen trong ung thư phổi ................................ 33 
1.6.2. Phương pháp phân tích methyl hóa DNA trong ung thư phổi ........................ 35 
1.7. Nghiên cứu các dấu ấn phân tử trong ung thư phổi ở Việt Nam ....................... 37 
CHƢƠNG 2. VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP ................................................... 39 
2.1. Vật liệu ............................................................................................................... 39 
2.1.1. Mẫu nghiên cứu ............................................................................................... 39 
2.1.2. Hóa chất .......................................................................................................... 39 
2.2. Thiết bị chính ..................................................................................................... 42 
2.3. Phương pháp nghiên cứu .................................................................................... 43 
 2.3.1. Tách chiết DNA tổng số và xác định nồng độ DNA ...................................... 43 
2.3.2. Xử lý bisulfite với DNA tổng số ..................................................................... 44 
2.3.3. Phương pháp PCR ........................................................................................... 44 
2.3.4. Phương pháp điện di ....................................................................................... 47 
2.3.5. Phương pháp xác đinh đột biến gen EGFR ..................................................... 47 
2.3.6. Phương pháp nhuộm hóa mô miễn dịch ......................................................... 48 
2.3.7. Phương pháp tạo trình tự DNA methyl bằng enzyme M.sssI ......................... 49 
2.3.8. Xử lý kết quả bằng thống kê sinh học ............................................................. 50 
2.4. Sơ đồ nghiên cứu ................................................................................................ 50 
CHƢƠNG III. KẾT QUẢ ...................................................................................... 51 
3.1. Đặc điểm bệnh nhân nghiên cứu ........................................................................ 51 
3.2. Đột biến và biểu hiện gen EGFR ....................................................................... 52 
3.2.1 Đột biến gen EGFR và sự tương quan với đặc điểm bệnh nhân ...................... 52 
3.2.2. Biểu hiện protein EGFR và sự tương quan với đặc điểm bệnh nhân .............. 56 
3.3. Tình trạng methyl hóa một số gen liên quan đến ung thư biểu mô tuyến của 
phổi ................................................................................................................... 59 
3.3.1. Methyl hóa gen EGFR và sự tương quan với đặc điểm bệnh nhân ................ 59 
3.3.2. Methyl hóa gen BRCA1 và sự tương quan với đặc điểm bệnh nhân .............. 61 
3.3.3. Methyl hóa gen MGMT và sự tương quan với đặc điểm bệnh nhân ............... 63 
3.3.4. Methyl hóa gen MLH1 và sự tương quan đặc điểm bệnh nhân ...................... 65 
3.3.5. Methyl hóa gen RASSF1A và sự tương quan với đặc điểm bệnh nhân ........... 66 
3.4. Tương quan giữa đột biến và biểu hiện gen EGFR với sự methyl hóa một 
số gen liên quan đến ung thư tuyến của phổi ................................................... 68 
3.4.1. Tương quan giữa đột biến, biểu hiện và methyl hóa gen EGFR ..................... 68 
3.4.2. Tương quan giữa đột biến và biểu hiện gen EGFR với sự methyl hóa 
các gen BRCA1, MGMT, MLH1 và RASSF1A ................................................. 71 
3.4.3. Tương quan về tình trạng methyl giữa các gen liên quan đến ung thư biểu 
mô tuyến của phổi ............................................................................................ 74 
CHƢƠNG 4: BÀN LUẬN ...................................................................................... 76 
4.1. Đặc điểm phân tử gen EGFR ở bệnh nhân ung thư biểu mô tuyến của phổi..... 76 
4.1.1. Đột biến vùng hoạt hóa Tyrosine Kinase gen EGFR ...................................... 76 
 4.1.2. Biểu hiện quá mức của protein EGFR ............................................................ 78 
4.1.3. Methyl hóa vùng promoter EGFR .................................................................. 80 
4.1.4. Tương quan giữa các đặc điểm phân tử gen EGFR ........................................ 81 
4.2. Methyl hóa gen ức chế khối u BRCA1, MGMT, MLH1 và RASSF1A ở bệnh 
nhân ung thư biểu mô tuyến của phổi .............................................................. 83 
4.2.1. Methyl hóa vùng promoter gen BRCA1 .......................................................... 83 
4.2.2. Methyl hóa vùng promoter gen MGMT .......................................................... 84 
4.2.3. Methyl hóa vùng promoter gen MLH1 ........................................................... 86 
4.2.4. Methyl hóa vùng promoter gen RASSF1A ...................................................... 87 
4.3. Tương quan giữa những đặc điểm phân tử gen EGFR với sự methyl hóa 
BRCA1, MGMT, MLH1 và RASSF1A trong ung thư biểu mô tuyến của 
phổi ................................................................................................................... 88 
4.3.1. Đột biến EGFR với sự methyl hóa quá mức các gen ức chế khối u ............... 88 
4.3.2. Biểu hiện EGFR với sự methyl hóa các gen ức chế khối u ............................ 90 
4.3.3. Sự methyl hóa đồng thời của một số gen liên quan đến ung thư biểu mô 
tuyến của phổi................................................................................................... 91 
KẾT LUẬN .............................................................................................................. 94 
KIẾN NGHỊ ............................................................................................................. 95 
DANH MỤC CÔNG TRÌNH KHOA HỌC CỦA TÁC GIẢ LIÊN QUAN 
ĐẾN LUẬN ÁN TIẾN SĨ ............................................................................... 96 
TÀI LIỆU THAM KHẢO ...................................................................................... 97 
 DANH MỤC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT 
Tên viết tắt Tên đầy đủ 
A260 Độ hấp thụ ở bước sóng 260 nm 
AAH 
Atipical Adenomatous Hyperplasias (Tế bào phân chia quá mức 
không điển hình) 
ABL Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 gene 
ACS American Cancer Society (Hiệp hội ung thư Hoa Kỳ) 
AIS Adenocarcinoma in situ (Ung thư tại chỗ) 
ALK Anaplastic Lymphoma Kinase gene 
ALK-EML4, 
BCR-ABL 
Chuyển đoạn ALK-EML4, BCR-ABL 
APC Adenomatous polyposis of the colon gene 
BAC Bronchioloalveolar Carcinoma (Ung thư biểu mô tiểu phế nang) 
BCR Breakpoint Cluster Region gene 
BRCA1 Breast cancer susceptibility gene (Gen nhạy cảm với ung thư vú) 
BRAF v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B 
CD74 Cluster of Differentiation 74 gene 
CHFR Checkpoint With Forkhead And Ring Finger Domains 
CK5/6 Cytokeratin 5/6 protein 
CK7 Cytokeratin 7 protein 
COBRA 
Combined Bisulfite Restriction Analysis (Phân tích kết hợp 
Bisulfite và cắt giới hạn) 
cs. Cộng sự 
DAB 3, 3 –diaminobenzidine 
DAPK Death‐associated protein kinase 
DNA Acid deoxyribonucleic 
DNMTs DNA methyltransferase (Enzyme methyl hóa DNA) 
 dNTP Deoxynucleotide triphosphate 
EDTA Ethylene diamine tetraacetic acid 
EGFR Epidermal growth factor receptor (Yếu tố phát triển biểu mô) 
ER Estrogen receptor (thụ thể estrogen) 
FDA 
Food and Drug Administration (Hiệp hội thực phẩm và thuốc 
Hoa Kỳ) 
FFPE Formalin fixed paraffin embedded 
FISH Fluorescence In Situ Hybridization (Lai tại chỗ huỳnh quang) 
GTP Guanosine triphosphate 
GDP Guanosine diphosphate 
GSTP1 Glutathione S-transferase Pi 1 gene 
H&E Hematoxylin & Eosin 
HDACs Histone deacetylase 
HRM High Resolution Melting (Độ phân giải cao nhiệt độ nóng chảy) 
HPR Horseradish Peroxidase 
IARC 
International Agency for Research on cancer (Tổ chức nghiên 
cứu ung thư thế giới) 
IHC Immunohistochemistry (Hóa mô miễn dịch) 
MAPK Mitogen-activated protein kinase 
MDR Multidrug resistance gene 
MEK 
(MAP2K1) 
Mitogen-Activated Protein Kinase Kinase 1 
MET Mesenchymal-epithelial transition factor 
MIA Minimally Invasive Adenocarcinoma 
MGMT O-6-methylguanine-DNA methyltransferase gene 
MLH1 MutL homolog 1 gene 
MsssI CpG methyltransferase 
MS-PCR Methylation Specific PCR (PCR đặc hiệu methyl) 
 MYC Myelocytomatosis genes 
NGS Next Generation Sequencing (Giải trình tự thế hệ mới) 
NSCLC Non-small cell lung cancer (Ung thư phổi không tế bào nhỏ) 
PI3K Phosphoinositide 3-kinases 
PTEN Phosphatase and tensin homologue 
PR Progesterone Receptor (Thụ thể progesterone) 
RASSF1A Ras association domain family 1A gene 
RARP2 The retinoic acid receptor P gene 
Ras Rat sarcoma 
RB2 Retinoblastoma-like protein 2 
RET Rearranged during transfection 
ROS1 c-ros oncogene 1gene 
SAM S-adenosylmethionine 
SCLC Small cell lung cancer (Ung thư phổi tế bào nhỏ) 
SDC4 Syndecan 4 gene 
SLC34A2 Solute Carrier Family 34 Member 2 gene 
SNP Single Nucleotide Polymorphism (Sự đa hình nucleotide) 
SSCP 
Single-strand conformation polymorphism (đa hình cấu trúc sợi 
đơn) 
TAE Tris-acetate-EDTA 
TBE Tris-borate-EDTA 
TEMED N,N,N′,N′-Tetramethylethylenediamine 
TKIs Tyrosine Kinase Inhibitors (Các chất ức chế Tyrosine Kinase) 
TIMP3 Tissue Inhibitor of Metalloproteinases 3 gene 
TTF-1 Transcription Termination Factor 1 (Yếu tố kết thúc phiên mã 1) 
WHO World Heath Organization (Tổ chức Y tế thế giới) 
WNT Wingless genes 
YAP Yes-associated protein 
 DANH MỤC CÁC HÌNH 
Hình 1.1 Tỷ lệ mắc và tử vong của một số loại ung thư phổ biến trên 
thế giới 5 
Hình 1.2 Số ca mắc ung thư mới tại Việt Nam năm 2018 5 
Hình  ... 
60 62660 S60 Acinar Di căn 4 Có 
61 33892 S61 Papilary Nguyên phát 4 Có 
62 5821 S62 Acinar Nguyên phát 4 Không 
63 42536 S63 Acinar Di căn 4 Không 
64 5290 S64 Papilary Nguyên phát 3A Có 
 65 22624 S65 Solid Nguyên phát 2B Không 
66 44004 S66 Solid Nguyên phát 3A Có 
67 42705 S67 Acinar Nguyên phát 3B Không 
68 32862 S68 Solid Nguyên phát 3A Không 
69 42850 S69 Acinar Nguyên phát 3A Có 
70 90391 S70 Solid Nguyên phát 3B Không 
71 57965 S71 Solid Nguyên phát 4 Có 
72 66349 S72 Solid Nguyên phát 4 Có 
73 44507 S73 Acinar Nguyên phát 3B Có 
74 14090 S74 Solid Nguyên phát 4 Có 
75 M828 S75 Papilary Nguyên phát 3A Có 
76 33960 S76 Acinar Di căn 4 Có 
77 10808 S77 Papilary Nguyên phát 2A Có 
78 42516 S78 Acinar Di căn 4 Không 
79 38272 S79 Solid Nguyên phát 4 Có 
80 44006 S80 Acinar Nguyên phát 3A Có 
81 45150 S81 Acinar Nguyên phát 4 Có 
82 44748 S82 Acinar Nguyên phát 3A Không 
83 39062 S83 Acinar Nguyên phát 4 Có 
84 93133 S84 Solid Nguyên phát 2B Có 
85 44874 S85 Acinar Nguyên phát 3B Không 
86 49313 S86 Acinar Nguyên phát 3B Không 
87 45407 S87 Solid Di căn 4 Không 
88 10087 S88 Papilary Nguyên phát 4 Có 
89 89195 S89 Solid Nguyên phát 3A Không 
90 45282 S90 Acinar Di căn 4 Không 
91 43942 S91 Acinar Nguyên phát 3B Không 
92 52957 S92 Acinar Nguyên phát 3A Không 
93 10793 S93 Acinar Nguyên phát 2B Có 
94 12395 S94 Solid Nguyên phát 3B Không 
95 12905 S95 Acinar Nguyên phát 2B Không 
96 41967 S96 Acinar Nguyên phát 3B Có 
97 52178 S97 Solid Nguyên phát 4 Có 
98 44771 S98 Acinar Di căn 4 Không 
 99 44144 S99 Solid Nguyên phát 3B Có 
100 46210 S100 Acinar Nguyên phát 4 Có 
101 46628 S101 Acinar Di căn 4 có 
102 45998 S102 Solid Di căn 4 Có 
103 47046 S103 Acinar Di căn 4 Có 
104 38325 S104 Solid Di căn 4 Có 
105 43861 S105 Solid Nguyên phát 3A Có 
106 94807 S106 Papilary Nguyên phát 4 Không 
107 46146 S107 Solid Nguyên phát 3B Có 
108 57240 S108 Acinar Nguyên phát 4 Không 
109 68116 S109 Solid Nguyên phát 4 Không 
110 32619 S110 Acinar Nguyên phát 3A Không 
111 94607 S111 Acinar Di căn 4 Có 
112 47562 S112 Solid Di căn 4 Có 
113 45312 S113 Acinar Nguyên phát 3B Có 
114 62319 S114 Acinar Di căn 4 Không 
115 95421 S115 Papilary Nguyên phát 4 Có 
116 59222 S116 Acinar Di căn 4 Có 
117 45392 S117 Acinar Nguyên phát 3A Không 
118 52412 S118 Acinar Nguyên phát 3B Có 
119 67142 S119 Solid Nguyên phát 3A Không 
120 37039 S120 Solid Nguyên phát 3B Có 
121 99551 S121 Solid Nguyên phát 4 Có 
122 56484 S122 Solid Nguyên phát 4 Có 
123 99696 S123 Solid Di căn 4 Không 
124 56128 S124 Papilary Di căn 4 Không 
125 56309 S125 Solid Nguyên phát 3A có 
126 55923 S126 Acinar Nguyên phát 3B Không 
127 59068 S127 Acinar Nguyên phát 3A Có 
128 30471 S128 Solid Nguyên phát 3B Không 
129 43248 S129 Acinar Nguyên phát 4 Không 
130 43860 S130 Papilary Nguyên phát 4 Có 
131 59993 S131 Acinar Nguyên phát 3A Không 
132 41418 S132 Acinar Nguyên phát 3A Có 
 133 45528 S133 Solid Nguyên phát 4 Có 
134 59050 S134 Acinar Nguyên phát 3A Có 
135 43573 S135 Papilary Nguyên phát 4 Có 
136 62996 S136 Micro-Papillary Nguyên phát 4 Có 
137 39885 S137 Solid Nguyên phát 3B Có 
138 22053 S138 Acinar Nguyên phát 4 Không 
139 49473 S139 Acinar Di căn 4 Không 
 PHỤ LỤC 2: Kết quả nồng độ DNA, đột biến, methyl hóa và biểu hiện EGFR 
STT 
Số 
GPB 
Ký 
hiệu 
Nồng độ 
DNA (ng/µl) 
Đột biến 
EGFR 
Methyl hóa 
EGFR 
Biểu hiện 
EGFR 
1 22724 S1 190,5 Wildtype - Âm tính 
2 30706 S2 262,4 Wildtype - 2+ 
3 38917 S3 220,4 L858R + 2+ 
4 34221 S4 196,8 Wildtype - 2+ 
5 52455 S5 107,6 Wildtype - 2+ 
6 38814 S6 238,9 Del - 3+ 
7 36505 S7 90,59 Wildtype - 3+ 
8 38663 S8 175,2 L858R + Âm tính 
9 62635 S9 141,0 Wildtype - 3+ 
10 24617 S10 137,4 Wildtype - 2+ 
11 3634 S11 101,8 Wildtype - 2+ 
12 17030 S12 207,4 Wildtype - Âm tính 
13 30270 S13 271,9 T790 - 1+ 
14 7821 S14 186,8 G719X, L861Q + Âm tính 
15 445 S15 265,3 Wildtype + Âm tính 
16 36391 S16 306,4 Wildtype - 2+ 
17 33066 S17 212,7 Wildtype - 3+ 
18 36868 S18 318,5 Wildtype + 1+ 
19 31542 S19 304,3 L858R + 2+ 
20 29023 S20 284,2 Wildtype - Âm tính 
21 27189 S21 273,3 T790M+Del - 1+ 
22 38698 S22 211,8 S768I - Âm tính 
23 37451 S23 90,76 Wildtype - 2+ 
24 64484 S24 106,3 Wildtype - 2+ 
25 61609 S25 138,0 Wildtype + Âm tính 
26 43883 S26 140,1 L858R - 2+ 
27 58838 S27 216,0 Wildtype - 2+ 
28 34385 S28 167,4 G719X - 1+ 
29 17026 S29 127,0 Wildtype - 3+ 
30 30550 S30 350,9 Wildtype - 2+ 
31 72498 S31 128,8 Del - 3+ 
 32 32540 S32 205,8 Wildtype - 2+ 
33 39886 S33 25,59 Del - 3+ 
34 64146 S34 196,0 Wildtype + 2+ 
35 40828 S35 25,46 Del - 2+ 
36 39305 S36 34,44 Del - 2+ 
37 32926 S37 147,0 G719X, S768I - 1+ 
38 41294 S38 386 Wildtype - 3+ 
39 64249 S39 194,1 Wildtype - 3+ 
40 R1097 S40 105,1 L858R - 2+ 
41 63959 S41 206,0 Wildtype - 2+ 
42 61036 S42 344,9 Wildtype + Âm tính 
43 41240 S43 108,2 L858R - 2+ 
44 29311 S44 163,3 Wildtype - 2+ 
45 5999 S45 174,3 Wildtype + 1+ 
46 33351 S46 170,1 Wildtype - 1+ 
47 3163 S47 53,89 G719X, L858R - 2+ 
48 63005 S48 120,2 Wildtype + Âm tính 
49 32040 S49 25,90 Del + 1+ 
50 41730 S50 180,0 L858R - 3+ 
51 1525 S51 301,7 Wildtype - 2+ 
52 57820 S52 237,8 Del + 2+ 
53 47854 S53 242,2 Wildtype - 2+ 
54 33244 S54 241,4 L858R - 2+ 
55 DA394 S55 62,38 G719X, S768I - 3+ 
56 42712 S56 229,0 Del - Âm tính 
57 39816 S57 158,9 Wildtype - 1+ 
58 40539 S58 202,8 Wildtype - 3+ 
59 32335 S59 138,9 Wildtype - 2+ 
60 62660 S60 285,8 Wildtype - 2+ 
61 33892 S61 196,9 Wildtype + 1+ 
62 5821 S62 145,7 Wildtype - 1+ 
63 42536 S63 120,4 L858R - 2+ 
64 5290 S64 164,9 Wildtype - 1+ 
65 22624 S65 112,4 L858R - Âm tính 
 66 44004 S66 23,48 Wildtype + 1+ 
67 42705 S67 79,31 Wildtype - 1+ 
68 32862 S68 205,0 Wildtype - Âm tính 
69 42850 S69 875,7 Wildtype - 1+ 
70 90391 S70 103,2 Wildtype - 2+ 
71 57965 S71 467,1 Wildtype + Âm tính 
72 66349 S72 457,6 Wildtype + 1+ 
73 44507 S73 39,37 Wildtype - 2+ 
74 14090 S74 96,51 Wildtype + Âm tính 
75 M828 S75 134,3 Wildtype - 2+ 
76 33960 S76 389,4 Wildtype - 1+ 
77 10808 S77 420,2 Wildtype - 1+ 
78 42516 S78 181,3 Wildtype - 1+ 
79 38272 S79 127,4 Wildtype - 2+ 
80 44006 S80 68,11 Wildtype - 3+ 
81 45150 S81 187,8 Wildtype - 2+ 
82 44748 S82 161,1 Del, L858R + 3+ 
83 39062 S83 94,72 L858R + Âm tính 
84 93133 S84 124,8 L861Q - 3+ 
85 44874 S85 287,4 Wildtype - Âm tính 
86 49313 S86 34,43 Wildtype - 2+ 
87 45407 S87 142,0 Wildtype + 1+ 
88 10087 S88 264,1 Wildtype - 2+ 
89 89195 S89 177,5 L858R - 2+ 
90 45282 S90 284,6 Wildtype - 1+ 
91 43942 S91 50,66 Del + 2+ 
92 52957 S92 235,1 Wildtype + 2+ 
93 10793 S93 157,0 Wildtype - 2+ 
94 12395 S94 961,0 Wildtype - 2+ 
95 12905 S95 1172,5 Del - 3+ 
96 41967 S96 29,91 Wildtype - Âm tính 
97 52178 S97 273,9 Wildtype - 1+ 
98 44771 S98 22,74 Del - 2+ 
99 44144 S99 72,25 Del + 1+ 
 100 46210 S100 408,3 Wildtype + 3+ 
101 46628 S101 183,9 Del - 2+ 
102 45998 S102 421,3 Wildtype - Âm tính 
103 47046 S103 124,0 Del + 2+ 
104 38325 S104 346,5 Ins - Âm tính 
105 43861 S105 72,75 Wildtype - 2+ 
106 94807 S106 92,14 L858R - 2+ 
107 46146 S107 95,68 Wildtype - Âm tính 
108 57240 S108 224,8 Del - 2+ 
109 68116 S109 293,8 Wildtype - 2+ 
110 32619 S110 43,62 L858R - 2+ 
111 94607 S111 257,8 Del + 1+ 
112 47562 S112 116,9 Wildtype + Âm tính 
113 45312 S113 188,9 Wildtype + 2+ 
114 62319 S114 189,6 Wildtype - 2+ 
115 95421 S115 132,2 Wildtype - 2+ 
116 59222 S116 807,3 Wildtype - 2+ 
117 45392 S117 96,04 Wildtype - 3+ 
118 52412 S118 679,7 Wildtype - Âm tính 
119 67142 S119 102,1 Wildtype - 2+ 
120 37039 S120 114,2 Wildtype - 2+ 
121 99551 S121 411,4 Wildtype - 2+ 
122 56484 S122 324,3 Wildtype + 2+ 
123 99696 S123 114,8 Wildtype - Âm tính 
124 56128 S124 306,4 L858R + Âm tính 
125 56309 S125 176,3 Wildtype - 2+ 
126 55923 S126 152,0 Del - 1+ 
127 59068 S127 58,18 Wildtype - 3+ 
128 30471 S128 380,5 T790M + Âm tính 
129 43248 S129 184,8 L858R - Âm tính 
130 43860 S130 39,06 Wildtype - 2+ 
131 59993 S131 32,76 L858R + 2+ 
132 41418 S132 200,8 Wildtype - Âm tính 
133 45528 S133 172,6 Wildtype - Âm tính 
 134 59050 S134 117,5 Wildtype - 2+ 
135 43573 S135 177,8 Wildtype - Âm tính 
136 62996 S136 195,8 Del - Âm tính 
137 39885 S137 264,8 Wildtype - 3+ 
138 22053 S138 125,6 Del - 2+ 
139 49473 S139 208,5 Del - Âm tính 
 PHỤ LỤC 3: Kết quả methyl hóa gen BRCA1, MGMT, MLH1 và RASSF1A 
STT Số GPB 
Ký 
hiệu 
Methyl hóa 
gen BRCA1 
Methyl hóa 
gen MGMT 
Methyl hóa 
gen MLH1 
Methyl hóa 
gen RASSF1A 
1 22724 S1 - - - - 
2 30706 S2 - - - + 
3 38917 S3 - - - - 
4 34221 S4 - - - - 
5 52455 S5 - + - - 
6 38814 S6 - + - + 
7 36505 S7 - + - + 
8 38663 S8 + - - - 
9 62635 S9 - - - - 
10 24617 S10 - - - - 
11 3634 S11 - - + + 
12 17030 S12 - - - + 
13 30270 S13 - + - - 
14 7821 S14 - - - - 
15 445 S15 + + + + 
16 36391 S16 - + + + 
17 33066 S17 - - + + 
18 36868 S18 + + + + 
19 31542 S19 - + - - 
20 29023 S20 - + + - 
21 27189 S21 - + - - 
22 38698 S22 - - + - 
23 37451 S23 - - - - 
24 64484 S24 - - - - 
25 61609 S25 - - - - 
26 43883 S26 - - - - 
27 58838 S27 - - - - 
28 34385 S28 + - + + 
29 17026 S29 + - - - 
30 30550 S30 - - - - 
31 72498 S31 + - - - 
 32 32540 S32 + - - - 
33 39886 S33 - - - - 
34 64146 S34 - - - - 
35 40828 S35 + - - + 
36 39305 S36 - - - - 
37 32926 S37 - - - - 
38 41294 S38 - + - - 
39 64249 S39 - + - - 
40 R1097 S40 - - - - 
41 63959 S41 + - - + 
42 61036 S42 + + - - 
43 41240 S43 - - - + 
44 29311 S44 - + - - 
45 5999 S45 - + - + 
46 33351 S46 + + - - 
47 3163 S47 + - - - 
48 63005 S48 + + - + 
49 32040 S49 - - - - 
50 41730 S50 - - - - 
51 1525 S51 + - - + 
52 57820 S52 - + + - 
53 47854 S53 + - - - 
54 33244 S54 + - - - 
55 DA394 S55 - - - - 
56 42712 S56 + - - - 
57 39816 S57 + - - + 
58 40539 S58 + - - + 
59 32335 S59 - + - + 
60 62660 S60 + - + + 
61 33892 S61 + - + + 
62 5821 S62 - - + - 
63 42536 S63 - - - - 
64 5290 S64 - - - + 
65 22624 S65 + - - + 
 66 44004 S66 + - - - 
67 42705 S67 - + - - 
68 32862 S68 + + - - 
69 42850 S69 + + + + 
70 90391 S70 + + + + 
71 57965 S71 - - - + 
72 66349 S72 - - + + 
73 44507 S73 + + - + 
74 14090 S74 - + + + 
75 M828 S75 - - - - 
76 33960 S76 + - - - 
77 10808 S77 + + - + 
78 42516 S78 - - - - 
79 38272 S79 + - - + 
80 44006 S80 + + - - 
81 45150 S81 + + + + 
82 44748 S82 - - - - 
83 39062 S83 - + - - 
84 93133 S84 - - - - 
85 44874 S85 - - - - 
86 49313 S86 - - - - 
87 45407 S87 + - - + 
88 10087 S88 - + - - 
89 89195 S89 - - - - 
90 45282 S90 + - + - 
91 43942 S91 - - + + 
92 52957 S92 - - + - 
93 10793 S93 - + + + 
94 12395 S94 - - - - 
95 12905 S95 - - - - 
96 41967 S96 - + - - 
97 52178 S97 + - - + 
98 44771 S98 - + - - 
99 44144 S99 - - - - 
 100 46210 S100 - - - - 
101 46628 S101 - + - - 
102 45998 S102 - + + + 
103 47046 S103 - + + - 
104 38325 S104 - - + - 
105 43861 S105 - - - - 
106 94807 S106 - - + - 
107 46146 S107 - - + - 
108 57240 S108 - - + + 
109 68116 S109 - - - - 
110 32619 S110 - - - - 
111 94607 S111 - - - - 
112 47562 S112 + - - - 
113 45312 S113 - + - - 
114 62319 S114 - + - - 
115 95421 S115 - - - + 
116 59222 S116 - - - - 
117 45392 S117 - - - - 
118 52412 S118 - + - - 
119 67142 S119 - - - - 
120 37039 S120 + - - - 
121 99551 S121 - + - - 
122 56484 S122 + + + - 
123 99696 S123 + + - + 
124 56128 S124 + - - - 
125 56309 S125 - + - - 
126 55923 S126 - + - - 
127 59068 S127 - - - - 
128 30471 S128 - - - - 
129 43248 S129 - - - - 
130 43860 S130 - - - - 
131 59993 S131 - + - - 
132 41418 S132 + + - - 
133 45528 S133 - - - + 
 134 59050 S134 - - - - 
135 43573 S135 - - - - 
136 62996 S136 - - - - 
137 39885 S137 - - - - 
138 22053 S138 - - - - 
139 49473 S139 - - - - 
140 38917-2 S140 - - - - 
141 34221-2 S141 - - - - 
142 38698-2 S142 - - - - 
143 32540-2 S143 - - - - 
144 39816-2 S144 - - - - 
145 Máu S145 - - - - 
 PHỤ LỤC 4: 
 29 đột biến có thể đƣợc phát hiện bằng bộ kit Therascreen EGFR RGQ PCR 
Đột biến Exon Vị trí thay đổi COSMIC ID 
T790M 20 2369C>T 6240 
L858R 21 2573T>G 6224 
L861Q 21 2582T>A 6213 
S768I 20 2303G>T 6241 
G719A 18 2156G>C 6239 
G719S 18 2155G>A 6252 
G719C 18 2155G>T 6253 
Thêm đoạn 
20 
2307_2308ins9 12376 
2319_2320insCAC 12377 
2310_2311insGGT 12378 
Mất đoạn 
19 
2237_2255>T (complex) 12384 
2236_2250del15 6225 
2238_2255del18 6220 
2238_2248>GC (complex) 12422 
2238_2252>GCA (complex) 12419 
2239_2247del9 6218 
2239_2253del15 6254 
2239_2256del18 6255 
2239_2248TTAAGAGAAG>C (complex) 12382 
2239_2258>CA (complex) 12387 
2240_2251del12 6210 
2240_2257del18 12370 
2240_2254del15 12369 
2239_2251>C (complex) 12383 
 PHỤ LỤC 5: Kết quả giải trình tự 
Phụ lục 5.1: Trình tự promoter gen EGFR methyl hóa 
Hình 5.1. Trình tự vùng promoter gen EGFR methyl 
 Phụ lục 5.2. Trình tự promoter gen EGFR không methyl hóa 
Hình 5.2. Trình tự vùng promoter gen EGFR không methyl 
 PHỤ LỤC 6: Một số kết quả điện di sản phẩm MS-PCR 
Phụ lục 6.1: Một số kết quả điện di sản phẩm MS-PCR gen EGFR 
Hình 6.1. Kết quả điện di sản phẩm MS-PCR phát hiện methyl hóa gen EGFR. 
S: Các mẫu bệnh phẩm ung thư biểu mô tuyến của phổi, L: Thang chuẩn DNA 
100bp (Fermentas), M: Sản phẩm EGFR methyl hóa (158 bp), U: Sản phẩm EGFR 
không methyl hóa (150 bp), NTC: Đối chứng âm, 
Phụ lục 6.2: Một số kết quả điện di sản phẩm MS-PCR gen BRCA1 
Hình 6.2. Kết quả điện di sản phẩm MS-PCR phát hiện methyl hóa gen BRCA1. 
S: Các mẫu bệnh phẩm ung thư biểu mô tuyến của phổi, L: Thang chuẩn DNA 100 
bp (Fermentas), M: Sản phẩm BRCA1 methyl (70 bp), U: Sản phẩm BRCA1 không 
methyl (77 bp), NTC: Đối chứng âm, 
 Phụ lục 6.3: Một số kết quả điện di sản phẩm MS-PCR gen MGMT 
Hình 6.3. Kết quả điện di sản phẩm MS-PCR phát hiện methyl hóa gen MGMT. 
S: Các mẫu bệnh phẩm ung thư biểu mô tuyến của phổi, L: Thang chuẩn DNA 100 
bp (Fermentas), M: Sản phẩm MGMT methyl (81 bp), U: Sản phẩm MGMT không 
methyl (93 bp), NTC: Đối chứng âm, 
Phụ lục 6.4: Một số kết quả điện di sản phẩm MS-PCR gen MLH1 
Hình 6.4. Kết quả điện di sản phẩm MS-PCR phát hiện methyl hóa MLH1. 
 S: Các mẫu bệnh phẩm ung thư biểu mô tuyến của phổi, L: Thang chuẩn DNA 100 
bp (Fermentas), M: Sản phẩm MLH1 methyl (303 bp), U: Sản phẩm MLH1 không 
methyl (301 bp), NTC: Đối chứng âm, 
 Phụ lục 6.5: Một số kết quả điện di sản phẩm MS-PCR gen RASSF1A 
Hình 6.5. Kết quả điện di sản phẩm MS-PCR phát hiện methyl hóa gen RASSF1A, 
S: Các mẫu bệnh phẩm ung thư biểu mô tuyến của phổi, L: thang chuẩn DNA 
100bp (Fermentas), M: Sản phẩm RASSSF1A methyl (175 bp), U: Sản phẩm 
RASSF1A không methyl (137 bp), NTC: Đối chứng âm 
 PHỤ LỤC 7: Kết quả hóa mô miễn dịch 
S8 S12 S14 
S13 S18 S21 
S1 S2 S3 
S6 S7 S29 
S42 S48 S56 
S37 S45 S46 
S51 S52 S53 
S39 S55 S58 
Hình 7.1. Kết quả hóa mô miễn dịch, 
S: Các mẫu bệnh phẩm ung thư biểu mô tuyến của phổi độ phóng đại 200X