Luận án Nghiên cứu tỷ lệ biểu lộ và đột biến gen lmp1 của virus epstein - Barr và hla trên bệnh nhân ung thư vòm mũi họng tại thành phố Cần Thơ
Ung thư vòm mũi họng (UTVMH - NPC: Nasopharyngeal Carcinoma)
là khối u ác tính xuất phát chủ yếu từ lớp tế bào biểu mô phủ vòm mũi họng với
các mức độ biệt hóa khác nhau. Đây là một trong mười loại ung thư hàng đầu
và cũng là ung thư thường gặp nhất trong các loại ung thư vùng đầu mặt cổ ở
Việt Nam. Bệnh UTVMH thường được chẩn đoán muộn vì nhiều lý do và dẫn
đến kết quả điều trị kém đi và làm tỷ lệ tử vong tăng cao. Các nghiên cứu trước cho
thấy, trong các yếu tố sinh bệnh chính, nhiễm virus Epstein-Barr (EBV) được
xem là yếu tố quyết định trong bệnh sinh học của UTVMH nên được quan tâm
nghiên cứu nhiều nhất, đặc biệt là gen Latent Membrane Protein 1 (LMP1) EBV
được tìm thấy trong hầu hết các mô sinh thiết vòm mũi họng của bệnh nhân
UTVMH. Kiểu đột biến mất đoạn 30 bp LMP1 EBV có liên quan chặt chẽ cho
sự phát triển khối u ác tính tại biểu mô vòm mũi họng ở các bệnh nhân (BN) có
nhiễm EBV. Bên cạnh đó, do đặc điểm bệnh sinh học của UTVMH còn liên
quan đến yếu tố cơ địa gen Human Leukocyte Antigen (HLA) nhạy cảm với
UTVMH và điều này đã làm nên đặc tính khác nhau về tỷ lệ bệnh giữa các vùng
miền. Mục tiêu nghiên cứu nhằm xác định tỷ lệ hiện diện và đột biến gen LMP1
EBV ở mẫu mô sinh thiết của BN UTVMH và xác định tần suất phổ biến của
các alen HLA trên các BN nghiên cứu. Thiết kế nghiên cứu mô tả cắt ngang trên
108 mẫu mô sinh thiết vòm của BN đã được chẩn đoán xác định là UTVMH tại
Bệnh viện Ung bướu Cần Thơ. Nghiên cứu thực hiện kỹ thuật PCR cổ điển với
cặp mồi đặc hiệu LMP1 (168373-168174) và kỹ thuật giải trình tự gen LMP1
để phát hiện sự hiện diện gen LMP1 và kiểu đột biến gen LMP1
Tóm tắt nội dung tài liệu: Luận án Nghiên cứu tỷ lệ biểu lộ và đột biến gen lmp1 của virus epstein - Barr và hla trên bệnh nhân ung thư vòm mũi họng tại thành phố Cần Thơ
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ ................... TRỊNH THỊ HỒNG CỦA NGHIÊN CỨU TỶ LỆ BIỂU LỘ VÀ ĐỘT BIẾN GEN LMP1 CỦA VIRUS EPSTEIN-BARR VÀ HLA TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƯ VÒM MŨI HỌNG TẠI THÀNH PHỐ CẦN THƠ LUẬN ÁN TIẾN SĨ Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã ngành: 62 42 02 01 Cần Thơ - 2020 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ ................... TRỊNH THỊ HỒNG CỦA NGHIÊN CỨU TỶ LỆ BIỂU LỘ VÀ ĐỘT BIẾN GEN LMP1 CỦA VIRUS EPSTEIN-BARR VÀ HLA TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƯ VÒM MŨI HỌNG TẠI THÀNH PHỐ CẦN THƠ LUẬN ÁN TIẾN SĨ Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã ngành: 62 42 02 01 CÁN BỘ HƯỚNG DẪN PGs.Ts. Trần Ngọc Dung Gs.TSKH. Phan Thị Phi Phi Cần Thơ - 2020 i TRANG XÁC NHẬN CỦA NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC Luận án “Nghiên cứu tỷ lệ biểu lộ và đột biến gen LMP1 của Virus Epstein- Barr và HLA trên bệnh nhân ung thư vòm mũi họng tại Thành phố Cần Thơ” do nghiên cứu sinh Trịnh Thị Hồng Của thực hiện dưới sự hướng dẫn của PGs.Ts.Trần Ngọc Dung và Gs.TSKH.Phan Thị Phi Phi. Người hướng dẫn khoa học Tác giả luận án PGs.Ts.Trần Ngọc Dung Trịnh Thị Hồng Của ii LỜI CẢM TẠ Xin chân thành cám ơn cô PGs.Ts.Trần Ngọc Dung (hướng dẫn chính) và cô Gs.TSKH.Phan Thị Phi Phi (hướng dẫn phụ) đã tận tình hướng dẫn tôi từng bước trong phương pháp nghiên cứu khoa học, giúp tôi hiểu rõ hơn về bệnh học ung thư vòm mũi họng, cũng như luôn động viên và cho tôi lời khuyên khi gặp khó khăn trong các giai đoạn nghiên cứu của luận án này. Xin chân thành cám ơn Ban Giám Hiệu Trường Đại học Cần Thơ, Ban Giám Hiệu Trường Đại học Y Dược Cần Thơ, Khoa sau đại học Trường Đại học Cần Thơ, Ban lãnh đạo Viện Nghiên cứu & Phát triển Công nghệ sinh học, Ban Giám Đốc, lãnh đạo các Khoa (Khoa khám chữa bệnh, Khoa nội soi, Khoa ngoại tổng hợp 1, Khoa xạ trị, Khoa Giải phẫu bệnh) và các Bác sĩ đồng nghiệp, các điều dưỡng tại các Khoa, các Phòng ban của Bệnh viện Ung bướu Cần Thơ đã tạo điều kiện thuận lợi cho tôi trong thực hiện các thủ tục, thu nhận mẫu bệnh phẩm nghiên cứu. Xin gửi lòng biết ơn sâu sắc đến 108 bệnh nhân mắc bệnh ung thư vòm mũi họng đã sẵn lòng cung cấp thông tin cá nhân, bệnh tật của mình để tôi có thể hoàn thành quyển luận án. Tôi xin tri ân người bệnh và đây cũng là người thầy giúp đỡ tôi trong quá trình tiếp cận với tri thức Y khoa. Xin cám ơn gia đình, các thầy/cô ở Viện Nghiên cứu & Phát triển Công nghệ sinh học, các thầy/cô ở Bộ môn Sinh lý bệnh - Miễn dịch, Trường Đại học Y Dược Cần Thơ, đã động viên, hỗ trợ trong nghiên cứu, trong công tác và cả trong cuộc sống để tôi có thời gian hoàn thành được chương trình đào tạo. Một lần nữa, tôi xin chân thành cám ơn. Trịnh Thị Hồng Của iii TÓM TẮT Ung thư vòm mũi họng (UTVMH - NPC: Nasopharyngeal Carcinoma) là khối u ác tính xuất phát chủ yếu từ lớp tế bào biểu mô phủ vòm mũi họng với các mức độ biệt hóa khác nhau. Đây là một trong mười loại ung thư hàng đầu và cũng là ung thư thường gặp nhất trong các loại ung thư vùng đầu mặt cổ ở Việt Nam. Bệnh UTVMH thường được chẩn đoán muộn vì nhiều lý do và dẫn đến kết quả điều trị kém đi và làm tỷ lệ tử vong tăng cao. Các nghiên cứu trước cho thấy, trong các yếu tố sinh bệnh chính, nhiễm virus Epstein-Barr (EBV) được xem là yếu tố quyết định trong bệnh sinh học của UTVMH nên được quan tâm nghiên cứu nhiều nhất, đặc biệt là gen Latent Membrane Protein 1 (LMP1) EBV được tìm thấy trong hầu hết các mô sinh thiết vòm mũi họng của bệnh nhân UTVMH. Kiểu đột biến mất đoạn 30 bp LMP1 EBV có liên quan chặt chẽ cho sự phát triển khối u ác tính tại biểu mô vòm mũi họng ở các bệnh nhân (BN) có nhiễm EBV. Bên cạnh đó, do đặc điểm bệnh sinh học của UTVMH còn liên quan đến yếu tố cơ địa gen Human Leukocyte Antigen (HLA) nhạy cảm với UTVMH và điều này đã làm nên đặc tính khác nhau về tỷ lệ bệnh giữa các vùng miền. Mục tiêu nghiên cứu nhằm xác định tỷ lệ hiện diện và đột biến gen LMP1 EBV ở mẫu mô sinh thiết của BN UTVMH và xác định tần suất phổ biến của các alen HLA trên các BN nghiên cứu. Thiết kế nghiên cứu mô tả cắt ngang trên 108 mẫu mô sinh thiết vòm của BN đã được chẩn đoán xác định là UTVMH tại Bệnh viện Ung bướu Cần Thơ. Nghiên cứu thực hiện kỹ thuật PCR cổ điển với cặp mồi đặc hiệu LMP1 (168373-168174) và kỹ thuật giải trình tự gen LMP1 để phát hiện sự hiện diện gen LMP1 và kiểu đột biến gen LMP1. Kết quả cho thấy, tỷ lệ hiện diện gen LMP1 EBV trên mẫu mô sinh thiết vòm của BN UTVMH là 64,8% (70/108), kiểu đột biến mất đoạn 30 bp trên gen LMP1 qua kỹ thuật điện di sản phẩm khuếch đại là 72,9% (51/70) và nghiên cứu đã xác nhận kết quả đột biến mất đoạn 30 bp LMP1 bằng kỹ thuật giải trình tự gen LMP1 với tỷ lệ là 75,8% (25/33). Vị trí đột biến mất đoạn 30 bp gen LMP1 EBV là 168266-168295 và một số đột biến thay thế nucleotide như 168225A>T, 168295T>A, 168308A>G, 168320T>C. Bằng kỹ thuật Polymerase Chain Reaction - Sequence Specific Oligonucleotide probes (PCR-SSO) nghiên cứu đã xác định tần suất của các alen HLA xuất hiện cao ở BN nghiên cứu là -A*02 (40,4%), -A*11 (21,2%), -A*24 (21,2%); -B*15 (25%), -B*46 (23,1%), -B*38 (9,6%), -B*07 (7,7%); -DRB1*12 (17,3%) và -DRB1*09 (13,8%); -DQB1*03 (44,7%), -DQB1*05 (21,4%) và -DQB1*06 (17,9%); -DQA1*01 (35,7%), - DQA1*03 (28,6%) và -DQA1*06 (21,4%). Người mang alen -DRB1*08 có nguy cơ mắc bệnh UTVMH gấp 8 lần người bình thường (OR = 8,098, p < 0,05), iv ngược lại người mang alen -DRB1*12 và -DQB1*03 thì giảm nguy cơ mắc bệnh lý này (OR = 0,335, p < 0,05; OR = 0,367, p < 0,05) so với người không mang các alen này. Liên quan giữa kiểu đột biến mất đoạn 30 bp gen LMP1 EBV với thể mô bệnh học ung thư tế bào biểu mô không biệt hóa có ý nghĩa thống kê (p 0,05). Người mang alen HLA-B*15 có nguy cơ đột biến mất đoạn 30 bp LMP1 EBV cao gấp 4,6 lần so với những người không mang alen này. Riêng alen HLA-A*02 có liên quan đến thể mô bệnh học ung thư tế bào biểu mô không biệt hóa (p < 0,05) và alen HLA- B*15, HLA-DQA1*03 làm giảm 12,2%, 17,8% nguy cơ mắc UTVMH ở giai đoạn muộn trên bệnh nhân nghiên cứu. Từ khóa: mô bệnh học, protein màng tiềm ẩn 1 - LMP1, virus Epstein-Barr, ung thư vòm mũi họng. v ABSTRACT Nasopharyngeal carcinoma (NPC) is a malignant tumour originating mainly from the epithelial cell lining the nasopharynx with different degrees of differentiation. This is one of the top ten cancers and also the most common cancer among the head and neck cancers in Vietnam. The disease is often diagnosed late for a variety of reasons and as a result in poorer treatment outcomes and increased mortality. Previous studies have demonstrated that, among the main pathogenetic factors, Epstein-Barr virus (EBV) infection is considered to be the decisive factor in the pathogenesis of NPC and should be paid the most attention to research, especially the Latent Membrane Protein 1 (LMP1) of EBV is found in most nasopharynx biopsy tissue of NPC patients. The loss 30bp mutation LMP1 EBV is strongly associated with malignant tumour growth in the nasopharynx epithelium in patients with EBV infection. In addition, due to the characteristics of NPC, it is also related to Human Leucocyte Antigen (HLA) genomic factor, which is sensitive to NPC and this has made different characteristic of diseases rates among regions. The objective of the study determined the rate of the presence and mutation of LMP1 gene of Epstein- Barr Virus in biopsy samples of NPC patients and figured out the prevalence of common HLA alleles in the study patients. The cross-sectional description research of 108 nasopharynx biopsy samples in patients diagnosed with nasopharyngeal carcinoma at Can Tho Oncology Hospital was conducted. Classical PCR technique was implemented utilizing primer pair LMP1 (168373-168174) to detect the presence of LMP1 EBV gene and LMP1 gene sequencing technique was also conducted to ascertain LMP 1 gene mutation type. The results showed that the rate of the presence of LMP1 EBV gene was 64.8% (70/108), loss 30bp mutation in LMP1 gene accounted for 72.9% (51/70) by PCR technique and the study has confirmed the result of 30bp loss mutation by gene sequencing technique that was 75.8% (25/33). The site of the 30bp gene LMP1 EBV mutation was 168266-168295 and some nucleotide replacement mutations such as 168225A>T, 168295T>A, 168308A>G, 168320T>C. By Polymerase Chain Reaction - Sequence Specific Oligonucleotide probes (PCR-SSO) technique, the study has determined the frequencies of HLA alleles in patients that were -A*02 (40.4%), -A*11 (21.2%), -A*24 (21.2%); -B*15 (25%), -B*46 (23.1%), -B*38 (9.6%), -B*07 (7.7%); -DRB1*12 (17.3%) and -DRB1*09 (13.8%); -DQB1*03 (44.7%), -DQB1*05 (21.4%) and -DQB1*06 (17.9%); -DQA1*01 (35.7%), -DQA1*03 (28.6%) and -DQA1*06 (21.4%). People who carry the allele -DRB1*08 are at risk for NPC eight times more than normal people (OR = 8.098, p < 0.05), whereas people who carry the allele -DRB1*12 and -DQB1*03 reduce the risk of this disease (OR = 0.335, p < 0.05; OR = 0.367, p < 0.05) compared to people without these alleles. The relationships between 30bp loss mutation in LMP1 EBV gene with undifferentiated carcinoma in NPC patients were statistically significant (p < 0.05) but not related to the stage in the studied NPC patients (p > 0.05). HLA-B*15 allele was vi an allele that can risk of loss 30bp mutation LMP1 EBV gene four times more than people without these alleles (with OR = 4.640, p = 0.018). Particularly for HLA-A*02 allele was correlated with undifferentiated carcinoma (p < 0.05). HLA-B*15 and HLA-DQA1*03 alleles can reduce the risk of late stage of disease by 12.2% and 17.8%. Key words: Histopathology, Latent Membrane Protein 1 - LMP1, Epstein-Barr virus, nasopharyngeal carcinoma. vii CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập – Tự do – Hạnh phúc CAM KẾT KẾT QUẢ Tôi xin cam kết luận án “Nghiên cứu tỷ lệ biểu lộ và đột biến gen LMP1 của Virus Epstein-Barr và HLA trên bệnh nhân ung thư vòm mũi họng tại Thành phố Cần Thơ” này được hoàn thành dựa trên các kết quả nghiên cứu của tôi được thực hiện dưới sự hướng dẫn của PGs.Ts.Trần Ngọc Dung và Gs.TSKH.Phan Thị Phi Phi. Các kết quả của công trình nghiên cứu này chưa được dùng cho bất cứ luận án cùng cấp nào khác. Tác giả luận án Trịnh Thị Hồng Của viii MỤC LỤC Trang xác nhận của người hướng dẫn khoa học ................................................. i Lời cám ơn ......................................................................................................... ii Tóm tắt .............................................................................................................. iii Abstract .............................................................................................................. v Cam kết kết quả ............................................................................................... vii Mục lục ........................................................................................................... viii Danh sách bảng ................................................................................................ xii Danh sách biểu đồ ........................................................................................... xiv Danh sách hình ................................................................................................. xv Danh mục từ viết tắt ....................................................................................... xvii CHƯƠNG 1: GIỚI THIỆU................................................................................ 1 CHƯƠNG 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU .......................................................... 5 2.1 Sơ lược cấu trúc giải phẫu và hệ thống mạch bạch huyết vùng VMH ........ 5 2.1.1 Cấu trúc giải phẫu vòm mũi họng ............................................................. 5 2.1.2 Hệ thống mạch bạch huyết vùng vòm mũi họng ...................................... 6 2.2 Bệnh ung thư vòm mũi họng ...................................................................... 6 2.2.1 Định nghĩa ................................................................................................. 6 2.2.2 Dịch tễ học bệnh ung thư vòm mũi họng thế giới và Việt Nam ............... 7 2.2.3 Đặc điểm lâm sàng và cận lâm sàng bệnh ung thư vòm mũi họng .......... 8 2.2.4 Đánh giá xếp loại giai đoạn theo T, N, M cho UTVMH ........................ 12 2.3 Bệnh sinh học ung thư vòm mũi họng ....................................................... 13 2.3.1 Nguyên nhân và yếu tố nguy cơ gây bệnh của bệnh UTVMH ............... 13 2.3.2 Virus Epstein-Barr (EBV) ...................................................................... 13 2.3.3 Yếu tố cơ địa HLA .................................................................................. 21 2.3.4 Những biến đổi sinh học và di truyền của UTVMH liên quan đến gen LMP1 EBV ...................................................................................................... 32 2.4 Các kỹ thuật SHPT ứng dụng trong phát hiện gen LMP1 EBV và định type gen HLA .......................................................................................................... 34 2.4.1 Các kỹ thuật SHPT ứng dụng trong phát hiện gen LMP1 EBV ............. 34 2.4.2 Các kỹ thuật SHPT ứng dụng trong xác định type gen HLA ................. 35 2.5 Tình hình nghiên cứu về gen LMP1 EBV, type HLA ở BN UTVMH ..... 36 2.5.1 Các nghiên cứu về gen LMP1 EBV và bệnh ung thư vòm mũi họng .... 36 2.5.2 Các nghiên cứu về HLA và bệnh ung thư vòm mũi họng ...................... 37 CHƯƠNG 3: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU............... 39 3.1 Đối tượng nghiên cứu ................................................................................ 39 3.1.1 Đối tượng nghiên cứu ............................................................................. 39 ix 3.1.2 Tiêu chuẩn chọn mẫu .............................................................................. 39 3.1.3 Tiêu chuẩn loại trừ .................................................................................. 39 3.1.4 Thời gian và địa điểm nghiên cứu .......................................................... 39 3.2. Phương tiện và phương pháp nghiên cứu ................................................. 40 3.2.1 Phương tiện nghiên cứu .......................................................................... 40 3.2.2 Phương pháp nghiên cứu ........................................................................ 41 3.2.3 Đạo đức nghiên cứu ................................................................................ 54 CHƯƠNG 4: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU ....................................................... 55 4.1 Đặc điểm chung của BN UTVMH nghiên cứu . ... ome KBH 4.1 1.98 (+) 200 T4N1M0 IVA 42 B16- 089 Block parafin A16-1207 Carcinome KBH 25.44 2.05 (-) T4N1M0 IVA 43 B16- 091 Block parafin A16-640 Carcinome TBGKSH 8.4 1.92 (-) T2N1M0 II 44 B16- 093 Block parafin A16-1359 Carcinome TBGKSH 9.5 2.12 (+) 200 30bp del T3N2M0 III 45 B16- 101 Block parafin A16-3963 Carcinome TBGKSH 9.1 1.60 (-) T4N2M0 IVA 46 B16- 102 Block parafin A16-5399 Carcinome TBGKSH 19.14 1.89 (-) T1N2M0 III 47 B16- 103 Block parafin A16-3818 Carcinome TBGKSH 141.5 1.87 (+) 200 30bp del T2N2M0 III 48 B16- 107 ST tươi A16-5769 Carcinome TBGKSH 88.1 1.70 (+) 230 PK 49 B16- 108 ST tươi A16-5815 Carcinome TBGKSH 2.3 1.80 (-) T2N2M0 III 50 B16- 110 Block parafin A16-6120 Carcinome TBGKSH 5.9 1.60 (-) T4N2M0 IVA 51 B16- 111 ST tươi A16-6603 Carcinome KBH 21.7 1.60 (+) 200 30bp del T1N0M0 I 52 B16- 112 Block parafin A16-5246 Carcinome KBH 2.3 1.60 (+) 200 30bp del T3N3M0 IVB 53 B16- 115 Block parafin A16-6326 Carcinome TBGKSH 7.1 2.10 (-) T2N2M0 III 54 B16- 117 ST tươi A16-7694 Carcinome KBH 3.3 2.10 (-) T2N2M0 III 55 B16- 121 Block parafin A16-8341 Carcinome TBGKSH 80.38 1.90 (-) T1N2M0 III 56 B17- 123 ST tươi A17-110 Carcinome TBGKSH 111.15 1.93 (+) 200 T4N2M0 IVA 57 B17- 124 ST tươi A17-376 Carcinome TBGKSH 56.38 1.92 (+) 200 PK 58 B17- 126 Block parafin A17-9723 Carcinome KBH 3.4 2.10 (-) T2N1M0 II 59 B17- 129 Block parafin A17-692 Carcinome TBGKSH 3.8 2.10 (-) T4N2M0 VA 60 B17- 131 Block parafin A17-691 Carcinome TBGKSH 3.3 2.10 (-) T2N2M0 III 61 B17- 135 ST tươi A17-4274 Carcinome TBGKSH 59.85 1.82 (+) 230 No 30bp del T2N2M0 III 62 B17- 139 Block parafin A17-3689 Carcinome KBH 7.4 2.10 (-) T2N2M0 III 63 B17- 140 ST tươi A17-5353 Carcinome TBGKSH 181.1 1.88 (+) 200 30bp del T2N2M0 III 64 B17- 141 Block parafin A17-2612 Carcinome TBGKSH 4.9 1.60 (-) T4N1M0 IVA 65 B17- 142 Block parafin A17-4820 Carcinome KBH 28.44 1.73 (+) 200 30bp del T1N2M0 III 66 B17- 144 Block parafin A17- 16311 Carcinome TBGKSH 7.9 1.60 (+) 230 No 30bp del T4N1M0 IVA 67 B17- 145 Block parafin A17-6200 Carcinome TBGKSH 7.1 2.10 (+) 200 30bp del T3N2M0 III 68 B17- 146 ST tươi A17-6450 Carcinome KBH 1315 1.78 (+) 200 30bp del T4N0M0 IVA 69 B17- 148 Block parafin A17-6816 Carcinome TBGKSH 9.2 1.60 (+) 200 30bp del T2N2M0 III 70 B17- 149 Block parafin A17-2156 Carcinome TBGKSH 29.95 1.77 (+) 200 T3N1M1 IVC 71 B17- 150 Block parafin A17-7798 Carcinome TBGKSH 18.65 1.75 (+) 200 30bp del T4N1M0 IVA 72 B17- 151 Block parafin A17-7444 Carcinome KBH 158.9 1.80 (+) 200 T1N2M0 III 73 B17- 152 ST tươi A17-8015 Carcinome TBGKSH 14.32 1.90 (-) T4N2M0 IVA 74 B17- 153 Block parafin A17-7948 Carcinome TBGKSH 5.0 1.72 (+) 200 T4N2M0 IVA 75 B17- 154 Block parafin A17-6594 Carcinome TBGKSH 27.01 1.93 (+) 200 30bp del T2N2M0 III 76 B17- 156 ST tươi A17-8488 Carcinome TBGKSH 25.63 2.03 (+) 230 No 30bp del T2N2M0 III 77 B17- 157 Block parafin A17-8456 Carcinome TBGKSH 7,245 2.10 (-) T2N1M0 II 78 B17- 158 Block parafin A17-4484 Carcinome TBGKSH 17.1 1.88 (-) T1N0M0 I 79 B17- 159 Block parafin A17-8087 Carcinome TBGKSH 8.1 1.99 (+) 200 30bp del T4N0M0 IVA 80 B18- 160 Block parafin A17- 10071 Carcinome TBGKSH 19.57 1.85 (-) T2N2M0 III 81 B18- 161 Block parafin A17-9620 Carcinome TBGKSH 4.0 2.10 (-) T2N2M0 III 82 B18- 162 Block parafin A17-9980 Carcinome KBH 17.64 2.04 (+) 200 30bp del T2N2M0 III 83 B18- 163 Block parafin A17-6845 Carcinome TBGKSH 11.57 2.08 (-) T3N3M0 IVB 84 B18- 165 Block parafin A17-9917 Carcinome KBH 26.45 2.12 (+) 230 T2N0M0 II 85 B18- 166 Block parafin A18-01 Carcinome TBGKSH 24.39 2.14 (+) 200 30bp del T2N1M0 II 86 B18- 167 Block parafin A17-4275 Carcinome TBGKSH 6.1 1.97 (-) T2N2M1 IVC 87 B18- 169 Block parafin A17-6021 Carcinome TBGKSH 8.5 1.90 (+) 230 TNM1 IVC 88 B18- 170 Block parafin A18-472 Carcinome KBH 8.71 1.90 (+) 200 T2N2M0 III 89 B18- 171 Block parafin A17-6037 Carcinome TBGKSH 113.3 1.85 (+) 200 T1N2M0 III 90 B18- 172 Block parafin A17-1316 Carcinome KBH 23.96 1.72 (-) T2N1M0 II 91 B18- 173 Block parafin A18-214 Carcinome TBGKSH 3.6 2.10 (+) 200 T2N2M0 III 92 B18- 174 Block parafin A18-297 Carcinome TBGKSH 605.6 1.91 (+) 200 T2N2M0 III 93 B18- 176 ST tươi A18-2109 Carcinome KBH 272.1 1.99 (+) 230 No 30bp del T2N2M0 III 94 B18- 177 Block parafin A17-9754 Carcinome KBH 53.1 2.04 (+) 200 30bp del T2N2M0 III 95 B18- 178 Block parafin A17-9297 Carcinome TBGKSH 47 1.88 (+) 230 T4N0M0 IVA 96 B18- 179 Block parafin A18-1650 Carcinome KBH 22 2.10 (+) 200 30bp del T2N2M0 III 97 B18- 181 Block parafin A17-7610 Carcinome KBH 126.7 1.90 (+) 200 T2N2M0 III 98 B18- 183 Block parafin A18-1715 Carcinome TBGKSH 11 1.60 (+) 230 No 30bp del T4N2M0 IVA 99 B18- 184 Block parafin A18-1241 Carcinome TBGKSH 19.99 1.70 (+) 230 No 30bp del T2N2M0 III 100 B18- 186 Block parafin A18-2814 Carcinome TBGKSH 16.86 1.71 (+) 230 T4N0M0 IVA 101 B18- 187 Block parafin A18-4658 Carcinome TBGKSH 42.06 2.00 (+) 200 30bp del T2N1M0 II 102 B18- 188 Block parafin A18-5182 Carcinome TBGKSH 37.5 1.92 (+) 230 No 30bp del T4N1M0 IVA 103 B18- 189 Block parafin A18-4352 Carcinome TBGKSH 76.32 1.85 (+) 200 T2N0M0 II 104 B18- 190 Block parafin A18-5127 Carcinome TBGKSH 148.3 1.94 (+) 200 30bp del T2N0M0 II 105 B18- 192 Block parafin A18-1675 Carcinome TBGKSH 119.4 1.91 (+) 230 No 30bp del T1N2M1 IVC 106 B18- 193 Block parafin A18-4674 Carcinome TBGKSH 143.8 1.87 (+) 200 30bp del T3N1M0 III 107 B18- 194 Block parafin A18-4308 Carcinome TBGKSH 203.7 1.91 (+) 230 T2N1M0 II 108 B18- 195 Block parafin A18-5849 Carcinome TBGKSH 104.2 1.89 (+) 200 30bp del T2N1M0 II PHỤ LỤC D KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU HLA Tên luận án: "Nghiên cứu tỷ lệ biểu lộ và đột biến gen LMP1 của Virus Epstein-Barr và HLA trên bệnh nhân ung thư vòm mũi họng tại Thành phố Cần Thơ" ST T COD E DNA MÁU HLA NPC ST T HLA CONTROL CO N A260/ 280 HLA-A HLA-B HLA-DRB1 HLA-DQB1 HLA-DQA1 HLA-A HLA-B HLA-DRB1 HLA-DQB1 1 B15- 044 64 1.7 A*0 2 A*1 1 B*1 5 B*5 6 DRB1 *12 DRB1 *12 DQB1 *03 DQB1 *03 DQA1 *04 DQA1 *06 1 A*1 1 A* 24 B*3 5 B* 40 DRB1* 09 DRB1 *12 DQB1 *03 DQB1 *03 2 B15- 052 27. 7 1.7 A*0 2 A*1 1 B*1 5 B*1 5 DRB1 *08 DRB1 *12 DQB1 *03 DQB1 *06 DQA1 *01 DQA1 *04 2 A*0 2 A* 29 B*0 7 B* 46 DRB1* 04 DRB1 *12 DQB1 *03 DQB1 *04 3 B15- 059 81 1.8 A*0 2 A*2 4 B*0 7 B*4 6 DRB1 *07 DRB1 *12 DQB1 *03 DQB1 *05 DQA1 *01 DQA1 *01 3 A*0 1 A* 02 B*3 5 B* 38 DRB1* 10 DRB1 *11 DQB1 *03 DQB1 *05 4 B15- 063 43 1.7 A*1 1 A*3 0 B*0 7 B*1 5 DRB1 *08 DRB1 *14 DQB1 *05 DQB1 *06 DQA1 *01 DQA1 *01 4 A*0 2 A* 33 B*1 5 B* 58 DRB1* 03 DRB1 *12 DQB1 *02 DQB1 *03 5 B16- 093 11. 45 1.775 A*0 2 A*0 2 B*4 6 B*4 6 DRB1 *08 DRB1 *09 DQB1 *03 DQB1 *06 DQA1 *01 DQA1 *03 5 A*2 4 A* 29 B*0 7 B* 35 DRB1* 10 DRB1 *12 DQB1 *03 DQB1 *05 6 B16- 112 32 1.9 A*0 2 A*2 4 B*3 8 B*4 6 DRB1 *09 DRB1 *12 DQB1 *03 DQB1 *03 DQA1 *03 DQA1 *06 6 A*0 2 A* 33 B*4 6 B* 58 DRB1* 09 DRB1 *10 DQB1 *03 DQB1 *05 7 B17- 140 13. 34 2 A*0 1 A*2 4 B*1 5 B*5 7 DRB1 *09 DRB1 *10 DQB1 *03 DQB1 *05 DQA1 *01 DQA1 *03 7 A*0 2 A* 24 B*3 5 B* 46 DRB1* 08 DRB1 *09 DQB1 *03 DQB1 *06 8 B17- 144 19. 2 1.6 A*1 1 A*1 1 B*4 6 B*1 5 DRB1 *09 DRB1 *15 DQB1 *03 DQB1 *06 DQA1 *03 DQA1 *06 8 A*0 2 A* 02 B*2 7 B* 46 DRB1* 09 DRB1 *12 DQB1 *03 DQB1 *03 9 B17- 145 14. 94 1.6 A*0 2 A*2 4 B*4 0 B*1 8 DRB1 *12 DRB1 *15 DQB1 *03 DQB1 *05 DQA1 *01 DQA1 *06 9 A*0 2 A* 33 B*4 6 B* 58 DRB1* 09 DRB1 *10 DQB1 *03 DQB1 *05 10 B17- 146 26. 4 1,714 A*0 2 A*0 2 B*3 8 B*5 1 DRB1 *10 DRB1 *16 DQB1 *05 DQB1 *05 DQA1 *01 DQA1 *01 10 A*2 9 A* 33 B*0 7 B* 58 DRB1* 03 DRB1 *10 DQB1 *02 DQB1 *05 11 B17- 153 21. 72 1,583 A*2 4 A*3 3 B*4 6 B*5 8 DRB1 *07 DRB1 *12 DQB1 *02 DQB1 *03 DQA1 *02 DQA1 *06 11 A*2 4 A* 24 B*1 5 B* 15 DRB1* 09 DRB1 *12 DQB1 *03 DQB1 *03 12 B17- 154 125 .7 2.1 A*1 1 A*1 4 B*3 5 B*1 5 DRB1 *12 DRB1 *09 DQB1 *03 DQB1 *03 DQA1 *03 DQA1 *06 12 A*1 1 A* 33 B*0 7 B* 15 DRB1* 12 DRB1 *15 DQB1 *03 DQB1 *06 13 B17- 156 102 .6 1,812 A*3 3 A*1 1 B*1 5 B*5 8 DRB1 *03 DRB1 *12 DQB1 *03 DQB1 *05 DQA1 *01 DQA1 *06 13 A*1 1 A* 11 B*1 5 B* 15 DRB1* 12 DRB1 *12 DQB1 *03 DQB1 *03 14 B17- 159 55. 22 1.78 A*0 2 A*3 3 B*5 6 B*3 5 DRB1 *15 DRB1 *14 DQB1 *03 DQB1 *03 DQA1 *02 DQA1 *03 14 A*1 1 A* 24 B*1 5 B* 15 DRB1* 12 DRB1 *12 DQB1 *03 DQB1 *03 15 B18- 162 82 1.78 Bla nk Bla nk Bla nk Bla nk DRB1 *04 DRB1 *13 DQB1 *04 DQB1 *06 DQA1 *01 DQA1 *03 15 A*0 2 A* 03 B*3 5 B* 46 DRB1* 09 DRB1 *10 DQB1 *03 DQB1 *05 16 B18- 165 51. 21 1.88 Bla nk Bla nk Bla nk Bla nk Blank Blank DQB1 *03 DQB1 *04 DQA1 *03 DQA1 *03 16 A*2 4 A* 33 B*1 5 B* 58 DRB1* 03 DRB1 *12 DQB1 *02 DQB1 *03 17 B18- 166 137 .3 1.78 Bla nk Bla nk Bla nk Bla nk DRB1 *04 DRB1 *06 Blank Blank Blank Blank 17 A*0 2 A* 03 B*1 3 B* 46 DRB1* 09 DRB1 *10 DQB1 *03 DQB1 *05 18 B18- 170 84 1,917 A*0 2 A*0 2 B*4 6 B*1 3 DRB1 *04 DRB1 *14 DQB1 *03 DQB1 *06 DQA1 *01 DQA1 *03 18 A*2 4 A* 33 B*3 5 B* 56 DRB1* 09 DRB1 *12 DQB1 *03 DQB1 *03 19 B18- 173 67. 5 1.9 A*0 2 A*2 4 B*3 8 B*5 4 DRB1 *04 DRB1 *08 DQB1 *02 DQB1 *03 DQA1 *03 DQA1 *06 19 A*1 1 A* 29 B*0 7 B* 15 DRB1* 12 DRB1 *13 DQB1 *03 DQB1 *03 20 B18- 174 84. 57 1,941 A*0 2 A*2 4 B*0 7 B*0 7 DRB1 *14 DRB1 *14 DQB1 *03 DQB1 *05 DQA1 *06 DQA1 *06 20 A*1 1 A* 11 B*1 5 B* 46 DRB1* 12 DRB1 *15 DQB1 *03 DQB1 *06 21 B18- 178 78. 25 1,994 A*1 1 A*2 4 B*3 8 B*3 9 DRB1 *08 DRB1 *10 DQB1 *05 DQB1 *06 DQA1 *01 DQA1 *01 21 A*2 4 A* 24 B*1 5 B* 44 DRB1* 07 DRB1 *12 DQB1 *03 DQB1 *03 22 B18- 179 83. 32 1,923 Bla nk Bla nk Bla nk Bla nk DRB1 *07 DRB1 *08 Blank Blank Blank Blank 22 A*1 1 A* 24 B*1 5 B* 15 DRB1* 12 DRB1 *12 DQB1 *03 DQB1 *03 23 B18- 181 41. 08 2,046 A*0 2 A*3 3 B*4 4 B*4 6 DRB1 *07 DRB1 *08 DQB1 *02 DQB1 *06 DQA1 *01 DQA1 *02 23 A*0 2 A* 29 B*1 5 B* 46 DRB1* 09 DRB1 *12 DQB1 *03 DQB1 *03 24 B18- 183 206 .3 2,098 A*0 2 A*2 4 B*1 5 B*2 7 DRB1 *12 DRB1 *15 DQB1 *03 DQB1 *05 DQA1 *01 DQA1 *06 24 A*0 2 A* 24 B*1 5 B* 46 DRB1* 09 DRB1 *15 DQB1 *03 DQB1 *05 25 B18- 184 80. 08 1.7 A*0 2 A*2 4 B*1 5 B*4 6 DRB1 *09 DRB1 *15 DQB1 *04 DQB1 *05 DQA1 *01 DQA1 *03 25 A*0 1 A* 68 B*1 5 B* 57 DRB1* 07 DRB1 *09 Blank Blank 26 B18- 186 66. 21 1.6 A*0 2 A*2 4 B*1 5 B*4 6 DRB1 *04 DRB1 *14 DQB1 *02 DQB1 *03 DQA1 *02 DQA1 *06 26 A*0 2 A* 34 B*4 0 B* 56 DRB1* 04 DRB1 *12 Blank Blank 27 B18- 189 17. 9 2.0 A*0 2 A*1 1 B*1 5 B*4 6 DRB1 *04 DRB1 *09 DQB1 *03 DQB1 *06 DQA1 *03 DQA1 *03 27 A*0 2 A* 33 B*4 6 B* 54 DRB1* 04 DRB1 *09 Blank Blank 28 B18- 192 19. 55 1,853 A*0 1 A*3 3 B*4 4 B*5 7 DRB1 *07 DRB1 *07 DQB1 *02 DQB1 *03 DQA1 *02 DQA1 *02 28 A*0 2 A* 26 B*1 5 B* 51 DRB1* 04 DRB1 *12 Blank Blank 29 B18- 193 9.5 2 2.1 A*0 2 A*1 1 B*1 8 B*3 8 DRB1 *04 DRB1 *15 DQB1 *04 DQB1 *05 DQA1 *01 DQA1 *03 29 A*0 2 A* 33 B*1 5 B* 44 DRB1* 07 DRB1 *12 Blank Blank 30 B18- 194 20. 58 1.77 A*0 2 A*1 1 B*1 5 B*4 6 DRB1 *09 DRB1 *15 DQB1 *03 DQB1 *06 DQA1 *01 DQA1 *03 30 A*0 2 A* 33 B*5 5 B* 58 DRB1* 12 DRB1 *03 Blank Blank PHỤ LỤC E HÌNH ẢNH TRANG THIẾT BỊ CỦA PHÒNG THÍ NGHIỆM THỰC HIỆN NGHIÊN CỨU 1. Phòng xét nghiệm Sinh học phân tử, Bệnh viện Trường Đại học Y Dược Cần Thơ Hình 1: Thực hiện quy trình tách chiết DNA trên mẫu sinh thiết và mẫu máu của BN nghiên cứu 2. Phòng thí nghiệm Sinh học phân tử, Viện nghiên cứu và phát triển công nghệ sinh học, Trường Đại học Cần Thơ Hình 2: Hình thực hiện quy trình khuếch đại gen LMP1 EBV và chạy điện di sản phẩm của mẫu nghiên cứu 3. Hệ thống máy LabScan3DTM (máy Luminex, công nghệ XMAP, công ty Onelambda) tại đơn vị xét nghiệm - miễn dịch, Bệnh viện Chợ Rẫy. Hình 3: Hệ thống máy LabScan3DTM PHỤ LỤC F MỘT SỐ HÌNH ẢNH VỀ KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 1. Hình ảnh khối u vòm mũi họng qua nội soi của BN UTVMH nghiên cứu Hình 1: Hình ảnh khối u sùi vòm vị trí thành sau phải qua nội soi của BN Đỗ Văn M., 49 tuổi, Vĩnh Long (Code 064). 2. Kết quả mô bệnh học của BN UTVMH nghiên cứu Hình 2: Kết quả mô bệnh học ung thư biểu mô không biệt hóa H.E 400X (A14-6056), của BN Nguyễn Văn B., 62 tuổi, Cần Thơ (Code 025). Hình 3: Kết quả mô bệnh học ung thư biểu mô không biệt hóa H.E 400X (A15-960), của BN Huỳnh Văn G., 45 tuổi, Sóc Trăng (Code 032). Hình 4: Kết quả hội chẩn tiêu bản với Bệnh viện K, Hà Nội. 3. Kết quả đo nồng độ và độ tinh sạch DNA Hình 5: Kết quả đo nồng độ (109.0 ng/µL) và độ tinh sạch DNA A260/A280 = 1,786. 3. Kết quả điện di sản phẩm khuếch đại gen LMP1 EBV Hình 6: Hình ảnh điện di sản phẩm khuếch đại gen LMP1 EBV trên gel agarose. 4. Kết quả phân tích giải trình tự gen LMP1 EBV Hình 7: Hình kết quả phân tích giải trình tự của mẫu 192 (Đột biến thêm 3 nucleotide (168260-168295)). 5. Kết quả gen HLA của nhóm chứng Hình 8: Hình kết quả các alen HLA của nhóm chứng (STT 30).
File đính kèm:
- luan_an_nghien_cuu_ty_le_bieu_lo_va_dot_bien_gen_lmp1_cua_vi.pdf
- Bieu_mau_Quyen_tomtatTA_TTHCUA.pdf
- Bieu_mau_Quyen_tomtatTV_TTHCUA.pdf
- Trang thong tin LA Tieng Anh - TTHCua.doc
- Trang thong tin LA Tieng Viet - TTHCua.doc